1. 원 처분의 요지

가. 청구인은 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」제19조에 따라 2015. 11. 27. 설립등기된 농업법인으로서 2015. 12. 7. 경기도 가평군 소재 임야(42,843㎡, 이하 "이 사건 토지"라 한다)를 취득(금액 350,000,000원)하고, 이 사건 토지가 구 「지방세특례제한법」(2015. 12. 22. 법률 제13613호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제11조 제1항에 따른 농업법인이 영농에 사용하기 위해 법인설립 등기일부터 2년 이내에 취득하는 부동산에 해당된다는 사유로 지방세 감면 신청*1)을 하여 취득세 14,000,000원을 면제받았다.

*1) 청구인은 2015. 12. 7. 취득세 신고서상 취득세 14,000,000원, 농어촌특별세 2,800,000원 계16,800,000원을 감면세액으로 신고함

나. 한편, 처분청은 2017. 3. 15.부터 같은 해 3. 20.까지 농업법인의 취득세 감면분에 대한 사후관리를 위해 이 사건 토지에 현지출장을 실시한 결과 이 사건 토지가 자연림 상태로 영농 목적에 직접 사용되지 않고 있다는 사실을 확인하고 2017. 7. 24. 청구인에 대하여 구 「지방세특례제한법」제11조 제3항에 따라 취득세 17,505,600원, 농어촌특별세 735,280원, 지방교육세 1,470,560원 계 19,711,440원(가산세 포함)을 부과ㆍ고지(이하 "이 사건 부과처분"이라 한다)하였다.

2. 심사청구의 취지와 이유

가. 청구 취지

이 사건의 청구 취지는 이 사건 부과처분을 취소하게 해 달라는 것이다.

나. 청구 이유

청구인은 2015. 12. 7. 이 사건 토지를 취득한 후 본래의 취득 목적에 따라 사용하기 위해 순차적으로 토지사용 허가절차를 정당하게 이행하였으나 관할 허가관청(처분청)의 심의가 늦어지고 허가증 교부가 지연되어 부득이 취득 후 1년이 넘도록 당초 취득 목적대로 사용하지 못하게 된 것으로 청구인에게는 귀책사유가 없으므로 이 사건 부과처분은 부당하다.

3. 우리 원의 판단

가. 다툼

이 사건의 다툼은 청구인이 이 사건 토지를 영농 목적으로 취득한 후 취득세를 감면받았으나 허가절차 이행에 따른 시간 소요로 감면 유예기간(1년) 내에 영농목적으로 직접 사용하지 못한 경우에 기 감면한 취득세 등을 추징한 것이 정당한지 여부이다.

나. 인정 사실

이 사건 관련 기록을 검토해 보면 다음과 같은 사실이 인정된다.

1) 청구인은 2015. 11. 27. 경기도 가평군에 농ㆍ수ㆍ축산물의 유통ㆍ가공ㆍ저장판매업, 농ㆍ수ㆍ축산물의 재배업 등을 목적으로 설립등기된 법인이다.

2) 청구인은 2015. 12. 7. C로부터 이 사건 토지를 350,000,000원에 취득하였다.

3) 청구인은 2015. 12. 7. 이 사건 토지가 구 「지방세특례제한법」제11조 제1항에 따라 농업법인이 영농에 사용하기 위해 법인설립 등기일로부터 2년 이내에 취득하는 부동산에 해당한다고 보아 감면신청 사유란에 종묘생산 및 종균배양사업, 농업회사, 농촌체험, 도시농업교육사업, 농ㆍ수ㆍ축산물의 재배업이라고 기재하여 처분청에 지방세 감면을 신청하였다.

4) 처분청은 2015. 12. 7. 이 사건 토지를 농업법인이 영농에 사용하기 위해 법인설립등기일부터 2년 이내에 취득하는 부동산으로 보아 취득세 14,000,000원을 비과세(감면)하는 것으로 결정하고, 감면의무 위반 시 추징안내사항을 기재하여 청구인에게 통지하였다.

5) 그 후 처분청은 2017. 3. 15.부터 같은 해 3. 20.까지 농업법인의 취득세 감면분에 대한 사후관리를 위하여 현지출장을 실시한 결과 이 사건 토지가 자연림 상태로 영농 목적에 직접 사용되지 않고 있다는 사실을 확인하고, 2017. 3. 28. 기 감면한 취득세 등 계 20,909,280원(가산세 포함)을 과세할 예정임을 청구인에게 통지하였다.

6) 이에 청구인은 2017년 4월(날짜 모름) 이 사건 토지를 ◎◎에서 운영하는 염소사육장의 확장ㆍ이전을 위해 매입한 것이고 매입한 후 지체 없이 허가를 신청하여 최종 허가를 받을 때까지 1년이 넘는 시간이 소요되는 등 매입 후 1년이 넘도록 목적대로 이용하지 못한 것은 청구인으로서는 불가항력적인 요인이 있었다는 사유로 경기도지사에게 과세전적부심사청구서를 제출하였으나 경기도지사는 2017. 7. 12. 불채택 결정하였다.

7) 이 사건 토지에 대한 청구인 및 관할 허가관청의 주요 허가 진행 사항은 다음 [표]와 같다.

8) 처분청은 2017. 7. 12. 경기도지사가 과세전적부심사청구를 채택하지 않는 것으로 결정함에 따라 2017. 7. 24. 청구인에게 이 사건 부과처분을 하였다.

9) 처분청이 2019. 2. 13. 이 사건 토지의 영농 목적 사용 여부 및 현재 토지의 이용상태를 확인한 결과 이 사건 토지에 대한 개발행위*2)는 이루어진 상태이나 이 사건 토지를 여전히 영농 목적으로 사용하지 않고 있는 것으로 확인되었다.

*2) 벌목 및 토지 정지작업

다. 관계 법령

이 사건과 관계되는 법령은 구 「지방세특례제한법」제11조 제1항 등 [별지] 기재와 같다.

라. 판단

구 「지방세특례제한법」제11조 제1항에 따르면 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」제19조에 따른 농업법인이 영농에 사용하기 위하여 법인설립등기일부터 2년 이내에 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를 2015년 12월 31일까지 면제하도록 되어 있고, 구 「지방세특례제한법」제 11조 제3항에 따르면 제1항에 대한 감면을 적용할 때 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우에는 감면된 취득세를 추징하도록 되어 있다.

여기서 ‘정당한 사유’라 함은 법령에 의한 금지ㆍ제한 등 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함하는 것이고, 목적사업에 직접 사용하는 데 걸리는 준비기간의 장단, 목적사업에 사용할 수 없는 법령상ㆍ사실상의 장애 사유 및 정도, 당해 토지를 직접 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지의 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 할 것이다.*3)

*3) 대법원 2002.9.4. 선고 2001두229 판결

또한 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것을 금지하고 특히 감면요건규정 가운데 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합된다.*4)

*4) 대법원 2004.5.28. 선고 2003두7392 판결

위 관계 법령의 내용 및 법리에 비추어 이 사건 토지를 취득한 후 1년 이내에 영농 목적으로 직접 사용하지 못하여 감면받은 취득세 등을 추징한 것이 정당한지 여부를 살펴보면, ① 이 사건 토지의 사용에 있어서 법령에 의한 금지ㆍ제한 등과 같은 외부적인 사유가 없는 것으로 보여지는 점, ② 이 사건 토지에 대한 허가는 당해 토지의 영농 목적으로의 사용을 위해 사전에 이행하여야 할 절차에 불과하므로 청구인 스스로 이러한 허가과정이 신속히 진행되어 구 「지방세특례제한법」에서 정한 감면요건이 충족되도록 적극 노력하여야 하는 점, ③ 청구인이 이 사건 토지를 취득한 후 17개월이 경과하고 각종 허가를 받은 후 3개월이 지난 2017년 3월까지도 이 사건 토지가 여전히 수풀이 우거져 있는 자연림 상태로 방치된 채 영농 목적에 사용되지 않고 있었던 것으로 확인된 점 등을 고려하여 볼 때 청구인이 이 사건 토지를 취득한 후 1년 이내에 영농 목적으로 직접 사용하기 위해 정상적인 노력을 다하였다고 보기 어렵고, 설사 이 사건 토지에 대한 허가기간이 1년 이상 소요된 것이 전적으로 행정관청의 귀책사유에 해당된다고 보더라도 인정사실 "9)항"의 내용과 같이 청구인은 이 사건 토지에 대한 허가를 받은 후 신속히 영농목적으로 사용하기 위한 절차를 이행하지 않고 허가일 이후 2년이 지난 2019년 2월 현재까지도 이 사건 토지를 영농목적으로 사용하지 않고 있는 것으로 볼 때 청구인이 이 사건 토지를 취득한 후 영농 목적으로 직접 사용하기 위해 최선의 노력을 다하였다고 볼 수 없는 등 정당한 사유가 있었다고 보기 어려우므로 이 사건 토지에 대한 일련의 허가 이행과정으로 인해 이 사건 토지를 감면 유예기간 내에 영농 목적으로 직접 사용하지 못하였다는 청구인의 주장은 받아들이기 어렵다.

따라서 처분청이 이 사건 토지를 영농 목적으로 직접 사용하지 않았다고 보아 청구인에게 구 「지방세특례제한법」제11조 제1항 및 제3항에 따라 감면한 취득세를 추징한 이 사건 부과처분은 잘못이 없다.

4. 결론

그렇다면 이 사건 부과처분은 잘못이 없고 심사청구는이유 없다고 인정되므로 「감사원법」 제46조 제2항에 따라 주문과 같이 결정한다.

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【관계법령】

□ 구 「지방세특례제한법」(2015. 12. 22. 법률 제13613호로 개정되기 전의 것)

○ 제11조(농업법인에 대한 감면) ① 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」제16조에 따른 영농조합법인과 같은 법 제19조에 따른 농업회사법인(이하 이 조에서 "농업법인"이라 한다)이 영농에 사용하기 위하여 법인설립등기일부터 2년 이내에 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를, 농업법인의 설립등기에 대하여는 등록면허세를 각각 2015년 12월 31일까지 면제한다.

② (생략)

③ 제1항 및 제2항에 대한 감면을 적용할 때 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 감면된 취득세를 추징한다.

　1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

　2. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 3년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우

□ 「농어업경영체 지원 및 육성에 관한 법률」

○ 제19조(농업회사법인 및 어업회사법인의 설립 등) ① 농업의 경영이나 농산물의 유통ㆍ가공ㆍ판매를 기업적으로 하려는 자나 농업인의 농작업을 대행하거나 농어촌 관광휴양사업을 하려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 농업회사법인(農業會社法人)을 설립할 수 있다.

② 농업회사법인을 설립할 수 있는 자는 농업인과 농업생산자단체로 하되, 농업인이나 농업생산자단체가 아닌 자도 대통령령으로 정하는 비율 또는 금액의 범위에서 농업회사법인에 출자할 수 있다.

(이하 생략)

□ 구 「농어업ㆍ농어촌 및 식품산업 기본법」(2015. 12. 23. 법률 제13356호로 개정되기 전의 것)

○ 제3조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

　1. "농어업"이란 다음 각 목의 산업을 말한다.

가. 농업: 농작물재배업, 축산업, 임업 및 이들과 관련된 산업으로서 대통령령으로 정하는 것

나. 어업: 수산동식물을 포획(捕獲)ㆍ채취(採取)하거나 양식하는 산업, 염전에서 바닷물을 자연 증발시켜 제조하는 소금산업 및 이들과 관련된 산업

(이하 생략)

□ 구 「농어업ㆍ농어촌 및 식품산업 기본법 시행령」(2015. 12. 23. 대통령령 제26681호로 개정되기 전의 것)

○ 제2조(농업의 범위) 「농어업ㆍ농어촌 및 식품산업 기본법」(이하 "법"이라 한다) 제3조 제1호 가목에 따른 농업은 다음 각 호와 같다.

　1. 농작물재배업: 식량작물 재배업, 채소작물 재배업, 과실작물 재배업, 화훼작물 재배업, 특용작물 재배업, 약용작물 재배업, 버섯 재배업, 양잠업 및 종자ㆍ묘목 재배업(임업용 종자ㆍ묘목 재배업은 제외한다)

　2. 축산업: 동물(수생동물은 제외한다)의 사육업ㆍ증식업ㆍ부화업 및 종축업(種畜業)

　3. 임업: 육림업(자연휴양림ㆍ자연수목원의 조성ㆍ관리ㆍ운영업을 포함한다), 임산물 생산ㆍ채취업 및 임업용 종자ㆍ묘목 재배업

【참조조문】

지방세특례제한법 제11조【농업법인에 대한 감면】