im-수원지법_2021구합69166_판결서.pdf

1. 처분의 경위

가. 원고는 부동산투자회사법에 따른 위탁관리 부동산투자회사로서, 그 주주로 주식

회사 B(55.78%), 주식회사 C(22.71%), ○○○○○○공사(19.52%), 주식회사 D(1.99%)가

있다.

나. 원고는 2016. 9. 20. 광명시 E 토지 6,068.1㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 한다)를 ○

○○○○○공사로부터 매수하여 취득하였고, 이에 대하여 2016. 9. 20. 피고에게 취득

세 1,219,782,510원, 농어촌특별세 60,989,120원, 지방교육세 121,978,250원 합계

1,402,749,880원 전액을 신고·납부하였다.

다. 원고는 2018. 9. 6. 이 사건 토지 지상에 철근콘크리트구조 콘크리트지붕 10층

사무시설(오피스텔) 건물 45,321.596㎡(F건물, 이하 ‘이 사건 건물’이라 하고, 이 사건

토지와 통칭하여 ‘이 사건 부동산’이라 한다)를 신축하여 취득하였다.

라. 원고는 2018. 8. 24. 구 지방세특례제한법(2018. 12. 24. 법률 제16041호로 개정

되기 전의 것, 이하 ‘지방세특례제한법’이라고만 한다) 제31조의4 제1항에 따라 이 사

건 건물 취득세의 100분의 30을 감면하여 취득세 등 합계 1,449,920,030원을 신고·납

부하였다.

마. 원고는 피고에게 이 사건 토지에 대한 취득세를 경정청구 하여 2018. 10. 24. 피

고로부터 감면세액(취득세의 100분의 30)에 해당하는 358,754,980원을 환급받았다.

바. 피고는 2019. 9. 3. 원고에 대하여, 원고에 대한 국가 등의 출자비율이 100분의

50을 초과하지 아니하여 지방세특례제한법 제31조의4 제1항이 적용되지 않는다고 보

아, 이 사건 토지에 대한 취득세 311,988,510원, 지방교육세 31,177,650원 합계

343,166,160원을 각 결정·고지하였고, 이 사건 건물에 대한 취득세 511,736,490원, 지

방교육세 29,242,080원 합계 540,978,570원을 각 결정·고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’

이라 한다).

사. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나 조세심

판원은 2021. 4. 26. 기각 결정을 하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 6, 12 내지 16호증, 을 제1 내지 5호증(가지

번호 있는 경우 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재 및 변론 전체의 취지

2. 원고의 주장

아래와 같은 이유로 원고는 실질적으로 국가가 50%를 초과하여 출자한 부동산투자

회사이므로 지방세특례제한법 제31조의4 또는 구 지방세특례제한법(2016. 12. 27. 법률

제14477호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 지방세특례제한법’이라 한다) 제31조의4에 따

라 이 사건 부동산의 취득세는 감면되어야 한다.

가. 국가가 운영·관리하는 주택도시기금이 100% 출자금으로 설립된 주식회사 B(이하

‘이 사건 관계회사’라 한다)가 원고에 대한 55.78% 지분권을 갖는 주주이므로, 이는 실

질적으로 원고에 대한 총 출자금 중 국가가 운영·관리하는 주택도시기금이 차지하는

비율은 55.78%로서 100분의 50을 초과하는 것으로 볼 수 있다(이하 ‘1주장’이라 한다).

나. 가사 원고를 ‘국가 등의 소유주식 수의 비율이 100분의 50을 초과하는 경우’로

볼 수 없어 지방세특례제한법 제31조의4가 적용되지 않는다고 하더라도, 이 사건 토지

에 관하여는, 구 지방세특례제한법이 적용되는데, 구 지방세특례제한법 제31조의4 제1

항에서는 “국가 등이 단독 또는 공동으로 출자한 것으로 보는 소유주식 수의 비율이

100분의 50을 초과하는 경우”라고 규정하고 있다. 따라서 이는 국가 등이 부동산투자

회사에 직접 투자하는 경우뿐만 아니라 간접 투자함으로써 국가 등이 출자한 것으로

볼 수 있는 부분까지 포함되는 것으로 볼 수 있으므로, 이 사건 토지에 대한 취득세는

감면되어야 한다(이하 ‘2주장’이라 한다).

3. 관련 법령

별지 관련 법령 기재와 같다.

4. 판단

가. 관련 법리

조세법률주의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조

세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 합리적 이유 없이

확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데 명

백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도

부합한다(대법원 2004. 5. 28. 선고 2003두7392 판결 등 참조).

나. 원고의 1주장에 대한 판단

앞서 인정한 증거들에 의하여 인정할 수 있는 아래와 같은 사정을 고려할 때 이

사건 관계회사가 소유한 주식을 국가가 소유한 주식으로 볼 수 없으므로, 원고는 지방

세특례제한법 제31조의4 제1항에서 정한 “국가가 단독 또는 공동으로 출자한 경우 그

소유주식 수의 비율이 100분의 50을 초과하는 경우”에 해당한다고 볼 수 없다. 따라서

원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

① 주택도시기금법에 따른 주택도시기금으로 100% 출자된 회사라고 하더라도

이 사건 관계회사는 ○○○○○○공사, △△△△보증공사, 국가, 지방공사와는 별개의

법인격을 가진 주체이고, 별도의 명문의 규정 없이 법인격이 다른 두 주체를 동일하게

평가할 수 없다.

② 지방세특례제한법 제15조 제2항 제1호, 제63조 제5항 제1호, 제85조의2 제1

항 제1호에서는 일부 지방공사의 주식 소유자와 관련하여 지방공기업법 제53조 제4

항에 따라 지방자치단체가 출자한 것으로 보는 주식을 지방자치단체의 소유주식으로

보도록 정하고 있고, 지방세특례제한법 제85조의2 제3항 제1호 가목에서는 지방자치단

체가 설립한 공사가 출자한 주식을 그 지방자치단체가 출자한 것으로 본다고 정하고

있다. 이처럼 지방세특례제한법은 적용 대상이 되는 대상의 주식이 누구의 소유인지에

관하여 법인격과 달리 볼 경우 별도의 규정을 마련하고 있는바, 그와 같은 별도의 규

정이 없다면 그 주식 소유의 주체가 누구인지는 법인격에 기초하여 보는 것이 상당하

다.

다. 원고의 2주장에 대한 판단

앞서 인정한 증거들에 의하여 인정할 수 있는 아래와 같은 사정을 고려할 때 이

사건 관계회사가 소유한 주식을 국가가 출자한 것으로 보는 소유주식이라고 볼 수 없

으므로, 원고는 구 지방세특례제한법 제31조의4 제1항에서 정한 “국가 등이 단독 또는

공동으로 출자한 것으로 보는 소유주식 수의 비율이 100분의 50을 초과하는 경우”에

해당한다고 볼 수 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

① 위 나.②에서 본 바와 같이 구 지방세특례제한법 역시 적용 대상이 되는 주식

이 누구의 소유인지에 관하여 법인격과 달리 볼 경우 별도의 구체적 규정을 마련하고

있다.

② 앞서 본 조세법률주의 및 감면규정 엄격해석의 원칙에 비추어 볼 때 국가 등이

‘출자한 것으로 보는 소유주식’이라 함은 국가 등이 직접 출자한 경우 또는 관계 법령

에서 국가 등이 출자한 것으로 의제되는 경우를 의미한다고 봄이 상당하지, 관계 법령

에서 의제 조항이 없음에도 불구하고 임의로 국가 등이 ‘출자한 것으로 보는 경우’로

해석하기는 어렵다.

③ 관계 법령에서 의제 조항이 없음에도 국가 등이 ‘출자한 것으로 보는 경우’가

있다고 할 경우 어떠한 기준에서 국가 등이 출자한 것으로 볼 것인지 기준이 명확하지

아니하다.

5. 결론

원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.