1. 처분개요

    가. 청구법인은 AAA주택재건축정비사업(이하 “이 건 사업”이라 한다)의 소유권이전 고시 다음 날(2020.3.12.) 취득한 일반분양분 토지 중 일부(경기도 안산시 단원구 원곡동 1001번지 일원 9,725.7833㎡, 이하 “이 건 토지”라 한다)에 대하여 취득세 등 합계 OOO원(이하 “이 건 취득세 등”이라 한다)을 2020.3.19. 신고하고 2020.5.8. 납부하였다.

＜표1＞ 이 건 토지 신고납부 내역 (단위: 원)

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    나. 청구법인이 2023.10.18. 이 건 토지에서 무상양여받은 토지(9,176.9㎡, 이하 “쟁점면적”이라 한다)를 제외하여 세액을 재산정하고 취득세 등 OOO원을 환급을 구하는 경정청구를 제기하였고, 처분청은 2023.12.13. 이를 거부하였다.

    다. 청구법인은 이에 불복하여 2024.1.17. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

    가. 청구법인 주장

        (1) 관련 법리

조합원에게 귀속되지 아니하는 비조합원용 토지 중 제3자로부터 매입한 토지 및 무상양여받은 토지가 차지하는 면적은 그 실지귀속에 따라 가리는 것이 원칙이겠으나, 조합원으로부터 신탁받은 토지와 제3자로부터 매입한 토지 및 무상양여받은 토지가 전체적으로 하나의 단일한 사업부지로 사용됨으로써 그 중 어느 것이 조합원에게 귀속되고 어느 것이 조합원 외의 자에게 귀속되는지의 실지귀속을 구분할 수 없다면, 특별한 사정이 없는 한 조합원에게 귀속되지 아니하는 비조합원용 토지는 제3자로부터 매입한 토지 및 무상양여받은 토지의 면적으로 우선하여 산정하여야 할 것이다(대법원 2015.10.29. 선고 2010두1804 판결, 대법원 2020.1.16. 선고 2019두53075 판결 및 하급심 판결 참조).

        (2) 정당세액의 계산

청구법인은 이 건 사업의 소유권이전 고시로 취득한 일반분양분 아파트 부속토지 14,938.1203㎡에 대한 취득세를 신고납부하면서 현금청산으로 취득한 토지 5,212.337㎡만 공제하고 쟁점면적 9,176.9㎡는 공제하지 아니하였는바, 이 쟁점면적을 소유권이전 고시로 취득한 일반분양분 아파트 부속토지 14,938.1203㎡에서 추가로 공제하면 정당한 과세면적은 548.8833㎡이다.

＜표2＞ 청구법인의 일반분양분 토지의 정당 과세면적 (단위 : ㎡)

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위 정당 과세면적에 개별공시지가 OOO원을 적용하여 취득세등을 다시 계산하면 정당한 취득세등은 OOO원이므로 과다 납부된 OOO원은 감액 경정되어 환급되어야 한다.

＜표3＞ 당초신고 및 정당세액 계산 내역 (단위: ㎡, 원)

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    나. 처분청 의견

주택재건축조합이 확보한 사업부지는 정비사업의 종료 후 수분양자들이 취득하는 토지나 지방자치단체가 취득하는 토지 등에 개별적으로 대응관계를 이루어 승계되는 것이 아니라 「도시 및 주거환경정비법」 제55조 제2항에 의하여 도시개발법에 따른 환지가 있었던 것으로 간주하므로 청구법인은 일반분양분 토지를 환지절차를 거쳐 새로이 취득하였다 할 것(대법원 2015.9.3. 선고 2015두47065 판결, 같은 뜻임)이고,

「지방세법」 제9조 제2항은 ‘국가 등에 귀속 등을 조건으로 취득하는 당해 부동산’의 비과세에 대하여 규정한 것일 뿐이므로, 정비사업의 시행자가 그 반대급부로서 취득하는 용도폐지 정비기반시설에 대하여 취득세 등을 과세하지 않겠다는 의미로 해석될 수는 없다 할 것(대법원 2020.5.14. 선고 2020두33428 판결, 같은 뜻임)이며,

사업시행자가 용도폐지되는 정비기반시설을 국가 등으로부터 무상으로 양도받아 취득한 것은 무상의 승계취득에 해당하므로, 그에 따른 해당 부동산에 관한 취득 당시를 기준으로 한 과세표준과 「지방세법」 제11조 제1항 제2호에서 정한 세율 등을 적용한 취득세 등을 납부할 의무가 있다 할 것(대법원 2019.4.11. 선고 2018두35841 판결 등, 같은 뜻임)인바,

청구법인은 일반분양분 토지를 환지절차를 거쳐 새로이 취득하였다 할 것으로 종전 지목이 공원, 도로 등 주택용지(택지)가 아닌 쟁점면적은 일반분양용 토지로 우선 충당되는 것이 아니라 정비기반시설용 토지로 귀속되었다 할 것이고, 그렇다면 청구법인에게 쟁점면적에 대하여 무상취득세율을 적용한 취득세 등을 납부할 의무가 있으므로 취득세 과세대상에서 공제하지 않는 것이 타당하다.

3. 심리 및 판단

    가. 쟁점

청구법인이 소유권이전 고시 다음 날 취득하는 비조합원용 토지 면적 중에서 일반분양분 토지로 귀속되는 면적의 산정 방법

    나. 관련 법령 : ＜별지＞ 참조

    다. 사실관계 및 판단

        (1) 처분청과 청구법인이 제출한 심리자료에 따르면 아래와 같은 사실이 확인된다.

            (가) 청구법인은 2012.4.23. 경기도 안산시 OOO 일원 토지 57,625.9㎡ 상의 낙후된 기존 건축물 등을 철거한 후, 그 토지 위에 새로운 건축물을 건설하여 도시 및 주거환경을 개선하고 조합원의 주거안정 및 주거생활의 질적 향상에 이바지함을 목적으로 설립인가를 받았다.

            (나) 이 건 사업은 처분청의 2014.7.7. 사업시행인가(OOO), 2015.9.25. 관리처분계획인가(OOO), 2019.6.20. 준공인가(OOO) 고시를 거쳐 진행되었고, 2020.3.11. 청구법인이 소유권이전 고시(OOO)를 하였다.

            (다) 청구법인은 이 건 사업을 시행하면서 토지 43,236.663㎡는 조합원들로부터 신탁받고, 5,212.337㎡는 비조합원(현금청산자)으로부터 유상 매입하였으며, 쟁점면적 9,176.9㎡는 국가 등으로부터 무상양여 받아 취득하였다.

유상 매입 토지에 대한 취득세 등은 각 토지의 잔금지급일을 기준으로 신고·납부하고, 쟁점면적에 대하여는 2019.8.7. 취득세 등 합계 OOO원을 신고하고 2019.8.14. 납부하였다.

            (라) 이 건 사업의 토지 취득 현황 및 소유권이전 고시에 따른 귀속 현황은 다음 ＜표4＞와 같다.

＜표4＞ 소유권이전 고시 전후 토지 취득 및 귀속 현황 (단위: ㎡)

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        (2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다.

            (가) 2008.12.31. 법률 제9302호로 개정된 「지방세법」은 제105조 제10항 단서와 제110조 제1호 단서에서 ‘주택조합 등의 비조합원용 부동산 취득’을 취득세 과세대상으로 신설함으로써 주택조합 등이 조합원으로부터 신탁받은 부동산 중 조합원 외의 자에게 귀속되는 비조합원용 부동산이 새로이 취득세 과세대상으로 추가되었는데(대법원 2013.1.10. 선고 2011두532 판결, 같은 뜻임),

주택조합 등이 조합원으로부터 신탁받은 토지를 우선적으로 취득세 비과세대상인 조합원용 토지로 사용할 수 있음에도 조합원으로부터 신탁받은 토지를 우선적으로 조합원 외의 자에게 귀속되는 토지로 사용한다든가, 조합원으로부터 신탁받은 토지와 제3자로부터 매입한 토지를 비례적으로 조합원 외의 자에게 귀속되는 토지로 사용한다고 보는 것은 납세의무자가 여러 가지 선택 가능성이 있는 행위 중에서 세무상 더 불이익한 행위를 우선하여 행한 것으로 의제하는 것이어서 합리적이지 아니하다.

따라서, 주택조합 등이 조합원으로부터 신탁받은 토지와 제3자로부터 매입한 토지를 기반으로 아파트와 상가 등을 신축하는 사업을 시행한 다음, 이를 조합원과 조합원 외의 자에게 분양함으로써 그 토지 중 일부가 조합원에게 귀속되고 나머지가 조합원 외의 자에게 귀속된 경우, 조합원에게 귀속되지 아니하는 비조합원용 토지 중 제3자로부터 매입한 토지가 차지하는 면적은 그 실지귀속에 따라 가리는 것이 원칙이겠으나, 조합원으로부터 신탁받은 토지와 제3자로부터 매입한 토지가 전체적으로 하나의 단일한 사업부지로 사용됨으로써 그중 어느 것이 조합원에게 귀속되고 어느 것이 조합원 외의 자에게 귀속되는지의 실지귀속을 구분할 수 없다면, 특별한 사정이 없는 한 조합원에게 귀속되지 아니하는 비조합원용 토지 중 제3자로부터 매입한 토지가 차지하는 면적은 주택조합 등이 제3자로부터 매입한 토지의 면적으로 우선하여 산정하여야 할 것이다(대법원 2015.10.29. 선고 2010두1804 판결, 같은 뜻임).

            (나) 조합원용 토지는 조합원이 취득한 것으로 의제되어 청구법인의 취득세 등 납세의무가 없으므로, 청구법인이 소유권이전 고시 다음 날 취득하는 토지는 비조합원용으로 취득하는 토지로서 이에 대하여만 취득세 등의 납세의무가 있다. 이와 같은 비조합원용 토지 면적은 일반분양분 토지와 기반시설분 토지의 면적으로 귀속되어야 하는데, 앞서 살펴본 판례에 따르면 이중과세 방지 등을 위해 소유권이전 고시 이전에 청구법인이 제3자로부터 취득하여 이미 취득세를 신고·납부한 토지의 면적을 일반분양분 토지의 면적으로 우선 산정해야 한다.

            (다) 이 건 사업의 경우 조합원으로부터 신탁받은 토지(43,236.663㎡) 중에서 조합원에게 귀속되는 토지(28,321.9329㎡)를 제외하면 소유권이전 고시 다음 날 청구법인이 취득하여 과세대상이 되는 비조합원용 토지의 면적은 14,914.7301㎡이다.

그리고, 일반분양분 토지 전체 면적(14,948.5671㎡) 중 제3자로부터 취득한 토지 면적(현금청산분 5,212.337㎡ 및 쟁점면적 9,176.9㎡)을 우선 산정하면 559.3301㎡가 부족한데, 이는 비조합원용 토지의 면적 중의 일부로서 일반분양분 토지로 귀속된 것이고, 그 나머지 비조합원용 토지의 면적 14,355.4㎡는 기반시설분 토지로 귀속되는 것으로 보는 것이 합리적이라 판단된다.

따라서, 기반시설분 토지로 귀속된 비조합원용 토지의 면적 14,355.4㎡에 대하여 「지방세특례제한법」(2020.1.15. 법률 제16865호로 개정되기 전의 것) 제73조의2 및 제177조의2에 따라 과세하는 것은 별론으로 하고, 처분청이 쟁점면적을 일반분양분 토지 면적에서 제외해야 한다는 경정청구를 거부한 처분은 일부 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 「지방세기본법」 제96조 제7항과 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 따라 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령

(1) 지방세법(2020.8.12. 법률 제17473호로 개정되기 전의 것)

제7조(납세의무자 등) ⑧ 「주택법」 제11조에 따른 주택조합과 「도시 및 주거환경정비법」 제35조 제3항 및 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」 제23조에 따른 재건축조합 및 소규모재건축조합(이하 이 장에서 “주택조합등”이라 한다)이 해당 조합원용으로 취득하는 조합주택용 부동산(공동주택과 부대시설·복리시설 및 그 부속토지를 말한다)은 그 조합원이 취득한 것으로 본다. 다만, 조합원에게 귀속되지 아니하는 부동산(이하 이 장에서 “비조합원용 부동산”이라 한다)은 제외한다.

제9조(비과세) ② 국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합(이하 이 항에서 “국가등”이라 한다)에 귀속 또는 기부채납(「사회기반시설에 대한 민간투자법」 제4조 제3호에 따른 방식으로 귀속되는 경우를 포함한다. 이하 이 항에서 “귀속등”이라 한다)을 조건으로 취득하는 부동산 및 「사회기반시설에 대한 민간투자법」 제2조 제1호 각 목에 해당하는 사회기반시설에 대해서는 취득세를 부과하지 아니한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 취득세를 부과한다.

2. 국가등에 귀속등의 반대급부로 국가등이 소유하고 있는 부동산 및 사회기반시설을 무상으로 양여받거나 기부채납 대상물의 무상사용권을 제공받는 경우

제10조(과세표준) ① 취득세의 과세표준은 취득 당시의 가액으로 한다. 다만, 연부(年賦)로 취득하는 경우에는 연부금액(매회 사실상 지급되는 금액을 말하며, 취득금액에 포함되는 계약보증금을 포함한다. 이하 이 절에서 같다)으로 한다.

② 제1항에 따른 취득 당시의 가액은 취득자가 신고한 가액으로 한다. 다만, 신고 또는 신고가액의 표시가 없거나 그 신고가액이 제4조에서 정하는 시가표준액보다 적을 때에는 그 시가표준액으로 한다.

⑧ 제1항부터 제7항까지의 규정에 따른 취득세의 과세표준이 되는 가액, 가격 또는 연부금액의 범위 및 그 적용과 취득시기에 관하여는 대통령령으로 정한다.

(2) 지방세법 시행령(2020.8.12. 대통령령 제30939호로 개정되기 전의 것)

제20조(취득의 시기 등) ⑦ 「주택법」 제11조에 따른 주택조합이 주택건설사업을 하면서 조합원으로부터 취득하는 토지 중 조합원에게 귀속되지 아니하는 토지를 취득하는 경우에는 「주택법」 제49조에 따른 사용검사를 받은 날에 그 토지를 취득한 것으로 보고, 「도시 및 주거환경정비법」 제35조 제3항에 따른 재건축조합이 재건축사업을 하거나 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」 제23조 제2항에 따른 소규모재건축조합이 소규모재건축사업을 하면서 조합원으로부터 취득하는 토지 중 조합원에게 귀속되지 아니하는 토지를 취득하는 경우에는 「도시 및 주거환경정비법」 제86조 제2항 또는 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」 제40조 제2항에 따른 소유권이전 고시일의 다음 날에 그 토지를 취득한 것으로 본다.

(3) 지방세특례제한법(2021.12.28. 법률 제18656호로 개정되기 전의 것)

제73조의2(기부채납용 부동산 등에 대한 감면) ① 「지방세법」 제9조 제2항에 따른 부동산 및 사회기반시설 중에서 국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합(이하 이 조에서 "국가등"이라 한다)에 귀속 또는 기부채납(이하 이 조에서 "귀속등"이라 한다)의 반대급부로 국가등이 소유하고 있는 부동산 또는 사회기반시설을 무상으로 양여받거나 기부채납 대상물의 무상사용권을 제공받는 조건으로 취득하는 부동산 또는 사회기반시설에 대해서는 다음 각 호의 구분에 따라 감면한다.

1. 2020년 12월 31일까지 취득세를 면제한다.

2. 2021년 1월 1일부터 2021년 12월 31일까지는 취득세의 100분의 50을 경감한다.

제177조의2(지방세 감면 특례의 제한) ① 이 법에 따라 취득세 또는 재산세가 면제(지방세 특례 중에서 세액감면율이 100분의 100인 경우와 세율경감률이 「지방세법」에 따른 해당 과세대상에 대한 세율 전부를 감면하는 것을 말한다. 이하 이 조에서 같다)되는 경우에는 이 법에 따른 취득세 또는 재산세의 면제규정에도 불구하고 100분의 85에 해당하는 감면율(「지방세법」 제13조제1항부터 제4항까지의 세율은 적용하지 아니한 감면율을 말한다)을 적용한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

2. 제7조부터 제9조까지, 제11조 제1항, 제13조 제3항, 제16조, 제17조, 제17조의2, 제20조 제1호, 제29조, 제30조 제3항, 제33조 제2항, 제35조의2, 제36조, 제41조 제1항부터 제6항까지, 제50조, 제55조, 제57조의2 제2항(2020년 12월 31일까지로 한정한다), 제57조의3 제1항, 제62조, 제63조 제2항ㆍ제4항, 제66조, 제73조, 제76조 제2항, 제77조 제2항, 제82조, 제84조 제1항, 제85조의2 제1항 제4호 및 제92조에 따른 감면

(4) 도시 및 주거환경정비법(2019.8.20. 법률 제16493호로 개정된 것)

제86조(이전고시 등) ② 사업시행자는 제1항에 따라 대지 및 건축물의 소유권을 이전하려는 때에는 그 내용을 해당 지방자치단체의 공보에 고시한 후 시장ㆍ군수등에게 보고하여야 한다. 이 경우 대지 또는 건축물을 분양받을 자는 고시가 있은 날의 다음 날에 그 대지 또는 건축물의 소유권을 취득한다.

제87조(대지 및 건축물에 대한 권리의 확정) ② 제1항에 따라 취득하는 대지 또는 건축물 중 토지등소유자에게 분양하는 대지 또는 건축물은 「도시개발법」 제40조에 따라 행하여진 환지로 본다.

③ 제79조제4항에 따른 보류지와 일반에게 분양하는 대지 또는 건축물은 「도시개발법」 제34조에 따른 보류지 또는 체비지로 본다.

제97조(정비기반시설 및 토지 등의 귀속) ② 시장ㆍ군수등 또는 토지주택공사등이 아닌 사업시행자가 정비사업의 시행으로 새로 설치한 정비기반시설은 그 시설을 관리할 국가 또는 지방자치단체에 무상으로 귀속되고, 정비사업의 시행으로 용도가 폐지되는 국가 또는 지방자치단체 소유의 정비기반시설은 사업시행자가 새로 설치한 정비기반시설의 설치비용에 상당하는 범위에서 그에게 무상으로 양도된다.

⑤ 사업시행자는 제1항부터 제3항까지의 규정에 따라 관리청에 귀속될 정비기반시설과 사업시행자에게 귀속 또는 양도될 재산의 종류와 세목을 정비사업의 준공 전에 관리청에 통지하여야 하며, 해당 정비기반시설은 그 정비사업이 준공인가되어 관리청에 준공인가통지를 한 때에 국가 또는 지방자치단체에 귀속되거나 사업시행자에게 귀속 또는 양도된 것으로 본다.