가) 원고가 이 사건 계약을 통해 쿠팡에게 유상으로 이 사건 토지 및 건물을 이용하여 화물보관 등의 용역을 제공하였는데 이는 구 물류정책기본법(2015. 6. 22. 법률 제13374호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 물류정책기본법’이라 한다) 제2조 제1항 소정의 물류사업에 해당한다고 할 것이고, 설령 이 사건 계약이 임대차계약에 해당한다고 보더라도 원고가 피고에게 물류장비에 해당하는 이 사건 토지 및 건물을 임대한 것인 이상 역시 이 사건 토지 및 건물을 이용하여 물류사업을 한 것으로 보아야 한다.

나) 한국수자원공사는 이 사건 토지를 분양하면서 취득세 등이 감면된다는 점을 대대적으로 홍보하였고, 피고 역시 이 사건 처분을 하기 전까지 이를 문제삼은 적이 없었을 뿐만 아니라, 임대창고업이 이 사건 감면규정의 적용 대상인지에 관하여 논란이 있어온 점 등을 종합하여 보았을 때, 원고가 스스로 이 사건 감면규정의 적용을 배제하고서 취득세 등을 신고ㆍ납부할 것을 기대하기는 어려웠을 것이라고 할 것이므로 이 사건 처분 중 적어도 가산세 부분은 위법하다.

가) 이 사건 계약의 내용, 쿠팡의 재무제표, 원고 대신 원고의 계열사인 은산해운항공 주식회사(이하 ‘은산해운항공’이라 한다) 소속 직원들이 이 사건 토지 및 건물의 관리에 개입하여 왔던 점 등을 종합하여 보았을 때 이 사건 계약의 실질은 은산해운항공이 취득세 등을 회피하기 위하여 이른바 페이퍼컴퍼니인 원고를 내세워 체결한 임대차계약에 불과하다고 할 것이므로, 원고가 이 사건 토지 및 건물을 물류사업 자체에 직접사용한 것이라고 볼 수 없다.

나) 가산세 부분과 관련한 원고의 주장은 이 사건 감면규정의 해석과 관련된 것으로서 결국 법령의 부지ㆍ착오 주장에 해당한다고 할 것인데, 그와 같은 사정은 취득세 등을 신고ㆍ납부의무 위반을 탓할 수 있는 정당한 사유에 해당한다고 할 수 없다.

1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

2. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우

1. "물류(物流)"란 재화가 공급자로부터 조달ㆍ생산되어 수요자에게 전달되거나 소비자로부터 회수되어 폐기될 때까지 이루어지는 운송ㆍ보관ㆍ하역(荷役) 등과 이에 부가되어 가치를 창출하는 가공ㆍ조립ㆍ분류ㆍ수리ㆍ포장ㆍ상표부착ㆍ판매ㆍ정보통신 등을 말한다.

2. "물류사업"이란 화주(貨主)의 수요에 따라 유상(有償)으로 물류활동을 영위하는 것을 업(業)으로 하는 것으로 다음 각 목의 사업을 말한다.

가) 이 사건 계약의 주요 내용은 아래와 같다.

화물보관 및 작업계약서 원고와 쿠팡은 원고의 물류센터에 쿠팡이 유치한 물품을 보관 및 작업함에 있어 상호간의 신의성실 및 공평의 원칙에 따라 다음과 같은 내용으로 계약을 체결한다. 제2조(계약이행보증금) 쿠팡은 월간 화물보관 및 작업료의 6개월분에 준하는 보증금총액(7억 5,500만 원)을 원고에게 지급한다. 제4조(화물보관 및 작업료의 지급 조건) 1. 월간 화물보관 및 작업료는 총 1억 2,584만 원(부가가치세 별도)으로 한다. (단서 생략) 2. 월간 화물보관 및 작업료의 산정기준은 별첨1)에 의하며, 원고는 사용월 분을 은행영업일까지 매 당월 초일부터 말일 분의 발행기준의 거래명세서와 세금계산서를 첨부하여 화물보관 및 작업료, 화물보험료, 전기, 수도료를 쿠팡에게 청구하고 쿠팡은 세금계산서 발행 월청구금을 익월 10일에 은행 영업일 내 원고가 지정한 계좌로 지급한다. 3. 화물보관 및 작업료의 산정기산일은 쿠팡의 목적물 사용일로 하되, 목적물 사용일수가 1개월 미만일 경우, 쿠팡은 사용일수만큼 배분하여 화물보관 및 작업료를 원고에게 지급한다. 쿠팡이 화물보관 및 작업료를 연체하는 경우에는 원고는 연체하는 2개월째부터 연체금액에 연 24%에 해당하는 이자를 청구할 수 있다. 제5조(목적물 시설) 2. 원고는 창고업무의 보안 및 안전에 관련한 시설물을 구비하여야 하며 쿠팡은 이에 대한 보완, 개선을 요청할 수 있다. 또한 원고는 목적물의 누수 및 자연적 훼손에 대한 관리 및 유지, 보수를 철저히 하여야 한다. 제6조(준수사항) 쿠팡은 목적물을 사용함에 있어 아래의 각 호를 포함한 본 계약상 의무와 기타 법령상의 의무를 준수하여야 한다. ② 원고가 공적기관의 지시를 이행하도록 요청하면 이에 응하여야 한다. 쿠팡이 합리적 이유 없이 원고의 요청을 이행하지 않을 경우 원고가 직접 공적기관의 지시를 시행조치할 수 있고 그 비용은 쿠팡이 부담하여야 한다. 제9조(수선, 유지, 보험) 1. 목적물 자체의 하자(누수, 침하, 균열, 붕괴, 누전 등) 및 자연적, 업무적 노후에 대한 보수비용과 이로 인하여 발생하는 보관 재화에 대한 손실책임은 원고에게 있다. 4. 원고는 목적물 및 쿠팡의 화물에 대해 직접 각 화재보험을 가입하고 유지하여야 한다. (제2문 생략) 6. 원고는 전기 및 소방시설에 대한 정기적인 점검 및 유지관리를 하여야 한다.

나) 원고는 이 사건 계약 제9조 제4호에 따라 한화손해보험 주식회사와 사이에 ‘창고건물, 재고자산, 사무용 건물, 사무동 집기 등(가액 합계 105억 원)’에 관하여 피보험자를 원고와 쿠팡으로 하는 화재보험계약을 체결하고서 2014. 9. 19. 쿠팡과 사이에 아래와 같은 내용의 추가약정(이하 ‘이 사건 추가약정’이라 한다)을 체결하였다.

추가합의서 제2조(추가합의내용) 1. 쿠팡과 원고는 이 사건 계약 제9조 제호에 따라 아래와 같이 일반화재보험(한화손해보험)에 가입하였다. - 계약자: 원고, 피보험자: 원고 및 쿠팡, 보험기간: 2014. 7. 14. ~ 2015. 7. 14., 목적물: 창고건물, 재고자산, 사무동 건물, 사무동 집기비용, 보험가입금액: 105억 원

다) 이후 원고는 2014. 12. 19. 피고와 사이에 근저당권 설정계약을 체결하고서 피고에게 이 사건 토지 및 건물에 관하여 채권최고액을 7억 5,500만 원으로 하는 제2순위 근저당권 설정등기를 마쳐주었다.

라) 쿠팡은 2015. 7. 16. 은산해운항공과 사이에 아래와 같은 내용의 보세화물보관계약을 체결하고서 이 사건 토지에 인접한 은산해운항공 소유의 인천 서구 오류동 1544-3 지상 건물 전부와 같은 동 1549-3 지상 건물 중 일부를 이 사건 건물 및 토지와 일체로 사용하고 있다.

보세화물보관계약서 제2조(은산해운항공의 업무) 나. 은산해운항공은 다음 각 호의 업무를 성실히 진행한다. A. 보세창고로부터 쿠팡제품 반출 B. 수입된 쿠팡 제품에 대한 한글 라벨제작 및 부착 C. 은산해운항공 창고에 쿠팡제품 보관 및 출고 후 쿠팡 물류창고로의 입고

마) 원고와 은산해운항공은 2009. 12. 15. 국토해양부장관으로부터 ‘은산로지스’를 공동브랜드명으로 하여 전략적제휴기업집단용 종합물류기업 인증을 받은 종합물류기업으로서 모두 양재생을 대표이사로 하면서도 별개의 조직에 따라 개별적으로 자산을 소유하면서 영업활동을 하여 왔다.

바) 원고의 직원²⁾인 오○엽은 정기적으로 쿠팡 측에게 건물 및 시설물들에 대한 관리내역(언제 어디에서 파손이 발생하여 어떻게 보수할 것인지에 관한 것)을 알려주었고, 원고의 또 다른 직원인 이○은은 오○엽에게 이 사건 토지 및 건물의 전반적인 사항에 관한 내용을 보고하여 왔으며, 원고 측과 쿠팡 측 사이에서 카카오톡 어플리케이션을 이용한 업무상황 안내(입고, 포장 등)도 계속되어 왔다.

사) 원고는 은산해운항공과 함께 이 사건 토지 및 건물에 대한 소방안전관리점검 및 전기안전점검, 시설물 훼손에 따른 각종 보수공사³⁾를 지속적으로 하여 왔고, 이 사건 토지 및 건물에 대한 경비용역⁴⁾도 의뢰하여 왔다.

3) 위 인정사실에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정, 즉 ① 임대차는 당사자 일방이 상대방에게 목적물을 사용, 수익하게 할 것을 약정하고 상대방이 이에 대하여 차임을 지급할 것을 약정함으로써 그 효력이 생기고(민법 제618조), 보통 그 대항력을 확보하기 위하여 일정한 요건에 따라 임차권등기나 사업자등록 절차를 거치도록 하고 있는데, 이 사건 계약의 경우 ㉠원고가 쿠팡으로 하여금 이 사건 토지 및 건물의 사용ㆍ수익을 허락하는 데에 있다기보다는 원고가 쿠팡을 위하여 쿠팡의 물품을 보관하고 그에 대하여 필요한 관리업무를 하여 주는 것을 주된 내용으로 삼고 있고, ㉡쿠팡이 원고에게 지급하여야 할 월간 화물보관 및 작업료가 일정한 금액으로 정하여져 있지 않고 매월 정산될 것으로 예정되어 있으며, ㉢필요할 경우 원고가 일방적으로 쿠팡에게 공적기관의 지시사항을 이행하도록 명령할 수 있는 권한을 부여하고 있고, ㉣쿠팡이 아니라 원고로 하여금 쿠팡의 화물 등 물품에 대하여까지 화재보험을 가입하고 유지하여야 할 의무를 부담시키고 있을 뿐만 아니라, ㉤원고가 쿠팡에게 임차권등기나 사업자등록을 할 수 있도록 협력하는 대신에 화물보관 및 작업료의 6개월분에 해당하는 계약이행보증금 7억 5,500만 원을 채권최고액으로 하는 근저당권을 설정하여 주는 등과 같이 이 사건 계약에는 통상적인 임대차계약 관계와는 구별되는 요소가 상당수 포함되어 있는 점, ② 통상의 임대차관계에 있어서 임대인의 임차인에 대한 의무는 특별한 사정이 없는 한 단순히 임차인에게 임대목적물을 제공하여 임차인으로 하여금 이를 사용ㆍ수익하게 함에 그치는 것이고 더 나아가 임차인의 안전을 배려하여 주거나 도난을 방지하는 등의 보호의무까지 부담한다고 볼 수 없는데도(대법원 1999. 7. 9. 선고, 99다10004 판결 참조), 이 사건의 경우 원고가 은산해운항공과 함께 이 사건 토지 및 건물의 유지ㆍ보수를 넘어서 쿠팡 측의 안전을 배려하여 주기 위한 소방안전, 전기안전, 경비용역 등과 같은 업무도 약정에 따라 수행하여 온 점, ③ 은산해운항공과 원고가 계열사 관계에 있었고 이 사건 토지 및 건물(물류창고로 이용되고 있는 것으로 보인다)과 은산해운항공 소유의 건물(보세창고로 이용되고 있는 것으로 보인다)이 일체로 쿠팡에게 제공된 관계로 은산해운항공 및 원고가 공동하여 이 사건 토지 및 건물의 유지ㆍ보수, 소방안전, 전기안전, 경비용역 등과 같은 업무를 수행하면서 쿠팡의 물건들에 대하여 보관ㆍ관리 용역을 하여 온 것으로 보이는 점(만약 피고의 주장대로 원고가 은산해운항공의 세제혜택을 위하여 설립된 페이퍼컴퍼니라면 실질과세의 원칙에 따라 이 사건 처분은 그 자체로 형식적인 업체에 대하여 한 것으로서 위법함을 면할 수 없다) 등에 비추어 보았을 때, 결국 원고가 이 사건 토지 및 건물을 물류사업 중 하나인 물류시설운영업(창고업) 자체에 직접사용한 것으로 봄이 상당하다[설령 원고가 이 사건 토지 및 건물을 쿠팡에게 임대한 것이라고 하더라도, 물류창고업의 운영형태는 통상 창고업자가 장기간에 걸쳐 다양한 종류의 화물을 수시로 입ㆍ출고하여 보관하는 형태의 화주에게 물류창고를 임대하고 화주가 직접 임차한 창고에 물품을 보관하는 이른바 ‘임대창고’ 방식과 창고업자가 단기간에 걸쳐 화물을 단순히 보관하기를 원하는 화주와 직접 물품보관계약을 체결하여 물품을 보관하는 이른바 ‘수탁창고’ 방식으로 분류할 수 있어서 임대창고 방식에 따랐다고 하더라도 원고가 이 사건 토지 및 건물을 물류시설운영업(창고업) 자체에 직접사용한 것이 아니라고 보기는 어렵다⁵⁾].