1. 처분개요

가. 청구법인은 2014.1.1. 이전에 발생한 「법인세법」(2018.12.24. 법률 제16008호로 개정되기 전의 것) 제57조 제1항에 따른 외국납부세액 중 그 공제한도를 초과하여 차기로 이월된 46,607,347,559원에 대하여 같은 법 제57조 제2항에 따라 40,425,064,700원(이하 “쟁점법인세공제액”이라 한다)을 차감하여 산출한 금액을 2014~2017사업연도 법인세로 신고․납부한 후,

  2015.4.23. 충청북도 청주시장[청원구청장]․전라남도 여수시장․경상북도 칠곡군수(이하 “처분청들”이라 한다)에게, 「법인세법」 제13조에 따라 계산한 금액을 과세표준으로 하고 「지방세법」 제103조의20에 따른 세율을 적용하여 산출한 2014~2017년 귀속 법인지방소득세에 같은 법 제89조 제2항에 따른 안분율을 적용한 각각의 금액(이하 “이 건 법인지방소득세”라 한다)을 신고․납부하였다.

나. 청구법인은 이 건 법인지방소득세를 신고․납부하면서 2014.1.1. 이전에 발생한 쟁점법인세공제액을 차감하지 않고 이 건 법인지방소득세를 신고․납부하였으므로,

2020.4.29. 처분청들에게 쟁점법인세공제액에 해당하는 법인지방소득세웅 환급하여야 한다는 취지로 경정청구를 하였으나, 처분청들은 2020.6.26. 이를 거부하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2020.9.16. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

  2014.1.1. 개정된 「지방세법」 부칙에서는 “종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다”라고 하였는데 해당 경과규정의 문언과 취지 및 납세자의 신뢰보호를 고려할 때 2014.1.1. 전에 발생하여 2014사업연도 이후로 이월된 쟁점법인세공제액에 대해서는 이 건 법인지방소득세에서도 공제가 허용되어야 한다.

나. 처분청들 의견

  2014.1.1.이전에는 「지방세법」상 법인지방소득세가 법인세액을 과세표준으로 하고 10%의 세율을 적용하여 산출되었으므로, 각종 세액공제가 적용된 법인세액을 과세표준으로 하여 법인지방소득세가 산출된 결과 법인지방소득세에서도 법인세 이월공제의 반사적 효과를 얻어왔으나, 이는 지방세법령상 법인지방소득세 세액공제 관련 규정에 따른 법률효과는 아니었으므로 법인지방소득세 세액공제가 개정된 지방세법 부칙에서 종전규정의 적용대상으로 규정한 ‘종전의 법령에 따라 감면 또는 부과되어야 할 지방세’에 해당한다고 보기 어렵다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

  2014.1.1. 개정된 「지방세법」 부칙 제15조에 따라 법인세 세액공제액을 법인지방소득세 계산시에도 공제할 수 있는지 여부

나. 관련 법령 : <별지2> 기재

다. 사실관계 및 판단

  (1) 청구법인과 처분청들이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다.

   (가) 청구법인은 도․소매업 및 수출업 등을 영위하는 법인으로, 2014~2017사업연도분 법인세 산출액에서 2013년에 발생한 쟁점법인세공제액을 위 각 사업연도별 법인세 산출액에서 차감한 금액을 법인세로 신고․납부하였다.

   (나) 청구법인은 2014~2017사업연도분 법인세로 쟁점법인세공제액을 공제를 받았으나, 동 세액공제을 적용하지 아니하고 다음의 <표1>과 같이 이 건 법인지방소득세를 처분청별로 안분하여 신고ㆍ납부하였다.

<표1> 이 건 법인지방소득세 안분내역

(단위 : 원)

   (다) 청구법인은 2020.4.29. 2014~2017사업연도에 공제가능한 쟁점법인세공제액의 10%에 대하여 이 건 법인지방소득세 세액공제액으로 적용하여 환급하여 달라는 이유로 다음의 <표2>와 같이 경정청구를 하였다.