지식산업센터 취득세 감면을 위해서는 부동산을 사업시설용으로 ‘직접 사용’해야 하나, 청구인은 당초 목적사업과 달리 법령상 지식기반산업에 해당하지 않는 시설임대업으로 사용하였다. 또한, 취득 전 도면 열람 등을 통해 충분히 알 수 있었던 물리적 장애 사유(층고 부족 등)는 유예기간 내에 해당 용도로 사용하지 못한 ‘정당한 사유’에 해당한다고 보기 어렵다. 비과세·감면 규정 중 특혜 규정은 엄격히 해석하는 것이 조세공평의 원칙에 부합하므로, 청구인이 1년 이내에 부동산을 직접 사용하지 않은 것으로 보아 감면된 세액을 추징한 이 사건 부과처분은 정당하다.

심사청구를 기각한다.

 

1. 원 처분의 요지

 

 

    가. 청구인은 2022. 8. 31. 경기도 의정부시 □□(이하 “쟁점부동산”이라 한다)^'1)를 취득하고, 같은 날 구 ｢지방세특례제한법｣(2023. 3. 14. 법률 제19232호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제58조의2 제2항에 따라 사업시설용(금속절삭기계

제조업)으로 직접 사용하기 위하여 취득하였다며 취득세의 100분의 50을 감면받아 취득세 등 계 12,735,330원^'2)을 신고·납부하였다.

 

 

    나. 처분청은 2024. 5. 7. 현장조사를 실시한 결과, 청구인이 쟁점부동산을 임대창고로 사용하는 것을 확인하고, 같은 해 8. 1. 청구인이 쟁점부동산을 취득(2022. 8. 31.)한 후 1년 이내 목적사업(사업시설용)에 직접 사용하지 않은 것으로 보아 감면받은 취득세 등 계 16,795,290원^'3)을 부과처분(이하 “이 사건 부과처분”이라 한다)하였다.

 

-----------------------------------------------------------------------------

주1) 쟁점부동산 중 732호는 토지 19.5541㎡, 건축물 61.92㎡, 733호는 토지 24.8342㎡, 건축물 78.64㎡임

주2) 취득세 11,074,200원, 지방교육세 1,107,420원, 농어촌특별세 553,710원이고, 쟁점부동산 중 732호 5,610,390원, 733호 7,124,940원

주3) 쟁점부동산 중 732호 7,398,960원, 733호 9,396,330원

----------------------------------------------------------------------------

 

2. 심사청구의 취지와 이유

 

 

    가. 청구 취지

 

이 사건의 청구 취지는 이 사건 부과처분을 취소하여 달라는 것이다.

    

 

    나. 청구 이유

 

 

        1) 쟁점부동산은 낮은 층고 등으로 인해 차량 진입이나 호이스트 및 제조시설 설치·운용이 불가하여 취득세 감면을 신청한 사업시설용으로 사용할 수 없었다.

 

 

        2) 쟁점부동산에 설치하여 영위하는 운수 및 기타 보관 창고업(이하 “쟁점사업”이라 한다)은 구 ｢산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률｣(2022. 11. 15. 법률 제19039호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제28조의5 제1항 제1호에 따라 지식산업센터에입주 가능한 지식기반산업에 해당한다. 따라서 이 사건 부과처분은 부당하다.

 

 

3. 처분청의 의견

 

 

    가. 청구인이 쟁점부동산을 임대용 창고로 사용하고 있고, 2023사업연도손익계산서에 임대업 매출을 계상한 사실이 확인되었으므로 청구인이 감면을 신청한 사업시설용(금속절삭기계 제조업)으로 쟁점부동산을 사용하였다고 인정하기어렵다.

 

 

    나. 청구인이 쟁점부동산을 취득하기 전에 현장확인 및 건축도면 열람을 하는등 조금만 주의를 기울였다면 쟁점부동산을 제조업에 사용하기 어렵다는 사실을 충분히 알 수 있었으므로 취득세 감면을 신청한 목적대로 사용하지 못한 정당한 사유가

있다고 볼 수 없다. 따라서 이 사건 부과처분은 정당하다.

 

 

 

4. 우리 원의 판단

 

 

    가. 다툼

 

이 사건의 다툼은 청구인이 쟁점부동산을 사업시설용으로 직접 사용한 것으로 볼 수 있는지 여부이다.

 

 

    나. 인정사실

 

이 사건 관련 기록 등을 검토해 보면 다음과 같은 사실이 인정된다.

 

 

        1) 청구인은 2022. 8. 31. 쟁점부동산을 취득하고, 같은 날 구 ｢지방세특례제한법｣ 제58조의2 제2항에 따라 쟁점부동산을 금속절삭기계 제조업에 사용하겠다는부동산 이용목적확인서 등을 제출하여 취득세의 100분의 50을 감면받아 취득세

등 계 12,735,330원^'4)을 신고·납부하였다.

 

 

        2) 청구인은 법인등기부등본에 2013. 7. 12. 환경오염방지 시설업, 오수처리시설 및 축산폐수시설 설계·시공업, 환경 관련 약품판매업을 사업목적으로 등기한이후 2021. 11. 23. 부동산 매매업과 임대업을, 2023. 2. 6. 쟁점사업, 전자상거래 소매업을 추가하였다.

 

 

        3) 청구인의 2023사업연도 손익계산서에 따르면 매출액에 미니창고임대수입 5,100,458원이 확인된다.

 

-------------------------------------------------------

주4) 취득세 11,074,200원, 지방교육세 1,107,420원, 농어촌특별세 553,710원이고, 쟁점부동산 중 732호 5,610,390원,

733호 7,124,940원

----------------------------------------------------------

 

 

        4) 처분청은 2024. 5. 7. 쟁점부동산에 대한 현장조사를 하면서 청구인이쟁점부동산을 임대창고로 사용하고 있는 사실을 확인하였고, 처분청이 촬영한 현장 모습은 [사진 1]과 같다.

 

 

 

 

        5) 쟁점부동산과 관련하여 2025. 11. 28. 현재 인터넷 포털사이트5)에서 확인한 내용은 [사진 2]와 같다.

 

 

 

-------------------------------------------

5) https://www.naver.com

-------------------------------------------

 

        6) 처분청은 2024. 8. 1. 청구인이 쟁점부동산을 취득(2022. 8. 31.)한 후1년이내 목적사업(사업시설용)에 직접 사용하지 않은 것으로 보아 이 사건 부과처분을하였다.

 

 

    다. 관계 법령

 

이 사건과 관계되는 법령은 구 ｢지방세특례제한법｣ 제2조 제8호 등 [별지] 기재와 같다.

 

 

    라. 판단

 

구 ｢지방세특례제한법｣ 제2조 제1항 제8호 및 제58조의2 제2항 제1호에 따르면 지식산업센터를 신축 또는 증축하여 설립한 자로부터 최초로 해당 지식산업센터를 분양받은 입주자가 구 ｢산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률｣ 제28조의5 제1항

제1호 및 제2호에 따른 시설용으로 직접 사용하기 위하여 취득한 부동산에 대해서는취득세의 100분의 50을 경감하되, 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우에는 그 해당 부분에 대해서 경감된 취득세를 추징하도록 되어 있고, 여기서 직접 사용이란 사업 또는 업무의목적이나 용도에 맞게 사용하는 것을 말한다고 되어 있다.

 

구 ｢산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률｣ 제2조 제8호 및 제28조의5 제1항 제1호와 제2호에 따르면 제조업, 지식기반산업, 정보통신산업, 그 밖에 대통령령으로정하는 사업을 운영하기 위한 시설, 벤처기업을 운영하기 위한 시설은 지식산업센터에 입주할 수 있다고 되어 있고, 이 중 지식기반산업이란 지식의 집약도가 높은산업을 말하는데, 구 ｢산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 시행령｣(2023. 4. 11. 대통령령 제33399호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 시행령 제6조 제2항에 따르면

지식산업이란 창의적 정신활동에 의하여 고부가가치의 지식서비스를 창출하는 산업으로서 제1호에서 제27호까지 한국표준산업분류에 따른 연구개발업, 포장 및 충전업, 교육서비스업, 환경 정화 및 복원업, 무형재산권 임대업 등이 지식기반산업에 해당한다고 되어 있다.

 

법인이 토지 취득 시 이미 유예기간 내에 고유업무에 사용할 수 없는 법령상, 사실상의 장애사유를 알고 있었고, 취득 후에 당해 토지를 고유업무에 사용하지 못한 것도 동일한 사유 때문이라면 취득 전에 존재한 외부적 사유가 충분히 해소

가능한 것이고 실제 노력하여 이를 해소하였는데도 예측하지 못한 전혀 다른 사유로고유업무에 사용하지 못하였다는 등의 특별한 사정이 없는 한 그 외부적 사유는 당해 토지를 고유업무에 사용하지 못한 정당한 사유가 될 수 없다.^'6)

조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고조세법규는 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 합리적 이유 없이 확장해석이나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에명백히 특혜 규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다.^'7) 위 관계 법령 및 법리와 인정사실 등에 비추어 청구인이 쟁점부동산을 사업시설용으로 직접 사용한 것으로 볼 수 있는지 살펴보면, ① 인정사실 “3)항” 및

“4)항”과 같이 청구인이 취득세 신고·납부 당시 감면을 신청한 목적사업(금속절삭기계 제조업)과 달리 소비자로부터 일정한 대가를 받고 물품 보관용 시설을 대여하는등 쟁점부동산을 시설임대 목적으로 사용하는 것이 분명한 점, ② 청구인은 쟁점부동산의 낮은 층고 등으로 인해 차량 진입이나 호이스트 및 제조시설 설치· 운용이 불가하여 감면을 신청한 사업시설용으로 쟁점부동산을 사용할 수 없었다고주장하나, 청구인이 쟁점부동산을 취득하기 전에 현장을 방문하거나 건축도면을 열람하는 등 조금만 주의를 기울였더라면 감면을 신청한 목적대로 쟁점부동산을 사용하기 어렵다는 사실을 쉽게 알 수 있었던 것으로 보이는바, 쟁점부동산을 해당 용도로 직접 사용하지 못한 것에 사실상 장애사유 외에 예측하지 못한 전혀 다른 사유로 그 사업에 직접 사용하지 못하였다는 등의 정당한 사유가 있다고 보기 어려운 점, ③ 청구인은 쟁점사업이 취득세 감면 신청이 가능한 지식기반산업에 해당한다고 주장하나, 쟁점사업은 구 ｢산업집적활성화 및 공장설립에 관한법률 시행령｣ 제6조 제2항에서 나열하고 있는 27개 지식기반산업에 해당하지 않는점 등을 종합해 볼 때 청구인이 쟁점부동산을 취득 후 1년 이내 해당 용도로 직접사용하지 않은 것으로 보아 처분청이 이 사건 부과처분을 한 것은 정당하다.

 

--------------------------------------------------------

주6) 대법원 2002. 4. 26. 선고 2000두10038 판결 참조

주7) 대법원 2004. 5. 28. 선고 2003두7392 판결 참조

-------------------------------------------------------

 

 

5. 결론

그렇다면 이 사건 심사청구는 이유 없다고 인정되므로 ｢감사원법｣ 제46조

제2항에 따라 주문과 같이 결정한다.

 

 

 

[별지]

 

관계 법령

 

□ 구 ｢지방세특례제한법｣(2021. 12. 28. 법률 제18656호로 개정되기 전의 것)

○ 제2조(정의) ① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1.~7. (생략)

8. “직접 사용”이란 부동산·차량·건설기계·선박·항공기 등의 소유자(｢신탁법｣ 제2조에 따른 수탁자를 포함하며, 신탁등기를 하는 경우만 해당한다)가 해당 부동산·차량·건설기계·선박·항공기 등을 사업 또는 업무의 목적이나

용도에 맞게 사용하는 것을 말한다.

(이하 생략)

 

○ 제58조의2(지식산업센터 등에 대한 감면) ① (생략)

② ｢산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률｣ 제28조의4에 따라 지식산업센터를 신축하거나 증축하여 설립한 자로부터 최초로 해당 지식산업센터를

분양받은 입주자(｢중소기업기본법｣ 제2조에 따른 중소기업을 영위하는 자로 한정한다)에 대해서는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 지방세를 경감한다.

1. 2022년 12월 31일까지 사업시설용으로 직접 사용하기 위하여 취득하는

부동산에 대해서는 취득세의 100분의 50을 경감한다. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 경감된 취득세를 추징한다.

가. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로

직접 사용하지 아니하는 경우

나. 그 취득일부터 5년 이내에 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는

경우

2. (생략)

 

□ 구 ｢산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률｣(2022. 11. 15. 법률 제19039호로 개정되기 전의 것)

 

○ 제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

- 9 -

1.~7. (생략)

8. “지식기반산업”이란 지식의 집약도가 높은 산업으로서 대통령령으로 정하는 산업을 말한다.

8의2.~23. (생략)

○ 제28조의5(지식산업센터에의 입주) ① 지식산업센터에 입주할 수 있는 시설은 다음 각 호의 시설로 한다.

1. 제조업, 지식기반산업, 정보통신산업, 그 밖에 대통령령으로 정하는 사업을 운영하기 위한 시설

2. ｢벤처기업육성에 관한 특별조치법｣ 제2조 제1항에 따른 벤처기업을 운영하기 위한 시설

3. 그 밖에 입주업체의 생산 활동을 지원하기 위한 시설로서 대통령령으로

정하는 시설

② (생략)

 

□ 구 ｢산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 시행령｣(2023. 4. 11. 대통령령

제33399호로 개정되기 전의 것)

 

○ 제6조(산업단지의 입주자격) ① (생략)

② 법 제2조 제18호에서 “지식산업”이란 창의적 정신활동에 의하여 고부가가치의 지식서비스를 창출하는 산업으로서 다음 각 호의 산업을 말한다.

1. 한국표준산업분류에 따른 연구개발업

2. ｢고등교육법｣ 제25조에 따른 연구소의 연구개발업

3. ｢기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률｣ 제14조 제1항 각 호에 따른 기관 또는 단체(같은 법 제6조 제1항 제3호에 따른 대학은 다음 각 목의

요건을 모두 갖춘 대학이나 ｢대학설립ㆍ운영 규정｣ 제2조의7에 따라 산업단지

안에서 운영하는 대학만 해당한다)의 연구개발업

가.~다. (생략)

4. 건축기술, 엔지니어링 및 그 밖의 과학기술서비스업

5. 광고물 작성업

6. 영화, 비디오물 및 방송프로그램 제작업

7. 출판업

8. 전문 디자인업

9. 포장 및 충전업

10. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 교육서비스업

가.~다. (생략)

11. 경영컨설팅업(재정ㆍ인력ㆍ생산ㆍ시장 관리나 전략기획에 관한 자문업무 및 지원을 하는 기업체만 해당한다)

12. 번역 및 통역 서비스업

13. 전시 및 행사 대행업

14. 환경 정화 및 복원업

15. 영화, 비디오물 및 방송프로그램 제작 관련 서비스업

16. 음악 및 기타 오디오물 출판업

17. 시장조사 및 여론조사업

18. 사업 및 무형 재산권 중개업

19. 물품감정, 계량 및 견본 추출업

20. 무형재산권 임대업

21. 광고 대행업

22. 옥외 및 전시 광고업

23. 사업시설 유지관리 서비스업

24. 보안시스템 서비스업

25. 콜센터 및 텔레마케팅 서비스업

26. ｢이러닝(전자학습)산업 발전 및 이러닝 활용 촉진에 관한 법률｣ 제2조 제3호 가목에 따른 업(이 항 제7호, 제10호 또는 제3항 각 호에 따른 산업을 경영하는 입주기업체가 운영하는 경우로 한정한다)

27. 한국표준산업분류에 따른 그 외 기타 전문, 과학 및 기술 서비스업으로서 관리기관이 인정하는 산업. 이 경우 관리기관의 인터넷 홈페이지에

해당 산업을 게시해야 한다.

③~⑦ (생략)

 

○ 제36조의4(지식산업센터에의 입주) ① 법 제28조의5 제1항 제1호에서 “대통령령으로 정하는 사업”이란 다음 각 호의 사업을 말한다.

1. 제6조 제2항 및 같은 조 제3항에 따른 지식산업 및 정보통신산업

2. 그 밖에 특정 산업의 집단화와 지역경제의 발전을 위하여 다음 각 목의

구분에 따라 지식산업센터에의 입주가 필요하다고 인정하는 사업

가. 산업단지 안의 지식산업센터의 경우: 법 제2조 제18호에 따른 산업에

해당하는 사업으로서 관리기관이 인정하는 사업

나. 산업단지 밖의 지식산업센터의 경우: 시장ㆍ군수 또는 구청장이 인정하는 사업

②~⑥ (생략)