감심2025-134(20260305) 취득세
취득세 등 부과처분에 관한 심사청구
결정요지
주문
이유
1. 원 처분의 요지
가. 청구인은 2020. 6. 15. 전라남도 □ 소재 4층 건물(건물 연면적 998.65㎡, 이하 “이 사건 부동산”이라 한다)을 신축을 원인으로 1,111,036,000원에 취득하였다.
나. 청구인은 2020. 7. 23. 이 사건 부동산 중 2층(노인복지시설 설치, 면적 260.7㎡, 이하 “쟁점 부동산”이라 한다)에 대해 구 「지방세특례제한법」(2020. 8. 12.법률 제17474호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제20조 제2호1)에 따른 세액감면 2,353,710원2)(이하 “쟁점 감면세액”이라 한다)을 차감하여 산출한 취득세 등 계 6,640,800원3)을 신고 · 납부하였고, 이 사건 부동산 중 1 · 3 · 4층(이하 “쟁점 외 부동산”이라 한다)에 대해서는 취득세 등 계 26,254,300원4)을 신고 · 납부하였다.
다. 청구인은 2024. 7. 12. 처분청에 이 사건 부동산에 대해 구 「지방세특례제한법」 제20조 제1호5)를 적용해야 한다는 이유로 취득세 등 계 32,895,100원(쟁점 부동산 6,640,800원+쟁점 외 부동산 26,254,300원)을 돌려달라는 경정청구를 하였다.
라. 처분청은 2024. 8. 29. 청구인이 이 사건 부동산을 취득할 당시 쟁점 외 부동산은 노인복지시설이 아닌 임대상가 등에 사용되었고, 쟁점 부동산은 청구인이 노인복지시설의 대표자(설치자)인 청구인의 배우자 ●(이하 “배우자”라 한다)에게 임대하였으므로 ‘직접 사용’하지 않았다는 이유로 경정청구 거부처분을 하였다.
마. 처분청은 2024. 10. 17. 청구인은 자신이 소유한 쟁점 부동산을 배우자에게임대하였고 노인복지시설의 대표자는 배우자이므로, 청구인이 쟁점 부동산을 ‘직접 사용’한 것으로 볼 수 없어 쟁점 감면세액을 추징해야 한다는 이유로 취득세 등 계 3,391,970원6)(가산세 1,178,360원 포함)을 부과(이하 “이 사건 부과처분”이라 한다)하였다.
2. 심사청구의 취지와 이유
가. 청구 취지
이 사건의 청구 취지는 이 사건 부과처분을 취소하여 달라는 것이다.
나. 청구 이유
1) 청구인은 쟁점 감면세액을 적용받을 때 건축자가 노인복지시설을 운영하는 대표자가 되어야 한다는 사실을 알지 못했고, 처분청도 감면 이유를 설명하거나 현장 확인 등을 하지 않았다.
2) 처분청 담당자는 노인복지시설의 등록을 준비하던 청구인에게 대표자는노인복지시설과 관계없는 사람도 할 수 있다고 하였으며, 이에 따라 국민건강보험공단 등과 관련된 서류의 원활한 처리를 위해 배우자를 대표자로 하였다.
3) 청구인은 노인복지시설의 인허가를 받기 위해 관련 서류를 제출하면서 처분청의 요구로 배우자와 형식적으로 임대차계약서를 작성하였으며, 임대료를 받지도않았고, 실제로 노인복지시설을 운영하였다.따라서 처분청이 이 사건 부과처분을 한 것은 부당하다.
3. 처분청의 의견
가. 취득세는 신고 · 납부방식의 조세로서 납세의무자가 과세표준과 세액을 정하여 신고함으로써 납세의무가 확정되며, 「지방세특례제한법」 제178조 등에 따르면 감면된 취득세는 사후 추징할 수 있고, 취득세 부과대상이 되었을 때는 그 사유 발생일부터 60일 이내에 신고 · 납부하도록 되어 있는데, 이와 관련하여 처분청은 “감면의무 위반 시 추징 안내”를 송부하였다.
나. 구 「지방세특례제한법」 제2조 제1항 제8호에 따르면 ‘직접 사용’은 부동산의 소유자가 해당 부동산을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것을 말하고, 판례7)에 따르면 부동산 소유자가 모든 권한 및 책임이 귀속되는 대표자가 되어 해당 시설을 노인복지시설로 사용할 때 ‘직접 사용’에 해당하는데, 청구인은 근로자의 지위에 불과한 시설장일 뿐이고 노인복지시설의 대표자인 배우자와 임대차계약을 체결하였으므로 청구인을 사용 주체로 보기 어려운 점 등을고려할 때 이 사건 부과처분을 한 것은 정당하다.
4. 우리 원의 판단
가. 다툼
이 사건의 다툼은 청구인이 쟁점 부동산을 ‘직접 사용’하지 않았다는 이유등으로 이 사건 부과처분을 한 것이 부당한지 여부이다.
나. 인정사실
이 사건 관련 기록 등을 검토해 보면 다음과 같은 사실이 인정된다.
1) 청구인은 2020. 6. 15. 이 사건 부동산을 신축8)을 원인으로 1,111,036,000원에취득하였다.
2) 청구인은 2020년(날짜 모름) 배우자와 함께 쟁점 부동산에 대한 임대차계약서9)를 작성하였다.
3) 배우자는 2020년 7월 청구인과 함께 근로계약서를 작성하였는데, 그 세부내용은 다음과 같다.

4) 청구인은 2020. 7. 21. 사업계획서 등을 첨부하여 구 「지방세특례제한법」제20조 제2호에 따른 감면을 신청하였는데, 사업계획서의 세부내용은 다음과 같다.

5) 처분청은 2020. 7. 22. 청구인에게 쟁점 감면세액을 결정 · 통지하였다.
6) 처분청은 2020. 9. 29. 청구인에게 [표 1]의 신고 내용에 대한 “노인복지시설 설치신고확인증”을 교부하였다.
[표 1] 노인복지시설 신고 내용
시설명 | 시설의 종류 | 대표자 | 시설장 |
행복노인복지센터 | 재가노인복지시설 | 배우자주) | 청구인 |
주: 처분청 및 순천세무서장이 2020. 9. 29. 발급한 “장기요양 지정서” 및 “고유번호증”에도 대표자로 되어 있음
7) 청구인은 2020. 7. 23. 처분청에 쟁점 감면세액을 차감하여 산출한 쟁점 부동산의 취득세 등 계 6,640,800원 및 쟁점 외 부동산의 취득세 등 계 26,254,300원을 납부하였다.
8) 청구인은 2024. 5. 3. 이 사건 부동산 중 1층에 무료 노인요양공동생활시설을 설치하였고, 같은 해 7. 12. 처분청에 이 사건 부동산에 대해 구 「지방세특례제한법」 제20조 제1호를 적용해야 한다는 이유로 취득세 등 계 32,895,100원10)을 돌려달라는 경정청구를 하였다.
9) 처분청은 2024. 8. 21. 현지 출장결과, 쟁점 부동산이 노인복지시설로 사용되고 있다는 사실을 확인하였다.
10) 처분청은 2024. 8. 29. 청구인에게 경정청구 거부처분을 하였는데, 그 사유는 다음과 같다.
가) 청구인이 이 사건 부동산을 취득할 당시 쟁점 외 부동산은 노인복지시설이 아닌 임대상가 등에 사용되었다.
나) 청구인은 쟁점 부동산의 소유자이나 노인복지시설의 시설장일 뿐이며, 배우자가 노인복지시설의 설치 및 운영의 권한과 책임을 갖는 대표자이므로, 청구인은 취득세 감면자격을 갖추지 못하였다.
다) 청구인은 쟁점 부동산의 노인복지시설을 배우자에게 임대하였으므로 쟁점부동산을 ‘직접 사용’하지 않았다
11) 처분청은 2024. 10. 17. 청구인이 노인복지시설의 대표자도 아니고 쟁점 부동산을 ‘직접 사용’하지 않았으므로 쟁점 감면세액을 추징해야 한다는 이유로 이 사건 부과처분을 하였다.
다. 관계 법령
이 사건과 관계되는 법령은 구 「지방세특례제한법」 제20조 제2호 등 [별지]기재와 같다.
라. 판단
구 「지방세법」(2020. 8. 12. 법률 제17473호로 개정되기 전의 것) 제20조 제1항에 따르면 취득세 과세물건을 취득한 자는 그 취득한 날부터 60일 이내에 세율을 적용하여 산출한 세액을 신고 · 납부하도록 되어 있으며, 구 「지방세특례제한법」 제20조 제2호에 따르면 유료 노인복지시설에 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 ‘100분의 25’를 경감하도록 되어 있다. 구 「지방세특례제한법」 제183조 제1항 및 제2항에 따르면 지방세의 감면을 받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 지방세 감면신청을 하여야 하며, 지방세 감면신청을 받은 지방자치단체의 장은 지방세 감면 여부를 결정하도록 되어 있다.
구 「지방세특례제한법」 제178조 제1항 제1호에 따르면 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 ‘직접 사용’하지 아니하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 감면된 취득세를 추징하도록 되어 있다.
구 「지방세특례제한법」 제2조 제1항 제8호에 따르면 ‘직접 사용’이란 부동산· 차량 · 건설기계 · 선박 · 항공기 등의 소유자가 해당 부동산 · 차량 · 건설기계 · 선박 · 항공기 등을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것을 말한다고되어 있다.
위 관계 법령 및 인정사실 등의 내용에 비추어 청구인이 쟁점 부동산을 ‘직접 사용’하지 않았다는 이유 등으로 이 사건 부과처분을 한 것이 부당한지를 살펴보면, ① 처분청은 청구인이 배우자에게 쟁점 부동산을 임대하였으므로 ‘직접 사용’한 것으로 볼 수 없다고 주장하나, ㉮ 청구인이 노인복지시설의 시설장으로 근무하면서 이용자별 재가노인복지 제공계획을 수립하고, 상담 및 직원 교육 등의 업무를 수행하는 등 노인복지시설을 설치 · 운영하기 위하여 쟁점 부동산을 취득한 것으로 보이고, ㉯ 노인복지시설 사업계획서에 따르면 배우자는 이동서비스 운행차량의 운전수로 업무를 수행하는 것으로 되어 있어, 청구인이 실질적으로 의사결정이나 운영에 관한 책임을 지는 역할을 수행하는 것으로 보이며, ㉰ 처분청은 배우자가 대표자로 명시된 사업계획서 등에 근거하여 쟁점 감면세액을 결정한 후 청구인에게 통지하고, 재가노인복지시설(행복노인복지센터) 설치 확인서를 발급하였으며, ㉱ 처분청이 2024. 8. 21. 출장결과, 쟁점 부동산이 노인복지시설로 사용되고 있다는 사실을 확인한 점, ② 처분청이 제시하는 판례11)는 노인복지시설로 사용되는 공유지분(각 2분의 1 지분) 등기 부동산 중 ‘2분의 1’ 지분 소유자가 노인복지시설의 대표자 또는 시설장으로 근무하지 않아 노인복지시설에 관한 의사를 결정하여 이를 대외적으로 표시할 권한이 있었다거나 노인복지시설의 운영에 관한 책임을 지는 역할을 수행하였다고 인정할 수 없어 그 부분에 대해서는 ‘직접사용’이라고 볼 수 없다는 판결로 여러 사실관계가 이 사건 부과처분과 동일하지 않아 이를 그대로 원용하기 어려운 점 등을 종합적으로 고려할 때 청구인이 실질적인 소유자로서 쟁점 부동산을 ‘직접 사용’한 것으로 보아야 하므로 처분청이 이 사건 부과처분을 한 것은 부당하다.
5. 결론
그렇다면 이 사건 심사청구는 이유 있다고 인정되므로 「감사원법」 제46조 제2항에 따라 주문과 같이 결정한다.
---------------------------------------------------------------------------------------------
1) 유료 노인복지시설에 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 25를 경감
2) 2,353,710원=1,961,430원(취득세 감면세액)+392,280원(농어촌특별세 감면세액)
3) 6,640,800원=5,884,260원(취득세)+420,300원(농어촌특별세)+336,240원(지방교육세)
4) 26,254,300원=23,263,310원(취득세)+1,661,660원(농어촌특별세)+1,329,330원(지방교육세)
5) 무료 노인복지시설에 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 면제
6) 취득세 감면 시 납부한 농어촌특별세가 제외되므로 추징세액(2,213,610원)은 쟁점 감면세액보다 적음
7) 대법원 2024. 2. 8. 자 2023두57814 심리불속행 상고 기각 판결(제2심: 수원고등법원 2023. 10. 11. 선고 2022누13479 판결)
8) 청구인은 2019. 10. 31. 건설공사계약을 체결
9) 임대기간 24개월, 임대보증금 10,000,000원 및 임대료 1,000,000원
10) 6,640,800원(쟁점 부동산)+26,254,300원(쟁점 외 부동산)
11) 대법원 2024. 2. 8. 자 2023두57814 심리불속행 상고 기각 판결(제2심: 수원고등법원 2023. 10. 11. 선고 2022누13479 판결)
--------------------------------------------------------------------------------------------
[별지]
관계 법령
□ 구 「지방세법」(2020. 8. 12. 법률 제17473호로 개정되기 전의 것)
○ 제20조(신고 및 납부) ① 취득세 과세물건을 취득한 자는 그 취득한 날(「부동산 거래신고 등에 관한 법률」 제10조 제1항에 따른 토지거래계약에 관한 허가구역에 있는 토지를 취득하는 경우로서 같은 법 제11조에 따른 토지거래계약에 관한 허가를 받기 전에 거래대금을 완납한 경우에는 그 허가일이나 허가구역의 지정 해제일 또는 축소일을 말한다)부터 60일[상속으로 인한 경우는 상속개시이 속하는 달의 말일부터, 실종으로 인한 경우는 실종선고일이 속하는 달의 말일부터 각각 6개월(외국에 주소를 둔 상속인이 있는 경우에는 각각 9개월)] 이내에 그 과세표준에 제11조부터 제15조까지의 세율을 적용하여 산출한 세액을 대통령령으로 정하는 바에 따라 신고하고 납부하여야 한다.
② (생략)
③ 이 법 또는 다른 법령에 따라 취득세를 비과세, 과세면제 또는 경감받은 후에 해당 과세물건이 취득세 부과대상 또는 추진 대상이 되었을 때에는 제1항에도 불구하고 그 사유 발생일부터 60일 이내에 해당 과세표준에 제11조부터 제15조까지의 세율을 적용하여 산출한 세액[경감받은 경우에는 이미 납부한 세액(가산세는 제외한다)을 공제한 세액을 말한다]을 대통령령으로 정하는 바에 따라 신고하고 납부하여야 한다.
④~⑥ (생략)
○ 제21조(부족세액의 추징 및 가산세) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제10조의2부터 제10조의7까지, 제11조부터 제13조까지, 제13조의2, 제13조의3, 제14조 및 제15조의 규정에 따라 산출한 세액(이하 이 장에서 “산출세액”이라 한다) 또는 그 부족세액에 「지방세기본법」 제53조부터 제55조까지의 규정에 따라 산출한 가산세를 합한 금액을 세액으로 하여 보통징수의 방법으로 징수한다.
1. 취득세 납세의무자가 제20조에 따른 신고 또는 납부의무를 다하지 아니한경우
2.~3. (생략)
② (생략)
□ 구 「지방세특례제한법」(2020. 8. 12. 법률 제17474호로 개정되기 전의 것)
○ 제2조(정의) ① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
1.~7. (생략)
8. “직접 사용”이란 부동산 · 차량 · 건설기계 · 선박 · 항공기 등의 소유자가 해당 부동산 · 차량 · 건설기계 · 선박 · 항공기 등을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것을 말한다.
9.~14. (생략)
② (생략)
○ 제20조(노인복지시설에 대한 감면) 「노인복지법」 제31조에 따른 노인복지시설을 설치 · 운영하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 지방세를 2020년 12월 31일까지 감면한다.
1. 대통령령으로 정하는 무료 노인복지시설에 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 면제하고, 과세기준일 현재 노인복지시설에 직접 사용(종교단체의 경우 해당 부동산의 소유자가 아닌 그 대표자 또는 종교법인이 해당 부동산을 노인복지시설로 사용하는 경우를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)하는 부동산에 대해서는 재산세의 100분의 50을 경감한다. 다만, 노인의 여가선용을 위하여 과세기준일 현재 경로당으로 사용하는 부동산(부대시설을 포함한다)에 대해서는 재산세(「지방세법」 제112조에 따른 부과액을 포함한다) 및 같은 법 제146조 제2항에 따른 지역자원시설세를 각각 면제한다.
2. 제1호 외의 노인복지시설에 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 25를 경감하고, 과세기준일 현재 제1호 외의 노인복지시설에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세의 100분의 25를 경감한다.
○ 제178조(감면된 취득세의 추징) ① 부동산에 대한 감면을 적용할 때 이 법에서 특별히 규정한 경우를 제외하고는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는경우 그 해당 부분에 대해서는 감면된 취득세를 추징한다.
1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접사용하지 아니하는 경우
2. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각 · 증여하거나다른 용도로 사용하는 경우
② 이 법에 따라 부동산에 대한 취득세 감면을 받은 자가 제1항 또는 그 밖에이 법의 각 규정에서 정하는 추징 사유에 해당하여 그 해당 부분에 대해서 감면된 세액을 납부하여야 하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자상당액을 가산하여 납부하여야 하며, 해당 세액은 「지방세법」제20조에 따라 납부하여야 할 세액으로 본다. 다만, 파산 등 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 이자상당액을 가산하지 아니한다.
○ 제183조(감면신청 등) ① 지방세의 감면을 받으려는 자는 대통령령으로 정하는
바에 따라 지방세 감면 신청을 하여야 한다. 다만, 지방자치단체의 장이 감면대상을 알 수 있을 때에는 직권으로 감면할 수 있다.
② 제1항에 따른 지방세 감면 신청을 받은 지방자치단체의 장은 지방세 감면 여부를 결정하여야 하고, 감면에 따른 의무사항을 위반하는 경우 감면받은 세액이 추징될 수 있다는 내용과 함께 그 결과를 서면으로 통지하여야 한다. 이 경우 상대방이 전자적 통지를 요청하는 경우에는 전자적 방법으로 통지할 수 있다.
□ 구 「지방세특례제한법 시행령」(2020. 4. 28. 대통령령 제30640호로 개정되기 전의 것)
○ 제126조(감면 신청) ① 법 제183조 제1항 본문에 따라 지방세의 감면을 신청하려는 자는 다음 각 호에서 정하는 기간에 행정안전부령으로 정하는 감면신청서를 관할 시장 · 군수 · 구청장에게 제출하여야 한다.
1. 취득세: 감면대상을 취득한 날부터 60일 이내
2.∼6. (생략)
②∼③ (생략)
□ 구 「지방세특례제한법 시행규칙」(2020. 12. 31. 행정안전부령 제225호로 개정되기 전의 것)
○ 제9조(감면 신청) ① 「지방세특례제한법 시행령」 제126조에 따른 지방세 감면 신청은 별지 제1호 서식에 따른다.
②∼③ (생략)
□ 구 「노인복지법」(2020. 12. 29. 법률 제17776호로 개정되기 전의 것)
○ 제31조(신고 및 납부) 노인복지시설의 종류는 다음 각 호와 같다.
1. 노인주거복지시설
2. 노인의료복지시설
3. 노인여가복지시설
4. 재가노인복지시설
5. 노인보호전문기관
6. 제23조의2 제1항 제2호의 노인일자리지원기관
7. 제39조의19에 따른 학대피해노인 전용쉼터
○ 제39조(재가노인복지시설의 설치) ① 국가 또는 지방자치단체는 재가노인복지시설을 설치할 수 있다.
② 국가 또는 지방자치단체외의 자가 재가노인복지시설을 설치하고자 하는 경우에는 시장 · 군수 · 구청장에게 신고하여야 한다.
③ 시장 · 군수 · 구청장은 제2항에 따른 신고를 받은 경우 그 내용을 검토하여이 법에 적합하면 신고를 수리하여야 한다.
④ 재가노인복지시설의 시설, 인력 및 운영에 관한 기준과 설치신고 등에 관하여 필요한 사항은 보건복지부령으로 정한다.
□ 구 「노인복지법 시행규칙」(2020. 6. 19. 보건복지부령 제735호로 개정되기 전의 것)
○ 제28조(재가노인복지시설의 설치신고 등) ① 법 제39조에 따라 재가노인복지시설을 설치하려는 자는 별지 제20호 서식의 재가노인복지시설설치신고서(전자문서로 된 신고서를 포함한다)에 다음 각 호의 서류(전자문서를 포함한다)를첩부하여 특별자치시장 · 특별자치도지사 · 시장 · 군수 · 구청장에게 제출해야 한다.
1. 설치하려는 자가 법인인 경우에는 정관 1부
2. 위치도, 평면도 및 설비구조내역서 각 1부(주 · 야간보호서비스 또는 단기보호서비스를 제공하려는 경우에만 제출한다)
3. 이용료, 그 밖에 이용자의 비용부담 관계서류 1부
4. 사업계획서(사업대상 및 서비스내용을 포함한다) 1부
5. 시설을 설치할 토지 및 건물의 소유권 또는 사용권을 증명할 수 있는 서류 각 1부(주 · 야간보호서비스 또는 단기보호서비스를 제공하려는 경우에만 제출하되, 특별자치시장 · 특별자치도지사 · 시장 · 군수 · 구청장이 「전자정부법」제36조 제1항에 따른 행정정보의 공동이용을 통하여 소유권 또는 사용권에 대한 정보를 확인할 수 있는 경우에는 그 확인으로 첨부서류를 갈음한다)
6. 「전기사업법 시행규칙」 제38조 제3항에 따른 전기안전점검확인서(방문요양서비스, 방문목욕서비스, 방문간호서비스 및 복지용구지원서비스를 제공하려는 경우는 제외한다)
7. 「의료기기법 시행규칙」 제37조 제2항에 따른 의료기기 판매(임대)업 신고증 사본 1부(복지용구지원서비스를 제공하려는 경우에만 제출한다)
② 제1항에 따라 신고서를 제출받은 특별자치시장 · 특별자치도지사 · 시장 ·군수 · 구청장은 「전자정부법」 제36조 제1항에 따른 행정정보의 공동이용을 통하여 법인 등기사항증명서(법인인 경우만 해당한다) · 건물등기부 등본 및 토지등기부 등본을 확인하여야 한다.
③ 특별자치시장 · 특별자치도지사 · 시장 · 군수 · 구청장은 제1항에 따라 재가노인복지시설의 설치신고를 수리한 때에는 별지 제15호 서식의 노인복지시설 설치신고확인증을 신고인에게 발급해야 한다.