청구인의 주요 주주는 국가 및 지방자치단체 외에 영리법인인 ○○은행이 포함되어 있으며 ○○개발시설 및 상·하수도시설 등을 기반으로 한 물 또는 시설 사용료 등을 징수하는 등 영리활동을 통해 주요 수익을 창출하고 그 결산상 이익을 배당할 수 있도록 되어 있어 과세가 타당하다.

심사청구를 기각한다.

1. 원 처분의 요지

청구인이 2015년 7월 이전까지 자본금 증자에 따른 등록면허세를 「지방세법」제28조 제1항 제6호 나목에 따른 비영리법인에 해당하는 세율(출자가액의 1천분 의 2)을 적용하여 신고·납부하고 있는 데 대하여 처분청은 2015. 10. 5. 이익을 배당할 수 있는 청구인은 영리법인이므로 1천분의 4의 세율이 적용되어야 한다 며 2010. 10. 25. 이후 26건의 증자에 대하여 등록면허세 등(1,812,150,590원)을 경정 ·부과(이하 "이 사건 부과 처분"이라 한다)하였다.

2. 심사청구의 취지와 이유

가. 청구 취지

이 건 청구 취지는 이 사건 부과 처분을 취소해 달라는 것이다.

나. 청구 이유

이 건 청구 이유는 ① 국가, 지방자치단체, 한국산업은행이 100% 출자하여 공익사업을 목적으로 설립되어 국가 등에 배당하는 청구인은 일반 영리법인과 구분되므로 비영리법인에 해당하고, ② 비영리법인에 해당한다는 구 내무부장관의 회신, 비영리법인으로 분류한 사업자등록 등 공적 견해를 근거로 20년 이상 비영리법인 세율을 적용하여 등록면허세를 신고·납부해 왔고 이를 처분청이 용인하여 과세관행이 성립되었으므로 이에 반한 이 사건 부과 처분은 신의성실의 원칙에 위배되며, ③ 과세관행에 따른 것은 청구인의 잘못이 아니므로 가산세는 부당하다는 것이다.

3. 우리 원의 판단

가. 다툼

이 사건의 다툼은 ① 청구인이 비영리법인인지 여부, ② 이 사건 부과처분이 신의성실의원칙에 반하는지 여부 ③ 가산세를 부과하지 않을 정당한 사유가 있는지 여부이다.

나. 인정 사실

이 건 관련 기록을 검토해 보면, 다음과 같은 사실이 인정된다.

(1) 청구인이 2015년 7월 이전까지 자본금 증자에 따른 등록면허세를 「지방 세법」제28조 제1항 제6호 나목에 따른 비영리법인에 해당하는 세율(출자가액의 1천분의 2)을 적용하여 신고·납부하고 있는 데 대하여 처분청은 2015. 10. 5. 「○○○○법」제12조에 따라 이익을 배당할 수 있는 청구인은 비영리법인이 아니므로 1천분의 4의 세율이 적용되어야 한다며 부과 제척기간이 경과되지 않은 2010. 10. 25. 이후 28건의 증자 중 국유재산 현물출자 2건을 제외한 26건에 대하여 이 사건 부과 처분(등록면허세 등 1,812,150,590원 부과)을 하였다.

(2) 청구인은 1993. 11. 23. 국가로부터 받은 현물출자에 대한 등록세 세율 적용에 관하여 구 내무부장관(현 행정자치부장관)에게 질의, 같은 해 12. 9. 그에 대한 회신을 받았는바, 그 내용은 아래 [표 1]과 같다.

(3) 청구인은 「○○○○법」제16조 등의 규정에 따라 수자원개발시설 및 상·하 수도시설 등을 기반으로 한 물 또는 시설 사용료 등을 징수하는 등 영리활동을 통 해 주요 수익을 창출하고 그 결산상 이익을 출자자에게 배당하고 있는바, 2011년 이 후 주요 수익 및 배당 내역은 아래 [표 2]와 같다.

다. 관계 법령

이 건과 관계되는 법령은 「지방세법」제28조 등 [별지] 기재와 같다.

라. 판단

「지방세법」제28조 제1항 제6호 및 구 「지방세법」(2011. 1. 1. 법률 제10221호로 개정되기 이전의 것) 제137조 제1항에 따르면 법인의 자본증가 및 출자증가에 대 한 등기시 상사회사 및 기타 영리법인의 경우 증자 또는 출자가액의 1,000분의 4, 비영리법인의 경우 위 가액의 1,000분의 2에 해당하는 금액을 등록면허세로 납부하도록 되어 있다.

살피건대, 「지방세법」제28조 제1항 제6호 나목의 ‘비영리법인’이라 함은 「민법」제32조에 따라 학술, 종교, 자선, 기예, 사교 기타 영리 아닌 사업을 목적으로 하는 사단 또는 재단으로서 주무관청의 허가를 얻어 설립된 법인과 특별법 에 의해 설립된 법인으로서 그 조직 운영상 민법 규정을 준용하도록 하고, 그 목적과 본질에 반하지 않는 정도의 수익사업을 한다 하더라도 그 사업이익을 주 주·사원 또는 출자자에게 배당하지 아니하는 사단·재단법인으로 해석함이 타당 하다 할 것이다.(수원지방법원 2014. 10. 8. 선고 2013구합1252. 판결(항소포기 확정) 참고)

그런데 청구인의 설립 및 활동 근거가 되는 「○○○○법」제4조, 제12조 및 제 16조 등의 규정에 따르면 청구인의 주요 주주는 국가 및 지방자치단체 외에 영리법인인 ○○은행이 포함되어 있으며 ○○개발시설 및 상·하수도시설 등을 기반으로 한 물 또는 시설 사용료 등을 징수하는 등 영리활동을 통해 주요 수익을 창출하고 그 결산상 이익을 배당할 수 있도록 되어 있고 이에 따라 청구인은 인정사실 "(3)항"에서 본 바와 같이 영리활동의 결산이익의 일부를 출자자인 국가, 지방자치단체 및 한국산업은행에 배당하고 있다.

따라서 영리활동의 결과인 이익을 배당하고 있는 청구인을 기타 영리법인으로 본 이 사건 부과처분은 정당하다 하겠다.

한편 조세법률 관계에 있어서 과세관청의 행위에 대하여 신의성실의원칙을 적용하기 위해서는 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명 을 하여야 하고, 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데 대하여 납세자에 게 귀책사유가 없어야 하며, 납세자가 그 견해표명을 신뢰하여 무엇인가 행위를 하여야 하고, 과세관청이 위 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익 이 침해되는 결과가 초래되어야 할 것이다.(대법원 2010. 4. 29. 선고 2007두19447 판결 참조)

그런데 이 사건 부과 처분이 신의성실의원칙에 반한다는 청구주장의 근거로 제시한 인정사실 "(2)항"에서 본 내무부장관 회신(청구인은 비영리법인임)은 [별지] 기재와 같이 구「○○○○법」(1993. 12. 27. 법률 제4630호로 개정되기 이전의 것) 제12 조가 이익배당을 할 수 있도록 개정·시행된 1994. 3. 28. 전의 것인 점, 2008. 7. 1. 이후 시행된 「지방세법 해석운용 매뉴얼」137-1 및 2011. 7. 1. 시행된 「지방세법 기본통칙」28-6에 따르면 "기타 영리법인"을 "기타 법인 중 주주 또는 사원에게 이익을 배분할 수 있도록 정관 등에 규정되어 있는 법인"으로 해석·운용하고 있던 점을 고려할 때 과세관청이 이익배당이 가능하게 된 이후에 청구인을 비영리 법인으로 인정한 것으로 볼 만한 공적견해 표명이 있었다고 보이지 않는다.

그리고 이익배당을 할 수 있도록 법률이 개정(1993. 12. 27.)된 이후 이를 근거 로 다시 질의하지 않은 채 기존 질의·회신에 따라 비영리법인으로 세율을 적용 신고하거나 법인 유형을 영리법인으로 전환하지 않았다면 이는 청구인의 잘못으로 처분청이 그 잘못을 장기간 바로 잡지 않았다는 것만으로 그 상태를 과세관행이 성립된 것으로 볼 수는 없을 것이다.

따라서 신의성실의원칙에 위배된다거나 가산세를 부과하지 않을 정당한 사유가 있다는 청구주장 역시 받아들일 수 없다 하겠다.

4. 결론

그렇다면 이 사건 부과 처분은 잘못이 없고 심사청구는 모두 이유 없다고 인정되므로 「감사원법」 제46조 제2항의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.

[관계 법령]

□ 구「지방세법」(2011. 1. 1. 법률 제10221호로 개정되기 이전의 것)

O 제137조 (법인등기의 세윤) ① 법인이 등기를 받을 때에는 다음 각 호의 구 분에 의하여 등록세를 납부하여야 한다.

1. 상사회사 기타 영리법인의 설립 또는 합병으로 인한 존속법인

(1) <생략>

(2) 자본증가 또는 출자증가: 불입한 금액 또는 현금 이외의 출자가액의 1,000분의 4

2. 비영리법인의 설립 또는 합병으로 인한 존속법인

(1) <생략>

(2) 출자의 총액 또는 재산의 총액의 증가: 불입한 출자 또는 재산가액의 1,000분의 2

<이하 생략>

□「지방세법」

○ 제28조 (세율) ①등록면허세는 등록에 대하여 제27조의 과세표준에 다음 각 호에서 정하는 세율을 적용하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다. 다만, 제1 호부터 제5호까지 및 제5호의2의 규정에 따라 산출한 세액이 해당 각 호의 그 밖의 등기 또는 등록 세율보다 적을 때에는 그 밖의 등기 또는 등록 세율 을 적용한다.

1. ~ 5. <생략>

6. 법인 등기

가. 상사회사, 그 밖의 영리법인의 설립 또는 합병으로 인한 존속법인

1) <생략>

2) 자본증가 또는 출자증가: 납입한 금액 또는 현금 외의 출자가액의 1,000분의 4

나. 비영리법인의 설립 또는 합병으로 인한 존속법인

1) <생략>

2) 출자의 총액 또는 재산총액의 증가: 납입한 출자 또는 재산가액의 1,000 분의 2

<이하 생략>

□ 『지방세법시행령』(2015. 7. 24. 대통령령 제26431호로 신설)

○ 제43조 (법인등기에 대한 세율) ① 법 제28조 제1항 제6호 나목 1), 2)외의 부분에 따른 비영리법인은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 법인으로 한다.

1. 「민법」제32조에 따라 설립된 법인

2. 「사립학교법」제2조 제2항에 따른 학교법인

3. 그 밖의 특별법에 따라 설립된 법인으로서 「민법」제32조에 규정된 목적과 유사한 목적을 가진 법인[주주·사원·조합원 또는 출자자에게 이익을 배당 할 수 있는 법인은 제외한다]

<이하 생략>

□ 『지방세법 해석운용 매뉴얼』(2008. 7. 1. 시행)

○ 137-1(법인등기에 대한 정의)

법 제137조에서 규정한 법인은 민법상의 법인·상법상의 법인·기타 각 특별법 상의 법인 등 모든 법인을 말하고, 이 때 ‘상사회사 기타 영리법인’이라 함은 상법의 규정에 의하여 설립된 법인과 기타 법인 중 주주 또는 사원에게 이익 을 배분할 수 있도록 정관 등에 규정되어 있는 법인을 말한다.

□ 『지방세관계법 기본통칙』(2011. 7. 1. 시행)

○ 28-6(법인등기에 대한 정의)

「지방세법」제28조에서 규정한 법인은 민법상의 법인·상법상의 법인·기타 각 특별법상의 법인 등 모든 법인을 말하고, 이 때 ‘상사회사 기타 영리법인’이 라 함은 상법의 규정에 의하여 설립된 법인과 기타 법인 중 주주 또는 사원 에게 이익을 배분할 수 있도록 정관 등에 규정되어 있는 법인을 말한다.

○ 28-9 (비영리법인의 정의)

「지방세법」제28조 1항 제6호 나목에서 규정한 비영리법인이란「민법」제32조에 따라 설립된 법인과 특별법에 따라 설립된 법인으로서 그 운영에 관하여는 「민법」제32조를 준용하도록 되어 있는 사단·재단법인을 말한다.

관

□ 『민법』

○ 제32조 (비영리법인의 설립과 허가) 학술, 종교, 자선, 기예, 사교 기타 영리 아닌 사업을 목적으로 하는 사단 또는 재단은 주무관청의 허가를 얻어 이를 법인으로 할 수 있다.

□ 구 『○○○○법』(1993. 12. 27. 법률 제4630호로 개정되기 전의 것)

○ 제4조 (자본금 및 출자) ① 공사의 자본금은 1조 5천억 원으로 하되, 국가가 그 전액을 출자한다.

② 국가는 공사의 사업 에 필요한 동산 또는 부동산을 공사에 현물로 출자할 수 있다.

○ 제12조 (손익금의 처리) ① 공사는 매 회계연도 결산의 결과 이익이 생긴 때에 는 다음 각 호의 순으로 이를 처리한다.

1. 이월손실금의 보전

2. 자본금의 2분의 1에 달할 때까지 이익금의 10분의 2 이상의 이익준비금에의 적립

3. 자본금과 동일한 액에 달할 때까지 이익금의 10분의 2 이상의 사업확장적립금에의 적립

4. 국고에의 납입

<이하 생략>

□ 『○○○○법』

○ 제1조 (목적) 이법은 ○○공사를 설립하여 수자원을 종합적으로 개발·관리하여 생활용수 등의 공급을 원활하게하고 수질을 개선함으로써 국민생활의 향상과 공공복리의 증진에 이바지함을 목적으로 한다.

○ 제4조 (자본금 및 출자) ① 공사의 자본금은 10조원으로 한다.

② 제1항에 따른 자본금은 국가·지방자치단체 또는 「한국산업은행법」에 따른 한국산업은행이 출자하되, 국가가 100분의 50이상을 출자하여야 한다.

<이하 생략>

○ 제12조 (손익금의 처리) ① 공사는 매 회계연도 결산의 결과 이익이 생긴 때에는 다음 각 호의 순으로 이를 처리한다.

1. 이월손실금의 보전

2. 자본금의 2분의 1에 달할 때까지 이익금의 10분의 2 이상의 이익준비금에의 적립

3. 자본금과 동일한 액에 달할 때까지 이익금의 10분의 2 이상의 사업확장적립금에의 적립

4. 이익의 배당

<이하 생략>

○ 제16조 (요금 등의 징수) ① 공사는 수자원개발시설이나 수도시설에 의하여 공급되는 물·수자원개발시설이나 그 수면 또는 하수종말처리시설을 사용하는 자로부터 해당 시설의 건설 및 운영·관리에 필요한 비용을 고려하여 사용자가 사용하는 물의 양 또는 시설이나 그 수면의 사용 정도와 배출된 하수의 양과 오염도 따라 요금 또는 사용료를 징수할 수 있다.

② <생략>