감심2024-211(20250507) 취득세
취득세 등 부과처분에 관한 심사청구
결정요지
주문
이유
1. 원 처분의 요지
가. 청구인은 노인 등 취약계층을 위한 힐링공간인 센터 운영을 목적으로 2020. 10. 12. ㊃도 ㊂군 ㊄리 소재 8필지1) 토지(임야 등, 1,515.5㎡, 이하 “제1토지”라 한다)를, 2021. 11. 18. ㊄리 소재 토지(임야, 353㎡, 이하 “제2토지”라 하고, 제1토지와 제2토지를 “쟁점토지”라 한다)를 각 취득하고, 구 「지방세특례제한법」 (2020. 12. 22. 법률 제17651호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제22조의4에 따라 사회적기업이 그 고유업무에 직접 사용하기 위해 취득하는 부동산으로 취득세 감면 신청하여 취득세의 100분의 50을 경감받았다.
나. 처분청은 2023. 8. 10. 쟁점토지에 대해서 정당한 사유 없이 그 취득일로부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우로 보아, 기 경감한 취득세 3,731,850원, 지방교육세 293,840원 계 4,025,690원을 부과·고지(이하 “이 사건 부과처분”이라 한다)하였다.
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1) ㊄리 432-51(임야, 662㎡), 432-56(도로, 165㎡), 432-76(임야, 7㎡), 432-89(임야, 5.5㎡), 423-92(목장용지, 3.5㎡), 423-100(임야, 6㎡), 423-104(임야, 1.5㎡), 432-107(임야, 3㎡), 432-141(임야, 662㎡)
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2. 심사청구의 취지와 이유
가. 청구 취지
이 사건의 청구 취지는 이 사건 부과처분을 취소하여 달라는 것이다.
나. 청구 이유
쟁점토지가 경사가 심하고, 암반이 많아 암반 깨는 장비 수배 및 암반제거 소음 민원 등으로 토목공사가 지체되는 등 쟁점토지 취득일로부터 1년 이내에 해당 용도로 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있는데도 이 사건 부과처분을 한 것은 부당하다.
3. 처분청의 의견
제1토지의 경우 감면 유예기간(1년)이 경과한 2022. 12. 21.에 건축물 사용승인을 받았고 제2토지의 경우 개발행위를 계획 중인 상태로 감면 유예기간 내에 해당 용도로 직접 사용한 것으로 볼 수 없으며, 제1토지가 암반지나 경사지 등에 해당하여 토목공사가 지연될 수 있다는 사실은 사전에 지반조사 및 현장확인 등을 통해 확인할 수 있는 사항으로 정당한 사유로 볼 수 없어 이 사건 부과처분은 정당하다.
4. 우리 원의 판단
가. 다툼
이 사건의 다툼은 청구인이 쟁점토지를 정당한 사유 없이 취득일로부터 1년이 경과할 때까지 이 사건 고유업무에 직접 사용하지 않은 것으로 보아 이 사건 부과처분을 한 것이 적법한지 여부이다.
나. 인정사실
이 사건 관련 기록 등을 검토해 보면 다음과 같은 사실이 인정된다.
1) 청구인은 2016. 2. 29. 고용노동부장관으로부터 인증을 받은 사회적기업2)으로서 노인과 장애인 등 취약계층의 복지여행 및 문화누리여행사업을 하고 있다.
2) 청구인은 2020. 10. 8. 개최된 이사회에서 제1토지에 개발기간을 2년으로하여 ㊂ 사옥 및 원예하우스 전시장을 건립하기로 의결하였다.
3) 2020. 10. 8. 이사회 의결 후 작성된 청구인의 ‘㊂ 사옥 및 원예하우스&전시장’ 사업계획서에 따르면 청구인은 2020년에 쟁점토지 매입 및 건축허가를, 2021년에 토목공사 및 건축을, 2023년에 본사 이전 및 사업 진행을 추진하여, 노인과 장애인 등 취약계층 등을 위한 원예학교, 생태캠프 등 프로그램 운영(이하 “이 사건 고유업무3)”라 한다)을 하기로 하였다.
4) ‘2021 사업계획서-사회적 쉼 프로젝트 in ㊂’에 따르면 2020년에 쟁점토지 매입 및 건축허가를, 2021년에 토목공사 및 건축을, 2021년 9월에 제2토지 추가 매입을, 2023년에 본사 이전 및 사업 진행을 추진하는 것으로 계획을 세웠다.
5) ‘2023년 사업계획서’에 따르면 2021년에 건축 및 토목허가를, 2022년에 토목공사 및 건축을, 2023년에 본사 이전 및 사업 진행을 추진하는 것으로 계획을 세웠고, 시설계획으로 센터(원예치유센터, 아트테라피연구소, 크리아트, 숲속작은도서관, 면역공방)를 건립하여 원예교실, 생태캠프 등 이 사건 고유업무를 운영하기로 하였다.
6) 청구인은 2021. 11. 1. 이사회에서 제2토지를 매입하여 방문객의 편의를 제공할 수 있는 주차장 부지를 건설하기로 의결하였다.
7) 청구인은 2020. 10. 12.에 제1토지를 2021. 11. 18.에 제2토지를 각 취득하면서 이는 사회적기업의 고유업무에 직접 사용되는 부동산 취득이므로 구 「지방세특례제한법」 제22조의4에 따라 취득세의 100분의 50을 감면세액으로 하여취득세 등을 신고·납부하였다.
8) 청구인은 2021. 4. 27. 제1토지에 건축신고를 하여 신축한 건축물(이하 “제1건축물”이라 한다)에 대해 2022. 12. 21. 사용승인을 받았고 2023. 3. 9. 제1토지에 건축신고를 하여 신축한 또 다른 건축물(이하 “제2건축물”이라 한다)에 대해2023. 6. 1. 사용승인을 받았으며, 2024. 7. 15. 제2토지에 건축신고를 하여 2024.11. 14. 건축물(이하 “제3건축물”이라 한다) 신축에 착공하는 등 자금조달 등의문제로 [표]와 같이 쟁점토지에서 건축물을 순차적으로 건축하였다.

자료: 처분청 제출자료
9) 청구인은 제1건축물 토목공사와 관련하여 2021년 7월부터 12월까지4) 공사대금을 지출하였는데 공사 중 발견된 암반파쇄작업을 위해 같은 해 7. 22.과 8. 9. 2차례5)에 걸쳐 포크레인 사용료를 지출하였다.
10) 청구인은 [사진]과 같은 현장사진, 토목공사 지급대장 외 암반 제거 작업일정을 확인할 수 있는 구체적인 작업일지 등은 제출하지 않았으며, [사진]과 같이 제1토지 제1건축물의 대지는 2021. 12. 4. 조성되었다.
[사진] 제1토지 제1건축물 공사 현장

11) 쟁점토지 내 신설된 주식회사 부설 센터지점은 2023. 2. 10. 설치되었고, 사업자등록증상의 개업일은 같은 해 5. 1.이다.
12) 처분청은 2023. 5. 3. 쟁점토지가 정당한 사유 없이 그 취득일로부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용되지 아니한 경우로 보아 기 경감한 취득세를 추징하기 위한 과세예고를 하였다.
13) 청구인은 이에 불복하여 2023. 6. 12. ㊃도지사에게 과세전적부심사청구를 하였으나 같은 해 8. 9. 불채택 결정되자 처분청은 같은 해 8. 10. 이 사건부과처분을 하였다.
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2) 「사회적기업 육성법」 제2조 제1호에 따르면 “사회적기업”이란 취약계층에게 사회서비스 또는 일자리를 제공하거나 지역사회에 공헌함으로써 지역주민의 삶의 질을 높이는 등의 사회적 목적을 추구하면서 재화및 서비스의생산ㆍ판매 등 영업활동을 하는 기업으로서 제7조에 따라 인증받은 자를 말한다
3) 구 「지방세특례제한법」 제2조 제1항 제1호에 따르면 “고유업무”란 법령에서 개별적으로 규정한 업무와 법인등기부에 목적사업으로 정하여진 업무를 말하며, 2023. 2. 10. 청구인은 힐링센터운영업, 체험학습운영업 등의 사업목적을 법인등기부에 추가
4) 2021. 7. 20. 6W 포크레인 및 덤프트럭 명목으로 7,546,000원 지출 등
5) 8W 포크레인 사용료로 2021. 7. 22. 11,880,000원, 2021. 8. 9. 4,000,000원 지출
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다. 관계 법령
이 사건과 관계되는 법령은 구 「지방세특례제한법」 제2조 등 [별지] 기재와 같다.
라. 판단
구 「지방세특례제한법」 제22조의4 제1호 나목에 따르면 사회적기업이 그 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의50을 경감하되, 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 면제된 취득세를 추징한다. 취득세를 감면받은 부동산을 정당한 사유 없이 유예기간이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 않았는지 여부는 특별한 사정이 없는 한 그 취득일을기준으로 기산하여 판단하여야 한다.6)
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6) 대법원 2022. 11. 17. 선고 2022두47063 판결 참조
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비영리단체가 법령에 의한 금지·제한 등 부동산을 취득할 당시 유예기간 내에그 고유업무에 직접 사용할 수 없는 법령상의 장애사유가 있음을 알았거나, 쉽게 알 수 있었던 상황에서 부동산을 취득하였고, 취득 후 유예기간 내에 당해 부동산을 그 고유업무에 직접 사용하지 못한 것이 동일한 사유 때문이라면, 취득 전에 존재한 법령상의 장애사유가 충분히 해소될 가능성이 있었고 실제 그 해소를 위해 노력하여 이를 해소하였는데도 예측하지 못한 전혀 다른 사유로 그 고유업무에 사용하지 못하였다는 등의 특별한 사정이 없는 한, 그 법령상의 장애사유는 당해 토지를 그 업무에 직접 사용하지 못한 것에 대한 정당한 사유가될 수 없다.7)
위 관계 법령 및 인정사실 등에 비추어 청구인이 쟁점토지를 정당한 사유 없이 취득일로부터 1년이 경과할 때까지 이 사건 고유업무에 직접 사용하지 않은 것으로 보아 이 사건 부과처분을 한 것이 적법한지 여부를 살펴보면 ①청구인은 제1토지의 경우 취득일인 2020. 10. 12.로부터 2년 6개월이 지난 2023. 5. 1. 센터를 개업하였고8) 제2토지의 경우 취득일인 2021. 11. 18.로부터 2년 8개월이 지난 2024. 7. 15. 건축허가를 받는 등 쟁점토지 취득일로부터 1년 이내에 이 사건 고유업무에 직접 사용하지 못한 점, ② 청구인의 이사회 회의록, 사업계획서 등에 따르면 청구인은 2023년에 쟁점토지에 센터를 건립하여 이 사건 고유업무를 한다고 되어 있는 등 청구인은 쟁점토지를 취득할 당시부터 감면
유예기간인 1년 이내에 쟁점토지를 이 사건 고유업무에 사용할 계획이 없었던 점, ③ 청구인은 쟁점토지가 경사가 심하고 암반이 많아 공사가 지체되었다고 주장하나 쟁점토지가 경사가 심하다는 사실은 취득 당시부터 알 수 있었고 암반파쇄작업에 소요된 기간은 2개월여에 불과한 점, ④ 청구인은 제1토지의 경우 취득일로부터 4개월이 지나 건축신고를 했다가 그로부터 1년 5개월이 지난 시점에 다시 건축 연면적, 건축 층수 등을 변경하는 건축변경신고를 하는 등으로 토지 취득일로부터 2년 2개월이 지난 2022. 12. 21. 지상에 신축된 건축물에 대해 사용승인을 받았고 제2토지의 경우 취득일부터 2년 8개월이 지나 건축신고를 한 점 등을 종합적으로 고려할 때 청구인이 쟁점토지를 정당한 사유 없이 취득일로부터 1년이 경과할 때까지 이 사건 고유업무에 직접 사용하지 않은 것으로 보아야 하므로 이 사건 부과처분이 부당하므로 취소하여 달라는 청구인의주장은 받아들이기 어렵다.
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7) 대법원 2012. 12. 13. 선고 2011두1948 판결 참조
8) 구 「지방세특례제한법」 제22조의4 제1호 나목의 경감된 취득세 추징 사유인 ‘취득한 부동산을 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 경우’라 함은 토지에 건물을 건축하였다는 것만으로 부족하고, 토지와 건물에서 당해 업종의 영업을 개시하는 것이라고 봄이 타당함[대법원 2013. 3. 14 선고 2012두25200 판결(2심: 부산고등법원 2012. 10.12 선고 2012누997 판결), 대법원 2014. 8. 11. 선고 2014두7749 판결(2심: 서울고등법원 2014. 4. 24. 선고 2013누27960 판결), 대법원 2008. 5. 29. 선고 2008두3319 판결 참조]
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5. 결론
그렇다면 이 사건 심사청구는 이유 없다고 인정되므로 「감사원법」 제46조 제2항에 따라 주문과 같이 결정한다.
[별지]
관계 법령
□ 구 「지방세특례제한법」(2020. 12. 22. 법률 제17651호로 개정되기 전의 것)
○ 제2조(정의)
① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
1. “고유업무”란 법령에서 개별적으로 규정한 업무와 법인등기부에 목적사업으로 정하여진 업무를 말한다.
2.~7. (생략)
8. “직접 사용”이란 부동산ㆍ차량ㆍ건설기계ㆍ선박ㆍ항공기 등의 소유자가 해당 부동산ㆍ차량ㆍ건설기계ㆍ선박ㆍ항공기 등을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것을 말한다.
(이하 생략)
○ 제22조의4(사회적기업에 대한 감면)
「사회적기업 육성법」 제2조 제1호에 따른 사회적기업(「상법」에 따른 회사인 경우에는 「중소기업기본법」 제2조 제1항에 따른 중소기업으로 한정한다)에 대해서는 다음 각 호에서 정하는 바에따라 지방세를 2021년 12월 31일까지 경감한다.
1. 그 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 50을 경감한다. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 경감된 취득세를 추징한다.
가. (생략)
나. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접사용하지 아니하는 경우
(이하 생략)
□ 구 「지방세특례제한법 시행령」(2020. 12. 31. 대통령령 제31344호로 개정되기 전의 것)
○ 제123조(직접 사용의 범위)
법 또는 다른 법령에서의 토지에 대한 재산세의감면규정을 적용할 때 직접 사용의 범위에는 해당 감면대상 업무에 사용할 건축물을 건축 중인 경우를 포함한다.
□ 「사회적기업 육성법」
○ 제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
1. “사회적기업”이란 취약계층에게 사회서비스 또는 일자리를 제공하거나 지역사회에 공헌함으로써 지역주민의 삶의 질을 높이는 등의 사회적 목적을 추구하면서 재화 및 서비스의 생산ㆍ판매 등 영업활동을 하는 기업으로서 제7조에 따라 인증받은 자를 말한다. (이하 생략)
○ 제7조(사회적기업의 인증)
① 사회적기업을 운영하려는 자는 제8조의 인증 요건을 갖추어 고용노동부장관의 인증을 받아야 한다.
② 고용노동부장관은 제1항에 따른 인증을 하려면 고용정책심의회의 심의를 거쳐야 한다.