im-대구지법_2022구합24635_판결서.pdf

1. 처분의 경위 및 내용

가. 원고는 주방기구 제품 제조업, 금속압형제품 제조 및 판매업 등을 영위하는 회사

로서, 2015. 4. 29. 한국토지주택공사로부터 ○○국가산업단지에 소재하는 ○○ ○○군

B 공장용지 11398.1㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 한다)를 분양받아 2017. 4. 24. 이 사건

토지를 취득하였다.

나. 원고는 2017. 6. 14. 피고에게 이 사건 토지에 대한 취득세 신고를 하였고, 이 사

건 토지가 산업단지 내에서 산업용 건축물 등을 신축하려는 자가 취득하는 부동산이라

는 이유로 2014. 12. 31. 법률 제12955호로 개정된 지방세특례제한법 부칙 제25조, 구

지방세특례제한법(2014. 12. 31. 법률 제12955호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제78

조 제4항 제1호, 제2호 가목에 따라 취득세 132,229,870원 및 지방교육세 13,222,980원

을 각 면제받았다.

다. 피고는 원고가 이 사건 토지 취득일인 2017. 4. 24.로부터 3년이 경과한 2020.

4. 24. 이 사건 토지에 대한 이용실태 현장조사를 실시하였고, 그때까지 원고가 이 사

건 토지를 산업용 건축물 용도로 직접 사용하지 않았다는 이유로 2020. 5. 1. 원고에게

구 지방세특례제한법 제78조 제5항에 따라 원고가 면제받은 취득세 등을 추징하겠다는

내용의 자진신고 납부 통지를 하였다. 이에 원고는 2020. 6. 18. 피고에게 취득세

132,229,870원과 지방교육세 13,222,980원을 신고·납부하였다.

라. 원고는 2020. 11. 6. 피고에게 이 사건 토지를 그 취득일로부터 3년 이내에 해당

용도로 직접 사용하지 못한 데에 정당한 사유가 있다는 이유로 경정청구를 하였으나

피고는 2020. 11. 30. 이를 거부하는 처분(이하 ‘이 사건 경정거부처분’이라 한다)을 하

였다.

  마. 원고는 이 사건 경정거부처분에 불복하여 2021. 2. 18. ○○○○시장에게 이의신

청을 하였으나 ○○○○시장은 2021. 4. 9. 원고의 이의신청을 기각하는 결정을 하였

고, 원고는 2021. 6. 25. 조세심판원에 심판청구를 하였으나 조세심판원은 2022. 8. 11.

원고의 심판청구를 기각하는 결정을 하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 9, 15, 12, 16호증(가지번호 있는 것은 각 가

지번호 포함, 이하 같다), 을 제7 내지 10호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 원고의 주장

원고는 이 사건 토지를 취득한 후 해당 용도로 사용하기 위하여 건축허가, 설계변경,

착공신고, 현장조사 등 일련의 공사를 계속 진행하여 왔으나 착공 후 예측하지 못한

지질조사의 필요성이 제기되어 터파기 공사가 지연되었고, 코로나19 사태로 인한 경기

위축, 공사 인부 수급 및 자재조달의 어려움으로 공사진행에 어려움이 있었는바, 원고

가 위 3년이 경과할 때까지 이 사건 토지를 해당 용도로 직접 사용하지 못한 데에 정

당한 사유가 있다. 그럼에도 피고가 이 사건 경정거부처분을 한 것은 사실을 오인하고

구 지방세특례제한법 제78조 제5항 제1호에서 말하는 ‘정당한 사유’에 관한 법리를 오

해한 위법이 있다.

3. 관련 법령

별지 관련 법령 기재와 같다.

4. 판단

가. 관련 법리

1) 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론

하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유

없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운

데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원

칙에도 부합한다(대법원 1998. 3. 27. 선고 97누20090 판결 등 참조).

2) 구 지방세특례제한법 제78조 제4항 제1호 가목, 제2호 가목에 의하면 산업단지

에서 산업용 건축물 등을 건축하려는 자가 취득하는 부동산에 대해서는 취득세가 면제

되나, 같은 법 제78조 제5항 제1호는 ‘정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할

때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우’에는 감면된 취득세 및 재산세를 추

징한다고 규정하고 있다. 이러한 취득세 감면 규정의 취지는 산업단지 내 조속한 기업

입주를 촉진하여 공장운영과 영업 착수 등 산업 활동을 장려하려는 데에 있다.

그리고 구 지방세특례제한법 제2조 제1항 제8호에 의하면 ‘직접 사용’이란 부동

산 등의 소유자가 해당 부동산 등을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는

것을 말한다. 그런데 앞서 본 취득세 감면 등 규정의 취지와 건물의 착공행위는 토지

를 건축물 등의 용도로 직접 사용하는 행위라기보다는 이를 위한 준비행위에 불과한

점 등을 종합해 볼 때, 산업용 건축물 등을 신축할 목적으로 취득한 토지의 취득세, 등

록세의 감면규정을 적용함에 있어서는 특별한 사정이 없는 한 그 신축한 건축물에 대

하여 사용승인을 받은 시점에 그 토지를 산업용 건축물 등의 용도로 직접 사용하는 것

으로 보아야 한다(대법원 2008. 5. 29. 선고 2008두3319 판결 등 참조).

한편, 구 지방세특례제한법 제78조 제5항 제1호에서 말하는 ‘정당한 사유’란 그

취득 토지를 산업용 건축물 등의 용도에 직접 사용하지 못한 사유가 행정관청의 사용

금지‧제한 등 외부적인 사유로 인한 것이거나 또는 내부적으로 토지를 산업용 건축물

등의 용도에 사용하기 위하여 정상적인 노력을 하였음에도 불구하고 시간적인 여유가

없거나 기타 객관적인 사유로 인하여 부득이 위 용도에 사용할 수 없는 경우를 말하는

것이고, 토지의 취득자가 그 자체의 자금사정이나 수익상의 문제 등으로 산업용 건축

물 등의 용도에 직접 사용하기를 포기한 경우는 이에 포함되지 아니한다(대법원 2003.

12. 12. 선고 2003두9978 판결 등 참조).

나. 구체적 판단

앞서 든 증거, 갑 제13호증, 을 제2 내지 6호증의 각 기재 또는 영상 및 변론 전

체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음의 사정에 비추어 보면, 원고가 이 사건 토지를

취득한 후 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니한 데에 정당한 사유

가 있다고 볼 수 없으므로, 원고의 주장은 이유 없다.

① 피고는 2018년 5월경과 2019년 5월경, 2020년 4월경 3차례에 걸쳐 이 사건

토지를 방문하여 이용 현황을 조사하였는데, 위 기간 동안 이 사건 토지는 나대지 상

태로 건물 부지 조성을 위한 굴착이나 축조 등 어떠한 착공행위가 개시되지 않은 상태

였다.

② 원고는 2018. 1. 18. C건축사사무소와 건축물설계용역 계약을 체결하였고,

2018. 4. 9. 건축허가를 받았으며, 2018. 8. 7. 제1차 건축변경허가, 2019. 4. 4. 제2차

건축변경허가를 각 받았고, 2020. 4. 21. 주식회사 D과 사이에 일반공장 신축공사 도급

계약을 체결하였으며, 2020. 4. 22. 착공신고를 마치는 등 건물의 신축공사를 위한 준

비행위가 있었던 것으로 보이기는 하나, 건물의 신축 공사에 착수하였다고 보려면 특

별한 사정이 없는 한 신축하려는 건물에 관한 굴착이나 축조 등의 공사를 개시하여야

하는데(대법원 2015. 2. 12. 선고 2013두10533 판결 참조), 원고가 이 사건 토지에 공

장신축공사 착공신고를 한 것은 취득일로부터 3년의 유예기간 도과를 2일 앞둔 2020.

4. 22.이고, 기초터파기 작업을 시작한 것은 그로부터 23일이 경과한 2020. 5. 14.이며,

이 사건 토지 취득일로부터 약 3년 7개월이 지난 2020. 12. 3.에서야 건축물 사용승인

을 받았다.

③ 원고는 2020. 4. 21.에 이르러 공장신축에 관한 도급계약을 체결하였는데, 위

도급계약에 의하면 준공예정일은 그로부터 6개월이 지난 2020. 10. 20.로 되어 있고,

원고는 착공신고일인 2020. 4. 22.로부터 약 7개월이 지난 2020. 12. 3. 건축물 사용승

인을 마쳤다. 이에 의하면, 원고가 예정한 공장신축에 소요되는 기간은 6∼7개월 정도

면 충분하였던 것으로 보인다.

④ 원고는 C건축사사무소와 사이에 2018. 1. 18. 설계용역계약을 체결하면서 발

생한 건축설계 재계약비용(부가가치세 포함) 6,000만 원 중 3,365만 원만을 지급한 이

후로 비용 지급을 전혀 하지 못하고 있다가 그로부터 2년이 지난 2020년 3월과 4월에

야 설계비용을 완불하고 추가 공사 감리비용을 지급하고 공사를 완공하였는바, 원고는

2018년부터 2020년 초순경까지의 기간 사이에 자금사정이나 수익상의 문제 등으로 공

사를 유예한 것이 아닌지 의심스럽다.

⑤ 원고는 2020. 4. 24.부터 2020. 5. 1.까지 지질조사를 실시하였으며, 2020. 5.

8. 지질조사 보고서를 수령한 후 다시 공사를 재개하였는바, 이미 3년의 유예기간이 경

과한 시점인 착공개시 이후에야 지질조사가 필요하다는 것을 인지한 점, 지질조사에

소요된 기간이 총 15일에 불과하였던 점 등에 비추어 볼 때, 지질조사로 공사가 3년의

유예기간을 경과하여 지연된 것이라고 보기도 어렵다.

⑥ 코로나19는 이 사건 토지 취득일로부터 이미 2년 8개월이 지난 2020년 1월경

부터 국내에 확산되기 시작하였는데, 앞서 보았듯이 2018년경부터 2020년 초순경까지

이 사건 토지는 계속해서 나대지 상태로 있었고 원고는 2020년 4월경에야 착공을 개

시하여 약 7개월 만에 공사를 완공하였는바, 코로나19로 인하여 공사가 3년의 유예기

간을 경과하여 지연된 것이라고 볼 수도 없다.

5. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이

판결한다.