청구법인은 쟁점부동산을 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 다른 용도(임대)로 사용하였다고 할 것이므로 청구법인이 쟁점부동산을 사실상 직접 사용하고 있는 것으로 보아야 한다는 청구주장은 받아들이기 어렵다고 판단되나, 추징대상이 되는 건축물의 경우 부속토지의 면적은 해당 건축물의 면적이 건축물의 총 면적에서 차지하는 비율을 기준으로 산정하는 것임

「지방세특례제한법」제78조 제4항

OOO시장이 2017.7.15. 청구법인에게 한 취득세 OOO농어촌특별세 OOO지방교육세 OOO합계 OOO의 부과처분은 OOO공장용지 3,664㎡의 취득세 등만을 과세하는 것으로 하여 그 과세표준 및 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 기각한다.

1. 처분개요

가. 청구법인은 2012.10.31. OOO내에 소재한 OOO공장용지 99,408㎡(이하 "이 건 토지"라 한다)를 취득한 후, 2013.5.10. 그 지상에 사무동 및 경비동 건축물 3,811.94㎡(이하 "이 건 사무동"이라 한다)를, 2015.7.23. 창고동 16,748.33㎡(이하 "이 건 창고동"이라 하고, 이 건 토지와 이 건 사무동을 포함하여 이하 "이 건 부동산"이라 한다)를 각각 신축하고,「지방세특례제한법」제78조 제4항에 따라 이 건 부동산에 대한 취득세 및 재산세 등을 면제받았다.

나. 처분청은 청구법인이 이 건 사무동 중 760.7㎡(이하 "쟁점건축물"이라 한다) 및 그 부속토지 19,836.7㎡(쟁점건축물이 이 건 사무동 면적3,811.94㎡에서 차지하는 비율 19.96%를 기준으로 산출한 면적, 쟁점건축물을 포함하여 이하 "쟁점부동산"이라 한다)를 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 임대 등 다른 용도로 사용하였다고 보아 2017.7.15. 청구법인에게 아래 <표1>과 같이 산출한 취득세 등 OOO(이하 "이 건 취득세 등"이라 한다)을 부과·고지하였다.

<표1> 쟁점부동산에 대한 취득세 등의 부과·고지 현황

(단위 : ㎡, 원)

다. 또한, 처분청은 쟁점건축물(760.7㎡)과 그 부속토지 3,664㎡(쟁점건축물이 이 건 토지에 소재하는 건축물 20,635.27㎡에서 차지하는 비율 3.69%를 이 건 토지에 적용하여 산출한 면적)의 재산세 등이 추징대상으로 된 것으로 보아 2017.7.15. 청구법인에게 2014년도분부터 2017년도분까지의 산출한 재산세 등 OOO(이하 "이 건 재산세 등"이라 한다)을 아래 <표2>와 같이 부과·고지하였다.

<표2> 쟁점건축물에 대한 재산세 등의 부과·고지 현황

(단위 : ㎡, 원)

다. 청구법인은 이에 불복하여 2017.9.21. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은 쟁점부동산을 OOO등 26개 업체(이하 "이 건 협력업체"라 한다)에게 임대하였으나, 이 건 협력업체의 직원들은 그 소속에 관계 없이 사실상 청구법인의 지휘·감독을 받고 있을 뿐만 아니라 임대료의 경우에도 향후 발생할 수 있는 부당행위계산 부인 등의 문제에 유연하게 대처하기 위하여 형식상으로 정한 것으로 매우 미미할 뿐만 아니라 쟁점건축물의 용도도 배송 등을 담당하는 이 건 협력업체 직원들의 휴식 장소이므로 쟁점부동산은 형식상 임대 여부에 관계 없이 청구법인이 물류사업에 직접 사용하는 것에 해당된다.

(2) 지방세특례제한법령에서 ‘직접 사용’이란 부동산의 소유자가 제3자를 개입시키지 않고 오로지 단독으로 당해 부동산을 그 용도에 사용할 것을 요구하는 개념이 아니라 임대 또는 위탁의 형태를 취한다고 하더라도 부동산의 소유자가 업무 목적이나 용도에 맞게 사용하는 경우에는 직접 사용에 포함된다 할 것이고, 이 건 협력업체의 운송 담당 직원들은 사실상 청구법인의 지휘와 감독을 받으면서 청구법인이 위탁한 물량만을 운송하고 있으므로 이 건 협력업체가 사용하는 쟁점부동산은 청구법인이 물류사업에 직접 사용하고 있는 것으로 보아야 한다.

(3) 설령, 청구법인이 쟁점건축물을 물류사업에 직접 사용한 것이 아니라 하더라도 이 건 토지(99,408.0㎡)에는 이 건 사무동 건축물(3,811.94㎡) 뿐만 아니라 이 건 창고동 건축물(16,823.33㎡)이 함께 소재하고 있음에도 처분청은 이 건 사무동의 면적에서 쟁점건축물(760.7㎡)이 차지하는 비율(19.96%, 이하 "이 건 당초비율"이라 한다)을 이 건 토지에 적용하여 산출한 19,836.7㎡를 쟁점건축물의 부속토지로 보아 취득세 등을 추징하거나, 이 건 건축물의 연면적(20,635.27㎡)에서 쟁점건축물이 차지하는 비율(3.69%)을 이 건 토지에 적용하여 산출한 3,664㎡를 쟁점건축물의 부속토지로 보아 이 건 재산세 등을 부과하였으나, 이 건 토지는 그 특성상 대부분이 이 건 창고동 건축물의 부속토지이거나 대형화물차량의 주차장으로 사용되고 있으므로 쟁점토지의 부속토지는 이 건 사무동의 바닥면적(1,916.73㎡)에 이 건 당초비율(19.96%)을 곱한 382.58㎡로 보아야 하는바, 위의 면적을 초과하는 부분에 대한 취득세 및 재산세는 취소되어야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인은 쟁점부동산을 이 건 협력업체 직원들을 위한 휴식 공간으로 임대하여 물류사업 용도에 직접 사용하는 것에 해당한다고 주장하나, 청구법인은 이 건 협력업체로부터 매월 OOO(업체별로 OOO부터 OOO까지)을 받고 있는 등 사실상 임대업에 사용하는 것에 해당할 뿐만 아니라 청구법인이 쟁점부동산을 과세대상 면적에서 제외하여 매년 주민세(재산분)를 신고·납부한 것을 보더라도 쟁점부동산을 물류사업에 직접 사용하였다고 볼 수 없다.

(2)「지방세특례제한법」제2조 제1항 제8호에서 "직접 사용"을 부동산 소유자가 해당 부동산을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것을 말하는 것이라고 규정하고 있고, 제3자로 하여금 해당 용도에 맞게 사용하도록 하는 것은 직접 사용에 해당되지 않는다 할 것이므로 처분청이 청구법인에게 이 건 취득세 및 이 건 재산세 등을 부과한 처분은 정당하다.

(3) 청구법인이 이 건 사무동을 취득할 당시(2013.5.10.)에는 이 건 창고동은 신축 중에 있었고, 현재 이 건 창고동의 사용현황도 이 건 사무동의 사용현황과 동일하다 할 것이므로 처분청이 이 건 토지의 면적에 이 건 당초비율(19.96%)을 곱한 19,836.7㎡를 쟁점건축물의 부속토지로 보아 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 청구법인이 쟁점부동산을 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 임대하였다고 보아 면제한 취득세 등을 추징한 처분의 당부

② 쟁점건축물의 부속토지에 대한 취득세 등이 적법하게 산출되었는지 여부

나. 관련 법령 : <별지> 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다.

(가) 청구법인은 2012.10.31. 이 건 토지를 OOO에 취득한 후, 처분청으로부터 산업단지에서 산업용 건축물 등을 건축하려는 자가 취득하는 부동산으로 하여 취득세 OOO을 면제받았다.

(나) 청구법인은 2012.12.4. 처분청으로부터 아래 <표3>과 같이 이 건 사무동 및 이 건 창고동 등에 대한 건축허가를 받아 2012.12.10. 착공신고를 하였다.

<표3> 이 건 건축물 및 창고동 등 건축 현황

(단위 : ㎡, %)

(다) 처분청은 2013.5.10. <표3>의 건축물 중 사무동 및 경비동 3,811.94㎡(이 건 사무동)에 대하여 임시사용승인을 하였고, 청구법인은 2013.7.1. 이 건 사무동의 취득(신축)가격 OOO을 과세표준으로 하여 산출한 취득세 OOO을「지방세특례제한법」제78조 제4항에 따라 면제받았다.

(라) 청구법인과 이 건 협력회사들은 2013.6.17. 쟁점부동산에 대한 임대차계약을 아래와 같이 체결하였다.

<쟁점부동산 중 일부에 대한 임대차계약서(발췌)>

(마) 처분청은 2015.7.23. <표3>의 건축물 중 창고동 16,748.33㎡에 대하여 임시사용승인을 하였고, 청구법인은 2015.9.15. 이 건 창고동에 대한 취득가격 OOO을 과세표준으로 하여 산출한 취득세 OOO을「지방세특례제한법」제78조 제4항에 따라 면제받았으며, 처분청은 2015.12.18 <표3> 건축물 20,635.27㎡에 대하여 사용승인을 하였다.

(바) 처분청은 2017년 5월 경, 이 건 사무동에 대한 사용 현황을 현지 조사하여 청구법인이 쟁점부동산을 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 다른 용도로 사용하였다고 보아 <표1> 및 <표2>와 같이 이 건 취득세 등과 이 건 재산세 등을 추징하였으나, 그 당시 이 건 창고동에 대하여도 사용 현황을 조사하였는지 여부와 이 건 취득세 등과 이 건 재산세 등의 추징대상 면적이 서로 다른 이유는 알 수 없다.

(2) 먼저, 쟁점①에 대하여 살펴본다.

(가)「지방세특례제한법」제78조 제4항에서 산업단지에서 산업용 건축물 등을 건축하려는 자가 취득하는 부동산에 대해서는 취득세 및 재산세를 면제한다고 규정하고 있고, 같은 조 제5항 제2호에서 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 감면된 취득세 및 재산세를 추징한다고 규정하고 있으며, 같은 법 제2조 제1항 제8호에서 "직접 사용"이란 부동산의 소유자가 해당 부동산을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것을 말한다고 규정하고 있다.

(나) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 2013.5.10. 이 건 사무동 건축물을 신축하고, 1개월 정도 경과한 2013.6.17. 이 건 협력회사들과 쟁점부동산에 대한 임대차계약을 체결한 점, 청구법인과 이 건 협력회사가 체결한 임대차계약서에서 쟁점부동산의 사용 용도를 제한한다거나 임대료를 실제 가치보다 낮게 책정하였다 하더라도 이러한 사실만으로 청구법인이 쟁점부동산을 임대하지 않은 것이라 할 수는 없는 점, 취득세 등을 면제받은 부동산을 임대한 경우 그 임차인이 해당 용도로 사용한다 하더라도「지방세특례제한법」제2조 제1항 제8호에서 규정한 ‘직접 사용’에 해당하지 않는 점, 물류사업용 부동산에 대한 취득세 등의 감면은 지방세특례제한법령을 따라야 하므로 법인세법령 등 다른 법령에서 규정한 내용을 그대로 적용할 수는 없는 점 등에 비추어 청구법인은 쟁점부동산을 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 다른 용도(임대)로 사용하였다고 할 것이므로 청구법인이 쟁점부동산을 사실상 직접 사용하고 있는 것으로 보아야 한다는 청구주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다.

(3) 다음으로 쟁점②에 대하여 살펴본다.

(가)「지방세법」제20조 제3항에서 이 법 또는 다른 법령에 따라 취득세를 비과세, 과세면제 또는 경감받은 후에 해당 과세물건이 취득세 부과대상 또는 추징대상이 되었을 때에는 제1항에도 불구하고 그 사유 발생일부터 30일 이내에 해당 과세표준에 제11조부터 제15조까지의 세율을 적용하여 산출한 세액을 신고하고 납부하여야 한다고 규정하고 있을 뿐 건축물의 부속토지에 대한 안분 방법에 대하여는 별도로 규정하고 있지 아니하나, 취득세 등을 면제받은 건축물의 일부가 추징대상이 되는 경우 그 부속토지 면적은 당해 토지에 소재하는 건축물의 총 연면적에서 추징대상 건축물의 연면적이 차지하는 비율을 당해 토지의 면적에 곱하여 산정하는 것이 타당하다고 할 것이다.

(나) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살피건대, 처분청이 이 건 사무동에 대한 현장 조사 당시 이 건 토지에는 <표3>의 건축물 20,635.27㎡ 전부가 소재하고 있는 점, 물류 보관 및 운송업무 등을 지원하는 청구법인의 부서와 이 건 협력업체가 이 건 사무동을 사용한다고 하여 이 건 사무동의 직접 사용 비율이 이 건 창고동의 그 것과 동일하다고 볼 수는 없는 점, 이 건 사무동과 이 건 창고동의 경우 같은 날 착공하였고 건축면적도 확정되었으므로 그 부속토지의 면적도 착공 당시 이미 확정되었다고 볼 수 있는 점, 건축물의 경우 부속토지 면적은 해당 건축물의 면적이 건축물의 총 면적에서 차지하는 비율을 기준으로 산정되는 것이므로 이 건 사무동의 부속토지는 이 건 토지 99,408㎡의 18.47%인 18,363㎡이고 나머지 토지 81,044㎡는 이 건 창고동 등의 부속토지에 해당하는 점, 부속토지에 대하여 면제한 취득세를 과세하고자 한다면 해당 건축물의 과세대상 면적이 우선 산정되어야 하나 처분청은 이 건 창고동의 건축물(16,748.33㎡)에 대하여 과세대상 면적을 산정하지 않은 점, 이 건 토지 중 취득세 등의 과세대상 면적은 이 건 사무동의 부속토지(18,363㎡)에 이 건 당초비율(19.96%)를 곱한 3,664㎡(이 건 재산세 등의 과세대상 면적)로 보아야 하는 점 등에 비추어 취득세 등의 추징대상이 되는 쟁점건축물의 부속토지는 이 건 토지 중 3,664㎡로 보는 것이 타당하므로 처분청이 이를 초과하는 면적에 대하여 과세한 취득세 등은 취소하는 것이 타당하다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로「지방세 기본법」제96조 제4항,「국세기본법」제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

<별지> 관련 법령

(1) 지방세특례제한법(2013.1.1. 법률 제11618호로 개정된 것)

제58조[벤처기업 등에 대한 과세특례] ③「벤처기업육성에 관한 특별조치법」제17조의2 에 따라 지정된 신기술창업집적지역에서 산업용 건축물ㆍ연구시설 및 시험생산용 건축물로서 대통령령으로 정하는 건축물(이하 "산업용 건축물등"이라 한다)을 신축하거나 증축하려는 자(공장용 부동산을 중소기업자에게 임대하려는 자를 포함한다)가 취득하는 부동산에 대하여는 2014년 12월 31일까지 취득세를 면제하고, 그 부동산에 대한 재산세의 납세의무가 최초로 성립하는 날부터 5년간 재산세의 100분의 50을 경감한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 감면된 취득세 및 재산세를 추징한다.

제78조[산업단지 등에 대한 감면] ④ 제1호 각 목의 지역(이하 "산업단지등"이라 한다)에서 취득하는 부동산에 대해서는 제2호 각 목에서 정하는 바에 따라 지방세를 감면한다.

1. 대상 지역

가.「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 따라 지정된 산업단지

2. 감면 내용

가. 산업용 건축물 등을 건축하려는 자(공장용 부동산을 중소기업자에게 임대하려는 자를 포함한다)가 취득하는 부동산에 대해서는 2014년 12월 31일까지 취득세를 면제한다.

다. 가목의 부동산에 대한 해당 납세의무가 최초로 성립하는 날부터 5년간 재산세의 100분의 50을 경감(수도권 외의 지역에 있는 산업단지의 경우에는 면제)한다.

⑤ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 제4항에 따라 감면된 취득세 및 재산세를 추징한다.

1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

2. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각(해당 산업단지관리기관 또는 산업기술단지관리기관이 환매하는 경우는 제외한다)ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우

(2) 지방세특례제한법(2014.1.1. 법률 제12175호로 개정된 것)

제2조[정의] ① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

8. "직접 사용"이란 부동산의 소유자가 해당 부동산을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것을 말한다.

(3) 지방세특례제한법 시행령(2013.1.1. 대통령령 제24297호로 개정된 것)

제29조[산업용 건축물 등의 범위] 법 제58조 제3항 본문에서 "대통령령으로 정하는 건축물"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 건축물을 말한다.

2.「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 시행령」제6조 제5항에 따른 폐기물 수집운반ㆍ처리 및 원료재생업, 폐수처리업, 창고업, 화물터미널 또는 그 밖에 물류시설을 설치 및 운영하는 사업, 운송업(여객운송업은 제외한다), 산업용기계장비임대업, 전기업 및 농공단지에 입주하는 지역특화산업용 건축물,「도시가스사업법」 제2조 제5호에 따른 가스공급시설용 건축물 및「집단에너지사업법」제2조 제6호에 따른 집단에너지공급시설용 건축물

(4) 지방세법

제20조[신고 및 납부] ③ 이 법 또는 다른 법령에 따라 취득세를 비과세, 과세면제 또는 경감받은 후에 해당 과세물건이 취득세 부과대상 또는 추징 대상이 되었을 때에는 제1항에도 불구하고 그 사유 발생일부터 30일 이내에 해당 과세표준에 제11조부터 제15조까지의 세율을 적용하여 산출한 세액[경감받은 경우에는 이미 납부한 세액(가산세는 제외한다)을 공제한 세액을 말한다]을 대통령령으로 정하는 바에 따라 신고하고 납부하여야 한다.