12_인천지법_2019구합55464_판결서_unlocked.pdf

1. 처분의 경위

다음의 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나 갑 제1, 2, 4, 8, 12호증, 갑 제3, 6, 7,10호증의 각 1, 2, 갑 제5호증의 1의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면 이를 인정할 수 있다.

가. 물류사업용 부동산의 취득과 취득세 면제

1) B 주식회사(이하 ‘B’이라 한다)는 2010. 12. 22. 물류시설의 개발 및 운영에 관한 법률(이하 ‘물류시설법’이라 한다) 제22조 제1항에 따라 지정된 물류단지인 C물류단지에서 물류사업을 직접 하기 위하여 물류단지개발사업의 시행자인 한국수자원공사와 사이에 ○○시 D 창고용지 58,019.7㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 한다)를 49,604,332,290원에 분양받되 잔금을 2013. 1. 31. 지급하기로 하는 내용의 토지분양계약을 체결하였다. 원고는 분양대금을 모두 지급하고 2013. 4. 1. 이 사건 토지에 관하여 소유권이전등기를 마쳤다.

2) B은 위 토지분양계약 체결 후 이 사건 토지 지상에 ○○ 물류센터(이하 ‘이 사건 물류센터’라 한다)를 신축하는 공사에 착수하여 2012. 12. 14. 사용승인을 받고, 2013. 2. 19. 이 사건 물류센터에 관하여 소유권보존등기를 마친 후 물류사업에 사용하였다(이하 이 사건 물류센터와 이 사건 토지를 모두 가리켜 ‘이 사건 부동산’이라 한다).

3) B은 2013년 2월경 물류단지에서 물류사업을 직접 하려는 자가 물류사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 물류시설용 부동산에 대하여 취득세를 면제하는 구 지방세특례제한법(2013. 1. 1. 법률 제11618호로 개정되기 전의 것 및 2014. 1. 1. 법률 제12275호로 개정되기 전의 것) 제71조 제2항(이하 ‘이 사건 감면조항’이라 한다)에 따라 이 사건 물류센터에 관한 취득세 2,419,600,821원 및 이 사건 토지에 관한 취득세 2,070,695,220원에 대하여 감면신청을 하여, 위 취득세 합계 4,490,296,041원을 면제받 았다.

나. 영업양도와 이 사건 부동산의 임대, 취득세 등 신고·납부

1) B은 2013. 9. 23. E 주식회사(이하 ‘E’라 한다)2)와 사이에 B이 영위하는 패션사업 부문의 자산, 부채, 기타 관련 권리 및 의무 등을 포함한 사업부문 일체를 포괄적으로 양도하는 내용의 영업양수도계약을 체결하였다. 다만 B은 이 사건 부동산을 영업양수 도 대상에서 제외하면서 2013. 11. 20. E와 사이에 2013. 12. 1.부터 이 사건 부동산 등을 임대하기로 하는 내용의 임대차계약(이하 ‘이 사건 임대차계약’이라 한다)을 체결하였다.

2) B은 추후 경정청구를 통해 환급받을 것을 전제로 2013년 12월경 이 사건 감면조항에 따라 면제받았던 이 사건 물류센터에 대한 취득세 2,419,600,821원 및 지방교육세 138,262,900원, 농어촌특별세 172,828,630원과 이 사건 토지에 대한 취득세 2,070,695,220원 및 지방교육세 207,069,522원, 농어촌특별세 103,534,761원 등 합계 5,111,91,854원을 각 신고·납부하였다.

다. 경정청구 및 이에 대한 거부처분, 전심절차의 진행

1) 원고가 2014. 7. 2. B을 흡수합병하여 2014. 8. 11. 이 사건 부동산에 관하여 원고 앞으로 소유권이전등기가 마쳐졌다. 원고는 피고에 대하여 2017. 12. 19. 취득세에 대한 경정청구를, 2018. 12. 5. 지방교육세 및 농어촌특별세에 대한 경정청구를 하였다.

2) 피고는 2018. 2. 7. 및 2019. 1. 30. B이 E에 이 사건 부동산을 임대한 것은 구 지방세특례제한법(2014. 1. 1. 법률 제12175호로 개정되기 전의 것) 제94조 제2호(이하 ‘이 사건 추징조항’이라 한다)에서 정한 부동산에 대한 취득세 감면 후 ‘해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각·증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우’에 해당한다는 이유로 경정청구를 거부하는 처분(이하 위 각 거부처분을 모두 가리켜 ‘이 사건 거부처분’이라 한다)을 하였다.

3) 원고는 이에 불복하여 2018. 5. 3. 및 2019. 4. 25. 각 조세심판원에 조세심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2019. 6. 28. 원고의 청구를 모두 기각하였다.

2. 이 사건 거부처분의 적법 여부

가. 당사자의 주장

1) 원고의 주장

원고는 다음과 같이 이 사건 추징조항의 요건이 충족되지 아니한다고 주장한다.

가) 이 사건 추징조항에서 직접 사용의 주체는 ‘사용자’로서 이 사건 부동산의 소유자가 이를 제3자에게 임대하였는지 여부와 관계없이 당해 재산의 사용용도가 직접 그 본래의 업무에 사용하는 것이면 충분하므로 E가 이 사건 부동산을 물류사업용으로 사용한 이상 직접 사용한 기간이 2년 미만이 되지 아니한다.

나) 가사 직접 사용의 주체를 ‘소유자’로 보더라도, B이 이 사건 임대차계약을 통해 이 사건 부동산을 물류사업 중 하나인 임대창고 방식의 ‘물류시설운영업(창고업)’으로 사용한 이상 직접 사용한 기간이 2년 미만이 되지 아니한다.

2) 피고의 주장

가) 이 사건 추징조항에서 직접 사용의 주체는 ‘소유자’로서 이 사건 임대차계약의 내용을 살피면 원고는 임대업으로 수익을 얻은 것에 불과하고 물류시설운영업(창고업)을 영위한 것으로 볼 수 없다. 또한 B이 원고에 흡수합병되어 이 사건 부동산의 소유권이 이전된 것은 물류사업용 부동산이 매각된 것으로 볼 수 있다. 따라서 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 부동산을 매각하거나 다른 용도에 사용한 것에 해당하여 이 사건 추징조항의 요건을 충족한다.

나) 가사 직접 사용의 주체를 ‘사용자’로 보더라도, 이 사건 부동산을 소유하던 B은 E가 자가물류방식의 물류사업 즉, E에서 제작·생산한 물건을 보관하는 물류창고로 사용할 수 있도록 한 것으로, 직접 B 자신이 직접 이 사건 부동산을 자가물류방식으로 사용한 것이 아닌 이상 이 사건 감면조항에 따른 조세혜택이 유지될 수 없다.

나. 관계 법령

별지 관계 법령과 같다.

다. 인정사실

다음의 사실은 갑 제9호증의 1, 갑 제17호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면 이를 인정할 수 있다.

가) B은 이 사건 임대차계약을 체결하면서 다음과 같이 정하였다.

나) 이 사건 임대차계약의 임차목적물에는 이 사건 부동산뿐만 아니라 컨베이어 시스템, 행거 시스템, 행거 소터, 전기제어시스템과 같은 보관 물품의 분류, 이동, 입출고 관리를 위한 물류자동화 설비 등의 기계장치 12식, 공기구비품 23식이 포함되어 있다.

다) E는 이 사건 부동산과 위 설비를 자체 생산한 물건의 보관 등을 위한 물류창고로 사용하고 있다.

라. 판단

1) ‘직접 사용’과 관련한 판단

이 사건 감면조항은 물류단지에서 물류사업을 직접 하려는 자가 물류사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 물류시설용 부동산에 대하여 취득세를 면제하도록 규정하고, 이 사건 추징조항은 물류시설용 부동산에 대한 취득세 감면 후 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각·증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우에는 감면된 취득세를 추징한다고 규정하고 있다.

관계 규정의 내용 및 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정을 종합하여 보면, 이 사건 추징조항의 ‘직접 사용’은 물류시설용 부동산을 직접 물류사업에 사용하는 경우를 의미하는 것으로 보아야 하고, 반드시 취득세 감면 대상인 부동산의 ‘소유자’가 물류시설용 부동산을 물류사업에 스스로 사용한 경우만을 의미한다고 볼 수 없다.

① 구 조세감면규제법3)(1981. 12. 31. 법률 제3481호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 조세감면규제법’이라 한다) 제10조 제1항은 같은 법 제4조 제1항 각 호의 법인이 그 고유의 업무에 ‘직접 사용’하기 위하여 취득하는 재산에 대하여 취득세를 면제하도록 정하고 있다. 위 규정에서 “그 고유의 업무에 직접 사용”한다 함은 당해 재산의 사용용도가 직접 그 고유의 업무에 사용하는 것이면 족하고, 그 사용의 방법이 해당 법인 스스로 그와 같은 용도에 제공하거나 혹은 제3자에게 임대 또는 위탁하여 그와 같은 용도에 제공하는지 여부는 가리지 않는다(대법원 1984. 7. 24. 선고 84누297 판결 등 참조).

② 구 조세감면규제법의 위 규정 및 법리는, 취득재산의 취득주체인 법인의 유형을 특정한 다음 취득재산에 대한 취득세 면제요건으로 ‘그 고유의 업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 재산’을 규정한 것에 대하여 법인이 이를 스스로 사용하는지 아니면 임대 또는 위탁하는지 여부를 불문한다고 해석한 것이다. 위와 같은 해석은 취득세를 감면받은 자에 대하여 그 후에 감면된 취득세의 추징요건으로 ‘해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만일 것’을 규정하여 동일한 구조와 체계를 가진 이 사건 추징조항에도 적용될 수 있으므로, 구 조세감면규제법 조항과 마찬가지로 취득한 부동산이 물류사업용에 ‘직접 사용’되는 것이면 이를 스스로 물류사업용에 사용하는지 아니면 제3자에게 부동산을 임대 또는 위탁하여 물류사업용에 사용하는지 여부와 관계없이 직접 사용한 것이라고 볼 수 있다.

③ 이 사건 감면조항 및 추징조항이 물류단지에서 물류사업을 직접 하려는 자가 취득하는 물류사업용 부동산에 대하여 취득세를 면제하도록 하면서 그 부동산을 물류사업용으로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각·증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우에 면제된 취득세를 추징하도록 규정한 것은 물류사업을 직접 하려는 자가 취득한 물류사업용 부동산이 최소한 2년간 물류사업용으로 직접 사용되도록 하여 물류단지의 원활한 개발․운영과 물류산업의 발전을 도모하기 위한 취지이므로, 원고가 이 사건 부동산을 제3자에게 임대하여 물류사업용으로 사용하게 하더라도 이는 물류사업을 하는 하나의 방법으로 볼 수 있어 취득세를 면제받은 자가 당초 면제받은 취지에 합당한 사용을 하지 아니한 것이라고 볼 수 없다.

④ 지방세특례제한법이 2014. 1. 1. 법률 제12175호로 개정되면서 “‘직접 사용’ 이란 부동산의 소유자가 해당 부동산을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것을 말한다.”라는 정의 규정(제2조 제1항 제8호)이 신설되었다. 그러나 위와 같은 법률 개정은 이 사건 추징조항에 대한 종래의 해석을 재확인하였다기보다 직접 사용의 주체를 구분하지 아니할 경우 제3자 임대 등 다른 수익적 방법이 있는 경우까지 과도한 감면혜택으로 이어지는 불합리한 점을 막기 위하여 직접 사용의 주체를 해당 부동산의 소유자 중심으로 명확히 밝히기 위하여 새로 규정을 둔 것으로 보아야 한다.

따라서 위와 같은 정의규정이 이 사건 추징조항의 해석에 영향을 미치지는 아니한다.

2) 자가물류방식의 물류사업 유지 요부에 관한 판단

이 사건 감면조항은 물류단지에서 물류사업을 직접 하려는 자가 물류사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 물류시설용 부동산에 대하여는 취득세를 면제하도록 규정하고 그러나 이 사건 추징규정은 취득세를 면제받은 자가 당초 면제받은 취지에 합당한 사용을 하지 않은 것을 요건으로 한 처분으로서 면제요건을 갖추지 못한 경우에 대한 본래의 취득세 부과처분과는 그 요건을 달리하므로 취득세 면제요건인 ‘물류사업을 직접 하려고 하는 자’의 요건이 그 이후로 유지되어야 조세혜택이 유지된다고 할 수 없는 점, 앞서 본 바와 같이 추징요건인 직접 사용은 반드시 취득세 면제 대상인 부동산의 ‘소유자’가 부동산을 물류사업에 스스로 사용한 경우만을 의미한다고 볼 수 없어 임차인인 E가 자가물류방식으로 물류사업을 하는 것도 원고가 이 사건 토지 및 물류센터를 직접 사용한 경우에 해당한다고 볼 수 있는 점 등에 비추어 보면, B이 자신의 사업을 위하여 해당 물류시설을 자가물류방식으로 사용한 것이 아니라하더라도 이 사건 추징규정의 요건이 충족되었다고 볼 수 없다.

마. 소결론

위와 같이 이 사건 추징조항의 ‘해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만’의 요건이 충족되었다고 볼 수 없는바, 취득세와 원고가 취득세 납세의무자임을 전제로 한 지방교육세 및 농어촌특별세에 대한 경정청구를 거부한 이 사건 거부처분은 위법하다.

3. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.