1. 처분개요

  가. 청구인들은 2022.5.31. 서울특별시 강동구 OOO소재 부동산(이하 “쟁점①부동산”이라 한다)와 같은 동 OOO소재 부동산(이하 “쟁점②부동산”이라 하고, 쟁점①부동산과 함께 “쟁점부동산”이라 한다)을 취득하고, 「지방세법」제11조 제1항 제8호 다목의 세율(1천분의 30)을 적용하여 아래 ＜표＞와 같이 취득세 등 합계 OOO원(이하 “이 건 취득세”라 한다)을 처분청에 신고·납부하였다.

＜표＞ 쟁점부동산 취득세 신고내역

(단위 : 원)

○○○

  나. 이후 청구인들은 2025.4.23. 쟁점부동산의 취득이 「지방세특례제한법」제31조의5 제1항(이하 “쟁점규정”이라 한다)에 따른 공공주택사업자의 임대가 목적인 주택을 건축하여 공공주택사업자에게 매도하기로 약정을 체결한 자가 해당 주택 등을 건축하기 위하여 취득하는 부동산에 해당되므로 기 납부한 취득세 등의 일부가 환급되어야 한다는 사유로 하여 경정청구를 하였으나, 처분청은 2025.6.5. 이를 거부하였다.

  다. 청구인들은 이에 불복하여 2025.6.18. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인들 주장 및 처분청 의견

  가. 청구인들 주장

쟁점규정은 민간사업자가 신축한 주택을 한국토지주택공사, 서울주택도시공사 등(이하 “공공주택사업자”라 한다)이 매입하기로 약정을 체결하고, 그 주택을 매입한 후 임대용으로 공급하는 사업(이하 “민간신축 임대약정 사업”이라 한다)을 지원하여 주거안정 및 주거비 부담완화를 도모하기 위함으로 그 사업의 절차상 신축주택의 매입약정(이하 “매입약정”이라 한다)이 그 사업에 사용될 토지 및 종전 건축물(이하 “사업부지 등”이라 한다)의 취득보다 선행할 수는 없으므로 쟁점부동산을 취득한 이후에 그 토지 지상에 주거용 건축물(이하 “이 건 건축물”이라 한다)을 신축하여 서울주택도시공사에게 토지와 이 건 건축물을 매도하기로 매입약정을 체결하였다고 하더라도 쟁점규정의 적용대상으로 보아야 하므로 처분청이 청구인의 경정청구를 거부한 처분은 부당하다.

  나. 처분청 의견

조세법률주의의 원칙상 감면요건의 판단은 그 규정을 엄격하게 해석하여야 하는바, 청구인들이 쟁점부동산을 취득할 당시 감면규정에서는 ‘임대가 목적인 주택을 건축하여 공공주택사업자에게 매도약정을 체결한 자’라고 명확히 규정하고 있고, 행정안전부가 2024.12.31. 쟁점규정을 개정하여 현행 규정에서도 매도이행약정 체결 전 매도신청자가 토지 소유권을 완전히 확보해야 한다는 사업절차를 반영하기 위하여 감면요건에 ‘주택 등을 건축하기 위하여 부동산을 취득한 날부터 60일 이내에 공공주택사업자에게 매도하기로 약정을 체결한 자’를 포함하도록 개정하였다.

청구인들은 2022.5.31. 쟁점부동산을 취득하였고, 60일이 경과한 2022.8.25. 서울도시주택공사와 매도이행약정을 체결하였는바, 쟁점규정의 취지와 사업절차 등을 고려하더라도 쟁점부동산의 취득은 쟁점규정에 따른 감면대상으로 볼 수 없으므로 처분청이 청구인의 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

  가. 쟁점

청구인들이 쟁점부동산을 취득한 후 공공주택사업자와 매입약정을 체결한 경우에도 「지방세특례제한법」제31조의5 제1항의 적용대상에 해당되는지 여부

  나. 관련 법룰 : ＜별지＞ 기재

  다. 사실관계 및 판단

   (1) 청구인들과 처분청이 제시한 자료에 따르면 아래와 같은 사실이 나타난다.

    (가) 청구인들은 2020.5.11. 건설업(단독주택 건설업)을 영위하고자 「부가가치세법」 제8조 제1항에 따라 사업자 등록을 한 것으로 확인된다.

    (나) 청구인들은 2022.5.31. 쟁점부동산을 취득하고, 「지방세법」제13조의2 및 같은 법 시행령 제28조의2 제8호 나목 4)의 규정을 적용하여 같은 법 제11조 제1항 제8호의 표준세율을 적용하여 이 건 취득세를 신고하였다.

    (다) 청구인들은 쟁점부동산 지상의 건축물을 철거하고 건축물대장을 말소하였으며, 쟁점부동산을 취득한 후 1년 이내인 2022.10.23. 건축공사에 착공하였으며, 2023.6.8. 건축물 신축을 완료하였다.

    (라) 행정안전부는 2021.12.28. 쟁점규정을 신설한 후 2022년도 2월에 “2022년도 시행 「지방세특례제한법」 및 하위법령 개정내용(적용요령)”을 아래와 같이 통보하였다.

＜ 2022년도 「지방세특례제한법」 개정 및 적용요령 ＞

○○○

    (마) 이후 행정안전부는 2024.12.31. 쟁점규정을 개정한 후 2025년도 2월에 “2025년도 시행 「지방세특례제한법」 및 하위법령 개정내용(적용요령)”을 아래와 같이 통보하였다.

＜ 2025년도 「지방세특례제한법」 개정 및 적용요령 ＞

○○○

    (바) 국토교통부의 2020.11.19. “서민·중산층 주거안정 지원방안” 관련 보도자료 중 “신축 매입약정 임대주택 공급 확대 및 품질 향상” 부분을 보면 아래와 같이 쟁점규정을 신설하는 것이 포함되어 있다.

    (사) 청구인은 민간신축 임대약정 사업의 절차가 사업부지 등을 취득한 후에야 매입약정을 체결하는 것이 가능하다고 주장하면서 서울주택도시공사 홈페이지상 민간신축 임대약정 사업의 절차를 아래와 같이 제출하였고, 그 절차를 보면 공공주택사업자와 매입약정을 체결하기 전 토지소유권을 확보하여야 하는 것으로 기재되어 있다.

＜ 서울주택도시공사의 민간신축 임대약정 사업의 절차 ＞

○○○

    (자) 청구인들은 서울도시주택공사에 신청한 매입임대주택 매도신청에 대하여, 서울주택도시공사는 2022.6.14. 이 건 건축물의 매도신청을 ‘조건부 가결’한 것으로 확인된다.

＜ 서울주택도시공사의 매입심의위원회 결과 통보 ＞

○○○

    (차) 청구인들은 2022.8.25. 서울주택도시공사와 신축할 주택의 매매이행 약정을 체결한 것으로 확인되며, 위 약정서상 매입결정일이 2022.5.31.로 기재되어 있는 사실이 확인된다.

   (2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다.

    (가) 「지방세특례제한법」제31조의5 제1항에서 「공공주택 특별법」에 따른 공공주택사업자의 임대가 목적인 주택을 건축하여 공공주택사업자에게 매도하기로 약정을 체결한 자가 해당 주택 등을 건축하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 10을 2024년 12월 31일까지 경감한다고 규정하고 있고, 같은 조 제3항에서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제1항 및 제2항에 따라 경감받은 취득세를 추징한다고 규정하면서, 그 제1호에서 제1항에 따라 부동산을 취득한 날부터 1년 이내에 공공주택사업자의 임대가 목적인 주택 등을 착공하지 아니한 경우를 규정하고 있다.

    (나) 처분청은 청구인들이 쟁점부동산을 취득한 후 공공주택사업자와 매입약정을 체결하여, 쟁점규정의 적용대상에 해당되지 않는다는 의견이다.

그러나, 해당 감면조항의 쟁점규정의 신설취지가 “신축 매입 주택 등의 약정을 통한 임대주택의 공급 확대 및 서민주거생활 안정지원 등”에 있고, 청구인들의 경우 쟁점부동산을 취득하기 전 이미 서울주택도시공사에 임대약정을 위한 매도신청을 하였으며, 쟁점부동산을 취득한 후 매입약정을 체결한 것으로 확인되는 점, 쟁점규정에 대한 추징규정에서 부동산 취득 후 1년 이내에 미착공 할 경우 추징하도록 보완규정을 두고 있는 점 등에 비추어 볼 때 쟁점부동산을 취득한 후 공공주택사업자와 매입약정을 체결한 경우에도 세제 혜택을 부여하는 것이 합리적이라 하겠으므로 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단된다(조심 2024지204, 2024.5.7., 같은 뜻임).

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「지방세기본법」제96조 제7항과 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령 등

(1) 지방세법

제11조(부동산 취득의 세율) ① 부동산에 대한 취득세는 제10조의2부터 제10조의6까지의 규정에 따른 과세표준에 다음 각 호에 해당하는 표준세율을 적용하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다.

7. 그 밖의 원인으로 인한 취득

가. 농지: 1천분의 30

나. 농지 외의 것: 1천분의 40

8. 제7호나목에도 불구하고 유상거래를 원인으로 주택[「주택법」 제2조제1호의 주택으로서 「건축법」에 따른 건축물대장ㆍ사용승인서ㆍ임시사용승인서나 「부동산등기법」에 따른 등기부에 주택으로 기재{「건축법」(법률 제7696호로 개정되기 전의 것을 말한다)에 따라 건축허가 또는 건축신고 없이 건축이 가능하였던 주택(법률 제7696호 건축법 일부개정법률 부칙 제3조에 따라 건축허가를 받거나 건축신고가 있는 것으로 보는 경우를 포함한다)으로서 건축물대장에 기재되어 있지 아니한 주택의 경우에도 건축물대장에 주택으로 기재된 것으로 본다}된 주거용 건축물과 그 부속토지를 말한다. 이하 이 조에서 같다]을 취득하는 경우에는 다음 각 목의 구분에 따른 세율을 적용한다. 이 경우 지분으로 취득한 주택의 취득당시가액(제10조의3 및 제10조의5제3항에서 정하는 취득당시가액으로 한정한다. 이하 이 호에서 같다)은 다음 계산식에 따라 산출한 전체 주택의 취득당시가액으로 한다.

가. 취득당시가액이 6억원 이하인 주택: 1천분의 10

나. 취득당시가액이 6억원을 초과하고 9억원 이하인 주택: 다음 계산식에 따라 산출한 세율. 이 경우 소수점이하 다섯째자리에서 반올림하여 소수점 넷째자리까지 계산한다.

다. 취득당시가액이 9억원을 초과하는 주택: 1천분의 30

(2) 지방세법 시행령

제28조의2(주택 유상거래 취득 중과세의 예외) 법 제13조의2제1항을 적용할 때 같은 항 각 호 외의 부분에 따른 주택(이하 이 조 및 제28조의3부터 제28조의6까지에서 “주택”이라 한다)으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택은 중과세 대상으로 보지 않는다.

8. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택으로서 멸실시킬 목적으로 취득하는 주택. 다만, 나목5)의 경우에는 정당한 사유 없이 그 취득일부터 2년이 경과할 때까지 해당 주택을 멸실시키지 않거나 그 취득일부터 6년이 경과할 때까지 주택을 신축하지 않은 경우는 제외하고, 나목6)의 경우에는 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 주택을 멸실시키지 않거나 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 주택을 신축하여 판매하지 않은 경우는 제외하며, 나목5) 및 6) 외의 경우에는 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 주택을 멸실시키지 않거나 그 취득일부터 7년이 경과할 때까지 주택을 신축하지 않은 경우는 제외한다.

가. 「공공기관의 운영에 관한 법률」 제4조에 따른 공공기관 또는 「지방공기업법」 제3조에 따른 지방공기업이 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」 제4조에 따른 공익사업을 위하여 취득하는 주택

나. 다음 중 어느 하나에 해당하는 자가 주택건설사업을 위하여 취득하는 주택. 다만, 해당 주택건설사업이 주택과 주택이 아닌 건축물을 한꺼번에 신축하는 사업인 경우에는 신축하는 주택의 건축면적 등을 고려하여 행정안전부령으로 정하는 바에 따라 산정한 부분으로 한정한다.

4) 「주택법」 제4조에 따라 등록한 주택건설사업자

6) 주택신축판매업[한국표준산업분류에 따른 주거용 건물 개발 및 공급업과 주거용 건물 건설업(자영건설업으로 한정한다)을 말한다]을 영위할 목적으로 「부가가치세법」 제8조제1항에 따라 사업자 등록을 한 자

(4) 지방세특례제한법

제31조의5(공공주택사업자의 임대 목적으로 주택을 매도하기로 약정을 체결한 자에 대한 감면) ① 「공공주택 특별법」에 따른 공공주택사업자(이하 이 조에서 “공공주택사업자”라 한다)의 임대가 목적인 주택을 건축하여 공공주택사업자에게 매도하기로 약정을 체결한 자가 해당 주택 등을 건축하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 10을 2024년 12월 31일까지 경감한다.

② 공공주택사업자의 임대가 목적인 주택을 건축하여 공공주택사업자에게 매도하기로 약정을 체결한 자가 해당 주택 등을 건축하여 최초로 취득하는 경우에는 취득세의 100분의 10을 2024년 12월 31일까지 경감한다.

③ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제1항 및 제2항에 따라 경감받은 취득세를 추징한다.

1. 제1항에 따라 부동산을 취득한 날부터 1년 이내에 공공주택사업자의 임대가 목적인 주택 등을 착공하지 아니한 경우

2. 제2항에 따라 최초로 취득한 주택 등을 6개월 이내에 공공주택사업자에게 매도하지 아니한 경우

(5) 공공주택 특별법

제43조(공공주택사업자의 기존주택등 매입) ① 공공주택사업자는 「주택법」 제49조에 따른 사용검사 또는 「건축법」제22조에 따른 사용승인을 받은 건축물로서 대통령령으로 정하는 규모 및 기준의 주택 등(이하 “기존주택등”이라 한다)을 매입하여 공공매입임대주택으로 공급할 수 있다.

② 국가 또는 지방자치단체는 공공주택사업자가 제1항에 따라 기존주택등을 매입하는 경우 재정이나 주택도시기금에 따른 공공주택 건설자금지원 수준을 고려하여 공공주택사업자를 지원할 수 있다.

③ 「주택법」 제15조에 따른 사업계획승인권자 또는 「건축법」 제11조에 따른 허가권자는 주택을 건설하여 제1항에 따라 공공주택사업자에게 매도하기로 약정을 체결한 자가 「주택법」 제15조에 따른 사업계획승인을 신청하거나 「건축법」 제11조에 따른 건축허가를 신청하는 경우 「주차장법」 제12조의3, 제19조 및 「주택법」 제35조에도 불구하고 대통령령으로 정하는 주차장의 설치기준을 적용할 수 있다.

④ 공공주택사업자는 국토교통부장관이 정하는 특별한 사정이 없으면 제3항에 따른 주차장 설치기준을 적용받아 주택을 건설한 자가 「주택법」 제49조에 따른 사용검사 또는 「건축법」 제22조에 따른 사용승인을 받은 날부터 1개월 이내에 그 주택의 매도를 요청하여야 한다.

⑤ 제4항에 따른 매도 요청을 받은 자는 매도 요청을 받은 날부터 2개월 이내에 그 주택을 매도하여야 한다.

⑥ 제4항에 따라 매도 요청을 받은 자가 제5항에 따라 매도하지 않는 경우 공공주택사업자는 「주택법」 제49조에 따른 사용검사권자 또는 「건축법」 제22조에 따른 사용승인권자에게 그 사실을 통보하여야 한다.

⑦ 기존주택등의 매입절차 및 공공주택사업자에 대한 재정지원에 필요한 사항은 대통령령으로 정하며, 매입기준 등은 국토교통부장관이 별도로 정하는 바에 따른다.

(6) 공공주택 특별법 시행령

제37조(기존주택등의 매입) ① 법 제43조 제1항에서 “대통령령으로 정하는 규모 및 기준의 주택 등”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택 또는 건축물을 말한다.

1. 「건축법 시행령」 별표 1 제1호 가목부터 다목까지에 따른 단독주택, 다중주택 및 다가구주택

2. 「건축법 시행령」 별표 1 제2호에 따른 공동주택(「주택법」 제2조 제6호에 따른 국민주택규모 이하인 것만 해당한다)

3. 「건축법 시행령」 별표 1 제3호, 제4호, 제11호, 제12호, 제14호 또는 제15호에 따른 제1종 근린생활시설, 제2종 근린생활시설, 노유자시설, 수련시설, 업무시설 또는 숙박시설의 용도로 사용하는 건축물

② 공공주택사업자는 법 제43조 제1항에 따라 기존주택등을 매입하면서 같은 조 제2항에 따른 지원을 받으려면 다음 각 호의 사항을 포함한 매입계획을 수립하여 미리 국토교통부장관의 승인을 받아야 한다. 다만, 제4호부터 제6호까지의 사항은 기존주택등을 매입하여 개량(기존주택등을 철거한 후 다시 건설한 경우를 포함하며, 기존주택등의 세대수ㆍ구조 등의 변경 없이 보수하는 경우는 제외한다. 이하 같다)한 후 공공임대주택으로 공급하려는 경우만 작성한다.

1. 매입 대상인 기존주택등의 호수

2. 매입 시기

3. 매입에 드는 비용

4. 개량 후 주택 호수

5. 개량 기간

6. 개량에 드는 비용

③ 공공주택사업자는 제2항에 따라 국토교통부장관의 승인을 받았으면 매입 대상인 기존주택등의 소유자와 매입가격 등 매입조건에 관하여 협의하고 매입절차를 마쳐야 한다.

④ 법 제43조 제1항에 따라 공공주택사업자에게 매도하기로 약정을 체결한 주택의 경우 세대당 전용면적이 30제곱미터 미만인 세대는 같은 조 제3항에 따라 세대당 주차대수 기준을 0.3대로 적용할 수 있다.

⑤ 법 제43조 제1항에 따라 공공주택사업자에게 매도하기로 약정을 체결한 제1항 제3호의 건축물로서 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 건축물에 대해서는 해당 건축물을 공공임대주택으로 사용하는 기간 동안 제1호에 따라 용도변경을 하기 전의 용도를 기준으로 「주차장법」 제19조에 따른 부설주차장 설치 기준을 적용할 수 있다.

1. 해당 건축물을 「주택법 시행령」 제4조 각 호의 용도로 변경할 것

2. 세대별 전용면적이 30제곱미터 미만일 것

3. 임대기간 동안 자동차(「장애인복지법」 제39조 제2항에 따른 장애인사용자동차등표지를 발급받은 자동차는 제외한다)를 소유하지 않을 것을 임차인 자격요건으로 하여 임대할 것

⑥ 법 제43조에 따라 매입한 기존주택등의 입주자격, 임대조건 등 그 기존주택등을 공공주택으로 공급하는 데 필요한 사항은 국토교통부장관이 정한다.

(7) 기존주택등 매입임대주택 업무처리지침

제3조(정의) 이 지침에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. "매입임대주택"이란 국가나 지방자치단체의 재정이나 주택도시기금의 자금을 지원받아 기존주택을 매입하여 개보수하거나 개량한 후 제4조의 공급방식 및 사업유형에 따라 공급하는 공공임대주택을 말한다.

2. "청년"이란 대학생(입주신청일 현재 해당연도 입학 및 복학 예정자를 포함한다), 대학 또는 「초·중등교육법」제2조 제3항에 따른 고등·고등기술학교를 졸업하거나 중퇴한 후 2년 이내인 사람(졸업유예자 포함)으로서 직장에 재직 중이지 않은 사람(이하 "취업준비생"이라 한다), 19세 이상 39세 이하인 사람을 말한다.

제5조(매입계획의 승인 등) ① 공공주택사업자가 기존주택등을 매입하는 경우 재정이나 주택도시기금의 자금을 지원받기 위해서는 매입호수, 매입시기, 매입비용 등의 사항이 포함된 별지 제1호 서식의 매입계획 승인 신청서를 국토교통부장관에게 제출하여 승인을 받아야 한다.

② 제1항에 따라 국토교통부장관의 승인을 받은 공공주택사업자는 매입주택의 규모 및 구조 등을 감안하여 지역별 수량, 사업유형, 가구원수에 따른 공급유형 등을 분류한 공급물량을 관할 특별시장·광역시장·도지사 또는 특별자치도지사(이하 "도지사 등"이라 함)및 시·군·구청장(이하 "시장 등"이라 함)에게 통보하여야 한다. 이 경우 공공주택사업자는 제30조, 제38조, 제39조에 따른 운영기관에 공급계획인 주택에 대한 자료를 제공할 수 있다.

③ 제2항의 공급물량에 대하여 도지사 등은 필요한 경우에 시장 등 및 공공주택사업자와 협의하여 공급방식 및 사업유형별 물량을 조정·배분한다.

제6조(기존주택등의 매입기준 등) ① 공공주택사업자가 일반가구용으로 매입할 수 있는 기존주택등은 다음과 같다.

1. 일반 매입임대주택 : 매입대상 주택은 건축물 연령 15년 이내의 주택으로서 「건축법 시행령」 별표 1 제1호의 단독주택·다중주택·다가구주택, 별표 1 제2호의 공동주택 및 제14호 나목에 따른 오피스텔(바닥난방, 취사시설 등을 구비하여 주거용으로 이용하는 경우) 중「주택법」 제2조 제6호에 따른 국민주택규모 이하의 주택으로 한다.

2. 청년 매입임대주택 : 매입대상 주택은 제1호와 같이 하되, 대학교 인근 등 청년층의 수요가 많고 철도역·버스환승시설 인근 등 교통이 편리한 지역의 주택을 매입하고, 매입 시 세부 평가기준 등에 대해서는 공공주택사업자가 국토교통부장관과 협의하여 정할 수 있다.

제6조의3(약정을 통한 주택의 매입절차 등) ① 공공주택사업자는 법 제43조 제3항 및 영 제37조 제4항에 따른 주차장 설치 기준을 적용받은 주택을 매입하기로 약정계약을 체결하는 경우 별지 제3호 서식에 따른 매입약정증명서를 작성하여야 한다.

② 공공주택사업자와 약정계약을 체결한 자는 제1항에 따른 매입약정증명서가 작성되는 즉시 「주택법」제15조에 따른 사업계획승인권자 또는 「건축법」제11조에 따른 허가권자에게 이를 제출하여야 한다.

③ 법 제43조 제4항의 "국토교통부장관이 정하는 특별한 사정"은 다음 각 호에 따른다.

1. 약정계약 체결 내용과 「주택법」제49조에 따른 사용검사 또는 「건축법」제22조에 따른 사용승인을 받은 주택이 서로 다른 경우

2. 품질점검 및 점검사항 이행의무 등 약정내용에 따른 이행의무를 다하지 않는 경우

3. 공공주택사업자가 유치권 등의 사유로 권리흠결 또는 하자 없이 주택을 명도받거나 소유권 확보가 어려운 경우