이 건 부동산의 취득에 대하여 쟁점중과세율배제규정과 쟁점감면규정을 모두 적용하는 것은「지방세특례제한법」제180조에 따른 중복 감면으로서 허용될 수 없다고 보는 것이 타당하므로 처분청이 이 건 부동산에 대하여 취득세 중과세율을 적용한 부분은 달리 잘못이 없다고 판단됨

지방세법 제180조

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요

 

  가. 청구법인은 2019.5.30. OOO주식회사로부터 OOO외 2필지 토지 11,319.3㎡ 및 그 지상 건축물 67,629.62㎡(OOO이하 “이 건 부동산”이라 한다)를 현물출자 받아 취득한 후, OOO법인장부상 가격 OOO과세표준으로 하고,「지방세법」제11조 제1항 제7호 나목의 표준세율(1천분의 40)을 적용하여 산출한 취득세 OOO(이하 “이 건 취득세 등”이라 한다)을 신고․납부하였다.

 

  나. 청구법인은 대도시에서 설립된 후 5년 이내에 이 건 부동산을 취득하였으나 부동산투자회사이므로「지방세특례제한법」제180조의2 제1항 제1호(이하 “쟁점중과세율배제규정”이라 한다)에 따라「지방세법」제13조 제2항에 따른 취득세 중과세율 적용이 배제되고, 이 건 부동산은 현물출자에 따라 취득하는 부동산으로서「지방세특례제한법」 제57조의2 제3항 제3호(이하 “쟁점감면규정”이라 한다)에 따라 취득세 100분의 75 감면대상이나, 청구법인은 이 건 부동산을 취득한 후 쟁점중과세율배제규정만을 적용하고 쟁점감면규정을 적용하지 아니하여 취득세 등을 과다 신고․납부하였으므로 이 건 취득세 등은 쟁점중과세율배제규정과 쟁점감면규정 모두를 적용하여 산출한 세액으로 경정되어야 한다는 이유로 2019.6.4. 처분청에 경정청구를 하였으나, 처분청은 2019.9.18. 이를 거부하였다.

 

  다. 청구법인이 2019.10.15. OOO에게 이의신청을 하자, OOO2020.2.19. 이 건 부동산은 쟁점중과세율배제규정과 쟁점감면규정의 적용대상이나「지방세특례제한법」제180조에서 중복감면을 배제하도록 규정하고 있으므로 이 중 감면율이 높은 쟁점감면규정만을 적용해야 한다는 이유로 이 건 취득세 등을 이 건 부동산의 취득가격OOO에「지방세법」제13조 제2항의 중과세율(1,000분의 80)을 적용하여 산출한 취득세 OOO으로 경정하는 결정을 하였다.

 

  라. 청구법인은 이에 불복하여 2020.4.28. 심판청구를 제기하였다.

 

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

 

  가. 청구법인 주장

 

  (1)「지방세특례제한법」제57조의3 제3항 제3호에서「법인세법」제47조의2에 따른 현물출자에 따라 취득하는 재산에 대하여는 취득세의 100분의 75를 경감한다고 규정하고 있고, 같은 법 제180조의2 제1항에서 부동산투자회사가 취득하는 부동산에 대하여는「지방세법」제13조 제2항에 따른 취득세 중과세율(1천분의 80)을 적용하지 않는다고 규정하고 있으며,「지방세특례제한법」제180조에서 동일한 과세대상에 대하여 지방세를 감면할 때 둘 이상의 감면 규정이 적용되는 경우 그 중 감면율이 높은 것 하나만을 적용(중복감면 배제)한다고 규정하고 있다.

 

  (2) OOO이 건 취득세 등에 대한 이의신청 결정 시 현물출자에 대한 감면 규정과 중과세율 배제규정을 하나의 과세대상에 대한 중복감면이라고 보아 그 중 감면율이 높은 현물출자에 대한 감면 규정만을 적용하고 중과세율 배제 규정은 적용대상이 아니라고 판단하였으나,「지방세특례제한법」제2조 제6호에서 “지방세특례”를 세율의 경감, 세액 감면, 세액공제, 과세표준공제(중과세 배제, 재산세 과세대상 구분전환을 포함한다) 등을 말한다고 규정하고 있고, 조세법규의 엄격해석 원칙 상 세액의 경감과 과세표준의 공제는 엄격하게 구분하는 것이 타당하다 할 것이므로 이 건 부동산에 대하여 쟁점감면규정과 쟁점중과세율배제규정을 동시에 적용하더라도 중복감면 배제규정에 저촉되지 않는다 할 것이므로 이 건 부동산에 대하여는 중과세율 배제 규정이 우선 적용되어야 한다.

 

  기획재정부는「지방세법」에서 취득세 중과세 대상으로 규정한 부동산을「조세특례제한법」에서 중과세 배제로 규정한 경우 취득세 감면에 따른 농어촌특별세 부과대상이 아니라고 답변(조세지출예산과-190, 2007.3.27.)하였는바, 지방세 감면과 중과세 배제는 명백히 구분된다.

 

  (3) 처분청은「지방세특례제한법」제4조 제2항 제1호에서「지방세법」 제13조에 따른 중과세의 배제를 지방세 감면의 하나로 규정하고 있으므로 중과세율의 배제도 지방세 감면에 해당된다는 의견이나, 해당 조항은 지방자치단체가 조례로 특정 부동산에 대하여 중과세율 적용을 배제하는 규정을 신설하는 것을 방지하기 위한 조항으로 이 건과 같이 현물출자 감면과 중과세율 배제가 중복감면에 해당되는지 여부를 판단하는 경우에는 고려의 대상이 아니다.

 

  (4)「지방세특례제한법」제57조의2 및 제180조의2 규정은「조세특례제한법」(2014.12.23. 법률 제12853호로 개정되기 전의 것, 이하 구 「조세특례제한법」이라 한다) 제120조 제1항 제5호 및 제4항 제1호에서 각각 규정했던 내용으로 2014년 12월말 세법개정으로 구「조세특례제한법」에서「지방세특례제한법」으로 이관되었고, 구「조세특례제한법」에서 현물출자에 대하여는 취득세 감면과 중과 배제를 모두 적용하고 있으므로 이를 이관받은「지방세특례제한법」도 그대로 인정하여야 한다.

 

  나. 처분청 의견

 

  (1)「지방세특례제한법」제2조 제1항 제6호에서 “지방세특례”를 세율의 경감, 세액감면, 세액공제, 과세표준 공제(중과세 배제, 재산세 과세대상 구분전환을 포함한다) 등을 말한다고 규정하고 있는바, 지방세 특례는 중과세 배제를 포함한 넓은 의미의 감면이라고 볼 수 있고, 같은 법 제4조 제2항 제1호에서「지방세법」제13조에 따른 중과세의 배제를 지방세 감면의 하나로 규정하고 있음을 볼 때, 지방세 감면에 중과세율 배제가 포함된다는 사실은 명확하다.

 

  (2)「지방세특례제한법」은 제2장을 “감면”으로 하고 있는데, 그 안에 포함된 제31조의4 제1항(주택임대사업에 투자하는 부동산회사에 대한 감면), 제54조 제3항(관광단지 등에 대한 과세특례), 제58조 제2항(벤처기업 등에 대한 과세특례) 및 제60조 제3항 제2호 (중소기업협동조합 등에 대한 과세특례) 등에서 취득세의 감면과 중과세율의 배제를 각각 규정하고 있음을 볼 때, 중과세율 배제가 감면의 한 유형임을 알 수 있는바, 중과세율 배제가 감면에 해당되지 않는다는 청구법인의 주장은 받아들일 수 없다

 

  (3) “감면”의 사전적 의미가 매겨야 할 부담 따위를 덜어주거나 면제하는 것이고, 중과세율 배제는 원칙적으로 법률에 의해 부담해야 할 세율(중과)을 예외적으로 배제함으로써 납세자의 부담을 덜어주는 것이므로 그 사전적 의미에 따르더라도 중과세율 배제는 당연히 감면에 해당된다고 할 것이며, 이에 대하여 행정안전부는 중과세율 적용 배제는 조세 부담을 덜어주는 것으로 감면의 범주로 볼 수 있고, 구「조세특례제한법」에서 규정하고 있던 감면 조항이「지방세특례제한법」으로 이관되면서 취득세 감면 규정은 일몰로 종료하고 취득세 중과세율 적용 배제 규정만 존치하게 되었으며,「지방세특례제한법」제180조의2 외에 개별조항에서도 중과세율 적용 배제 규정이 존재하고 있으므로 동일하게 적용되어야 하고,「지방세특례제한법」제180조의2 중과세율 적용 배제 규정만 중복 감면 배제 규정의 적용 대상에서 제외될 사유가 없다는 취지로 이 건 부동산에 대하여 중과세율 적용 대상이라고 회신(지방세특례제도과-249, 2020.2.6.)하였음을 볼 때, 처분청이 이 건 부동산에 대하여 취득세 중과세율을 우선 적용하여 세액을 산출한 후 여기에 현물출자 감면(100분의 75) 규정을 적용하여 청구법인이 납부할 취득세 등을 산출한 것은 정당하다.

 

 

3. 심리 및 판단

 

  가. 쟁점

 

  부동산투자회사인 청구법인이 대도시내의 이 건 부동산을 현물출자받아 취득하는 경우 쟁점중과세율배제규정과 쟁점감면규정을 모두 적용하여야 한다는 청구주장의 당부

 

  나. 관련 법률 : <별지> 기재

 

  다. 사실관계 및 판단

 

  (1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다.

 

   (가) 청구법인은「부동산투자회사법」제2조 제1호에 따른 부동산투자회사로서 2019.3.29. 본점 소재지를 OOO으로 하고, 목적사업을 부동산 임대업 등으로 하여 설립되었다.

 

   (나) 청구법인은 2019.5.30. 이 건 부동산을 OOO로부터 현물출자를 원인으로 취득한 후, 표준세율(1천분의 40)을 적용하여 산출한 취득세 등 OOO신고ㆍ납부하였다.

 

   (다) 청구법인은 2019.7.11. 이 건 부동산의 취득에 대하여「지방세특례제한법」(2019.4.30. 법률 제16413호로 개정된 것, 이하 같다) 제57조의2 제3항 제3호에 따라 산출한 취득세의 100분의 75를 경감하여야 한다는 취지로 이 건 취득세 등의 경정청구를 하였으나, 처분청은 2019.9.18. 이를 거부하였다.

 

   (라) 청구법인은 2019.10.15. OOO에게 이 건 취득세 등의 이의신청을 하였고, OOO2020.2.19. 이 건 부동산을 대도시 내 법인이 그 설립일부터 5년 이내에 취득하는 부동산으로 보아「지방세법」제13조 제2항에 따른 취득세 중과세율(1천분의 80) 적용 대상이고,「지방세특례제한법」57조의2 제3항 제3호에서 규정한 현물출자에 따른 취득세 감면(100분의 75) 대상이라고 하여, 이 건 부동산의 취득세 과세표준에 중과세율을 적용하여 산출한 세액OOO의 100분의 75를 감면하여야 한다는 취지로 청구법인의 이의신청을 일부 인용하는 결정을 하였다.

 

  (2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.

 

   (가)「지방세법」제13조 제2항 제1호 및 같은 법 시행령 제27조 제3항에서 대도시에서 법인을 설립한 후 5년 이내에 부동산을 취득하는 경우 그 취득세는 1천분의 80(중과 세율)으로 한다고 규정하고 있고, 「지방세특례제한법」제180조의2 제1항 제1호에서 부동산투자회사가 취득하는 부동산에 대하여는「지방세법」제13조 제2항의 취득세 중과세 규정을 적용하지 않는다고 규정하고 있으며, 같은 법 제57조의2 제3항 제3호에서「법인세법」제47조의2에 따른 현물출자에 따라 2021.12.31.까지 취득하는 재산에 대하여는 취득세의 100분의 75를 경감한다고 규정하고 있다.

 

   또한,「지방세특례제한법」제2조 제1항 제6호에서 “지방세 특례”란 세율의 경감, 세액감면, 세액공제, 과세표준 공제(중과세 배제, 재산세 과세대상 구분전환을 포함한다) 등을 말한다고 규정하고 있고, 같은 법 제180조에서 동일한 과세대상에 대하여 지방세를 감면할 때 둘 이상의 감면 규정이 적용되는 경우에는 그 중 감면율이 높은 것 하나만을 적용한다고 규정하고 있다.

 

   (나) 청구법인은 이 건 부동산의 취득에 대하여 쟁점중과세율배제규정과 쟁점감면규정을 모두 적용해야 한다고 주장하나,「지방세특례제한법」제2조 제1항 제6호에서 “지방세 특례”를 세율의 경감, 세액감면, 세액공제, 과세표준 공제(중과세 배제, 재산세 과세대상 구분전환을 포함)로 각각 규정하고 있고 이들은 모두 납세자가 납부하여야 하는 세액을 감소시키는 것으로 넓은 의미에서 모두 감면에 해당된다고 볼 수 있는 점, 지방세 감면과 중과세 배제는 납세자의 입장에서 사실상의 이중혜택이므로 그 중 높은 것 하나만 적용하는 것이 중복감면의 배제의 입법 취지에 부합한다고 보이는 점, 지방세 감면과 중과세 배제를 모두 적용하기 위해서는 같은 조항에 감면과 중과세 배제 내용이 각각 명시되어 있어야 한다고 보는 것이 조세법규의 엄격해석원칙에 부합하는 점 등에 비추어, 이 건 부동산의 취득에 대하여 쟁점중과세율배제규정과 쟁점감면규정을 모두 적용하는 것은「지방세특례제한법」제180조에 따른 중복 감면으로서 허용될 수 없다고 보는 것이 타당하므로 처분청이 이 건 부동산에 대하여 취득세 중과세율을 적용한 부분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

 

 

4. 결 론

 

   이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「지방세 기본법」 제96조 제6항,「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

 

 

<별지> 관련 법률

 

  (1) 지방세법

 

제13조[과밀억제권역 안 취득 등 중과] ② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 부동산을 취득하는 경우의 취득세는 제11조 제1항의 표준세율의 100분의 300에서 중과기준세율의 100분의 200을 뺀 세율을 적용한다.(이하 생략)

  1. 대도시에서 법인을 설립[대통령령으로 정하는 휴면(休眠)법인(이하 “휴면법인”이라 한다)을 인수하는 경우를 포함한다. 이하 이 호에서 같다]하거나 지점 또는 분사무소를 설치하는 경우 및 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소를 대도시 밖에서 대도시로 전입(「수도권정비계획법」제2조에 따른 수도권의 경우에는 서울특별시 외의 지역에서 서울특별시로의 전입도 대도시로의 전입으로 본다. 이하 이 항 및 제28조 제2항에서 같다)함에 따라 대도시의 부동산을 취득(그 설립·설치·전입 이후의 부동산 취득을 포함한다)하는 경우

 

  (2) 지방세특례제한법(2019.4.30. 법률 제16413호로 개정된 것)

 

제2조[정의] ① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

  6. “지방세 특례”란 세율의 경감, 세액감면, 세액공제, 과세표준 공제(중과세 배제, 재산세 과세대상 구분전환을 포함한다) 등을 말한다.

 

제4조[조례에 따른 지방세 감면] ① 지방자치단체는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 때에는 3년의 기간 이내에서 지방세의 세율경감, 세액감면 및 세액공제(이하 이 조 및 제182조에서 “지방세 감면”이라 한다)를 할 수 있다. 다만, 이 법(제3장 지방소득세 특례는 제외한다)에서 정하고 있는 지방세 감면은 추가로 확대할 수 없다.

  1. 서민생활 지원, 농어촌 생활환경 개선, 대중교통 확충 지원 등 공익을 위하여 지방세의 감면이 필요하다고 인정될 때

② 지방자치단체는 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지방세 감면을 할 수 없다.

  1.「지방세법」제13조 및 제28조 제2항에 따른 중과세의 배제를 통한 지방세 감면

 

제57조의2[기업합병ㆍ분할 등에 대한 감면] ③ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재산을 2021년 12월 31일까지 취득하는 경우에는 취득세의 100분의 75를 경감한다. (단서 생략)

  3.「법인세법」제47조의2에 따른 현물출자에 따라 취득하는 재산. 다만, 취득일부터 3년 이내에 같은 법 제47조의2 제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 경우(같은 항 각 호 외의 부분 단서에 해당하는 경우는 제외한다)에는 경감받은 취득세를 추징한다.

 

제180조[중복 감면의 배제] 동일한 과세대상에 대하여 지방세를 감면할 때 둘 이상의 감면 규정이 적용되는 경우에는 그 중 감면율이 높은 것 하나만을 적용한다. 다만, 제73조, 제74조, 제92조 및 제92조의2의 규정과 다른 규정은 두 개의 감면규정(제73조, 제74조 및 제92조 간에 중복되는 경우에는 그 중 감면율이 높은 것 하나만을 적용한다)을 모두 적용할 수 있다.

 

제180조의2[지방세 중과세율 적용 배제 특례] ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 부동산의 취득에 대해서는「지방세법」에 따른 취득세를 과세할 때 2021년 12월 31일까지 같은 법 제13조 제2항 본문 및 같은 조 제3항의 세율을 적용하지 아니한다.

  1.「부동산투자회사법」제2조 제1호에 따른 부동산투자회사가 취득하는 부동산

 

제182조[지방자치단체의 감면율 자율 조정] ① 지방자치단체는 이 법에 따른 지방세 감면 중 지방세 감면 기한이 연장되는 경우에는 지방자치단체의 재정여건, 감면대상자의 조세부담능력 등을 고려하여 해당 조에 따른 지방세 감면율을 100분의 50의 범위에서 조례로 인하하여 조정할 수 있다. 이 경우 면제는 감면율 100분의 100에 해당하는 것으로 본다.