im-의정부지법_2022구합10400_판결서.pdf

1. 처분의 경위

가. 원고들은 2014. 11. 24. D으로부터 ○○시 ○○구 E 대 797.1㎡(이하 ‘이 사건

토지’라고 한다)를 대금 21억 2,000만 원에 함께 매수하여 2015. 10. 13. 그 소유권이

전등기를 마쳤다.

나. 원고들은 2015. 10. 13. 이 사건 토지가 유아교육법에 따른 유치원을 설치․운영

하기 위하여 취득하는 부동산이라는 이유로 구 지방세특례제한법(2015. 12. 29. 법률

제13637호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제19조 제1항, 제177조의2 제1항에 따라

취득세 등의 85%를 경감하여 산출한 취득세 등 합계 14,628,000원을 신고․납부하였

다.

다. 피고는 2021년 ○○도와 함께 지방세 합동조사를 실시한 결과 원고들이 정당한

사유 없이 이 사건 토지의 취득일로부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하

지 않았다고 판단하여 2021. 11. 8. 원고들에 대하여 기존에 감면된 취득세 121,966,560

원, 지방교육세 10,755,050원, 농어촌특별세 5,385,090원 합계 138,106,700원(가산세 포

함)을 부과․고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라고 한다).

라. 원고들은 이 사건 처분에 불복하여 2022. 1. 24. 조세심판원에 심판청구를 하였

으나, 2023. 2. 27. 기각되었다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 8, 9, 11호증, 을 제1, 2호증(가지번호 있는

             것은 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재 및 변론 전체의 취지

2. 피고의 본안 전 항변에 관한 판단

가. 본안 전 항변의 요지

지방세기본법 제98조 제3항은 “제89조에 규정된 위법한 처분에 대한 행정소송은

「행정소송법」 제18조 제1항 본문, 같은 조 제2항 및 제3항에도 불구하고 이 법에 따

른 심판청구와 그에 대한 결정을 거치지 아니하면 제기할 수 없다.”라고 규정하고 있

다. 이 사건 소는 적법한 전심절차를 거치지 않은 채 제기된 것으로 부적법하다.

나. 판단

전심절차를 밟지 아니한 채 취소소송을 제기하였다면 제소 당시로 보면 전치요건을

구비하지 못한 위법이 있다 할 것이지만, 소송계속 중 심사청구 또는 심판청구를 하여

기각결정을 받았다면 변론종결일 당시에는 위와 같은 전치요건 흠결의 하자가 치유되

었다고 볼 것이다(대법원 1987. 4. 28. 선고 86누29 판결 등 참조).

살피건대, 이 사건 처분에 관하여 2023. 2. 27. 조세심판이 이루어졌음은 앞서 본 바

와 같으므로, 비록 원고들이 이 사건 소를 제기할 당시에는 전심절차를 거치지 않은

하자가 있었다고 하더라도 이 사건 변론종결 당시에는 그러한 하자가 치유되었다고 할

것이다.

따라서 피고의 본안 전 항변은 받아들이지 않는다.

3. 처분의 적법 여부

가. 원고들의 주장

이 사건 처분은 다음과 같이 처분사유가 존재하지 않거나 부과제척기간이 경과한 후

에 이루어진 것이어서 위법하므로 취소되어야 한다.

   1) ‘직접 사용’에 관한 주장

원고들은 이 사건 토지의 취득일로부터 1년 이내에 유치원 설립계획서의 승인을 받

고 이 사건 토지 위에 유치원 건물을 신축하기 위한 공사도급계약을 체결한 후 건축허

가를 받아 착공을 하는 등 이 사건 토지를 유치원을 설치․운영하기 위한 용도로 직접

사용하였다. 한편, 지방세특례제한법 시행령 제123조는 재산세의 감면규정을 적용할

때 직접 사용의 범위에는 해당 감면대상 업무에 사용할 건축물을 건축 중인 경우도 포

함되는 것으로 규정하고 있는데, 취득세의 감면규정을 적용할 때의 직접 사용의 범위

도 이와 달리 해석할 이유가 없으므로, 원고들이 이 사건 토지의 취득일로부터 1년 이

내에 유치원 건물을 건축하고 있었던 이상 이 사건 토지를 유치원을 설치․운영하기

위한 용도로 직접 사용하였다고 보아야 한다.

2) ‘정당한 사유’에 관한 주장

설령 원고들이 이 사건 토지를 취득일로부터 1년이 경과할 때까지 유치원을 설치․

운영하기 위한 용도로 직접 사용하지 않았다고 보더라도, 여기에는 다음과 같은 정당

한 사유가 있다.

가) 법령상․사실상 장애사유의 존재

구 고등학교 이하 각급 학교 설립․운영 규정 시행규칙(2016. 11. 3. 교육부령 제109

호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제2조 제1항에 의하면 유치원을 설립하려는 자는

매년 3월 31일까지 학교설립계획서를 제출하도록 되어 있어 ○○도○○교육지원청은

2016. 2. 초순경 ‘사립유치원 인가가능 권역 및 정원 확정 공고’를 하였다. 이에 원고들

은 이 사건 토지를 취득한 즉시 사립유치원 설립계획서를 제출하지 못하고 2016. 2.

26.경에 이르러서야 사립유치원 설립계획서를 제출할 수 있었다.

   나) 공사도급계약의 불이행

원고들은 2016. 5. 4. 주식회사 F(이하 ‘F’이라고 한다)과 유치원 건물 신축을 위한

공사도급계약을 체결하고 공사대금을 지급하는 등 유치원을 설치․운영하기 위한 정상

적인 노력을 다하였으나, F이 공사를 제대로 진행하지 않아 주식회사 G과 공사도급계

약을 새로 체결한 후 잔여공사를 진행하게 되어 유치원 설치․운영이 부득이하게 지연

되었다.

다) 준비기간 내지 공사기간

기존의 건물을 인수하여 유치원을 설치․운영하는 경우와 달리 원고들과 같이 건물

을 신축하여 유치원을 설치․운영하는 경우에는 준비기간 내지 공사기간이 더 많이 소

요될 수밖에 없다.

3) 부과제척기간 경과에 관한 주장

이 사건 처분이 구 지방세특례제한법 제178조 제1호의 추징요건을 충족하여 이루어

진 것이라고 하더라도, 구 지방세기본법 시행령(2017. 3. 27. 대통령령 제27958호로 전

부개정되기 전의 것, 이하 같다) 제18조 제2항 제3호에 의하면 원고들이 감면받은 취

득세 등을 징수할 수 있는 사유가 발생한 날에 해당하는 이 사건 토지의 취득일인

2015. 10. 13.부터 구 지방세특례제한법 제178조 제1호에서 정한 유예기간인 1년이 경

과한 날의 다음날인 ‘2016. 10. 14.’부터 부과제척기간이 기산되고, 그 부과제척기간은

구 지방세기본법(2016. 12. 27. 법률 제14475호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제38

조 제1항 제3호에 따라 ‘5년’이 된다. 그런데 이 사건 처분은 위 2016. 10. 14.로부터

부과제척기간 5년이 이미 경과한 2021. 11. 8.에야 이루어졌다.

나. 관계 법령

별지 관계 법령 기재와 같다.

다. 판단

1) 이 사건 토지가 유치원 용도로 ‘직접 사용’되었는지 여부에 관한 판단

지방세특례제한법에서 특정 용도의 부동산을 취득하는 경우 그 취득세를 면제하면서

도, 정당한 사유 없이 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우에는 감면된 취득세를

추징하도록 정한 취지, 건축물의 착공행위는 토지를 건축물 등의 용도로 직접 사용하

는 행위라기보다는 이를 위한 준비행위에 불과한 점 등을 종합해 볼 때, 이 사건과 같

이 유치원을 새로 설치․운영하기 위하여 취득한 토지에 관한 취득세 감면규정을 적용

함에 있어서는 특별한 사정이 없는 한 그 신축한 건축물에 대하여 사용승인을 받은 시

점에 그 토지를 유치원 용도로 직접 사용하는 것으로 봄이 상당하다(대법원 2008. 5.

29. 선고 2008두3319 판결 등 참조). 한편, 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비

과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법

문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지

아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격

하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2003. 1. 24. 선고 2002두

9537 판결 등 참조).

이 사건에 관하여 보건대, 원고들이 이 사건 토지의 취득일로부터 1년이 경과한 시

점인 2016. 10. 13. 무렵까지 신축 중인 유치원 용도의 건축물에 관하여 사용승인을 받

지 못하였던 사실은 다툼이 없으므로, 결국 원고들은 취득일로부터 1년이 경과할 때까

지 이 사건 토지를 유치원 설치․운영 용도로 직접 사용하지 않았다고 봄이 타당하고,

“법 또는 다른 법령에서의 토지에 대한 재산세의 감면규정을 적용할 때 직접 사용의

범위에는 해당 감면대상 업무에 사용할 건축물을 건축 중인 경우를 포함한다.”라고 규

정하고 있는 지방세특례제한법 시행령 제123조는 조세법규의 엄격해석의 원칙상 그 문

언에 따라 ‘재산세’ 감면여부가 문제되는 사안에서 적용되는 규정일 뿐이지, 이 사건과

같이 ‘취득세’ 감면여부가 문제되는 사안에서도 적용되는 규정이라고 볼 수 없다(원고

가 든 대법원 2018. 8. 30. 선고 2018두42153 판결은 농업법인이 소유 토지 중 일부를

영농에 직접 사용하고 있는 경우 그 해당 부분에 대해서 구 지방세특례제한법 제11조

제2항에 따라 재산세의 100분의 50이 경감되어야 하는 여러 근거 중 하나로 구 지방

세특례제한법 제178조 제1호의 문언을 인용한 것일 뿐 ‘지방세특례제한법 시행령 제

123조’의 적용에 있어서도 재산세와 취득세를 다르게 볼 이유가 없다는 취지로 판시한

것은 아니므로, 쟁점이 다른 이 사건에서 원용되기에 적절하지 않다). 따라서 원고들의

이 부분 주장은 이유 없다.

2) 유치원 설치․운영 용도로 직접 사용하지 못한 데에 ‘정당한 사유’가 존재하는지

여부에 관한 판단

가) 관련 법리

구 지방세특례제한법 제178조 제1호가 정한 ‘정당한 사유’라 함은 법령에 의한 금

지․제한 등 납세자가 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 해당 용도에 사용하

기 위한 정상적인 노력을 다하였으나 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부사유

도 포함하고, 정당한 사유의 유무를 판단함에 있어서는 입법취지를 충분히 고려하면서

부동산의 취득목적에 비추어 그 해당 용도에 직접 사용하는 데에 걸리는 준비기간의

장단, 해당 용도에 사용할 수 없는 법령상․사실상의 장애사유 및 장애정도, 납세자가

부동산을 해당 용도에 사용하기 위하여 진지한 노력을 다하였는지 여부 등을 아울러

참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단할 것이다(대법원 2012. 12. 13. 선고

2011두1948 판결 등 참조). 그러나, 토지취득시에 이미 1년 이내에 해당 용도에 사용

할 수 없는 법령상․사실상의 장애사유가 있음을 알았거나, 설사 몰랐다고 하더라도

조금만 주의를 기울였더라면 그러한 장애사유의 존재를 쉽게 알 수 있었던 상황 하에

서 토지를 취득하였고, 취득 후에 당해 토지를 해당 용도에 사용하지 못한 것도 동일

한 사유 때문이라면 취득 전에 존재한 외부적 사유가 충분히 해소 가능한 것이고 실제

그 해소를 위하여 노력하여 이를 해소하였는데도 예측치 못한 전혀 다른 사유로 해당

용도에 사용치 못하였다는 등의 특별한 사정이 없는 한 그 외부적 사유는 당해 토지를

해당 용도에 사용치 못한 정당한 사유가 될 수 없다고 봄이 상당하다(대법원 2002. 9.

4. 선고 2001두229 판결, 대법원 2002. 4. 26. 선고 2000두10038 판결, 대법원 1995.

6. 30. 선고 94누6901 판결 등 참조).

나) 구체적 판단

(1) 갑 제1, 3 내지 7호증의 각 기재, 이 법원의 ○○도○○교육지원청에 대한 사실

조회 결과 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 아래와 같은 사정들을 종합하면,

원고들은 이 사건 토지의 취득 당시 1년이라는 유예기간 내에 위 토지를 유치원 설

치․운영 용도에 사용할 수 없는 법령상․사실상의 장애사유가 존재함을 인지하였거나

조금만 주의를 기울였더라면 그러한 장애사유의 존재를 쉽게 알 수 있었던 상태에서

위 토지를 취득하였고, 취득 후에 위 토지를 유치원 설치․운영 용도에 사용하지 못한

것도 동일한 사유 때문이라고 할 것이다.

(가) 구 고등학교 이하 각급 학교 설립․운영 규정 시행규칙은 제2조 제1항에서 유

치원 등을 설립․경영하려는 자는 매년 3월 31일까지 시․도교육감에게 학교설립계획

서를 제출하여야 하고, 제3조에서 시․도교육감은 사인이 유치원을 설립하는 경우 학

교설립계획서를 제출받은 날부터 2개월 이내에 그 승인여부를 신청인에게 통보하여야

하며, 제4조 제1항에서 학교설립계획의 승인 통보를 받은 자가 학교설립 인가를 신청

하려는 경우에는 건축법 제22조에 따른 사용승인을 받은 후에 설립인가를 신청하여야

하는 것으로 규정하고 있다. 위와 같은 규정에 따라 ○○도 ○○교육지원청은 학교설

립계획서를 제출받기 전 단계로서 매년 1~2월경 한 차례 사립유치원 설립가능권역 및

신설가능 정원에 대한 공고를 하였다. ○○도 ○○교육지원청은 2016년도 ○○도 사립

유치원 설립계획을 ① 유아수용계획 수립, ② 사립유치원 인가가능 권역 공고, ③ 교육

환경평가서 검토․승인, ④ 설립계획서 접수(2016. 2. 26.부터 2016. 3. 31.까지), ⑤ 설

립계획서 검토․승인 순서로 진행하였다.

(나) 원고들이 이 사건 토지를 취득하였을 당시인 2015. 10. 13.경에는 ‘2015년도’ ○

○도 사립유치원 설립계획서 접수기간은 이미 경과한 상태였고, ‘2016년도’ ○○도 사

립유치원 설립계획서는 2016. 2. 26.부터 2016. 3. 31.까지 제출이 가능하였다. 이에 따

라 원고들은 1년이라는 유예기간 중 이미 절반 이상이 경과한 2016. 4. 26.에 이르러서

야 유치원 설립계획 승인 통보를 받고, 2016. 5. 10. 건축허가를 받게 되었는데, 원고들

은 이 사건 토지의 취득일로부터 1년 내에 위 토지를 유치원 설치․운영에 사용하는

것을 전제로 취득세를 감면받은 것이므로 이에 따르는 법령상의 제한과 관련 행정절차

에 소요되는 기간 등을 더욱 면밀히 검토하였어야 한다.

(다) 또한 원고들의 주장과 같이 기존의 건물을 인수하여 유치원을 설치․운영하는

경우와는 달리 건물을 신축하여 유치원을 설치․운영하는 데에는 더 많은 기간이 소요

되고, 원고가 계획한 유치원 건물은 연면적 1,387.43㎡, 지하 1층, 지상4층 규모로 그

신축공사를 진행하는 것만으로도 상당한 기간이 소요될 것으로 예상할 수 있다. 원고

들은 실제로 추징유예기간의 종기인 2016. 10. 13.로부터 1년 3개월 이상 경과한 2018.

1. 16.에 이르러서야 유치원 건물에 관하여 사용승인을 받았다.

(2) 나아가 앞서 든 증거들 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사

정들 즉, 원고들이 이 사건 토지를 그 취득일로부터 1년 내에 유치원 설치․운영 용도

로 사용하지 못한 장애사유가 된 구 고등학교 이하 각급 학교 설립․운영 규정 시행규

칙의 적용으로 발생되는 유치원 설립절차 지연이라는 문제와 현실적․물리적으로 소요

되는 공사기간이라는 문제가 충분히 해소 가능한 것이고 원고들이 실제 그 해소를 위

하여 노력하여 이를 해소하였다고 볼 만한 자료가 없는 점, 원고들은 F과 공사도급계

약을 체결하면서 준공예정일을 추징유예기간의 종기인 2016. 10. 13. 이후의 날짜(착공

일 2016. 6. 3.로부터 7개월)로 정하였으므로 원고들이 주장하는 F의 공사도급계약 불

이행은 원고들이 위 2016. 10. 13. 내에 유치원 건물에 관하여 사용승인을 받을 수 없

었던 장애사유와 무관한 것인 점 등에 비추어 보면, 원고들이 이 사건 토지를 취득하

기 전에 존재한 외부적 사유가 충분히 해소 가능한 것이고 실제 그 해소를 위하여 노

력하여 이를 해소하였는데도 예측치 못한 전혀 다른 사유로 해당 용도에 사용치 못하

였다는 등의 특별한 사정이 존재한다고는 볼 수 없다.

(3) 따라서 원고들이 이 사건 토지를 그 취득일로부터 1년 내에 유치원 설치․운영

용도로 직접 사용하지 않은 데에 정당한 사유가 있다고는 보기 어렵다. 원고들의 이

부분 주장도 이유 없다.

3) 부과제척기간 도과 여부에 관한 판단

가) 이 사건 처분의 부과제척기간

원고들이 사기나 그 밖의 부정한 행위로 지방세를 포탈하거나 환급 또는 경감받은

경우(구 지방세기본법 제38조 제1항 제1호) 및 법정신고기한까지 과세표준신고서를 제

출하지 아니한 경우(구 지방세기본법 제38조 제1항 제2호)에 해당하지 않는 이 사건에

서는 구 지방세기본법 제38조 제1항 제3호가 적용되므로, 원고들에 대한 취득세 등의

부과제척기간은 대통령령으로 정하는 바에 따라 부과할 수 있는 날부터 ‘5년’이 된다.

나) 이 사건 처분의 부과제척기간의 기산일

(1) 관계 규정

구 지방세기본법 시행령 제18조 제2항 제3호는 비과세 또는 감면받은 세액 등에 대

한 추징사유가 발생하여 추징하는 경우에는 ‘비과세 또는 감면받은 세액 등을 징수할

수 있는 사유가 발생한 날’을 제척기간의 기산일로 규정하고 있다.

(2) 구 지방세기본법 시행령 제18조 제2항 제3호의 ‘비과세 또는 감면받은 세액 등을

징수할 수 있는 사유가 발생한 날’의 의미

조세의 징수는 확정된 조세채무를 전제로 하는 개념이므로 조세채무가 확정되지 않

은 상태에서는 징수적격이 없어 위 규정에서 말하는 ‘징수할 수 있는 사유’가 발생하지

않는다. 따라서 위 규정에서의 ‘비과세 또는 감면받은 세액 등을 징수할 수 있는 사유

가 발생한 날’이란 비과세 또는 감면받은 세액에 관한 납세의무가 확정되어 징수의 대

상이 된 날을 의미하는 것이라고 해석함이 타당하다(위 규정을 비과세 또는 감면받은

세액 등에 관하여 ‘추징사유가 발생한 날’로 해석해야 한다는 취지의 원고의 주장은 그

문언에 어긋나는 것이어서 받아들일 수 없다).

나아가 신고납세 방식의 조세에 있어서는 납세의무자가 과세표준과 세액을 과세관청

에 제출하는 납세신고에 의하여 조세채무가 확정되고, 이때 조세채무를 확정시키기 위

해서는 기한 내에 신고가 있어야 할 것이나, 신고납세방식의 조세라 하더라도 납세의

무자가 법정신고 기한 내에 신고하지 아니하여 그 기한이 경과된 경우에는 부과납세방

식의 조세로 변경된다고 보아야 할 것이므로(대법원 2005. 5. 27. 선고 2003다66271

판결 등 참조), 비과세 또는 감면받은 세액을 신고․납부하도록 하는 규정이 존재하는

경우에는 납세의무자가 법정신고 기한 내에 신고하지 아니하여 부과납세방식의 조세로

변경됨으로써 납세의무가 확정되고, 그 때부터 징수할 수 있는 사유가 발생하여 부과

제척기간이 진행된다고 봄이 타당하다(현행 지방세기본법 시행령 제19조 제2항 제3호

가목은 비과세 또는 감면받은 세액 등에 대한 추징사유가 발생하여 추징하는 경우의

부과제척기간의 기산일을 법 또는 지방세관계법에서 비과세 또는 감면받은 세액을 신

고납부하도록 규정된 경우에는 ‘그 신고기한의 다음날’이라고 규정하여 이러한 취지를

명확히 하고 있다).

(3) 구체적 판단

구 지방세법(2016. 12. 27. 법률 제14475호로 개정되기 전의 것) 제20조 제3항은 ‘이

법 또는 다른 법령에 따라 취득세를 비과세, 과세면제 또는 경감받은 후에 해당 과세

물건이 취득세 부과대상 또는 추징 대상이 되었을 때에는 그 사유 발생일부터 30일 이

내에 세액을 신고․납부하여야 한다.’라고 규정하고 있고, 제152조 제1항은 ‘지방교육

세 납세의무자가 이 법에 따라 취득세를 신고하고 납부하는 때에는 그에 대한 지방교

육세를 함께 신고하고 납부하여야 한다.’라고 규정하고 있으며, 구 농어촌특별세법

(2016. 12. 20. 법률 제14385호로 개정되기 전의 것) 제7조 제1항은 ‘해당 본세를 신

고․납부하는 때에는 그에 대한 농어촌특별세도 함께 신고․납부하여야 한다.’라고 규

정하고 있다.

   원고들이 이 사건 토지의 취득일인 2015. 10. 13.부터 1년 이내에 유치원을 설치․

운영하기 위한 용도로 직접 사용하지 아니하여 취득세 등의 추징대상이 되었음은 앞서

본 바와 같으므로, 그로부터 1년이 경과한 날인 2016. 10. 13.에서 취득세 등의 신고․

납부기한인 30일이 경과한 다음날인 ‘2016. 11. 15.’(2016. 11. 12.이 토요일이므로 신

고․납부기한은 2016. 11. 14.이 된다)부터 감면받은 이 사건 토지에 대한 취득세 등의

부과제척기간이 기산된다고 할 것이다.

다) 부과제척기간의 도과 여부

원고들에 대한 이 사건 처분이 앞서 본 기산일인 2016. 11. 15.로부터 부과제척기간

5년이 경과하지 않았음이 역수상 명백한 2021. 11. 8. 이루어졌으므로, 이 사건 처분에

부과제척기간을 도과한 위법이 있다고는 볼 수 없다. 따라서 원고들의 이 부분 주장

역시 받아들이지 않는다.

라. 소결론

결국 원고들의 주장은 모두 이유 없고, 이 사건 처분은 적법하다고 할 것이다.

4. 결론

그렇다면 원고들의 청구는 이유 없으므로 이를 모두 기각하기로 하여 주문과 같이

판결한다.