청구법인이 이 사건 부동산 취득 시 쟁점규정에 따라 취득세 중과세율의 적용이 배제되어 취득세가 경감된 것이 ｢농어촌특별세법｣ 제2조 제1항의 “감면”에 해당하는지 여부를 살펴보면, ① 농어촌특별세 과세대상에 해당하는 감면의 종류를 열거하고 있는 ｢농어촌특별세법｣ 제2조 제1항에 쟁점감면 등과 ｢지방세법｣ 제15조 제1항에 따른 취득세 특례세율의 적용만 규정되어 있고 쟁점규정은 따로 명시되어 있지 않는데도 쟁점규정을 농어촌특별세 과세대상으로 보는 것은 과세요건 법정주의·명확주의에 위배되는 점, ② ｢농어촌특별세법｣ 제정 당시 법안을 작성한 재무부가 발간한 ｢농어촌특별세법 해설｣에 따르면 농어촌특별세의 과세대상이 되는 조세감면은 ｢조세특례제한법｣ 등에서 쟁점감면 등으로 명시되어 있는 경우를 말하므로 익금불산입, 준비금의 손금산입, 특별감가상각비의 계상 등의 경우 조세감면이기는 하나 농어촌특별세의 과세대상이 아니고, 관세의 경우에도 할당관세와 같이 세율자체를 경감하는 것은 감면으로 보지 아니하도록 되어 있는바, 세액 산출 이전에 세율의 적용을 규정한 쟁점규정이 농어촌특별세가 부과되는 감면유형인 비과세, 세액면제, 세액감면, 소득공제의 어느 범주에도 포함된다고 보기는 어려운 점 등 종합적으로 고려할 때 청구법인이 이 사건 부동산 취득 시 쟁점규정에 따라 취득세 중과세율의 적용이 배제되어 취득세가 경감된 것은 ｢농어촌특별세법｣ 제2조 제1항의 “감면”에 해당하지 아니한다.

처분청은 2023. 3. 21. 청구인에게 한 농어촌특별세 경정청구거부처분을 취소하여야 한다.

1. 원 처분의 요지

 

가. 청구법인은 ｢부동산투자회사법｣ 제2조 제1호에 따라 설립된 부동산투자회사로서 2022. 11. 24. 서울특별시 ㊁구 ㊂로 XX 소재 건물 및 토지(이하 “이 건 부동산”이라 한다)를 취득한 후, 취득세 과세표준 487,660,323,970원에 대하여 ｢지방세특례제한법｣ 제180조의2 제1항 제1호(이하 “쟁점규정”이라 한다)에 따라 취득세 중과세율을 적용하지 아니하고 표준세율을 적용하여 산출한 취득세 19,506,412,950원, 지방교육세 1,950,641,290원, 농어촌특별세 4,876,603,230원 계 26,333,657,470원을 신고·납부하였다.

나. 청구법인은 2023. 1. 25. 쟁점규정이 ｢농어촌특별세법｣ 제2조 제1항에 따른 “감면”에 해당하지 아니한다는 사유로 청구법인이 납부한 농어촌특별세¹⁾ 4,876,603,230원 중 쟁점규정에 따른 취득세 경감분 3,901,282,590원(이하 “이 사건 농어촌특별세”라 한다)에 대하여 경정청구를 하였으나, 처분청은 2023. 3. 21. 위 경정청구를 거부(이하 “이 사건 거부처분”이라 한다)하였다.

 

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주1) 부동산 등을 취득할 때 납부해야 할 농어촌특별세는 ｢지방세법｣ 및 ｢지방세특례제한법｣에 따라 감면을 받는 취득세 감면세액에 100분의 20을 곱하여 계산한 금액과 표준세율을 100분의 2로 적용하여 산출한 취득세액에 100분의 10을 곱하여 계산한 금액을 합한 금액임(｢농어촌특별세법｣ 제5조 제1항 제1호 및 제6호)

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2. 심사청구의 취지와 이유

 

가. 청구 취지

 

이 사건의 청구 취지는 이 사건 거부처분을 취소하여 달라는 것이다.

 

나. 청구 이유

 

1) 취득세 감면에 대해 농어촌특별세의 납세의무가 성립하려면 ｢농어촌특별세법｣ 제2조 제1항에 따라 ① ｢지방세법｣ 또는 ｢지방세특례제한법｣ 등에 따라 취득세가 부과되지 아니하거나 경감되는 경우로서 ② 비과세ㆍ세액면제ㆍ세액감면ㆍ세액공제 또는 소득공제(이하 “쟁점감면 등”이라 한다)에 해당하거나, ｢지방세법｣ 제15조 제1항에 따른 취득세 특례세율의 적용에 해당하여야 하는데 쟁점규정에 따라 취득세 중과세율의 적용을 배제할 경우 중과세율을 적용할 경우에 비해 취득세가 경감되기는 하나, 중과세율 적용의 배제는 쟁점감면 등에 해당하지 않는다. 지방세관계법상 세액감면에 대한 정의가 따로 규정되어 있지 않아 중과세율 적용을 배제함에 따라 취득세가 경감되므로 세액감면에 해당한다는 주장이 있을 수 있으나, 통상적으로 세액감면은 과세표준에 세율을 곱하여 세액을 산출한 이후 지방세관계법에 따른 감면규정을 적용하여 그 세액을 경감하는 방식을 말한다고 봄이 타당하며, 이와 달리 세액 산출 이전에 세율의 적용에 관한 사안인 중과세율의 적용 배제는 세액감면의 범주에 포함된다고 보기는 어렵다.

이와 관련하여 대법원²⁾도 쟁점규정은 중과세율의 적용 배제만 규정하였을 뿐 세액감면은 전혀 규정하지 않았다고 판단하고 있는바, ‘세액감면’과 ‘중과세율의 배제’는 구분되는 의미로 보아야 한다.

 

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주2) “구 ｢조세특례제한법｣ 제120조 제4항 제1호는 부동산투자회사가 취득하는 부동산에 대하여 한시적으로 취득세의 세액 30%를 감면하고, 이 경우 중과세율의 적용을 배제한다고 명시하고 있어 법률 문언상 당연히 세액감면과 중과세 배제의 중복적용이 가능했던 반면, 위 규정이 삭제된 후 새로이 부동산투자회사의 취득세 감면에 대하여 규정하게 된 구 ｢지방세특례제한법｣ 제180조의2 제1항 제1호는 중과세율 적용 배제만 규정하였을 뿐 세액감면은 전혀 규정하지 않았다.”라고 판시함[서울행정법원 2022. 2. 11. 선고 2021구합686360 판결(서울고등법원 2022. 10. 27. 선고 2022누38375 판결, 대법원 2023. 3. 16 자 2022두66125 심리불속행 상고기각 판결로 확정)

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따라서 쟁점규정에 따른 중과세율 적용 배제는 쟁점감면 등에 해당하지 아니하므로 이 사건 거부처분은 부당하다.

 

2) ｢농어촌특별세법｣의 소관부처인 기획재정부는 중과세율의 적용 배제가 ｢농어촌특별세법｣상 과세대상인 쟁점감면 등에 해당하지 아니한다고 일관되게 해석3)해 왔다.

 

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주3) 기획재정부 질의회신: 조세지출예산과-190, 2007. 3. 27., 조세특례제도과-710, 2022. 10. 18.

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3. 처분청의 의견

 

청구법인은 쟁점규정에 따른 중과세율의 적용 배제가 ｢농어촌특별세법｣ 제2조에 따른 쟁점감면 등에 해당하지 않기 때문에 농어촌특별세 납세의무가 성립하지 않는다고 주장하나, 다음과 같은 사유로 쟁점규정에 따른 중과세율의 적용배제는 감면에 해당하므로 이 사건 거부처분은 정당하다.

 

가. ｢지방세특례제한법｣ 제2조 제1항 제6호에 따르면 ‘지방세 특례’를 세율의 경감, 세액감면, 세액공제, 과세표준 공제(중과세 배제, 재산세 과세대상 구분전환을 포함)로 규정하고 있고, 같은 법 제4조 제2항에 따르면 지방자치단체는 ｢지방세법｣ 제13조 및 제28조 제2항에 따른 중과세의 배제를 통한 지방세 감면을 할 수 없다고 규정하여 중과세의 배제가 지방세 감면에 해당함을 명시하고 있다. 그리고 ‘감면’의 개념을 사전적 의미로 해석하더라도 중과세율 적용 배제를 통하여 조세부담을 덜어주므로 감면의 범주로 볼 수 있으며, 행정안전부4)도 ｢지방세특례제한법｣ 제2조 제1항 제6호에서 정의된 ‘지방세 특례’는 모두 납세자의 세액을 감소시키는 것으로 넓은 의미에서 모두 감면에 해당한다고 판단하였다. 또한 최근 대법원에서 쟁점규정이 ｢지방세특례제한법｣ 제180조에서 그 중복적용을 배제하고 있는 감면 규정에 포함된다고 해석함이 타당하다고 판결5)한 바 있다.

 

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주4) 행정안전부 질의회신: 지방세특례제도과-249, 2020. 2. 6.

주5) 서울행정법원 2022. 2. 11. 선고 2021구합686360 판결(서울고등법원 2022. 10. 27. 선고 2022누38375 판결, 대법원 2023. 3. 16 자 2022두66125 심리불속행 상고기각 판결로 확정)

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나. 농어촌특별세는 국세와 지방세를 본세로 하여 부가세 방식으로 부과되는 조세로서 ｢농어촌특별세법｣ 제2조 제3항에서 ｢농어촌특별세법｣에서 정하지 아니한 다른 용어에 대한 정의는 본세에 관한 법률이 정하는 바에 따른다고 규정하고 있고, 같은 조 제1항에 따르면 ‘감면’이란 쟁점감면 등 뿐만 아니라 특정한 특례세율이 적용되는 경우를 망라하도록 되어 있다. 즉, 같은 조 제1항 제2호6) 및 제3호⁷⁾에서 특례세율이 적용되는 경우를 ‘감면’에 해당하는 것으로 규정하고 있는바, 특정세율을 배제하고 일정한 세율(특례세율)을 적용하는 것이 ‘감면’에 해당함을 알 수 있다. 따라서 쟁점규정은 본세인 취득세 ‘감면’에 포함되고, ｢농어촌특별세법｣ 제2조에 따른 ‘감면’에 해당된다고 할 수 있다.

 

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주6) ｢조세특례제한법｣ 제72조 제1항에 따른 조합법인 등에 대한 법인세 특례세율의 적용 또는 같은 법 제89조 제1항 및 제89조의3에 따른 이자소득ㆍ배당소득에 대한 소득세 특례세율의 적용

주7) ｢지방세법｣ 제15조 제1항에 따른 취득세 특례세율의 적용

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4. 우리 원의 판단

 

가. 다툼

 

｢농어촌특별세법｣ 제2조 제1항, 제3조 제1호 및 제5조 제1항에 따르면 부동산을 취득할 때 ｢지방세법｣ 및 ｢지방세특례제한법｣에 따라 취득세의 감면을 받는 자는 감면을 받는 취득세의 감면세액에 100분의 20을 곱하여 계산한 금액을 농어촌특별세액으로 납부하여야 하는데, 이때 “감면”이란 취득세가 부과되지 아니하거나 경감되는 경우로서 비과세ㆍ세액면제ㆍ세액감면ㆍ세액공제 또는 소득공제 또는 ｢지방세법｣ 제15조 제1항에 따른 취득세 특례세율의 적용에 해당하는 것을 말한다.

 

이 사건의 다툼은 청구법인이 이 사건 부동산 취득 시 쟁점규정에 따라 취득세 중과세율이 적용되지 않고 표준세율이 적용되어 취득세가 경감되었는데 취득세 경감이 ｢농어촌특별세법｣ 제2조 제1항의 “감면”에 해당하는지 여부이다.

 

만일 취득세 경감이 ｢농어촌특별세법｣ 제2조 제1항의 “감면”에 해당한다면 농어촌특별세 납세의무는 성립하고, 취득세 경감이 ｢농어촌특별세법｣ 제2조 제1항의 “감면”에 해당하지 않는다면 농어촌특별세 납세의무는 불성립한다.

 

나. 인정사실

 

이 사건 관련 기록 등을 검토해 보면 다음과 같은 사실이 인정된다.

1) 청구법인은 2022. 7. 26. ｢부동산투자회사법｣ 제2조 제1호에 따라 자산을 부동산, 부동산개발사업, 부동산 사용에 관한 권리 등에 투자하여 얻은 수익을 주주에게 배당하는 것을 목적으로 설립된 부동산투자회사이다.

2) 청구법인은 2022. 11. 24. 이 사건 부동산이 ｢지방세법｣ 제13조 제2항 제1호에 따른 취득세 중과세율 적용 대상이나 쟁점규정에 따라 취득세 중과세율의 적용이 배제되어 취득세가 경감되므로, 이를 ｢농어촌특별세법｣ 제2조 제1항에 따른 “감면”으로 보아 취득세 표준세율⁸⁾과 중과세율⁹⁾의 차이로 인해 경감되는 취득세액 19,506,412,950원¹⁰⁾에 100분의 20을 곱하여 산출한 이 사건 농어촌특별세 3,901,282,590원을 포함하여 [표 1]과 같이 이 사건 부동산에 대한 취득세 등 26,333,657,470원을 신고·납부하였다.

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주8) 1천분의 40(｢지방세법｣ 제11조 제1항 제7호 나목)

주9) 1천분의 40(표준세율)×10 분의 300-1천분의 20(중과기준세율)×10 분의 200=1천분의 80

주10) 487,660,323,970원(취득세 과세표준)×(1천분의 80-1천분의 40)

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3) 청구법인은 2023. 1. 25. 쟁점규정에 따른 취득세 중과세율의 적용 배제는 ｢농어촌특별세법｣ 제2조 제1항에 따른 “감면”에 해당하지 아니한다는 기획재정부 질의회신¹¹⁾을 근거로 이 사건 농어촌특별세에 대하여 경정청구를 하였으나, 처분청은 2023. 3. 21. 이 사건 거부처분을 하였다.

 

4) 재무부는 1994. 3. 24. ｢농어촌특별세법｣¹²⁾ 제정 당시 ｢농어촌특별세법 해설｣을 발간하였는데, 위 해설에 따르면 농어촌특별세가 부과되는 조세감면은 ｢농어촌특별세법｣ 제2조에서 정의된 감면으로 그 범위가 한정되므로 농어촌특별세가 부과되는 조세감면의 유형은 조세감면규제법¹³⁾ 등에서 “비과세, 세액면제, 세액감면, 세액공제 또는 소득공제”로 명시되어 있거나¹⁴⁾ 감면의 실질내용이 이들과 동일한 경우 및 공공법인의 우대세율·세금우대저축 등에 5% 우대세율이 적용되는 경우¹⁵⁾를 말한다고 되어 있고, ｢조세감면규제법｣에서 규정하고 있는 익금불산입, 준비금손금산입, 특별감가상각비의 계상, 공익법인에 대한 소득계산의 특례, 기부금 손금산입특례 등은 조세감면이기는 하나 농어촌특별세의 과세대상은 아니며, 관세의 경우에도 할당관세¹⁶⁾와 같이 세율자체를 경감하는 것은 감면으로 보지 아니한다고 되어 있다.

 

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주11) 기획재정부 질의회신: 조세특례제도과-710, 2022. 10. 18.

주12) ｢농어촌특별세법｣은 우루과이라운드(UR) 타결 및 세계무역기구(WTO) 출범에 따른 농어업의 경쟁력 강화와 농어촌산업기반시설의 확충 및 농어촌지역 개발사업을 위하여 필요한 재원을 확보함을 목적으로 하여 1994. 3. 24. 법률 제4743호로 제정되어 1994. 7. 1. 시행됨

주13) ｢조세감면규제법｣이 1998. 12. 28. 법률 제5584호로 전부개정되면서 법률 명칭이 ｢조세특례제한법｣으로 바뀜14) 구 ｢농어촌특별세법｣(1994. 3. 24. 법률 제4743호로 제정된 것) 제2조 제1항 제1호의 내용

주14) 구 ｢농어촌특별세법｣(1994. 3. 24. 법률 제4743호로 제정된 것) 제2조 제1항 제1호의 내용

주16) 특정 물품의 수입을 촉진 또는 억제하기 위하여 관세를 일시적으로 낮추거나 높이는 것을 말함

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5) ｢지방세특례제한법｣ 제180조의2 제1항 각 호의 회사(이하 “부동산 간접투자회사”라 한다)가 취득하는 부동산에 대한 취득세 특례 규정 및 이와 관련된 농어촌특별세법령의 개정 연혁을 구체적으로 살펴보면 [표 2]와 같다.

 

 

6) 기획재정부는 현행 ｢지방세특례제한법｣ 제180조의2 제2항¹⁷⁾에 대하여 농어촌특별세 과세대상에 해당하지 아니한다고 신설 당시부터 일관하여 해석¹⁸⁾ 하여 왔고, 쟁점규정이 ｢조세특례제한법｣에서 ｢지방세특례제한법｣으로 이관된 이후에도 농어촌특별세 과세대상 여부에 대하여 종전과 동일하게 농어촌특별세 과세대상에 해당하지 아니한다고 해석¹⁹⁾하여 왔다.

 

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주17) 구 ｢조세특례제한법｣(2006. 12. 26. 법률 제8086호로 개정되기 전의 것) 제119조 제7항

주18) 기획재정부 질의회신: 조세지출예산과-190, 2007. 3. 27.

주19) 기획재정부 질의회신: 조세특례제도과-710, 2022. 10. 18.

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다. 관계 법령

 

이 사건과 관계되는 법령은 ｢농어촌특별세법｣ 제2조 제1항 제1호 등 [별지] 기재와 같다.

 

라. 판단

 

｢농어촌특별세법｣ 제3조 제1호 및 제5조 제1항 제1호에 따르면 ｢지방세법｣ 및 ｢지방세특례제한법｣ 등에 따라 취득세의 감면을 받는 자는 감면을 받는 취득세의 감면세액에 100분의 20을 곱하여 계산한 금액을 농어촌특별세액으로 납부하여야 한다. 이때 “감면”이란 ｢농어촌특별세법｣ 제2조 제1항에 규정된 바와 같이 ｢지방세법｣ 및 ｢지방세특례제한법｣ 등에 따라 취득세가 부과되지 아니하거나 경감되는 경우로서 쟁점감면 등 또는 ｢지방세법｣ 제15조 제1항에 따른 취득세 특례세율의 적용에 해당하는 경우를 말한다.

 

｢지방세법｣ 제13조 제2항 본문 및 제1호에 따르면 ｢수도권정비계획법｣ 제6조에 따른 과밀억제권역(｢산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률｣을 적용받는 산업단지는 제외한다. 이하 “대도시”라 한다)에서 법인을 설립하거나 지점 또는 분사무소를 설치하는 등에 따라 대도시의 부동산을 취득(그 설립ㆍ설치ㆍ전입 이후의 부동산 취득을 포함한다)하는 경우의 취득세는 ｢지방세법｣ 제11조 제1항의 표준세율의 100분의 300에서 중과기준세율²⁰⁾의 100분의 200을 뺀 세율을 적용하고(중과세율을 적용하고), ｢지방세법｣ 제15조 제1항에 따르면 각 호²¹⁾의 어느 하나에 해당하는 취득에 대한 취득세는 같은 법 제11조 및 제12조에 따른 세율(표준세율)에서 중과기준세율을 뺀 세율(특례세율)로 산출한 금액을 그 세액으로 한다.

 

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주20) 1천분의 20(｢지방세법｣ 제6조 제19호)

주21) 환매등기를 병행하는 부동산의 매매로서 환매기간 내에 매도자가 환매한 경우의 그 매도자와 매수자의 취득(제1호) 등 형식적인 취득 등에 해당하는 경우를 제1호부터 제7호까지 규정하고 있음

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｢지방세특례제한법｣ 제2조 제6호에 따르면 “지방세 특례”란 세율의 경감, 세액감면, 세액공제, 과세표준 공제(중과세 배제, 재산세 과세대상 구분전환을 포함한다) 등을 말하고, 같은 법 제180조에 따르면 동일한 과세대상에 대하여 지방세를 감면할 때 둘 이상의 감면규정이 적용되는 경우에는 그 중 감면율이 높은 것 하나만을 적용하며, 쟁점규정에 따르면 ｢부동산투자회사법｣ 제2조 제1호에 따른 부동산투자회사가 취득하는 부동산에 대해서는 ｢지방세법｣에 따른 취득세를 과세할 때 2024년 12월 31일까지 같은 법 제13조 제2항 본문의 세율(중과세율)을 적용하지 아니한다.

 

조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니한다²²⁾.

 

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주22) 대법원 2004. 5. 28. 선고 2003두7392 판결

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위 관계법령 및 법리 등에 비추어 청구법인이 이 사건 부동산 취득 시 쟁점규정에 따라 취득세 중과세율의 적용이 배제되어 취득세가 경감된 것이 ｢농어촌특별세법｣ 제2조 제1항의 “감면”에 해당하는지 여부를 살펴보면, ① 농어촌특별세 과세대상에 해당하는 감면의 종류를 열거하고 있는 ｢농어촌특별세법｣ 제2조 제1항에 쟁점감면 등과 ｢지방세법｣ 제15조 제1항에 따른 취득세 특례세율의 적용만 규정되어 있고 쟁점규정은 따로 명시되어 있지 않는데도 쟁점규정을 농어촌특별세 과세대상으로 보는 것은 과세요건 법정주의·명확주의에 위배되는 점, ② ｢농어촌특별세법｣ 제정 당시 법안을 작성한 재무부가 발간한 ｢농어촌특별세법 해설｣에 따르면 농어촌특별세의 과세대상이 되는 조세감면은 ｢조세특례제한법｣ 등에서 쟁점감면 등으로 명시되어 있는 경우를 말하므로 익금불산입, 준비금의 손금산입, 특별감가상각비의 계상 등의 경우 조세감면이기는 하나 농어촌특별세의 과세대상이 아니고, 관세의 경우에도 할당관세와 같이 세율자체를 경감하는 것은 감면으로 보지 아니하도록 되어 있는바²³⁾, 세액 산출 이전에 세율의 적용을 규정한 쟁점규정이 농어촌특별세가 부과되는 감면유형인 비과세, 세액면제, 세액감면, 소득공제의 어느 범주에도 포함된다고 보기는 어려운 점, ③ 2010. 3. 31. 법률 제10221호로 전부 개정된 구 ｢지방세법｣ 제15조 제1항(2015. 7. 24. 법률 제13427호로 개정·시행되기 전의 것)에 종전 취득세 비과세 대상²⁴⁾에 대하여 비과세는 적용하지 않고 표준세율보다 낮은 세율을 적용하는 취득세 특례세율을 도입하자 2010. 12. 30. 법률 제10422호로 개정된 ｢농어촌특별세법｣ 제2조 제1항 제3호에 취득세 특례세율의 적용을 농어촌특별세 과세대상인 감면에 해당하는 것으로 추가한 것을 볼 때 ｢농어촌특별세법｣은 농어촌특별세의 과세에 영항을 미치는 지방세관계법의 개정사안에 대해 이를 반영하여 개정한 것으로 보이고, 쟁점규정에 따라 경감된 취득세액이 농어촌특별세 과세대상에 해당한다면 위와 같이 별도의 규정을 두어야 함이 ｢농어촌특별세법｣의 법률체계상 타당해 보이나²⁵⁾, 2011. 5. 19. 법률 제10631호로 개정·시행된 구 ｢조세특례제한법｣ 제120조 제4항(2013. 1. 1. 법률 제11614호로 개정되기 전의 것)에 부동산 간접투자회사의 대도시 내 부동산 취득에 대해 취득세 중과세율의 적용 배제를 처음 규정할 때 및 2014. 12. 31. 개정·시행된 구 ｢지방세특례제한법｣에서 쟁점규정을 신설할 때 이와 관련한 ｢농어촌특별세법｣의 개정사항은 없는 것으로 확인되는 점, ④ ｢농어촌특별세법｣ 소관부처인 기획재정부는 쟁점규정에 따른 취득세 중과세율의 배제가 ｢농어촌특별세법｣ 제2조 제1항에 해당하지 아니한다고 일관되게 해석해 온 점, ⑤ 쟁점규정에 따른 중과세율의 적용 배제가 감면에 해당하므로 이 사건 거부처분은 정당하다는 주장의 근거로 처분청이 제시한 판결²⁶⁾은 쟁점규정이 ｢지방세특례제한법｣상 감면규정에 해당하여 같은 법 제180조 중복 감면의 배제규정 적용 대상이라는 판결로서 쟁점규정에 따른 취득세 중과세율의 배제가 농어촌특별세의 과세대상인 ｢농어촌특별세법｣ 제2조 제1항의 “감면”에 해당한다고 판단한 것은 아니므로 이를 그대로 원용하기는 어려운 점 등을 종합적으로 고려할 때 청구법인이 이 사건 부동산 취득 시 쟁점규정에 따라 취득세 중과세율의 적용이 배제되어 취득세가 경감된 것은 ｢농어촌특별세법｣ 제2조 제1항의 “감면”에 해당하지 아니한다. 따라서 처분청의 거부처분은 ｢지방세특례제한법｣상 감면과 농어촌특별세 과세대상 감면에 관한 법리를 오해하여 잘못된 결론에 이른 위법이 있다.

 

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주23) 재무부(1994), ｢농어촌특별세법 해설｣, pp. 11, 과천:재무부

주24) 구 ｢지방세법｣ 제110조(형식적인 소유권의 취득 등에 대한 비과세)는 농어촌특별세법 제2조 제1항 제1호에 따른 쟁점감면 등에 해당하여 농어촌특별세 과세대상이었음

주25) 조세심판원 2023. 10. 24. 자 2022지0798 결정 등

주26) 서울행정법원 2022. 2. 11. 선고 2021구합686360 판결(서울고등법원 2022. 10. 27. 선고 2022누38375 판결, 대법원 2023. 3. 16 자 2022두66125 심리불속행 상고기각 판결로 확정)

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5. 결론

 

그렇다면 이 사건 심사청구는 이유 있다고 인정되므로 ｢감사원법｣ 제46조 제2항에 따라 주문과 같이 결정한다.

 

 

 

 

[별지]

관계 법령

□ ｢농어촌특별세법｣

○ 제2조(정의) ① 이 법에서 “감면”이란 ｢조세특례제한법｣ㆍ｢관세법｣ㆍ｢지방세법｣ 또는 ｢지방세특례제한법｣에 따라 소득세ㆍ법인세ㆍ관세ㆍ취득세 또는

등록에 대한 등록면허세가 부과되지 아니하거나 경감되는 경우로서 다음 각

호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

1. 비과세ㆍ세액면제ㆍ세액감면ㆍ세액공제 또는 소득공제

2. ｢조세특례제한법｣ 제72조 제1항에 따른 조합법인 등에 대한 법인세 특례세율의 적용 또는 같은 법 제89조 제1항 및 제89조의3에 따른 이자소득ㆍ배당소득에 대한 소득세 특례세율의 적용

3. ｢지방세법｣ 제15조 제1항에 따른 취득세 특례세율의 적용

② 이 법에서 “본세”란 다음 각 호의 것을 말한다.

1. 제5조 제1항 제1호에 따른 농어촌특별세의 경우에는 감면을 받는 해당

소득세ㆍ법인세ㆍ관세ㆍ취득세 또는 등록에 대한 등록면허세

2. 제5조 제1항 제2호에 따른 농어촌특별세의 경우에는 소득세

3. 삭제

4. 제5조 제1항 제4호에 따른 농어촌특별세의 경우에는 개별소비세

5. 제5조 제1항 제5호에 따른 농어촌특별세의 경우에는 증권거래세

6. 제5조 제1항 제6호에 따른 농어촌특별세의 경우에는 취득세

7. 제5조 제1항 제7호에 따른 농어촌특별세의 경우에는 레저세

8. 제5조 제1항 제8호에 따른 농어촌특별세의 경우에는 종합부동산세③ 제1항 및 제2항에 규정된 용어 외의 용어에 대한 정의는 본세에 관한

법률이 정하는 바에 따른다.

○ 제3조(납세의무자) 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 이 법에 따라

농어촌특별세를 납부할 의무를 진다.

1. 제2조 제1항 각 호 외의 부분에 규정된 법률에 따라 소득세ㆍ법인세ㆍ관세ㆍ취득세 또는 등록에 대한 등록면허세의 감면을 받는 자

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2. 삭제

3. ｢개별소비세법｣ 제1조 제2항의 물품 중 같은 항 제1호 가목ㆍ나목, 같은

항 제2호 나목 1)ㆍ2)의 물품 또는 같은 조 제3항 제4호의 입장행위에

대한 개별소비세 납세의무자

4. ｢증권거래세법｣ 제3조 제1호에 규정된 증권거래세 납세의무자

5. ｢지방세법｣에 따른 취득세 또는 레저세의 납세의무자

6. ｢종합부동산세법｣에 따른 종합부동산세의 납세의무자

○ 제5조(과세표준과 세율) ① 농어촌특별세는 다음 각 호의 과세표준에 대한

세율을 곱하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다.

 

□ ｢지방세법｣

○ 제6조(정의) 취득세에서 사용하는 용어의 뜻은 다음 각 호와 같다.

1.~18. (생략)

19. “중과기준세율”이란 제11조 및 제12조에 따른 세율에 가감하거나 제15조 제2항에 따른 세율의 특례 적용기준이 되는 세율로서 1천분의 20을 말한다.

(이하 생략)

○ 제11조(부동산 취득의 세율) ① 부동산에 대한 취득세는 제10조의 과세표준에 다음 각 호에 해당하는 표준세율을 적용하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다.

가. 농지: 1천분의 23

나. 농지 외의 것: 1천분의 28

2. 제1호 외의 무상취득: 1천분의 35. 다만, 대통령령으로 정하는 비영리사업자의 취득은 1천분의 28로 한다.

3. 원시취득: 1천분의 28

4. 삭제

5. 공유물의 분할 또는 ｢부동산 실권리자명의 등기에 관한 법률｣ 제2조 제1호 나목에서 규정하고 있는 부동산의 공유권 해소를 위한 지분이전으로 인한 취득(등기부등본상 본인 지분을 초과하는 부분의 경우에는 제외한다): 1천분의 23

6. 합유물 및 총유물의 분할로 인한 취득: 1천분의 23

7. 그 밖의 원인으로 인한 취득

가. 농지: 1천분의 30

나. 농지 외의 것: 1천분의 40

(이하 생략)

○ 제13조(과밀억제권역 안 취득 등 중과) ① (생략)

② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 부동산(｢신탁법｣에 따른 수탁자가 취득한 신탁재산을 포함한다)을 취득하는 경우의 취득세는 제11조 제1항의 표준세율의 100분의 300에서 중과기준세율의 100분의 200을 뺀 세율(제11조 제1항 제8호에 해당하는 주택을 취득하는 경우에는 제13조의2 제1항 제1호에 해당하는 세율)을 적용한다. 다만, ｢수도권정비계획법｣ 제6조에 따른 과밀억제권역(｢산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률｣을 적용받는 산업단지는 제외한다. 이하 이 조 및 제28조에서 “대도시”라 한다)에 설치가 불가피하다고 인정되는 업종으로서 대통령령으로 정하는 업종(이하 이 조에서 “대도시 중과 제외 업종”이라 한다)에 직접 사용할 목적으로 부동산을 취득하는 경우의 취득세는 제11조에 따른 해당 세율을 적용한다.

1. 대도시에서 법인을 설립[대통령령으로 정하는 휴면(休眠)법인(이하 “휴면법인”이라 한다)을 인수하는 경우를 포함한다. 이하 이 호에서 같다]하거나 지점 또는 분사무소를 설치하는 경우 및 법인의 본점ㆍ주사무소ㆍ지점 또는 분사무소를 대도시 밖에서 대도시로 전입(｢수도권정비계획법｣ 제2조에 따른 수도권의 경우에는 서울특별시 외의 지역에서 서울특별시로의 전입도 대도시로의 전입으로 본다. 이하 이 항 및 제28조 제2항에서 같다)함에 따라 대도시의 부동산을 취득(그 설립ㆍ설치ㆍ전입 이후의 부동산 취득을 포함한다)하는 경우

2. 대도시(｢산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률｣을 적용받는 유치지역 및 ｢국토의 계획 및 이용에 관한 법률｣을 적용받는 공업지역은 제외한다)에서 공장을 신설하거나 증설함에 따라 부동산을 취득하는 경우

③ 제2항 각 호 외의 부분 단서에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 제2항 본문을 적용한다.

1. 제2항 각 호 외의 부분 단서에 따라 취득한 부동산이 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우. 다만, 대도시 중과 제외 업종 중 대통령령으로 정하는 업종에 대하여는 직접 사용하여야 하는 기한 또는 다른 업종이나 다른 용도에 사용ㆍ겸용이 금지되는 기간을 3년 이내의 범위에서 대통령령으로 달리 정할 수 있다.

가. 정당한 사유 없이 부동산 취득일부터 1년이 경과할 때까지 대도시 중과 제외 업종에 직접 사용하지 아니하는 경우

나. 부동산 취득일부터 1년 이내에 다른 업종이나 다른 용도에 사용ㆍ겸용하는 경우

2. 제2항 각 호 외의 부분 단서에 따라 취득한 부동산이 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우

가. 부동산 취득일부터 2년 이상 해당 업종 또는 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하는 경우

나. 부동산 취득일부터 2년 이상 해당 업종 또는 용도에 직접 사용하지 아니하고 다른 업종이나 다른 용도에 사용ㆍ겸용하는 경우

(이하 생략)

○ 제15조(세율의 특례) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 취득에 대한 취득세는 제11조 및 제12조에 따른 세율에서 중과기준세율을 뺀 세율로 산출한 금액을 그 세액으로 하되, 제11조 제1항 제8호에 따른 주택의 취득에 대한 취득세는 해당 세율에 100분의 50을 곱한 세율을 적용하여 산출한 금액을 그 세액으로 한다. 다만, 취득물건이 제13조 제2항에 해당하는 경우에는 이 항 각 호 외의 부분 본문의 계산방법으로 산출한 세율의 100분의 300을 적용한다.

1. 환매등기를 병행하는 부동산의 매매로서 환매기간 내에 매도자가 환매한 경우의 그 매도자와 매수자의 취득

2. 상속으로 인한 취득 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 취득

가. 대통령령으로 정하는 1가구 1주택의 취득

나. ｢지방세특례제한법｣ 제6조 제1항에 따라 취득세의 감면대상이 되는 농지의 취득

3. ｢법인세법｣ 제44조 제2항 또는 제3항에 해당하는 법인의 합병으로 인한

취득. 다만, 법인의 합병으로 인하여 취득한 과세물건이 합병 후에 제16

조에 따른 과세물건에 해당하게 되는 경우 또는 합병등기일부터 3년 이내에 ｢법인세법｣ 제44조의3 제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 경우(같은 항 각 호 외의 부분 단서에 해당하는 경우는 제외한다)에는 그러하지 아니하다.

4. 공유물ㆍ합유물의 분할 또는 ｢부동산 실권리자명의 등기에 관한 법률｣제2조 제1호 나목에서 규정하고 있는 부동산의 공유권 해소를 위한 지분이전으로 인한 취득(등기부등본상 본인 지분을 초과하는 부분의 경우에는 제외한다)

5. 건축물의 이전으로 인한 취득. 다만, 이전한 건축물의 가액이 종전 건축물의 가액을 초과하는 경우에 그 초과하는 가액에 대하여는 그러하지 아니하다.

6. ｢민법 제834조, 제839조의2 및 제840조에 따른 재산분할로 인한 취득

7. 그 밖의 형식적인 취득 등 대통령령으로 정하는 취득

(이하 생략)

○ 제28조(세율) ① 등록면허세는 등록에 대하여 제27조의 과세표준에 다음 각 호에서 정하는 세율을 적용하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다. 다만, 제1호부터 제5호까지 및 제5호의2의 규정에 따라 산출한 세액이 해당 각 호의 그 밖의 등기 또는 등록 세율보다 적을 때에는 그 밖의 등기 또는 등록세율을 적용한다.

(각 호 생략)

② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 등기를 할 때에는 그 세율을 제1항제1호 및 제6호에 규정한 해당 세율(제1항 제1호 가목부터 라목까지의 세율을 적용하여 산정된 세액이 6천 원 미만일 때에는 6천 원을, 제1항 제6호 가목부터 다목까지의 세율을 적용하여 산정된 세액이 11만 2천 500원 미만일 때에는 11만 2천 500원으로 한다)의 100분의 300으로 한다. 다만, 대도시에 설치가 불가피하다고 인정되는 업종으로서 대통령령으로 정하는 업종(이하 이 조에서 “대도시 중과 제외 업종”이라 한다)에 대해서는 그러하지 아니하다.

1. 대도시에서 법인을 설립(설립 후 또는 휴면법인을 인수한 후 5년 이내에 자본 또는 출자액을 증가하는 경우를 포함한다)하거나 지점이나 분사무소를 설치함에 따른 등기

2. 대도시 밖에 있는 법인의 본점이나 주사무소를 대도시로 전입(전입 후 5년 이내에 자본 또는 출자액이 증가하는 경우를 포함한다)함에 따른 등기. 이 경우 전입은 법인의 설립으로 보아 세율을 적용한다.

③ 제2항 각 호 외의 부분 단서에도 불구하고 대도시 중과 제외 업종으로 법인등기를 한 법인이 정당한 사유 없이 그 등기일부터 2년 이내에 대도시 중과 제외 업종 외의 업종으로 변경하거나 대도시 중과 제외 업종 외의 업종을 추가하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 제2항 본문을 적용한다.

④ 제2항은 제1항 제6호 바목의 경우에는 적용하지 아니한다.

⑤ 제2항에 따른 등록면허세의 중과세 범위와 적용기준, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

⑥ 지방자치단체의 장은 조례로 정하는 바에 따라 등록면허세의 세율을 제1항 제1호에 따른 표준세율의 100분의 50의 범위에서 가감할 수 있다.

 

□ 구 ｢지방세법｣(2015. 7. 24. 법률 제13427호로 개정·시행되기 전의 것)

○ 제15조(세율의 특례) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 취득에 대한 취득세는 제11조 및 제12조에 따른 세율에서 중과기준세율을 뺀 세율로 산출한 금액을 그 세액으로 한다. 다만, 취득물건이 제13조제2항에 해당하는 경우에는 이 항 각 호 외의 부분 본문의 계산방법으로 산출한 세율의 100분의 300을 적용한다.

1. 환매등기를 병행하는 부동산의 매매로서 환매기간 내에 매도자가 환매한 경우의 그 매도자와 매수자의 취득

2. 상속으로 인한 취득 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 취득

가. 대통령령으로 정하는 1가구 1주택 및 그 부속토지의 취득

나. ｢지방세특례제한법｣ 제6조 제1항에 따라 취득세의 감면대상이 되는 농지의 취득

3. 법인의 합병으로 인한 취득. 다만, 법인의 합병으로 인하여 취득한 과세물건이 합병 후에 제16조에 따른 과세물건에 해당하게 되는 경우는 그러하지 아니하다.

4. 공유물의 분할 또는 「부동산 실권리자명의 등기에 관한 법률」 제2조제1호나목에서 규정하고 있는 부동산의 공유권 해소를 위한 지분이전으로 인한 취득(등기부등본상 본인 지분을 초과하는 부분의 경우에는 제외한다)

5. 건축물의 이전으로 인한 취득. 다만, 이전한 건축물의 가액이 종전 건축물의 가액을 초과하는 경우에 그 초과하는 가액에 대하여는 그러하지 아니하다.

6. ｢민법｣ 제834조 및 제839조의2에 따른 재산분할로 인한 취득

7. 그 밖의 형식적인 취득 등 대통령령으로 정하는 취득

(이하 생략)

 

□ ｢지방세특례제한법｣

○ 제2조(정의) ① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1.~5. (생략)

6. “지방세 특례”란 세율의 경감, 세액감면, 세액공제, 과세표준 공제(중과세 배제, 재산세 과세대상 구분전환을 포함한다) 등을 말한다.

(이하 생략)

○ 제4조(조례에 따른 지방세 감면) ① 지방자치단체는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 때에는 3년의 기간 이내에서 지방세의 세율경감, 세액감면

및 세액공제(이하 이 조 및 제182조에서 “지방세 감면”이라 한다)를 할 수 있다.

(각 호 생략)

② 지방자치단체는 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지방세 감면을 할 수 없다. 다만, 국가 및 지방자치단체의 경제적 상황, 긴급한 재난관리 필요성, 세목의 종류 및 조세의 형평성 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 경우에는 제1호에 해당하는 지방세 감면을 할 수 있다.

1. (생략)

2. ｢지방세법｣ 제13조 및 제28조 제2항에 따른 중과세의 배제를 통한 지방세 감면

(이하 생략)

○ 제180조(중복 감면의 배제) 동일한 과세대상에 대하여 지방세를 감면할 때

둘 이상의 감면 규정이 적용되는 경우에는 그 중 감면율이 높은 것 하나만을 적용한다. 다만 제73조, 제74조, 제92조 및 제92조의2의 규정과 다른 규정은 두 개의 감면규정(제73조, 제74조 및 제92조 간에 중복되는 경우에는 그 중 감면율이 높은 것 하나만을 적용한다)을 모두 적용할 수 있다.

○ 제180조의2(지방세 중과세율 적용 배제 특례) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 부동산의 취득에 대해서는 ｢지방세법｣에 따른 취득세를 과세할 때 2024년 12월 31일까지 같은 법 제13조 제2항 본문 및 같은 조 제3항의 세율을 적용하지 아니한다.

1. ｢부동산투자회사법｣ 제2조 제1호에 따른 부동산투자회사가 취득하는 부동산

2. ｢자본시장과 금융투자업에 관한 법률｣ 제229조 제2호에 따른 부동산집합투자기구의 집합투자재산으로 취득하는 부동산

3. ｢조세특례제한법｣ 제104조의31 제1항에 해당하는 회사가 취득하는 부동산

② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 설립등기(설립 후 5년 이내에 자본 또는 출자액을 증가하는 경우를 포함한다)에 대해서는 ｢지방세법｣에 따른 등록면허세를 과세할 때 2024년 12월 31일까지 같은 법 제28조제2항ㆍ제3항의 세율을 적용하지 아니한다.

1. ｢자본시장과 금융투자업에 관한 법률｣ 제9조 제18항 제2호, 같은 조 제19항 제1호 및 제249조의13에 따른 투자회사, 기관전용 사모집합투자기구 및 투자목적회사

2. ｢기업구조조정투자회사법｣ 제2조 제3호에 따른 기업구조조정투자회사

3. ｢부동산투자회사법｣ 제2조 제1호에 따른 부동산투자회사(같은 호 가목에

따른 자기관리 부동산투자회사는 제외한다)

4. 대통령령으로 정하는 특수 목적 법인

5. ｢조세특례제한법｣ 제104조의31 제1항에 해당하는 회사

6. ｢문화산업진흥 기본법｣ 제2조 제21호에 따른 문화산업전문회사

7. ｢선박투자회사법｣ 제3조에 따른 선박투자회사

□ ｢조세특례제한법｣

○ 제119조(정의) ①~⑥ (생략)

⑦ 투자회사ㆍ기업구조조정증권투자회사ㆍ선박투자회사ㆍ기업구조조정투자회사ㆍ부동산투자회사ㆍ｢임대주택법｣ 제12조의2 제1항 단서의 규정에 따른 특수목적법인ㆍ프로젝트금융투자회사 또는 ｢간접투자자산 운용업법｣에 따른 사모투자전문회사 및 투자목적회사가 2009년 12월 31일까지 설립등기(설립후 5년 이내에 자본 또는 출자액을 증가하는 경우를 포함한다)하는 경우 그 등기에 대하여는 ｢지방세법｣ 제138조 제1항의 세율을 적용하지 아니한다.

 

□ 구 ｢조세특례제한법｣ 제120조 제4항(2013. 1. 1. 법률 제11614호로 개정되기

전의 것)

○ 제120조(취득세의 면제 등) ①~③ (생략)

④ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 부동산(｢지방세법｣ 제13조 제5항 각 호의 어느 하나에 해당하는 부동산은 제외한다)에 대하여는 취득세의 100분의 30(제3호의 경우에는 100분의 50)에 상당하는 세액을 감면한다. 이 경우 ｢지방세법｣ 제13조 제2항 본문 및 제3항의 세율을 적용하지 아니한다.

1. ｢부동산투자회사법｣에 따른 부동산투자회사가 2012년 12월 31일까지 취득하는 부동산

2. ｢자본시장과 금융투자업에 관한 법률｣에 따른 부동산집합투자기구의 집합투자재산으로 2012년 12월 31일까지 취득하는 부동산

3. 프로젝트금융투자회사가 2012년 12월 31일까지 취득하는 부동산

(이하 생략)

 

□ ｢부동산투자회사법｣

○ 제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. “부동산투자회사”란 자산을 부동산에 투자하여 운용하는 것을 주된 목적으로 제3조부터 제8조까지, 제11조의2, 제45조 및 제49조의2 제1항에 적합하게 설립된 회사로서 다음 각 목의 회사를 말한다.

가. 자기관리 부동산투자회사: 자산운용 전문인력을 포함한 임직원을 상근으로 두고 자산의 투자ㆍ운용을 직접 수행하는 회사

나. 위탁관리 부동산투자회사: 자산의 투자ㆍ운용을 자산관리회사에 위탁하는 회사

다. 기업구조조정 부동산투자회사: 제49조의2 제1항 각 호의 부동산을 투자 대상으로 하며 자산의 투자ㆍ운용을 자산관리회사에 위탁하는 회사

(이하 생략)