1. 처분개요

  가. 청구법인은 경기도 안성시OOO에서 시행하는 주택건설사업[공공지원 민간임대주택(아파트), 이하 “이 건 임대주택건설사업”이라 한다]의 사업주체로서,

2020.1.30.부터 2024.8.22.까지의 기간 동안 경기도 안성시 OOO일원 토지 74,297,74㎡(이하 “이 건 토지”라 한다)를 취득(매매)한 후, 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세OOO원, 합계OOO원(세부내역은 ＜별지1＞ 기재)을 신고․납부하였다.

  나. 그 후, 청구법인은 이 건 토지의 일부는 국가 등에 기부채납을 조건으로 취득한 토지이므로 「지방세법」제9조에 따른 취득세 비과세대상에 해당하고, 나머지 토지는 임대사업자가 임대할 목적으로 공동주택을 건축하기 위하여 취득한 토지로서 「지방세특례제한법」제31조 제1항 제1호(2021.12.28. 법률 제18656호로 개정되기 전의 것을 말하고, 이하 “쟁점감면규정”이라 한다)에 따른 취득세 감면(50～100%) 대상에 해당한다는 사유로 2025.1.13. 취득세 등의 경정청구를 하였으나,

처분청은 2025.3.19. 기부채납 조건으로 취득한 토지에 대하여는 청구법인의 주장을 전부 받아들여 이를 인용하였으나, 임대주택 건설용 토지 중 청구법인의 임대사업자 등록일(2021.6.30.) 이후에 취득한 토지는 감면 대상으로 보고, 그 이전(2020.1.30.〜2020.12.11.)에 취득한 아래 ＜표1＞의 43건의 토지(이하 “쟁점토지”라 한다)에 대하여는 감면 대상이 아니라고 보아 청구법인의 경정청구를 거부하였다(세부내역은 ＜별지2＞ 기재).

                        ＜표1＞ 처분청이 경정청구를 거부한 쟁점토지(43건) 내역

                                                                                                  (단위 : 원)

                                                            ○○○

  다. 청구법인은 이에 불복하여 2025.6.18. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

  가. 청구법인 주장

   (1) 처분청은 2020.1.30.부터 2020.12.11.까지 취득한 쟁점토지(43건)에 대하여 취득일부터 60일 이내에 임대목적물을 등록하지 못하였으므로, 조세심판원의 선결정(조심 2022지 1425, 2023.10.24., 조심 2020지2042, 2021.8.17.)과는 차이가 있어 경정청구를 거부한 처분은 적법하다고 주장하나,

이 건 임대주택건설사업은 공동시행사업자인 주식회사 A과 청구법인이 협약을 체결하고, 임대사업자등록이 있는 주식회사 A의 주택건설사업자등록증으로 이 건 임대주택건설사업에 대한 사업계획승인을 신청하였으므로, 조세심판원의 위 사례와 차이가 없다.

   (2) 청구법인은 2019.12.18. ‘주택건설사업계획승인’ 당시 공동사업주체인 주식회사 A이 임대사업자등록증이 있었으므로, 임대사업자등록의 필요성이 없다고 판단하였고,

청구법인은 2021.4.7. ‘공동사업시행자 해지합의서’를 체결한 후, 2021.6.10. ‘주택건설사업계획(변경)승인’을 받은 20일 후인 2021.6.30.에 임대사업자등록을 하였으므로, 쟁점감면규정에 따른 감면율(59㎡이하 : 85%, 85㎡이하 : 50%)을 적용하여 아래 ＜표3＞과 같이 취득세 등OOO원을 감면하는 것이 타당하다.

                        ＜표2＞ 「지방세특례제한법」제31조에 따른 감면율(청구법인 주장)

                                                                ○○○

                        ＜표3＞ 청구법인의 취득세 등 감면 요구 세액

                                                                                                     (단위 : 원)

                                                                ○○○

  나. 처분청 의견

    처분청이 쟁점토지에 대하여 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 아래와 같은 이유로 적법하다.

   (1) 청구법인은 2021.6.30. 최초로 임대사업자 등록을 하였으므로, 그 이전(2020.1.30.〜2020.12.11.)에 취득한 쟁점토지는 쟁점감면규정에 의한 취득세 감면대상에 해당하지 아니함은 명백하다.

   (2) 청구법인이 주장하는 조세심판원의 선결정(조심 2022지 1425, 2023.10.24., 조심 2020지2042, 2021.8.17.)은 토지를 취득한 후 60일 이내에 임대사업자 등록은 하였으나, 임대목적물을 등록하지 못한 경우에 관한 사례로서, 쟁점토지를 취득한 후 60일 이내에 임대사업자 등록조차 하지 아니한 청구법인의 경우와는 사안이 다르므로, 원용하기에 적절하지 아니하다.

   (3) 반면, 최근 조세심판원의 결정(조심 2023지3508, 2024.7.23., 조심 2024지176, 2024.7.16.)은 청구법인의 경우와 같이 토지 취득일로부터 60일이 훨씬 경과하여 임대사업자 등록을 한 경우에는 취득세 감면 요건을 갖추지 못하였다고 판단하였을 뿐만 아니라,

쟁점감면규정은 부득이한 사유로 60일 이내에 「민간임대주택법」에 따른 임대사업자 등록을 하지 못한 경우에는 취득세 감면을 인정한다는 예외 규정을 두고 있지 아니하므로, 감면 대상으로 볼 수 없다고 결정하였다.

3. 심리 및 판단

  가. 쟁 점

   쟁점토지 취득일부터 60일 이내에 임대목적물로 등록하지 아니하였다는 사유로 취득세 감면을 배제한 처분은 부당하다는 청구주장의 당부

  나. 관련 법령 : ＜별지3＞ 기재

  다. 사실관계 및 판단

   (1) 청구법인과 처분청이 제출한 자료에 따르면 다음과 같은 사실이 확인된다.

    (가) 청구법인과 주식회사 A은 이 건 임대주택건설사업의 사업지인 안성OOO블럭의 민간임대주택 개발사업을 공동으로 수행하기 위하여 사업협약을 하고, 2018.6.26. 공동사업표준협약서를 작성하였다.

    (나) 대한주택건설협회장이 2025.4.9. 발급한 주택건설사업자등록증에 의하면, 청구법인은 「주택법」제4조 등에 따라 2019.8.19. 주택건설사업자등록(등록번호 : 경기-주택2019-0299)을 한 것으로 나타난다.

    (다) 청구법인과 공동사업주체인 주식회사 A은 2019.12.18. 아래 ＜표4＞와 같이 이 건 임대주택건설사업에 대한 사업계획의 승인을 받았다(건축과-OOO 및 안성시 고시 제OOO호).

                        ＜표4＞ 이 건 임대주택건설사업의 사업계획 승인(발췌)

                                                     ○○○

    (라) 청구법인과 주식회사 A은 2021.4.7. 위 (가)의 공동사업협약을 해지하기로 합의하고, “공동사업시행자 해지합의서”를 작성하였다.

    (마) 청구법인은 처분청(주택과)으로부터 2021.6.10. 주택건설 사업승인서상 사업주체 변경승인(당초 청구법인과 ㈜A 공동 ⇒ 청구법인 단독)을, 2021.7.12. 주택유형(공급방식) 변경승인(공공지원 민간임대주택 ⇒ 민간임대주택)을 각각 받았다.

    (바) 임대사업자등록증 등에 의하면, 청구법인은 2021.6.30.을 최초등록일로하여 아래 ＜표5＞와 같이 임대사업자등록을 한 것으로 나타난다.

                        ＜표5＞ 청구법인의 임대사업자등록증(발췌)

                                                        ○○○

     (사) 2016.12.27. 법률 제14477호로 개정되기 전의 구「지방세특례제한법」제31조 제1항에서는 임대사업자를 “임대용 부동산 취득일부터 60일 이내에 임대사업자로 등록한 경우”로 규정하고 있었으나, 2016.12.27. 개정을 통해 “임대용 부동산 취득일부터 60일 이내에 해당 임대용 부동산을 임대목적물로 하여 임대사업자로 등록한 경우”로 명확히 하였으며, 2021.12.28. 법률 제18656호의 개정을 통해 “(건설임대주택용) 토지에 대해서는「주택법」제15조에 따른 사업계획승인을 받은 날부터 60일 이내로서 토지 취득일부터 1년 6개월 이내에 해당 임대용 부동산을 임대목적물로 하여 임대사업자로 등록한 경우”로 규정하였다.

                        ＜표6＞ 쟁점감면규정 개정 연혁

                                                            ○○○

   (2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.

    (가) 쟁점감면규정에서「공공주택 특별법」에 따른 공공주택사업자 및 민간임대주택법에 따른 임대사업자가 임대할 목적으로 전용면적 60제곱미터 이하인 공동주택 또는 오피스텔을 취득하는 경우에는 취득세를 면제하되, 괄호규정에서 그 감면대상인 임대사업자를 “임대용 부동산 취득일부터 60일 이내에 해당 임대용 부동산을 임대목적물로 하여 임대사업자로 등록한 경우”로 한정하고 있으며,

2021.12.28. 법률 제18656호로 개정되면서 “토지에 대해서는 「주택법」 제15조에 따른 사업계획승인을 받은 날 또는「건축법」 제11조에 따른 건축허가를 받은 날부터 60일 이내로서 토지 취득일부터 1년 6개월 이내에 해당 임대용 부동산을 임대목적물로 하여 임대사업자로 등록한 경우를 포함한다.”로 규정하였다.

    (나) 살피건대, 청구법인이 쟁점토지를 취득(2020.1.30.〜2020.12.11.)할 당시 시행되던 쟁점감면규정에서는 임대사업자가 임대할 목적으로 전용면적 60제곱미터 이하인 공동주택을 취득하는 경우에는 취득세를 면제하되, 괄호규정에서 그 감면대상인 임대사업자를 “임대용 부동산 취득일부터 60일 이내에 해당 임대용 부동산을 임대목적물로 하여 임대사업자로 등록한 경우를 말한다”로 규정하고 있었는데, 청구법인은 쟁점토지의 취득일부터 60일이 경과한 2020.7.22.에 이르러서야 임대아파트 신축에 따른 임대목적물로 등록한 것으로 나타나는 점,

「지방세특례제한법」제31조 제1항은 부득이한 사유로 60일 이내에 임대용 부동산 취득일부터 60일 이내에 해당 임대용 부동산을 임대목적물로 하여 임대사업자로 등록하지 못한 경우에 대한 별도의 예외 규정을 두고 있지 아니한 점 등에 비추어,

처분청이 청구법인의 쟁점토지 취득에 대하여 쟁점감면규정에 따른 취득세 감면대상으로 보기 어렵다고 보아 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다(조심 2025지515, 2025.10.30. 외 다수, 같은 뜻임).

4. 결 론

   이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「지방세기본법」 제96조 제7항과 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지1＞ 이 건 토지에 대한 취득세 등 신고․납부 내역

(단위 : ㎡, 원)

○○○

＜별지2＞ 처분청의 경정청구 결정 내역

(단위 : 원)

○○○

＜별지3＞ 관련 법령

(1) 지방세특례제한법

(2018.12.24. 법률 제16041호로 개정된 것)

제31조(임대주택 등에 대한 감면) ① 「공공주택 특별법」에 따른 공공주택사업자 및 「민간임대주택에 관한 특별법」에 따른 임대사업자(임대용 부동산 취득일부터 60일 이내에 해당 임대용 부동산을 임대목적물로 하여 임대사업자로 등록한 경우를 말한다. 이하 이 항에서 "임대사업자"라 한다)가 임대할 목적으로 공동주택(해당 공동주택의 부대시설 및 임대수익금 전액을 임대주택관리비로 충당하는 임대용 복리시설을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 건축하는 경우 그 공동주택과 임대사업자가 임대할 목적으로 건축주로부터 공동주택 또는 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조 제1호에 따른 준주택 중 오피스텔(그 부속토지를 포함한다. 이하 이 조에서 "오피스텔"이라 한다)을 최초로 분양받은 경우 그 공동주택 또는 오피스텔에 대해서는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 지방세를 2021년 12월 31일까지 감면한다. 다만, 토지를 취득한 날부터 정당한 사유 없이 2년 이내에 공동주택을 착공하지 아니한 경우는 제외한다.

1. 전용면적 60제곱미터 이하인 공동주택 또는 오피스텔을 취득하는 경우에는 취득세를 면제한다.

(2) 지방세특례제한법

(2021.12.28. 법률 제18661호로 개정된 것)

제31조(임대주택 등에 대한 감면) ① 「공공주택 특별법」에 따른 공공주택사업자 및 「민간임대주택에 관한 특별법」에 따른 임대사업자[임대용 부동산 취득일부터 60일 이내에 해당 임대용 부동산을 임대목적물{2020년 7월 11일 이후 「민간임대주택에 관한 특별법」(법률 제17482호로 개정되기 전의 것을 말한다) 제5조에 따른 임대사업자등록 신청(임대할 주택을 추가하기 위하여 등록사항의 변경 신고를 한 경우를 포함한다)을 한 같은 법 제2조 제5호에 따른 장기일반민간임대주택(이하 이 조에서 “장기일반민간임대주택”이라 한다) 중 아파트를 임대하는 민간매입임대주택이거나 같은 조 제6호에 따른 단기민간임대주택(이하 이 조에서 “단기민간임대주택”이라 한다)인 경우 또는 같은 법 제5조에 따라 등록한 단기민간임대주택을 같은 조 제3항에 따라 2020년 7월 11일 이후 같은 법 제2조제4호에 따른 공공지원민간임대주택이나 장기일반민간임대주택으로 변경 신고한 주택은 제외한다}로 하여 임대사업자로 등록한 경우를 말하되, 토지에 대해서는 「주택법」 제15조에 따른 사업계획승인을 받은 날 또는 「건축법」 제11조에 따른 건축허가를 받은 날부터 60일 이내로서 토지 취득일부터 1년 6개월 이내에 해당 임대용 부동산을 임대목적물로 하여 임대사업자로 등록한 경우를 포함한다. 이하 이 조에서 “임대사업자”라 한다]가 임대할 목적으로 공동주택(해당 공동주택의 부대시설 및 임대수익금 전액을 임대주택관리비로 충당하는 임대용 복리시설을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 건축하는 경우 그 공동주택에 대해서는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 지방세를 2024년 12월 31일까지 감면한다. 다만, 토지를 취득한 날부터 정당한 사유 없이 2년 이내에 공동주택을 착공하지 아니한 경우는 제외한다.

1. 전용면적 60㎡ 이하인 공동주택 또는 오피스텔을 취득하는 경우에는 취득세를 면제한다.

(3) 민간임대주택에 관한 특별법

제5조(임대사업자의 등록) ① 주택을 임대하려는 자는 특별자치시장・특별자치도지사・시장・군수 또는 구청장(구청장은 자치구의 구청장을 말하며, 이하 “시장・군수・구청장”이라 한다)에게 등록을 신청할 수 있다. 다만, 외국인은 국내에 체류하는 자로서「출입국관리법」 제10조의 체류자격에 따른 활동범위를 고려하여 대통령령으로 정하는 체류자격에 해당하는 경우에 한정하여 등록을 신청할 수 있다.

② 제1항에 따라 등록하는 경우 다음 각 호에 따라 구분하여야 한다.

2. 민간건설임대주택 및 민간매입임대주택

3. 공공지원민간임대주택, 장기일반민간임대주택

③ 제1항에 따라 등록한 자가 그 등록한 사항을 변경하고자 할 경우 시장・군수・구청장에게 신고하여야 한다. 다만, 임대주택 면적을 10퍼센트 이하의 범위에서 증축하는 등 국토교통부령으로 정하는 경미한 사항은 신고하지 아니하여도 된다.

④ 시장・군수・구청장은 제3항에 따른 신고를 받은 날부터 7일 이내에 신고수리 여부를 신고인에게 통지하여야 한다.

⑤ 시장・군수・구청장이 제4항에서 정한 기간 내에 신고수리 여부 또는 민원 처리 관련 법령에 따른 처리기간의 연장을 신고인에게 통지하지 아니하면 그 기간(민원 처리 관련 법령에 따라 처리기간이 연장 또는 재연장된 경우에는 해당 처리기간을 말한다)이 끝난 날의 다음 날에 신고를 수리한 것으로 본다.

⑥ 제1항부터 제5항까지에 따른 등록 및 신고의 기준과 절차 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(4) 민간임대주택에 관한 특별법 시행령

(2019.10. 22. 대통령령 제30149호)

제4조(임대사업자 등록 및 변경신고 등) ① 법 제5조 제1항에 따라 임대사업자로 등록할 수 있는 자는 다음 각 호와 같다. 이 경우 2인 이상이 공동으로 건설하거나 소유하는 주택의 경우에는 공동 명의로 등록해야 한다.

1. 민간임대주택으로 등록할 주택을 소유한 자

2. 민간임대주택으로 등록할 주택을 취득하려는 계획이 확정되어 있는 자로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자

가. 민간임대주택으로 등록할 주택을 건설하기 위하여 「주택법」 제15조에 따른 사업계획승인(이하 “사업계획승인”이라 한다)을 받은 자

③ 법 제5조 제1항에 따라 임대사업자로 등록하려는 자는 신청서에 국토교통부령으로 정하는 서류를 첨부하여 임대사업자의 주소지를 관할하는 특별자치시장, 특별자치도지사, 시장, 군수 또는 자치구청장(이하 “시장・군수・구청장”이라 한다) 또는 해당 민간임대주택의 소재지를 관할하는 시장ㆍ군수ㆍ구청장에게 제출하여야 한다.

(5) 민간임대주택에 관한 특별법 시행규칙

(2019.10.29. 국토교통부령 제558호)

제2조(임대사업자 등록 등) ① 법 제5조 제1항 및 「민간임대주택에 관한 특별법시행령」(이하 “영”이라 한다) 제4조 제3항에 따라 임대사업자로 등록하려는 자는 별지 제1호서식의 임대사업자 등록신청서에 다음 각 호의 서류를 첨부하여 특별자치시장, 특별자치도지사, 시장, 군수 또는 자치구청장(이하 “시장・군수・구청장”이라 한다)에게 제출(정보통신망을 이용한 제출을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)하여야 한다. 이 경우 (생 략) 시장・군수・구청장에게 제출하여야 한다.

1. 영 제4조 제1항 제2호 가목의 경우: 주택사업계획승인서 사본

④ 영 제4조 제5항에 따른 등록대장 및 등록증은 각각 별지 제2호서식 및 별지 제3호서식과 같다.