이 사건 부동산의 취득세 과세표준을 산정할 때 종전부동산 취득가액과 조합원 분담금을 포함한 가액에서 종전부동산 취득가액을 차감하는 것이 부당한지 살펴보면, ① 처분청은 청구인이종전부동산을 취득하면서 지급한 프리미엄을 과소 신고한 과세표준으로 하여 이 사건 부과처분을 하였는바, 이 프리미엄은 이 사건 부동산을 취득하기 위하여 필수 불가결한 것이고 실질적으로 이 사건 부동산 취득목적으로 지급된 비용으로구 ｢지방세법｣ 제10조 제5항에 따른 사실상의 취득가격에 해당하는 점, ② 청구인은 이 사건 부동산의 취득세 과세표준에서 프리미엄을 제외하여야 한다고주장하나, 프리미엄이 포함된 종전부동산 취득가액과 조합원 분담금을 부담하여 이 사건 부동산을 취득하였는바, 프리미엄이 제외된 분양가액에서 종전부동산 취득가액을 차감하여 취득세 과세표준을 산정하는 경우 종전부동산보다 증가된 재산적 가치에 대하여 일부 과세하지 못하는 결과가 초래되어 조세평등의 원칙에위배될 우려가 있는 점, ③ 인정사실 “6)항”과 같이 행정안전부는 2015년부터 승계조합원의 과세대상 초과액 산정과 관련한 질의회신 및 대외에 공표한 해명자료 등에서 프리미엄은 승계조합원이 재개발사업으로 준공된 아파트를 취득하기위하여 원조합원에게 실제로 지급한 비용이므로 과세대상 초과액을 산정할 때 환지계획 등에 따른 취득부동산의 과세표준에 포함하는 것이 타당하다고 일관되게해석하고 있는바, 새로운 세법해석이나 세법해석의 변경을 하였다고 보기는어려운 점 등을 종합적할 때 이 사건 부과처분이 부당하다고 보기 어렵다.

심사청구를 기각한다.

1. 원 처분의 요지

    가. 청구인은 2015. 9. 15. 서울특별시 은평구 □(이하 “종전부동산”이라 한다)를 208,000,000원에 취득하여 ● 주택재개발정비사업^'1)(이하 “이 사건 재개발사업” 이라 한다) 조합원의 지위를 승계하고, 해당 금액을 과세표준으로 하여 취득세 등을 신고·납부하였다.

    나. 청구인은 2020. 6. 30. 이 사건 재개발사업의 관리처분계획에 따라 종전부동산에서 환지 처분된 서울특별시 은평구 ♣ B (이하 “이 사건 부동산”이라 한다)를 취득하였다.

    다. 청구인은 2020. 7. 28. 이 사건 부동산 분양가액 368,500,000원^'2)에서 종전 부동산 취득가액 208,000,000원을 공제한 160,500,000원을 과세표준으로 하여 취득세등 계 4,608,270원^'3)을 신고·납부하였다.

 

 

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주1) 서울특별시 은평구 ■ 일대(면적 62,231㎡)를 재개발하는 사업

주2) 368,500,000원(조합원 분양가액)=159,248,920원(종전부동산 권리가액)+209,251,080원(조합원 분담금)

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    라. 처분청은 2025. 1. 10. 종전부동산 취득가액 208,000,000원과 조합원 분담금 209,251,080원을 합산한 417,251,080원에서 종전부동산 취득가액 208,000,000원을 차감한 209,251,080원을 정당 과세표준으로 하고, 과소 신고한 과세표준 48,751,080원에대한 취득세 등 계 1,399,730원을 추가로 부과·고지(이하 “이 사건 부과처분”이라 한다)하였다.

2. 심사청구의 취지와 이유

    가. 청구 취지

이 사건의 청구 취지는 이 사건 부과처분을 취소하여 달라는 것이다.

    나. 청구 이유

행정안전부는 2023. 8. 22. 종전부동산 취득가액과 조합원 분담금을 포함한 가액에서종전부동산 취득가액을 차감한 가액을 과세표준으로 산정하도록 유권해석^'4)을 변경하였고, 처분청이 이에 따라 이 사건 부과처분을 하였으므로 이는 소급과세금지의 원칙에 위배되어 부당하다.

3. 처분청의 의견

행정안전부는 구 ｢지방세특례제한법｣(2020. 8. 12. 법률 제17474호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제74조 제1항 제2호 등에 따라 환지계획 등에 따른 취득부동산의가액 합계액에서 종전부동산 취득가액을 차감하여 과세표준을 산정하도록 일관된

유권해석^'5)을 하였고, 처분청이 이를 적용하여 이 사건 부과처분을 한 것은 정당하다.

 

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주3) 취득세 4,359,180원, 지방교육세 249,090원

주4) 행정안전부 지방세특례제도과-2207(2023. 8. 22.)

주5) 행정자치부 지방세운영과-3536(2015. 11. 9.), 지방세운영과-2203(2019. 7. 22.), 행정안전부 지방세특례제도과 -2207(2023. 8. 22.)

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4. 우리 원의 판단

    가. 다툼

이 사건의 다툼은 이 사건 부동산의 취득세 과세표준을 산정할 때 종전부동산 취득가액과 조합원 분담금을 포함한 가액에서 종전부동산 취득가액을차감하는 것이 부당한지 여부이다.

    나. 인정사실

이 사건 관련 기록 등을 검토해 보면 다음과 같은 사실이 인정된다.

        1) 이 사건 재개발사업은 ●이 2005. 12. 30. ｢도시재정비 촉진을 위한 특별법｣ 제5조 제1항에 따라 재정비촉진지구로 지정된 이후 2013. 9. 26. 사업시행인가^'6)되었고, 2015. 5. 7. 관리처분계획인가'⁷⁾되었으며, 2020. 7. 2. 공사완료^'8)되었다.

        2) 청구인은 2015. 9. 15. 종전부동산을 208,000,000원에 매매로 취득하여 이 사건재개발사업 조합원의 지위를 승계하고, 해당 금액을 과세표준으로 하여 취득세 등을 신고·납부하였다.

    3) 청구인은 2017. 9. 19. 위 관리처분계획에 따라 이 사건 부동산을 목적물로 하여 이 사건 재개발사업조합 및 시공사인 롯데건설주식회사(대표이사 박현철)와 분양가액 368,500,000원(종전부동산 권리가액 155,710,890원, 조합원 분담금 212,789,110원)에 분양계약을 체결하고, 같은 해 11. 30. ｢부동산 거래신고 등에 관한 법률｣ 제3조 제1항 등에 따라 이를 처분청에 신고하였다.

 

 

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주6) 서울특별시 은평구 고시 제2013-81호

주7) 서울특별시 은평구 고시 제2015-27호

주8) 서울특별시 은평구 고시 제2020-121호

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        4) 청구인은 2020. 6. 30. 종전부동산 권리가액^'9) 159,248,920원에 조합원분담금 209,251,080원을 추가로 부담한 분양가액 368,500,000원에 이 사건 부동산을취득하였다.

        5) 청구인은 2020. 7. 28. 이 사건 부동산 분양가액 368,500,000원에서 종전부동산 취득가액 208,000,000원을 공제한 160,500,000원을 과세표준으로 하여 취득세 등 계 4,608,270원^'10)을 신고·납부하였다.

        6) 행정안전부는 2023. 8. 22. 서울특별시 등 다수의 지방자치단체가 공통적으로재개발사업 승계조합원이 원조합원으로부터 입주권(토지)을 취득하면서 권리가액 외 금액(이하 “프리미엄”이라 한다)을 지급하고 재개발사업 종료 후 준공된 아파트를취득하는 경우 그 세액계산 시 프리미엄의 반영 방식에 관하여 질의한 데 대하여아래와 같이 회신^'11)하였다.

 

 

 

 

 

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주9) 종전부동산 권리가액이 당초 155,710,890원에서 159,248,920원으로 3,538,030원만큼 증액됨

주10) 취득세 4,359,180원, 지방교육세 249,090원

주11) 행정안전부 지방세특례제도과-2207(2023. 8. 22.)

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        7) 서울특별시는 2023. 10. 19. 행정안전부의 질의회신 내용을 토대로 취득세부과제척기간 이내의 재개발 준공아파트를 대상으로 한 “재개발 승계조합원의초과액 상당 부동산 취득세 과세 추진계획”(이하 “추진계획”이라 한다)을 마련하여처분청 등에 통보^'12)하였다.

        8) 처분청은 2025. 1. 10. 종전부동산 취득가액 208,000,000원에 조합원 분담금 209,251,080원을 합한 417,251,080원과 종전부동산 권리가액 159,248,920원에 조합원분담금 209,251,080원을 합한 분양가액 368,500,000원의 차액인 48,751,080원을 과소 신고한 과세표준으로 보아 이 사건 부과처분을 하였다.

    다. 관계 법령

이 사건과 관계되는 법령은 구 ｢지방세특례제한법｣ 제74조 제1항 제2호 등 [별지] 기재와 같다.

    라. 판단

구 ｢지방세특례제한법｣ 제74조 제1항 제2호 및 제2항에 따르면 ｢도시 및 주거환경정비법｣에 따른 재개발사업시행인가 이후 환지 이전에 부동산을 승계 취득한자로서 환지계획 등에 따른 취득부동산의 가액 합계액이 종전의 부동산 가액합계액을 초과하는 경우 그 초과액(이하 “과세대상 초과액”이라 한다)에 상당하는 부동산에 대해서 취득세를 부과하고, 그 초과액의 산정기준과 방법 등은 대통령령으로 정한다고 되어 있다.

구 ｢지방세특례제한법 시행령｣(2020. 12. 31. 대통령령 제31344호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제35조 제2항에 따르면 법 제74조 제2항에 따른 과세대상 초과액은 환지계획 등에 따른 취득부동산의 과세표준에서 환지 이전의 부동산의 과세표준(승계취득할 당시의 취득세 과세표준)을 뺀 금액으로 하되, 환지계획 등에 따른취득부동산의 과세표준은 ｢지방세법｣ 제10조 제5항에 따른 사실상의 취득가격이 증명되는 경우에는 그 가격으로 한다고 되어 있다.

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주12) 서울특별시 세무과-19164(2023. 10. 19.)

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구 ｢지방세법｣(2020. 8. 12. 법률 제17473호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제10조 제5항 제5호에 따르면 ｢부동산 거래신고 등에 관한 법률｣ 제3조에 따른 신고서를 제출하여 법 제5조에 따라 검증이 이루어진 취득에 대하여는 사실상의 취득가격을 과세표준으로 하고, 구 ｢지방세법 시행령｣(2020. 8. 12. 대통령령 제30939호로 개정되기 전의 것) 제18조 제1항에 따르면 법 제10조 제5항 각 호에따른 취득가격은 취득시기를 기준으로 그 이전에 해당 물건을 취득하기 위하여 거래 상대방 또는 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 직접비용과 간접비용의합계액으로 한다고 되어 있다.

 

｢지방세기본법｣ 제20조 제2항 및 제3항에 따르면 지방세를 납부할 의무가 성립된 소득ㆍ수익ㆍ재산ㆍ행위 또는 거래에 대해서는 의무 성립 후의 새로운 법에따라 소급하여 과세하지 아니하고, ｢지방세기본법｣ 및 지방세관계법의 해석 또는지방세 행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석 또는 관행에 따른 행위나 계산은 정당한 것으로 보며 새로운 해석 또는 관행에 따라 소급하여 과세되지 아니한다고 되어 있다.

구 ｢지방세특례제한법｣ 제74조 제1항 제2호의 입법 취지는 사업시행인가가 있은 후 사업구역 내의 부동산을 승계취득하는 경우에도 사업시행인가 당시의 소유자와 마찬가지로 종전의 부동산 가액만큼에 대해서는 비과세 혜택을 부여하되, 이러한 경우에는 종전부동산 그 자체보다는 사업시행으로 인하여 재산적 가치가 증가될 새로운 부동산의 취득에 목적이 있다고 보아 새로 취득하는 부동산의 가액중 종전부동산보다 증가된 재산적 가치에 대하여는 조세평등의 원칙에 따라취득세를 과세하려는 데에 있다.^'13)

위 관계 법령, 법리 및 인정사실 등에 비추어 이 사건 부동산의 취득세과세표준을 산정할 때 종전부동산 취득가액과 조합원 분담금을 포함한 가액에서 종전부동산 취득가액을 차감하는 것이 부당한지 살펴보면, ① 처분청은 청구인이종전부동산을 취득하면서 지급한 프리미엄^'14)을 과소 신고한 과세표준으로 하여 이 사건 부과처분을 하였는바, 이 프리미엄은 이 사건 부동산을 취득하기 위하여 필수 불가결한 것이고 실질적으로 이 사건 부동산 취득목적으로 지급된 비용으로구 ｢지방세법｣ 제10조 제5항에 따른 사실상의 취득가격에 해당하는 점,^'15) ② 청구인은 이 사건 부동산의 취득세 과세표준에서 프리미엄을 제외하여야 한다고주장하나, 프리미엄이 포함된 종전부동산 취득가액과 조합원 분담금을 부담하여 이 사건 부동산을 취득하였는바, 프리미엄이 제외된 분양가액에서 종전부동산 취득가액을 차감하여 취득세 과세표준을 산정하는 경우 종전부동산보다 증가된 재산적 가치에 대하여 일부 과세하지 못하는 결과가 초래되어 조세평등의 원칙에위배될 우려가 있는 점, ③ 인정사실 “6)항”과 같이 행정안전부는 2015년부터 승계조합원의 과세대상 초과액 산정과 관련한 질의회신 및 대외에 공표한 해명자료 등에서 프리미엄은 승계조합원이 재개발사업으로 준공된 아파트를 취득하기위하여 원조합원에게 실제로 지급한 비용이므로 과세대상 초과액을 산정할 때 환지계획 등에 따른 취득부동산의 과세표준에 포함하는 것이 타당하다고 일관되게해석하고 있는바, 새로운 세법해석이나 세법해석의 변경을 하였다고 보기는어려운 점 등을 종합적할 때 이 사건 부과처분이 부당하다고 보기 어렵다.

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주13) 대법원 2012. 5. 10. 선고 2010두1736 판결 참조

주14) 종전부동산 취득가액 208,000,000원-종전부동산 권리가액 159,248,920원=48,751,080원

주15) 서울행정법원 2025. 7. 9. 선고 2024구단16073 판결 참조

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5. 결론

그렇다면 이 사건 심사청구는 이유 없다고 인정되므로 ｢감사원법｣ 제46조 제2항에 따라 주문과 같이 결정한다.

 

 

[별지]

관계 법령

□ 구 ｢지방세특례제한법｣(2020. 8. 12. 법률 제17474호로 개정되기 전의 것)

○ 제74조(도시개발사업 등에 대한 감면) ① ｢도시개발법｣ 제2조 제1항 제2호에 따른 도시개발사업(이하 이 조에서 “도시개발사업”이라 한다)과 ｢도시 및 주거환경정비법｣ 제2조 제2호 나목에 따른 재개발사업(이하 이 조에서 “재개발사업”이라 한다)의 시행으로 해당 사업의 대상이 되는 부동산의 소유자(상속인을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)가 환지계획 및 토지상환채권에 따라 취득하는 토지, 관리처분계획에 따라 취득하는 토지 및 건축물(이하 이 항에서 “환지계획 등에 따른 취득부동산”이라 한다)에 대해서는 취득세를 2022년 12월 31일까지 면제한다. 다만, 다음 각 호에 해당하는 부동산에 대해서는 취득세를 부과한다.

1. 환지계획 등에 따른 취득부동산의 가액 합계액이 종전의 부동산 가액의 합계액을 초과하여 ｢도시 및 주거환경정비법｣ 등 관계 법령에 따라 청산금을 부담하는 경우에는 그 청산금에 상당하는 부동산

2. 환지계획 등에 따른 취득부동산의 가액 합계액이 종전의 부동산 가액 합계액을 초과하는 경우에는 그 초과액에 상당하는 부동산. 이 경우 사업시행인가(승계취득일 현재 취득부동산 소재지가 ｢소득세법｣ 제104조의2 제1항에 따른 지정지역으로 지정된 경우에는 도시개발구역 지정 또는 정비구역 지정) 이후 환지 이전에 부동산을 승계취득한 자로 한정한다.

② 제1항 제2호의 초과액의 산정기준과 방법 등은 대통령령으로 정한다.

③~⑤ (생략)

□ 구 ｢지방세특례제한법 시행령｣(2020. 12. 31. 대통령령 제31344호로 개정되기 전의 것)

○ 제35조(환지계획 등에 따른 취득부동산의 초과액 산정기준 등) ① (생략) ② 법 제74조 제2항에 따른 초과액은 같은 조 제1항의 환지계획 등에 따른 취득부동산의 과세표준(｢지방세법｣ 제10조 제5항에 따른 사실상의 취득가격이 증명되는 경우에는 사실상의 취득가격을 말한다)에서 환지 이전의 부동산의 과세표준(승계취득할 당시의 취득세 과세표준을 말한다)을 뺀 금액으로 한다.

③~⑤ (생략)

□ 구 ｢지방세법｣(2020. 8. 12. 법률 제17473호로 개정되기 전의 것)

○ 제10조(과세표준) ①~④ (생략)

⑤ 다음 각 호의 취득(증여ㆍ기부, 그 밖의 무상취득 및 ｢소득세법｣ 제101조 제1항 또는 ｢법인세법｣ 제52조 제1항에 따른 거래로 인한 취득은 제외한다)에 대하여는 제2항 단서 및 제3항 후단에도 불구하고 사실상의 취득가격 또는 연부금액을 과세표준으로 한다.

1.~4. (생략)

5. ｢부동산 거래신고 등에 관한 법률｣ 제3조에 따른 신고서를 제출하여 같은 법 제5조에 따라 검증이 이루어진 취득

⑥~⑧ (생략)

□ 구 ｢지방세법 시행령｣(2020. 8. 12. 대통령령 제30939호로 개정되기 전의 것)

○ 제18조(취득가격의 범위 등) ① 법 제10조 제5항 각 호에 따른 취득가격

또는 연부금액은 취득시기를 기준으로 그 이전에 해당 물건을 취득하기 위하여 거래 상대방 또는 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 직접비용과 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 간접비용의 합계액으로 한다. 다만, 취득대금을 일시급 등으로 지급하여 일정액을 할인받은 경우에는 그 할인된 금액으로 한다.

1.~10. (생략)

②~⑤ (생략)

□ ｢지방세기본법｣

○ 제20조(해석의 기준 등) ① (생략)

② 지방세를 납부할 의무(이 법 또는 지방세관계법에 징수의무자가 따로 규정되어 있는 지방세의 경우에는 이를 징수하여 납부할 의무를 말한다. 이하 같다)가 성립된 소득ㆍ수익ㆍ재산ㆍ행위 또는 거래에 대해서는 의무 성립 후의 새로운 법에 따라 소급하여 과세하지 아니한다.

③ 이 법 및 지방세관계법의 해석 또는 지방세 행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석 또는 관행에 따른 행위나 계산은 정당한 것으로 보며 새로운 해석 또는 관행에 따라 소급하여 과세되지 아니한다.

□ ｢도시재정비 촉진을 위한 특별법｣

○ 제5조(재정비촉진지구의 지정) ① 특별시장ㆍ광역시장 또는 도지사는 제4조에 따라 재정비촉진지구의 지정을 신청받은 경우에는 관계 행정기관의 장과 협의를 거쳐 ｢국토의 계획 및 이용에 관한 법률｣ 제113조에 따른 지방도시계획위원회(이하 “지방도시계획위원회”라 한다)의 심의를 거쳐 재정비촉진지구를 지정한다. 재정비촉진지구의 지정을 변경(대통령령으로 정하는 경미한 사항의 변경은 제외한다)하려는 경우에도 또한 같다.

②~⑥ (생략)