감심2024-630(20260205) 취득세
취득세 등 경정청구 거부처분에 관한 심사청구
결정요지
주문
이유
1. 원 처분의 요지
가. 청구인은 임대차계약(2014. 11. 7.)에 따라 상가로 사용되고 있던 서울특별시 ● 소재 토지와 건물(이하 “이 사건 부동산”이라 한다)을 2022. 4. 14. 취득'1) 하였다.
나. 청구인은 2022. 4. 15. 이 사건 부동산에 대한 취득세 등을 신고·납부'2)하면서 이 사건 부동산 중 토지(이하 “이 사건 토지”라 한다)가 구 「지방세특례제한법」(2021. 10. 19. 법률 제18503호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제50조 제1항에 따라 종교단체가 종교행위를 목적으로 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 해당한다며 감면 신청을 하여 처분청으로부터 취득세를 감면받았다.
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주1) 취득가액은 12,064,500,000원(토지 11,764,500,000원, 건물 300,000,000원)이고, 청구인은 이 사건 부동산을 취득하면서
기존 임대차계약의 임대인 지위를 승계하였음
주2) 건물에 대한 취득세 등 계 12,420,000원
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다. 청구인은 2023. 10. 24. 기존 임대차계약에 따라 임대인의 지위를 승계하면서 이 사건 토지가 수익사업에 사용되었다고 보아 이 사건 토지에 대하여 감면받은 취득세 등 계 650,641,300원'3) (가산세 포함)을 수정신고·납부하였다.
라. 청구인은 2024. 1. 15. 종교시설 신축 등 종교행위 목적으로 직접 사용하기 위하여 이 사건 토지를 취득하였고, 취득 시 기존 임대차계약에 따라 임대인의 지위를 단순승계한 것을 수익사업의 영위로 볼 수 없어 이 사건 토지는 구 「지방세특례제한법」 제50조 제1항에 따라 취득세 감면대상에 해당하는바 기납부한 취득세 등을 전액 환급하여 달라는 경정청구를 하였다.
마. 처분청은 2024. 3. 5. 이 사건 부동산 취득일부터 3년(이하 “유예기간”이라 한다) 이내에 이 사건 토지를 종교행위 목적으로 직접 사용하지 못할 것으로 보인다는 사유로 취득세 등 경정청구를 거부(이하 “이 사건 거부처분”이라 한다)하였다.
2. 심사청구의 취지와 이유
가. 청구 취지
이 사건의 청구 취지는 이 사건 거부처분을 취소하여 달라는 것이다.
나. 청구 이유
청구인은 종교 목적으로 사용할 건물을 신축하기 위하여 이 사건 부동산을 취득하였고, 기존 임차인의 철수를 위해 건물 인도 청구의 소를 제기하고 설계계약을 체결하는 등 유예기간 이내에 착공하기 위한 제반 노력을 기울였으며, 실제 유예기간 이내에 착공이 가능한 점을 볼 때 이 사건 토지는 취득세 감면대상인데도 처분청이 이 사건 거부처분을 한 것은 부당하다.
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주3) 취득세 571,331,170원, 지방교육세 52,897,890원, 농어촌특별세 26,412,240원
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3. 처분청의 의견
청구인은 이 사건 부동산을 취득하면서 기존 임대차계약(종료일: 2025. 1. 1.)에 따라 임대인의 지위를 승계하였고, 법원 조정 내용(기존 임차인은 2024. 12. 31.까지 이 사건 부동산을 사용)과 청구인이 제출한 건축허가신청서(공사기간: 착공일부터 1년)에 따르면 신축 건물은 유예기간을 경과한 2026년 이후에 완공될 것으로 보이므로 청구인은 유예기간 이내에 이 사건 토지를 종교행위 목적으로 직접 사용할 수 없어 이 사건 거부처분은 잘못이 없다.
4. 우리 원의 판단
가. 다툼
이 사건의 다툼은 이 사건 토지가 취득세 감면대상에 해당하는지 여부이다.
나. 인정사실
이 사건 관련 기록 등을 검토해 보면 다음과 같은 사실이 인정된다.
1) 청구인은 예배, 전도, 성경 교육 등을 목적사업으로 하는 종교단체로 대한예수교장로회 총회에 소속되어 있다.
2) B, ■(이하 “이 사건 매도자들”이라 한다)와 주식회사 ♣(이하 “이 사건 임차인”이라 한다)는 2014. 11. 7. 이 사건 부동산에 대하여 임대차계약'4) (임대기간 2015. 1.1.~2025. 1. 1., 이하 “이 사건 임대차계약”이라 한다)을 체결하였고, 이 사건 임차인은 2015. 1. 1.부터 청구인이 이 사건 부동산을 취득할 때까지 식자재마트를 운영하고 있었다.
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주4) 계약서상 임차인은 식자재연합주식회사인데, 주식회사 ○○○마트로 상호를 변경한 후 물적분할로 주식회사 ♣
를 설립하였고, 주식회사 ♣는 세무서에 주식회사 ♣ 천호점으로 사업자등록을 하여 임대료에 대한 세금계산서를 발급 받았는바, 이 사건 임차인은 기존 임차인으로서의 지위와 권리 및 의무를 승계한 것으로 확인됨
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3) 청구인은 2021. 8. 30. 이 사건 매도자들과 이 사건 부동산'5) 에 대한 매매계약(계약금액 12,064,500,000원)을 체결하였고, 2022. 4. 14. 잔금(7,841,500,000원)을 납부하여 이 사건 부동산을 취득하면서 이 사건 임대차계약에 따른 임대인의 지위를 승계하였는데, 매매계약서의 임대차와 관련한 주요 내용(일부 발췌)은 다음과 같다.
∎ 제8조(임대차의 승계): 매수자는 종교시설 신축을 목적으로 본 건 부동산을 매수하는 것인바, 매도자는 이를 인지하고 본 계약 체결 당시에 현존하는 임대차가 조속히 종료될 수 있도록 가능한 모든 협조를 하기로 한다.
∎ 제13조(계약기간 중의 기존 및 신규 임대차계약): ① 본 매매계약이 체결된 이후 매도자는 매수자의 동의 없이 현 임차인과의 임대차계약 조건 변경계약 또는 연장계약 등 임차인과의 새로운 계약이나 정정계약 또는 계약의 수정을 진행할 수 없다. 다만 매수자의 조속한 교회 신축을 위하여 현 임대차 계약을 단축하거나 법정해지 또는 합의해지 등 현 임대차를 종료하기로 하는 행위는 매수자의 동의 없이도 할 수 있다.
② 본 매매계약이 체결된 이후 매도자는 매수자의 동의 없이 새로운 임차후보자와 새로운 임대차 또는 사용대차계약을 체결할 수 없다.
③ 본 매매계약이 체결된 이후 매도자는 매수자의 동의 없이 매매대상 부동산의 물리적 상태, 점유 상태, 권리 상태에 영향을 줄 수 있는 어떠한 계약도 체결할 수 없다.
④ 교회 건축을 위해 매수자와 임차인 식자재 ◐ 천호점(이 사건 임차인)과의 현 임대차 종료를 위한 협의를 매수자 책임하에 진행하기로 한다.
4) 청구인은 2022년 1월 주식회사 ∇와 이 사건 토지에 신축할 교회(지하 2층, 지상 6층)를 설계하는 내용의 용역계약을 체결하였다.
5) 청구인은 2022. 4. 15. 이 사건 부동산에 대한 취득세 등을 신고·납부하면서 이 사건 토지가 구 「지방세특례제한법」 제50조 제1항에 따라 종교단체가 종교행위를 목적으로 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 해당한다며 감면 신청을 하여 처분청으로부터 취득세를 감면받았다.
6) 청구인은 2022. 5. 6. 이 사건 임차인에게 이 사건 부동산에 복층을 증축하고 연결통로를 개설한 행위 등은 이 사건 임대차계약의 위반사항이라며 이 사건 임대차계약을 해지한다고 통보하였다.
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주5) 토지 면적 886.3㎡, 건물 연면적 494.13㎡(단층)
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7) 청구인은 2022. 6. 2. 서울동부지방법원에 이 사건 임차인이 임대인의 동의 없이 이 사건 부동산의 용도 등을 변경한 행위가 계약 위반에 해당하여 이 사건 임대차
계약이 해지되었으므로 이 사건 부동산을 청구인에게 인도할 것을 청구하는 소를 제기하였고, 서울동부지방법원은 2023. 2. 16. 이 사건 임차인이 청구인에게 이 사건 부동산을 인도하라는 판결을 하였으며, 이 사건 임차인은 2023. 2. 22. 위 판결에 불복하여 항소하였다.
8) 청구인은 2023. 1. 13. 처분청에 이 사건 토지에 종교시설(연면적 3,339.93㎡)을 건축(공사기간: 착공일부터 1년)하는 내용의 건축허가신청서를 제출하였고, 처분청은 같은 해 3. 16. 이를 허가하였다.
9) 서울동부지방법원에서 2023. 10. 9. 이 사건 임차인은 2024. 12. 31.까지 청구인에게 이 사건 부동산을 인도하고, 2023. 11. 1.부터 2024. 12. 31.까지 청구인에게 이 사건 임대차계약상의 월 차임에 10,000,000원을 더한 금액을 지급하는 등의 내용으로 조정이 성립되었다.
10) 청구인은 2023. 10. 24. 이 사건 임대차계약에 따라 임대인의 지위를 승계하면서 이 사건 토지가 수익사업에 사용되었다고 보아 이 사건 토지에 대하여 감면받은 취득세 등 계 650,641,300원(가산세 포함)을 수정신고·납부하였다.
11) 청구인은 2024. 1. 15. 종교시설을 신축하기 위하여 이 사건 부동산을 취득하였고, 이 사건 임대차계약에 따른 임대인 지위의 단순승계는 수익사업의 영위에 해당하지 않으며 이 사건 부동산을 취득한 이후 이 사건 임차인의 철수를 위해 건물 인도 청구의 소를 제기하고 건축허가를 받는 등 종교시설 신축을 위한 제반 사항을 진행하고 있으므로 이 사건 토지는 구 「지방세특례제한법」 제50조 제1항에 따라 취득세 감면대상인바 기납부한 취득세 등을 전액 환급하여 달라는 경정청구를 하였다.
12) 처분청은 법원 조정에 따라 청구인이 2024. 12. 31. 이 사건 부동산을 인도받게 되어 2025. 1. 1. 이후에 기존 건물의 철거가 개시될 수밖에 없고, 청구인이 제출한 건축허가신청서에 따르면 교회를 신축하는 데에 1년이 소요되어 유예기간(종료일 2025. 4. 14.) 이내에 이 사건 토지를 종교시설로 직접 사용하는 것이 불가능'6) 할 것으로 보인다며 2024. 3. 5. 이 사건 거부처분을 하였다.
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주6) 2025. 2. 26. 건축물 해체공사 완료 신고, 2025. 3. 6. 착공 신고, 2026. 3. 20. 준공예정
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다. 관계 법령
이 사건과 관계되는 법령은 구 「지방세특례제한법」 제50조 등 [별지] 기재와 같다.
라. 판단
구 「지방세기본법」(2019. 12. 31. 법률 제16854호로 개정되기 전의 것) 제34조 제1항 제1호에 따르면 취득세는 과세물건을 취득하는 때에 납부할 의무가 성립한다고 되어 있고, 구 「지방세법」(2021. 12. 28. 법률 제18655호로 개정되기 전의 것) 제10조와 구 「지방세법 시행령」(2022. 6. 14. 대통령령 제32697호로 개정되기 전의 것) 제20조 제2항 제2호에 따르면 제1호에 해당하지 아니하는 유상승계취득의 경우에는 그 계약상의 잔금지급일(계약상 잔금지급일이 명시되지 아니한 경우에는 계약일부터 60일이 경과한 날을 말한다)에 취득한 것으로 본다고 되어 있다. 구 「지방세특례제한법」 제50조 제1항에 따르면 종교단체가 종교행위를 목적으로 하는 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 면제한다고 되어 있고, 같은 항 단서의 제1호 및 제2호에 따르면 해당 부동산을 취득한 날부터 5년 이내에 수익사업에 사용하거나 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우에는 면제된 취득세를 추징한다고 되어 있다. 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규는 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않는다. '7) 취득세 감면요건의 충족 여부는 원칙적으로 취득세 납세의무의 성립 시점을 기준으로 판단하여야 하는데, 신축 건물의 취득 시기는 건축물에 대한 사용승인일 또는 사실상의 사용일 중 빠른 날이므로 감면조항에 따른 취득세 감면요건 충족 여부는 원칙적으로 건물에 대한 사용승인일 또는 사실상의 사용일을 기준으로 판단하여야 한다. '8) 구 「지방세특례제한법」(2016. 12. 27. 법률 제14477호로 개정되기 전의 것) 제78조 제4항 및 제5항에 따르면 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 감면된 취득세를 추징한다고 되어 있는데, 이러한 추징규정을 둔 입법취지와 문언에 비추어 보면 사업시행자 외의 자가 산업단지 등에서 취득하여 취득세를 감면받은 부동산을 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 않았는지 여부는 특별한 사정이 없는 한 그 취득일을 기준으로 기산하여 판단하여야 한다. '9)
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주7) 대법원 2022. 7. 26. 선고 2001두5521 판결 참조
주8) 창원지방법원 2022. 5. 26. 선고 2021구합52059 판결(대법원 2023. 3. 16. 자 2022두65948 심리불속행 상고기각 판결) 참조
주9) 대법원 2022. 11. 17. 선고 2022두47063 판결 참조 10) 대법원 1995. 6. 30. 선고 94누14575 판결 참조
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일부가 임대되어 있는 부동산을 매수하여 스스로 새로이 계속 반복하여 임대할 의사가 없어 기존의 임대차관계가 종료되는 대로 자신이 사용할 의사로 임대인의 지위를 승계하였을 뿐인 경우에는 부동산 임대 자체를 계속적·반복적 사업으로 하는 것이라고 하기는 어려워 이를 수익사업을 영위하는 것으로 볼 수 없다. '10) 위 관계 법령, 법리 및 인정사실 등에 비추어 이 사건 토지가 취득세 감면대상에 해당하는지 살펴보면, ① 취득세 감면요건의 충족 여부는 원칙적으로 취득세 납세의무의 성립 시점을 기준으로 구 「지방세특례제한법」 제50조 제1항에 따라 판단하여야 하는데, ㉮ 청구인은 취득세 감면대상인 종교시설로 직접 사용하기 위하여 이 사건 토지를 취득하였다고 일관되게 주장하고 있고, ㉯ 경정청구일(2024. 1. 15.)은 취득세 납세의무 성립일(2022. 4. 14.)부터 유예기간이 경과하지 않은 점, ② 청구인이 종교시설 신축과 관련하여 건축물 설계계약서(계약일: 2022년 1월), 건축허가서(허가일: 2023. 3. 16.)를 제출하는 등에 비추어 볼 때 종교 목적으로 직접 사용하기 위해 이 사건 토지를 취득한 것이 아니라고 볼만한 근거가 없어 취득세 감면요건을 충족하지 않았다고 보기 어려운 점, ③ 처분청은 청구인이 법원 조정에 따라 2024. 12. 31. 이 사건 부동산을 인도받게 되어 2026년 이후에 신축 건물이 완공되는 점 등을 고려할 때 청구인이 유예기간(종료일 2025. 4. 14.) 이내에 이 사건 토지를 종교시설로 직접 사용하는 것이 불가능하므로 취득세 감면대상이 아니라고 주장하는데, 이는 면제된 취득세의 추징을 위한 과세요건을 적용한 것으로써 취득세 감면요건 충족 여부를 판단할 때 고려할 사항이 아니며, 추징을 위한 과세기준일은 이 사건 토지 취득일부터 3년이 경과한 2025. 4. 15.인 점, ④ 청구인은 이 사건 임대차계약의 임대인 지위를 승계하면서 이 사건 토지가 수익사업에 사용되었다고 보아 감면받은 취득세를 수정신고·납부하였으나, 인정사실 “3)항”과 같이 이 사건 임대차계약 기간이 종료되면 종교시설을 신축하려는 의사가 매매계약서 등을 통해 드러나는 등 청구인은 이 사건 임대차계약에 따른 임대인의 지위를 단순승계한 것으로 보이는바, 이를 수익사업의 영위라고 볼 수 없으므로 이 사건 부동산 취득일부터 5년 이내에 이 사건 토지를 수익사업에 사용하였다고 보기는 어려운 점 등을 종합하여 볼 때 처분청이 이 사건 토지에 대하여 취득세 감면대상이 아니라고 보아 이 사건 거부처분을 한 것은 법리를 오해한 잘못이 있는 것으로 판단된다.
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주10) 대법원 1995. 6. 30. 선고 94누14575 판결 참조
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5. 결론
그렇다면 이 사건 심사청구는 이유 있다고 인정되므로 「감사원법」 제46조 제2항에 따라 주문과 같이 결정한다.
[별지]
관계 법령
□ 구 「지방세기본법」(2019. 12. 31. 법률 제16854호로 개정되기 전의 것)
○ 제34조(납세의무의 성립시기) ① 지방세를 납부할 의무는 다음 각 호의 구분에 따른 시기에 성립한다.
1. 취득세: 과세물건을 취득하는 때
2.~12. (생략)
②~③ (생략)
□ 구 「지방세법」(2021. 12. 28. 법률 제18655호로 개정되기 전의 것)
○ 제10조(과세표준) ①~④ (생략)
⑤ 다음 각 호의 취득(증여ㆍ기부, 그 밖의 무상취득 및 「소득세법」 제101조 제 1항 또는 「법인세법」 제52조 제1항에 따른 거래로 인한 취득은 제외한다)에 대하
여는 제2항 단서 및 제3항 후단에도 불구하고 사실상의 취득가격 또는 연부
금액을 과세표준으로 한다.
1. 국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합으로부터의 취득 2. 외국으로부터의 수입에 의한 취득 3. 판결문ㆍ법인장부 중 대통령령으로 정하는 것에 따라 취득가격이 증명
되는 취득
4. 공매방법에 의한 취득 5. (생략)
⑥~⑦ (생략)
⑧ 제1항부터 제7항까지의 규정에 따른 취득세의 과세표준이 되는 가액, 가격
또는 연부금액의 범위 및 그 적용과 취득시기에 관하여는 대통령령으로 정
한다.
□ 구 「지방세법 시행령」(2022. 6. 14. 대통령령 제32697호로 개정되기 전의 것)
○ 제20조(취득의 시기 등) ① (생략)
② 유상승계취득의 경우에는 다음 각 호에서 정하는 날에 취득한 것으로 본다.
1. 법 제10조 제5항 제1호부터 제4호까지의 규정 중 어느 하나에 해당하는
유상승계취득의 경우에는 그 사실상의 잔금지급일
2. 제1호에 해당하지 아니하는 유상승계취득의 경우에는 그 계약상의 잔금 지급일(계약상 잔금지급일이 명시되지 아니한 경우에는 계약일부터 60일이 경과한 날을 말한다). 다만, 해당 취득물건을 등기ㆍ등록하지 아니하고
다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 서류에 의하여 계약이 해제된 사실이
입증되는 경우에는 취득한 것으로 보지 아니한다.
가. 화해조서ㆍ인낙조서(해당 조서에서 취득일부터 60일 이내에 계약이 해제된 사실이 입증되는 경우만 해당한다) 나. 공정증서(공증인이 인증한 사서증서를 포함하되, 취득일부터 60일 이내에 공증받은 것만 해당한다) 다. 행정안전부령으로 정하는 계약해제신고서(취득일부터 60일 이내에 제출된 것만 해당한다) 라. 부동산 거래신고 관련 법령에 따른 부동산거래계약 해제 등 신고서 (취득일부터 60일 이내에 등록관청에 제출한 경우만 해당한다)
③~⑭ (생략)
□ 구 「지방세특례제한법」(2021. 10. 19. 법률 제18503호로 개정되기 전의 것)
○ 제2조(정의) ① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다. 1.~7. (생략) 8. “직접 사용”이란 부동산·차량·건설기계·선박·항공기 등의 소유자(「신탁법」
제2조에 따른 수탁자를 포함하며, 신탁등기를 하는 경우만 해당한다)가 해당
부동산·차량·건설기계·선박·항공기 등을 사업 또는 업무의 목적이나 용도
에 맞게 사용하는 것을 말한다.
(이하 생략)
○ 제50조(종교단체 또는 향교에 대한 면제) ① 종교단체 또는 향교가 종교행위
또는 제사를 목적으로 하는 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에
대해서는 취득세를 면제한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우
그 해당 부분에 대해서는 면제된 취득세를 추징한다. 1. 해당 부동산을 취득한 날부터 5년 이내에 수익사업에 사용하는 경우 2. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접
사용하지 아니하는 경우
3. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각·증여하거나
다른 용도로 사용하는 경우
(이하 생략)
□ 구 「지방세특례제한법」(2016. 12. 27. 법률 제14477호로 개정되기 전의 것)
○ 제78조(산업단지 등에 대한 감면) ①~③ (생략)
④ 제1항에 따른 사업시행자 외의 자가 제1호 각 목의 지역(이하 “산업단지
등”이라 한다)에서 취득하는 부동산에 대해서는 제2호 각 목에서 정하는 바에 따라 지방세를 경감한다.
1. 대상 지역 가. 「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 따라 지정된 산업단지 나. 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」에 따른 유치지역 다. 「산업기술단지 지원에 관한 특례법」에 따라 조성된 산업기술단지 2. 경감 내용 가. 산업용 건축물 등을 신축 또는 증축하여 취득하는 부동산(신축 또는 증축한 부분에 해당하는 부속토지를 포함한다)에 대해서는 취득세의 100분의 50을 2019년 12월 31일까지 경감한다. 이 경우 공장용 건축물(「건축 법」 제2조 제1항 제2호에 따른 건축물을 말한다)을 신축 또는 증축하여 중소기업자에게 임대하는 경우를 포함한다.
나. 산업단지 등에서 산업용 건축물등을 대수선(「건축법」 제2조 제1항 제9호에 해당하는 경우로 한정한다)하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 25를 2019년 12월 31일까지 경감한다.
다. 가목의 부동산에 대해서는 해당 납세의무가 최초로 성립하는 날부터 5
년간 재산세의 100분의 35를 경감(수도권 외의 지역에 있는 산업단지의 경우에는 100분의 75를 경감)한다.
⑤ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 제4 항에 따라 감면된 취득세 및 재산세를 추징한다.
1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접
사용하지 아니하는 경우
2. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각(해당 산업단 지관리기관 또는 산업기술단지관리기관이 환매하는 경우는 제외한다)ㆍ증여하
거나 다른 용도로 사용하는 경우
⑥~⑧ (생략)