1. 처분개요

  가. 청구법인은 2021.4.30. 경기도 남양주시 OOO 토지 1,238.1㎡(종교용지, 이하 “이 건 토지”라 한다)를 취득한 후, 이 건 토지를 종교단체가 종교행위를 목적으로 하는 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산으로 하여 취득세를 면제받았다.

  나. 청구법인은 이 건 토지의 취득일(2021.4.30.)부터 3년(이하 “유예기간”이라 한다) 이내에 이 건 토지를 종교행위에 직접 사용하지 못하였다고 보아 2024.5.3. 이 건 토지의 취득가격 OOO원을 그 과세표준으로 하고「지방세법」제11조 제1항 제7호 나목의 세율(1천분의 40)을 적용하여 산출한 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원(이하 “이 건 취득세 등”이라 한다)을 신고․납부하였다.

  다. 청구법인은 2024.7.10. 이 건 토지를 유예기간 내에 종교행위에 직접 사용하지 못한 데에는 정당한 사유가 있으므로 이 건 취득세 등을 환급하여야 한다는 취지로 이 건 취득세 등의 경정청구를 하였으나 처분청은 2024.9.3. 이를 거부하였다.

  라. 청구법인은 이에 불복하여 2024.10.11. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

  가. 청구법인 주장

    (1) 청구법인은 2021.4.30. 이 건 토지를 취득한 후 2022.1.14. 처분청으로부터 종교용 건축물 6,835.38㎡(지하 5층, 지상 5층 이하 “이 건 건축물”이라 한다)의 건축허가를 받아 2022.2.25. 주식회사 AAA건설(이하 “이 건 시공사”라 한다)과 이 건 건축물의 신축을 위한 도급공사계약(공사기간 : 2022.4.15.～2024.4.15.)을 체결한 후, 2022.4.25. 이 건 건축물의 신축공사를 착공하였다.

    (2) 처분청은 이 건 토지를 취득한 후 1년이 다 된 2022.4.25.에서야 이 건 건축물의 신축공사를 착공하였다고 하여 청구법인이 이 건 토지를 유예기간 내에 종교 행위에 직접 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하지 않았다는 의견이나, 청구법인은 2021.4.30. 이 건 토지를 취득한 후 2021.6.10. BBB 건축사사무소와 설계계약을 체결하고, 지반조사를 실시하였으며, 그 후 2021.11.2. 한국전력에 이 건 토지의 지상에 있는 전주의 이설을 신청하는 등 이 건 건축물을 신축하기 위한 준비 작업에 소홀함이 없었다.

    (3) 청구법인은 이 건 건축물의 신축을 위한 설계 등 사전 작업을 대부분 마무한 후 2021.11.9. 처분청에 건축허가를 신청하고, 시공사 선정을 위한 입찰공고 및 현장설명회를 개최하여 2022.2.18. 이 건 시공사를 시공사로 선정하였으며, 2022.3.16. 이 건 토지에 건축물 신축을 위한 가설울타리를 설치하고 착공 준비를 마쳤으나, 한국전력이 전주 이설 신청일(2021.11.2.)부터 5개월 이상 경과한 2022.4.12.에서야 전주 이설 조치를 완료함에 따라 그 이후인 2022.4.25. 이 건 건축물 신축공사를 착공한 것으로 청구법인이 이 건 건축물의 신축공사를 제때 하지 못한 데에는 한국전력의 귀책도 있다고 할 것이다.

    (4) 또한, 이 건 건축물은 지하 5층, 지상 5층의 종교용 건축물로서 신축공사를 하기 전에 지하안전영향평가와 안전관리계획승인을 받아야 하는데, 청구법인은 여기에 필요한 3개월의 시간을 고려하여 시공사 선정 등을 하면서 안전영향평가 관련 업무 등을 같이 진행하였으며, 그 결과 처분청으로부터 예정대로 지하안전영향평가 승인을 받았고, 2022.4.20. 국토안전원으로부터 안전관리계획 승인을 받았는바, 청구법인은 이 건 건축물의 신축을 위한 사전 준비를 함에 있어 그 시간을 단축하기 위해 최선을 다하였다.

    (5) 이 건 건축물의 신축공사 도급계약서 상 공사완료일은 2024.4.15.이므로 그 계획대로라면 이 건 토지의 유예기간 만료일(2024.4.30.)전에 이 건 건축물의 신축공사를 마치고 종교행위에 직접 사용할 수 있었으나, 이 건 건축물의 신축공사에 대한 인근 주민들의 민원과 이를 해결하는데 약 50일, 화물연대 파업과 폭염 및 장마 등으로 인해 10일 정도의 공사기간이 추가 되어 결국 예정보다 약 3개월 정도 늦은 2024.7.9. 이 건 건축물의 사용승인을 받았으나, 이와 같은 공사기간 연장은 이 건 건축물의 신축 공사를 정상적으로 진행하던 중 예기치 못하게 발생한 외부적인 사유로 인한 것이므로 이를 청구법인의 귀책으로 볼 수는 없다.

    (6) 결국, 청구법인은 이 건 토지를 취득한 후 유예기간 내에 이 건 토지를 종교행위에 직접 사용하기 위해 정상적인 노력을 다하였으나 그 시간이 부족하여 유예기간을 약 2개월 정도 경과한 것으로, 청구법인이 이 건 토지의 유예기간을 경과 한데에는 청구법인으로서는 어쩔 수 없는 정당한 사유가 있다고 할 것임에도 청구법인이 이 건 건축물의 신축공사에 정상적인 노력을 기울이지 않아 그 유예기간을 경과한 것이라고 하여, 이 건 취득세 등의 경정청구를 거부한 처분은 부당하다.

  나. 처분청 의견

    (1)「지방세특례제한법」제50조 제1항 제2호에서 규정하고 있는 “정당한 사유”의 유무는 납세의무자가 수행하는 사업의 공익성을 감안하여 취득세를 부과하지 않는 입법 취지를 충분히 고려하면서 부동산의 취득 목적에 비추어 그 목적 사업에 직접 사용하거나 건축공사에 착공하는 데 걸리는 준비기간의 장단, 목적 사업에 사용할 수 없거나 건축공사에 착공할 수 없는 법령상, 사실상의 장애사유 및 장애정도, 납세의무자가 목적 사업에 사용하거나 건축공사에 착공하기 위하여 진지한 노력을 다하였는지 여부 등을 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 한다(대법원 2014.2.13. 선고 2013두18582 판결).

    (2) 청구법인은 2021.11.2. 한국전력에 이 건 토지에 있는 전주의 이설을 요청하였으나 약 5개월이 경과한 2022.4.12.에서야 이설이 완료되어 그 이전에는 이 건 건축물의 신축공사를 착공할 수 없었다고 주장하나, 청구법인은 이 건 토지의 매매계약을 체결한 2019.8.23. 이후부터 조금만 주의를 기울였다면 이 건 토지의 지반 조사 및 현장 확인을 통해 전주 이설 공사가 필요한지, 민원 등이 발생할 소지가 있는지를 사전에 확인할 수 있었음에도 이 건 토지의 취득일(2021.4.30.)부터 약 6개월이 지나서야 한국전력에 전주 이설 신청을 하였으므로 이는 청구법인의 귀책이라 할 것이고, 화물연대 파업이나 폭염․장마 등으로 공사기간이 추가되었다고 하더라도 그 기간은 10여일에 불과하므로 화물연대 파업 등이 이 건 토지의 직접 사용에 상당한 영향을 주었다고 보기는 어렵다.

    (3) 건축물을 신축하기 위해서는 설계업자 선정, 감리업체 선정, 에너지효율 등급 인증, 지반조사 및 소규모 지하안전영향평가 승인, 구조안전심의, 측량, 비산먼지발생사업 신고, 소음․진동관리법상 특정공사 신고, 안전관리계획서 제출 및 승인, 유해․위험방지계획서 제출 및 승인, 건축허가 등을 위하여 상당한 시간이 소요된다는 사실은 종교단체에 대한 취득세 감면 규정을 적용받는 모든 납세자에게 동일하게적용되는 것으로 청구법인이 위와 같은 업무를 수행하느라 이 건 토지의 유예기간을 경과하였다고 하여, 여기에 정당한 사유가 있다고 볼 수 없고, 청구법인에게 이 건 토지를 유예기간 내에 직접 사용할 수 없는 특별한 사정이 있다고 보기도 어려우므로 처분청이 이 건 취득세 등의 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

  가. 쟁점

  이 건 토지를 유예기간 내에 종교행위를 목적으로 하는 사업에 직접 사용하지 못한 데에 정당한 사유가 있는지 여부

  나. 관련 법률

  지방세특례제한법

제50조[종교단체 또는 향교에 대한 면제] ① 종교단체 또는 향교가 종교행위 또는 제사를 목적으로 하는 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 면제한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 면제된 취득세를 추징한다.

  2. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

  다. 사실관계 및 판단

    (1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다.

      (가) 청구법인은 1996.6.15. 하나님의 지상 명령인 선교를 감당하기 위하여 교회와 사회에 복음을 선포하는 일을 목적으로 하며 기독교 문화를 구현하여 국민 문화와 국가발전과 인류평화에 기여하기 위해 설립된 종교단체로서 현재 본점 소재지는 OOO이다.

      (나) 청구법인은 2021.4.30. 경기도시공사로부터 이 건 토지(경기도 남양주시 OOO)를 OOO원에 취득하고, 처분청으로부터 종교단체가 종교행위를 목적으로 하는 사업에 직접 사용하기 위해 취득하는 부동산으로 하여 취득세 등을 면제받았다.

      (다) 청구법인은 이 건 토지에 이 건 건축물을 신축하기 위하여 아래 <표>와 같은 작업을 진행하였다고 한다.

  <표> 이 건 건축물의 신축공사를 착공하기 전까지 진행 사항

◯◯◯

      (라) 청구법인이 제출한 이 건 건축물의 공사도급계약서 등을 보면, 청구법인은 2022.4.15. 이 건 건축물의 신축공사를 착공하여 2024.4.15. 공사를 완료하는 것으로 기재되어 있으나, 실제로는 2022.4.25. 공사를 착공하여 예정보다 약 2개월 정도 늦은 2024.6.18. 처분청에 이 건 건축물의 사용승인을 신청한 것으로 나타난다.

      청구법인은 터파기 공사를 진행하던 중 인근 주민들의 지속적인 민원 제기(소음 및 진동), 화물연대의 파업(2022.6.4.～2022.6.14.) 및 예년보다 긴 장마와 집중 호우 등으로 인해 이 건 건축물의 신축공사 기간이 예정보다 늘어났다고 주장한다.

      (마) 청구법인은 이 건 토지의 유예기간 만료일(2024.4.30.)까지 이 건 토지를 종교행위에 직접 사용할 수 없다고 보아 2024.5.3. 면제받은 취득세(본세)에 이자상당액을 합한 이 건 취득세 등 OOO원을 신고․납부하였다.

      (바) 청구법인이 제출한 이 건 건축물의 공정 관련 자료를 보면, 2024.5.1. 현재 이 건 건축물의 외관 공사는 모두 완료되었고, 인테리어, 조경 및 음향공사 등만 남아있는 상황(공정율 : 86.7%)이고, 처분청도 이 건 건축물의 공정율 등에 대해서는 이견이 없는 것으로 보인다.

      (사) 처분청이 2024.7.9. 이 건 건축물에 대해 사용승인을 함에 따라 청구법인은 2024.7.10. 이 건 토지를 유예기간 내에 종교행위에 직접 사용하지 못한 데에는 정당한 사유가 있다는 취지로 이 건 취득세 등의 경정청구를 하였으나 처분청은 2024.9.3. 이를 거부하였다.

    (2)「지방세특례제한법」제50조 제1항 본문 및 제2호에서 종교단체가 종교행위를 목적으로 하는 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 면제하되, 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 면제된 취득세를 추징한다고 규정하고 있다.

    (3)「지방세특례제한법」제50조 제1항 제2호에서 규정하고 있는 “정당한 사유”란 법령에 의한 금지, 제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 사유도 포함한다고 할 것이다(대법원 2014.2.13. 선고 2013두18582 판결, 같은 뜻임).

    (4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 건축물의 건축 행위를 해당 용도에 직접 사용하는 것으로 볼 수는 없으나 건축을 하는 동안은 해당 용도에 직접 사용할 수 없는 정당한 사유가 있는 것으로 볼 수 있는 점(조심2020지3428, 2020.12.23. 등 다수),

    청구법인은 이 건 토지를 취득하기 전부터 이 건 건축물의 신축을 위해 설계사업자 선정을 하였고, 이 건 토지를 취득한 후 정상적인 준비 과정(이 건 건축물의 건축허가 등)을 거쳐 이 건 토지의 유예기간이 경과하기 전인 2022.4.25. 이 건 건축물의 신축공사를 착공한 것으로 나타나는 점,

    청구법인은 계획보다 약 2개월 정도 늦은 2024.6.18. 이 건 건축물의 사용승인을 신청하였으나 이는 청구법인이 그 공사를 일부러 늦추거나 방만히 한 결과라기 보다는 예상하지 못한 대내외적인 사정(화물연대 파업 등)에 따른 것이라 할 것인바 청구법인은 이 건 토지를 유예기간 내에 종교행위에 직접 사용하기 위해 꾸준하고 진지한 노력을 다하였으나 그 시간이 부족하여 유예기간을 경과한 것이라 볼 수 있는 점,

    청구법인은 이 건 토지의 유예기간 만료일(2024.4.30.)부터 불과 2개월 정도 경과한 2024.7.9. 이 건 건축물의 사용승인을 받아 이 건 심리일 현재 이 건 토지와 이 건 건축물을 종교사업(교회)에 직접 사용하고 있는 점 등에 비추어, 청구법인이 이 건 토지를 유예기간(3년) 이내에 종교행위를 목적으로 하는 사업에 직접 사용하지 못한 데에는「지방세특례제한법」제50조 제1항 제2호에서 규정하고 있는 정당한 사유가 있다고 보는 것이 타당하다 할 것이므로 처분청이 이 건 취득세 등의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결 론

  이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로「지방세기본법」제96조 제7항,「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.