이 건 부동산이 공실상태로 방치되어 있는 점 등에 비추어 청구법인이 이를 직접 사용하였다고 보기 어렵고, 인력부족과 금융위기 등으로 직접 사용하지 못한 것은 추징처분을 면할 정당한 사유로 보기도 어려우며, 이 건 재산세의 제척기간 기산일은 이 건 토지의 유예기간(3년)이 만료된 날이라 할 것이므로 그 제척기간이 만료되었다는 청구주장 또한 받아들이기 어렵다고 판단된다.

지방세법」(2010.1.1. 법률 제9924호로 일부개정되기 전의 것) 제276조 제1항(현 「지방세특례제한법」제78조)

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요

가. 청구인은 2008.10.29. OOO내의 OOO토지 5,553.4㎡(이하 "이 건 토지"라 한다)를 매매로 취득하고, 2011.3.28. 이 건 토지상에 공장용 건축물 2,665.5㎡(이하 "이 건 건물"이라 하고, 이 건 토지를 포함하여 "이 건 부동산"이라 한다)를 신축한 후, 처분청으로부터 「지방세법」(2008.12.26. 법률 제9182호로 일부개정되기 전의 것) 제276조 제1항 및 「지방세특례제한법」(2011.12.31. 법률 제11138호로 일부개정되기 전의 것) 제78조 제4항에 따라 ‘산업단지에서 산업용 건축물을 신축하기 위하여 취득하는 부동산’으로 하여 취득세 및 등록세 등을 면제받고,재산세는 이 건 토지 및 이 건 건물의 납세의무가 최초로 성립된 날인 2009.6.1. 및 2011.6.1.부터 각 5년간 감면(100분의 50)받았다.

나.처분청은 2016.9.28. 이 건 부동산에 대한 현지 확인 조사 결과, 이 건 부동산이 공실상태임을 확인하고 청구인이 이 건 부동산을 산업용 건축물인 공장으로 사용하지 않고 있으므로 취득세 등의 추징대상인 것으로 보아 2016.10.4. 취득세 등 과세예고를 거쳐 2016.10.18. 청구인에게 이 건 토지 및 이 건 건물에 대한 취득세 등 합계 OOO과 재산세 등 합계 OOO을 아래 <표1> 및 <표2>와 같이 각 부과·고지하였다.

<표1> 이 건 취득세 등 부과내역

(단위 : 원)

<표2> 이 건 재산세 등 부과내역

(단위 : 원)

다.청구인은 이에 불복하여 2017.1.11. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 대법원은 산업용 건축물 등을 신축 또는 증축하고자 하는 경우 그 취득 부동산에 대한 취득세 등을 면제하면서도 그 단서에서 감면된 취득세 등의 추징규정을 둔 취지, 건물의 착공행위는 토지를 건축물 등의 용도로 직접사용하는 행위라기보다는 이를 위한 준비행위에 불과한 점 등을 종합해 볼 때 산업용 건축물 등을 신축할 목적으로 취득한 토지에 취득세 등의 감면규정을 적용함에 있어서는 특별한 사정이 없는 한 그 신축한 건축물에 대하여 사용승인을 받은 시점에서 그 토지를 산업용 건축물 등의 용도로 직접 사용하는 것으로 봄이 상당하다고 판시(대법원 2008.5.29. 선고 2008두3319 판결)하고 있는바, 청구인은 2008.10.29. 이 건 토지를 취득한 후 2011.3.28. 이 건 건물을 신축하여 취득일부터 3년 이내에 직접 사용하였으므로 이 건 토지에 대하여 취득세 등을 추징한 것은 부당하다.

(2)청구인은 2011.2.1. 이 건 부동산에 OOO로 사업자등록을 하고 2011.3.28. 이 건 건물에 대한 사용승인을 받은 후, 곧바로 공장 기계설비 등을 갖추어 목적대로 사용을 시작하였으며 2011.9.28. 주식회사 OOO과 2011.11.8. OOO에 OOO신청을 위한 업무대행을 의뢰하고, 2015.4.14.자로 공장등록신청 승인을 받았는바, 이와 같이 이 건 건물에 대한 준공 전후로 설비를 준비함과 동시에 아래 <표3>과 같이 7명의 직원을 신규로 채용하여 기존 사업장(서울 OOO소재 : 장애인보장구 제조업)의 근로자들과 함께 근무하며 기술 교육을 시킨 후, 2011.6.1.경부터 약 9개월여동안 제품생산에 필요한 시설을 설치 및 가동하였다.

<표3> 직원 채용 명단

그러나, 장애인 직원들의 상시 근무자 전환 문제로 기 배치된 직원이 기존사업장으로 복귀함에 따라 사업특성에 맞는 신규 직원을 채용하는데 많은 어려움을 겪는 등 현재까지 인력수급의 난관에 부딪혀 사업을 정상적으로 운영하지 못해 이자와 각종 공과금 등의 비용손실을 감수하면서 사업 정상화를 위해 각고의 노력을 다하고 있으므로 이 건 부동산을 유예기간 내 직접 사용하지 못한 데에 대한 정당한 사유를 인정하여야 한다.

(3) 처분청은 이 건 토지에 대하여 2009년도부터 2013년도까지의 재산세 OOO을 부과하였으나, 「지방세기본법」제38조 제4항 및 같은 법 시행령 제19조 제2항 제3호에 따라 ‘비과세 또는 감면받은 세액을 부과할 사유가 발생한 날’로부터 5년의 부과제척기간이 적용되어야 하는바, 이 건 청구가 인정되지 않는다고 하더라도 이 건 토지에 대한 재산세 2009년도분과 2010년도분은 부과제척기간이 경과하였으므로 위법한 부과처분에 해당한다.

나. 처분청 의견

(1) 청구인이 제출한 대차대조표와 손익계산서에서 공장 운영을 증명할 기계장치 및 공구 등의 자산이 OOO원이고 제조활동을 증명할 매출액, 매출원가 및 급여도 모두 OOO원인 점을 고려할 때 9개월 동안 공장 운영을 하였다고 인정하기도 어렵고, 토지에 건축물만 사용승인을 받았다고 하여 이 건 토지 및 이 건 건물을 ‘직접 사용’하였다고 보기 어려우므로 이 건 취득세 등의 부과처분은 정당하다.

(2)또한, 취득 토지를 공장용 건축물 등의 용도에 직접 사용하지 못한 사유가 행정관청의 사용 금지·제한 등 외부적인 사유로 인한 것이거나 또는 내부적으로 토지를 공장용 건축물 등의 용도에 사용하기 위하여 정상적인 노력을 하였음에도 불구하고 시간적인 여유가 없거나 기타 객관적인 사유로 인하여 부득이 위 용도에 사용할 수 없는 경우를 말하는 것이고, 토지의 취득자가 그 자체의 자금사정이나 수익상의 문제 등으로 공장용 건축물 등 용도에 직접 사용하기를 포기한 경우 이에 포함되지 아니한다 할 것(대법원 2003.12.12. 선고 2003두9978 판결, 같은 뜻임)이므로 이는 정당한 사유로 인정할 수 없어 이 건 부동산에 대하여 취득세 등을 부과한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

① 산업단지에서 산업용 건축물을 신축하기 위하여 이 건 토지를 취득하고 그 지상에 이 건 건물을 신축하여 사용을 개시하였으므로 이 건 부동산을 유예기간 내에 직접 사용하였다는 청구주장의 당부

② 이 건 부동산을 유예기간 내에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있는지 여부

③ 이 건 토지에 대한 재산세 부과처분 중 2009년도 및 2010년도분의 부과제척기간 도과 여부

나. 관련 법령

(1) 지방세기본법(2016.12.27. 법률 제14474호로 전부개정되기 전의 것)

제38조(부과의 제척기간) ① 지방세는대통령령으로 정하는 바에 따라 부과할 수 있는 날부터 다음 각 호에서 정하는 기간이 만료되는 날까지 부과하지 아니한 경우에는 부과할 수 없다.(단서 생략)

1. 납세자가 사기나 그 밖의 부정한 행위로 지방세를 포탈하거나 환급 또는 경감받은 경우에는 10년

2. 납세자가 법정신고기한까지 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우에는 7년

3.그 밖의 경우에는 5년

④ 제1항 각 호에 따른 지방세를 부과할 수 있는 날은 대통령령으로 정한다.

(2) 지방세기본법 시행령(2017.3.27. 대통령령 27958호로 전부개정되기 전의 것)

제18조(제척기간의 기산일) ①법 제38조 제1항 각 호 외의 부분 본문에 따른 지방세를 부과할 수 있는 날은 다음 각 호에 해당하는 날로 한다.

1. 법 또는 지방세관계법에서 신고납부하도록 규정된 지방세의 경우에는 해당 지방세에 대한 신고기한의 다음 날. 이 경우 예정신고기한, 중간예납기한 및 수정신고기한은 신고기한에 포함되지 아니한다.

2.제1호에 따른 지방세 외의 지방세의 경우에는 해당 지방세의 납세의무성립일

② 다음 각 호에 해당하는 날은 제1항에도 불구하고 지방세를 부과할 수 있는 날로 한다.

3. 비과세 또는 감면받은 세액 등에 대한 추징사유가 발생하여 추징하는 경우에는 비과세 또는 감면받은 세액 등을 징수할 수 있는 사유가 발생한 날

(3) 지방세법(2010.1.1. 법률 제9924호로 일부개정되기 전의 것)

제276조 (산업단지 등에 대한 감면) ①「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 의하여 지정된 산업단지와 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」에 의한 유치지역 및 「산업기술단지 지원에 관한 특례법」에 의하여 조성된 산업기술단지안에서산업용 건축물·연구시설 및 시험생산용 건축물로서 대통령령이 정하는 건축물(이하 이 조에서 "산업용 건축물등"이라 한다)을 신축하거나 증축하고자 하는 자(공장용 부동산을 중소기업자에게 임대하고자 하는 자를 포함한다)가 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하고,그 부동산에 대한 재산세는 당해 납세의무가 최초로 성립되는 날부터 각각 5년간 100분의 50을 경감(「수도권정비계획법」 제2조제1호의 규정에 의한 수도권외의 지역에 소재하는 산업단지의 경우에는 면제)한다.다만, 그 취득일부터 3년내에 정당한 사유없이 산업용 건축물등의 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 산업용 건축물등의 용도로 직접 사용하지 아니하고 매각(당해 산업단지관리기관 또는 산업기술단지관리기관이 환매하는 경우를 제외한다)하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세·등록세 및 재산세를 추징한다.

④ 제1항 및 제2항의 규정에 의한 공장의 범위와 적용기준은 행정안전부령으로 정한다.

(4)지방세특례제한법(2011.12.31. 법률 제11138호로 일부개정되기 전의 것)

제78조(산업단지 등에 대한 감면) ④ 「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 따라 지정된 산업단지와 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」에 따른 유치지역 및 「산업기술단지 지원에 관한 특례법」에 따라조성된 산업기술단지에서 산업용 건축물등을 신축하거나 증축하려는 자(공장용 부동산을 중소기업자에게 임대하려는 자를 포함한다)가 취득하는 부동산에 대하여는 2012년 12월 31일까지 취득세를 면제하고,그 부동산에 대한 해당 납세의무가 최초로 성립하는 날부터 5년간 재산세의 100분의 50을 경감(수도권 외의 지역에 있는 산업단지의 경우에는 면제)한다.다만, 그 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 산업용 건축물등의 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 산업용 건축물등의 용도로 직접 사용하지 아니하고 매각(해당 산업단지관리기관 또는 산업기술단지관리기관이 환매하는 경우는 제외한다)·증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우에 해당 부분에 대하여는 감면된 취득세 및 재산세를 추징한다.

⑤ 제2항 및 제4항에 따른 공장의 업종 및 그 규모, 감면 등의 적용기준은 행정안전부령으로 정한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 내용이 확인된다.

(가) 청구인은 2008.10.29. OOO내의 이 건 토지를 OOO로부터 취득하고, 2010.9.10. 이 건 토지상에 이 건 건물을 착공하였으며, 2011.3.28. 용도를 공장 및 사무실로 하여 이 건 건물 2동(가동연면적1,336.5㎡, 나동연면적1,329㎡)을 준공하였다.

(나) 청구인(업소명 : OOO)은 2012.1.17. OOO으로부터 「의료기기법」에 따라 이 건 토지를 소재지로 하여 의료기기 제조업 허가를 받았고, ‘OOO·부목, OOO’을 제품명으로 하여 의료기기 제조품목이 신고수리되었다.

(다) 청구인의 2011년부터 2015년까지의 표준재무제표에 의하면 사업을 영위하였다고 판단할 수 있는 항목들인 매출채권, 재고자산, 기계장치, 매출액(상품 및 제품)이 모두 OOO원으로 기재되어 있고 판매비 및 관리비의 경우 세금과공과, 지급수수료, 전력비 및 기타 계정에서 일부 비용만 발생된 것으로 나타난다.

(라) 청구법인이 이 건 부동산에서 공장을 운영하였다고 주장하며 사업자등록증, 현황 사진, 전자세금계산서, 공장등록증명서 등을 제출하였는바, 그 내용은 다음과 같다.

1) 사업자등록증에 의하면 청구인은 상호를 OOO로, 업태 및 종목을 제조업 및 정형외과용품으로, 사업장을 이 건 부동산으로 하여 2011.2.1. 사업을 개시하였고, 이 건 부동산사업장 외에 서울특별시 용산구에 동일 상호로 하여 사업장이 있는 것으로 나타난다.

2) 2011년 5월 촬영하였다고 제출한 제조시설 현황 사진에 의하면 이 건 건물 내부는 제품 및 자재보관실, 재단실, 의수족 조립실, 척추보조기 성형실 등으로 구획되어 있고 각 구획된 공간에 재봉틀, 집기비품, 조립에 필요한 공기구 등이 일부 비치되어 있으나 제조를 위한 기계설비 등은 구비되어 있지 않은 것으로 확인된다.

3) 전자세금계산서(2건) 등에서 청구인은 2011.9.28. 및 201.11.8. 주식회사 OOO등 외 1곳에 기술문서 심사 등을 의뢰(공급가액 OOO)한 것으로 나타난다.

4) 공장등록(신청)증명서에 의하면 청구인은 2015.4.14. 이 건 부동산을 공장소재지로, 공장의 업종(분류번호)을 정형외과용 및 신체보정용 기기 제조업으로 하여 공장등록하였으나 사업시작일은 미기재되어 있고 신고 당시 제출한 제조시설명세서에 연삭기1, PP성형기1, 진공흡착기1, 공기압축기1, 그라인더1, 육절기1, 드릴링머신4, 미싱2, 집진기1이 기재되어 있다.

5) OOO이 발급한 보험가입자 명부는 이 건 부동산 사업장이 아닌 서울특별시 소재 사업장의 가입자 명부인 것으로 확인된다.

6)청구인의 홈페이지 캡쳐에 의하면 2010.7.20. 및 2012.10.10. 근무처를 OOO으로 하여 미싱사 등을 구인공고하였음을 알 수 있다.

(마) 처분청이 2016.9.28. 이 건 부동산에 현지출장한 후 작성한 결과보고서에 의하면 이 건 부동산의 사용실태가 ‘건축물 준공상태로 제조공장 미가동, 공장건물 공실로 관리 안됨’이라고 기재되어 있고, 첨부된 현황 사진에서 이 건 건물 중 가동 내부는 공실상태, 나동은 외부 잠김상태로 나타난다.

(바) 처분청은 2016.10.13. 청구법인에게 이 건 부동산에 대한 재산세 등을 부과하면서 이 건 토지(2008.10.29. 취득) 및 이 건 건물(2011.3.28. 취득)의 추징사유 발생일을 3년 유예기간 만료시점인 2011.10.29. 및 2014.3.28.로 하여, 이 건 토지는 2009년도부터 2013년도까지, 이 건 건물은 2011년도부터 2015년도까지 각 5년간 감면된 세액을 추징하였다.

(사) 한편, 청구인의 대리인은 2017.4.25. 조세심판관회의에 출석하여 청구인은 장애인 보장구 제조업을 영위하기 위하여 이 건 토지를 취득하고 이 건 건물을 신축하였으나 준비기간(6월)을 거쳐 실질적으로 공장을 가동한 기간이 3개월 정도된 상황에서 근무를 희망하는 직원(주로 장애인)의 미채용 및 서울사업장에서 파견된 직원들의 퇴사 등으로 인해 공장가동이 중단된 이후 심리일 현재까지 이 건 건물이 방치 상태에 있다고 진술하였다.

(2) 「지방세법」(2010.1.1. 법률 제9924호로 전부개정되기 전의 것) 제276조 제1항 및 「지방세특례제한법」제78조 제4항은 ‘산업단지에서 산업용 건축물등을 신축하고자 하는 자가 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를 면제하고, 그 부동산에 대한 재산세는 당해 납세의무가 최초로 성립되는 날부터 각각 5년간 100분의 50을 경감하되, 그 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 산업용 건축물 등의 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 등에는 감면된 취득세 및 재산세를 추징한다’고 규정하고 있다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, 먼저 쟁점①에 대하여 살펴본다.

(가) 청구인은 이 건 토지에 이 건 건축물을 신축하였으므로 이 건 토지를 직접 사용하였다는 주장이나, 토지에 건축물을 신축하였다하여 그 토지를 직접 사용한 것으로 보게 되면 건축물이 다른 용도로 사용된 경우에 그 부속토지도 해당 용도에 직접 사용된 것이 아님에도 면제된 취득세 등을 추징할 수 없게 되므로 감면된 토지에 대한 ‘산업용 건축물 등의 용도에의 직접 사용’ 여부는 지상에 건축된 건축물의 사용용도에 따라 판단하여야 할 것인바, 취득한 토지를 당해 업종의 용도에 직접 사용한다고 할려면 토지에 건축물을 건축하였다는 것만으로는 부족하고, 취득 이후에도 당해 업종의 영업을 개시하여 사업을 지속적으로 영위하여야 할 것(대법원 2013.3.14. 선고 2012두25200 판결, 같은 뜻임)이다.

(나) 청구인의 진술, 제출된재무제표 등에서 제조활동을 하였다고 볼 만한 사업내역이 나타나지 않는 등청구인이 이 건 토지를 취득하여 이 건 건물을 준공 후 사업을 영위하였다는 객관적 증빙이 확인되지 않는 점, 설령 준비기간을 거쳐 사업을 개시하였다 하더라도 그 이후부터 심리일 현재까지 이 건 건물이 공실상태로 방치되어 있는 점등에 비추어 청구인이 실질적으로 이 건 건물을 유예기간 내에 직접 사용하였다고 볼 수 없고 사정이 이와 같다면 이 건 건물의 부속토지인 이 건 토지 역시유예기간 내에 직접 사용한 것으로 볼 수는 없다 하겠다.

(4) 다음으로, 쟁점②에 대하여 살펴본다.

(가) 감면된 취득세 등의 추징배제사유인 "정당한 사유"란 법령에 의한 금지·제한 등 납세의무자가 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 목적사업에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였으나 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함하며, 정당한 사유의 유무를 판단할 때에는 부동산의 취득목적에 비추어 그 목적사업에 직접 사용하거나 건축공사에 착공하는 데 걸리는 준비기간의 장단, 그 사업에 사용할 수 없거나 건축공사에 착공할 수 없는 법령상, 사실상의 장애사유 및 장애정도, 납세의무자가 목적사업에 사용하거나 건축공사에 착공하기 위하여 진지한 노력을 다하였는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 하여야 할 것(대법원 2014.2.13. 선고 2013두18582 판결, 같은 뜻임)이다.

(나) 청구인은 직원 채용상의 어려움 및 금융위기 등으로 이 건 부동산을 직접 사용하지 못한 것이므로 정당한 사유가 있다고 주장하나, 청구인이 이 건 부동산을 산업용 건축물 등의 용도에 직접 사용함에 있어서 법령에 의한 금지·제한 등 객관적으로 불가능한 사유가 있었던 것은 아니고 단지 근무할 직원의 채용 문제와 경제적 사정의 어려움에 따른 것으로 이는 청구인의 내부적 사정에 불과한 점 등에 비추어 청구인이 이 건 부동산의 취득일부터 3년 이내에 해당 사업에 직접 사용하지 못한 데에 정당한 사유가 있다고 보기는 어렵다 하겠다.

(5) 마지막으로, 쟁점③에 대하여 살펴본다.

청구인은 이 건 토지에 대한 2009년도 및 2010년도 재산세 등 부과처분은 납세의무성립일을 기산일로 볼 경우 부과제척기간이 도과하였다고 주장하나, 「지방세기본법」제38조에 따라 감면 등을 받은 세액에 추징사유가 발생하는 경우 그 세액 등을 징수할 수 있는 사유가 발생한 날이 부과제척기간의 기산일이 되는 것이므로 이 건 토지의 추징사유 발생일인 유예기간 만료일로부터 5년을 경과하지 아니한 날 부과된 이 건 재산세 등의 부과처분은 정당하다 할 것이다.

따라서 처분청이 청구인에게 한 이 건 취득세 및 재산세 등의 부과처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「지방세기본법」제96조 제4항과 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.