1. 원 처분의 요지
가. 청구인은 2016. 3. 16. 인천광역시 ▲구 ***** 대지 1,144.9㎡(이하 “이 사건 토지”라 한다) 및 그 지상 건물 468.32㎡(이하 “이 사건 건물”이라 한다)를 청구 외 B(이하 “매수인”이라 한다)에게 7,000,000,000원에 양도하는 매매계약을 체결하면서 매매계약서상에 수기로 ‘토지 70억 원, 건물 0원’이라고 구분 기재하고 2016. 5. 2. 소유권이전등기를 완료하였다.
나. 청구인은 2016. 7. 31. 양도소득세를 신고하면서 이 사건 토지에 대하여 양도가액을 7,000,000,000원, 취득가액을 1,483,197,570원으로 기재하고, 이 사건 건물에 대하여는 양도가액을 0원, 취득가액을 68,680,251원으로 기재한 후 건물분의 양도차손(취득가액)을 토지분의 양도차익에서 차감하여 양도차익을 산정한 후에 양도소득세 1,407,633,719원을 신고·납부하였다.
다. 처분청은 2018. 6. 1. 매매계약서상에 구분 표시된 이 사건 건물의 양도가액(0원)이 정상적인 거래 등에 비추어 합당하다고 판단하여 이 사건 건물이 양도소득세 과세 대상 자산에 해당하지 않는 것으로 보아 이 사건 건물의 취득가액을 양도소득세 계산에서 제외하고, 이 사건 토지만으로 양도차익을 계산하여 청구인에게 양도소득세 35,655,430원(신고불성실가산세 및 납부불성실가산세 8,242,935원 포함)을 경정·고지(이하 “이 사건 부과처분”이라 한다)하였다.
2. 심사청구의 취지와 이유
가. 청구 취지
이 사건의 청구 취지는 이 사건 부과처분을 취소하여 달라는 것이다.
나. 청구 이유
1) 이 사건 건물은 1962년에 건축되어 정화조조차 없는 노후화된 건물로 매수인이 이 사건 토지 및 건물을 취득한 후 이 사건 건물을 철거하고 이 사건 토지 지상에 새로운 건물을 신축한다고 하여 부동산 거래의 통념대로 건물값을 따로 책정하지 아니하였고, 구 ｢소득세법｣(2016. 12. 20. 법률 제14389호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제100조 제2항1)에 따라 실지거래가액대로 ‘토지 70억 원, 건물 0원’으로 구분기재하였고, 이 사건 건물은 증여된 것이 아니라 이 사건 토지와 일괄하여 유상 양도된 것이므로 양도소득세 계산 시 ｢소득세법｣제102조 제2항2)에 따라 이 사건 건물의 양도차손은 이 사건 토지의 양도차익에 통산되어야 하는데도 처분청이 이 사건 건물의 가액이 매매계약서에 ‘0원’으로 기재되어 있다는 이유로 양도소득세 과세 대상이 아니라고 보아 이 사건 건물의 양도차손을 통산하지 않고 이 사건 부과 처분을 한 것은 부당하다.
2) 청구인은 예정신고 기한 내에 양도소득세를 신고·납부하였고 양도소득세를 고의로 과소 신고할 목적이 없었는데 불구하고 처분청이 신고불성실가산세 및 납부불성실가산세 8,242,935원을 부과한 것은 부당하다.
3. 우리 원의 판단
가. 다툼
이 사건의 다툼은 ① 이 사건 건물을 양도소득세 과세 대상으로 볼 수 있는지 여부와 ② 가산세를 부과하는 것이 정당한지 여부이다.
나. 인정사실
이 사건 관련 기록 등을 검토해 보면 다음과 같은 사실이 인정된다.

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1) 구 ｢소득세법｣제100조 제2항에 따르면 양도가액을 실지거래가액에 따라 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하도록 되어 있음
2) ｢소득세법｣제102조 제2항에 따르면 토지와 건물 중 양도차손이 발생한 자산이 있는 경우에는 해당 자산 외의 다른 자산에서 발생한 양도소득금액에서 그 양도차손을 공제하도록 되어 있음
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1) 이 사건 건물은 1962년에 준공된 철골 시멘트벽돌조 육옥지붕 2층 영업소이다.
2) 청구인은 2016. 3. 16. 이 사건 토지 및 건물을 매수인에게 7,000,000,000원에 양도하는 매매계약을 체결하면서 매매계약서상에 수기로 ‘토지 70억 원, 건물 0원’이라고 구분 기재하였다.
3) 이 사건 토지 및 건물의 매매계약서상 특약사항에는 “사업양도 매매가 아니기 때문에 건물 가액은 없는 것으로 하고(0원) 토지 가격만 지불하며 매수인은 본 건물을 소유권이전 후 철거하고 신축부지로 사용한다.”라고 기재되어 있다.
4) 매수인은 2016. 5. 2. 이 사건 토지 및 건물에 대하여 소유권이전등기를 완료 하고 2016. 7. 4. 이 사건 건물을 철거한 후 2016. 9. 7. 새로운 건물을 착공하여 2017. 8. 3. 사용승인을 받았다.
5) 청구인은 2016. 7. 31. 양도소득세를 신고하면서 이 사건 토지에 대하여 양도가액을 7,000,000,000원, 취득가액을 1,483,197,570원으로 기재하고, 이 사건 건물에 대하여는 양도가액을 0원, 취득가액을 68,680,251원으로 기재하여 양도차익을 산정한 후에 양도소득세 1,407,633,719원을 신고·납부하였다.
6) 처분청은 청구인의 매매계약서상에 구분 표시된 이 사건 건물의 양도가액(0원)이 정상적인 거래 등에 비추어 합당하다고 판단하여 이 사건 건물이 양도소득세 과세 대상 자산에 해당하지 않는 것으로 보아 이 사건 건물의 취득가액을 양도소득세 계산에서 제외하고, 이 사건 토지만으로 양도차익을 계산하여 2018. 6. 1. 이 사건 부과처분을 하였다.
다. 관계 법령
이 사건과 관계되는 법령은 구 ｢소득세법｣제88조 등 [별지] 기재와 같다.
라. 판단
1) 이 사건 건물을 양도소득세 과세 대상으로 볼 수 있는지 여부
구 ｢소득세법｣제88조 제1항에 따르면 양도소득세의 과세 대상인 “양도”란 자산을 유상(有償)으로 사실상 이전하는 것을 말한다고 되어 있고, 실지거래가액에 관한 증빙서류로서 취득 및 양도에 관한 매매계약서 등을 제출하였다면 과세관청으로서는 위 매매계약서가 실제와 달리 작성되었다는 등의 특별한 사정이 없는 한 위 매매계약서상의 실지거래가액에 의하여 양도소득세 계산을 하여야 할 것이다. 3)
위 관계 법령 등의 내용에 비추어 이 사건 건물이 양도소득세 과세 대상인지 여부를 살펴보면, ① 인정사실 “1)항”의 내용과 같이 이 사건 건물은 1962년에 건축 되어 노후화된 건물이었던 점, ② 인정사실 “2)항”의 내용과 같이 매매계약서에 ‘토지 70억 원, 건물 0원’이라고 명시되어 있는 점, ③ 인정사실 “3)항”의 내용과 같이 매매계약서 특약사항에 이 사건 건물은 매매계약 당시 철거가 예정되어 있었던 것

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3) 대법원 1996. 6. 25. 선고 95누3183 판결
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이 확인되는 점, ④ 인정사실 “4)항”의 내용과 같이 실제로 매수인이 매수 후 약 2개월 뒤에 이 사건 건물을 철거하고 이 사건 토지 지상에 새로운 건물을 신축한 점, ⑤청구인이 심사청구 이유에서 구 ｢소득세법｣제100조 제2항에 따라 실지거래가액에 따라 이 사건 토지 및 건물의 양도가액을 구분기재하였다고 인정한 점 등을 종합하여 볼 때, 청구인과 매수인의 매매계약이 당사자 사이의 진정한 합의에 의한 것이 아니라거나 통상의 거래관행을 현저히 벗어나 합리적인 가액 구분이라고 볼 수 없는 경우로 보기 어려우므로4) 이 사건 건물의 양도는 ‘자산을 유상으로 사실상 이전’한 경우에 해당되지 않아 처분청이 이 사건 건물을 양도소득세 과세 대상 자산으로 볼 수 없다고 판단하여 이 사건 건물의 양도차손을 통산하지 않고 이 사건 부과처분을 한 것은 잘못이 없다.
2) 가산세를 부과하는 것이 정당한지 여부
구 ｢국세기본법｣(2016. 12. 20. 법률 제14382호로 개정되기 전의 것)제47조의 3 제1항에 따르면 납세의무자가 법정신고기한까지 세법에 따른 국세의 과세표준 신고를 하였으나 납부할 세액을 신고하여야 할 세액보다 적게 신고한 경우 가산세를 부과하고, 같은 법 제47조의4에 따르면 납세의무자가 세법에 따른 납부기한까지 납부

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4) 대법원 2014. 5. 29. 선고 2014두3785 판결(서울고등법원 2014. 1. 24. 선고 2013누16182 판결을 심리불속행 기각. 위 서울고등법원 판결은 1심인 2013. 5. 8. 선고 2012구단22617 판결의 이유를 그대로 인용)
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하여야 할 세액보다 적게 납부한 경우 가산세를 부과한다고 되어 있으며, 같은 법 제48조 제1항에 따르면 가산세를 부과하는 경우 납세자가 의무를 이행하지 아니한데 대한 정당한 사유가 있는 때에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다고 되어 있다.
그리고 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 법이 정하는 바에 따라 부과하는 행정상 제재로서 납세자의 고의·과실은 고려 되지 아니하고 법령의 부지·착오 등은 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 아니한다.5)
따라서 청구인에게 세금을 부당하게 감소시킬 의사가 없었다고 하더라도 이와 같은 사정만으로 가산세를 부과하지 아니할 정당한 사유가 있다고 보기 어려우므로 이 사건 부과처분의 가산세 부분도 잘못이 없다.
4. 결론
그렇다면 이 사건 심사청구는 이유 없다고 인정되므로 ｢감사원법｣제46조 제2항에 따라 주문과 같이 결정한다.
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5) 대법원 2016. 10. 27. 선고 2016두44391판결
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[별지]
관계 법령
□ 구 ｢소득세법｣(2016. 12. 20. 법률 제14389호로 개정되기 전의 것)
○ 제88조(양도의 정의) ① 제4조 제1항 제3호 및 이 장에서 “양도”란 자산에 대한 등기 또는 등록과 관계없이 매도, 교환, 법인에 대한 현물출자 등으로 인하여 그 자산이 유상으로 사실상 이전되는 것을 말한다. 이 경우 부담부증여(負擔附贈與)(「상속세 및 증여세법」제47조 제3항 본문에 해당하는 경우는 제외한다)에 있어서 증여자의 채무를 수증자(受贈者)가 인수하는 경우에는 증여가액 중 그 채무액에 상당하는 부분은 그 자산이 유상으로 사실상 이전되는 것으로 본다.
(이하 생략)
○ 제94조(양도소득의 범위) ① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의소득으로 한다.
1. 토지[「공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률」에 따라 지적공부(地籍公簿)에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다] 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의 양도로 발생하는 소득
(이하 생략)
□ 구 ｢소득세법｣(2019. 12. 31. 법률 제16834호로 개정되기 전의 것)
○ 제100조(양도차익의 산정) ① 양도차익을 계산할 때 양도가액을 실지거래가액(제96조제3항에 따른 가액 및 제114조제7항에 따라 매매사례가액·감정가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액·감정가액 등을 포함한다)에 따를 때에는 취득가액도 실지거래가액(제97조제7항에 따른 가액 및 제114조제7항에 따라 매매사례가액·감정가액·환산가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액·감정가액·환산가액 등을 포함한다)에 따르고, 양도가액을 기준시가에 따를 때에는 취득가액도 기준시가에 따른다.
② 제1항을 적용할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명할 때에는 취득 또는 양도 당시의 기준시가 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산(按分計算)한다. 이 경우 공통되는 취득가액과 양도비용은 해당 자산의 가액에 비례하여 안분계산한다.
③ 제2항을 적용할 때 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우로서 그 토지와 건물 등을 구분 기장한 가액이 같은 항에 따라 안분계산한 가액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우에는 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명한 때로 본다.
(이하 생략)
□ ｢소득세법｣
○ 제102조(양도소득금액의 구분 계산 등) ① 양도소득금액은 다음 각 호의 소득별로 구분하여 계산한다. 이 경우 소득금액을 계산할 때 발생하는 결손금은 다른 호의 소득금액과 합산하지 아니한다.
1. 제94조 제1항 제1호ㆍ제2호 및 제4호에 따른 소득
2. 제94조 제1항 제3호에 따른 소득
3. 제94조 제1항 제5호에 따른 소득
② 제1항에 따라 양도소득금액을 계산할 때 양도차손이 발생한 자산이 있는 경우에는 제1항 각 호별로 해당 자산 외의 다른 자산에서 발생한 양도소득금액에서 그 양도차손을 공제한다. 이 경우 공제방법은 양도소득금액의 세율 등을 고려하여 대통령령으로 정한다.
(이하 생략)
□ 구 ｢국세기본법｣(2016. 12. 20. 법률 제14382호로 개정되기 전의 것)
○ 제47조의3(과소신고·초과환급신고가산세) ① 납세의무자가 법정신고기한까지 세법에 따른 국세의 과세표준 신고(예정신고 및 중간신고를 포함하며, 「교육세법」및 「농어촌특별세법」에 따른 신고는 제외한다)를 한 경우로서 납부할 세액을 신고하여야 할 세액보다 적게 신고(이하 이 조에서 “과소신고”라 한다)하거나 환급 받을 세액을 신고하여야 할 금액보다 많이 신고(이하 이 조에서 “초과신고”라 한다)한 경우에는 과소신고한 납부세액과 초과신고한 환급세액을 합한 금액(이 법 및 세법에 따른 가산세와 세법에 따라 가산하여 납부하여야 할 이자 상당 가산액이 있는 경우 그 금액은 제외하며, 이하 “과소신고납부세액등”이라 한다)의 100분의 10에 상당하는 금액을 가산세로 한다. 다만, 「부가가치세법｣에 따른 사업자가 같은 법 제48조 제1항·제4항, 제49조 제1항, 제66조 및 제67조에 따른 신고를 한 경우로서 영세율과세표준을 과소신고(신고하지 아니한 경우를 포함한다)한 경우에는 과소신고납부세액 등의 100분의 10에 상당하는 금액과 그 과소신고된 영세율과세표준의 1천분의 5에 상당하는 금액을 합한 금액을 가산세로 한다.
(이하 생략)
○ 제47조의4(납부불성실ㆍ환급불성실가산세) ① 납세의무자(연대납세의무자, 납세자를 갈음하여 납부할 의무가 생긴 제2차 납세의무자 및 보증인을 포함한다)가 세법에 따른 납부기한까지 국세의 납부(중간예납ㆍ예정신고납부ㆍ중간신고납부를 포함한다)를 하지 아니하거나 납부하여야 할 세액보다 적게 납부(이하 “과소납부”라 한다)하거나 환급받아야 할 세액보다 많이 환급(이하 “초과환급”이라 한다)받은 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 가산세로 한다. 다만, 「인지세법」제8조제1항에 따른 인지세의 납부를 하지 아니하거나 과소납부한 경우에는 납부하지 아니한 세액 또는 과소납부분(납부하여야할 금액에 미달한 금액을 말한다.
이하 같다) 세액의 100분의 300에 상당하는 금액을 가산세로 한다.
(이하 생략)
○ 제48조(가산세 감면 등) ① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 제6조 제1항에 따른 기한연장 사유에 해당 하거나 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데 대한 정당한 사유가 있는 때에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.
(이하 생략)