1. 처분개요

    가. 청구법인은 2017.5.10. 청구법인의 모회사 주식회사 A(이하 “A”라 한다)와 공동으로 서울특별시 강서구 OOO 토지(이하 “이 건 토지”라 한다)를 매매(분양)를 원인으로 취득한 후, 2017.6.29. 이 건 토지 중 청구법인이 소유한 100분의 25(이하 “쟁점토지”라 한다)에 대한 취득가격을 과세표준으로 하고, 「지방세법」제13조 제1항에 따른 취득세 중과세율(이하 “중과세율”이라 한다)을 적용하여 산출한 취득세 등 합계 OOO원(이하 “이 건 제①취득세 등”이라 한다)을 처분청에 신고·납부하였다.

    나. 청구법인은 2018.9.6. OOO와 공동으로 이 건 토지 지상에 기업부설연구소용 등 건축물(이하 “이 건 건축물”이라 하고, 이 건 토지와 합하여 이하 “이 건 부동산”이라 한다)을 신축하여 취득한 후,

같은 날 이 건 건축물 중 청구법인이 소유한 100분의 25(이하 “쟁점건축물”이라 하고, 쟁점토지와 합하여 이하 “쟁점부동산”이라 한다)에 대한 취득가격을 과세표준으로 하고, 「지방세법」제13조 제1항에 따른 중과세율을 적용하여 산출한 세액에서 기업부설연구소로 사용하는 3층 부분(이하 “이 건 연구시설”이라 한다)에 대하여는 「지방세특례제한법」제46조 제1항에 따른 기업부설연구소로 보아 취득세의 100분의 35를 감면하고, 나머지 취득세 등과, 나머지 그 외 용도로 사용하는 1층 및 2층 부분(이하 “이 건 연구시설 외”라 한다)에 대한 취득세 등 합계 OOO원(이하 “이 건 제②취득세 등”이라 하고, 이 건 제①취득세 등과 합하여 이하 “이 건 취득세 등”이라 한다)을 처분청에 신고·납부하였다.

    다. 청구법인은 2022.6.29. 이 건 연구시설 부동산은 청구법인이 본점으로 직접 사용하지 않고 있어 「지방세법」제11조 제1항 제3호 세율(이하 “일반세율”이라 한다)의 적용대상에 해당하고, 이 건 연구시설 외 부동산은 산업단지내 산업용 건축물에 해당하여 「지방세특례제한법」제78조 제4항 등에 따른 감면대상에 해당하므로 이 건 취득세 등의 일부가 환급되어야 한다는 사유로 경정청구를 하였으나, 처분청은 2022.8.23. 이를 거부하였다.

    라. 청구법인은 이에 불복하여 2022.11.17. 이의신청을 거쳐 2023.5.4. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

    가. 청구법인 주장

        (1) 이 건 연구시설용 부동산이 대도시 내 본점 사업용 부동산에 해당하는지 여부

「지방세법」 제13조 제1항에서 취득세 중과세율 적용대상이 되는 본점 사업용 부동산에 그 부대시설용 부동산도 포함되는 것으로 규정하고 있으나, ‘본점’ 자체에 대하여는 지방세법령에 구체적으로 규정하고 있지 않다.

대법원(2020.10.15. 선고, OOO판결 참조)에서 ‘본점’ 사무소로 사용하는 부동산을 “법인이 영위하는 사업에 관한 주요한 의사결정 및 업무수행과 경영, 인사, 재무, 총무, 기획 등 관리 행위가 이루어지는 장소”로 보면서, 본점 사무소와 함께 설치되었다고 하더라도 본점에서 이루어지는 주요한 의사결정, 업무수행, 관리행위 등과 구분되는 단순하고 부수적인 행위나 사실적 행위 또는 대외적으로 제품 및 서비스를 제공하거나 영업활동 등이 이루어지는 장소는 본점 사무소에 해당하는 것으로 보기가 어렵다고 보았다.

결국, 위 대법원의 판단에 따르면 ① 주요한 의사결정 ② 업무수행과 경영, 인사, 재무, 총무, 기획 등 관리행위가 이루어지는 장소가 아닌 이상 본점 사무소에 해당한다고 할 수 없다.

조세심판원(조심 2023지3726, 2024.12.23. 등, 같은 뜻임)도 위 대법원 판단과 동일한 기준으로 “법인의 본점용 부동산은 법인이 고유업무의 수행에 필요한 사무실 등으로 직접 사용되고 있는 부동산과 그 부대시설용 부동산을 말하며, 이에 해당하는지 여부는 법인의 목적사업의 특성과 그 수행방법, 법인의 경영활동에 필수적인 업무인 인사ㆍ기획, 재무 등의 활동이 이루어지는 장소, 주요 의사결정권자, 주요 경영의사결정 과정 및 다른 사무소 등과의 업무상의 지휘감독체계 등을 종합하여 판단하여야 할 것이다”라고 보고 있다.

청구법인의 이 건 연구시설이 본점 사업용 부동산에 해당되는지에 대하여 보면, 이 건 연구시설은 「기초연구 진흥 및 기술개발지원에 관한 법률」(이하 “기초연구법”이라 한다)에 따라 연구인력 및 시설 등 요건을 갖추어 인정된 기업부설연구소로서, 기초연구법 제14조의4 제1호 및 같은 법 제14조의3 제1항 제7호에서 기업부설연구소 등에 근무하는 자는 연구개발 활동과 관련된 업무 외에 생산·판매·영업 등의 기업활동과 관련된 다른 업무를 겸하지 않도록 하고 있어, 이를 위반하는 경우 기업부설연구소 등의 인정을 취소할 수 있도록 하고 있고, 이 건 연구시설은 생산·판매·영업 등의 기업활동과 관련된 다른 업무를 겸하고 있은바가 없어 현재까지 기업부설연구소 인증이 취소 된 바 없이 연구개발 활동만을 담당하고 있다.

또한, 청구법인의 이 건 연구시설은 이 건 건축물의 3층에 위치하여 스크린도어 등을 통해 이 건 건축물의 다른 부분과 철저히 물리적으로 분리되어 출입이 제한되고, 이 건 심판청구와 유사한 쟁점의 B산업단지에 입주한 타 기업들의 기업부설연구소의 본점여부 관련 조세심판원 사건에서 ① 기업부설연구소 인정이 취소됨이 없이 기업부설연구소가 연구개발 활동에만 전념하고 있고 ② 기업부설연구소가 별도의 공간으로 분리되어 있는 점을 근거로, 기업부설연구소는 기업의 연구활동만을 전담하는 독립된 연구공간과 그 부대시설로서 법인의 주된 의사결정을 하는 장소 등을 의미하는 본점 사업용 부동산에 해당하지 않는 것으로 결정하였다(조심 2023지3726, 2024.12.23. 등).

따라서, 처분청이 이 건 연구시설 부동산을 대도시 내 본점 사업용 부동산에 해당한다고 보고 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 취소되어야 한다.

        (2) 이 건 연구시설 외 부동산이 산업단지내 산업용 건축물 및 그 부속토지에 해당하는지 여부

            (가) 이 건 연구시설 외 부동산 사용현황

○○○

청구법인이 이 건 건축물 중 이 건 연구시설 외에서 수행하는 업무내역을 각 부서별로 정리하여 보면 다음과 같이 지식산업을 수행하고 있음을 확인할 수 있다.

            (나) “산업용 건축물” 관련 감면 규정

「지방세특례제한법」 제78조 제4항 제2호 가목에서 “산업용 건축물등”을 신축 또는 증축하여 취득하는 부동산(신축 또는 증축한 부분에 해당하는 부속토지를 포함한다)에 대해서는 취득세의 100분의 50을 감경하도록 규정하고 있고, 같은 조 제8항에서는 “지방자치단체의 장은 해당 지역의 재정 여건 등을 고려하여 100분의 25의 범위에서 조례로 정하는 율을 추가로 경감할 수 있도록 규정하여, 서울특별시는 조례 제14조 제1호에서 100분의 25를 추가로 경감할 수 있다.”라고 규정하고 있다.

이에 따라 취득세 감면 대상에 해당하는 “산업용 건축물등”에 대한 관련 법령을 살펴보면, 「지방세특례제한법 시행령」제29조 제1항 제3호에서 「산업입지 및 개발에 관한 법률」(이하 “산업입지법”이라 한다) 제2조에 따른 공장ㆍ지식산업ㆍ문화산업ㆍ정보통신산업ㆍ자원비축시설용 건축물과 이와 직접 관련된 교육ㆍ연구ㆍ정보처리ㆍ유통시설용 건축물을 “산업용 건축물등”이라고 규정하고 있다.

청구법인은 이 건 연구시설 외 부동산이 지식산업용 또는 정보통신산업용 건축물과 이와 관련된 교육·연구·정보처리·유통시설용 부동산에에 해당됨을 주장하여 왔다.

            (다) ‘지식산업용’ 건축물 해당 여부

                1) ‘지식산업용’ 건축물의 정의

산업입지법 제2조 제2호에서 ‘지식산업’을 “컴퓨터소프트웨어개발업ㆍ연구개발업ㆍ엔지니어링서비스업 등 전문 분야의 지식을 기반으로 하여 창의적 정신활동에 의하여 고부가가치의 지식서비스를 창출하는 데에 이바지할 수 있는 산업을 말한다”고 규정하고 있다.

한편 ‘지식산업’에 대한 구체적인 유형이나 ‘고부가가치의 지식서비스’와 관련하여 산업입지법에서 규정하고 있는 바는 없다. 이로 인하여 행정안전부 유권해석(지방세특례제도-797호, 2017.9.19.)에서 ‘지식산업’에 대한 정의 및 그 범위를 판단할 때, 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」(이하 “산업집적법”이라 한다) 등 관련 법령을 참고하여 ‘지식산업’ 해당 여부를 판단하고 있다.

또한, 다른 행정안전부 유권해석(지방세특례제도과-2634호, 20 20.11.5.)에서도 마찬가지로 산업입지법에 따른 ‘지식산업’ 여부를 판단하면서, 산업집적법 및 「산업발전법」에 따른 정의규정을 차용하여 해석하고 있고, 조세심판원(조심 2021지3340, 2023.6.27. 결정)에서도 이와 동일하게 「산업발전법」등에 따라 ‘지식산업’ 해당 여부를 판단하고 있다.

이에 따라 산업집적법 등 기타 “지식산업” 관련 법령에 따라 청구법인이 영위하는 경영컨설팅업과 정보서비스업을 검토하여 보면,

우선 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 시행령」(이하 “산업집적법 시행령”이라 한다) 제6조 제2항에서 “지식산업”이란 창의적 정신활동에 의하여 고부가가치의 지식서비스를 창출하는 산업으로서 다음 각 호의 산업을 말한다고 규정하면서, 제11호에서 경영컨설팅업을 ‘지식산업’의 한 유형으로 포함시키고 있고, 산업발전법에서 지식서비스산업을 “지식의 생산, 가공, 활용 및 유통을 통하여 부가가치를 창출하는 산업으로서 대통령령으로 정하는 업종”을 의미하는 것으로 정의(제8조 제2항)하고, 같은 법 시행령 별표 2.에서 청구법인이 영위하는 정보서비스업과 경영컨설팅업을 고부가가치 지식서비스의 한 유형으로 포함시키고 있다.

                2) 청구법인의 이 건 연구시설 외 부동산에 대한 검토

우선 청구법인이 2019.4.26. 한국산업기술진흥협회장에게 제출한 기업부설연구소에 인정 신청 당시 제출한 신고서를 보면 업종은 정보처리(한국표준산업분류 63991)로, 주 연구내용은 채권시가평가정보제공으로 기재되어 있고, 청구법인은 이에 따라 기업부설연구소에서 채권 등 다양한 자산에 대한 시가평가 방법 및 AI 등 관련 소프트웨어를 개발하여 이를 통해 고객에게 정보서비스업과 경영컨설팅업을 제공하고 있다.

                    가) 청구법인이 영위하는 정보서비스업과 경영컨설팅업에 대하여 보면 청구법인은 기업부설연구소에서 연구 및 개발한 평가방법론 등을 적용하여 비시장성 금융상품(이하 “대체투자”라 한다), 대출채권, 파생상품 등에 대한 공정가치를 측정한 후, 이를 고객에게 제공하여 경영상의 판단에 컨설팅을 하거나(경영컨설팅), 각종 데이터베이스 등의 정보를 함께 서비스(정보서비스)하고 있는바, 그 자체로 산업집적법 시행령 제6조 제2항 제11호 또는 「산업발전법 시행령」 별표2에 따른 고부가가치의 지식서비스 산업에 해당하며, 이는 “연구개발업 등 전문 분야의 지식을 기반으로 하여 창의적 정신활동에 의하여 고부가가치의 지식서비스를 창출하는 데에 이바지할 수 있는 산업”에 해당하므로, 결국 청구법인의 이 건 연구시설 외 부동산은 ‘지식산업용 건축물’에 해당한다고 볼 수 있다.

                    나) 나아가 청구법인의 이 건 연구시설 외 부동산에서 수행하고 있는 사업은 청구법인의 연구개발 결과물(시가평가 방법론 및 AI 등 소프트웨어)을 고객에게 적용하여 정보서비스업과 경영컨설팅업을 제공하는 사업에 해당하므로, ‘지식산업’의 정보처리 및 유통시설로도 활용되고 있는 것으로 볼 수 있는바, 결국 청구법인의 이 건 연구시설 외 부동산은 ‘지식산업’의 정보처리ㆍ유통시설용 건축물에도 해당한다.

                3) 결국 어느 주장에 의하더라도 청구법인의 이 건 연구시설 외 부동산은 「지방세법 시행령」 제29조 제1항 제3호에 따른 ‘지식산업용 건축물’에 해당되는 것으로 보아야 한다.

            (라) 설령, 이 건 연구시설 외 부동산 중 대표이사실, 임원실 및 경영지원본부를 청구법인의 중추적 의사결정 또는 관리행위 등이 이루어져 ‘본점’의 사업용 부동산으로 사용본다고 하더라도 그 부분은 이 건 건축물 2층과 1층 중 일부인 132.84㎡에 한정되는바, 결국 그 해당 면적만「지방세특례제한법」 제78조 제4항 제2호 가목 및 「서울특별시감면조례」 제14조 제1호 가목에 따른 취득세 감경 대상에서 제외되어야 할 것이며, 이를 제외한 나머지 이 건 연구시설 외 면적 455㎡는 여전히 지식산업용 건축물로서, 그 규정에 따른 취득세 경감되어야 할 것이다.

    나. 처분청 의견

        (1) 이 건 연구시설 부동산이 대도시 내 본점 사업용 부동산에 해당하는지 여부

「지방세법」제13조 제1항 및 같은 법 시행령 제25조에서 「수도권정비계획법」제6조에 따른 과밀억제권역에서 법인의 본점 또는 주사무소의 사무소로 사용하는 신·증축 건축물과 그 부속토지 그 부대시설용 부동산(기숙사, 합숙소, 사택, 연수시설, 체육시설 등 복지후생시설과 예비군 병기고 및 탄약고는 제외)을 취득하는 경우의 취득세율은 같은 법 제11조의 세율에 중과기준세율(1000분의 20)의 100분의 200을 합한 세율을 적용한다고 규정하고 있다.

대법원(2017.12.21. 선고OOO판결)에서 위 규정 ‘본점의 사무소’로 사용하는 부동산에 대하여 “본점 사무소로 사용하는 부동산이라 함은, 법인이 영위하는 사업에 관한 주요한 의사결정 및 업무수행과 경영, 인사, 재무, 총무, 기획 등 관리행위가 이루어지는 장소를 말한다고 볼 수 있고, 반면 본점의 사무소와 함께 설치되었더라도 본점에서 이루어지는 주요한 의사결정, 업무수행, 관리행위 등과 구분되는 단순하고 부수적인 행위나 사실적 행위 또는 대외적으로 제품 및 서비스를 제공하거나 영업활동 등이 이루어지는 장소는 본점의 ‘사무소’에 해당한다고 보기는 어렵다”고 판시하면서, “같은 법 시행령 제25조는 본점 사업용 부동산을 본점의 사무소로 사용하는 부동산과 ‘그 부대시설’로 규정하고 있으므로 원고의 주요사업을 위한 의사결정 및 업무수행과 관리행위의 부대시설을 위한 사무실도 본점 사업용 부동산에 해당한다.”고 판단하였다.

청구법인이 이 건 연구시설은 취득세 중과세율 적용대상인 본점에 해당하지 않는다고 주장하고 있으나, ① 채권가격에 대한 정보제공, 소프트웨어, 시스템 개발 용역 및 판매, 시스템 통합 업무, 부설 연구소 운영 등을 목적으로 설립된 청구법인은 2017.5.10. B산업단지 내 이 건 토지를 취득하였는데, B산업단지 관리기본계획에 의하면 입주가능한 기업의 업종이 연구개발업, 정보서비스 등으로 한정되어 있었고, 청구법인은 정보서비스 등을 목적으로 하는 법인이기 때문에 B산업단지로 입주가 가능하였다. ② B산업단지 내 이 건 건축물을 신축한 청구법인은 2019.6.5. 여기에 채권시가평가정보 제공을 위한 금융공학연구소를 설립하고 한국산업기술진흥협회장으로부터 기업부설연구소로 인정받아 정보통신산업을 기반으로 한 연구개발 업무를 수행하고 있고, 그 곳에 청구법인의 근무직원은 총 75명인데 그 중 연구개발인력은 53명이고, 기업부설연구소의 면적은 전체의 54. 12%를 차지한다. ③ 또한 금융공학연구소는 평가사업본부, IT전략본부, 금융공학실로 이루어지는데 연구소의 업무를 살펴보면 연구, 개발 뿐만 아니라 운영·관리 등 사업의 주요 의사결정 및 업무수행이 함께 이루어지는 것을 확인할 수 있다.

이와 같이 청구법인의 연구개발 활동은 기업 활동의 부수적인 활동이 아니라 필수불가결한 주요 활동이자 주요한 의사결정이 수반된다고 봄이 상당하므로 처분청이 이 건 연구시설을 본점 사무소로 보아 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 적법하다.

이에 대해 청구법인은 독립된 연구소, 연구단지, 연구개발부서 등 다양한 규모와 형태의 기업부설연구소 또는 연구개발전담부서를 본점으로 볼 수 없다는 조세심판원 결정을 근거로 이 건 연구시설에 대한 취득세 중과적용의 부당함을 주장하나, 앞서 본 바와 같이 이 건 연구시설은 그 자체가 본점으로서 연구 활동 또한 본점 업무에 해당하고, 위 대법원 판례의 본점 기준과도 부합하므로 청구법인의 주장은 타당하다고 볼 수 없다.

        (2) 이 건 연구시설 외 부동산이 산업단지내 산업용 건축물 및 그 부속토지에 해당하는지 여부

「지방세특례제한법」 제78조 제4항 제1호 가목 및 같은 항 제2호 가목에 의하면, 산업입지법에 따라 지정된 산업단지에서 산업용 건축물 등을 건축하려는 자가 취득하는 부동산에 대해서는 2019년 12월 31일까지 취득세를 면제한다고 규정하고 있다.

「지방세특례제한법」제58조 제3항 본문 및 같은 법 시행령 제29조 제1호에서 “산업용 건축물”을 산업입지법 제2조에 따른 공장·지식산업·문화산업·정보통신산업·자원비축시설용 건축물 및 이와 직접 관련된 교육·연구·정보처리·유통시설용 건축물 등으로 규정하고 있고, 산업입지법 제2조 제2호에서 “지식산업”을 컴퓨터소프트웨어개발업ㆍ연구개발업ㆍ엔지니어링서비스업 등 전문 분야의 지식을 기반으로 하여 창의적 정신활동에 의하여 고부가가치의 지식서비스를 창출하는 데에 이바지할 수 있는 산업이라고, 같은 조 제4호에서 “정보통신산업”을「정보통신산업진흥법」제2조 제2호에 따른 정보통신산업이라고 규정하고 있으며,「정보통신산업진흥법」제2조 제2호에서 “정보통신산업”이란 「정보통신망 이용촉진 및 정보보호 등에 관한 법률」 제2조 제1항 제2호에 따른 정보통신서비스를 제공하는 산업을 제외하고 정보통신(정보의 수집・가공・저장・검색・송신・수신 및 그 활용과 관련되는 기기(器機)・기술・서비스 등 정보화를 촉진하기 위한 일련의 활동과 수단)과 관련한 제품을 개발・제조・생산 또는 유통하거나 이에 관련한 서비스를 제공하는 산업으로서 다음 각 목의 산업을 말한다고 하면서, 그 나목에서 ‘「소프트웨어 진흥법」 제2조 제2호에 따른 소프트웨어산업’을, 그 라목에서 ‘「산업발전법」 제8조 제2항에 따른 지식서비스산업 중 대통령령으로 정하는 정보통신과 관련된 산업’이라고 규정하고 있다.

「소프트웨어 진흥법」제2조 제2호에서 “소프트웨어산업”이란 소프트웨어의 개발, 제작, 생산, 유통 등과 이에 관련된 서비스 및 「전자정부법」 제2조 제13호에 따른 정보시스템의 구축ㆍ운영 등과 관련된 산업을 말한다고 규정하고 있고,

「산업발전법」제8조 제2항에서 “지식서비스산업”이란 지식의 생산, 가공, 활용 및 유통을 통하여 부가가치를 창출하는 산업으로서 대통령령으로 정하는 업종을 말한다고 정하고 있으며,

「정보통신산업진흥법 시행령」제2조에서 “대통령령으로 정하는 정보통신과 관련된 산업”이란 별표 1의 업종에 해당하는 산업을 말한다고 하면서 그 별표 1에서 해당업종으로 ‘소프트웨어 개발 및 공급업, 컴퓨터 프로그래밍, 시스템 통합 및 관리업’ 등을 열거하고 있다.

한편, 산업단지 내 산업용 건축물 등을 신축하고자 하는 자가 취득하는 부동산에 대하여 취득세 등을 면제하는 입법취지는 산업단지 내 기업 입주를 촉진하고 산업단지의 경쟁력을 높이기 위한 것이므로, 산업용 건축물 면제 대상에 해당하는지는 원칙적으로 부동산의 취득 당시를 기준으로 그 현황과 용도, 취득 목적 등을 종합적으로 고려하여 판단한다(대법원 2014.5.29. 선고OOO 판결 참조).

특히, 대법원은 「지방세특례제한법」 및 같은 법 시행령에서 산업용 건축물을 공장·지식산업·문화산업·정보통신산업·자원비축시설용 건축물 및 “이와 직접 관련된” 교육·연구·정보처리·유통시설용 건축물로 규정하고 있으므로 해당 산업에 필요한 자재나 부품, 설비 등을 지원하거나 제조된 물품의 판매 등 유통을 지원하는 역할을 직접적으로 수행하는 유통시설(대법원 2012.9.13. 선고 OOO판결 참조), 해당 산업 활동을 직접적으로 지원하기 위한 교육, 홍보, 대외협력 등의 업무를 하는 시설(대구지방법원 2014.5.16. 선고 OOO판결 참조) 등은 산업용 건축물의 범위에 포함된다고 보고 있으나, 산업용 건축물에 특정된 용도로 활용되지 않는 시설은 산업용 건축물의 범위에서 제외하고 있다(대구지방법원 2010.8.11. 선고OOO판결 참조).

청구법인이 이 건 연구시설 외 부분이 산업용 건축물에 해당한다고 주장하고 있으나, ① 산업단지 등에 대한 감면을 규정하고 있는 「지방세특례제한법」 제78조의 규정 체계를 살펴보면 제1항부터 제3항까지는 사업시행자에 대한 감면규정이고, 제4항은 사업시행자 외 입주기업에 대한 감면규정인데, 특히 입주기업에 대한 감면규정의 추징규정으로 제5항을 두면서 ‘해당 용도로 직접 사용’을 요건으로 하고 있으므로 결국 「지방세특례제한법」 제78조 제4항의 ‘산업용 건축물’이라 함은 ‘해당 산업에 직접 사용하기 위한 건축물’이라고 해석하는 것이 타당하다.

② 「지방세특례제한법」제78조 제4항의 산업용 건축물에는 ‘정보통신사업용 건축물’이 포함되는데, 산업입지법, 「정보통신산업진흥법」에 의한 정보통신산업은 ‘「산업발전법」 제8조 제2항에 따른 지식서비스산업 중 대통령령으로 정하는 정보통신과 관련된 산업’이라 볼 수 있고, 「정보통신산업진흥법 시행령」에서는 소프트웨어 개발 및 공급업, 컴퓨터 프로그래밍, 시스템 통합 및 관리업 등을 열거하고 있으므로 결국 지식서비스 산업 중 소프트웨어 개발 및 공급업, 컴퓨터 프로그래밍, 시스템 통합 및 관리업 등에 관련된 지식서비스산업을 위한 건축물을 ‘정보통신산업용 건축물’로 해석할 수 있다.

③ 청구법인의 법인등기부등본상 목적사업은 ‘채권가격에 대한 정보제공, 소프트웨어, 시스템 개발 용역 및 판매, 시스템 통합 업무, 부설 연구소 운영, 부동산 임대업 등’으로 그 범위가 매우 광범위하고, 감사보고서상 주요사업은 ‘채권 가격에 대한 정보 제공, 부실채권 및 주식연계채권 가격산정 및 정보제공’으로 되어 있으며, 청구법인 자사 홈페이지에 채권, 파생상품 및 비시장성 지분증권평가 외에도 대체투자자문 컨설팅 등을 수행한다고 되어 있는바, 청구법인은 소프트웨어의 개발, 제작, 생산, 유통 등과 이에 관련된 서비스 및 소프트웨어 개발 및 공급업 등에 관련된 지식서비스산업 외에 다른 사업(대체투자자문 컨설팅)도 수행하고 있는 것으로 확인된다.

④ 청구법인의 조직도를 보면 본점 업무시설은 경영지원실, 전략사업실, 마케팅본부, 대체투자평가본부로 이루어지는데 ‘경영지원실, 전략사업실, 마케팅본부’의 구체적인 업무내용은 경영, 인사, 재무, 기획으로 법인의 전체 경영활동을 총괄하면서 법인의 주된 업무를 지휘·통제하는 활동이 이루어지는 주된 사무소로 사용되는 경우이므로 정보통신산업을 직접적으로 지원하는 교육, 연구, 정보처리, 유통시설이라고 해석하기는 어렵다. 행정안전부의 유권해석(행정안전부 지방세특례제도과-1913, 2019.5.17.)도 공장 및 그 제조시설을 지원하기 위한 부대시설(사무실 포함)과는 별도의 건축물로서 법인의 전체 경영활동을 총괄하면서 총무, 재무, 회계 등 법인의 주된 업무를 지휘·통제하는 활동이 이루어지는 주된 사무소로 사용되는 경우라면 본점용 부동산에 해당되어 해당 공장(제조시설) 기능의 효용이나 편익을 증진시키기 위한 ‘제조시설의 관리·지원용 부대시설’로 보기 어렵다고 보았다.

⑤ 한편 이 건 연구시설 외 부분 중 ‘대체투자평가본부’의 업무는 대체투자자문 컨설팅서비스이므로 소프트웨어 개발 및 공급업, 컴퓨터 프로그래밍, 시스템 통합 및 관리업과 관련된 지식서비스라 볼 수가 없기 때문에 정보통신산업이라 해석하기 어렵고, 산업집적법 제2조 제18호 및 같은 법 시행령 제6조에 따른 산업단지에 입주할 수 있는 지식산업의 범위에도 포함되지 않는다.

당초 청구법인은 처분청으로부터 정보통신업(소프트웨어진흥시설을 설치·운영)을 영위하는 업체로서 B산업단지 내 입주자격을 받았고, 지식산업을 영위하는 업체로서 입주자격을 받은 사실이 없다.

이와 같이 이 건 연구시설 외 부분은 정보통신산업·지식산업이 이루어지거나 정보통신산업·지식산업과 직접 관련된 교육·연구·정보처리·유통시설이 이루어지는 건축물에 해당되지 않으므로 「지방세특례제한법」 제78조 제4항에 따른 취득세가 감면되는 ‘산업용 건축물’에 해당되지 않는다 할 것이다.

3. 심리 및 판단

    가. 쟁 점

① 이 건 연구시설 부분[1층(일부) 및 3층]이 대도시 내 본점 사업용 부동산에 해당하지 않는다는 청구주장의 당부

② 이 건 연구시설 외 부분[(1층(일부) 및 2층]이 산업단지내 산업용 건축물에 해당한다는 청구주장의 당부

    나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재

    다. 사실관계 및 판단

        (1) 청구법인 및 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실을 알 수 있다.

            (가) 청구법인의 법인등기를 보면 2011.6.9. 설립되었다가 2018.10. 15. 서울특별시 강서구OOO으로 본점을 이전한 것으로, 주요 목적사업은 아래와 같은 것으로 확인되고, 청구법인은 이 건 부동산 이외에 별도 본·지점이 없는 것으로 확인된다.

○○○

            (나) 청구법인 등은 2016.1.4. 서울주택도시공사와 이 건 토지를 취득하기 위한 매매계약을 아래와 같이 체결한 후, 2017.5.10. 취득한 것으로 확인된다.

○○○

            (다) 청구법인 등은 이 건 토지 지상에 이 건 건축물을 신축하기 위하여 처분청으로부터 2017.7.28. 건축허가를, 2017.8.14. 착공신고 수리통지를, 2018.9.6. 사용승인을 받은 것으로 확인되고, 이 건 건축물의 건축물대장상 그 주요내용은 아래와 같다.

○○○

            (라) 청구법인은 2018.9.6. 이 건 건축물을 신축한 후, 기업부설연구소로 사용할 이 건 연구시설과 그 외의 용도로 사용할 이 건 연구시설 외로 나누어 취득세 등을 처분청에 신고·납부하였고, 그 세부사용 신고현황은 아래와 같다.

○○○

            (마) 처분청이 제출한 2022년 3월 당시 청구법인의 홈페이지를 보면 청구법인은 108명의 임직원이 아래와 같이 조직을 구성하여 채권, 파생상품 및 비시장성 지분증권평가 외에도 대체투자자문 컨설팅 및 TR시스템 구축 등 금융시장의 재무회계적 자산의 평가와 솔루션 서비스를 수행하고 있고, 투명성 확보를 위한 독립적 기관으로서 평가·자문의 수요 확대에 맞춰 전문화된 인력확보와 리서치를 지속하고 있으며, 내부평가프로세스 구축 및 펀드기준 가격 평가방법 개선을 통해 시스템 투자와 지원을 지속적으로 하고 있었다고 기재되어 있다.

○○○

            (바) 서울특별시장은 2020.5.1. 이 건 토지가 포함된 B일반산업단지에 관리기본계획(변경)을 아래와 같이 고시하였다.

○○○

            (사) 청구법인은 2025.7.1. 아래 아시아타임즈 기사(서울시 경고 무시한OOO그룹... 퇴출·수사·강제금 ‘삼중제재)를 우리 원에 제출하였다.

○○○

            (아) 청구법인은 이 건 연구시설이 본점에 해당되지 않는다고 주장하며, 그 세부내용을 아래와 같이 제출하였다.

                1) 2018.10.24. 한국산업기술진흥협회장으로부터 이 건 연구시설에 대한 기업부설연구소 인정을 아래와 같이 받은 것으로 확인된다.

○○○

                2) 처분청이 제출한 자료를 보면 청구법인이 2019.4.26. 한국산업기술진흥협회장에게 제출한 이 건 연구시설에 대한 기업부설연구소 인정 신철당시 제출한 신고서를 보면 업종은 정보처리(한국표준산업분류 63991)로, 주 연구내용은 채권시가평가정보제공으로, 종업원수 총75명 중 연구개발인력은 53명(전담요원 42명, 연구보조원 11명)으로 기재되어 있다.

                3) 청구법인은 이 건 건축물 중 이 건 연구시설은 이 건 연구시설 외와 물리적으로 구분하고 있고, 그 출입을 제한하고 있다고 주장하며, 그 현황 사진을 우리 원에 제출하였다.

            (자) 청구법인은 이 건 연구시설 외 건축물 및 그 부속토지가 산업용건축물 등에 해당한다고 주장하며, 그 세부내용을 아래와 같이 제출하였다.

                1) 청구법인은 이 건 연구시설 외에서 「지방세특례제한법」제78조 제2항에 따른 산업용 건축물등의 용도(지식산업 등)에 사용하기 위하여 분양 받았다고 주장하며, 이 건 연구시설 외에 입주한 청구법인의 업무가 그 용도인 지식산업에 해당하는 「산업발전법」제8조 제2항 및 같은 법 시행령 제3조, 별표 2에 따른 정보서비스업 및 경영컨설팅업이라고 주장하며, 입주한 청구법인의 부서별 업무현황을 아래와 같이 제출하였다.

○○○

                2) 청구법인은 이 건 연구시설 외 부분의 사용현황에 대하여 1층은 청구법인(25%)과 A(75%)가 공동으로 소유하고 있고, 그 중 청구법인 소유부분에 대하여 별도로 이 건 연구시설로 등록되어 있지 않아 청구법인의 산업용 건축물과 본점으로 사용중이라고 주장하고 있으며, 청구법인 단독 소유의 2층은 청구법인이 산업용 건축물과 본점으로 사용중이라고 주장하며 그 현황 도면을 우리 원에 제출하였다.

            (차) 청구법인 등이 제출한 위 사실관계 (라), (사) 1), (아) 2) 등에 따른 이 건 건축물 중 청구법인 소유의 1층, 2층 및 3층에 대한 그 사용면적 및 그 현황은 아래와 같다.

○○○

        (2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다.

            (가) 「지방세법」제13조 제1항에서「수도권정비계획법」제6조에 따른 과밀억제권역에서 대통령령으로 정하는 본점이나 주사무소의 사업용으로 신축하거나 증축하는 건축물과 그 부속토지를 취득하는 경우와 같은 조에 따른 과밀억제권역에서 공장을 신설하거나 증설하기 위하여 사업용 과세물건을 취득하는 경우의 취득세율은 제11조 및 제12조의 세율에 중과기준세율의 100분의 200을 합한 세율을 적용한다고 규정하고 있고, 「지방세특례제한법」제46조 제1항에서 대통령령으로 정하는 기업부설연구소에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 35를 2019년 12월 31일까지 경감한다고 규정하고 있으며, 같은 법 제78조 제2항에서 제1항에 따른 사업시행자가 산업단지 또는 산업기술단지를 개발ㆍ조성한 후 대통령령으로 정하는 산업용 건축물등(이하 이 조에서 "산업용 건축물등"이라 한다)의 용도로 분양 또는 임대할 목적으로 취득ㆍ보유하는 부동산에 대해서는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 지방세를 경감한다고 하고, 같은 법 시행령 제29조 제1항에서 법 제58조 제3항 각 호 외의 부분 본문에서 “대통령령으로 정하는 건축물”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 건축물을 말한다고 하면서 그 제3호에서 산업입지법 제2조에 따른 공장ㆍ지식산업ㆍ문화산업ㆍ정보통신산업ㆍ자원비축시설용 건축물과 이와 직접 관련된 교육ㆍ연구ㆍ정보처리ㆍ유통시설용 건축물이라고 규정하고 있다.

            (나) 우선, 쟁점①에 대하여 살펴본다.

처분청은 이 건 연구시설[1층(일부) 및 3층]이 대도시 내 본점 사업용 부동산에 해당한다는 의견이나, 이 건 연구시설은 2018.10.24. 한국산업기술진흥협회장으로부터 기업부설연구소 인증을 받았고, 「기초연구법」에 따라 연구인력 및 시설 등 요건을 갖추고 있으며, 관련 법령에서 기업부설연구소에 근무하는 자는 연구개발 활동 외에 생산·판매·영업 등 다른 기업활동을 겸하지 않도록 하고, 이를 위반하는 경우 기업부설연구소 인정을 취소할 수 있도록 하고 있어 기업부설연구소는 연구개발 활동만을 담당할 뿐 생산·판매·영업 등의 기업활동과 관련된 다른 업무를 겸하지 않는 것으로 보이는 점, 스크린 도어 등을 통해 이 건 연구시설과 이 건 연구시설 외 부분은 물리적으로 출입이 제한된 별도의 공간으로 분리되어 있는 점 등에 비추어 이 건 연구시설은 기업의 연구활동만을 전담하는 독립된 연구공간과 그 부대시설로서 법인의 주된 의사결정을 하는 장소 등을 의미하는 본점의 사업용 부동산에 해당한다고 보기는 어려운 점 등에 비추어 청구법인의 이 건 연구시설은 대도시 내 본점 사업용 부동산에 해당하지 않는 것으로 판단된다.

            (다) 다음으로, 쟁점②에 대하여 살펴본다.

청구법인은 이 건 연구시설 외 부분[(1층(일부) 및 2층]이 산업단지내 산업용 건축물에 해당한다고 주장하나, 본점의 사무소로 사용되는 부분까지 산업용 건축물등으로 사용된다고 볼 수가 없는바, 청구법인이 소유한 이 건 연구시설 외(522.95㎡) 건축물 중 본점으로 사용되는 부분(118.18㎡)은 산업용 건축물 등의 용도로 사용하는 것으로 볼 수가 없는 점(조심 2023지4028, 2025.4.14. 등, 같은 뜻임) 등에 비추어 이 건 연구시설 외 건축물 중 본점으로 사용되는 부분에 대하여는 산업단지 내 산업용 건축물등에 해당하지 않는 것으로 판단된다.

다만, 청구법인의 이 건 건축물이 소재한 곳은 산업단지 내 산업단지 입주지역에 해당하고, 청구법인은 이 건 토지에 대하여 분양권자로부터 입주승인을 받았고, 만약 그 용도로 사용하지 않을 경우에는 그 계약이 해제되나, 청구법인은 그 계약을 유지하고 있어 그 용도로 사용하는 것으로 추정할 수 있는 점,「지방세특례제한법」제78조 제2항에 따른 산업용 건축물등의 용도(지식산업 등)에 사용하기 위하여 취득한 부분에 대하여 취득세 등을 감면한다고 규정하고 있고, 행정안전부 유권해석(지방세특례제도-797호, 2017.9.19.)에서 ‘지식산업’에 대한 정의 및 그 범위를 판단할 때, 산업집적법 등 관련 법령을 참고하여 ‘지식산업’ 해당 여부를 판단하고 있으며, 우리 원(조심 2021지3340, 2023.6.27.)도 이와 동일하게 산업발전법 등에 따라 ‘지식산업’ 해당 여부를 판단한다고 보고 있는바, 비록 「지방세특례제한법 시행령」 및 산업입지법 등에서 지식산업에 대하여 별도로 인용규정을 두고 있지 않더라도, 지식산업을 산업입지법에서 예시하고 있는 컴퓨터소프트웨어개발업ㆍ연구개발업ㆍ엔지니어링서비스업으로만 한정한다기 보다는 그 사업과 같이 전문 분야의 지식을 기반으로 하여 창의적 정신활동에 의하여 고부가가치의 지식서비스를 창출하는 데에 이바지할 수 있는 산업을 말하는 것으로 보이는 점,

「산업발전법」제8조 제2항에서 지식서비스산업이란 지식의 생산, 가공, 활용 및 유통을 통하여 부가가치를 창출하는 산업으로서 대통령령으로 정하는 업종을 말한다고 하면서, 같은 법 시행령 제3조 제1항에서 “대통령령으로 정하는 업종”이란 별표2의 업종을 말한다고 규정하고 있으며, 별표2에서 경영컨설팅 및 정보서비스업을 규정하고 있는 점,

청구법인이 이 건 연구시설 외(522.95㎡) 건축물 중 본점으로 사용되는 부분(118.18㎡)을 제외한 부분에서 수행하는 대체투자, 대출채권, 파생상품 등에 대한 공정가치를 측정한 후, 이를 고객에게 제공하여 경영상의 판단에 컨설팅을 하거나(경영컨설팅), 각종 데이터베이스 등의 정보를 함께 서비스(정보서비스)를 하는 것은 전문 분야의 지식을 기반으로 하여 창의적 정신활동에 의하여 고부가가치의 지식서비스를 창출하는 업에 해당하는 것으로 보이는 점 등에 비추어 이 건 연구시설 외 부분 중 본점으로 사용되는 부분(118.18㎡)을 제외한 부분(404.77㎡)에 대하여는 산업단지 내에서 산업용 건축물등의 용도에 사용한다고 볼 수 있어 「지방세법」제13조 제1항에 따른 중과세율 적용대상 본점 사업용 부동산으로 볼 수가 없고, 「지방세특례제한법」제78조 제4항 등에 따른 산업단지 감면대상 산업용 건축물등에 해당한다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 「지방세기본법」 제96조 제6항과 「국세기본법」 제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령 등

(1) 지방세법

제13조(과밀억제권역 안 취득 등 중과) ①「수도권정비계획법」 제6조에 따른 과밀억제권역에서 대통령령으로 정하는 본점이나 주사무소의 사업용 부동산(본점이나 주사무소용으로 신축하거나 증축하는 건축물과 그 부속토지만 해당하며, 「신탁법」에 따른 수탁자가 취득한 신탁재산 중 위탁자가 신탁기간 중 또는 신탁종료 후 위탁자의 본점이나 주사무소의 사업용으로 사용하는 부동산을 포함한다)을 취득하는 경우와 같은 조에 따른 과밀억제권역(「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」을 적용받는 산업단지ㆍ유치지역 및 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」을 적용받는 공업지역은 제외한다)에서 공장을 신설하거나 증설하기 위하여 사업용 과세물건을 취득하는 경우의 취득세율은 제11조 및 제12조의 세율에 중과기준세율의 100분의 200을 합한 세율을 적용한다.

(2) 지방세특례제한법

제46조(연구개발 지원을 위한 감면) ① 대통령령으로 정하는 기업부설연구소에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(부속토지는 건축물 바닥면적의 7배 이내인 것으로 한정한다. 이하 이 조에서 같다)에 대해서는 취득세의 100분의 35를, 과세기준일 현재 기업부설연구소에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세의 100분의 35를 각각 2019년 12월 31일까지 경감한다.

③ 제1항에도 불구하고 「중소기업기본법」 제2조 제1항에 따른 중소기업(이하 이 장에서 “중소기업”이라 한다)이 기업부설연구소에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 60을, 과세기준일 현재 기업부설연구소에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세의 100분의 50을 각각 2019년 12월 31일까지 경감한다.

④ 제1항부터 제3항까지의 규정을 적용할 때 연구소 설치 후 4년 이내에 정당한 사유 없이 연구소를 폐쇄하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 경감된 취득세 및 재산세를 추징한다.

제78조(산업단지 등에 대한 감면) ② 제1항에 따른 사업시행자가 산업단지 또는 산업기술단지를 개발ㆍ조성한 후 대통령령으로 정하는 산업용 건축물등(이하 이 조에서 "산업용 건축물등"이라 한다)의 용도로 분양 또는 임대할 목적으로 취득ㆍ보유하는 부동산에 대해서는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 지방세를 경감한다.

④ 제1항에 따른 사업시행자 외의 자가 제1호 각 목의 지역(이하 "산업단지등"이라 한다)에서 취득하는 부동산에 대해서는 제2호 각 목에서 정하는 바에 따라 지방세를 경감한다.

1. 대상 지역

가. 「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 따라 지정된 산업단지

나. 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」에 따른 유치지역

다. 「산업기술단지 지원에 관한 특례법」에 따라 조성된 산업기술단지

2. 경감 내용

가. 산업용 건축물등을 신축 또는 증축하여 취득하는 부동산(신축 또는 증축한 부분에 해당하는 부속토지를 포함한다)에 대해서는 취득세의 100분의 50을 2019년 12월 31일까지 경감한다. 이 경우 공장용 건축물(「건축법」 제2조 제1항 제2호에 따른 건축물을 말한다)을 신축 또는 증축하여 중소기업자에게 임대하는 경우를 포함한다.

⑧ 제4항에 따라 취득세를 경감하는 경우 지방자치단체의 장은 해당 지역의 재정여건 등을 고려하여 100분의 25(같은 항 제2호 나목에 따라 취득세를 경감하는 경우에는 100분의 15)의 범위에서 조례로 정하는 율을 추가로 경감할 수 있다. 이 경우 제4조 제1항 각 호 외의 부분, 같은 조 제6항 및 제7항을 적용하지 아니한다.

(3) 지방세특례제한법 시행령

제29조(산업용 건축물 등의 범위) ① 법 제58조 제3항 각 호 외의 부분 본문에서 “대통령령으로 정하는 건축물”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 건축물을 말한다.

1. 「도시가스사업법」 제2조 제5호에 따른 가스공급시설용 건축물

2. 「산업기술단지 지원에 관한 특례법」에 따른 연구개발시설 및 시험생산시설용 건축물

3. 「산업입지 및 개발에 관한 법률」 제2조에 따른 공장ㆍ지식산업ㆍ문화산업ㆍ정보통신산업ㆍ자원비축시설용 건축물과 이와 직접 관련된 교육ㆍ연구ㆍ정보처리ㆍ유통시설용 건축물

4. 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」 제30조 제2항에 따른 관리기관이 산업단지의 관리, 입주기업체 지원 및 근로자의 후생복지를 위하여 설치하는 건축물(수익사업용으로 사용되는 부분은 제외한다)

5. 「집단에너지사업법」 제2조 제6호에 따른 공급시설용 건축물

6. 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 시행령」 제6조 제5항 제1호부터 제5호까지, 제7호 및 제8호에 해당하는 산업용 건축물

② 법 제58조 제3항 각 호 외의 부분 본문에서 “대통령령으로 정하는 공장용 부동산”이란 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」 제2조 제1호에 따른 공장을 말한다.

제38조(산업용 건축물 등의 범위) 법 제78조 제2항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 산업용 건축물등"이란 제29조 각 호의 어느 하나에 해당하는 건축물을 말한다. 다만, 제29조 제3호에 해당하는 공장용 건축물은 행정안전부령으로 정하는 업종 및 면적기준 등을 갖추어야 한다.

(4) 산업입지 및 개발에 관한 법률

제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

2. “지식산업”이란 컴퓨터소프트웨어개발업ㆍ연구개발업ㆍ엔지니어링서비스업 등 전문 분야의 지식을 기반으로 하여 창의적 정신활동에 의하여 고부가가치의 지식서비스를 창출하는 데에 이바지할 수 있는 산업을 말한다.

3. “문화산업”이란 「문화산업진흥 기본법」 제2조제1호에 따른 문화산업을 말한다.

4. “정보통신산업”이란 「정보통신산업 진흥법」 제2조 제2호에 따른 정보통신산업을 말한다.

(5) 산업발전법

제8조(정의) ② 제1항에 따른 지식서비스산업이란 지식의 생산, 가공, 활용 및 유통을 통하여 부가가치를 창출하는 산업으로서 대통령령으로 정하는 업종을 말한다

(6) 산업발전법 시행령

제3조(지식서비스산업의 범위 및 지원 기관) ① 법 제8조 제2항에서 “대통령령으로 정하는 업종”이란 별표 2의 업종을 말한다.

[별표 2]

(7) 서울특별시 시세감면조례

제14조(산업단지 등에 대한 감면) 법 제78조 제8항에 따른 "조례로 정하는 율"은 다음과 같다.

1. 법 제78조 제4항 제2호 가목의 경감률에 추가하는 경감률은 100분의 25로 한다.

2. 법 제78조 제4항 제2호 나목의 경감률에 추가하는 경감률은 100분의 15로 한다.