청구인은 이 사건 부동산을 유지재단에 명의신탁한 기간에도 사실상 취득자의 지위에서 종교시설로 직접 사용하였으므로 직접 사용기간이 2년 이상이라고 주장하나, 명의신탁 해지를 원인으로 소유권이전등기를 마치기 전까지는 청구인을 이 사건 부동산의 소유자 또는 사실상 취득자로 볼 수 없고, 청구인 명의로 소유권이전등기를 마친 때부터 대표자에게 소유권을 이전할 때까지 약 4개월 동안만 소유자의 지위에서 직접 사용한 것으로 보아야 하므로, 「지방세특례제한법」 제50조 제1항 제3호에 따라 면제된 취득세 등을 추징한 처분은 잘못이 없음.

심사청구를 기각한다.

1. 원 처분의 요지

  가. 청구인은 2021. 11. 2. ●1)(이하 “○○재단”이라 한다)의 소유로 되어 있는 서울특별시 중랑구 B (이하 “이 사건 부동산”이라 한다)에 대하여 명의신탁 해지를 원인으로 한 소유권이전등기를 청구하는 소를 제기하였다.

  나. 청구인은 2022. 11. 1. 소유권이전등기청구의 소에서 승소2)한 이후 2023. 7. 4. 이 사건 부동산에 대한 취득세 등 계 16,758,000원을 신고·납부하였고, 2023. 8. 18. 청구인 명의로 소유권이전등기를 마쳤다.

  다. 청구인은 2023. 10. 4. 이 사건 부동산이 구 ｢지방세특례제한법｣(2023. 12. 29. 법률 제19862호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제50조 제1항에 따라 종교단체가 해당 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산으로서 취득세 감면대상에 해당한다며 기납부한 취득세 등을 전액 환급하여 달라는 경정청구를 하였고, 처분청은 이를 승인하여 취득세 등을 환급하였다.

  라. 청구인은 2023. 12. 12. ♣(청구인의 대표자, 이하 “대표자”라 한다)에게 이 사건 부동산의 소유권을 이전(이하 “이 사건 소유권이전”이라 한다)하였다.

  마. 처분청은 2024. 6. 10. 이 사건 소유권이전이 이 사건 부동산을 종교시설로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각․증여하거나 다른 용도로 사용한 경우에 해당한다며 구 ｢지방세특례제한법｣ 제50조 제1항 제3호에 따라 취득세 등 계 20,657,870원3)(가산세 포함)을 부과․고지(이하 “이 사건 부과처분”이라 한다)하였다.

 

 

2. 심사청구의 취지와 이유

가. 청구 취지

이 사건의 청구 취지는 이 사건 부과처분을 취소하여 달라는 것이다.

 

나. 청구 이유

청구인은 2017. 6. 26. 이 사건 부동산을 취득하면서 개별 교회재산을 소속 교단의 명의로 등기하는 관례에 따라 유지재단에 명의신탁하였으나, 명의신탁한 기간에 이 사건 부동산의 사실상 취득자로서 이 사건 부동산을 대표자의 사택으로 직접 사용하였으므로 청구인이 이 사건 부동산을 종교시설로 직접 사용한 기간은 2017. 6. 26.부터 이 사건 소유권이전(2023. 12. 12.) 직전까지 6년 이상인데도 2년 미만이라고 보아 이 사건 부과처분을 한 것은 부당하다.

 

 

 

3. 처분청의 의견

｢지방세법｣ 제7조 제1항 등에 따르면 취득은 소유권이전 형식에 따른 부동산취득의 모든 경우를 말하는 것으로서 명의신탁이나 명의신탁 해지로 인한 소유권 이전등기를 마친 경우도 포함하는바, 청구인이 명의신탁 해지로 소유권이전등기를 마친 때에 납세의무가 성립하였고 그로부터 2년이 지나지 않은 때에 이 사건 소유권이전이 이루어졌으므로 이 사건 부과처분은 정당하다.

 

4. 우리 원의 판단

가. 다툼

이 사건의 다툼은 이 사건 소유권이전이 구 ｢지방세특례제한법｣ 제50조 제1항 제3호에 따라 취득세 추징대상에 해당하는지 여부이다.

나. 인정사실

이 사건 관련 기록 등을 검토해 보면 다음과 같은 사실이 인정된다.

  1) 청구인은 예배, 전도, 성경교육 등을 목적사업으로 하는 종교단체로 ■총회에 소속되어 있다.

  2) 유지재단은 2017. 6. 26. 이 사건 부동산을 취득4)하면서 종교단체가 해당 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 해당한다는 사유로 취득세를 감면받았다.

  3) 대표자는 2017. 6. 26. 이 사건 부동산으로 전입신고하였다.

  4) 청구인은 서울중앙지방법원에 유지재단을 상대로 이 사건 부동산에 대한 명의신탁 해지를 원인으로 한 소유권이전등기를 청구하는 소를 제기하여 2022.11. 1. 승소하였다.

  5) 청구인은 2023. 7. 4. 이 사건 부동산에 대한 취득세 등 계 16,758,000원을 신고·납부하였고, 같은 해 8. 18. 청구인 명의로 소유권이전등기를 마쳤다.

  6) 청구인은 2023. 10. 4. 이 사건 부동산이 구 ｢지방세특례제한법｣ 제50조 제1항에 따라 종교단체가 해당 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산으로서 취득세 감면대상에 해당한다는 이유로 기납부한 취득세 등을 환급하여 달라는 경정청구를 하였고, 처분청은 이를 승인하여 취득세 등을 환급하였다.

  7) 이 사건 부동산의 소유권은 [표]와 같이 2017. 6. 26. 매매를 원인으로 유지재단에 이전되었고, 2023. 8. 18. 명의신탁 해지를 원인으로 청구인에게 이전되었으며, 2023. 12. 12. 대물변제5)를 원인으로 대표자에게 이전되었다.

 

  [표] 이 사건 부동산의 소유권 변동 내역

 

등기목적	접수일	등기원인	소유자	비고
소유권 이전	2017. 6. 26.	매매	유지재단	대표자와 그 가족의 상속재산 등이 매매자금 원천
	2023. 8. 18.	명의신탁 해지	청구인	유지재단 → 청구인
	2023. 12. 12.	대물변제	대표자	청구인 → 대표자 (이 사건 소유권이전)

 

   8) 처분청은 이 사건 소유권이전이 청구인이 이 사건 부동산을 종교시설로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각․증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우에 해당한다고 보아 2024. 2. 20. 취득세 등 계 20,599,200원을 부과․고지한다는 과세예고 통지를 하였다.

  9) 청구인은 2024. 3. 13. 서울특별시장에게 과세전적부심사청구를 하였고, 서울특별시장은 같은 해 5. 16. 과세전적부심사청구에 대해 ‘불채택’ 결정을 하였다.

  10) 처분청은 2024. 6. 10. 청구인에게 이 사건 부과처분을 하였다.

 

다. 관계 법령

이 사건과 관계되는 법령은 구 ｢지방세특례제한법｣ 제50조 등 [별지] 기재와같다.

라. 판단

｢지방세법｣ 제7조 제1항에 따르면 취득세는 부동산 등을 취득한 자에게 부과하도록 되어 있고, 같은 조 제2항에 따르면 부동산 등의 취득은 ｢민법｣, ｢자동차관리법｣ 등 관계 법령에 따른 등기ㆍ등록 등을 하지 아니한 경우라도 사실상취득하면 각각 취득한 것으로 보고 해당 취득물건의 소유자 또는 양수인을 각각 취득자로 한다고 되어 있다.

구 ｢지방세특례제한법｣ 제50조 제1항 제3호에 따르면 종교단체가 종교행위를 목적으로 하는 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 면제하되 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우에는 면제된 취득세를 추징한다고 되어 있다. 부동산 취득세는 재화의 이전이라는 사실 자체를 포착하여 거기에 담세력을 인정하고 부과하는 유통세의 일종이고, ‘부동산의 취득'은 소유권이전의 형식에 의한 부동산 취득의 모든 경우를 말하는 것으로서 명의신탁이나 명의신탁 해지로 인한 소유권이전등기를 마친 경우도 포함된다.6)

‘사실상 취득'은 소유권취득의 형식적 요건을 갖추지 못하였으나 대금의 지급과 같은 소유권취득의 실질적 요건을 갖춘 경우를 말하는데, 명의신탁 관계를 해지한 단계이거나 명의신탁 해지를 원인으로 한 소유권이전등기청구의 소에서 승소 판결을 받고 그로 인한 소유권이전등기를 마치지 아니한 경우는 ‘부동산 취득'에 해당하지 아니함은 물론, 소유권취득의 실질적 요건을 갖추었다고 볼 수 없어 ‘사실상 취득'으로도 볼 수 없다.7)

구 ｢지방세특례제한법｣ 제50조 제1항에서 종교단체가 해당 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여 취득세를 면제하도록 하면서 매각ㆍ증여와 같이 유상 또는 무상으로 소유권이 이전된 경우를 추징사유로 규정하고 있는데, ‘종교단체가 어느 부동산을 해당 용도로 직접 사용'한다고 함은 종교단체가 부동산의 ’소유자‘ 또는 ’사실상 취득자‘의 지위에서 현실적으로 부동산을 종교활동 자체에 직접 사용하는 것을 의미한다고 봄이 타당하다.8)

  위 관계 법령과 법리, 인정사실 등에 비추어 이 사건 소유권이전이 구 ｢지방세특례제한법｣ 제50조 제1항 제3호에 따라 취득세 추징대상에 해당하는지 살펴보면, ① 청구인은 명의신탁한 기간에 사실상 취득자 지위에서 이 사건 부동산을 직접 사용하였다고 주장하나, 2017. 6. 26. 유지재단 명의로 소유권이전등기를 마친 이후 2023. 8. 18. 명의신탁 해지를 원인으로 하여 청구인 명의로 소유권이전 등기를 마치기 전까지 청구인이 이 사건 부동산의 명의신탁자 지위에 있었다고 하더라도, 위 기간 동안 명의신탁 해지를 원인으로 한 소유권이전등기를 마치지 않은 이상 청구인은 이 사건 부동산의 소유자 또는 사실상 취득자의 지위에 있었다고 볼 수 없는 점, ② 청구인은 2023. 8. 18. 이 사건 부동산에 대하여 명의신탁 해지를 원인으로 하여 소유권이전등기를 마친 때에 ｢지방세법｣ 제7조 제1항에 따른 취득세 납세의무자로서 이 사건 부동산의 취득자이자 소유자 지위에 있게 된 점, ③ 청구인은 자신의 명의로 소유권이전등기(유지재단→청구인)를 마친 2023. 8. 18.부터 이 사건 소유권이전(청구인→대표자)을 한 2023. 12. 12.까지 약 4개월 동안만 이 사건 부동산의 소유자 지위에서 종교행위를 목적으로 하는 사업에 직접 사용한 것으로 보는 것이 합리적인 점 등을 종합하여 볼 때 처분청이 이 사건 부과처분을 한 것은 잘못이 없다.

5. 결론

그렇다면 이 사건 심사청구는 이유 없다고 인정되므로 ｢감사원법｣ 제46조 제2항에 따라 주문과 같이 결정한다.

 

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1) 서울 지역 소재 ■ 산하 교회 조직 등을 총괄하여 재산을 보존하고 관리하는 재단법인임

2) 이 사건 부동산은 유지재단 소유로 되어 있으나, ♣(청구인의 대표자)와 그 가족들의 상속재산을 기초로 수차례 매매계약을 반복하여 형성된 자금을 원천으로 매수한 것인바 명의신탁에 해당하므로 소유권이전등기를 하여야 한다고 판시(서울중앙지방법원 2022. 11. 1. 선고 2021가단5297911 판결 참조)

3) 취득세 19,306,790원, 지방교육세 1,351,080원

4) 이 사건 부동산은 등기부등본 상 유지재단이 매매로 취득한 것으로 되어 있으나, 대표자와 그 가족들의 상속재산을 기초로 수차례 매매계약을 반복하여 형성된 자금을 원천으로 매수한 것인바 명의신탁에 해당하므로소유권이전등기를 하여야 한다고 판시(서울중앙지방법원 2022. 11. 1. 선고 2021가단5297911 판결 참조)

5) 청구인은 대표자에게 퇴직금 명목으로 이 사건 부동산을 지급하였다고 주장함

6) 대법원 2012. 7. 12. 선고 2000두9311 판결 참조

7) 서울고등법원 2019. 4. 18. 선고 2018누74633 판결(대법원 2019. 9. 10. 자 2019두41447 심리불속행 상고 기각 판결) 참조

8) 대법원 2015. 3. 26. 선고 2014두43097 판결 참조

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[별지]

관계 법령

□ 구 ｢지방세특례제한법｣(2023. 12. 29. 법률 제19862호로 개정되기 전의 것)

○ 제2조(정의) ① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1.～7. (생략)

8. “직접 사용”이란 부동산·차량·건설기계·선박·항공기 등의 소유자(｢신탁법｣

제2조에 따른 수탁자를 포함하며, 신탁등기를 하는 경우만 해당한다)가 해당

부동산·차량·건설기계·선박·항공기 등을 사업 또는 업무의 목적이나 용도

에맞게 사용(이 법에서 임대를 목적 사업 또는 업무로 규정한 경우 외에는 임

대하여 사용하는 경우는 제외한다)하는 것을 말한다.

(이하 생략)

○ 제50조(종교단체 또는 향교에 대한 면제) ① 종교단체 또는 향교가 종교행위

또는 제사를 목적으로 하는 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에

대해서는 취득세를 면제한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우

그 해당 부분에 대해서는 면제된 취득세를 추징한다.

1. 해당 부동산을 취득한 날부터 5년 이내에 수익사업에 사용하는  경우

2. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접

사용하지 아니하는 경우

3. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각·증여하거나

다른 용도로 사용하는 경우

(이하 생략)

□ ｢지방세법｣

 ○ 제7조(납세의무자 등) ① 취득세는 부동산, 차량, 기계장비, 항공기, 선박,

입목, 광업권, 어업권, 양식업권, 골프회원권, 승마회원권, 콘도미니엄 회원

권, 종합체육시설 이용회원권 또는 요트회원권(이하 이 장에서 “부동산 등”이

라 한다)을 취득한 자에게 부과한다.- 9 -

② 부동산 등의 취득은 ｢민법｣, ｢자동차관리법｣, ｢건설기계관리법｣, ｢항공

안전법｣, ｢선박법｣, ｢입목에 관한 법률｣, ｢광업법｣, ｢수산업법｣ 또는 ｢양식산업

발전법｣ 등 관계 법령에 따른 등기ㆍ등록 등을 하지 아니한 경우라도 사실상

취득하면 각각 취득한 것으로 보고 해당 취득물건의 소유자 또는 양수인을

각각 취득자로 한다. 다만, 차량, 기계장비, 항공기 및 주문을 받아 건조하는

선박은 승계취득인 경우에만 해당한다.

(이하 생략)