1. 처분개요

  가. 청구법인이 시행한 AAA재정비촉진구역 주택재개발정비사업(이하 “이 건 정비사업”이라 한다)은 2023.6.14. 소유권이전고시되었다.

  나. 청구법인은 2023.6.15. 서울특별시 서대문구 OOO[분양분 공동주택(보류지 포함 상가 제외)과 임대용 공동주택의 부속토지, 이하 “이 건 토지”라 한다)를 이 건 정비사업의 조합원으로부터 취득한 후, 아래 ＜표＞와 같이 산출한 취득세 등 OOO원(이하 “이 건 취득세 등”이라 한다)을 신고․납부하였다.

＜표＞ 이 건 토지에 대한 취득세 등 신고․납부 내역

(단위 : ㎡, 원)

◯◯◯

  다. 청구법인은 2024.11.12. 이 건 토지 중 주거전용면적(이하 “전용면적”이라 한다) 85㎡ 이하 공동주택의 부속토지 20,757.66㎡(청구법인이 서울특별시장에게 기부채납하는 716.58㎡ 제외한 면적으로, 이하 “쟁점1토지”라 한다)에 대해서는「농어촌특별세법」제4조 제11호에 따라 농어촌특별세를 비과세해야 하고, 청구법인이 서울특별시장에게 기부채납을 조건으로 취득한 토지 716.58㎡(임대주택 234세대 중 25세대의 부속토지, 이하 “쟁점2토지”라 한다)에 대해서는「지방세법」제9조 제2항에 따라 취득세 등을 비과세해야 한다는 취지로 이 건 취득세 등의 경정청구를 하였으나, 처분청은 2025.1.10. 이를 거부하였다.

  라. 청구법인은 이에 불복하여 2025.1.13. 이의신청을 거쳐 2025.4.20. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

  가. 청구법인 주장

   (1) 청구법인은 2023.6.7. 서울특별시 서대문구 OOO(정비기반시설 토지 등 제외)에 공동주택용 건축물 184,229.04㎡(상가를 포함)를 신축하였는데, 해당 공동주택은 조합원용 642세대, 분양용 350세대, 임대용 234세대 합계 1,226세대이다.

   (2) 청구법인은 이 건 정비사업의 소유권 이전 고시일의 다음 날인 2023.6.15. 분양․임대용 공동주택(584세대, 이하 “이 건 공동주택”이라 한다)의 부속토지인 이 건 토지(23,278.4㎡)를 취득하였는데, 이 건 토지 중 전용면적 85㎡ 이상 공동주택(28세대)의 부속토지는 1,804.16㎡이고, 나머지 21,474.24㎡(쟁점1․2토지)는 전용면적 85㎡ 이하 공동주택의 부속토지이다.

   (3)「농어촌특별세법」제4조 제11호, 같은 법 시행령 제4조 제5항에서 전용면적이 85㎡ 이하인 주거용 건물과 이에 부수되는 토지의 취득세는 농어촌특별세 비과세 대상으로 규정하고 있고, 청구법인은 이 건 공동주택의 사용승인일(2023.6.7.) 이후인 2023.6.15. 이 건 토지를 취득하였으므로 쟁점1토지(20,757.66㎡)는 농어촌특별세 비과세 대상에 해당한다.

   (4) 청구법인은 2020.2.14. 서울특별시장과 임대용 공동주택 중 25세대(이하 “이 건 소형주택”이라 한다)의 부속토지인 쟁점2토지(716.58㎡)를 서울특별시장에게 기부채납하기로 하는 계약(이하 “이 건 계약”이라 한다)을 체결하였고, 그 계약서에는 기부채납의 대상이 되는 부속토지의 면적과 해당 주택의 동․호수 등이 기재되어 있다.

   (5) 청구법인은 2023.6.15. 서울특별시장에게 기부채납을 하기 위해 쟁점2토지를 취득하여 기부채납을 하였는바, 쟁점2토지는「지방세법」제9조 제2항에서 규정하고 있는 국가 등에 기부채납을 조건으로 취득하는 부동산에 해당하므로 그 취득세 등을 비과세하여야 한다.

  나. 처분청 의견

   (1)「농어촌특별세법」제4조 제11호 및 같은 법 시행령 제4조 제5항, 「주택법」제2조 제6호를 종합하면, 전용면적 85㎡ 이하의 주거용 건축물(이하 “국민주택”이라 한다)과 이에 부수되는 토지에 대해서는 농어촌특별세를 비과세한다고 규정하고 있고, 여기에서 “국민주택에 부수되는 토지”란 그 지상에 이미 국민주택이 건설되어 있는 토지를 말하는 것인바, 토지를 취득할 당시 그 지상에 국민주택 규모의 공동주택 건축이 예정되어 있다고 하여 그 토지를 농어촌특별세가 비과세되는 토지로 볼 수는 없다(대법원 2004.8.20. 선고 2002두12984 판결).

   (2) 청구법인이 이 건 공동주택의 사용승인일 이후 이 건 토지를 취득하였다고 하더라도 쟁점1토지를 국민주택에 부수되는 토지로 볼 수는 없으므로 쟁점1토지에 대한 농어촌특별세를 취소해야 한다는 청구주장은 받아들이기 어렵다(조심 2021지2396, 2021.12.16.).

   (3)「지방세법」(2023.3.14. 법률 제19230호로 개정된 것, 이하 같다)제9조 제2항에서 국가 등에 귀속 또는 기부채납을 조건으로 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 부과하지 아니한다고 규정하면서, 그 단서 및 제2호에서 국가등에 귀속등의 ‘반대급부’로 국가 등이 소유하고 있는 부동산을 무상으로 양여받거나 기부채납 대상물의 무상사용권을 제공받는 경우에 대해서는 취득세를 부과한다고 규정하고 있다.

   (4) 이 건 정비사업의 시행인가 고시(서울특별시 서대문구 고시 제OOO)와 관리처분계획인가 고시(서울특별시 서대문구 고시 제OOO) 등을 보면, 청구법인은 처분청으로부터 용도폐지 되는 도로 등을 무상양여 받기로 하고, 실제로 이 건 공동주택의 사용승인일(2023.6.7.) 이후 처분청으로부터 용도 폐지된 정비기반시설(서울특별시 서대문구 OOO 외) 14,879.6㎡를 무상양여받은 이상, 쟁점2토지는「지방세법」제9조 제2항 단서에서 규정하고 있는 반대급부를 받은 부동산에 해당하므로 처분청이 그 취득세 등의 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

  가. 쟁점

① 쟁점1토지를 주거전용면적 85㎡ 이하 주택의 부속토지로 보아 농어촌특별세를 비과세하여야 한다는 청구주장의 당부

② 쟁점2토지를 국가 등에 기부채납을 조건으로 취득하는 부동산으로 보아 취득세 등을 비과세하여야 한다는 청구주장의 당부

  나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재

  다. 사실관계 및 판단

   (1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다.

    (가) 처분청은 2009.6.24. 서울특별시 서대문구 OOO 일대 77,839.5㎡를 사업대상지로 하고, 청구법인을 사업시행자로 하여, 사업대상지 일대에 공동주택 1,226세대(임대주택 234세대)를 건축하는 이 건 정비사업의 시행을 인가하였다.

    (나) 처분청이 2016.6.30. 인가한 이 건 정비사업의 관리처분계획 중 공동주택의 분양 면적과 대지 지분에 대한 내용을 보면, 이 건 토지 23,278.4㎡ 중 전용면적 85㎡를 초과하는 28세대의 부속토지는 1,804.16㎡(세대 당 64.43㎡)이고, 전용면적 85㎡ 이하인 556세대의 부속토지는 21,474.24㎡(쟁점1․2토지)인 것으로 나타난다.

    (다) 청구법인은 청구법인의 조합원으로부터 토지의 사용승낙을 받아 2017.12.29. 이 건 공동주택(584세대)과 조합원용 공동주택(642세대)의 신축공사를 착공하였다.

    (라) 청구법인은 2020.2.14. 서울특별시장과 이 건 소형주택 25세대(전용면적 37.96㎡ 11세대, 전용면적 52.84㎡ 14세대)에 대해 건축물은 OOO원에 매매하고, 그 부속토지 716.58㎡(쟁점2토지)는 기부채납하기로 하는 이 건 계약을 체결하였고, 해당 계약서(7․8쪽)에는 기부채납의 대상이 되는 부속토지의 면적과 해당 주택의 동․호수 및 평형 별 세대 수 등이 기재되어 있으나, 부속토지의 기부채납에 따른 반대급부에 관한 사항은 기재되어 있지 않은 것으로 나타난다.

    (마) 처분청은 2023.6.7. 이 건 공동주택과 조합원용 공동주택에 대하여 사용승인을 하였고, 청구법인은 OOO. 이 건 정비사업의 이전고시를 하였다.

    (바) 청구법인은 2023.6.15. 이 건 토지(23,278.4㎡)를 취득한 후 그 토지 중 분양용 공동주택의 부속토지 17,018.9㎡(350세대)에 대해서는 취득세의 100분의 85 감면 대상으로, 임대용 공동주택의 부속토지 6,259.5㎡(234세대)에 대해서는 100분의 75 감면 대상으로 구분하여, 이 건 취득세 등 OOO원을 신고․납부하였다.

   (2) 먼저, 쟁점①에 대하여 본다.

    (가)「도시 및 주거환경정비법」제87조 제3항에서 보류지와 일반에게 분양하는 대지 또는 건축물은「도시개발법」제34조에 따른 보류지 또는 체비지로 본다고 규정하고 있고,「도시개발법」제42조 제5항에서 체비지는 사업시행자가 환지처분이 공고된 날의 다음 날에 해당 소유권을 취득한다고 규정하고 있으며,「도시 및 주거환경정비법」제86조 제2항에서 사업시행자의 소유권이전 고시에 따라 대지 또는 건축물을 분양받을 자는 고시가 있은 날의 다음 날에 그 대지 또는 건축물의 소유권을 취득한다고 규정하고 있다.

    (나) 또한,「농어촌특별세법」제4조 제11호, 같은 법 시행령 제4조 제4항 및「주택법」제2조 제6호에서 전용면적 85㎡ 이하의 주택의 취득에 대해서는 농어촌특별세를 부과하지 않는다고 규정하고 있다.

    (다) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 조합원의 토지를 취득하여, 주택재개발 정비사업을 시행하는 것이 아니라 조합원으로부터 토지의 사용승낙을 받아 정비사업을 시행한 후 해당 토지를 환지하는 것이고,「도시 및 주거환경정비법」제87조 제3항,「도시개발법」제34조 및 같은 법 제42조 제5항을 종합하면, 이 건 토지는 청구법인이 사업시행자의 지위에서 취득하는 체비지이거나 관리처분계획에 따라 취득하는 주택에 해당하므로 청구법인은 이 건 정비사업의 소유권이전 고시일의 다음 날인 OOO. 이 건 토지를 취득하였고 보는 것이 타당하다 할 것이다.

    (라) 이 건 공동주택은 2023.6.7. 사용승인을 받았고, 청구법인은 2023.6.15. 이 건 공동주택의 부속토지인 이 건 토지를 취득하였으므로, 이 건 토지(23,278.4㎡) 중 전용면적 85㎡ 이하 공동주택의 부속토지인 쟁점1토지(20,757.66㎡)에 대해서는「농어촌특별세법」제4조 제11호 및 같은 법 시행령 제4조 제4항에 따라 농어촌특별세를 부과하지 않는 것이 타당하다고 판단된다.

   (3) 다음으로, 쟁점②에 대하여 본다.

    (가)「지방세법」제9조 제2항에서 국가 등에 귀속 또는 기부채납을 조건으로 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를 부과하지 아니한다고 규정하면서 국가 등에 귀속 등의 반대급부로 국가등이 소유하고 있는 부동산 및 사회기반시설을 무상으로 양여받거나 기부채납 대상물의 무상사용권을 제공받는 경우 그 해당 부분에 대해서는 취득세를 부과한다고 규정하고 있다.

    (나) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살피건대, 「지방세법」제9조 제2항에서 규정하고 있는 ‘기부채납’이란 기부자가 그 소유재산을 국가 등의 공유재산으로 증여하는 의사표시를 하고 국가 등은 이를 승낙하는 채납의 의사표시를 함으로써 성립하는 증여계약으로, 청구법인은 이 건 공동주택의 신축공사를 착공한 후인 2020.2.14. 서울특별시장에게 이 건 소형주택의 부속토지인 쟁점2토지(716.58㎡)를 기부채납하기로 약정한 점,

이 건 기부채납계약서에 이 건 소형주택의 동․호수와 부속토지의 면적(쟁점2토지) 등을 확정하여 기재하고 있으나 쟁점2토지의 기부채납에 따른 대가 등으로 청구법인이 서울특별시장으로부터 받는 반대급부에 대하여는 별도로 기재하지 않은 것으로 나타나는 점,

청구법인이 이 건 정비사업을 시행하면서 처분청으로부터 용도폐지된 정비기반시설용지를 무상 양수하였다 하더라도 이는 청구법인이 신설(조성)한 정비기반시설을 처분청에 무상 귀속한 데에 대한 대가일 뿐 쟁점2토지의 기부채납과는 관련이 없다고 보이는 점 등에 비추어,

쟁점2토지는 청구법인이 국가 등에 기부채납을 조건으로 취득하는 부동산으로,「지방세법」제9조 제2항에 따라 취득세 등을 비과세하는 것이 타당하다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로「지방세기본법」제96조 제7항과「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령

(1) 지방세법(2023.3.14. 법률 제19230호로 개정된 것)

제7조[납세의무자 등] ⑧「주택법」제11조에 따른 주택조합과「도시 및 주거환경정비법」제35조 제3항 및「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」제23조에 따른 재건축조합 및 소규모재건축조합(이하 이 장에서 “주택조합 등”이라 한다)이 해당 조합원용으로 취득하는 조합주택용 부동산(공동주택과 부대시설ㆍ복리시설 및 그 부속토지를 말한다)은 그 조합원이 취득한 것으로 본다. 다만, 조합원에게 귀속되지 아니하는 부동산(이하 이 장에서 “비조합원용 부동산”이라 한다)은 제외한다.

⑯「도시개발법」에 따른 도시개발사업과「도시 및 주거환경정비법」에 따른 정비사업의 시행으로 해당 사업의 대상이 되는 부동산의 소유자(상속인을 포함한다)가 환지계획 또는 관리처분계획에 따라 공급받거나 토지상환채권으로 상환받는 건축물은 그 소유자가 원시취득한 것으로 보며, 토지의 경우에는 그 소유자가 승계취득한 것으로 본다. 이 경우 토지는 당초 소유한 토지 면적을 초과하는 경우로서 그 초과한 면적에 해당하는 부분에 한정하여 취득한 것으로 본다.

제9조[비과세] ② 국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합(이하 이 항에서 “국가등”이라 한다)에 귀속 또는 기부채납(「사회기반시설에 대한 민간투자법」제4조 제3호에 따른 방식으로 귀속되는 경우를 포함한다. 이하 이 항에서 “귀속등”이라 한다)을 조건으로 취득하는 부동산 및 「사회기반시설에 대한 민간투자법」제2조 제1호 각 목에 해당하는 사회기반시설에 대해서는 취득세를 부과하지 아니한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 취득세를 부과한다.

2. 국가등에 귀속등의 반대급부로 국가등이 소유하고 있는 부동산 및 사회기반시설을 무상으로 양여받거나 기부채납 대상물의 무상사용권을 제공받는 경우

(2) 지방세법 시행령(2023.3.14. 대통령령 제33325호로 개정된 것)

제20조[취득의 시기 등] ⑦「주택법」제11조에 따른 주택조합이 주택건설사업을 하면서 조합원으로부터 취득하는 토지 중 조합원에게 귀속되지 아니하는 토지를 취득하는 경우에는「주택법」제49조에 따른 사용검사를 받은 날에 그 토지를 취득한 것으로 보고,「도시 및 주거환경정비법」제35조 제3항에 따른 재건축조합이 재건축사업을 하거나「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」제23조 제2항에 따른 소규모재건축조합이 소규모재건축사업을 하면서 조합원으로부터 취득하는 토지 중 조합원에게 귀속되지 아니하는 토지를 취득하는 경우에는「도시 및 주거환경정비법」제86조 제2항 또는「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」제40조 제2항에 따른 소유권이전 고시일의 다음 날에 그 토지를 취득한 것으로 본다.

(3) 농어촌특별세법

제4조[비과세] 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 농어촌특별세를 부과하지 아니한다.

11. 대통령령으로 정하는 서민주택 및 농가주택에 대한 취득세

(4) 농어촌특별세법 시행령

제4조[비과세] ④ 법 제4조 제9호 및 제11호에서 “대통령령으로 정하는 서민주택”이란「주택법」제2조 제6호에 따른 국민주택 규모(「건축법 시행령」별표 1 제1호다목에 따른 다가구주택의 경우에는 가구당 전용면적을 기준으로 한다) 이하의 주거용 건물과 이에 부수되는 토지(국가, 지방자치단체 또는「한국토지주택공사법」에 따라 설립된 한국토지주택공사가 해당 주택을 건설하기 위하여 취득하거나 개발ㆍ공급하는 토지를 포함한다)로서 주택바닥면적(아파트ㆍ연립주택 등 공동주택의 경우에는 1세대가 독립하여 구분ㆍ사용할 수 있도록 구획된 부분의 바닥면적을 말한다)에 다음 표의 용도지역별 적용배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지를 말한다.

(5) 주택법

제2조[정의] 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

6. “국민주택규모”란 주거의 용도로만 쓰이는 면적(이하 “주거전용면적”이라 한다)이 1호(戶) 또는 1세대당 85제곱미터 이하인 주택(「수도권정비계획법」제2조 제1호에 따른 수도권을 제외한 도시지역이 아닌 읍 또는 면 지역은 1호 또는 1세대당 주거전용면적이 100제곱미터 이하인 주택을 말한다)을 말한다. 이 경우 주거전용면적의 산정방법은 국토교통부령으로 정한다.

(6) 도시개발법

제34조[체비지 등] ① 시행자는 도시개발사업에 필요한 경비에 충당하거나 규약ㆍ정관ㆍ시행규정 또는 실시계획으로 정하는 목적을 위하여 일정한 토지를 환지로 정하지 아니하고 보류지로 정할 수 있으며, 그 중 일부를 체비지로 정하여 도시개발사업에 필요한 경비에 충당할 수 있다.

제42조[환지처분의 효과] ① 환지 계획에서 정하여진 환지는 그 환지처분이 공고된 날의 다음 날부터 종전의 토지로 보며, 환지 계획에서 환지를 정하지 아니한 종전의 토지에 있던 권리는 그 환지처분이 공고된 날이 끝나는 때에 소멸한다.

⑤ 제34조에 따른 체비지는 시행자가, 보류지는 환지 계획에서 정한 자가 각각 환지처분이 공고된 날의 다음 날에 해당 소유권을 취득한다. 다만, 제36조 제4항에 따라 이미 처분된 체비지는 그 체비지를 매입한 자가 소유권 이전 등기를 마친 때에 소유권을 취득한다.

(7) 도시 및 주거환경정비법

제69조[다른 법령의 적용 및 배제] ② 정비사업과 관련된 환지에 관하여는「도시개발법」제28조부터 제49조까지의 규정을 준용한다. 이 경우 같은 법 제41조 제2항 본문에 따른 “환지처분을 하는 때”는 “사업시행계획인가를 하는 때”로 본다.

제86조[이전고시 등] ② 사업시행자는 제1항에 따라 대지 및 건축물의 소유권을 이전하려는 때에는 그 내용을 해당 지방자치단체의 공보에 고시한 후 시장ㆍ군수등에게 보고하여야 한다. 이 경우 대지 또는 건축물을 분양받을 자는 고시가 있은 날의 다음 날에 그 대지 또는 건축물의 소유권을 취득한다.

제87조[대지 및 건축물에 대한 권리의 확정] ③ 제79조 제4항에 따른 보류지와 일반에게 분양하는 대지 또는 건축물은「도시개발법」제34조에 따른 보류지 또는 체비지로 본다.