<질의요지>

○ (쟁점①) 부과제척기간(2개월)이 경과한 국세환급 통보 자료의 환급 가능 여부

○ (쟁점②) 비영리내국법인이 특별징수된 이자소득에 대해 확정신고를 하지 않은 경우에도 국세 통보자료에 따라 환급이 가능한지 여부

<회신내용>

① 부과제척기간이 경과한 국세환급 통보 자료에 대한 환급 가능 여부

○ ｢지방세법｣ 제103조의59 제1항 및 제2항에서 국세의 부과·징수 등에 관한 자료를 지방자치단체의 장에게 통보하도록 규정하고 있으며, 같은 조 제3항에서는 제1항제5호 및 제2항제5호에 따른 환급 통보를 받은 경우 해당 국세의 과세표준을 근거로 지방소득세를 다시 계산하여 환급 세액이 발생하는 경우 이를 환급하여야 한다고 규정하고 있고,

  - 같은 조 제4항에서는 「지방세기본법」제64조제1항에도 불구하고, 제3항에 따른 환급의 경우 지방세 환급금 소멸시효를 제1항제5호 및 제2항제5호에 따른 통보일로부터 기산한다고 하면서 괄호 단서로“｢지방세기본법｣ 제38조제2항에 따라 경정결정이나 그 밖에 필요한 처분을 하는 경우는 제외한다.”라고 규정하고 있습니다.

○ 위 ｢지방세법｣ 제103조의59 제4항 규정은 2022년 신설된 규정으로 국세 환급 이후 환급사실이 통보될 경우 통보를 받은 날에 지방소득세 환급청구권 소멸시효가 다시 기산되도록 하기 위한 규정으로서,

  - 국세 환급통보에 따라 지방소득세 환급시 환급청구권의 소멸시효 등에 관한 별도의 규정이 없어 지방소득세를 환급받지 못하는 사례를 방지하기 위한 개정 조치입니다. ('22년 시행 지방세관계법 적용요령, 지방세정책과-34, 2022.1.4.)

  - 한편, 제4항 괄호에 단서로서 “｢지방세기본법｣ 제38조 제2항에 따라 경정결정이나 그 밖에 필요한 처분을 하는 경우는 제외한다.”는 규정을 둠으로써 ｢지방세기본법｣ 제38조 제2항의 부과제척기간 내 환급 적용이 불가한 경우에 한하여 적용할 수 있도록 하고 있습니다.

○ 따라서, 국세 환급자료 통보시에 지방세 환금청구권 소멸시효 기산일을 다시 정하도록 한 규정 및 해당 개정안 괄호안의 단서로 부과제척기간 내에 경정결정 등을 한 경우는 제외토록 한 규정 등을 종합적으로 고려할 때, 부과제척기간이 경과되었더라도 국세 환급자료를 통보받은 날로부터 5년 이내인 경우에는 환급이 가능합니다.

② 특별징수된 이자소득에 대해 법인지방소득세 확정신고를 하지 않은 비영리내국법인의 경우 국세 환급 통보 자료에 따른 환급 가능 여부

○ ｢지방세법｣ 제103조의32 제1항에서 비영리내국법인은 제103조의29에 따라 특별징수된 이자소득이 있는 경우 제103조의23의 법인지방소득세 과세표준 확정신고 의무 규정에도 불구하고 과세표준을 신고하지 아니할 수 있고, 과세표준 신고를 하지 않은 이자소득은 제103조의19에 따라 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 포함하지 않는다고 규정하고 있습니다.

  - 이와 관련 같은법 시행령 제100조의22 제2항에서는 법 제103조의32 제1항에 따라 과세표준 신고를 하지 아니한 비영리내국법인의 이자소득에 대해서는 수정신고, 기한 후 신고 또는 경정 등을 통하여 이를 과세표준에 포함시킬 수 없다고 규정하고 있습니다.

○ 또한, ｢지방세법｣ 제103조의59 제3항에서 제1항제5호 또는 제2항제5호에 따라 국세 환급통보를 받은 경우 국세와 동일한 과세표준에 근거하여 산출한 지방소득세를 다시 계산하여 환급세액이 발생하는 경우 이를 환급하여야 한다고 규정하고 있습니다.

○ 본 질의는 국세 환급통보를 받은 경우 ｢지방세법｣ 제103조의59 제3항 규정에 따라 국세와 동일한 과세표준을 적용(과표 포함)하여 국세를 환급해 준 것과 같이 지방소득세도 환급해 주어야 하는지, ｢지방세법｣ 제103조의32 제1항 및 같은법 시행령 제100조의22 제2항 규정에 따라 과세표준 신고를 하지 않은 이자소득이므로 수정신고, 기한 후 신고 등을 통해 과세표준에 포함할 수 없는지가 쟁점입니다.

○ 위 ｢지방세법｣ 제103조의32‘비영리내국법인에 대한 과세특례’규정과 동일하게 국세에서 규정하고 있는 ｢법인세법｣ 제62조 제1항 규정과 관련하여 조세심판원에서는 비영리내국법인의 이자소득 과세방법에 대해하여 선택권을 부여하되 법적 안정성을 위하여 일단 선택한 후에는 변경할 수 없게 하려는 취지로 비영리내국법인이 이자소득세에 대하여 확정신고기한 내에 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우에는 원천징수과세방식을 선택한 것으로 보아 과세절차가 종결되었다고 보는 것이 타당하다고 결정(조심 2010구3885, 2011.3.10. 참고)한 바,

  - 지방소득세에 대해서도 특별징수된 이자소득에 대해 과세표준 확정신고를 하지 않은 경우라면, 특별징수 방식을 선택한 것으로 보아 과세절차가 종결된 것으로 보아야 하므로, 국세환급 자료가 통보되었다고 하더라도 그 이자소득은 기한 후 신고 등을 통해 과세표준에 포함할 수 없다고 보는 것이 타당하다고 판단됩니다.

○ 다만, ①·②는 질의 내용을 토대로 판단한 해석으로 개별적인 사안에 대해서는 구체적 사실관계 등에 따라 과세권자인 해당 지방정부에서 최종 결정해야 할 사안입니다. 끝.