1. 처분개요

    가. 청구법인은 2020.5.21. 서울특별시 구로구 OOO(이하 “쟁점토지”라 한다) 및 지상 건축물(이하 “종전건축물”이라 하고, 쟁점토지와 합하여 “쟁점부동산”이라 한다)을 취득(매매)한 후, 같은 날 취득가액 등 OOO원을 과세표준으로 하고 일반세율을 적용하여 산출한 세액에서 「지방세특례제한법」(2020.1.15. 법률 제16865호로 개정된 것, 이하 같다) 제58조의2 제1항에 따른 지식산업센터 등에 대한 감면(취득세의 100분의 35 경감)을 적용하여 취득세 등 OOO원을 신고ㆍ납부하였다.

    나. 처분청은 2024.7.5. 청구법인이 쟁점토지를 취득한 날부터 1년이 경과할 때까지 지식산업센터를 착공하지 아니한 사실을 확인하고 「지방세특례제한법」 제58조의2 제1항 단서에 따라 기 감면받은 취득세 등 OOO원(가산세 포함)을 청구법인에게 부과ㆍ고지하였다.

    다. 청구법인은 이에 불복하여 2024.10.2. 이의신청을 거쳐 2025.3.20. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

    가. 청구법인 주장

        (1) 청구법인은 2020.5.21. 쟁점부동산을 취득하고 지식산업센터 설립을 위하여 건축설계ㆍ기존건축물 해체ㆍ안전관리 등 전문업체와 계약을 체결하였으며, 종전건축물에 입주하고 있던 점유이전 명도대상자(9개 업체)와 2020.6.21.∼2021.1.3. 기간 동안 43회에 걸쳐 협의한 결과 아래 ＜표1＞과 같이 명도대상 9개 업체에 합의금으로 총 OOO원을 지급하고 건축공사를 위한 명도를 완료하였다.

＜표1＞ 명도 진행 사항

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한편, 청구법인은 건축인허가를 위한 사전 절차를 아래 ＜표2＞와 같이 꾸준히 수행하였다.

＜표2＞ 건축인허가 진행 사항

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        (2) 처분청은 2020.9.2. 청구법인에게 OOO 비상대책위원회(이하 “비대위”라 한다)의 민원사항 통지 및 1차 민원 해소 요청 공문을 발송한 후, 2020.10.8. 2차 민원해소 요청공문, 2020.11.26. 3차 민원해소 요청공문, 2021.2.23. 4차 민원사항 통지 및 협조요청 공문을 발송하였는데,

비대위는 청구법인이 관련 법령을 준수하여 적법하게 수립한 건축계획에 대하여 ‘건축물 높이 및 층고를 낮게 변경할 것을 요청’하는 등 아래 ＜표3＞과 같이 일반적으로 예측할 수 있는 민원사항을 넘어선 무리한 요구를 하였다.

＜표3＞ OOO 비상대책위원회 민원 요청 사항

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그럼에도 청구법인은 처분청의 요구사항에 따라 비대위의 민원을 해결하기 위해 2020.9.18.∼2021.5.26. 기간 동안 6차례에 걸쳐 비대위와 성실히 협의하였고, 2021.5.26. 합의금 OOO원을 비대위에 지급하기로 결정하였다.

＜표3＞ OOO 비대위 민원 협의 사항

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위와 같이 청구법인은 처분청의 요구에 따라 비대위의 민원을 해결하기 위해 성실히 노력했음에도 불구하고, 처분청은 청구법인과 비대위 간에 합의가 이루어지지 않았다는 이유로 1년의 유예기간이 경과한 2021.5.28.에서야 착공필증을 교부하였다.

        (3) 청구법인은 2020년 12월 철거해체계획서 및 철거 구조안전진단보고서를 제출하였음에도 처분청의 과도한 보완요청으로 인해 2021.7.30.에서야 건축물 해체 허가서를 수령한바, 처분청의 행정절차로 인해 통상적인 기간(2∼3개월)보다 건축물 해체철거가 지연되었다.

＜표5＞ 기존건축물 해체(철거) 허가 진행 사항

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결국, 청구법인이 철거 및 착공을 위해 사전 준비를 하고 있었음에도 불구하고, 쟁점부동산 취득일로부터 1년 이내에 착공하지 못한 것은 청구법인의 내부적인 요인보다는 외부적으로 통제할 수 없는 환경(민원 사항 및 처분청의 규제 등)에 의한 것으로 이는 ‘정당한 사유’에 해당한다.

    나. 처분청 의견

        (1) 「지방세특례제한법」 제58조의2 제1항에서 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」 제28조의2에 따라 지식산업센터를 설립하는 자에 대해서는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 2022.12.31.까지 지방세를 경감한다고 하면서, 그 제1호에서 사업시설용으로 직접 사용하기 위하여 신축 또는 증축하여 취득하는 부동산과 사업시설용으로 분양 또는 임대하기 위하여 신축 또는 증축하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 35를 경감한다고 규정하고 있고, 그 단서 가목에서 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 착공하지 아니한 경우 그 해당 부분에 대해서는 경감된 취득세를 추징한다고 규정하고 있다.

청구법인은 종전건축물 입주자들의 명도지연, 지속적인 지역 주민들의 민원과 이에 따른 행정절차가 지연됨에 따라 쟁점토지 취득일로부터 1년 이내에 착공하지 못한 것이고 이는 명백히 외부요인에 따른 것이므로 이는 정당한 사유에 해당한다고 주장하고 있으나,

정당한 사유라 함은 법령에 의한 금지제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함하고, 정당사유의 유무를 판단함에 있어서는 입법취지를 충분히 고려하면서 당해 법인이 영리법인인지 아니면 비영리법인인지 여부, 토지의 취득목적에 비추어 고유목적에 사용하는 데 걸리는 준비기간의 장단, 고유목적에 사용할 수 없는 법령․사실상의 장애사유 및 장애정도, 당해 법인이 토지를 고유업무에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지의 여부, 행정관청의 귀책사유가 가미되었는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 할 것(대법원 2002.9.4. 선고 2001두229 판결, 같은 뜻임)인바,

청구법인의 경우 쟁점부동산 취득 당시부터 종전건축물 입주자들로부터 해당 부동산을 인도받지 못하는 경우에는 유예기간 내에 쟁점부동산을 취득 목적대로 사용할 수 없다는 장애사유를 쉽게 알 수 있었던 것으로 청구법인이 종전 건축물을 명도받기 위하여 충분한 주의를 기울이지 아니한 것으로 보이는 점, 쟁점부동산은 아파트 단지의 주차장과 연접해 있고 해당 아파트의 OOO과는 불과 약 25m 정도 밖에 떨어져 있지 않아 쟁점부동산을 취득할 당시부터 해당 아파트 주민들의 민원제기를 사전에 예측할 수 있었던 것으로 보이고 제기된 민원 또한 일반적인 건축물 신축 과정에서 흔히 발생할 수 있는 일조권, 조망권, 재산권 침해 및 소음, 분진 등의 피해에 대한 민원으로 주민들의 의견을 수렴하고 반영하는 과정에서 상당한 시간 소요와 사업추진이 지연될 수 있다는 것을 충분히 인지할 수 있었을 것으로 보이는 점, 처분청이 건축허가 후 민원사항을 통지하고 해소 요청을 한 사실 외에 해당 민원으로 인하여 청구법인의 착공 절차 진행을 금지한다거나 제한하고 있지 않은 점, 종전건축물의 해체공사가 2021.12.29. 완료(멸실)되어 실제 건축공사에 착공하여 터파기 공사 등 본격적인 공사는 그 이후에 착수된 사실을 감안하면 해당 민원이 유예기간을 경과하게 된 직접적인 원인으로 보기 어려운 점, 행정절차상 지연 사유가 처분청의 귀책사유이거나 예측하지 못한 특별한 사정에 해당된다고도 보기 어려운 점 등에 비추어 이 건 처분은 정당하다고 판단된다.

3. 심리 및 판단

    가. 쟁점

쟁점토지를 취득한 후 1년이 경과할 때까지 지식산업센터용 건축물을 착공하지 못한 정당한 사유가 있는지 여부

    나. 관련 법률

지방세법특례제한법(2020.1.15. 법률 제16865호로 개정된 것)

제58조의2(지식산업센터 등에 대한 감면) ①「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」 제28조의2에 따라 지식산업센터를 설립하는 자에 대해서는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 2022년 12월 31일까지 지방세를 경감한다.

1. 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」 제28조의5 제1항 제1호 및 제2호에 따른 시설용(이하 이 조에서 “사업시설용”이라 한다)으로 직접 사용하기 위하여 신축 또는 증축하여 취득하는 부동산(신축 또는 증축한 부분에 해당하는 부속토지를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)과 사업시설용으로 분양 또는 임대(「중소기업기본법」 제2조에 따른 중소기업을 대상으로 분양 또는 임대하는 경우로 한정한다. 이하 이 조에서 같다)하기 위하여 신축 또는 증축하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 35를 경감한다. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 경감된 취득세를 추징한다.

가. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 착공하지 아니한 경우

나. 그 취득일부터 5년 이내에 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 분양ㆍ임대하는 경우

    다. 사실관계 및 판단

        (1) 심판청구서 및 처분청의 답변서 등의 이 건 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 나타난다.

            (가) 청구법인은 2014.10.30. 부동산 개발업, 부동산 매매 및 임대업 등을 목적으로 서울특별시 구로구 OOO에서 설립되었다.

            (나) 청구법인은 2020.5.21. 서울특별시 구로구 OOO 토지 및 건축물을 매매로 취득한 후, 같은 날 청구법인 명의로 소유권이전등기 후 AAA신탁주식회사로 신탁등기 하였다.

            (다) 처분청은 2020.7.2. 쟁점토지 지상에 연면적 63,086.93㎡인 공장(지식산업센터)의 신축공사를 위한 건축허가서를 청구법인에게 교부하였다.

            (라) 처분청은 이 건 지식산업센터 건축과 관련하여 인근 OOO 비대위에서 민원이 반복적으로 제기되자 3차례에 걸쳐 청구법인에게 민원사항을 통지하고 해소를 요청하였다.

＜처분청 민원사항 통지 내역＞

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            (마) 청구법인은 2021.1.20. 비대위의 민원사항 중 일부를 반영하여 가시설 버팀 형식 변경 및 지하층 일부 시설의 용도를 변경하는 설계변경 용역계약을 체결하였다.

＜설계변경 용역계약서＞

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            (바) 청구법인은 2021.1.27. 민원사항과 관련하여 향후 조치계획 및 회의록을 처분청(건축과)에 제출하였으며, 처분청은 2021.2.3. 민원사항 중 비대위와 의견차이가 있는 부분에 대하여 청구법인에게 재검토를 요청하였다.

＜처분청의 민원사항 통지 및 협조요청 공문＞

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            (사) 청구법인은 2021.5.7. 쟁점토지에 대한 신탁등기를 BBB자산 신탁주식회사로 변경하였다.

            (아) BBB자산신탁은 2021.5.20. 처분청에 2021.8.1.을 착공예정일자로 하여 착공신고서를 제출하였고, 처분청은 2021.5.28. 착공신고필증을 교부하였다.

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            (자) 청구법인은 2021.5.26. 인근 주민들의 민원과 관련하여 보상금 OOO원을 지급하기로 하고 OOO 비대위와 합의하였다.

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            (차) 처분청은 2021.7.30. 종전건축물 해제 허가서를, 2021.12.29. 건축물 해체공사 완료(멸실) 신고확인증을 청구법인에게 발급하였다.

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            (카) 청구법인은 2024.2.15. 쟁점토지 지상에 지식산업센터용 건축물을 신축하고 처분청으로부터 사용승인서를 교부받았다.

        (2) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다.

            (가) 「지방세특례제한법」 제58조의2 제1항에서 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」 제28조의2에 따라 지식산업센터를 설립하는 자에 대해서는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 2022.12.31.까지 지방세를 경감한다고 하면서, 그 제1호에서 사업시설용으로 직접 사용하기 위하여 신축 또는 증축하여 취득하는 부동산과 사업시설용으로 분양 또는 임대하기 위하여 신축 또는 증축하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 35를 경감한다고 규정하고 있고, 가목에서 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 착공하지 아니한 경우 그 해당 부분에 대해서는 경감된 취득세를 추징한다고 규정하고 있다.

            (나) 한편, 정당한 사유라 함은 법령에 의한 금지ㆍ제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함하고, 정당사유의 유무를 판단함에 있어서는 입법취지를 충분히 고려하면서 당해 법인이 영리법인인지 아니면 비영리법인인지 여부, 토지의 취득목적에 비추어 고유목적에 사용하는 데 걸리는 준비기간의 장단, 고유목적에 사용할 수 없는 법령ㆍ사실상의 장애사유 및 장애정도, 당해 법인이 토지를 고유업무에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지의 여부, 행정관청의 귀책사유가 가미되었는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 할 것이다(대법원 2002.9.4. 선고 2001두229 판결, 같은 뜻임)

            (다) 처분청은 청구법인이 정당한 사유 없이 쟁점부동산의 취득일로부터 1년이 경과할 때까지 지식산업센터용 건축물을 착공하지 못하였으므로 취득세 추징 대상에 해당한다는 의견이나,

청구법인이 제출한 자료에 의하면 인근 OOO 비대위가 건축물 높이 및 층고 재검토, 건물간 추가 이격 거리 확보, 일조권 개선을 위한 설계변경 등을 요구하는 등 일반적으로 공사과정에서 해결가능하거나 착공기일을 연장시키지 않는 범위의 민원이 아닌 큰 폭의 설계변경이 필요한 민원을 제기한바, 이러한 민원까지 청구법인이 예측가능하거나 인지할 수 있었다고 보기 어려운 점,

청구법인은 2020.5.21. 쟁점부동산을 취득하고 2020.7.2. 건축허가필증을 교부받은 후 2020.10.2. 철거해체계획서 및 구조안전진단 보고서를 작성ㆍ제출하는 등 착공과 관련한 준비를 성실히 하였으나, 처분청의 ‘민원사항 통지 및 민원해소 요청’에 따라 인근 OOO 비대위의 민원을 해결하기 위해 2020.9.18.부터 2021.3.22.까지 6차례 협의를 하고, 일부 민원사항을 반영하여 가시설 버팀 형식 변경 및 지하층 일부 시설의 용도를 변경하는 등 건축물의 설계를 변경함에 따라 착공이 지연된 것으로 보이는 점, 청구법인은 위 설계변경에 더하여 2021.5.26. 비대위에 OOO원의 보상금을 지급하는 것으로 비대위와 합의하는 등 공사진행을 위한 진지한 노력을 다한 것으로 보이는 점,

처분청은 청구법인과 비대위의 합의가 완료된 직후인 2021.5.28. 착공필증을 교부한 것으로 보아 위 민원해소가 착공일정에 영향을 미친 것으로 보이고, 청구법인은 공사진행을 위한 진지한 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 것으로 보이는 점 등에 비추어, 처분청이 청구법인에게 중과세율을 적용하여 취득세 등을 부과한 이 건 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「지방세기본법」 제96조 제7항과 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.