im-서울행정법원_2021구합85716_판결서.pdf

1. 처분의 경위

가. 원고는 사진전문미술관인 ‘B’(이하 ‘이 사건 미술관’이라 한다)을 신축하기 위하여

2017. 4. 6. ○○ ○○구 C 대 3,885㎡(그 지상 건축물을 포함하여 이하 ‘1토지’라 한

다), 2018. 1. 3. D 대 25.8㎡(이하 ‘2토지’라 하고, 1토지와 합하여 ‘이 사건 토지’라 한

다)를 각 취득하였는데, 이 과정에서 구 지방세특례제한법(2018. 12. 24. 법률 제16008

호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제44조의2에서 규정하는 취득세 감면대상인 ‘미술

관에 사용하기 위한 부동산’에 해당한다는 이유로 취득세 등을 감면받았다.

나. 피고는 2020. 9. 8. 원고가 정당한 사유 없이 이 사건 토지 취득일부터 1년(이하

‘유예기간’이라 한다)이 경과할 때까지 미술관 등 해당 용도에 직접 사용하지 않았다고

보아 구 지방세특례제한법 제178조 제1호에 따라 취득세 759,542,650원, 지방교육세

65,102,980원, 농어촌특별세 32,270,030원(각 가산세포함)을 각 부과(이하 ‘이 사건 처

분’이라 한다)하였다.

다. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2020. 10. 26. 조세심판원에 심판청구를 하였으

나, 조세심판원은 2021. 8. 24. 위 청구를 기각하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑1, 2, 3, 16호증(가지번호 있는 것은 이를 포함, 이하

같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장 요지

원고는 1토지 취득 이후 이 사건 미술관의 신축을 반대하는 민원을 해소하고 2토

지를 취득하기 위해 진지한 노력을 다하여 이를 해결하였고, 유예기간 내 이 사건 미

술관의 신축공사(이하 ‘이 사건 공사’라 한다)에 착공한 점, 그런데 터파기 공사 중 국

가보안시설인 통신선 철거로 인해 이 사건 공사가 중단된 점(이는 피고도 유예기간 내

에 이 사건 토지를 미술관 용도로 직접 사용하지 못한 ‘정당한 사유’로 인정하고 있다),

피고의 지하주차장 설치 요구로 인해 개발행위 허가가 늦어진 것은 원고가 예측할 수

없었던 외부적 사유이고 원고로서는 이를 해결하기 위한 노력을 다한 점, 코로나19 바

이러스의 확산 방지를 위한 정부정책에 따라 이 사건 공사를 중단할 수밖에 없었음은

자명하고 원고로서는 예측할 수 없었던 외부적 사유에 해당하는 점 등을 고려할 때,

원고가 유예기간 내에 이 사건 토지를 미술관 용도로 직접 사용하지 못한 데에는 정당

한 사유가 있다고 할 것이므로, 이와 다른 전제에서 이루어진 이 사건 처분은 위법하다.

나. 관계 법령

■ 구 지방세특례제한법

제44조의2(박물관 등에 대한 감면) 대통령령으로 정하는 박물관·미술관·도서관 또는 과

학관에 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를, 과세기준일 현재 해당 박물관·

미술관·도서관 또는 과학관에 직접 사용하는 부동산(해당 시설을 다른 용도로 함께 사용하는

경우에는 그 부분은 제외한다)에 대해서는 재산세(「지방세법」 제112조에 따른 부과액을 포

함한다) 및 「지방세법」 제146조제2항에 따른 지역자원시설세를 각각 2018년 12월 31일까지

면제한다.

제178조(감면된 취득세의 추징) 부동산에 대한 감면을 적용할 때 이 법에서 특별히 규정

한 경우를 제외하고는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 감

면된 취득세를 추징한다.

1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지

아니하는 경우

다. 인정사실

앞서 든 증거들에 갑4 내지 12, 14, 15, 17 내지 21, 23, 29 내지 35호증의 각 기

재 또는 영상에 변론 전체의 취지를 종합하면, 아래와 같은 사실을 인정할 수 있다.

     1) 2토지는 아래 사진과 같이 1토지 가운데에 위치한 느티나무 부지이다.

[1, 2토지 위성사진]

[2토지 현장사진]

       2) 원고는 이 사건 미술관 신축사업(2019. 5. 개관 계획)을 위하여 이 사건 미술관

부지가 될 이 사건 토지를 매수한 후 이를 합병할 것을 계획하였고, 2017. 4. 6. 재단

법인 E로부터 1토지를 취득하였으며, 이후 곧바로 2토지의 소유자인 ○○○○시 ○○

구(이하 ‘○○구’라 한다)에 2토지의 매입을 신청하였다. 그러나 1토지를 취득하기 위하

여 원고와 경쟁하였던 경쟁자가 이 사건 토지를 F(구 G) 시원지(始原地)로 복원하여야

한다는 민원(정책제안)을 제기함에 따라, 원고는 2토지를 곧바로 취득하지 못하였다.

이에 원고는 이 사건 토지에 위와 같은 시원지가 존재하지 아니하여 복원할 가치가 없

다는 취지의 문화재전문기관(주식회사 H, 이하 ‘주식회사’ 명칭을 생략하고 상호로만

특정한다)의 자문을 받아 그 자문 결과를 2017. 11. 17.경 ○○구의회에 제출하였고,

그 이후 토지와 수목(느티나무)에 대한 감정평가를 거쳐 2018. 1. 3. 및 2018. 2. 13.경

2토지 및 그 지상 느티나무를 각 취득하였다.

3) 원고는 2018. 3. 20. 피고로부터 1토지 지상 건축물에 관한 건축허가를 받아

2018. 4. 3. 이 사건 공사에 착수하였는데, 터파기 공사 중 1토지 지하에 국가보안시설

인 통신선이 매립되어 있다는 사실을 알게 되어 터파기 공사를 중단하고 2018. 4. 12.

경 위 통신선의 관리자인 I회사에 위 시설물의 철거요청을 하였다. 이에 따라 위 통신

선은 2018. 6. 30. 다른 장소로 이설되었다.

4) 한편 원고는 2018. 1. 29.경부터 1토지 및 2토지의 합병 관련 절차를 시작하였

는데, 1토지 및 2토지가 2018. 7. 12. ○○ ○○구 C 대 3,910.8㎡로 합병되자 2018.

11. 28.경 피고에게 이 사건 토지에 관한 개발행위(토지의 형질변경)허가 신청을 하였

다. 그런데 위 허가 여부를 결정하기 위하여 개최된 피고 측의 도시계획위원회 회의에

서 한 위원이 이 사건 미술관에 지하주차장을 설치할 것을 제안함에 따라 피고는

2018. 12. 31. 원고에게 원고의 위 개발행위허가 신청에 관하여 ‘조건부 수용’을 하였음

을 통보하면서, 위 도시계획위원회 심의 결과에 따라 지상부에 있는 주차장의 지하화

검토 및 이에 관한 조치계획 제출 등을 요구하였다. 이에 원고는 ○○○○시 한옥자산

과 등 관련 부서와 이 사건 토지에 지하주차장을 설치할 수 있는지 여부에 관하여 협

의하였으나, 이 사건 미술관에 지하주차장을 설치하는 경우 법정 주차대수를 충족할

수 없다는 등 관련 법령에 따른 문제로 인하여 지하주차장 설치는 현재 상황에서 이행

불가능하다는 검토 결과가 도출되었고 2019. 2. 27. 피고 측에 위 협의 및 검토 결과를

알리며 기존 심의 결과(조건부 수용)의 재검토를 요청하였다. 이후 피고는 이 사건 토

지의 개발행위허가를 위한 도시계획심의는 사실상 마무리 되었음에도 원고에게 인근

주민들의 민원(주차장 공동사용, 도로 확장 등)에 대한 대책을 마련하라는 취지로 계속

보완요구를 하다가 2019. 7. 9. 원고에게 이 사건 토지에 관한 개발행위허가(이하 ‘이

사건 개발행위허가’라 한다)를 하였다.

5) 원고는 2019. 7. 22. 이 사건 토지의 합병에 따른 건축허가 변경신청을 하고,

2019. 9. 22. 피고로부터 이 사건 토지 지상에 기존에 존재하던 한옥 건물(교회)의 철

거를 승인받았으며, 2019. 11. 1. 피고로부터 이 사건 미술관의 부속토지에 이 사건 2

토지를 추가하는 것을 주요내용으로 하여 기존 건축허가에 대한 변경허가를 받았다.

6) 한편 원고가 제3자에게 의뢰하여 진행한 이 사건 공사 또는 이를 위한 각종 조

사 등 제반 용역의 세부 내역은 아래와 같은데, 이 중 J에 도급한 이 사건 공사의 경

우 그 공사기간이 본래 2018. 3.경부터 2020. 7. 7.까지였으나 당사자 간 합의로 위 공

사기간이 2020. 4.경부터 2021. 10. 30.까지로 변경되었다.

     7) 원고는 피고에게 이 사건 개발행위허가에서 정한 준공기한을 연기하여 줄 것을

신청하여 2020. 6. 9. 이 사건 공사의 준공기한을 당초 기한인 2020. 6. 9.에서 2022.

6. 8.로 연장받았고, 2022. 12.경 개관할 목표로 이 사건 변론종결일 현재 이 사건 공

사 계속 중이다. 이 사건 변론종결일에 가까운 2022. 9. 15.경 이 사건 공사 현장의 사

진은 아래와 같다.

라. 판단

1) 구 지방세특례제한법 제178조 제1호는 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이

경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우에는 감면된 취득세를 추징하

도록 정하고 있다. 위 규정에서 정하고 있는 ‘정당한 사유’란 법령에 의한 금지, 제한

등 납세의무자가 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 해당 용도로 사용하기 위

한 정상적인 노력을 다하였으나 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유

도 포함한다. 그리고 정당한 사유의 유무를 판단할 때에는 납세의무자에 의하여 수행

되는 사업의 공익성을 감안하여 취득세를 부과하지 않는 입법 취지를 충분히 고려하면

서, 부동산의 취득목적에 비추어 그 목적사업에 직접 사용하는 데 걸리는 준비기간의

장단, 목적사업에 사용할 수 없는 법령상, 사실상의 장애사유 및 장애정도, 납세의무자

가 목적사업에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부 등을 아울러 참작하여

구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 한다(대법원 2014. 2. 13. 선고 2013두

18582 판결 등 참조).

2) 앞서 본 사실 및 증거들에 갑24호증의 기재 및 변론 전체의 취지를 더하여 알

수 있는 아래와 같은 사정들을 위 법리에 비추어 살펴보면, 원고가 이 사건 토지를 그

취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도(미술관)로 직접 사용하지 아니한 데에 정

당한 사유가 있다고 봄이 타당하다. 따라서 위와 같은 정당한 사유가 없다고 본 이 사

건 처분은 위법하다.

가) 2토지는 1토지의 한복판에 위치하였기 때문에 원고가 1토지 위에 이 사건

미술관을 신축하기 위해서는 1토지 외에 2토지도 취득하는 것이 필수적이었을 것으로

봄이 상당하다. 실제로도 원고는 이 사건 미술관 신축사업 계획 당시부터 1토지 및 2

토지를 모두 취득하여 이를 합병하고자 하였고, 1토지를 취득한 직후 2토지 취득을 위

해서도 노력하였으며, 이 사건 미술관에 관한 건축허가도 최초에는 그 부속토지로 1토

지만 포함하였다가 2토지를 취득한 이후에는 2토지도 포함하는 것으로 변경하였다.

나) 원고는 2017. 4. 6. 1토지를 취득한 이후 2018. 1. 3.에 이르러서야 2토지를

취득하였다. 원고가 1토지 취득을 위해 원고와 경쟁하였던 자로부터 예기치 못한 민원

이 제기됨에 따라 문화재전문기관의 자문 등을 받아 이를 해결하고, 민원 해결 이후 2

토지 및 그 지상 수목에 대한 감정평가를 거치는 등의 과정에서 위와 같이 2토지 취득

이 지연될 수밖에 없었던 것으로 보인다.

다) 원고는 1토지 취득일로부터 1년 내였던 2018. 4. 3.경 이 사건 공사를 위한

터파기 공사에 착수하였고, 이 과정에서 I회사가 1토지 지하에 매립하였던 국가보안시

설인 통신선을 발견하였으며, 위 통신선이 이설된 2018. 6. 30.까지 이 사건 공사를 중

단할 수밖에 없었다. 이처럼 1토지 지하에 통신선이 매립된 사실은 원고와 피고 모두

미처 알지 못하였던 것으로 보인다(피고 또한 조세심판 과정에서 위 통신선을 이설하

지 않을 경우 사실상 이 사건 공사를 할 수 없으므로 위 통신선 이설 시까지 이 사건

공사를 중단할 수밖에 없는 정당한 사유가 있다고 인정하였다).

라) 원고는 2018. 7. 12. 1토지 및 2토지를 합병한 이후 2018. 11. 28.경 피고에

게 이 사건 개발행위허가를 신청하였는데, 피고 측 도시계획위원회가 위 허가 여부를

심사하는 과정에서 이 사건 미술관에 지하주차장을 설치(지상부 주차장의 지하화)할

것을 제안함에 따라 피고는 2018. 12. 31. 지하주차장 설치를 조건으로 한 ‘조건부 수

용’ 결정을 하게 되었다. 그러나 이러한 지하주차장 설치 조건은 위 심사 과정에서 갑

작스레 제안되었고 기존에 논의된 적이 없는 것으로 보이는데, 추후 검토된 바에 의하

면 관련 법령상 허용될 수 없는 조건이었던 점, 그럼에도 원고는 피고 측의 조건부 수

용 결정에 따라 실제로 지하주차장을 설치할 수 있을지 관련 부서와 협의를 하여 그

협의 및 검토 결과를 2019. 2. 27.에서야 피고에게 제출할 수 있었고, 피고는 이러한

의견을 제출받은 후에는 이 사건 토지에 지하주차장 설치를 더 이상 요구하지 않는 등

지하주차장 설치 조건은 사실상 철회하였던 것으로 보이는 점, 이후 이 사건 개발행위

허가를 위한 도시계획심의는 사실상 마무리된 것으로 보이는 상황임에도 피고는 원고

에게 주차장 공동 사용, 도로 확장 등 이 사건 미술관 신축과 직접적으로 관련된 것으

로 보기 어려운 내용의 민원에 대한 대책을 마련하라는 취지로 계속 보완요구를 하다

가 2019. 7. 9. 이 사건 개발행위허가를 한 점 등에 비추어 보면, 이 사건 공사는 이

사건 개발행위허가의 신청 및 그 허가일까지의 기간 동안 원고가 마음대로 할 수 없는

외부 영역에서 유발된 사유나 그 밖에 예기치 못한 사정으로 인해 정상적으로 진척되

기는 어려웠던 것으로 봄이 타당하다.

        마) 2020. 2.경부터 대한민국에 코로나19 바이러스가 확산되었고, 이를 방지하기

위한 정부의 정책에 따라 사회 전반적으로 여러 업무가 중단되는 상태가 발생하였었는

데, 다수의 인부가 밀집한 건설현장의 특성을 고려하면 이 사건 공사현장을 포함한 여

러 건설현장에서도 위 시기 즈음에는 코로나19 바이러스 확산 방지를 위하여 공사가

전부 또는 일부 중단되었을 것으로 봄이 상당하다. 설령 코로나19 바이러스 확산과 무

관하게 이 사건 공사를 진행하는 것이 물리적으로 가능하였고 실제로 같은 시기에 공

사가 진행된 경우가 있다고 할지라도, 전세계적으로 유례없는 전염병(코로나19 바이러

스)의 확산 방지라는 지극히 예외적이고 예측 불가능하며 외부적인 사유로 인한 공사

중단이 정당한 사유로 인한 공사 중단이 아니라고 보는 것은 부당하다(더욱이 원고도

2020. 4.경부터 코로나19 바이러스 방역을 개시하고 J과 이 사건 공사를 위한 변경계

약을 체결하는 등 이 사건 공사를 재개하기 위한 노력을 다한 것으로 보이는바, 코로

나19 바이러스 확산으로 인한 이 사건 공사 중단의 책임을 모두 원고에게 지우는 결과

는 부당하다).

바) 원고는 1토지를 취득한 후 2토지를 취득하지 못하고 있는 시기에 1토지에

관한 현황측량 및 지반조사 등을 진행하는 등 앞서 본 여러 가지 사유로 인하여 이 사

건 공사가 지연되는 와중에도 이 사건 공사를 진행하기 위하여 필요한 여러 가지 용역

을 의뢰하면서 이 사건 공사를 최대한 진행하고자 노력하였고, 그 결과 이 사건 변론

종결일 당시 이 사건 미술관이 상당 부분 건축된 것으로 보인다(더욱이 이 사건 변론

종결일 이후에 제출된 참고자료에 의하면, 이 사건 건물은 이 사건 판결 선고일 현재

완공된 것으로 보인다).

3. 결론

  그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이

판결한다.