im-서울행정법원_2022구합59493_판결서.pdf

1. 처분의 경위

가. 원고들의 지위

원고들은 부동산신탁을 통한 토지개발사업 및 분양관리신탁업 등을 영위하는 법인이다.

나. 원고들의 개발 사업 진행

원고들은 아래 표와 같이 건축물의 신축, 분양사업을 진행하였다(해당 표 상의 원고

A 주식회사가 취득한 건축물은 이하 ‘이 사건 제1건축물’이라 하고, 원고 B 주식회사가

취득한 건축물은 이하 ‘이 사건 제2건축물’이라 하며, 이 사건 제1, 2건축물을 이하 ‘이

사건 각 건축물’이라 한다).

   다. 원고들의 취득세 등 신고·납부

원고들은 이 사건 각 건축물을 취득하고, 그에 대한 취득세 등을 다음과 같이 신고

ㆍ납부하였다.

라. 원고들의 경정청구 및 피고들의 거부처분

1) 원고 A 주식회사의 경정청구 및 피고 ○○○○시 □□구청장의 거부처분

원고 A 주식회사(이하 ‘원고 A’이라 한다)는 취득세 등을 신고·납부한 이후 2021.

2. 15. 피고 ○○○○시 □□구청장(이하 ‘피고 □□구청장’이라 한다)에게, 녹색건축 인

증 건축물인 이 사건 제1건축물과 관련하여 착공 등이 이루어진 당시 시행 중이던 구

지방세특례제한법(2016. 12. 27. 법률 제14477호로 개정되기 전의 것) 제47조의2 제1

항 및 같은 법 시행령(2016. 12. 30. 대통령령 제27711호로 개정되기 전의 것) 제24조

제1항에 따라 이미 납부한 취득세와 지방교육세 중 주거시설에 대한 것의 5%가, 비주

거시설에 대한 것의 10%가 감면되어야 하고, 관리형토지신탁계약에 따라 위탁자 I 주

식회사가 원고 A에 지급한 신탁보수료 500,000,000원 등이 과세표준에서 제외되어야

한다는 등의 이유로 경정청구를 하였다.

피고 □□구청장은 2021. 3. 4. 원고 A의 경정청구 중 과세표준에서 제외되어야

할 금액이 일부 포함되었다는 사유만을 인정하여, 아래 표와 같이 원고 A이 경정청구

한 세액 중 일부만을 인용하고 나머지 부분에 대하여는 경정청구를 거부하였다.

2) 원고 B 주식회사의 경정청구 및 피고 △△광역시 ▲구청장의 거부처분

원고 B 주식회사(이하 ‘원고 B’이라 한다)는 위와 같이 취득세 등을 신고·납부한

후 2020. 7. 20. 피고 △△광역시 ▲구청장(이하 ‘피고 ▲구청장’이라 한다)에게, 녹색건

축 인증 건축물인 이 사건 제2건축물과 관련하여 착공 등이 이루어진 당시 시행중이던

구 지방세특례제한법(2016. 12. 27. 법률 제14477호로 개정되기 전의 것) 제47조의2 제

1항 및 같은 법 시행령(2016. 12. 30. 대통령령 제27711호로 개정되기 전의 것) 제24조

제1항에 따라 이미 납부한 세액 중 취득세와 지방교육세 10%가 감면되어야 함을 이유

로 아래 표와 같이 경정청구를 하였다.

피고 ▲구청장은 2020. 9. 9. 원고 B의 위와 같은 경정청구를 모두 거부하였다.

마. 전심절차의 준수

원고들은 앞서 본 피고들의 각 경정거부처분(이하 ‘이 사건 각 처분’이라 한다)에

대하여 아래와 같이 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 각 기각결정을 받았다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 11, 13, 15, 16, 21호증(가지번호 포함, 이하

같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 처분의 적법 여부

가. 원고들의 주장 요지

피고들의 이 사건 각 처분은 아래와 같은 이유에서 원고들의 기득권 내지 신뢰가

보호하지 아니하여 위법하다.

1) 지방세특례제한법과 같은 유도적·조정적 조세감면규정의 경우 신뢰보호의 필요성

이 국가의 법률개정 이익에 우선될 수 있고, 구 지방세특례제한법(2020. 12. 29. 법률

제17771호로 개정되기 전의 것) 제47조의2 제1항, 구 지방세특례제한법 시행령(2020.

12. 31. 대통령령 제31344호로 개정되기 전의 것) 제24조 제1항(이하 해당 각 법령을 합

하여 ‘개정 감경규정’이라 한다) 부칙에 마련된 일반적 경과규정은 납세의무자의 기득권

내지 신뢰를 보호하기 위해 구 지방세특례제한법(2017. 12. 26. 법률 제15295호로 개정

되기 전의 것) 제47조의2 제1항, 구 지방세특례제한법 시행령(2017. 12. 29. 대통령령

제28525호로 개정되기 전의 것) 제24조 제1항(이하 해당 각 법령을 합하여 ‘개정 전

감경규정’이라 한다)이 적용되도록 하는 특별규정에 해당한다.

2) 원고들은 개정 전 감경규정에 대한 신뢰가 형성되었고, 개정 전 감경규정 시행

당시 이 사건 각 건축물의 사업승인, 착공신고 등 이 사건 각 건축물의 취득을 위한

밀접한 원인행위에 나아갔음이 명백하므로, 원고들이 개정 감경규정 시행 후 이 사건

각 건축물을 취득하였더라도 원고들의 이 사건 각 건축물의 취득에 대해 개정 전 감경

규정에 따른 취득세 감경률이 적용되어야 한다.

나. 관계 법령

별지 2 기재와 같다.

다. 판단

1) 녹색건축의 인증 및 에너지효율등급 관련 지방세특례제한법령의 개정 경과

가) 지방세특례제한법은 지방세 감면 및 특례에 관한 사항과 이의 제한에 관한 사항

을 규정하여 지방세 정책을 효율적으로 수행함으로써 건전한 지방재정 운영 및 공평과세

실현에 이바지함을 목적으로 2010. 3. 31. 법률 제10220호로 제정되어 2011. 1. 1. 시행

되었다. 지방세특례제한법은 2010. 3. 31. 법률 제10221호로 전부 개정되기 전 단일법

체계였던 지방세법을 분야별로 전문화·체계화하기 위하여, 지방세법 제5장에서 규정하고

있던 각종 과세면제 및 경감에 관한 사항과, 각 세목별로 감면적 성격이 강한 비과세

규정 및 지방자치단체의 감면에 관한 조례 중에서 전국 공통으로 적용되는 감면사항을

지방세특례제한법에 일괄 규정하고자 제정·시행되었다.

나) 녹색건축의 인증 및 에너지효율등급 관련 취득세 경감에 관한 규정은 2009. 5.

13. 법률 제9669호로 지방세법이 개정되면서 제286조 제4항에 신설되어 신축(증축

또는 개축을 포함한다)하는 건축물로서 ‘건축법 제65조 제4항에 따른 친환경건축물 인증

등급이 대통령령으로 정하는 기준 이상’이거나 ‘건축법 제66조 제2항에 따른 효율적 에

너지 관리에 관한 기준 또는 같은 법 제66조의2에 따라 인증받은 건축물 에너지효율등

급이 대통령령으로 정하는 기준 이상’인 경우 2012. 12. 31.까지 대통령령으로 정하는

바에 따라 취득세와 등록세의 100분의 5부터 100분의 15까지의 범위에서 경감한다‘고

규정하고 있었다(이하 ’이 사건 경감제도‘라 한다).

이에 따라 지방세법 시행령이 2009. 5. 21. 대통령령 제21498호로 개정되면서

친환경건축물 등의 감면에 관한 제229조의2가 신설되었는데, 그 제3항은 법 제286조

제4항에 따른 취득세와 등록세의 경감률에 관하여 친환경등급 최우수 건축물이고 에너지

성능점수가 90점 이상이거나 에너지효율등급이 1등급인 건축물은 100분의 15, 친환경

등급 최우수 건축물이고 에너지성능점수가 80점 이상 90점 미만이거나 에너지효율등급

이 2등급인 건축물은 100분의 10, 친환경등급 우수 건축물이고 에너지성능점수가 90점

이상이거나 에너지효율등급이 1등급인 건축물은 100분의 10, 친환경등급 우수 건축물

이고 에너지성능점수가 80점 이상 90점 미만이거나 에너지효율등급이 2등급인 건축물은

100분의 5로 규정하고 있었다.

다) 지방세특례제한법이 2010. 3. 31. 법률 제10220호로 제정(2011. 1. 1. 시행)되

면서 친환경건축물 인증 및 에너지효율등급 관련 감면 내용은 제47조 제2항에 규정되

었다. 그리고 세부적인 내용은 2010. 9. 20. 대통령령 제22396호로 제정된 지방세특례

제한법 시행령 제24조에 규정되었다(구체적인 감면 기준은 종전 지방세법에 규정되었을

당시와 동일하다).

라) 이후 지방세특례제한법이 2013. 1. 1. 법률 제11618호로 개정되어 이 사건 경감

제도의 시한이 2015. 12. 31.까지로 연장되었다.

마) 한편, 지방세특례제한법이 2014. 1. 1. 법률 제12175호로 개정되면서 제47조

제2항은 2012. 2. 22. 신설된 녹색건축물 조성 지원법(2013. 2. 23. 시행)에 따라 ’녹색

건축물 조성 지원법‘에 따른 ’녹색건축의 인증등급’과 ’에너지효율등급’을 기준으로 삼는

것으로 개정되었고, 지방세특례제한법이 2014. 12. 31. 법률 제12955호로 개정되면서

제47조의2가 신설되어 그 제1항에서 ’신축(증축 또는 개축을 포함한다. 이하 이 조에서

같다)하는 건축물로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 건축물에 대해서는 2015년

12월 31일까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 취득세를 100분의 5부터 100분의 15까

지의 범위에서 경감한다‘고 규정하여 종전까지 제47조 제2항에서 규정하던 내용을 그

대로 이어받았다(구체적 감면 기준은 종전과 동일하다).

바) 이후 지방세특례제한법이 2015. 12. 29. 법률 제13637호로 개정되어 이 사건

경감제도의 시한이 2018. 12. 31.까지로 연장되었다. 이때까지 녹색건축의 인증등급 및

에너지효율등급에 관한 경감률을 규정한 지방세특례제한법 시행령 제24조 제1 내지 3

항의 내용은 그대로 유지되었다.

사) 지방세특례제한법은 다시 2017. 12. 26. 법률 제15295호로 개정되어 이 사건

경감제도의 시한은 2020. 12. 31.까지로 연장되었다(시행일 2019. 1. 1.). 그러나 법이

규정한 취득세 감경 범위는 100분의 3부터 100분의 10까지로 변경되었고(법 제47조의2

제1항), 2017. 12. 29. 대통령령 제28525호로 개정된 지방세특례제한법 시행령(시행일

2019. 1. 1.) 제24조 제1항은 취득세 경감률에 관하여 녹색건축 인증등급 최우수 건축물

이고 에너지효율등급이 1+등급 이상인 건축물은 100분의 10, 녹색건축 인증등급 최우수

건축물이고 에너지효율등급이 1등급인 건축물은 100분의 5, 녹색건축 인증등급이 우수

건축물이고 에너지효율등급이 1+등급 이상인 건축물은 100분의 5, 녹색건축 인증등급

이 우수 건축물이고 에너지효율등급이 1등급인 건축물은 100분의 3으로 변경되었다.

아) 지방세특례제한법은 2018. 12. 24. 법률 제16041호로 개정되어 제47조의2 제1항

에서 ’주택‘에 관한 문구가 빠지고 취득일부터 70일 이내에 녹색건축의 인증등급 및 에

너지효율등급 기준을 갖춘 건축물을 위 항 적용대상에 포함하게 되었다.

자) 지방세특례제한법은 다시 2020. 12. 29. 법률 제17771호로 개정되어 이 사건

경감제도의 시한이 2023. 12. 31.까지로 연장되었다(법상 취득세 경감률은 ’100분의 3

부터 100분의 10까지의 범위에서 대통령령으로 정하는 바‘로 유지되었다). 그러나 지방

세특례제한법 시행령이 2020. 12. 31. 대통령령 제31344호로 개정되면서 시행령 제24조

제1항이 정한 취득세 경감률은 녹색건축 인증등급 최우수 건축물이고 에너지효율등급

이 1+등급 이상인 건축물은 100분의 10, 녹색건축 인증등급 우수 건축물이고 에너지효

율등급이 1+등급 이상인 건축물은 100분의 5로 변경되었다.

2) 관련 법리

조세법령의 개정이 있는 경우 개정 전·후의 법령 중에서 납세의무가 성립될 당시

의 법령을 적용하는 것이 원칙이라 할 것이나, 조세법령이 납세의무자에게 불리하게

개정된 경우에 개정된 법령이 ‘이 법 시행 당시 종전의 규정에 의하여 부과 또는 감면

하여야 할 …세에 대하여는 종전의 규정에 따른다’는 경과규정을 두고 있고, 납세의무

가 성립하기 전의 원인행위 시에 유효하였던 종전 규정에서 이미 장래의 한정된 기간

동안 그 원인행위에 기초한 과세요건의 충족이 있는 경우에도 특별히 비과세 내지 감

면한다는 등의 내용을 명시적으로 규정한 것으로 볼 수 있다면, 이러한 경과규정은 납

세의무자의 기득권 내지 신뢰보호를 위하여 납세의무자에게 유리한 종전 규정을 적용

하도록 한 특별규정에 해당하므로, 납세의무자가 종전 규정에 의한 조세감면 등을 신

뢰하여 종전 규정의 시행 당시에 과세요건의 충족과 밀접하게 관련된 직접적인 원인행

위로 나아감으로써 일정한 법적 지위를 취득하거나 법률관계를 형성하는 등 그 신뢰를

마땅히 보호하여야 할 정도에 이른 경우에는 예외적으로 납세의무 성립 당시의 법령이

아니라 그 원인행위가 이루어진 당시의 법령인 종전 규정이 적용된다고 할 것이나, 이

러한 정도에 이르지 않은 경우에는 설령 납세의무자가 종전 규정에 의한 조세감면 등

을 신뢰하였더라도 이는 단순한 기대에 불과하므로, 원칙으로 돌아가 종전 규정이 아

니라 납세의무 성립 당시의 법령이 적용된다고 할 것이다(대법원 2015. 9. 24. 선고

2015두42152 판결 참조).

      조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고

조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 납세자에게 유리

하다고 하여 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며,

특히 감면요건 가운데 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것

이 조세공평의 원칙에도 부합한다고 할 것이다(대법원 2009. 8. 20. 선고 2008두11372

판결 등 참조).

3) 구체적 판단

앞에서 인정한 사실과 채택한 증거 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음

과 같은 사정들을 앞서 본 관계 법령과 그 개정 경위, 법리에 비추어 보면, 이 사건 각

건축물에 대하여 개정 감경규정에 따른 취득세 경감률이 적용되어야 한다고 보는 것이

타당하다. 따라서 이 사건 각 처분은 적법하고, 원고들의 주장은 받아들이기 어렵다.

가) 지방세특례제한법 부칙(법률 제15295호, 2017. 12. 26.) 제2조는 ‘이 법은 이

법 시행 후 납세의무가 성립하는 경우부터 적용한다’고 규정하고 있다. 건축물에 대한

취득세 납세의무의 성립 시기는 ‘과세물건을 취득하는 때’이고(지방세기본법 제34조 제

1항 제1호), 건축물을 건축하여 취득하는 경우의 취득 시기는 사용승인일 또는 사실상

사용일 중 빠른 날이다[구 지방세법 시행령(2021. 12. 31. 대통령령 제32293호로 개정

되기 전의 것) 제20조 제6항]. 이 사건 제1건축물의 사용승인일은 2019. 11. 28., 이 사

건 제2건축물의 사용승인일은 2019. 1. 30.이므로 취득세 납세의무도 각 해당 날짜에

성립하였다고 봄이 타당하고, 그 당시 적용되는 법률은 개정 감경규정이다. 반대로 개

정 전 감경규정은 경감률 적용기한을 2018. 12. 31.까지로 명시하고 있었는데, 이 사건

각 건축물의 납세의무는 개정 전 감경규정 적용기한 만료 이후에 성립하였다.

       나) 위 부칙 제8조는 ‘이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나

부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대해서는 종전의 규정에 따른다’고 규정하고 있다.

이러한 부칙규정을 법률불소급 원칙에 대한 예외로서 납세의무자에게 불리하게 개정된

개정 감경규정을 적용하지 아니하고, 납세의무자에게 유리한 종전의 개정 전 감경규정을

적용한다는 특별규정이라고 볼 수 있다고 하더라도, 위에서 보듯이 원고들이 개정 감경

규정의 효력발생일(2019. 1. 1.) 이후인 이 사건 각 건축물을 취득함에 따라 비로소 과세

요건사실이 발생한 이상, 특별한 사정이 없으면 위 부칙규정은 적용될 여지가 없다고

보는 것이 타당하다(대법원 2001. 12. 14. 선고 2001두5101 판결 등 참조).

다) 위 부칙 조항에 따라 개정 전 감경규정이 적용되기 위해서는 위 조항 시행

당시 원고들의 신뢰가 특별히 보호하여야 할 정도에 이르러야만 한다. 개정 감경규정

이 원고들에게 불리하게 개정된 사실, 개정 감경규정 시행 이전에 원고들이 이 사건

각 건축물의 착공을 마치고 분양공고를 한 사실은 인정된다. 그러나 개정 전 감경규정

은 일몰기한 조항(2018. 12. 31.까지 취득하는 부동산에 대하여 취득세를 감면하도록

규정)으로 납세의무자에게 그 적용시한에 대한 명확한 예측가능성을 부여하였는바, 원

고들과 같은 납세의무자는 착공 당시부터 위 적용시한 내에 취득세 감면요건을 충족할

수 있는지를 가늠할 수 있었고, 법 개정으로 인해 위 감경규정이 본래의 내용대로 연장

되지 않았다고 하더라도, 개정 전 감경규정을 믿고 적용대상 주택을 건설하기 위해 과도

한 비용을 지출하는 등으로 불의의 손해를 입는다거나 위 감경규정을 적용받고자 하는

납세의무자의 권리가 과도하게 제한된다고 볼 수 없다. 따라서 설령 원고들이 2019. 1.

1. 이후 이 사건 각 건축물을 취득하여도 개정 전 감경규정에 따라 취득세가 감경될

것이라고 기대하였더라도 이를 보호받을 만한 기득권 내지 신뢰라고 할 수 없다(개정

감경규정은 2019. 1. 1.보다 훨씬 앞선 2017. 12. 26.에 개정되었다).

라) 녹색건축 인증 건축물에 대한 감면제도는 2014. 12. 31. 법률 제12955호로

지방세특례제한법이 개정된 이후 줄곧 제도의 시행 만료일이 정해져 있는 한시법령 형

태로 규정되어 왔다. 원고들로서는 지방재정 여건, 사회적 환경의 변화, 정책적 필요

등에 따라 향후 어느 시점에 이르러서는 위 제도의 시행시기가 더 이상 연장되지 않을

수 있거나 연장되더라도 그 내용이 수정·변경될 수 있다는 점을 충분히 예상할 수 있

었다. 원고들이 그동안의 입법개정 경과에 비추어 2019. 1. 1. 이후 이 사건 각 건축물의

취득 시점까지 이 사건 경감제도가 계속하여 동일한 내용으로 시행될 것으로 믿었다

하더라도 이는 주관적 기대에 불과하고, 법적으로 보호하여야 할 수준에 이르는 신뢰

라 보기 어렵다. 적용기한이 연장될 것이라는 단순한 기대를 보호해줄 경우 입법자가

적용기한의 종료에 즈음하여 변화된 정책적 환경과 조세공평의 원칙 등을 고려하여 특

례의 존속 여부 및 적용 범위 등을 다시 정하기 위하여 취득세 감면특례를 한시법령의

형태로 규율한 입법 취지가 몰각될 우려가 있다.

마) 원고들이 제시한 대법원 판례들의 다수가 종전 규정에서 정한 적용기한이 경과

하기 전에 법령이 개정되어 납세의무의 성립 시기가 신법 시행 이후이기는 하나 종전

규정의 적용기한 내이거나 납세의무와 직접적 관련이 있는 원인행위가 신법 시행 이전

에 이루어진 사안들(93누5666, 97누201, 83누453, 2015두42152, 2015두36652)이어서

납세의무의 성립 시기가 신법 시행 이후이고 종전 규정에서 정한 적용기한도 경과한

이 사건과는 사안이 같다고 보기 어렵다.

3. 결론

그렇다면 원고들의 청구는 모두 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.