im-서울행정법원_2021구단77503_판결서.pdf

1. 처분의 경위

가. 원고는 2017. 5. 31. ○○메트로와 ○○○○시도시철도공사가 합병하여 설립된

지방공기업으로서 ○○○○시 도시철도 건설 및 운영 등의 사업을 수행하고 있다.

나. 원고는 2018. 12. 11. 피고에게 위 합병으로 취득한 ○○시 □□구 ▲▲동 2439 외

29필지 토지(이하 ‘이 사건 토지’라 한다) 등에 관하여 취득세 신고를 하면서 감면신청

을 하여 원고가 고유업무에 사용하기 위하여 취득하는 부동산이라는 이유로 구 지방세

특례제한법(2018. 1. 16. 법률 제15356호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제63조 제5

항에 따라 취득세 등을 면제받았다.

다. 이후 ○○○○시는 2020. 5. 25.부터 2020. 6. 2.까지 원고에 대한 지방세 세무조

사를 실시한 후, ‘이 사건 토지는 △△복합환승센터 개발부지로 센터 착공 전까지 원고

가 도시철도사업에 직접 사용하지 않고 ○○○○시가 관리주체로서 △△주차장을 운영

하고 있다.’는 이유로 구 지방세특례제한법 제63조 제5항을 적용할 수 없고, 제57조의2

에 따른 감면대상(15%)에 해당될 뿐임을 확인하고, 2020. 6. 4. 피고에게 이를 통지하

였다.

라. 피고는 2020. 11. 10. 원고에게 이 사건 토지에 관하여 면제한 세액 중 15%에

해당하는 취득세 255,330,090원, 취득세 가산세 134,150,400원, 지방교육세 51,066,010

원, 지방교육세 가산세 16,616,870원 합계 457,163,370원을 부과․고지하였다(이하 ‘이

사건 처분’이라 한다).

마. 원고는 이에 불복하여 2020. 12. 16. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 조세심

판원은 2021. 9. 2. 심판청구를 기각하는 결정을 하였다.

【인정근거】다툼 없는 사실, 갑 제1, 2호증, 을 제1, 2호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

피고가 원고에 대하여 한 이 사건 처분은 다음과 같은 이유로 위법하므로 취소되어

야 한다.

1) 합병 전 법인인 ○○메트로는 2016. 3. 30. ○○○○시로부터 이 사건 토지를

현물출자받는 계약을 체결하여 2016. 4. 1. 소유권을 취득하였는바, ○○메트로의 권

리․의무를 포괄승계한 원고는 이 사건 토지를 2016. 4. 1.에 취득하였다고 보아야 한

다.

2) ○○메트로는 2016. 4.경 ○○○○시로부터 이 사건 토지를 △△복합환승센터

개발사업(이하 ‘이 사건 사업’이라 한다)을 위해 현물출자받은 점, ○○메트로는 이 사

건 사업을 위해 무단점유자들에게 내용증명 발송 및 토지인도 소송을 제기하는 등의

노력을 한 점, 그런데 민간용역 발주에 관한 입찰공고가 2017. 2. 27. 중단되었고, ○○

○○시는 2017. 4. 3. 공공성 확보를 위한 다른 개발방식이 필요하다면서 개발 계획의

전면 재검토를 지시하였으며, 이후 2017. 9. 26. ○○주택도시공사가 대행사업자로 참

여하고 실행계획안을 작성하여 보고하기로 하는 등 공공주도방식으로 변경된 점, 원고

는 이러한 외부적 요인으로 사업을 원점에서 재검토하게 되었고, 만약 원고가 기존의

계획대로 진행하였다면 현재 시점에서 마무리되었을 가능성이 높은 점, 이 사건 사업

은 적게는 5년에서 많게는 7년이 소요되는 장기간의 사업인데, 이러한 특수성을 고려

하지 않은 채 1년이라는 단기간 내에 이 사건 사업에 토지를 이용할 것을 강제하는 것

은 사실상 감면을 배제하는 결과를 초래하는 점, 원고는 2018. 4. 4. ○○주택도시공사

와 이 사건 사업에 관한 양해각서를 체결하고, 2019. 12. 20.에는 이 사건 사업의 기본

구상 및 사업실행 전략수립 용역을 완료하는 등 변경된 개발사업을 위해 최대한을 노

력을 기울이고 있는 점 등을 고려하면, 원고가 이 사건 토지를 취득한 때로부터 1년이

경과할 때까지 도시철도사업에 이용하지 못한 것에는 정당한 사유가 있다.

나. 관계 법령

별지 관계 법령 기재와 같다.

다. 인정사실

1) ○○○○시는 2015. 9. 25. △△역 인근의 교통․환승체계 개선과 지역랜드마크

조성 및 ○○메트로의 재정건전성 확보 등을 위해 △△역에 복합환승센터를 개발하는

내용으로 이 사건 사업의 추진계획을 마련하였는데, 그 추진 절차의 기본구상안은 다

음과 같다.

     2) ○○○○시는 2016. 3. 30. ○○메트로와 사이에 이 사건 사업을 위하여 다음과

같이 이 사건 토지 등을 현물출자하는 계약(이하 ‘이 사건 현물출자 계약’이라 한다)을

체결하였고, ○○메트로는 2016. 4. 1. 이 사건 토지에 관하여 위 현물출자를 원인으로

소유권이전등기를 마쳤다.

3) ○○메트로는 2016. 5. 30. 및 2016. 6. 14. 이 사건 토지 등의 점유자들에게 토

지인도 및 불법 건축물의 자진 철거를 요청하였고, 2016. 8. 19. 부동산점유이전금지가

처분을 신청(서울중앙지방법원 2016카합81072호)하여 2016. 10. 11. 인용결정을 받았

으며, 또한 2016. 11. 2. 건물철거 및 토지인도 등을 구하는 소[서울중앙지방법원 2016

가합566219호, 2018가합587326호(병합)]를 제기하여 일부 승소 판결을 선고받았고, 항

소[서울고등법원 2020나2027936호, 2020나2027943호(병합)]가 제기되어 2022. 1. 13.

일부 승소 판결이 선고되었으며, 상고[대법원 2022다217360호, 2022다217377호(병합)]

가 제기되어 2022. 6. 21. 상고기각으로 확정되었다.

4) ○○메트로는 2016. 9. 20. 이 사건 사업에 관한 ‘민간사업자 선정 공모지침서

수립용역’의 최종보고회를 개최하였고, 이후 마련된 공모계획지침에 따라 2017. 2. 27.

이 사건 사업에 관한 사업관리(PM, Project Management) 용역의 입찰공고를 추진하였

는데, 2017. 3. 6. ○○○○시의 위 사업관리 용역 진행보류 요청에 따라 보류되었다.

5) ○○○○시는 ○○메트로 사장, ○○주택도시공사 사장이 참석한 가운데 2017.

4. 3. 1차 연석회의를 개최하였는데, 공공개발센터가 민간투자사업 방식의 폐단을 지적

하고 ○○주택도시공사가 참여를 제안함에 따라 이 사건 사업의 공공성을 확보하면서

수익성을 높일 수 있는 방식으로 근본적인 재검토를 결정하였고, 이후 2017. 4. 24. 2

차 연석회의에서 민간공모 방식의 개발은 공공성 확보가 어렵다는 이유로 ○○메트로

가 사업의 총괄 및 책임을, ○○주택도시공사가 사업실행을 구체화를, ○○○○시가 사

업 기획을 지원하는 협력하는 방식으로 공공개발센터와 ○○주택도시공사가 공공성을

확보할 수 있는 방안을 마련하기로 결정되었다.

6) 한편 ○○메트로와 ○○○○시도시철도공사는 2017. 3. 10. 합병하여 자산과 부

채 및 그에 부대하는 권리․의무 일체를 합병기일(2017. 5. 8. 예정)에 원고에게 승계

하여 원고를 설립하기 위한 합병계약을 체결하였고, 2017. 5. 4. 합병기일을 2017. 5.

31.로 변경하는 내용의 변경계약을 체결하고 2017. 5. 31. 합병되어 원고가 설립되었으

며, 원고는 2018. 12. 12. 이 사건 토지에 관하여 위 합병을 원인으로 한 소유권이전등

기를 마쳤다.

7) 이후 2017. 9. 26. ○○○○시의 3차 연석회의에서 ○○주택도시공사가 공동사

업시행자 또는 대행사업자로 참여하고 공공주도방식으로 사업추진을 위한 세부실행계

획안을 보고하기로 결정되었고, 원고와 ○○주택도시공사는 2018. 4. 4. 이 사건 사업

의 추진에 관하여 협력하기로 하는 양해각서를 체결하였다.

8) ○○주택도시공사는 2019. 12. 20. 이 사건 사업의 기본구상 및 사업실행 전략

수립 용역을 통해 개발계획안 수립을 마쳤고, 원고가 2020. 6.경 작성한 이 사건 사업

에 관한 현황 보고에 따른 향후 추진 일정 계획안은 다음과 같다.

【인정근거】다툼 없는 사실, 갑 제3 내지 12, 14 내지 25호증(각 가지번호 포함), 을

제2호증의 각 기재, 이 법원의 ○○○○시장에 대한 각 사실조회 결과, 변론 전체의 취지

라. 판단

1) 원고가 이 사건 토지를 취득한 시기에 관한 판단

가) 관련 법리

부동산 취득세는 본래 재화의 이전이라는 사실 자체를 포착하여 거기에 담세력을 인

정하고 부과하는 유통세의 일종으로 취득자가 재화를 사용․수익․처분함으로써 얻을

수 있는 이익을 포착하여 부과하는 것이 아니어서 취득자가 실질적으로 완전한 내용의

소유권을 취득하는가의 여부에 관계없이 사실상의 취득행위 자체를 과세대상으로 하는

것이다(대법원 2013. 11. 28. 선고 2011두27551 판결 등 참조). 이러한 취지에서 구 지

방세법(2019. 8. 27. 법률 제16568호로 개정되기 전의 것) 제7조 제2항은 취득세의 과

세대상이 되는 부동산 취득에 관하여 민법 기타 관계 법령의 규정에 의한 등기 등을

이행하지 아니한 경우라도 사실상으로 취득한 때에는 취득한 것으로 본다고 규정하고

있다. 여기에서 사실상의 취득이라 함은 일반적으로 등기와 같은 소유권 취득의 형식

적 요건을 갖추지는 못하였으나 대금의 지급과 같은 소유권 취득의 실질적 요건을 갖

춘 경우를 말한다(대법원 2010. 10. 14. 선고 2008두8147 판결, 대법원 2014. 1. 23.

선고 2013두18018 판결 등 참조).

나) 구체적 판단

이 사건에 관하여 보면, ○○○○시는 2016. 3. 30. ○○메트로에게 이 사건 사업을

위하여 이 사건 토지를 현물출자하는 계약을 체결하고 2016. 4. 1. 위 현물출자를 원인

으로 소유권이전등기를 마쳐준 사실, 이후 ○○메트로와 ○○○○시도시철도공사는

2017. 3. 10. 합병(합병기일: 2017. 5. 8.)하여 원고를 설립하기 위한 합병계약을 체결하

고, 2017. 5. 4. 합병기일을 2017. 5. 31.로 변경하는 내용의 변경계약을 체결하였으며,

2017. 5. 31. 합병되어 원고가 설립된 사실, 원고는 2018. 12. 11. 피고에게 위 합병으

로 취득한 이 사건 토지에 관하여 취득세 신고를 하면서 감면신청을 하여 원고가 고유

업무에 사용하기 위하여 취득하는 부동산이라는 이유로 구 지방세특례제한법 제63조

제5항에 따라 취득세 등을 면제받았던 사실, 원고는 2018. 12. 12. 이 사건 토지에 관

하여 2017. 5. 31.자 합병을 원인으로 한 소유권이전등기를 마친 사실은 앞서 본 바와

같다.

위 인정사실에 관계 법령을 종합하면 알 수 있는 다음의 각 사정, 즉 ① 소멸법인의

재산이 신설법인에 인도되고 소멸법인의 권리와 의무가 신설법인으로 사실상 이전되어

실질적으로 신설합병하는 것으로 합의된 날이 ‘합병을 할 날’, 즉 합병기일이라 할 것

인 점, ② ○○메트로와 ○○○○시도시철도공사는 합병기일을 2017. 5. 31.로 하는 합

병계약에 따라 2017. 5. 31. 합병되어 원고가 설립되었는바, 이와 같이 합병절차가 예

정대로 진행되어 합병계약에서 정한 합병기일에 합병되어 신설법인으로 합쳐진 경우라

면 합병기일을 소멸법인 소유의 이 사건 토지의 사실상 취득일로 보아야 할 것인 점,

③ 원고는 위 합병으로 이 사건 토지를 취득하였음을 전제로 2018. 12. 11. 피고에게

별도로 취득세 신고를 하면서 감면신청을 하여 취득세를 감면받았던 점, ④ 구 지방세

특례제한법 제57조의2은 기업합병에 따른 양수하는 재산의 경우에도 취득에 해당함을

전제로 그에 관한 감면을 규정하고 있고, 원고는 위 규정에 따라 취득세 등을 감면받

은 점 등에 비추어 볼 때, 원고가 이 사건 토지를 사실상 취득한 날은 2017. 5. 31.으

로 봄이 타당하다. 따라서 원고의 위 주장은 이유 없다.

2) 원고에게 정당한 사유가 있는지 여부에 관한 판단

가) 관련 법리

구 지방세특례제한법 제178조 제1항은 부동산에 대한 감면을 적용할 때 이 법에서

특별히 규정한 경우를 제외하고는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당

부분에 대해서는 감면된 취득세를 추징한다고 규정하면서 제1호에서 정당한 사유 없이

그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우를 규정

하고 있다.

여기에서의 ‘정당한 사유’라고 함은 법령에 의한 금지․제한 등 취득세 감면을 받은

자가 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 고유업무에 사용하기 위한 정상적인

노력을 다하였으나 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부사유도 포함하고, 정당

한 사유의 유무를 판단함에 있어서는 취득세 감면을 받은 자에 의하여 수행되는 사업

의 공익성을 감안하여 취득세를 부과하지 아니하는 입법취지를 충분히 고려하면서 부

동산의 취득목적에 비추어 그 고유업무에 직접 사용하는 데에 걸리는 준비기간의 장

단, 고유업무에 사용할 수 없는 법령상․사실상의 장애사유 및 장애정도, 취득세 감면

을 받은 자가 부동산을 고유업무에 사용하기 위하여 진지한 노력을 다하였는지 여부

등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단할 것이다(대법원 1996.

1. 26. 선고 95누13104 판결 등 참조).

그러나 취득세 감면을 받은 자가 법령에 의한 금지․제한 등 부동산을 취득할 당시

1년 내에 그 고유업무에 직접 사용할 수 없는 장애사유가 있음을 알았거나, 설사 몰랐

다고 하더라도 조금만 주의를 기울였더라면 그러한 장애사유의 존재를 쉽게 알 수 있

었던 상황에서 부동산을 취득하였고, 취득 후 1년 내에 당해 부동산을 그 고유업무에

직접 사용하지 못한 것이 동일한 사유 때문이라면, 취득 전에 존재한 장애사유가 충분

히 해소될 가능성이 있었고 실제 그 해소를 위하여 노력하여 이를 해소하였는데도 예

측하지 못한 전혀 다른 사유로 그 고유업무에 사용하지 못하였다는 등의 특별한 사정

이 없는 한, 그 장애사유는 당해 토지를 그 업무에 직접 사용하지 못한 것에 대한 정

당한 사유가 될 수 없다(대법원 2012. 12. 13. 선고 2011두1948 판결, 대법원 1998. 7.

10. 선고 98두7626 판결, 대법원 2002. 9. 4. 선고 2001두229 판결 등 참조).

나) 구체적 판단

이 사건에 관하여 보면, 원고와 ○○메트로가 이 사건 사업의 추진을 위해 이 사건

토지 등의 점유자들에게 토지 인도 및 건물의 자진철거를 요청하고 소송을 제기하여

부지 확보 등을 위해 노력하였고, ○○○○시가 이 사건 사업의 공공성을 확보하면서

수익을 높일 수 있는 방식으로 재검토를 요청함에 따라 이 사건 사업의 완료에 상당한

기간이 추가적으로 필요하게 된 것으로 보이는 측면은 있다.

그러나 위 인정사실에 앞서 든 각 증거 및 변론 전체의 취지를 종합하면 알 수 있는

다음의 각 사정, 즉 ① ○○○○시는 이 사건 사업 및 사업시행자의 지정권자로서

2016. 3. 30. ○○메트로에게 이 사건 사업을 위하여 이 사건 토지를 현물출자하고

2016. 4. 1. 위 현물출자를 원인으로 소유권이전등기를 마쳐준 점, ② ○○○○시는 이

사건 사업의 착공 전까지 ○○○○시 주차계획과가 주무관청으로 이 사건 토지를 관리

하고 시설관리공단에 위탁하여 주차장을 운영하면서 수입금 등을 ○○○○시에 귀속하

도록 하였는바, 이 사건 토지가 당초부터 이 사건 사업의 고유업무에 직접 사용되지

않고 있었을 뿐만 아니라 상당기간 동안 지속될 것이 어느 정도 예상되었던 것으로 보

이는 점, ③ ○○메트로는 2016. 9. 20. 이 사건 사업에 관한 민간사업자 선정 공모지

침서의 수립을 마쳤고, 2017. 2. 27. 이 사건 사업에 관한 사업관리 용역의 입찰공고를

추진하였는데, ○○○○시는 ○○메트로 사장, ○○주택도시공사 사장이 참석한 가운데

2017. 4. 3. 1차 연석회의 및 2017. 4. 24. 2차 연석회의를 개최하여 ○○주택도시공사

가 사업실행을 구체화를, ○○○○시가 사업 기획을 지원하여 협력하고 공공개발센터

와 ○○주택도시공사가 공공성을 확보할 수 있는 방안을 마련하기로 하였지만 사업의

총괄 및 책임은 여전히 ○○메트로에게 부여되었던 점, ④ 원고는 2017. 5. 31. 합병으

로 이 사건 토지를 취득하였는바, 그 무렵 이 사건 사업이 민간사업자 주도에서 공공

주도 방식으로 변경됨으로써 이 사건 사업이 상당히 지연될 수 있음을 충분히 알았거

나 쉽게 알 수 있었던 점, ⑤ 이후 2017. 9. 26. ○○○○시의 3차 연석회의에서 ○○

주택도시공사가 공동사업시행자 또는 대행사업자로 참여하고 공공주도방식으로 사업추

진을 위한 세부실행계획안을 보고하기로 결정되었는바, 이 사건 사업의 관계자들 사이

의 연석회의에서의 위와 같은 결정이 법령에 의한 금지․제한 등 원고가 마음대로 할

수 없는 외부적 사유로 보기는 어려운 점, ⑥ 오히려 원고는 이 사건 사업의 총괄 및

책임자로서 ○○○○시 등이 3차에 걸친 연석회의를 통해 이 사건 사업의 공공성을 확

보하면서 수익성을 높일 수 있는 방식으로 사업방식을 변경한 것은 사업관계자들 내부

에 있어 사실상의 장애사유와 관계하는 것으로 보이는 점, ⑦ 이후 원고는 2018. 4. 4.

○○주택도시공사와 이 사건 사업에 관한 양해각서를 체결하고, ○○주택도시공사는

2019. 12. 20. 이 사건 사업의 개발계획안을 수립하는 등 추상적 계획만이 마련되었을

뿐, 취득 이후 상당한 기간이 경과한 현재까지도 이 사건 사업이 착공하여 공사가 진

행되거나 완공과 관련된 자료 등 원고가 이 사건 토지를 취득일로부터 1년 이내에 도

시철도사업 고유업무에 직접 사용하기 위한 진지한 노력을 하였다 볼만한 자료는 제출

되지 아니한 점 등에 비추어 볼 때, 원고가 이 사건 토지의 취득일로부터 1년 이내에

고유업무에 직접 사용하지 않은 데 정당한 사유가 있다고 할 수 없다. 따라서 원고의

위 주장도 이유 없다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.