1. 처분개요

  가. 청구법인은 2024.2.28. 충청남도 천안시 서북구OOO 건축물 21,188.92㎡(“쟁점부동산”이라 한다)를 취득(신축)한 후, 그 취득가액OOO원을 취득세 과세표준으로 하여 취득세 등 합계 OOO원을 신고·납부하였다.

  나. 청구법인은 쟁점부동산을「지방세특례제한법」제71조 제1항에서 규정하는 물류단지개발사업의 시행자가 물류단지를 개발하기 위하여 취득하는 부동산에 해당하므로 취득세 감면(35%)대상이라고 주장하면서, 2024.7.22. 처분청에 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 청구법인이 2024년 8월말 쟁점부동산의 위탁운영사를 선정하고, 2024년 9월부터 이를 임대하여 추징사유가 발생할 예정이므로, 2024.9.10. 이를 거부하였다.

  다. 청구법인은 이에 불복하여 2024.12.6. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

  가. 청구법인 주장

   청구법인이 쟁점부동산을 유예기간내에 임대하는 것이 추징 사유에 해당하더라도 이는 추후 별도의 추징 처분을 통해 환수하여야 하는 것일 뿐 감면 자체를 인정하지 않는 사유가 될 수 없다.

   추징 규정인 「지방세특례제한법」 제178조 제1항 제2호는 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 직접 사용하지 않는 경우를 추징 사유로 규정하는 것이 아니라, 매각·증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우를 추징 사유로 규정하고 있는바, 임대는 매각·증여에 해당하지 않고, 임대하더라도 물류단지의 목적으로 사용되고 있다면 이를 다른 용도 사용이라고도 볼 수 없으므로 추징 규정에 해당하지 아니함에도 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 부당하다.

  나. 처분청 의견

   지방세 감면제도는 세법에서 과세대상으로 규정한 것을 국가정책 또는 납세의무자의 개별적 사정을 고려하여 세액의 일부를 경감하거나 면제하게 하는 것으로, 청구법인이 제출한 사업계획서, 보도자료 및 위탁운영 사업자 선정 입찰 공고(안) 등을 검토하여 감면의 목적대로 사용할 수 없다면 감면신청을 배제하는 것이 타당하다.

  「지방세특례제한법」 제178조 제1항 제2호에서 해당 용도로 직접 사용기간이 2년 미만인 상태에서 매각 증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우 추징하도록 규정하고 있고, 같은 법 제2조 제1항 제8호에서 직접 사용이란 해당 부동산을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것으로 규정하고 있는바, 청구법인이 경정청구 당시 위탁운영사의 선정이 완료되어 청구법인이 아닌 위탁운영사가 위탁 임대형식으로 운영 및 관리하는 것은 해당 용도로 직접 사용기간이 2년 미만인 상태에서 다른 용도로 사용하는 경우에 해당하므로 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

  가. 쟁점

   취득세 감면에 대한 추징사유가 발생할 것을 예상하여 취득세 감면을 배제한 처분의 당부

  나. 관련 법률 : ＜별지＞기재

  다. 사실관계 및 판단

   (1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 나타난다.

    (가) 청구법인은 2020.9.28. 충청남도 천안시 서북구 OOO의 시행자로 지정되어 국토교통부에 국고보조금을 신청하였다.

    (나) 청구법인은 2024.2.28. 쟁점부동산을 취득(신축)한 후, 그 취득가액 OOO원을 취득세 과세표준으로 하여 취득세 등을 신고·납부하였다.

    (다) 청구법인은 쟁점부동산을 「지방세특례제한법」 제71조 제1항에서 규정하는 물류단지개발사업의 시행자가 물류단지를 개발하기 위하여 취득하는 부동산에 해당하므로 취득세 감면(35%)대상이라고 주장하면서, 2024.7.22. 처분청에 경정청구를 제기하였다.

    (라) 처분청은 청구법인이 2024년 8월말 쟁점부동산의 위탁운영사를 선정하고, 2024년 9월부터 이를 임대하여 취득세 감면에 대한 추징사유가 발생할 예정임을 근거로 하여 청구법인의 경정청구를 거부하였다.

    (마) 청구법인이 제출한 쟁점부동산에 대한 언론기사(OO뉴스, OOO)에 의하면, 청구법인은 2024년 8월말 쟁점부동산(물류센터)의 위탁운영사 선정을 완료하고, 9월부터 쟁점부동산의 위탁운영사로 선정된 ㈜OOO이 쟁점부동산을 청구법인으로부터 위탁받아 3년간(최장 6년) 운영을 맡을 예정으로 나타난다.

   (바) 청구법인은 2024년 9월 쟁점부동산의 위탁운영사로 선정된 ㈜OOO에게 쟁점부동산을 임대한 것으로 나타난다.

   (2) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 처분청은 청구법인이 쟁점부동산에 대한 취득세 감면을 받은 후 유예기간내에 임대할 예정이므로 취득세 감면을 배제하여야 한다는 의견이나, 「지방세특례제한법」 제71조 제1항에서 물류단지개발사업의 시행자가 물류단지를 개발하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 35를 감면하도록 규정하고 있는바, 해당규정은 물류단지 사업시행자에 대한 취득세 감면 규정으로서 감면에 대한 요건을 규정하고 있을 뿐 향후 추징대상으로 예상될 경우 이를 배제한다는 규정은 없는 점, 청구법인은 2020년 9월 물류단지개발사업 시행자로 지정된 후, 2024.2.28. 쟁점부동산을 취득(신축)하여「지방특례제한법」제71조 제1항에 따라 취득세 감면대상에 해당하나, 이를 유예기간내에 직접 물류업에 사용하지 아니하고, 2024년 9월 ㈜OOO에게 이를 임대하였으므로 추징 사유가 발생하였는지에 대하여는 별론으로 하더라도, 청구법인이 쟁점부동산을 취득할 당시 「지방특례제한법」 제71조 제1항에서 규정하는 취득세 감면요건을 충족한 이상, 추징사유 발생을 예상하여 감면을 배제하는 것은 타당하지 아니한 점 등에 비추어 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결론

  이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로「지방세기본법」제96조 제7항과「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령

지방세특례제한법

제2조(정의) ① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다

8. “직접 사용”이란 부동산ㆍ차량ㆍ건설기계ㆍ선박ㆍ항공기 등의 소유자(「신탁법」 제2조에 따른 수탁자를 포함하며, 신탁등기를 하는 경우만 해당한다)가 해당 부동산ㆍ차량ㆍ건설기계ㆍ선박ㆍ항공기 등을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용(이 법에서 임대를 목적 사업 또는 업무로 규정한 경우 외에는 임대하여 사용하는 경우는 제외한다)하는 것을 말한다.

제71조(물류단지 등에 대한 감면) ①「물류시설의 개발 및 운영에 관한 법률」 제27조에 따른 물류단지개발사업의 시행자가 같은 법 제22조 제1항에 따라 지정된 물류단지(이하 이 조에서 “물류단지”라 한다)를 개발하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 35를, 과세기준일 현재 해당 사업에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세의 100분의 25를 각각 2025년 12월 31일까지 경감한다. 이 경우 지방자치단체의 장은 재산세에 대해서는 해당 지역의 재정 여건 등을 고려하여 100분의 10의 범위에서 조례로 정하는 율을 추가로 경감할 수 있다.

제178조(감면된 취득세의 추징) ① 부동산에 대한 감면을 적용할 때 이 법에서 특별히 규정한 경우를 제외하고는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 감면된 취득세를 추징한다.

1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

2. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우

② 이 법에 따라 부동산에 대한 취득세 감면을 받은 자가 제1항 또는 그 밖에 이 법의 각 규정에서 정하는 추징 사유에 해당하여 그 해당 부분에 대해서 감면된 세액을 납부하여야 하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자상당액을 가산하여 납부하여야 하며, 해당 세액은「지방세법」제20조에 따라 납부하여야 할 세액으로 본다. 다만, 파산 등 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 이자상당액을 가산하지 아니한다.