이 사건 토지부분을 장기 임대함으로써 이 사건 토지부분은 ‘제3자에게 공급할 목적’으로 ‘일시적으로 취득’한 경우에 해당하지 않게 되어 구 「지방세법」제289조 제1항의 요건을 충족하지 못하여 취득세 등 면제대상에 해당하지 않으며, 취득세 등을 면제받은 후 이를 장기임대한 사실로 인하여 면제요건을 충족하지 못하여 추징사유가 발생하였고 이 사건 토지의 각 임대시점부터 각 신고납부기한이 경과한 다음날부터 5년 이내 행하여진 이 사건 부과처분은 제척기간 내에 적법하게 이루어진 처분이다.

심사청구를 기각한다.

1. 원 처분의 요지

가. 청구법인은 2009년 구 A공사와 구 B공사(이하 "◎◎공사"라 한다.)가 합병되어 설립된 법인으로 ◎◎공사는 인천경제자유구역 ☆☆지구 사업시행자의 지위에서 2004. 5. 3. 구 ∇∇∇∇공사(현 C공사)로부터 인천광역시 □□구 □□동 000-0번지 외 1,234필지 10,348,426.6㎡(이하 "이 사건 당초 토지"라 한다.)를 793,134,700,000원에 취득하면서 인천광역시 □□청으로부터 구 「지방세법(2004. 12. 31. 법률 제7070호로 개정되기 전의 것, 이하 같다.)」제289조 제1항의 규정에 따라 취득세 등 합계 44,415,543,200원을 면제받았다.

나. ◎◎공사는 2007. 6. 29. 이 사건 당초 토지 중 ☆☆지구 투자 가블럭 1,390,012㎡(이하 "이 사건 골프장 용지"라 한다.)를 ‘테마파크형 골프장 사업’을 위하여 주식회사 ◈◈◈◈개발에, 2008. 2. 20. 이 사건 당초 토지 중 ☆☆지구 투자 나블럭 783,556㎡(이하 "이 사건 국제 업무타운 용지"라 하고, 이하 이 사건 골프장 용지를 포함하여 "이 사건 토지"라 한다.)를 ‘국제 업무타운 사업’을 위하여 ▣▣▣▣▣ 주식회사에 각각 임대하였다.

다. 처분청은 이 사건 토지에 대하여 구 「지방세법」의 취득세 등 면제대상에 해당하지 않게 된 것으로 판단하고 2011. 9. 9. 취득세 등 합계 7,108,253,270원을 부과고지(이하 "이 사건 부과처분"이라 한다.)하였고, 청구법인은 2011. 9. 30. 이를 납부하였다.

2. 심사청구의 취지와 이유

가. 청구 취지

이 사건의 청구취지는 이 사건 부과처분을 취소해 달라는 것이다.

나. 청구 이유

이 사건 토지는 구 「지방세법」제289조 제1항의 ‘제3자에게 공급하기 위하여 일시 취득하는 부동산’에 해당하여 취득세 등을 면제받을 수 있는 경우에 해당하고, 설사 추징사유가 발생하였다고 하더라도 취득세 등의 부과 제척기간 기산일로부터 5년을 경과하였으므로 처분청에서 이 사건 부과처분을 한 것은 부당하다.

3. 우리 원의 판단

가. 다툼

이 건의 다툼은 ① 제3자에게 임대한 이 사건 토지가 구 「지방세법」제289조 제1항의 국가 또는 지방자치단체의 계획에 따라 제3자에게 공급할 목적으로 일시 취득하는 부동산에 해당하여 취득세 등을 면제받을 수 있는지 여부와 ② 이 사건 토지에 대한 취득세 등 부과처분이 제척기간을 경과한 처분인지 여부이다.

나. 인정 사실

이 사건 관련 기록을 검토해 보면 다음과 같은 사실이 인정된다.

(1) 건설교통부(현 국토해양부)는 20ㅇ년ㅇ월 ‘♧♧매립지 개발방안’을 발표하고 뒤따라 2002. 7. 29. 재정경재부 등 21개 부처가 공동으로 ‘동북아 비즈니스 중심국가 실현방안’을 발표하면서 ☆☆매립지는 ◎◎공사가 공영개발을 하는 것으로 하였다.

(2) 재정경제부장관은 2003. 8. 11. 재정경제부고시 제2003-19호(이하 "인천경제자유구역지정고시"라 한다)로 ☆☆지구 등을 인천경제자유구역으로 지정하였다.

(3) ◎◎공사는 인천경제자유구역 ☆☆지구 개발사업의 시행을 위해 2004. 5. 3. C공사로부터 이 사건 당초 토지를 793,134,700,000원에 취득하면서 처분청에 취득세 감면신청을 하여 취득세 15,862,694,000원, 등록세 23,794,041,000원, 지방교육세 4,758,808,200원 합계 44,415,543,200원을 면제받고, 2004. 5. 13. 감면받은 취득세에 대한 농어촌특별세 1,729,033,640원과 감면받은 등록세에 대한 농어촌특별세 1,233,002,420원 합계 2,962,036,060원을 납부하였다.

(4) 재정경제부는 고시 제2005-18호, 고시 제2005-23호로 인천경제자유구역 ☆☆지구 다단계 실시계획승인고시, 인천경제자유구역 ☆☆지구 라단계 실시계획 승인고시를 발표하였는데 투자유치용지의 임대를 허용하고 있다.

(5) ◎◎공사는 2006. 4. 20. ‘☆☆☆☆지구 외국인투자유치 프로젝트 사업자 공모지침서’에서 테마파크형 골프장과 국제 업무타운 지역은 장기임대방식으로 공급하는 것으로 확정하였다.

(6) 이에 따라 ◎◎공사는 이 사건 골프장 용지를 2007. 6. 29. 주식회사 ◈◈◈◈개발에 임대(임대기간 20년, 임대료는 1년차 7,034,000,000원, 매년 물가상승률 2% 반영, 임대기간은 1차에 한하여 10년 연장 가능)하였고, 2008. 2. 20. 이 사건 국제 업무타운 용지를 ▣▣▣▣▣ 주식회사에 임대(임대기간은 토지사용가능일로부터 20년, 임대료는 1년차 분 2,870,400,000원부터 21년차 분 4,265,300,000원까지 범위에서 연도별로 미리 정함, 임대기간은 1차에 한하여 10년 연장 가능)하였다.

(7) 처분청은 ◎◎공사의 이 사건 당초 토지 중 임대한 골프장 용지 및 국제 업무타운 용지에 대하여 구 「지방세법」제289조 제1항에 따른 취득세 등 면제대상에 해당하지 않는 것으로 판단하고 2011. 9. 9. 이 사건 골프장 용지에 대하여는 취득세 2,582,707,390원, 등록세 1,556,388,940원, 지방교육세 292,391,850원, 이 사건 국제 업무타운 용지에 대하여는 취득세 1,679,632,000원, 등록세 839,815,990원, 지방교육세 157,317,100원 합계 7,108,253,270원을 부과고지 하였고, 청구법인은 2011. 9. 30. 이를 납부하였다.

다. 관계 법령의 규정 등

이 사건과 관계되는 법령은 구 「지방세법」제289조 제1항 등으로서 [별지] 기재와 같다.

[별지]

□ 구 지방세법(2004. 12. 31. 법률 제7070호로 개정되기 전의 것)

○제30조의4 (부과의 제척기간)

① 지방세는 부과할 수 있는 날부터 다음 각호에 정하는 기간이 만료되는 날까지 부과하지 아니하는 경우에는 이를 부과할 수 없다. 이 경우 지방세를 부과할 수 있는 날은 대통령령으로 정한다.

1. 납세자가 사기 그 밖의 부정한 행위로 지방세를 포탈하거나 환부 또는 경감받은 경우에는 10년

2. 납세자가 법정신고기한내에 소득세 또는 법인세의 과세표준신고서를 제출하지 아니하여 해당 주민세 소득세할 또는 법인세할을 부과할 수 없는 경우에는 7년

3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하는 경우에는 5년

② (이하 생략)

○제120조 (신고 및 납부)

① 취득세 과세물건을 취득한 자는 그 취득한 날부터 30일[상속으로 인한 경우는 상속개시일부터, 실종으로 인한 경우는 실종선고일부터 각각 6월(납세자가 외국에 주소를 둔 경우에는 각각 9월)]이내에 그 과세표준액에 제112조의 규정에 의한 세율을 적용하여 산출한 세액을 대통령령이 정하는 바에 의하여 신고하고 납부하여야 한다.

② 취득세 과세물건을 취득한 후에 당해 과세물건이 제112조제2항 또는 제3항의 규정에 의한 세율의 적용대상이 된 때에는 대통령령이 정하는 날부터 30일이내에 제112조제2항 또는 제3항의 규정에 의한 세율을 적용하여 산출한 세액에서 이미 납부한 세액(가산세를 제외한다)을 공제한 금액을 세액으로 하여 대통령령이 정하는 바에 의하여 신고하고 납부하여야 한다.

③ 이 법 또는 다른 법령에 의하여 취득세를 비과세·과세면제 또는 경감받은 후에 당해 과세물건이 취득세 부과대상 또는 추징대상이 된 때에는 제1항의 규정에 불구하고 그 사유발생일부터 30일이내에 당해 과세표준액에 제112조의 규정에 의한 세율을 적용하여 산출한 세액[경감받은 경우에는 이미 납부한 세액(가산세를 제외한다)을 공제한 세액을 말한다]을 대통령령이 정하는 바에 의하여 신고하고 납부하여야 한다.

○제150조의2 (신고 및 납부)

① 등기 또는 등록을 하고자 하는 자는 제130조의 규정에 의한 과세표준액에 제131조 내지 제146조의 규정에 의한 세율을 적용하여 산출한 세액을 대통령령이 정하는 바에 의하여 등기 또는 등록을 하기 전까지 납세지를 관할하는 지방자치단체의 장에게 신고하고 납부하여야 한다.

② 등록세 과세물건을 등기 또는 등록한 후에 당해 과세물건이 제138조의 규정에 의한 세율의 적용대상이 된 때에는 대통령령이 정하는 날부터 30일이내에 제138조의 규정에 의한 세율을 적용하여 산출한 세액에서 이미 납부한 세액(가산세를 제외한다)을 공제한 금액을 세액으로 하여 납세지를 관할하는 지방자치단체의 장에게 대통령령이 정하는 바에 의하여 신고하고 납부하여야 한다.

③ 이 법 또는 다른 법령에 의하여 등록세를 비과세·과세면제 또는 경감받은 후에 당해 과세물건이 등록세 부과대상 또는 추징대상이 된 때에는 제1항의 규정에 불구하고 그 사유발생일부터 30일이내에 당해 과세표준에 제131조 내지 제146조의 규정에 의한 세율을 적용하여 산출한 세액[경감받은 경우에는 이미 납부한 세액(가산세를 제외한다)을 공제한 세액을 말한다]을 납세지를 관할하는 지방자치단체의 장에게 대통령령이 정하는 바에 의하여 신고하고 납부하여야 한다.

④ (이하 생략)

○제289조 (공공사업용 토지 등에 대한 감면)

① 한국토지공사법에 의하여 설립된 한국토지공사와 대한주택공사법에 의하여 설립된 대한주택공사가 국가 또는 지방자치단체의 계획에 따라 제3자에게 공급할 목적으로 대통령령이 정하는 사업에 사용하기 위하여 일시 취득하는 부동산에 대하여는 취득세 및 등록세를 면제한다.

② (이하 생략)

□ 구 지방세법 시행령(2004. 5. 29. 대통령령 18404호로 개정되기 전의 것)

○제14조의2(제척기간의 기산일)

① 법 제30조의4 제1항 단서의 규정에 의한 지방세를 부과할 수 있는 날은 다음 각 호의 1에 해당하는 날을 말한다.

1. 법령에서 신고 납부하도록 규정된 지방세에 있어서는 당해 지방세의 납세의무 성립일

2. 제1호의 규정에 의한 지방세 외의 지방세에 있어서는 당해 지방세의 납세의무 성립일

② 다음 각 호의 날은 제1항의 규정에도 불구하고 지방세를 부과할 수 있는 날로 한다.

1. 특별징수의무자 또는 납세조합에 대하여 부과하는 지방세에 있어서는 당해 특별징수세액 또는 납세조합징수세액의 납입기한(납입기한이 연장된 경우에는 그 연장된 기한을 말한다)의 다음날을 말한다.

2. 신고납부기한이 연장된 경우에는 그 연장된 납기한의 다음날

3. 비과세 또는 감면받은 세액 등에 대한 추징사유가 발생하여 추징하는 경우에는 그 신고납부기한의 다음날

○제225조(공급목적사업의 범위)

① 법 제289조 제1항에서 "대통령령이 정하는 사업"이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 사업을 말한다.

1. 한국토지주택공사법 제1조 제1항 제1호(국가 또는 지방자치단체가 매입을 지시 또는 의뢰한 것에 한한다.)·제2호 내지 제5호 및 제9호 규정에 의한 사업

2. (이하 생략)

□ 구 한국토지공사법(2005. 8. 4. 법률 7678호로 개정되기 전의 것)

○제9조(업무)

① 토지공사는 제1조의 목적을 달성하기 위하여 다음 각 호의 업무를 행한다.

1. 토지의 취득·개발·비축·관리·공급 및 임대

2. 국토의 계획 및 이용에 관한 법률·토지관리 및 지역균형개발 특별회계법 기타 다른 법률의 규정에 의한 토지의 매입

3. 토지의 개발에 관한 다음 각 목의 사업

가. 주택건설용지, 공업용지 및 대통령령이 정하는 공공시설용지의 개발사업

나. 유통단지·과학연구단지 및 관광단지와 주거·공업·교육·연구·문화·관광·유통 및 기반시설 등을 종합적으로 계획·개발하는 복합단지의 개발사업

다. 토지구획정리사업, 시가지조성사업 및 도심재개발사업

라. 간척 및 매립사업

4. 택지개발촉진법·주택법·산업입지 및 개발에 관한 법률 기타 다른 법률의 규정에 의하여 공사가 시행할 수 있는 사업

5. 제3호 및 제4호의 규정에 의한 사업에 따른 이주단지의 조성과 대통령령이 정하는 공익시설의 건설

6. ～ 8. (생략)

9. 국가·지방자치단체 또는 정부투자기관 관리기본법 제2조의 규정에 의한 정부투자기관으로부터 위탁받은 제1호 내지 제5호의 업무

10. (이하 생략)

라. 판단

⑴ 이 사건 토지가 취득세 등 면제대상에 해당하는지 여부 검토

구 「지방세법」제289조 1항의 규정에 따르면 "◎◎◎◎공사가 국가 또는 지방자치단체의 계획에 따라 대통령령이 정하는 사업에 사용하기 위하여 제3자에게 공급할 목적으로 일시 취득하는 부동산"에 대하여는 취득세 및 등록세를 면제하도록 되어 있고, "대통령령이 정하는 사업"에 대하여는 구 「지방세법 시행령(2004. 5. 29. 대통령령 18404호로 개정되기 전의 것, 이하 같다.)」제225조 제1항 제1호에서 "한국토지공사법 제9조 제1항 제1호(국가 또는 지방자치단체가 매입을 지시 또는 의뢰한 것에 한한다.), 제2호 내지 제5호 및 제9호의 규정에 의한 사업을 말한다."라고 규정하고 있다.

그리고 구 「한국토지공사법(2005. 8. 4. 법률 제7678호로 개정되기 전의 것, 이하 같다.)」제9조 제1항 제1호에서는 ◎◎공사의 업무로 "토지의 취득·개발·비축·관리·공급 및 임대"를, 같은 항 제3호에서는 "복합단지의 개발사업" 등을 규정하고 있다.

위 규정들을 종합하여 보면 ◎◎공사가 이 사건 토지를 ① 국가 또는 지방자치단체의 계획에 따라 ② 제3자에게 공급할 목적으로 대통령령에 열거된 ◎◎공사의 업무에 속하는 사업에 사용하기 위하여 ③ 일시적으로 취득한 경우에는 취득세 및 등록세를 면제받게 된다.

(가) 첫 번째로 이 사건 토지의 취득이 국가 또는 지방자치단체의 계획에 따른 취득이었는지 여부에 대하여 살펴보면 인정사실 "(1)항"에서 본 바와 같이 ♧♧매립지 개발방안 및 동북아 비즈니스 중심국가 실현방안 등은 정부가 주도한 계획이었고, 그 내용 속에 ◎◎공사가 시행자로서 공영개발하는 것으로 계획되어 있었으며 차후 계획된 절차에 따라 ◎◎공사가 사업시행자로 지정되었다.

더구나 처분청은 이 사건 당초 토지에 대하여는 ◎◎공사가 국가의 계획에 따라 대통령령에 규정된 사업에 사용하기 위하여 제3자에게 공급할 목적으로 일시취득한 것으로 판단하여 취득세 및 등록세를 면제하였다가, 사후에 이 사건 토지 부분이 20년 기간으로 임대되고 난 이후 "일시 취득하는 부동산"으로 보기 어렵고 "제3자에게 공급할 목적으로 취득"하는 부동산이 아니라는 취지로 이 사건 부과처분을 하였다.

따라서 이 사건 토지 부분에 대한 취득만 따로 구별하여 국가계획으로 인한 취득이 아니었다고 판단할 증거가 없는 이상 이 사건 토지 이외의 부분과 같이 국가의 계획에 따른 취득이었다고 보는 것이 타당하다.

(나) 두 번째로 ◎◎공사가 이 사건 토지를 제3자에게 공급할 목적으로 대통령령으로 정하는 사업에 사용하기 위하여 취득한 것에 해당하는지에 대하여 살펴보면 구 「지방세법 시행령」제225조 제1항 제1호에서 인용하고 있는 구 「한국토지공사법」제9조 제1항 제1호에서 토지의 ‘공급’과 ‘임대’를 구별하고 있고, 구 「지방세법」제289조 제1항의 입법취지는 ◎◎공사가 국가 등을 대신하여 국가 등의 계획에 따라 공공사업을 시행하고 그에 따라 조성된 토지를 궁극적으로 제3자에게 공급하게 되는데, 이 과정에서 ◎◎공사가 잠정적·일시적으로 취득한 부동산에 대하여는 취득세 및 등록세를 면제하여 국가 등의 계획에 따른 공공사업을 원활히 추진하도록 하기 위한 것이다.

따라서 구 「한국토지공사법」제9조 제1항 제1호의 규정 및 구 「지방세법」제289조 제1항의 입법취지에 비추어 ‘공급’에는 소유권 처분이 수반되지 아니하는 ‘임대’가 포함된다고 볼 수 없다.

(다) 세 번째로 ◎◎공사가 이 사건 토지를 20년의 기간으로 임대한 경우에도 일시취득으로 볼 수 있는지 여부를 살펴보면 ◎◎공사가 이 사건 토지에 대하여 체결한 임대계약은 임대기간이 20년으로 장기이고 임대기간 만료 후 갱신이 가능하며 공모지침서에 장래 일정 시점에 분양전환을 통해 제3자에게 소유권을 이전하려는 계획도 없으므로 ◎◎공사가 이 사건 토지를 제3자에게 공급하기 위하여 잠정적·일시적으로 취득하였다기 보다는 확정적 소유권을 취득한 상태에서 임대를 하는 방식으로 사용·수익하고 있는 것으로 판단하는 것이 타당하다.

한편 청구법인은 인정사실 "(4)항"에서 본 바와 같이 정부가 승인 고시한 실시계획안에 이 사건 토지의 처리방안으로 매각 외에 임대도 고려하고 있었으며, 2006. 2. 20. 재정경제부로부터 통보받은「☆☆지구 쟁점에 대한 관계기관 협의결과」에서도 "장기임대를 원칙으로 추진한다."는 내용이 포함되어 있어 ◎◎공사는 이 협의내용을 반영하여 이 사건 토지를 장기임대하였으므로 일시 취득하는 부동산에 해당한다고 주장한다.

그러나 이 사건 당초 토지의 취득, ◎◎공사의 취득세 등의 면제신청과 그에 따른 처분청의 취득세 등의 면제결정은 위 실시계획안의 고시 이전에 이루어진 일로서 취득당시에는 제3자에게 공급할 목적으로 일시 취득할 예정임을 소명하여 취득세 등을 면제받은 것이고, 그 이후 장기임대로 계획을 변경하여 그에 따라 이 사건 토지부분은 20년간 장기 임대되었으므로 최초 취득세 등의 면제당시와 다른 사정변경이 있었다.

그리고 이런 사정변경이 관계기관의 협의에 의한 것이었다 하더라도 조세법률주의의 원칙상 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합하므로 장기임대가 이루어진 이상 구 「지방세법」제289조 제1항의 요건에 해당하지 않게 된 것에는 변함이 없다.

(라) 이상에서 살펴본 바를 종합하면 ◎◎공사가 이 사건 토지부분을 장기 임대함으로써 이 사건 토지부분은 ‘제3자에게 공급할 목적’으로 ‘일시적으로 취득’한 경우에 해당하지 않게 되어 구 「지방세법」제289조 제1항의 요건을 충족하지 못하여 취득세 등 면제대상에 해당하지 않는다.

⑵ 이 사건 부과처분이 제척기간을 경과하였는지 여부 검토

청구법인은 취득세 신고납부기한은 ◎◎공사가 구 ∇∇∇∇공사에 잔금을 지급한 2004. 5. 3.로부터 30일이 경과한 2004. 6. 2.이고, 등록세 및 지방교육세의 신고납부기한은 소유권이전등기경료일인 2004. 5. 20.이며, 사기 기타 부정한 행위로 취득세를 면제받은 것이 아니므로 구 「지방세법」제30조의4 제1항의 제척기간인 5년이 경과한 후에 이루어진 이 사건 부과처분은 부당하다고 주장한다.

살피건대, 구 「지방세법」제120조 제3항 및 제150조의2 제3항의 규정에 따르면 취득세나 등록세를 비과세·과세면제 또는 경감받은 후에 당해 과세물건이 취득세 또는 등록세의 부과 또는 추징대상이 된 때에는 그 사유 발생일부터 30일 이내에 취득세를 다시 신고하고 납부하여야 하고, 구 「지방세법 시행령」제14조의2에 따르면 비과세 또는 감면받은 세액에 대한 추징사유가 발생하여 추징하는 경우에는 새로 정하여진 신고납부기한의 다음날부터 제척기간을 기산하여야 한다.

◎◎공사는 이 사건 토지에 대하여 취득세 등을 면제받은 후 이를 장기임대한 사실로 인하여 면제요건을 충족하지 못하여 추징사유가 발생하였고 이 사건 토지의 각 임대시점인 2007. 6. 29.와 2008. 2. 20.부터 각 신고납부기한인 30일이 경과한 다음날부터 5년 이내인 2011. 9. 9. 행하여진 이 사건 부과처분은 제척기간 내에 적법하게 이루어진 처분이다.

4. 결론

그렇다면 처분청이 청구법인에게 한 이 사건 부과처분은 잘못이 없고, 청구법인의 이 사건 심사청구는 이유 없다고 인정되므로 「감사원법」 제46조 제2항의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.