im-서울행정법원_2022구합88620_판결서.pdf

1. 처분의 경위

가. 원고는 2018. 11. 28. 주택신축판매업 등을 목적으로 설립되었고, 2019. 5. 13.

주택법 제4조에 따라 주택건설사업자로 등록되었다.

나. 원고는 2019. 7. 15. ○○시 ○○구 B동(이하 ‘B동’이라고만 한다) C 대 1,406㎡ 및

그 지상 가설건축물, D 대 416.5㎡, E 대 35.7㎡(이하 위 각 토지 및 건물을 통틀어

‘이 사건 제1부동산’이라 한다)를 별지 1 목록 순번 제1 내지 3번 ‘취득가액’란 기재와

같이 합계 29,594,049,198원에 취득하였고, 2020. 2. 18. F 대 225.5㎡ 및 그 지상 벽

돌조 시멘트기와지붕 2층 근린생활시설 건물(이하 위 토지 및 건물을 통틀어 ‘이 사건

제2부동산’이라 한다)을 별지 1 목록 순번 제4 내지 7번 ‘취득가액’란 기재와 같이 합

계 6,869,789,879원에 취득하였다.

다. 원고는 이 사건 제1, 2부동산이 주택건설사업에 직접 사용할 목적으로 취득한 것

이어서 구 지방세법(2020. 8. 12. 법률 제17473호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제

13조 제2항 단서가 적용된다는 전제에서 같은 법 제11조 제1항 제7호 (나)목에 따른

취득세 표준세율 4%를 적용하여 별지 1 목록 순번 ‘신고세액’란 기재와 같이 이 사건

제1, 2부동산에 관한 취득세 합계 1,458,553,530원, 농어촌특별세 합계 72,927,660원,

지방교육세 합계 145,855,340원(이하 취득세, 농어촌특별세, 지방교육세를 통틀어 ‘취득

세 등’이라 한다)을 각 신고․납부하였다.

라. 피고는 원고가 이 사건 제1부동산을 취득하면서 매도인이 주식회사 G(이하 ‘G’이

라 한다)과 체결한 임대차계약을 승계하였고, 이후 위 부동산을 주식회사 H(이하 ‘H’라

한다), 주식회사 I(이하 ‘I’라 한다)에 순차적으로 임대하였으며, 이 사건 제2부동산을

취득한 후 주식회사 J(이하 ‘J’이라 한다)에 임대하여 이 사건 제1, 2부동산을 주택건설

사업이 아닌 다른 업종에 사용하였으므로, 구 지방세법 제13조 제3항 제1호 (다)목 또

는 같은 항 제2호 (나)목에 따라 구 지방세법 제13조 제2항 본문에서 정한 취득세 중

과세율 8%가 적용된다고 보아 2022. 5. 20. 원고에게 별지 1 목록 ‘부과세액’란 기재

와 같이 취득세 합계 1,968,064,740원 및 지방교육세 합계 364,441,830원을 각 경정․

고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

마. 원고는 2022. 5. 27. 조세심판원에 이 사건 처분의 취소를 구하는 심판청구를 하

였으나, 조세심판원은 2022. 10. 19. 위 심판청구를 기각하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 3호증, 을 제1, 3, 4 내지 12호증(가지번호 있

는 경우 각 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

1) 구 지방세법 제13조 제2항 단서, 지방세법 시행령 제26조 제1항에 의하면 주택

건설용으로 취득한 후 3년 이내에 착공하는 부동산은 중과세율 적용대상에서 제외하도

록 규정하고 있다. 이에 따라 원고는 이 사건 제1, 2부동산을 취득한 후 3년이 지나기

전에 공동주택 건설 공사에 착공하기 위해서 기존 건물 철거 등 준비작업을 진행하고

있었는데, 피고는 위와 같은 3년의 유예기간이 경과되기 전인 2022. 5. 20. 이 사건 처

분을 하였다. 따라서 이 사건 처분은 정당한 법적 근거 없이 한 처분으로서 위법하다.

2) 원고는 이 사건 제2부동산을 주로 주택건설 현장 관리사무소 용도로 사용하였

는바, 이를 주택건설사업이 아닌 다른 업종에 사용하였다고 볼 수 없으므로, 이 사건

제2부동산에 대하여 취득세 중과세율을 적용할 수 없다. 설령 이 사건 제2부동산 중 J

이 사용한 부분이 주택건설사업이 아닌 다른 업종에 사용된 것에 해당한다고 하더라

도, 이 경우 이 사건 제2부동산 중 J이 사용한 실제 면적에 대하여만 취득세 중과세율

을 적용하여야 함에도 피고는 이 사건 제2부동산 전체에 대하여 취득세 중과세율을 적

용하였다. 따라서 이 사건 처분 중 이 사건 제2부동산에 관한 부분은 위법하다.

3) 피고는 원고에게 이 사건 제1, 2부동산의 취득세, 지방교육세에 관한 신고불성

실가산세와 납부불성실가산세를 부과하였다. 그런데 이 사건 제1, 2부동산은 취득일로

부터 3년이 지나기 전까지 주택건설공사에 착공하지 않은 경우에만 중과세율 적용대상

이 된다. 이에 원고는 이 사건 제1부동산 취득일로부터 3년이 경과한 날인 2022. 7.

16.경부터 60일 이내에 중과세율을 적용한 취득세, 지방교육세를 신고․납부하는 등

신고․납부의무를 모두 이행하였으므로, 가산세가 발생할 여지가 없다. 따라서 설령 이

사건 제1, 2부동산에 취득세 중과세율이 적용된다고 하더라도, 이 사건 처분 중 가산세

에 관한 부분은 위법하다.

나. 관계 법령

별지 2 기재와 같다.

다. 판단

1) 이 사건 처분의 법적 근거가 없다는 주장에 관한 판단

가) 구 지방세법 제13조 제2항 본문 제1호는 ‘대도시에서 법인을 설립하거나 지

점 또는 분사무소를 설치하는 경우 및 법인의 본점ㆍ주사무소ㆍ지점 또는 분사무소를

대도시 밖에서 대도시로 전입함에 따라 대도시의 부동산을 취득(그 설립ㆍ설치ㆍ전입

이후의 부동산 취득을 포함한다)하는 경우’를 취득세 중과세율이 적용되는 경우 중 하

나로 규정하고 있고, 같은 항 단서는 ‘다만, 대도시에 설치가 불가피하다고 인정되는

업종으로서 대통령령으로 정하는 업종(이하 ’대도시 중과 제외 업종‘이라 한다)에 직접

사용할 목적으로 부동산을 취득하는 경우의 취득세는 제11조에 따른 해당 세율을 적용

한다’고 규정하여 중과세율 적용의 예외를 규정하고 있다. 그 위임에 따른 지방세법 시

행령 제26조 제1항 제3호는 대도시 중과 제외 업종 중 하나로 “주택법 제4조에 따라

국토교통부에 등록된 주택건설사업(주택건설용으로 취득한 후 3년 이내에 주택건설에

착공하는 부동산만 해당한다)”을 규정하고 있다.

그런데 구 지방세법 제13조 제3항은 ‘제2항 각 호 외의 부분 단서에도 불구

하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 제2항 본문을

적용한다’고 규정하고 있고, 그 제1호에서 ‘제2항 각 호 외의 부분 단서에 따라 취득한

부동산이 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우. 다만, 대도시 중과 제외 업종 중

대통령령으로 정하는 업종에 대하여는 직접 사용하여야 하는 기한 또는 다른 업종이나

다른 용도에 사용ㆍ겸용이 금지되는 기간을 3년 이내의 범위에서 대통령령으로 달리

정할 수 있다’고 규정하면서 (다)목에서 ‘부동산 취득일부터 1년 이내에 다른 업종이나

다른 용도에 사용ㆍ겸용하는 경우’를 규정하고 있고, 제2호에서 ‘제2항 각 호 외의 부

분 단서에 따라 취득한 부동산이 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우’를 규정하

면서 (나)목에서 ‘부동산 취득일부터 2년 이상 해당 업종 또는 용도에 직접 사용하지

아니하고 다른 업종이나 다른 용도에 사용ㆍ겸용하는 경우’를 규정하고 있다. 그 위임

에 따른 지방세법 시행령 제26조 제3항은 구 지방세법 제13조 제3항 제1호 단서의

“대통령령으로 정하는 업종”이란 주택건설사업을 말하고, 구 지방세법 제13조 제3항

제1호 각 목에도 불구하고 직접 사용하여야 하는 기한 또는 다른 업종이나 다른 용도

에 사용ㆍ겸용이 금지되는 기간은 3년으로 한다고 규정하고 있다.

나) 위와 같은 규정을 종합하면, ① 대도시에서 법인을 설립하면서 대도시의 부

동산을 취득하거나, 그 설립 이후 대도시의 부동산을 취득하는 경우에는 구 지방세법

제13조 제2항 본문 제1호에 따라 취득세 중과세율이 적용되고, ② 다만 주택건설사업

에 직접 사용할 목적으로 부동산을 취득하여 3년 이내에 주택건설에 착공하는 경우에

는 같은 항 단서, 지방세법 시행령 제26조 제1항 제3호에 따라 취득세 표준세율이 적

용된다. ③ 그러나 설령 구 지방세법 제13조 제2항 단서의 요건에 부합하는 경우라고

하더라도, 같은 조 제3항 각 호에 해당하는 경우에는 제2항 단서가 아닌 본문이 적용

되어 다시 취득세 표준세율이 아닌 중과세율이 적용된다. ④ 이에 따라 ‘주택건설사업

에 직접 사용하기 위하여 취득한 부동산을 그 취득일로부터 3년 이내에 다른 업종이나

다른 용도에 사용ㆍ겸용하는 경우’[구 지방세법 제13조 제3항 제1호 (다)목, 지방세법

시행령 제26조 제3항] 또는 ‘부동산 취득일부터 2년 이상 대도시 중과 제외 업종 또는

용도에 직접 사용하지 아니하고 다른 업종이나 다른 용도에 사용ㆍ겸용하는 경우’[구

지방세법 제13조 제3항 제2호 (나)목]에는 구 지방세법 제13조 제2항 단서가 아닌 본

문이 적용되어 취득세 중과세율이 적용된다.

이에 따르면, 원고가 주택건설사업에 직접 사용할 목적으로 이 사건 제1, 2부

동산을 취득하고 3년 이내에 주택건설에 착공하여 구 지방세법 제13조 제2항 단서, 지

방세법 시행령 제26조 제1항 제3호의 요건을 충족하였다고 하더라도, ㉠ ‘이 사건 제1,

2부동산의 취득일로부터 3년 이내에 주택건설사업이 아닌 다른 업종이나 다른 용도에

위 부동산을 사용ㆍ겸용하는 경우’ 또는 ㉡ ‘이 사건 제1, 2부동산의 취득일로부터 2년

이상 주택건설사업 또는 용도에 직접 사용하지 아니하고 다른 업종이나 다른 용도에

사용ㆍ겸용하는 경우’에는 구 지방세법 제13조 제3항 제1호 (다)목, 지방세법 시행령

제26조 제3항 또는 구 지방세법 제13조 제3항 제2호 (나)목에 따라 구 지방세법 제13

조 제2항 단서가 아닌 본문이 적용되어 취득세 중과세율이 적용된다.

다) 피고는 이 사건 처분을 하면서 원고가 구 지방세법 제13조 제2항 단서에 해

당하지 않는다는 이유가 아니라 같은 조 제3항 제1호 (다)목 또는 제2호 (나)목에 해당

한다는 이유로 중과세율을 적용하였다. 따라서 설령 원고가 주택건설사업에 직접 사용

할 목적으로 이 사건 제1, 2부동산을 취득하였다고 하더라도, ㉠ 취득일로부터 3년 이

내에 주택건설사업 또는 용도에 직접 사용하지 않고 다른 업종이나 다른 용도에 사용

ㆍ겸용하거나, ㉡ 취득일로부터 2년 이상 주택건설사업이 아닌 다른 업종이나 다른 용

도에 사용ㆍ겸용한 경우에는 구 지방세법 제13조 제2항 단서가 아닌 본문이 적용되어

중과세율을 적용한 것이 적법하게 되고, 이는 원고가 취득일로부터 3년 이내에 주택건

설에 착공하였더라도 마찬가지이다. 결국 이 사건 제1, 2부동산 취득일로부터 3년이

경과하기 전이라도 원고가 위 ㉠ 또는 ㉡에 해당하는 행위를 하였다면 이 사건 제1, 2

부동산에 대해서는 취득세 표준세율이 아닌 중과세율이 적용되어야 하므로, 피고는 취

득일로부터 3년이 경과하기를 기다릴 필요 없이 중과세율을 적용하여 원고에게 취득세

등을 경정․고지할 수 있다.

그런데 원고는 이 사건 처분에 적용되는 법령을 오인하거나 구 지방세법 및

같은 법 시행령을 잘못 해석한 나머지 피고가 이 사건 제1, 2부동산 취득일로부터 3년

의 유예기간이 경과하기 전에 이 사건 처분을 한 것이 위법하다고 주장하고 있는바[원

고가 원용하고 있는 대법원 1994. 5. 10. 선고 93누22135 판결 등은 구 지방세법 제13

조 제3항 제1호 (다)목, 제2호 (나)목과 같은 취지의 규정이 신설되기 전의 판례로서

그 법리를 이 사건에 그대로 적용할 수 없다], 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

2) 이 사건 제2부동산에 대한 중과세율 적용이 위법하다는 주장에 관한 판단

가) 일반적으로 조세부과처분의 취소소송에서 과세요건사실에 관한 증명책임은

과세관청에 있으므로, 과세관청이 구체적인 소송과정에서 과세요건사실을 직접 증명하

거나 경험칙에 비추어 과세요건사실이 추정되는 사실을 밝히지 못하면 그 과세처분은

과세요건을 충족시키지 못한 위법한 처분이 된다(대법원 2014. 4. 10. 선고 2013두

26194 판결 등 참조).

나) 따라서 이 사건 제2부동산에 대한 취득세 중과세율 적용이 적법하기 위해서

는 원고가 이 사건 제2부동산 취득일로부터 3년 이내에 주택건설사업이 아닌 다른 업

종이나 용도에 사용ㆍ겸용하거나, 취득일로부터 2년 이상 주택건설사업이 아닌 다른

업종이나 용도에 사용ㆍ겸용하였음을 피고가 입증하여야 한다. 그러나 앞서 든 증거들

과 갑 제8, 11호증, 을 제13, 14, 16 내지 20, 22호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를

종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들에 비추어 보면, 피고가 제출한 증거만으로는

위와 같은 과세요건사실을 입증하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 만한 증거가 없다.

따라서 원고의 이 사건 제2부동산 취득에 대하여 구 지방세법 제13조 제2항 본문에

따른 중과세율을 적용한 것은 위법하므로, 이 사건 처분 중 이 사건 제2부동산에 관한

부분, 즉 별지 1 목록 순번 제4 내지 7번 ‘부과세액’란 기재 각 취득세 및 지방교육세

부과처분에 관한 부분은 위법하여 취소되어야 한다.

(1) 피고는 원고가 이 사건 제2부동산을 J에 임대하여 주택건설사업이 아닌

다른 업종이나 용도로 사용하였다고 주장하며, J의 법인등기부등본(을 제13, 19호증),

피고가 원고에게 이 사건 제2부동산에 관한 부동산임대차 계약서를 요청한 공문(을 제

14호증), 서울특별시의 도심부 주거비율 완화에 관한 고시 및 원고가 서울특별시에 제

출한 이 사건 제2부동산 일대의 정비계획 변경신청안(을 제16, 17호증), 과세관청이 보

유하고 있는 J에 대한 정보(을 제19, 20호증), 이 사건 제2부동산 건물 설계도(을 제22

호증)를 제출하였다. 그러나 위 증거들은 피고가 이 사건 제2부동산의 임차인이라고

주장하는 J의 현황에 관한 자료이거나, 원고가 향후 이 사건 제2부동산에 건축할 건물

의 계획에 관한 자료이거나, 원고가 이 사건 제2부동산에 관한 임대차계약서를 제출하

지 않았다는 사정을 입증하기 위한 자료 등일 뿐, 원고가 이 사건 제2부동산을 J에 임

대하여 주택건설사업이 아닌 다른 업종이나 용도로 사용하였다는 과세요건사실을 입증

할 수 있는 직접적인 증거가 아니고, 위 과세요건사실을 간접적으로 추정할 수 있을

만한 증거도 아니다[피고는 2023. 4. 6.자 준비서면에서 피고의 담당공무원이 J 측과

한 통화내용(제6쪽), 이 사건 제2부동산을 촬영한 사진(제7쪽) 등을 이 사건 제2부동산

에 관한 이 사건 처분의 근거로 주장하고 있으나, 이를 증거로 제출하지 않았고, 설령

증거로 제출한다고 하더라도 그러한 증거만으로 위 과세요건사실이 입증된다고 볼 수

도 없다].

(2) 오히려 이 사건 제2부동산의 토지 면적은 225.5㎡에 이르고, 그 지상 건물

은 지하 1층, 지상 2층으로 연면적이 188.2㎡에 이르는데, 과세관청이 보유한 자료상

2020년경 J의 종업원 수는 3명에 불과하고, 활발한 영업활동을 하고 있는 것으로 보이

지도 않는다. 더욱이 J의 대표이사인 K, J의 직원인 L은 각 원고의 주식 8.25%를 보유

한 주주인데, 이들은 ‘2020. 2.경부터 2022. 11.경까지 이 사건 제2부동산 중 건물 2층

을 J의 사무실 및 원고의 이 사건 제2부동산 건설현장 관리 사무실로 사용한 사실은

있으나, 2층 이외의 다른 부분은 사용하지 않았고, 원고와 J이 따로 임대차계약을 체결

하지도 않았다’라는 취지의 사실확인서를 제출하였다. 따라서 위와 같은 사정에 비추어

보더라도 원고가 J에게 이 사건 제2부동산 전체를 임대하였다고 보기 어렵다.

(3) 나아가 설령 원고가 J에게 이 사건 제2부동산 중 일부를 사용하게 하였다

고 하더라도, 원고가 J으로부터 차임을 지급받은 것으로 보이지는 않고, 이 사건 제2부

동산의 건물 중 2층 이외의 다른 부분을 J이 사용하였다고 볼 만한 아무런 증거가 없

으며, 2층 부분도 J이 단독으로 사용한 것인지, 원고의 건설현장 관리 사무실로도 이용

되어 원고와 J이 공동사용한 것인지, 사용하였다면 2층 중 어느 부분을 사용하였는지

를 특정할 수 있는 증거도 없다. 따라서 이 사건 제2부동산 중 주택건설사업이 아닌

다른 업종이나 용도로 사용된 부분이나 비율을 전혀 특정할 수 없는 이상, 막연히 이

사건 제2부동산 중 일부를 J이 사용하였다는 사정만으로 이 사건 제2부동산에 대하여

중과세율을 적용할 수는 없다.

(4) 그런데도 피고는 원고가 이 사건 제2부동산 전체를 주택건설사업이 아닌

다른 업종이나 용도로 사용하였다는 전제에서 중과세율을 적용하였는바, 이 사건 처분

중 이 사건 제2부동산에 관한 부분은 그 과세요건사실이 인정되지 아니하여 위법하다.

3) 가산세 부과 부분이 위법하다는 주장에 관한 판단

가) 이 사건 처분 중 이 사건 제2부동산에 관한 부분이 위법함은 앞서 본 바와

같으므로, 아래에서는 이 사건 처분 중 이 사건 제1부동산에 관한 가산세 부과 부분이

위법한지에 관하여 본다.

나) 구 지방세법 제20조 제2항은 ‘취득세 과세물건을 취득한 후에 그 과세물건

이 제13조 제1항부터 제7항까지의 세율의 적용대상이 되었을 때에는 대통령령으로 정

하는 날부터 60일 이내에 제13조 제1항부터 제7항까지의 세율을 적용하여 산출한 세

액에서 이미 납부한 세액을 공제한 금액을 세액으로 하여 대통령령으로 정하는 바에

따라 신고하고 납부하여야 한다’고 규정하고 있고, 같은 조 제4항은 ‘제1항부터 제3항

까지의 신고ㆍ납부기한 이내에 재산권과 그 밖의 권리의 취득ㆍ이전에 관한 사항을 공

부에 등기하거나 등록하려는 경우에는 등기 또는 등록 신청서를 등기ㆍ등록관서에 접

수하는 날까지 취득세를 신고ㆍ납부하여야 한다’고 규정하고 있다. 그 위임에 따른 지

방세법 시행령 제34조 제4호는 구 지방세법 제20조 제2항에서 정한 “대통령령으로 정

하는 날” 중 하나로 ‘구 지방세법 제13조 제2항 각 호 외의 부분 단서에 따라 대도시

중과 제외 업종에 직접 사용할 목적으로 부동산을 취득한 후 같은 법 제13조 제3항 각

호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하여 같은 법 제13조 제2항 각 호 외의 부분

본문을 적용받게 되는 경우에는 그 사유가 발생한 날’을 규정하고 있다.

다) 이 사건을 위 규정에 비추어 보건대, 앞서 인정한 증거들에 변론 전체의 취

지를 종합하면, 원고가 2019. 7. 15. 주택건설사업에 직접 사용할 목적으로 이 사건 제

1부동산을 취득한 사실, 그러나 원고는 이 사건 제1부동산을 매수할 당시부터 매도인

이 G과 체결한 임대차계약을 승계하여 위 부동산 지상 건물을 모델하우스 용도로 계

속 사용하도록 하였고, 이후 2020. 12. 13. H와, 2021. 10. 27. I와 사이에 이 사건 제1

부동산에 관한 임대차계약을 체결한 사실, 원고는 2019. 7. 17. 이 사건 제1부동산에

관한 소유권이전등기를 마친 사실이 인정된다.

          위 인정사실에 의하면, 원고는 구 지방세법 제13조 제2항 단서에 따른 대도시

중과 제외 업종인 주택건설사업에 직접 사용할 목적으로 이 사건 제1부동산을 취득하

였으나, 취득함과 동시에 이를 다른 회사에 임대하여 모델하우스 용도로 사용하게 함

으로써 구 지방세법 제13조 제3항 제1호 (다)목에 해당하는 사유가 발생하였다고 보인

다. 따라서 원고는 일단 이 사건 제1부동산의 취득일인 2019. 7. 15.로부터 60일 이내

에 구 지방세법 제13조 제2항 본문에 따른 중과세율을 적용한 취득세 등을 신고․납부

하여야 하는데, 위 신고․납부기한 이내인 2019. 7. 17. 이 사건 제1부동산에 관한 등

기를 하였으므로, 결국 2019. 7. 17.까지 이 사건 제1부동산에 중과세율을 적용한 취득

세 등을 신고․납부하였어야 한다. 그런데 원고가 위와 같은 취득세 등 신고․납부의

무를 이행하지 않았음은 앞서 본 바와 같으므로, 이에 대하여 신고불성실가산세 및 납

부불성실가산세를 부과한 것이 위법하다고 보기 어렵다. 이와 다른 전제에서 한 원고

의 이 부분 주장은 이유 없다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 위 인정 범위 내에서 이유 있어 이를 인용하고, 나머지 청

구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.