12_서울고법_2020누67294_판결서_unlocked.pdf

1. 처분의 경위

가. 한국수자원공사는 2009년경부터 ○○시 G리 일대에서 약 868,810㎡ 규모의 물류단지(이하 ‘C물류단지’라 한다)를 조성하는 사업을 추진하면서, 2010. 11. 29. C물류단지 중 일부를 물류시설용지의 용도로 분양한다는 내용의 분양공고를 하였다.

나. B 주식회사(이하, 아래에서 살펴보는 바와 같이 2014. 7. 2. 원고에게 흡수합병 되기 전까지의 ‘B 주식회사’만을 칭할 때 ‘B’이라 한다)는 2010. 12. 22. 한국수자원공사로부터 ○○시 D 창고용지 58,019.7㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 한다)을 49,604,332,290원에 분양받았고, 2013. 4. 1. 이 사건 토지에 관하여 그 명의의 소유권이전등기를 마쳤다. 이후 B은 이 사건 토지 지상에 ○○ 물류센터(이하 ‘이 사건 물류센터’라 하고, 이 사건 토지와 이 사건 물류센터를 통틀어 ‘이 사건 부동산’이라 한다)를 신축하여 2013. 2. 19. 이 사건 물류센터에 관하여 그 명의의 소유권보존등기를 마쳤다.

다. B은 2013. 2.경 구 지방세특례제한법(2013. 1. 1. 법률 제11618호로 개정되기 전의 것) 제71조 제2항(이하 ‘이 사건 감면조항’이라 한다)에 따라 이 사건 부동산에 관한 취득세 4,490,296,041원(= 이 사건 물류센터 관련  2,419,600,821원 + 이 사건 토지 관련 2,070,695,220원)을 면제받았다.

라. B은 2013. 9. 23. E 주식회사(E 주식회사는 2014. 7. 4. 상호를 ‘B 주식회사’로 변경하였고, 2015. 9. 2. F 주식회사에 합병되었다. 이하 ‘E’라 한다)에 패션사업부문(직물사업부문 포함)을 양도하였는데, 영업양도 과정에서 이 사건 부동산을 양도 대상에서 제외하고, 대신 2013. 11. 20. E에 이 사건 부동산을 임대차기간은 2013. 12. 1.부터 2014. 11. 30.까지로 정하여 임대하였다. 원고는 2014. 7. 2. B을 흡수합병(이하 B과 원고를 통틀어 ‘원고’라 한다)한 다음, 2014. 10. 22. E에 이 사건 부동산을 임대차기간은 2014. 12. 1.부터 2015. 11. 30.까지로 정하여 임대하였다(이하 위 각 임대차계약을 통틀어 ‘이 사건 임대차계약’이라 한다).

마. 원고는 2013. 12.경 종전에 면제받았던 이 사건 부동산에 관한 취득세 4,490,296,041원 및 지방교육세 345,332,422원(= 이 사건 물류센터 관련 138,262,900원 + 이 사건 토지 관련 207,069,522원)과 농어촌특별세  276,363,391원(= 이 사건 물류센터 관련 172,828,630원 + 이 사건 토지 관련 103,534,761원)의 총 합계 5,111,991,854원을 각 신고 납부하였다.

바. 원고는 피고에 대하여, 2017. 12. 19. 취득세 경정청구, 2018. 12. 5. 지방교육세 및 농어촌특별세 경정청구를 각 하였으나, 피고는 원고가 E에 이 사건 부동산을 임대한 것이 구 지방세특례제한법(2014. 1. 1. 법률 제12175로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제94조 제2호(이하 ‘이 사건 추징조항’이라 한다)의 ‘해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각․증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우’에 해당한다는 이유로 2018. 2. 7. 취득세  4,490,296,041원의 경정거부처분을 하였고, 2019. 1. 30. 지방교육세 345,332,422원, 농어촌특별세 276,363,391원의 각 경정거부처분을 하였다(이하 피고의 2018. 2. 7.자 취득세 경정거부처분과 2019. 1. 30.자 지방교육세 및 농어촌특별세 경정거부처분을 통틀어 ‘이 사건 처분’이라 한다).

사. 원고는 조세심판원에, 2018. 5. 3. 위 2018. 2. 7.자 취득세 경정거부처분에 대하여, 2019. 4. 25. 위 2019. 1. 30.자 지방교육세 및 농어촌특별세 경정거부처분에 대하여 각 조세심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2019. 6. 28. 원고의 청구를 모두 기각하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4, 8 내지 12, 20호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다), 을 제4, 6호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

이 사건 추징조항의 문언상 ‘직접 사용’이란, 사용주체를 불문하고 당해 재산이 조세특례제한법령에 따라 조세감면혜택이 부여되는 용도에 사용되는 것을 의미한다. 그렇다면 원고가 이 사건 부동산에서 물류사업을 하던 중 2년이 지나지 않은 상태에서 E에 이 사건 부동산을 임대하였다고 하더라도, 임차인인 E에 의하여 이 사건 부동산이 물류사업에 그대로 사용된 이상, 원고가 2년 이상 이 사건 부동산을 해당 용도로 ‘직접 사용’ 한 경우에 해당한다. 이와 다른 전제에 선 피고의 이 사건 처분은 위법하므로 취소되어야 한다.

설령, 이 사건 추징조항의 ‘직접 사용’에 임대가 포함되지 않는다고 보더라도, 원고는 E와의 이 사건 임대차계약을 통하여 이 사건 부동산에서 임대창고 방식의 물류시설운 영업(창고업)을 영위하였다고 할 것이므로, 원고가 이 사건 임대차계약 이후에도 계속 이 사건 부동산을 물류시설의 용도로 ‘직접 사용’하였다고 볼 수 있다. 따라서 이와 다른 전제에 선 피고의 이 사건 처분은 위법하므로 취소되어야 한다.

나. 피고의 주장

이 사건 추징조항에서 ‘직접 사용’의 주체는 ‘소유자’로 해석되어야 한다. 이 사건 임대차계약의 내용을 살피면 원고는 임대업으로 수익을 얻은 것에 불과하고, 물류시설 운영업(창고업)을 영위한 것으로 볼 수 없다. 또한 B이 원고에 흡수합병되면서 원고에게 이 사건 부동산의 소유권이 이전되어 물류사업용 부동산이 매각된 경우에 해당한다. 따라서 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 부동산을 매각하거나 다른 용도에 사용한 것에 해당하여 이 사건 추징조항의 요건을 충족한다.

설령, 이 사건 추징조항의 ‘직접 사용’의 주체가 이 사건 부동산의 ‘소유자’에 한정되지 않는다고 하더라도, B은 임차인인 E로 하여금 자가물류방식의 물류사업, 즉 E에서 제작․생산한 물건을 보관하는 물류창고로 사용할 수 있도록 하였는바, 이는 이 사건 감면조항이나 이 사건 추징조항이 예정하고 있는 ‘물류사업’으로 볼 수 없다.

다. 관계 법령

별지 기재와 같다.

라. 판단

1) 인정사실

가) 이 사건 임대차계약 당시 작성된 각 임대차계약서에는 아래와 같은 내용이 기재되어 있다.

나) 이 사건 임대차계약의 임차목적물은 ‘부지, 건물 전체 및 부속설비’였는데, 그 부속설비로는 ‘보관 물품의 분류, 이동, 입출고 관리를 위한 물류자동화 설비 등 의 기계장치 12식, 공기구비품 23식’ 등이 있었다.

다) E는 B의 패션사업부분을 영업양수한 다음 의류 등 제품을 생산하였고, 원고로부터 임차한 이 사건 부동산을 위 제품을 보관하는 물류창고로 사용하였다.

[인정근거] 갑 제9, 13, 17호증의 각 기재 및 영상, 변론 전체의 취지

2) 이 사건 추징조항의 ‘직접 사용’의 해석

앞서 든 증거에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정에 비추어 보면, 이 사건 추징조항의 ‘직접 사용’이란 당해 재산이 조세감면혜택이 부여되는 용도인 물류사업에 사용되는 것을 의미하고, 당해 재산의 소유자가 스스로 물류사업에 사용하는 경우만을 의미한다고 볼 수는 없다.

가) 법해석의 목표는 어디까지나 법적 안정성을 저해하지 않는 범위 내에서 구체적 타당성을 찾는 데 두어야 한다. 그러기 위해서는 가능한 한 법률에 사용된 문언의 통상적인 의미에 충실하게 해석하는 것을 우선으로 하여야 하고, 다만 그 문언의 통상적 의미를 벗어나지 아니하는 범위 내에서는 법률의 입법 취지와 목적, 그 제․개정 연혁, 법질서 전체와의 조화, 다른 법령과의 관계 등을 고려하는 체계적․논리적 해석방법을 추가적으로 활용할 수 있다(대법원 2017. 12. 22. 선고 2014다223025 판결 등 참조). 한편, 이 사건 추징조항에서 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각․증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우 감면된 세액을 추징하도록 한 것은, 지방세특례제한법상의 조세감면조항을 악용하는 사례를 방지하여 본래의 정책적 목적을 원활히 달성함에 그 목적이 있다고 볼 것이다. 따라서 이 사건 추징조항의 ‘직접 사용’의 의미는 그 문언의 통상적 의미에 충실하게 해석하되, 조세감면혜택을 부여하는 각 규정의 입법취지 내지 목적까지 종합적으로 고려하여 판단하여야 할 것이다.

나) 이 사건 추징조항은 “해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각․증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우” 감면된 취득세를 추징하도록 규정하면서, 당해 재산을 ‘직접 사용’하여야 할 주체에 관하여는 별도의 제한을 두고 있지 않다. 또한 구 지방세특례제한법에서는 이 사건 추징조항에서의 ‘직접 사용’의 주체에 관하여 별도의 정의 또는 해석규정을 두고 있지 않았다. 그렇다면 이 사건 추징조항에서 감면된 취득세를 추징하는 요건은, 그 문언상 “당해 재산이 ‘조세감면혜택이 부여될 당시 예정된 용도’에 ‘직접 사용’한 기간이 2년 미만인 경우”라 해석해야 할 것이고, 이 와 달리 그 ‘직접 사용’이 당해 재산을 취득한 ‘소유자’에 의하여 사용된 경우에 한정된

다고 보기는 어렵다.

다) 지방세특례제한법이 2014. 1. 1. 법률 제12175호로 개정되면서 “‘직접 사용’이란 부동산의 소유자가 해당 부동산을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것을 말한다.”라는 정의 규정(제2조 제1항 제8호)이 신설되기는 하였다. 그러나 이와 같은 정의 규정이 신설되기 전에는 이 사건 추징조항의 ‘직접 사용’에 그 주체에 관한 별도의 제한이나 해석규정이 없었고, 위 개정법률 부칙 제6조에서 ‘이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다’고 규정하기도 한 점 등을 고려할 때, 위와 같이 신설된 정의 규정은 이 사건 추징조항에 대한 종래의 해석을 재확인하였다기보다는 입법자가 조세감면혜택을 받은 부동산 취득자가 스스로 그 부동산을 사용하는 경우에만 이 사건 추징조항을 적용하지 않겠다는 결단을 내리고 이를 실현하기 위하여 새로 규정을 둔 것으로 봄이 타당하다. 이에 대하여 피고는, 헌법재판소 2018. 1. 25. 선고 2015헌바277 결정에서 “이 사건 추징조항에서의 ‘직접 사용’은 ‘소유주체로서 해당 부동산을 용도에 맞게 사용하는 것’이라 해석될 수 있으므로, 2014. 1. 1. 신설된 지방세특례제한 법 제2조 제1항 제8호는 종래의 해석을 더욱 명확히 한 것”이라는 취지로 설시하였으므로, 이 사건의 경우에도 마찬가지로 보아야 한다고 주장한다. 그러나 위 헌법재판소 결정은 심판대상조항을 구 지방세특례제한법(2011. 12. 31. 법률 제11138호로 개정되기 전의 것) 제94조 가운데 ‘농업협동조합이 고유 업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(임대용 부동산 제외)에 대한 취득세 감면’에 관한 구 지방세특례제한법(2011. 12. 31. 법률 제11138호로 개정되기 전의 것) 제14조 제3항과 관련된 부분으로 한정하였고, 그 경우 ‘직접 사용’의 의미가 구 지방세특례제한법(2011. 12. 31. 법률 제11138호로 개정되기 전의 것) 제14조 제3항의 문언 및 입법취지 등에 비추어 2014. 1.1. 신설된 지방세특례제한법 제2조 제1항 제8호와 마찬가지라는 것이므로, 이 사건 감면조항과 관련하여 이 사건 추징조항의 ‘직접 사용’의 의미가 문제되는 이 사건에까지 그대로 적용하기는 어렵다.

라) 물류시설의 개발 및 운영에 관한 법률(이하 ‘물류시설법’이라 한다)은, 물류시설을 합리적으로 배치․운영하고 물류시설 용지를 원활히 공급하여 물류산업의 발전을 촉진함으로써 국가경쟁력을 강화하고 국토의 균형 있는 발전과 국민경제의 발전에 이바지함을 목적으로 한다고 규정하면서(제1조), 국가 또는 지방자치단체는 물류단지의 원활한 개발 및 입주기업체의 유치를 위하여 지방세특례제한법 등으로 정하는 바에 따라 지방세 등을 감면할 수 있다고 규정하고 있다(제58조). 한편, 이 사건 감면 조항은 ‘물류시설법에 따른 물류단지개발사업의 시행자가 개발하는 물류단지에서 물류사업을 직접 하려는 자가 취득하는 물류사업용 부동산에 대하여는 2012년 12월 31일까지 취득세를 면제한다.’고 규정하고 있고, 구 지방세특례제한법 시행령(2016. 6. 28. 대통령령 제27285호로 개정되기 전의 것) 제33조는 ‘물류사업을 직접 하려는 자가 취득하는 물류사업용 부동산’이란 물류시설법 제2조 제7호에 따른 ‘물류단지시설’을 설치하기 위하여 물류단지 안에서 최초로 취득하는 토지와 그 토지취득일부터 5년 이내에 취득하는 사업용 토지 및 건축물을 말한다고 규정하고 있다.

특히 이 사건 감면조항은 물류사업을 영위하고자 하는 자로 하여금 그 물류단지 및 물류단지시설에 관한 취득세 등을 감경․면제함을 그 내용으로 하는바, 그 입법취지는 ‘물류단지의 원활한 개발 및 그 입주기업체의 유치를 통한 물류산업 발전을 촉진하는 것’이라고 할 것이다. 그렇다면 해당 물류단지를 취득한 소유자가 물류사업을 스스로 영위하는 경우뿐만 아니라 임대 등의 방법으로 제3자로 하여금 물류사업을 영위하도록 하는 경우에도 위와 같은 이 사건 감면조항의 취지에 반한다고 단정하기는 어렵다.

마) 대법원도 이 사건 추징조항과 유사한 구조 및 체계를 가진 구 조세감면 규제법3)(1981. 12. 31. 법률 제3481호로 개정되기 전의 것) 제10조 제1항의 해석에 관하여, “‘......그 고유의 업무에 직접 사용......’한다 함은 당해 재산의 사용용도가 직접 그 고유의 업무에 사용하는 것이면 족하다 할 것이고 그 사용의 방법이 소유자 스스로 그와 같은 용도에 제공하거나 혹은 제3자에게 임대 또는 위탁하여 그와 같은 용도에 제공하는지 여부는 가리지 않는다.”는 취지로 판시하였다(대법원 1984. 7. 24. 선고 84누297 판결).

바) 한편 피고는, 이 사건 감면조항에서 ‘물류사업을 직접 하려는 자’에게 조세감면혜택을 부여하고 있으므로, 이 사건 추징조항의 ‘직접 사용’ 역시 해당 부동산의 소유자가 직접 물류사업을 하는 것을 전제로 하는 것으로 보아야 한다는 취지로 주장한다. 그러나 이 사건 추징조항에서는 이 사건 감면조항과 달리 “취득세를 면제받은 자가 ‘해당 용도로 직접 사용’한 기간이 2년 이상’”일 것을 요건으로 하고 있을 뿐 아니라, 앞서 살펴본 바와 같은 물류시설법 및 이 사건 감면조항 및 추징조항의 입법취지를 고려한 해석에 비추어 볼 때 이 사건 추징조항에서의 ‘직접 사용’ 요건 해당 여부를 이 사건 감면조항에서의 요건에 맞추어 좁게 해석할 수는 없다.

3) 합병으로 인한 소유권이전이 이 사건 추징조항의 매각에 해당하는지 여부

앞서 든 증거에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정에 비추어 보면, 합병으로 부동산의 소유권이 이전된 경우가 이 사건 추징조항의 ‘매각’에 해당하지 않는다고 봄이 타당하다. 따라서 원고가 B을 흡수합병하는 사정으로 인하여, B이 이 사건 부동산을 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각하였다고 볼 수는 없다.

가) 회사의 합병이라 함은 두 개 이상의 회사가 계약에 의하여 신회사를 설립하거나 또는 그 중의 한 회사가 다른 회사를 흡수하고, 소멸회사의 재산과 사원(주주)이 신설회사 또는 존속회사에 법정 절차에 따라 이전․수용되는 효과를 가져오는 것이다(대법원 2003. 2. 11. 선고 2001다14351 판결 등 참조). 합병이 되면 존속회사 등이 상속의 경우와 같이 소멸하는 회사의 모든 권리․의무를 포괄적으로 승계한다(상법 제235조)는 점에서 상대방에게 대가를 주고 물건이나 권리 등을 특정승계하는 ‘매각(민법 제563조)’과 차이가 있고, 소멸하는 회사의 주주는 합병의 대가로 존속회사 등 의 주식 등을 교부받는다는 점에서 수증자가 증여자로부터 무상으로 재산 또는 이익 등을 이전받는 ‘증여(민법 제554조)’와도 차이가 있다.

나) 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니한다(대법원 1983. 6. 28. 선고 82누142 판결, 대법원 2004. 5. 28. 선고 2003두7392 판결 등 참조). 그렇다면 이 사건 추징조항에서 추징사유가 명시적으로 ‘매각․증여’로 규정되어 있고 ‘합병’이 열거되어 있지 않은 이상, 이와 다르게 위 ‘매각․증여’의 의미를 소유권이 이전되는 모든 경우로 확대해석하여 상속의 경우와 같이 소멸회사의 권리․의무를 존속회사등이 포괄적으로 승계하는 합병까지도 이에 포함된다고 해석할 수는 없다.

다) 나아가 이 사건 추징조항이 ‘해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각․증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우’를 추징사유로 정한 기본적인 취지는 물류단지의 원활한 개발 및 그 입주기업체의 유치를 통한 물류산업 발전 촉진을 위하여 공급된 부동산이 일정기간 이상 당초의 목적대로 사용되도록 유도하려는 것인바, 합병으로 해당 부동산의 소유권이 이전된다고 하더라도 합병 후 존속법인이 해당 부동산을 조세감면혜택이 부여되는 용도로 계속 사용하여 조세감면혜택을 부여하는 법령의 취지가 충분히 달성되는 경우에도 감면된 취득세 등을 추징하려는 것은 아니라고 볼 것이다.

4) 자가물류방식의 물류산업이 ‘직접 사용’에 해당하는지 여부

앞서 든 증거에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정에 비추어 보면, 자가물류방식으로 물류산업이 영위라고 하더라도 이 사건 추징조항의 ‘직접 사용’에 해당하지 않는다고 볼 수는 없다.

가) 앞서 살펴본 바와 같이 물류시설법과 이 사건 감면조항, 이 사건 추징조항은 ’물류시설의 합리적으로 배치, 집단적으로 설치․육성되는 물류단지의 원활한 개발 및 그 입주기업체의 유치를 통한 물류산업 발전 촉진하는 것‘ 등을 그 취지로 하고 있다고 볼 것이다. 따라서 해당 부동산이 자가물류방식의 물류시설로 사용된다고하여 위 입법취지에 반한다고 보기는 어렵다.

나) 이 사건 부동산은 당초 B이 자체적으로 생산한 의류를 보관하는 자가물류방식의 물류창고로 사용되다가, E가 B으로부터 패션사업부문을 영업양수하고 이 사건 부동산을 그 부속설비까지 포함하여 임차한 다음부터 E가 생산한 의류를 보관하는 자가물류방식의 물류창고로 사용되어 온 것이다. 이와 같이 E가 이 사건 부동산을 임차한 이전과 이후에 이 사건 부동산의 실질적인 사용현황이 다르다고 보기 어려운 바, E가 이 사건 부동산을 자가물류창고로 사용한 점만을 두고 이 사건 추징조항에서의 ’직접 사용‘에 해당하지 않는다고 해석하기는 어렵다(피고도 B이 이 사건 부동산을 자가물류방식의 물류창고로 사용한 것을 두고, 이 사건 추징조항에서의 ’직접 사용‘에 해당하지 않는다고 주장하는 것은 아니라고 보인다).

다) 원고는 E에게 이 사건 부동산을 임대하면서 이 사건 부동산을 ’물류센터‘로 사용할 것을 조건으로 하였을 뿐, E로 하여금 이 사건 부동산을 구체적으로 어떠한 방식의 물류센터로 사용할 것인지 정하지는 않았는바, E가 이를 자가물류방식의 물류센터로 사용했다는 사정으로 인하여, 원고가 이 사건 추징조항의 요건인 ’직접 사용‘했는지 여부가 달라진다고 보기도 어렵다.

5) 소결

원고가 E에 이 사건 부동산을 물류시설의 용도로 임대하였고, E가 이 사건 부동산을 물류시설로 사용하면서 자가물류 방식의 물류사업을 영위하였음은 앞서 본 바와 같으므로, 이 사건 추징조항에서와 같이 원고가 ’해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만‘인 경우에 해당한다고 보기는 어렵다. 따라서 피고의 2018. 2. 7.자 취득세경정거부처분은 위법하고, 원고가 그 취득세 납세의무자임을 전제로 한 피고의 2019. 1. 31.자 지방교육세 및 농어촌특별세 경정거부처분도 위법하다. 따라서 이 사건 처분은 모두 취소되어야 한다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 있어 이를 인용하여야 한다. 제1심판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로, 피고의 항소는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.