상고이유를 판단한다.

1. 구 지방세특례제한법(2015. 12. 29. 법률 제13637호로 개정되기 전의 것) 제45조 제1항 및 구 지방세특례제한법 시행령(2014. 11. 19. 대통령령 제25751호로 개정되기 전의 것) 제22조 제1호(이하 각 조항을 합하여 ‘이 사건 면제조항’이라 한다)는 ‘정부로부터 허가 또는 인가를 받거나 민법 외의 법률에 따라 설립되거나 그 적용을 받는 장학단체가 그 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를 면제한다’고 규정하고 있다.

이 사건 면제조항에서 정한 ‘장학단체’란 그 규정의 취지에 비추어 ‘학자금·장학금 기타 명칭에 관계없이 학생 등의 장학을 목적으로 금전을 지급·지원하거나, 금전에 갈음한 물건·용역 또는 시설을 설치·운영 또는 제공하거나 지원하는 장학사업을 주된 목적으로 하는 단체’를 의미하고, 장학사업이 그 부대사업의 하나에 불과한 단체는 위 조항에서 정한 ‘장학단체’에 해당한다고 볼 수 없다. 어느 단체가 ‘장학단체’에 해당하는지 여부는 단체의 명칭 여하에 불문하고 설립근거인 법령, 정관의 목적사업, 주된 수행업무 등 실질적인 활동내역, 예산집행상황 등을 종합적으로 고려하여 판단하여야 한다(대법원 2008.6.12. 선고 2008두1115 판결 등 참조).

2. 원심이 인용한 제1심판결과 기록에 의하면, 다음과 같은 사실을 알 수 있다.

가. 원고는 2009. 9. 10. 공익법인의 설립ㆍ운영에 관한 법률 제4조에 의하여 주무관청인 농림수산식품부장관으로부터 허가를 받아 설립된 재단법인으로서, 설립허가증 및 정관에 ‘① 어촌문화사업 및 어업인 교육·지원사업, ② 어업인의 복지증진을 위한 사업, ③ 장학사업, ④ 조사 및 연구지원사업, ⑤ 표창 및 시상사업, ⑥ 수협 대내외 홍보를 위한 사업, ⑦ 그 밖에 목적달성을 위하여 필요한 사업’이 그 사업내용으로 기재되어 있다.

나. 원고는 2013. 10. 11. 해양수산부장관으로부터 어업인 자녀를 위한 장학관(기숙사) 매입을 목적으로 기본재산 5,084,863,159원의 처분 허가를 받아, 2013. 10. 16. 서울 양천구 신정동 889-1 대 289.7㎡ 및 지상 건물, 같은 동 889-25 대 280.9㎡ 및 지상 건물(이하 ‘이 사건 부동산’이라 한다)을 매수하여, 2013. 11. 20. 소유권이전등기를 마쳤다.

다. 원고는 같은 날 이 사건 부동산의 취득가액 4,652,340,000원을 과세표준으로 하여 취득세 372,187,200원, 지방교육세 55,828,080원, 농어촌특별세 9,304,680원 합계 437,319,960원(이하 ‘취득세 등’이라 한다)을 신고·납부하였다.

라. 그 후 원고는 2014. 1. 6. 원고가 이 사건 면제조항에 규정된 ‘장학단체’에 해당하여 이 사건 부동산에 대한 취득세 등이 면제되므로, 이미 납부한 취득세 등을 환급하여 달라는 취지의 경정청구를 하였으나, 피고는 2014. 1. 7. 원고가 그 장학단체에 해당하지 않는다는 이유로 원고의 경정청구를 거부하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

마. 원고는 이 사건 부동산을 취득한 직후부터 어업인 자녀로서 서울 및 수도권 소재 대학교에 다니는 약 55명의 대학생을 선발하여 이 사건 부동산에 ‘수협장학관’이란 명칭을 붙여 기숙사 용도로 제공하는 등 수협장학관을 운영하고 있고, 이에 더하여 저소득층 어업인 자녀 대학생을 선발하여 1인당 3,000,000원의 장학금을 지원하는 ‘푸른 어촌 희망가꿈 장학금’ 지원사업도 진행하고 있다.

바. 원고의 설립 직후인 2010년부터 2014년까지의 연도별·사업별 예산편성 및 그 집행내역은 다음과 같다. 원고는 자체예산으로 사업을 진행함과 아울러 한국마사회법 제42조 등에 따라 지원받은 한국마사회 특별적립금 지원사업도 병행하고 있다.

1) 원고의 자체예산 사업을 보면, 이 사건 부동산을 취득한 2013년에 처음 장학사업 예산 300,000,000원이 편성되어 그 중 실제 284,000,000원이 장학사업으로 집행되었다. 이는 그때까지의 연도별 합산 누적 예산편성금액 총 1,300,000,000원의 약 23%, 누적 예산집행금액 총 596,000,000원의 약 47.6%에 해당하며, 2013년만을 기준으로 할 때는, 자체예산편성금액 800,000,000원 중 38%, 실제 예산집행액 408,000,000원의 약 69.61%를 차지한다.

2) 이 사건 부동산 취득 바로 다음해인 2014년에는 자체예산편성액 850,000,000원 중 장학사업 예산으로 약 71%인 600,000,000원이 편성되었고, 그 중 실제 장학사업으로 585,000,000원이 집행되었는데, 이는 실제 집행된 총 예산 691,000,000원 중 약 85%에 해당한다.

3) 한국마사회 특별적립금 지원사업과 함께 보면, 2013년 총 예산집행금액 1,095,000,000원 중 장학사업 집행금액 284,000,000원은 약 25.9%에 해당하나, 제일 큰 비중을 차지했던 어업인 의료지원 사업으로 집행된 금액은 325,000,000원으로서 전체의 약 29%에 해당하였다. 2014년에는 장학사업 집행금액 585,000,000원이 총 예산집행금액 1,044,000,000원의 56%에 해당하여 과반수 비중을 차지하였다.

4) 원고가 이 사건 부동산을 취득함으로써 장학사업 수행을 위한 고정자산이 5,084,000,000원 상당으로 2013년 말 원고의 총 자산 8,144,000,000원의 62.7%를 차지하게 되었고, 2014년 말에는 원고의 총 자산 9,789,000,000원 중 51.8%를 차지하였다.

3. 가. 이러한 사실관계 및 기록을 통하여 알 수 있는 이 사건 부동산 취득을 전후로 한 다음과 같은 객관적인 사정 등을 앞서 본 법리에 비추어 보면, 원고의 설립근거인 공익법인의 설립ㆍ운영에 관한 법률, 원고 정관의 목적사업, 주된 수행업무 등 실질적인 활동내역, 예산집행상황 등을 종합적으로 고려했을 때, 원고는 장학사업을 부대사업이 아닌 주된 목적으로 하는 단체로서 이 사건 면제조항의 장학단체에 해당하므로, 원고의 이 사건 부동산 취득에 대한 취득세 등이 면제되어야 한다.

1) 원고는 설립 당시부터 정관 등에 장학사업을 그 목적사업 중 하나로 분명히 기재하고 있었고, 그와 같은 목적사업을 영위하기 위하여 기본재산을 보유하고 있었다. 그리고 실제 목적사업인 장학사업을 영위한다는 명목으로 주무관청으로부터 원고의 기본재산 중 50%를 넘는 5,084,863,159원 상당에 대한 처분허가를 받아 이 사건 부동산을 취득하였다.

2) 원고가 위와 같이 이 사건 부동산을 취득함으로써 장학사업을 위한 고정자산이 그 취득 당시를 기준으로 원고 전체 자산의 약 62.75%에 이르러 과반 이상을 차지하게 되었으며, 이는 그 다음해에도 마찬가지이다. 특히 이러한 기본재산의 처분을 통한 이 사건 부동산의 취득은 원고의 예산 편성이나 집행내역에 포함되어 있지 않다.

3) 나아가 이 사건 부동산은 취득 이후 곧바로 서울 및 수도권 소재 대학교에 다니는 어업인 자녀들의 기숙사 용도로 제공되어 원고의 고유업무인 장학사업에 계속하여 직접 사용되어 오고 있고, 달리 원고가 이 사건 부동산 취득을 전·후로 장학사업이 아닌 다른 용도로 사용할 목적으로 취득하였다고 볼 만한 사정도 찾아보기 어렵다. 오히려 이 사건 부동산을 취득한 이듬해인 2014년 자체사업 예산편성에서 장학사업으로 71%의 예산이 편성되었고, 실제 85%의 예산이 집행되는 등 장학사업의 비중이 2013년에 비해 더욱 확대되었다.

4) 원고가 2012년까지는 장학사업에 소요한 예산이 없었고, 비록 기본재산처분내역을 제외한 것이기는 하나, 한국마사회 특별적립금 지원사업을 포함한 원고의 2013년 예산집행실적 중 장학사업의 비중이 약 25.9%로서, 약 29%의 비중을 차지한 어업인 의료지원 사업에 미치지 못하는 것은 사실이다.

그러나 2012년까지는 원고 설립의 초기단계로서 집행된 예산의 규모가 미미할 뿐만 아니라, 이 사건 부동산의 취득과 같이 많은 비용이 소요되는 장학사업을 안정적으로 수행하기 위해서는 시간이 다소 필요할 것으로 보이므로, 원고가 설립 초기부터 바로 장학사업에 착수하지 않았다는 이유만으로 원고가 장학단체가 아니라 단정할 수 없다.

또한 주무관청의 직접적인 감독을 받게 되는 한국마사회 특별적립금 지원사업과 달리 2013년 원고의 자체예산 사업에서는 장학사업의 비중이 69.61%로 가장 높고, 2013년 원고의 전체 예산집행실적 1,095,000,000원 중 장학사업과 어업인 의료지원 사업의 차이는 매우 근소하다. 반면 이 사건 부동산의 취득가액은 그 자체로 4,652,340,000원에 이르는데, 이를 고려하면 2013년 원고의 사업 중 가장 큰 비중을 차지하는 것은 단연 장학사업이라 할 것이고, 2013년까지 연도별 합산 누적 예산집행액에서도 장학사업이 약 47.6%를 차지하는 만큼 원고의 장학사업을 단순한 부대업무라고 보기도 어렵다.

나. 사정이 이러하다면, 자신의 기본재산을 처분하여 취득한 부동산을 실제 기숙사 용도로 제공하고 있고, 장학금 지원사업 등 장학사업을 더욱 확장하여 수행하고 있는 원고에게, 이 사건 부동산의 취득에 대한 세제혜택을 부여하는 것이 장학단체의 건전한 설립·운영을 전제로 공익사업인 장학사업을 활성화하고 장려하고자 하는 이 사건 면제조항의 입법취지에도 부합한다.

4. 그런데도 원심은 이와 달리 그 판시와 같은 이유만으로, 원고가 장학사업을 주된목적으로 하는 장학단체에 해당한다고 인정하기 부족하다고 보고, 원고의 취득세 환급의 경정청구를 거부한 이 사건 처분이 적법하다고 판단하였다. 이러한 원심의 판단에는 이 사건 면제조항의 해석에 관한 법리를 오해하여 판결 결과에 영향을 미친 위법이 있다. 이를 지적하는 상고이유 주장은 이유 있다.

5. 그러므로 원심판결을 파기하고, 사건을 다시 심리·판단하도록 원심법원에 환송하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

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【하급심-서울고등법원 2016. 8. 16. 선고 2016누36651 판결】

【주문】 처분청승소

제1심 판결을 취소한다. 피고가 2014. 1. 7. 원고에 대하여 한 취득세 372,187,200원, 지방교육세 55,828,080원, 농어촌특별세 9,304,680원의 경정청구에 대한 거부처분을 취소한다.

【이유】

1. 제1심 판결의 인용

이 법원이 이 사건에 관하여 설시할 이유는, 제1심 판결문 제3면 제1행 "2" 다음에 ", 3, 6, 7"을, 7면 제3행 "및" 다음에 "갑 제13, 14호증의 각 기재와"를 각 추가하고, 제7면 제9행 "있는바,"를 "있고, 공익법인의 설립·운영에 관한 법률 시행령 제2조 제1항은 공익법인은 다음 각 호의 사업을 목적으로 하는 법인을 말한다고 규정하면서 제1호에서 학자금·장학금 기타 명칭에 관계없이 학생 등의 장학을 목적으로 금전을 지급하거나 지원하는 사업·금전에 갈음한 물건·용역 또는 시설을 설치·운영 또는 제공하거나 지원하는 사업을 규정하고 있는바‘로, 제9면 제3행 "있음에도"를 "있고, 한국마사회의 특별적립금 편성 기준에 의하더라도 장학사업과 관련된 예산이 특별적립금 편성 대상 사업 예산에서 제외되는 것으로 보이지 않음에도"로 각 고치는 외에는 제1심 판결 이유 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 이를 그대로 인용한다.

2. 결론

그렇다면 제1심 판결은 정당하므로, 원고의 항소는 이유 없어 이를 기각한다.

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【하급심-서울행정법원 2016. 1. 29. 선고 2015구합75008 판결】

【주문】 처분청승소

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

【이유】

1. 처분의 경위

가. 원고는 2013. 10. 16. 어업인 자녀를 위한 장학관(기숙사) 용도로 서울 양천구 신정동 889-1 대 289.7㎡ 및 지상 건물, 같은 동 889-25 대 280.9㎡ 및 지상 건물(이하 통틀어 ‘이 사건 부동산’이라 한다)을 매수하여 2013. 11. 20. 소유권이전등기를 마쳤다.

나. 원고는 이 사건 부동산의 취득가액 4,652,340,000원을 과세표준으로 하여 취득세 372,187,200원, 지방교육세 55,828,080원, 농어촌특별세 9,304,680원 합계 437,319,960원(이하 ‘취득세 등’이라 한다)을 신고·납부하였다.

다. 원고는 2014. 1. 6. 구 지방세특례제한법(2015. 12. 29. 법률 제13637호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제45조 제1항, 구 지방세특례제한법 시행령(2014. 11. 19. 대통령령 제25751호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제22조(이하 위 각 규정을 합하여 ‘이 사건 조항’이라 한다)에 규정된 ‘장학단체’에 해당하여 이 사건 부동산에 대한 취득세 등이 면제되므로 이미 납부한 취득세 등을 환급하여 달라는 취지의 경정청구를 하였으나, 피고는 2014. 1. 7. 원고가 이 사건 조항에 정한 장학단체에 해당하지 않는다는 이유로 원고의 경정청구를 거부하였다(이하 '이 사건 처분‘이라 한다).

라. 원고는 이에 불복하여 2014. 2. 12. 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나, 조세심판원은 2014. 6. 30. 이를 기각하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 7호증, 을 제1, 2호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

원고는 다음과 같은 이유로 이 사건 조항에 규정된 장학단체에 해당하므로 이 사건 부동산에 관한 취득세 등을 면제받아야 함에도 이와 전제를 달리 한 이 사건 처분은 위법하다.

1) 원고는 공익법인의 설립·운영에 관한 법률(이하 ‘공익법인법’이라 한다) 제4조에 따라 설립허가를 받은 공익법인이고, 위 설립허가증 및 원고의 정관에 장학사업이 목적사업으로 기재되어 있는 이상 원고는 ‘공익법인법에 따라 설립된 장학법인’으로서 당연히 장학단체에 해당한다.

2) 원고는 취득세 등의 납세의무가 성립한 이 사건 부동산 취득 당시인 2013년경 집행된 예산 중 약 69.35%를 장학사업에 사용하였고 2013년말 원고의 자산 중 이 사건 부동산의 비중이 약 62.7%를 차지하고 있었으므로 원고는 장학사업을 주된 목적으로 하는 장학단체에 해당한다.

나. 관계법령

별지 기재와 같다.

다. 인정사실

1) 원고는 2009. 8. 26. 민법 제32조, 공익법인법 제4조 및 같은 법 시행령 제5조에 의하여 주무관청인 농림수산식품부장관으로부터 허가를 받아 2009. 9. 10. 설립된 재단법인이고, 그 설립허가증에 기재된 사업내용은 다음과 같다

2) 원고는 정관 중 주요 내용은 다음과 같다.

3) 원고의 2010년부터 2014년까지의 연도별·사업별 예산편성 및 그 집행내역은 다음 표와 같다(‘수협장학관운영’ 및 ‘푸른어촌희망가꿈 장학금 지원’ 사업이 장학사업에 해당한다

[인정근거] 갑 제7 내지 12호증(가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

라. 판단

1) 첫 번째 주장에 관하여

조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2002.4.12. 선고 2001두731 판결등 참조).

한편, 구 「지방세특례제한법」제45조 제1항은 "대통령령으로 정하는 학술연구단체·장학단체·과학기술진흥단체가 그 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여 취득세를, 과세기준일 현재 그 고유업무에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세를 각각 2015. 12. 31.까지 면제한다"라고 규정하고, 구 「지방세특례제한법 시행령」제22조는 "‘대통령령으로 정하는 학술연구단체·장학단체·과학기술진흥단체’란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 단체를 말한다"고 하면서 "정부로부터 허가 또는 인가를 받거나 민법 외의 법률에 따라 설립되거나 그 적용을 받는 장학단체(1호)", "안전행정부장관이 미래창조과학부장관 또는 교육부장관과 협의하여 고시하는 단체(2호)"를 규정하고 있으므로, 취득세 등의 면제 대상에 해당하기 위해서는 구 「지방세특례제한법 시행령」제22조 각 호의 1에 해당하는 단체이어야 하고, 같은 조 제1호 소정의 장학단체라 함은 규정의 취지에 비추어 학업을 장려하기 위한 일련의 후원을 주된 목적으로 하는 단체를 의미하고, 장학사업이 부대사업의 하나에 불과한 경우에는 이를 같은 조항에 정한 장학단체로 볼 수 없으며, 어느 단체가 ‘장학단체’에 해당하는지 여부는 단체의 명칭 여하를 불문하고 설립근거인 법령, 정관의 목적사업, 주된 수행업무 등 실질적인 활동 내역, 예산집행 상황 등을 종합적으로 고려하여 판단하여야 한다(대법원 2008.6.12. 선고 2008두1115 판결 등 취지 참조).

이 사건의 경우, 원고가 공익법인법에 따라 설립된 재단법인이라 하더라도 장학사업 뿐만 아니라 어촌문화사업, 어업인 교육·지원사업, 어업인의 복지증진을 위한 사업, 조사·연구지원사업, 표창 및 시상사업, 수협 대내·외 홍보를 위한 사업, 그 밖에 목적달성을 위하여 필요한 사업 등을 목적사업으로 하고 있는 사실은 앞서 본 바와 같고, 이와 같이 원고가 여러 목적사업을 수행하는 경우 어느 것이 주된 사업인지는 원고의 정관, 사업실적, 예산의 사용용도 및 그 비중 등을 비교하여 판단하여야 할 것이므로, 단지 장학사업이 원고의 목적사업 중 하나라는 이유만으로 원고가 공익법인에 따라 설립된 장학법인 내지 이 사건 조항에 정한 장학단체에 해당한다고 볼 수는 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

2) 두 번째 주장에 관하여

앞서 본 관련법리에 위 인정사실 및 변론 전체의 취지를 더하여 인정되는 다음과 같은 사정들에 비추어 보면, 원고가 들고 있는 사정만으로는 원고가 장학사업을 주된 목적으로 하는 장학단체에 해당한다고 인정하기 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없으므로, 이를 다투는 원고의 주장 역시 이유 없다.

가) 원고의 설립근거 법령인 공익법인법 제2조는 ‘재단법인이나 사단법인으로서 사회 일반의 이익에 이바지하기 위하여 학자금·장학금 또는 연구비의 보조나 지급, 학술, 자선에 관한 사업을 목적으로 하는 법인’을 ‘공익법인’으로 규정하고 있는바, 위 법령이 장학사업을 주된 목적으로 하는 법인의 설립만을 예정하고 있지는 아니하다.

나) 이 사건 조항은 부동산을 장학사업에 사용하려는 목적일지라도 그 취득의 주체가 장학단체인 경우에 한하여 취득세를 면제하는 것으로 규정함으로써 구 「지방세특례제한법」제44조, 제46조 주3) 와는 달리 취득의 목적과 아울러 취득의 주체까지 제한하고 있고, 취득세 감면 여부를 판단함에 있어 부동산 취득 이후의 사정까지 고려할 경우 그 판단이 납세의무자의 주관적인 사업계획 등에 좌우되는 문제가 발생하므로, 원고가 이 사건 조항에 정한 장학단체에 해당하는지 여부는 원고의 설립 당시부터 취득세 등의 납세의무가 성립한 이 사건 부동산 취득 시점, 즉 2013. 11. 20.까지의 주된 수행업무 등을 기준으로 판단하여야 할 것이다.

다) 한편, 원고는 자체 예산으로 진행한 사업 이외에도 한국마사회법 제42조, 같은 법 시행령 제23조, 한국마사회 특별적립금 운영요령(농림수산식품부고시 제2010- 132호, 이하 같다) 제6조, 제7조, 제9조, 제12조 등에 따라 지원받은 한국마사회 특별적립금(이하 ‘특별적립금’이라고만 한다)으로 진행한 사업도 다수 있다.

한국마사회 특별적립금 운영요령에 의하면, 사업주관기관 또는 사업주관과가 분야별(① 마사진흥사업, ② 농어업인 자녀 및 농어업인 후계인력 장학사업, ③ 농업·농촌에 대한 이해증진 및 농축산물 소비촉진사업, ④ 농어촌 사회복지 증진사업)로 특별적립금 지원사업을 공모하면, 원고가 자발적인 의사에 따라 작성한 사업계획서 및 특별적립금 지원신청서를 사업주관과에 제출함으로써 사업주관기관으로부터 지원금액을 지급받게 되는 것이므로, 원고의 실질적인 활동내역 및 예산 집행내역을 검토함에 있어 특별적립금 지원사업 또한 고려해야 한다.

라) 그런데 먼저 원고의 자체 사업만을 기준으로 2013년 말까지 누적된 예산 편성 및 집행내역을 보아도, 장학사업 예산으로 편성된 금액 300,000,000원은 총 예산편성금액 1,300,000,000원의 약 23%에 불과하고, 장학사업의 예산으로 집행된 금액 284,000,000원은 총 예산집행금액 596,000,000원의 약 47.6%로서 과반수에 이르지 못하고 있다. 나아가 2013년에 편성되어 집행된 예산에 국한하여 보더라도 특별적립금 지원사업 예산의 집행실적을 고려하면, 장학사업 예산으로 편성된 금액 300,000,000원은 총 예산편성금액 1,550,000,000원의 약 19.4%에 불과하고, 장학사업의 예산으로 집행된 금액 284,000,000원은 총 예산집행금액 1,095,000,000원의 약 25.9%이며, 오히려 어업인 의료지원 사업의 예산으로 집행된 금액이 325,000,000원(=자체사업 10,000,000원+특별적립금 지원사업 315,000,000원)으로 장학사업보다 많다.

마) 앞서 본 바와 같이 농어업인의 자녀 및 농어업인 후계인력 장학사업이 특별적립금 지원 분야의 하나로 관련법령에 명시되어 있음에도 원고는 설립 이후 이 사건 부동산 취득 시점까지 장학사업 분야에 대하여는 특별적립금 지원 신청을 하지 않은 것으로 보인다.

바) 원고가 이 사건 부동산을 취득하기 전까지 장학사업 관련 자산을 보유한 바 없다가 위 부동산을 취득함으로써 2013년 말 장학사업 관련 자산이 총 자산의 62.7%에 이르게 되었다는 사정은 원고가 이 사건 부동산 취득 당시 이 사건 조항에 정한 장학단체인지 여부를 판단함에 있어 고려할 사정은 아니다.

3. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

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*주1) 공란으로 되어 있는 부분은 기록상 예산 편성내역을 알 수 없는 부분이다.

*주2) 위 판례는 ‘기술진흥단체’에 해당하는지 여부가 문제된 사안으로 ‘장학단체’인지 여부가 문제되는 이 사건의 경우에도 동일하게 적용된다.

*주3) 제44조(평생교육시설 등에 대한 감면)

대통령령으로 정하는 평생교육시설에 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를, 과세기준일 현재 평생교육시설에 직접 사용하는 부동산(해당 시설을 다른 용도로 함께 사용하는 경우 그 부분은 제외한다)에 대하여는 재산세(「지방세법 」제112조에 따른 부과액을 포함한다) 및 「지방세법」제146조제2항에 따른 지역자원시설세를 각각 2015년 12월 31일까지 면제한다.

제46조(연구개발 지원을 위한 감면)

① 대통령령으로 정하는 기업부설연구소에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(부속토지는 건축물 바닥면적의 7배 이내인 것으로 한정한다. 이하 이 조에서 같다)에 대해서는 취득세의 100분의 50을, 과세기준일 현재 기업부설연구소에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세의 100분의 50을 2016년 12월 31일까지 각각 경감한다.

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【관계법령】

관계법령

▣ 구 지방세특례제한법(2015. 12. 29. 법률 제13637호로 개정되기 전의 것)

제45조(학술연구단체 및 장학단체에 대한 감면)

① 대통령령으로 정하는 학술연구단체ㆍ장학단체ㆍ과학기술진흥단체가 그 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를, 과세기준일 현재 그 고유업무에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세(「지방세법」제112조에 따른 부과액을 포함한다) 및 「지방세법」제146조제2항에 따른 지역자원시설세(학술연구단체ㆍ장학단체의 경우에만 해당한다)를 각각 2015년 12월 31일까지 면제한다.

② 「공익법인의 설립ㆍ운영에 관한 법률」에 따라 설립된 장학법인이 장학금을 지급할 목적으로 취득하는 임대용 부동산에 대하여는 취득세의 100분의 80을, 과세기준일 현재 임대용으로 사용하는 부동산에 대하여는 재산세(「지방세법」제112조에 따른 부과액을 포함한다) 및 「지방세법」제146조제2항에 따른 지역자원시설세의 100분의 80을 각각 2015년 12월 31일까지 경감한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 경감된 취득세를 추징한다.

1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 사용하지 아니하는 경우

2. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우

▣ 구 지방세특례제한법 시행령(2014. 11. 19. 대통령령 제25751호로 개정되기 전의 것)

제22조(학술연구단체 등의 범위)

법 제45조제1항에서 "대통령령으로 정하는 학술연구단체ㆍ장학단체ㆍ과학기술진흥단체"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 단체를 말한다.

1. 정부로부터 허가 또는 인가를 받거나 「민법」외의 법률에 따라 설립되거나 그 적용을 받는 학술연구단체ㆍ장학단체ㆍ과학기술진흥단체

2. 안전행정부장관이 미래창조과학부장관 또는 교육부장관과 협의하여 고시하는 단체

▣ 민법

제32조(비영리법인의 설립과 허가)

학술, 종교, 자선, 기예, 사교 기타 영리 아닌 사업을 목적으로 하는 사단 또는 재단은 주무관청의 허가를 얻어 이를 법인으로 할 수 있다.

▣ 공익법인의 설립·운영에 관한 법률

제4조(설립허가 기준)

① 주무 관청은 「민법」제32조에 따라 공익법인의 설립허가신청을 받으면 관계 사실을 조사하여 재단법인은 출연재산의 수입, 사단법인은 회비ㆍ기부금 등으로 조성되는 재원의 수입(이하 각 "기본재산"이라 한다)으로 목적사업을 원활히 수행할 수 있다고 인정되는 경우에만 설립허가를 한다.

② 주무 관청은 공익법인의 설립허가를 할 때 대통령령으로 정하는 바에 따라 회비 징수, 수혜 대상에 관한 사항, 그 밖에 필요한 조건을 붙일 수 있다.

③ 공익법인은 목적 달성을 위하여 수익사업을 하려면 정관으로 정하는 바에 따라 사업마다 주무 관청의 승인을 받아야 한다. 이를 변경하려는 경우에도 또한 같다.

▣ 공익법인의 설립·운영에 관한 법률 시행령

제5조(설립허가)

① 주무관청은 법인설립허가신청의 내용이 다음 각호의 기준에 적합한 경우에 한하여 이를 허가한다.

1. 목적사업이 구체적이며 실현가능하다고 인정되는 경우

2. 재단법인에 있어서는 출연재산의 수입, 사단법인에 있어서는 회비·기부금등으로 조성하는 재원의 수입으로 목적사업을 원활히 달성할 수 있다고 인정되는 경우

3. 목적사업이 적극적으로 공익을 유지·증진하는 것이라고 인정되는 경우

② 제4조제2항의 경우에는 법인설립허가신청을 받은 주무관청은 다른 주무관청과 협의하여 그 설립허가를 하여야 한다.

▣ 한국마사회법

제42조(손익금의 처리)

④ 제1항제4호의 특별적립금은 대통령령으로 정하는 바에 따라 말산업 및 축산 발전사업, 농어업인자녀와 농어업인후계인력 장학사업, 농업ㆍ농촌에 대한 이해증진과 농축산물 소비촉진사업, 자유무역협정의 이행에 따른 농어업인 등에 대한 지원, 그 밖에 농어촌사회 복지증진을 위하여 필요한 경비에 충당한다.

⑥ 농림축산식품부장관은 제4항에 따른 특별적립금(축산발전기금에 출연된 금액은 제외한다. 이하 이 항에서 같다)의 전년도 집행실적을 특별적립금 회계연도 종료 후 3개월 이내에 국회 소관 상임위원회에 보고하고, 특별적립금의 다음 연도 집행계획을 그 계획이 확정되는 즉시 국회 소관 상임위원회에 보고하여야 한다.

▣ 한국마사회법 시행령

제23조(특별적립금의 용도)

마사회는 법 제42조제1항에 따라 적립한 특별적립금을 농림축산식품부장관이 해당 연도 예산편성 등을 고려하여 정하는 바에 따라 다음 각 호의 용도에 사용하여야 한다. 이 경우 농림축산식품부장관은 미리 기획재정부장관과 협의하여야 한다.

1. 말산업 및 축산 발전사업

2. 농어업인 자녀 및 농어업인후계인력 장학사업

3. 농업ㆍ농촌에 대한 이해증진 및 농축산물 소비촉진사업

4. 자유무역협정의 이행에 따른 농어업인 등에 대한 지원

5. 그 밖에 농어촌사회 복지증진사업

▣ 한국마사회 특별적립금 운영요령(농림축산식품부고시 제2010-132호)

제1조(목적)

이 규정은 한국마사회법 제42조 및 동법시행령 제23조의 규정에 의한 특별적립금(축산발전기금출연금을 제외한다. 이하 "적립금"이라 한다)의 사용·관리에 관한 사항을 정함으로써 적립금의 효율적인 운용을 도모함을 목적으로 한다.

제2조(정의)

이 규정에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다.

1. "지원금"이라 함은 한국마사회법 제42조 및 동법 시행령 제23조의 규정에 따라 적립금에서 마사진흥, 농어업인 자녀 및 농어업인후계인력 장학사업 등에 사용하기 위하여 마사회가 교부하는 자금을 말한다.

2. "지원사업"이라 함은 지원금의 교부대상이 되는 사업을 말한다.

3. "운용총괄과"라 함은 적립금의 운용·관리를 총괄하는 농림수산식품부의 담당과(축산정책과)를 말한다.

4. "사업주관기관"이라 함은 적립금 운용계획에 따라 사업분야별로 지원사업 및 지원대상자를 선정하고 사업시행을 관리하는 기관이며 사업분야별 사업주관기관은 별표 1에서 정한다.

5. "사업총괄과"라 함은 제4호의 규정에 의한 사업주관기관의 지원사업 및 지원대상자 선정을 지원하는 농림수산식품부 각 과 또는 팀을 말하며 사업분야별 사업총괄과는 별표 1에서 정한다.

6. "사업주관과"라 함은 제7호의 규정에 의한 사업시행자의 사업시행을 관리하는 농림수산식품부·문화체육관광부·농촌진흥청·산림청의 과단위 기관을 말한다.

7. "사업시행자"라 함은 지원사업을 수행하는 자를 말한다.

제6조(적립금의 지원범위)

적립금은 마사진흥, 농어업인자녀 및 농어업인후계인력 장학사업, 농업·농촌에 대한 이해증진 및 농축산물 소비촉진사업, 자유무역협정의 이행에 따른 농어업인등에 대한 지원 기타 농어촌사회복지증진사업에 지원한다.

제7조(적립금의 지원기준)

②농어업인 자녀 및 농어업인 후계인력 장학사업은 다음 각호의 사업에 지원한다.

1. 농어업인 자녀 장학금 지원

2. 농어업인 후계인력 양성을 위한 장학금 지원

3. 농어촌 청소년 국내외 연수 및 체험프로그램 지원

4. 농어촌 청소년 육성을 위한 홍보 및 시상금

5. 기타 농림수산식품부장관이 인정하는 농어촌 활성화 육성사업

③농업·농촌에 대한 이해증진 및 농축산물 소비촉진사업은 다음 각 호의 사업에 지원한다.

1. 농업·농촌의 다원적 기능과 농업·농촌의 소중함의 홍보 등 농업에 대한 이해와 협력을 구할 수 있는 사업

2. 우수농업사례 홍보와 우수농산물 소비촉진사업을 통하여 농어민소득안정과 농어촌활성화에 기여하는 사업

3. 우리 농업·농촌 및 농축산물의 해외 홍보사업

4. 그 밖에 농림수산식품부장관이 인정하는 농어업·농어촌 홍보사업

④농어촌 사회복지 증진사업은 다음 각호의 사업에 지원한다.

1. 도시자본의 유치, 도시와의 교류 촉진, 농어촌관광 활성화를 위한 여건 조성 등 농어촌지역의 활력화를 위한 사업

2. 농어촌지역의 무의탁 노인 지원·아동복지 증진 등을 위한 봉사 및 지원 활동

3. 농어촌지역의 전통문화 보전·계승 및 생활환경 개선 사업

4. 기타 농어촌 복지 증진 및 활성화를 위한 사업

제9조(적립금 지원신청)

①사업주관기관 또는 사업주관과가 분야별 적립금 지원사업과 사업시행자를 선정하고자 할 때에는 홈페이지 등을 통해 공모를 하여야 한다. 다만, 지원사업의 연속성, 사업시행자의 특수성 등으로 공모하기 곤란한 때에는 예외로 한다.

②적립금을 지원 받고자 하는 자는 별지 제1호 서식의 특별적립금 지원 신청서에 다음 각호의 서류를 첨부하여 매년 7월 10일까지 사업주관과에 제출하여야 한다.

1. 사업계획서(별지 제1-1호)

2. 지원금 산출내역서(별지 제1-2호)

③사업주관과는 제2항의 규정에 의한 신청서가 제출된 경우에는 제7조의 규정에 의한 적립금 지원기준에의 적합성 여부, 사업계획의 타당성 및 필요성, 사업비 산정의 적정성 등을 종합 심사하여 별지 제2호 서식의 특별적립금 사용 계획서(별지 제1-2호 및 별지 제2-1호 서식 포함)를 매년 7월말까지 사업주관기관 및 사업총괄과에 제출하여야 한다.

제10조(적립금 사용계획 확정)

①사업주관기관은 제9조 제3항의 규정에 의하여 제출된 특별적립금 사용 계획서를 검토한 후 제8조제1항의 규정에 의한 사업분야별 운용한도액내에서 지원사업 및 지원금액을 결정하여 매년 8월말까지 운용총괄과에 제출하여야 한다.

②사업주관기관은 제1항의 규정에 의한 지원사업 및 지원금액을 결정함에 있어서 사업총괄과와 미리 협의하여야 한다.

③당해년도 전체 적립금 사용계획은 제17조의 규정에 의한 한국마사회 특별적립금 심의위원회의 심의를 거쳐 확정한다.

④운용총괄과는 제3항의 규정에 의하여 확정된 적립금 사용계획을 사업주관기관, 사업총괄과, 사업주관과에 통보하여야 하며, 사업주관과는 사업별 적립금 교부결정액과 그 세부내역을 사업시행자에게 통보하여야 한다. 이 때 사업주관과는 적립금 지원사업의 목적을 달성하기 위하여 다음 각호의 1에 해당되는 조건을 붙일 수 있다.

1. 지원사업의 사후관리기간

2. 지원금으로 건축 또는 구입한 건물·장비 등의 지원목적 외 사용금지기간

3. 지원사업의 진도별 사업자금 교부기준

4. 기타 사업목적 달성에 필요하다고 인정되는 사항

⑤농림수산식품부장관은 제3항 및 제4항의 규정에 의하여 적립금 사용계획을 확정·통보한 후 적립금 잔여액이 발생하거나 추가 지원이 필요한 경우에는 적립금 사용변경 계획을 수립·시행할 수 있다.

제12조(적립금의 교부신청 및 지급)

①사업시행자는 제10조 제4항의 규정에 따라 확정된 적립금 사용계획에 대해 사업주관과에 당해 사업 세부추진계획서(형식제한 없음)와 함께 별지 제3호 서식에 따라 적립금 교부를 신청하고, 사업주관과는 이를 검토하여 별지 제3-1호 및 제3-2호 서식에 따라 적립금 교부결정을 사업시행자와 한국마사회장에게 통지하여야 한다.

②사업시행자는 사업진도에 따라 사업주관과에 별지 제3-3호 서식의 적립금 개산급 교부를 신청하고, 사업주관과는 사업실적 등을 확인한 후 한국마사회장에게 별지 제3-1호 서식을 첨부하여 적립금 개산급의 교부를 신청하여야한다. 이때 개산급은 교부결정액의 85%를 초과할 수 없다. 다만, 사업주관과가 사업추진에 필요하다고 판단한 경우 교부결정액의 85%을 초과하여 지급할 수 있다.

③사업시행자는 사업주관과에 제25조에 따라 사업추진결과 등을 포함하여 정산보고하고, 사업주관과는 이를 검토하여 별지 제3-4호 서식의 적립금 교부 확정서를 사업시행자와 한국마사회장에게 통지하여야 한다.

④한국마사회장은 사업주관과의 적립금 개산급 교부신청서와 적립금 교부확정서에 따라 사업시행자에게 적립금을 지급하여야 한다.

⑤사업주관과는 한국마사회에 개산급 지급요청 및 교부확정에 따른 적립금 지급요청을 할 경우 한국마사회 업무연락망 시스템에 요청내용을 입력하여야 한다. 끝.