1. 처분개요

  가. 청구법인은 2006.10.18. 서울특별시 강남구 OOO에 설립되어, 2008.2.29. 국토교통부장관에게 「주택법」제4조에 따른 주택건설사업 등록을 마친 법인으로, 2021.12.28. 주식회사 AAA(이하 “이 건 위탁법인”이라 한다)과 경기도 성남시 OOO(이하 “이 건 토지”라 한다)에 주택을 건축하여 분양하는 것을 목적으로 하는 관리형토지신탁계약(이하 “이 건 신탁계약”이라 한다)을 체결하였다.

  나. 청구법인은 2023.8.25. 위 계약에 따라 이 건 토지 지상에 OOO(이하 “쟁점주택”이라 한다)를 신축하여 취득한 후, 2023.9.22. 처분청에 「지방세법」제11조 제1항의 표준세율을 적용하여 산출한 취득세 등 합계 OOO원을 신고․납부하였다.

  다. 처분청은 이후 이 건 위탁법인에 대한 세무조사 결과 해당 법인의 사실상 본점이 대도시에 소재하고 있다고 보고, 「신탁법」에 따른 수탁자가 취득한 신탁재산에 대한 취득세 중과여부는 위탁자를 기준으로 판단해야 하므로, 청구법인의 쟁점주택 취득에 대하여 「지방세법」제13조 제2항 및 같은 법 시행령 제27조 제6항에 따른 취득세 중과가 적용되어야 한다고 보아, 2024.6.10. 청구법인에게 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원 합계 OOO원을 부과․고지하였다.

  라. 청구법인은 이에 불복하여 2024.9.5. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

  가. 청구법인 주장

   (1) 조세심판원은 이 건 위탁법인의 본점이 대도시가 아닌 경기도 OOO에 소재한 것으로 보아야 한다고 결정한바, 해당 법인의 사실상 본점이 대도시에 있음을 전제로 이루어진 이 건 취득세 등 부과처분 역시 취소되어야 한다.

    (가) 조세심판원은 최근 이 건 위탁법인의 사실상 본점이 대도시(서울특별시 성북구 OOO)에 소재한 것으로 보아 해당 법인의 이 건 토지 취득에 대하여 취득세를 중과할 수 있는지 여부가 문제된 사건에서, 이 건 위탁법인의 본점은 대도시 밖(경기도 OOO)에 있으므로 위 토지의 취득에 대하여 취득세를 중과할 수 없다고 판단하였다(조심 2024지911, 2025.9.10. 참조).

    (나) 이 건 취득세 등 부과처분은 이 건 위탁법인의 본점이 대도시에 있음을 전제로, 해당 법인을 기준으로 판단할 경우 청구법인의 쟁점주택 취득이 ‘대도시에서의 법인 설립 이후 5년 이내에 하는 부동산 취득’에 해당하여 취득세가 중과되어야 한다고 본 것이므로, 조세심판원 결정에 따라 이 건 위탁법인의 본점이 대도시 밖에 있는 것으로 확인된 이상 이 건 취득세 등 부과처분도 마땅히 취소되어야 한다.

   (2) 쟁점주택이 대도시 중과 제외 업종에 직접 사용할 목적으로 취득한 부동산에 해당하는지 여부는 해당 주택의 소유자인 청구법인을 기준으로 판단되어야 하는바, 이 건 취득세 등 부과처분은 이 점에서도 위법하여 취소되어야 한다.

    (가) 「지방세법」제13조 제2항 본문 및 제1호, 같은 법 시행령 제27조 제3항에 따르면 대도시에서 법인을 설립한 이후 5년 이내 부동산을 취득하는 경우 취득세 중과 대상에 해당하나, 「지방세법」제13조 제2항 단서 및 같은 법 시행령 제26조 제1항 제3호는 「주택법」제4조에 따라 국토교통부에 등록된 주택건설사업에 직접 사용할 목적으로 부동산을 취득하는 경우 이를 취득세 중과대상에서 제외한다고 규정하고 있다.

대법원은 위 규정의 취지에 대하여 일정한 자격을 갖추고 등록된 주택건설사업자로 하여금 주택의 건설기준이나 규모, 주택의 공급조건, 방법 및 절차에 관하여 엄격한 기준을 설정하여 이를 준수하게 하는 등의 규제를 함과 아울러 주택건설을 촉진함으로써 대도시 내의 주택이 없는 국민의 주거 생활의 안정을 도모하고 그 주거수준의 향상을 기하는데 있는 것이라고 판시하고 있다(대법원 2000.10.27. 선고 2000두4712 판결 참조).

    (나) 한편 대법원은 신탁재산에 관하여 수탁자 앞으로 소유권이전등기를 마치게 되면, 위탁자와의 내부관계에서 소유권이 위탁자에게 유보되는 것이 아니고 신탁의 효력으로서 신탁재산의 소유권이 수탁자에게 이전되는 결과 수탁자는 신탁재산에 대한 관리권을 가지게 되므로, 수탁자가 신탁재산의 사실상의 소유자가 된다고 일관되게 판시하고 있는바(대법원 2011.2.10. 선고 2010다84246 판결 참조),

주택건설사업자인 수탁자가 관리형신탁계약에 따라 주택을 신축하여 취득하는 경우, 해당 주택의 취득이 취득세 중과 제외대상에 해당하는지 여부는 주택의 사실상 소유자인 그 수탁자를 기준으로 판단되어야 한다.

    (다) 청구법인은 이 건 신탁계약의 수탁자로서 그 계약에 따라 이 건 토지 및 쟁점주택의 소유권과 건축주로서의 지위를 득하였을 뿐만 아니라, 도급 및 설계 등 쟁점주택의 신축과 관련한 모든 계약 또한 자신의 명의로 체결하였다.

쟁점주택의 사실상 소유자인 청구법인이 해당 주택의 취득 당시 「주택법」제4조에 따라 국토교통부장관에게 등록한 주택건설사업자에 해당하고, 위 주택을 주택건설사업에 직접 사용하기 위해 취득하였으며, 이 건 위탁법인은 수익자로서 이익을 분배받은 것에 불과한 이상, 청구법인의 쟁점주택 취득은 「지방세법」제13조 제2항 단서 및 같은 법 시행령 제26조 제1항 제3호에 따른 취득세 중과 제외대상에 해당한다고 보아야 한다.

    (라) 처분청이 이 건 취득세 등 부과처분의 근거로 들고 있는 「지방세법 시행령」제27조 제6항은 위탁자가 신탁재산에 지점을 설치하는 등의 방식으로 해당 재산을 악용하여 취득세 중과를 회피하는 경우를 방지하기 위해 2020.1.1.부터 시행된 규정으로, 쟁점주택과 같이 신탁방식을 통해 대도시 중과 제외 업종에 직접 사용하기 위해 취득하는 부동산의 경우까지 취득세를 중과하기 위해 도입된 규정이 아니다.

만약 처분청의 해석과 같이 위탁자를 기준으로 대도시 중과 제외업종 해당여부를 판단하게 되는 경우, 수탁자가 부동산의 소유주가 될 수밖에 없는 관리형토지신탁계약의 방식을 통한 주택건설사업은 대도시 중과 제외 업종으로 인정받는 것이 원천적으로 불가능하게 된다.

이는 다른 주택건설사업에 비해 관리형토지신탁계약 방식의 주택건설사업을 불합리하게 차별하는 것이고, 나아가 등록 주택건설사업을 대도시 중과 제외 업종으로 규정한 「지방세법」제13조 제2항 단서 및 같은 법 시행령 제26조 제1항 제3호의 취지에 정면으로 반하는 것이므로 타당하지 않다.

    (마) 조세심판원에서도 관리형토지신탁계약에 따른 위탁자가 임대사업자로 등록한 건축물에 대해 수탁자가 「지방세특례제한법」제31조에 따른 감면을 적용받을 수 있는지 여부가 쟁점이 된 사건에서, 그 감면요건의 충족여부에 대한 판단은 납세의무자인 수탁자를 기준으로 판단하는 것이 타당하다고 결정하였으므로(조심 2022지359, 2022.8.2. 참조), 수탁자인 청구법인이 아닌 이 건 위탁법인을 기준으로 취득세 중과 제외여부를 판단한 이 건 취득세 등 부과처분은 취소되어야 한다.

나. 처분청 의견

   (1) 「지방세기본법」제17조 제1항에 따라 과세의 대상이 되는 행위의 사실상 귀속자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속자를 납세의무자로 하여 지방세관계법을 적용해야 한다.

또한 취득세는 본래 재화의 이전이라는 사실 자체를 포착하여 거기에 담세력을 인정하고 부과하는 유통세의 일종으로 취득자가 실질적으로 완전한 내용의 소유권을 취득하는지 여부와 관계없이 사실상의 취득행위 자체를 과세객체로 하는 것인바(대법원 1998.12.8. 선고 98두14228 판결 참조),

청구법인은 이 건 위탁법인과 이 건 신탁계약을 맺고 소유권이전이라는 형식적 법률행위를 통해 신탁재산의 명의와 관리권을 가지는 것에 불과할 뿐, 이 건 신탁계약에 따라 청구법인에 대한 채권과 신탁재산에 대한 물권적 권리를 보장받는 쟁점주택의 실질적 소유자는 이 건 위탁법인이므로, 쟁점주택이 대도시 중과 제외 업종에 직접 사용할 목적으로 취득한 부동산에 해당하는지 여부도 이 건 위탁법인을 기준으로 판단되어야 한다.

   (2) 「지방세법」은 2019.12.31. 개정 이후 제13조 제2항에 따른 대도시 중과 대상 부동산에 “「신탁법」에 따른 수탁자가 취득한 신탁재산을 포함한다”고 명시하였고, 같은 법 시행령 제27조 제6항은 「신탁법」에 따른 수탁자가 취득한 신탁재산의 경우 취득 목적, 법인 또는 사무소 등의 설립․설치․전입 시기 등은 같은 법에 따른 위탁자를 기준으로 판단한다고 명시하였다.

이와 관련하여 행정안전부가 작성한 「지방세법」 제․개정이유서를 보면 “본점․주사무소용이 아닌 부동산을 취득하여 신탁하는 경우 중과세 적용대상에서 배제되는 조세 불형평이 발생하여 취득세 중과 범위를 합리화 하기 위함”이라 기재되어 있는바, 이는 법령 미비를 이용해 취득세 중과를 회피하는 등으로 조세의 불형평이 발생하는 것을 입법적으로 보완한 것이다.

대도시 내 법인설립 등에 대하여 지방세를 중과하는 취지는 대도시 내의 인구와 경제력의 집중을 억제함으로써 대도시 주민의 생활환경을 보전함과 동시에 지역간의 균형발전 내지 지역경제 활성화를 도모하려는데 그 입법목적이 있고, 조세법률주의의 원칙상 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 할 것이므로, 위 각 규정에 따라 주택건설사업자가 아닌 이 건 위탁법인을 기준으로 쟁점주택 취득에 대한 취득세가 중과되어야 한다고 판단한 이 건 취득세 등 부과처분은 정당하다.

   (3) 청구법인의 주장과 같이 대도시 중과 제외업종 해당여부를 수탁자 기준으로 판단하게 될 경우, 「지방세법 시행령」제31조에서 규정하고 있는 대도시 중과 부동산에 대한 사후관리기간(5년)보다 「지방세법」제13조 제3항 제2호에 따른 대도시 중과 제외 부동산에 대한 사후관리기간(2년)이 짧은 점과, 「지방세법」제9조 제3항에 따라 위․수탁자간 신탁재산 이전 시 취득세가 비과세되는 점을 이용하여 대도시 내 신설법인이 취득세 중과를 회피하는 수단으로 악용될 우려가 다분하다.

조세심판원에서도 수탁법인이 휴면상태인 법인을 인수하여 설립한 것으로 간주된 위탁법인과 신탁계약을 체결한 후, 부동산을 신축하여 취득하고 표준세율을 적용하여 취득세를 신고․납부한 건에 대하여, 수탁자가 취득한 신탁재산이 ‘과밀억제권역 안 취득세 등을 중과하는 부동산’에 해당하는지 여부는 위탁자를 기준으로 판단하는 것이 타당하다고 결정하였으므로(조심 2021지5598, 2022.9.29. 참조), 이 건 취득세 등 부과처분은 달리 잘못이 없다 할 것이다.

3. 심리 및 판단

  가. 쟁점

쟁점주택의 취득이 「지방세법」제13조 제2항 단서 및 「지방세법」제26조 제1항 제3호에 따른 취득세 중과 제외대상에 해당하는지 여부

  나. 관련 법령 : ＜별지＞ 참조

  다. 사실관계 및 판단

   (1) 청구인 및 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다.

    (가) 청구법인은 2006.10.18. 서울특별시 강남구 OOO에 설립되어, 2008.2.29. 국토교통부장관에게 「주택법」제4조에 따른 주택건설사업 등록을 마친 법인으로, 2021.12.28. 이 건 위탁법인과 이 건 토지에 주택을 건축하여 분양하는 것을 목적으로 하는 이 건 신탁계약을 체결하였다.

    (나) 이 건 위탁법인은 2021.3.2. 주택건설사업 등을 목적으로 하여 서울특별시 성북구 OOO에 설립된 법인으로, 2021.4.9. 경기도 OOO으로 본점을 이전하고, 2021.4.29. 이 건 토지를 취득한 후 처분청에 표준세율을 적용하여 산출한 취득세 등 합계 OOO원을 신고․납부하였다.

    (다) 처분청은 이 건 위탁법인에 대한 세무조사 결과 해당 법인의 사실상 본점이 서울특별시 성북구 OOO에 있다고 판단하고, 이 건 토지의 취득이 대도시에서 법인을 설립한 이후 5년 이내에 하는 부동산 취득에 해당한다고 보아, 2024.2.7. 이 건 위탁법인에게 「지방세법」제13조 제2항 제1호 및 같은 법 시행령 제27조 제3항에 따른 중과세율을 적용하여 산출한 취득세 등 합계 OOO원을 부과․고지하였다.

    (라) 처분청은 이후 이 건 위탁법인의 사실상 본점이 대도시에 소재하고 있고, 「신탁법」에 따른 수탁자가 취득한 신탁재산에 대한 취득세 중과여부는 위탁자를 기준으로 판단해야 하므로, 청구법인의 쟁점주택 취득에 대하여 「지방세법」제13조 제2항 및 같은 법 시행령 제27조 제6항에 따른 취득세 중과가 적용되어야 한다고 보아, 2024.6.10. 청구법인에게 취득세 등 합계 OOO원을 부과․고지하였다.

    (마) 이 건 위탁법인은 처분청의 취득세 등 부과처분에 불복하여 2024.4.8. 심판청구를 제기하였고, 우리 원은 2025.9.10. 그 청구를 인용하는 결정을 하였다(조심 2024지911, 2025.9.10.).

＜표1＞ 조심 2024지911, 2025.9.10.의 주요내용

◯◯◯

    (바) 청구법인의 쟁점주택 취득일(2023.8.25.) 현재 이 건 위탁법인의 본점이 소재한 경기도 OOO는 「지방세법」제13조 제2항에서 ‘대도시’로 규정하고 있는 「수도권정비계획법」제6조에 따른 과밀억제권역에 해당하지 않는 것으로 확인된다.

   (2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다.

    (가) 「지방세법」제13조 제2항 본문 및 제1호와 「지방세법 시행령」제27조 제3항은 대도시에서 법인을 설립한 이후 5년 이내 부동산을 취득하는 경우 취득세 중과 대상에 해당한다고 규정하고 있고, 「지방세법 시행령」제27조 제6항은 「지방세법」제13조 제2항을 적용할 때 「신탁법」에 따른 수탁자가 취득한 신탁재산의 경우 취득 목적, 법인 또는 사무소등의 설립․설치․전입 시기 등은 같은 법에 따른 위탁자를 기준으로 판단한다고 규정하고 있다.

    (나) 처분청은 이 건 위탁법인의 사실상 본점이 대도시(서울특별시 성북구 OOO)에 있다는 전제하에, 위 각 규정에 따라 이 건 위탁법인을 기준으로 판단할 경우 쟁점주택의 취득이 ‘대도시에서 법인을 설립한 이후 5년 이내에 하는 부동산 취득’에 해당하여 취득세가 중과되어야 한다는 의견이다.

    (다) 그러나 우리 원에서 이 건 위탁법인의 이 건 토지 취득에 대한 취득세 중과 여부를 판단하며 해당 법인의 사실상 본점이 대도시 밖(경기도 OOO)에 있다고 인정한 이상(조심 2024지911, 2025.9.10.), 이 건 위탁법인을 기준으로 보더라도 쟁점주택이 ‘대도시에서 법인을 설립한 이후 5년 이내에 취득하는 부동산’에 해당한다고 볼 수 없으므로, 처분청이 청구법인의 쟁점주택 취득에 대하여 취득세를 중과한 이 건 취득세 등 부과처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「지방세기본법」제96조 제7항과 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령

(1) 지방세법

제13조(과밀억제권역 안 취득 등 중과) ② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 부동산(「신탁법」에 따른 수탁자가 취득한 신탁재산을 포함한다)을 취득하는 경우의 취득세는 제11조 제1항의 표준세율의 100분의 300에서 중과기준세율의 100분의 200을 뺀 세율(제11조 제1항 제8호에 해당하는 주택을 취득하는 경우에는 제13조의2 제1항 제1호에 해당하는 세율)을 적용한다. 다만, 「수도권정비계획법」 제6조에 따른 과밀억제권역(「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」을 적용받는 산업단지는 제외한다. 이하 이 조 및 제28조에서 "대도시"라 한다)에 설치가 불가피하다고 인정되는 업종으로서 대통령령으로 정하는 업종(이하 이 조에서 "대도시 중과 제외 업종"이라 한다)에 직접 사용할 목적으로 부동산을 취득하는 경우의 취득세는 제11조에 따른 해당 세율을 적용한다.

1. 대도시에서 법인을 설립[대통령령으로 정하는 휴면(休眠)법인(이하 "휴면법인"이라 한다)을 인수하는 경우를 포함한다. 이하 이 호에서 같다]하거나 지점 또는 분사무소를 설치하는 경우 및 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소를 대도시 밖에서 대도시로 전입(「수도권정비계획법」 제2조에 따른 수도권의 경우에는 서울특별시 외의 지역에서 서울특별시로의 전입도 대도시로의 전입으로 본다. 이하 이 항 및 제28조 제2항에서 같다)함에 따라 대도시의 부동산을 취득(그 설립·설치·전입 이후의 부동산 취득을 포함한다)하는 경우

⑧ 제2항에 따른 중과세의 범위와 적용기준, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정하고, 제1항과 제2항에 따른 공장의 범위와 적용기준은 행정안전부령으로 정한다.

(2) 지방세법 시행령

제26조(대도시 법인 중과세의 예외) ① 법 제13조 제2항 각 호 외의 부분 단서에서 "대통령령으로 정하는 업종"이란 다음 각 호에 해당하는 업종을 말한다.

3. 「해외건설촉진법」에 따라 신고된 해외건설업(해당 연도에 해외건설 실적이 있는 경우로서 해외건설에 직접 사용하는 사무실용 부동산만 해당한다) 및 「주택법」 제4조에 따라 국토교통부에 등록된 주택건설사업(주택건설용으로 취득한 후 3년 이내에 주택건설에 착공하는 부동산만 해당한다)

제27조(대도시 부동산 취득의 중과세 범위와 적용기준) ③ 법 제13조 제2항 제1호에 따른 대도시에서의 법인 설립, 지점·분사무소 설치 및 법인의 본점·주사무소·지점·분사무소의 대도시 전입에 따른 부동산 취득은 해당 법인 또는 행정안전부령으로 정하는 사무소 또는 사업장(이하 이 조에서 "사무소등"이라 한다)이 그 설립·설치·전입 이전에 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 용도로 직접 사용하기 위한 부동산 취득(채권을 보전하거나 행사할 목적으로 하는 부동산 취득은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)으로 하고, 같은 호에 따른 그 설립·설치·전입 이후의 부동산 취득은 법인 또는 사무소등이 설립·설치·전입 이후 5년 이내에 하는 업무용·비업무용 또는 사업용·비사업용의 모든 부동산 취득으로 한다. 이 경우 부동산 취득에는 공장의 신설·증설, 공장의 승계취득, 해당 대도시에서의 공장 이전 및 공장의 업종변경에 따르는 부동산 취득을 포함한다.

⑥ 법 제13조 제2항을 적용할 때 「신탁법」에 따른 수탁자가 취득한 신탁재산의 경우 취득 목적, 법인 또는 사무소등의 설립·설치·전입 시기 등은 같은 법에 따른 위탁자를 기준으로 판단한다.

(3) 수도권정비계획법

제6조(권역의 구분과 지정) ① 수도권의 인구와 산업을 적정하게 배치하기 위하여 수도권을 다음과 같이 구분한다.

1. 과밀억제권역: 인구와 산업이 지나치게 집중되었거나 집중될 우려가 있어 이전하거나 정비할 필요가 있는 지역

(4) 수도권정비계획법 시행령

제9조(권역의 범위) 법 제6조에 따른 과밀억제권역, 성장관리권역 및 자연보전권역의 범위는 별표 1과 같다.

[별표 1] 과밀억제권역, 성장관리권역 및 자연보전권역의 범위(제9조 관련) ＜개정 2017.6.20.＞