1. 원 처분의 요지

가. 청구인은 구 「공공기관 지방이전에 따른 혁신도시 건설 및 지원에 관한 특별법」(2017. 12. 26. 법률 제15309호로 개정되기 전의 것, 이하 "혁신도시법"이라 한다)에 따른 이전공공기관으로 2012. 5. 29.부터 2014. 12. 4. 사이에 22차례에 걸쳐 3,290,393,000,000원을 증자(增資)하고 그 등기에 관한 등록면허세 등 합계 15,793,886,400원(이하 "이 사건 등록면허세 등"이라 한다)을 신고ㆍ납부하였다.

나. 청구인은 2017. 4. 26. 증자에 따른 등기는 법인등기에 해당하고 혁신도시법에 따른 이전공공기관의 법인등기는 구 「지방세특례제한법」제81조 제2항(2015. 12. 29. 법률 제13637호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)에 따라 등록면허세가 면제되므로 이 사건 등록면허세 등을 환급하여 달라며 경정청구하였다.

다. 이에 대하여 처분청은 2017. 5. 31. 증자에 따른 등기는 공공기관의 지방이전과 관련된 법인등기에 해당하지 않는다는 사유로 경정청구를 거부처분(이하 "이 사건 거부처분"이라 한다)하였다.

2. 심사청구의 취지와 이유

가. 청구 취지

이 사건의 청구 취지는 이 사건 거부처분을 취소하여 달라는 것이다.

나. 청구 이유

구 「지방세특례제한법」제81조 제2항에 따르면 이전공공기관의 법인등기에 대하여 등록면허세를 면제하도록 되어 있고, 「지방세법」제28조에 따르면 자본증가 또는 출자증가에 따른 등기는 법인등기에 해당하는 것으로 되어 있으므로 이 사건 등록면허세 등은 면제대상에 해당한다.

3. 우리 원의 판단

가. 다툼

이 사건의 다툼은 이전공공기관의 증자에 따른 등기가 구 「지방세특례제한법」제81조 제2항의 등록면허세 면제대상에 해당하는지 여부이다.

나. 인정사실

이 사건 관련 기록 등을 검토해 보면 다음과 같은 사실이 인정된다.

1) 청구인은 2005. 7. 11. 구 「국가균형발전 특별법」(2009. 4. 22. 법률 제9629호로 개정되기 전의 것) 제18조 제1항에 따라 경기도 ●시에서 경상북도 ◎시로 이전하는 공공기관으로 선정*1)되고 2007. 12. 14. 구 건설교통부장관의 승인을 받아 혁신도시법 제2조 제2호에 따른 이전공공기관에 해당되었다.

*1) 건설교통부 고시 제2005-204호

2) 청구인은 2012. 5. 29.부터 2014. 12. 4. 사이에 22차례에 걸쳐 3,290,393,000,000원을 증자하고 그 등기에 관한 등록면허세 등 합계 15,793,886,400원(지방교육세 2,632,314,400원 포함)을 신고ㆍ납부하였다.

3) 청구인은 2017. 4. 26. 혁신도시법에 따른 이전공공기관의 등록면허세는 구 「지방세특례제한법」제81조 제2항에 따라 면제되므로 이 사건 등록면허세 등을 환급하여 달라며 경정청구하였다.

4) 이에 대하여 처분청은 2017. 5. 31. 증자에 따른 등기는 공공기관의 지방이전과 관련된 법인등기에 해당하지 않는다는 사유로 경정청구를 거부처분하였다.

다. 관계 법령

이 사건과 관계되는 법령은 구 「지방세특례제한법」제81조 제2항 등 [별지]기재와 같다.

라. 판단

「지방세특례제한법」이 제정되기 전 구 「지방세법」(2010. 3. 31. 법률 제10221호로 전부 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제274조의2에 따르면 혁신도시법 제2조 제2호의 규정에 따른 이전공공기관이 이전할 목적으로 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하고, 그 이전에 따른 법인등기에 대한 등록세를 면제한다고 되어 있다.

그리고 구 「지방세특례제한법」제81조 제1항 및 제2항(이하 "이 사건 조항"이라 한다)에 따르면 이전공공기관이 이전할 목적으로 취득하는 부동산에 대한 취득세 및 이전공공기관의 법인등기에 대한 등록면허세를 2015. 12. 31.까지 면제하도록 되어 있다.

또한 「지방세법」제28조 제1항 제6호에 따르면 법인등기에 따른 등록면허세 세율은 영리법인의 자본증가 또는 출자증가, 본점 또는 주사무소의 이전, 지점 또는 분사무소의 설치 등 법인등기의 사유에 따라 구분*2)하여 정하고 있다.

*2) 영리법인의 자본증가 또는 출자증가에 대하여는 납입한 금액 또는 현금 외의 출자가액의 1천분의 4, 본점 또는 주사무소 이전에 대하여는 건당 11만 2천 5백 원, 지점 또는 분사무소의 설치에 대하여는 건당 4만 2백 원 등

한편, 혁신도시법 제48조에 따르면 국가 및 지방자치단체는 공공기관의 지방이전과 혁신도시 건설을 지원하기 위하여 필요한 경우에는 「조세특례제한법」, 「지방세특례제한법」그 밖의 관계 법률에서 정하는 바에 따라 국세 및 지방세를 감면할 수 있다고 되어 있다.

위 관계 법령의 내용 및 법리에 비추어 이전공공기관의 증자에 따른 등기가 구 「지방세특례제한법」제81조 제2항의 등록면허세 면제대상에 해당하는지 여부를 살펴보면, ① 이 사건 조항은 공공기관 지방이전 시책 등에 따라 수도권에서 비수도권으로 이전하는 공공기관에 대하여 이전을 촉진할 목적으로 마련된 세제지원 방안의 하나이고, 인정사실 "1)~2)항"의 내용과 같이 청구인은 경기도 ●시에서 경상북도 ◎시로 이전하는 혁신도시법 제2조 제2호에 따른 이전공공기관에 해당하는 점, ② 「지방세특례제한법」이 제정되기 전 구 「지방세법」제274조의2에서 등록세가 면제되는 이전공공기관의 법인등기를 ‘그 이전에 따른 법인등기’로 제한하여 규정하고 있는 반면, 이 사건 조항은 이전공공기관의 법인등기의 사유를 묻지 않고 전부 등록면허세의 면제대상으로 삼고 있는 점, ③ 대법원은 이전공공기관의 등록면허세 관련 소송에서 이전공공기관의 법인등기에 해당하는 이상 이 사건 조항에 의하여 그 사유를 불문하고 그 정한 기한까지 등록면허세가 면제된다고 판결하고 있는 점*3) 등을 종합할 때 청구인은 2012. 5. 29.부터 2014. 12. 4. 사이에 증자와 관련한 법인등기를 마쳤으므로 그에 관한 등록면허세는 이 사건 조항에 의하여 면제되는 것으로 판단된다.

*3) 대법원 2017.12.22. 선고 2017두45063 판결, 서울고등법원 2018. 4. 6. 선고 2017누41124 판결(2018. 4. 28. 확정) 등

따라서 처분청이 이 사건 등록면허세를 면제대상으로 보지 아니한 이 사건 거부처분은 잘못이 있다.

4. 결론

그렇다면 이 사건 심사청구는 이유 있다고 인정되므로 「감사원법」 제46조 제2항에 따라 주문과 같이 결정한다.

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【관계법령】

□ 「지방세법」

○ 제28조(세율) ① 등록면허세는 등록에 대하여 제27조의 과세표준에 다음 각 호에서 정하는 세율을 적용하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다. 다만, 제1호부터 제5호까지 및 제5호의2의 규정에 따라 산출한 세액이 해당 각 호의 그 밖의 등기 또는 등록 세율보다 적을 때에는 그 밖의 등기 또는 등록 세율을 적용한다.

　1.~5. 생략

　6. 법인등기

가. 상사회사, 그 밖의 영리법인의 설립 또는 합병으로 인한 존속법인

1) 설립과 납입: 납입한 주식금액이나 출자금액 또는 현금 외의 출자가액의 1천분의 4(세액이 11만 2천 5백 원 미만인 때에는 11만 2천 5백 원으로 한다. 이하 이 목부터 다목까지에서 같다)

2) 자본증가 또는 출자증가: 납입한 금액 또는 현금 외의 출자가액의 1천분의 4

나.~다. 생략

라. 본점 또는 주사무소의 이전: 건당 11만 2천 5백 원

마. 지점 또는 분사무소의 설치: 건당 4만 2백 원

(이하 생략)

□ 구 「공공기관 지방이전에 따른 혁신도시 건설 및 지원에 관한 특별법」(201 7. 12. 26. 법률 제15309호로 개정되기 전의 것)

○ 제1조(목적) 이 법은 「국가균형발전 특별법」제18조의 규정에 따른 공공기관지방이전 시책 등에 따라 수도권에서 수도권이 아닌 지역으로 이전하는 공공기관 등을 수용하는 혁신도시의 건설을 위하여 필요한 사항과 해당 공공기관 및 그 소속 직원에 대한 지원에 관한 사항을 규정함으로써 공공기관의 지방이전을 촉진하고 국가균형발전과 국가경쟁력 강화에 이바지함을 목적으로 한다.

○ 제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다.

　1. "공공기관"이라 함은 「국가균형발전 특별법」제2조 제9호의 기관을 말한다.

　2. "이전공공기관"이라 함은 수도권에서 수도권이 아닌 지역으로 이전하는 공공기관(제29조 제1항 단서의 규정에 따라 개별이전하는 공공기관을 포함한다)으로서 대통령령이 정하는 기관을 말한다.

(이하 생략)

○ 제48조(조세 및 부담금의 감면 등) ① 국가 및 지방자치단체는 공공기관의 지방이전과 혁신도시 건설을 지원하기 위하여 필요한 경우에는 「조세특례제한법」, 「지방세특례제한법」그 밖의 관계 법률에서 정하는 바에 따라 국세 및 지방세를 감면할 수 있다.

(이하 생략)

□ 구 「지방세특례제한법」(2015. 12. 2 9. 법률 제1363 7호로 개정되기 전의 것)

○ 제81조(이전공공기관 등 지방이전에 대한 감면) ① 「공공기관 지방이전에 따른 혁신도시 건설 및 지원에 관한 특별법」제2조 제2호에 따른 이전공공기관(이하 이 조에서 "이전공공기관"이라 한다)이 같은 법 제4조에 따라 국토교통부장관의 지방이전계획 승인을 받아 이전할 목적으로 취득하는 부동산에 대하여는 2015년 12월 31일까지 취득세를 면제하고, 재산세의 경우 그 부동산에 대한 납세의무가 최초로 성립하는 날부터 5년간 면제하고 그 다음 3년간 재산세의 100분의 50을 경감한다.

② 이전공공기관의 법인등기에 대하여는 2015년 12월 31일까지 등록면허세를 면제한다.

(이하 생략)

□ 구 「지방세법」(2010. 3. 31 . 법률 제10221호로 개정되기 전의 것)

○ 제274조의2(공공기관 지방이전에 따른 감면) 「공공기관 지방이전에 따른 혁신도시 건설 및 지원에 관한 특별법」제2조 제2호의 규정에 따른 이전공공기관이 같은 법 제4조의 규정에 따라 국토해양부장관의 지방이전계획 승인을 얻어 이전할 목적으로 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하고, 그 이전에 따른 법인등기에 대한 등록세를 면제한다.

□ 구 「국가균형발전 특별법」(20 15. 7. 24. 법률 제13426호로 개정되기 전의 것)

○ 제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

　1.~8. 생략

　9. "공공기관"이란 중앙행정기관, 「공공기관의 운영에 관한 법률」제4조에 따른 공공기관, 그 밖의 공공단체 중 대통령령으로 정하는 기관을 말한다.

○ 제18조(공공기관의 지방이전) ① 정부는 수도권에 있는 공공기관 중 대통령령으로 정하는 기관(이하 이 조에서 "이전대상공공기관"이라 한다)을 단계적으로 지방으로 이전(수도권이 아닌 지역으로의 이전을 말한다. 이하 같다)하기 위한 공공기관지방이전시책(이하 "공공기관지방이전시책"이라 한다)을 추진하여야 한다.

(이하 생략)

□ 구 「국가균형발전 특별법」(20 09. 4. 22. 법률 제9629호로 개정되기 전의 것)

○ 제18조(공공기관의 지방이전) ① 정부는 공공기관의 수도권 집중을 억제하고 지역의 특성있는 발전을 위하여 수도권에 소재하고 있는 공공기관 중 대통령령이 정하는 기관(이하 이 조에서 "이전대상공공기관"이라 한다)을 단계적으로 지방이전(수도권이 아닌 지역으로의 이전을 말한다. 이하 같다)하기 위한 공공기관지방이전시책(이하 "공공기관지방이전시책"이라 한다)을 추진하여야 한다.

(이하 생략)

□ 구 「공공기관 지방이전에 따른 혁신도시 건설 및 지원에 관한 특별법 시행령」(2018. 2. 2 7. 대통령령 제28686호로 개정되기 전의 것)

○ 제2조(이전공공기관) 「공공기관 지방이전에 따른 혁신도시 건설 및 지원에 관한 특별법」(이하 "법"이라 한다) 제2조 제2호에서 "대통령령이 정하는 기관"이란 법 제2조 제1호의 공공기관 중 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 공공기관을 말한다. 다만, 「신행정수도 후속대책을 위한 연기ㆍ공주지역 행정중심복합도시 건설을 위한 특별법」제16조에 따른 이전계획에 따라 행정중심복합도시로 이전하는 중앙행정기관 등은 제외한다.

　1. 「국가균형발전 특별법」제18조에 따라 수도권에서 수도권이 아닌 지역으로 이전하는 공공기관

　2. 국무회의의 심의를 거쳐 혁신도시로 이전하는 중앙행정기관

　3. 법 제29조 단서에 따라 개별이전이 인정된 중앙행정기관

【참조조문】

지방세특례제한법 제81조,지방세특례제한법 시행령 제40조