【질의요지】

동일한 과세대상에 2개의 감면규정이 취득 당시 동시에 충족하는 경우 하나의 감면규정으로 취득세 등을 감면받았으나, 추징사유가 발생할 경우 나머지 다른 감면규정을 적용하여 취득세 등을 감면받을 수 있는지 여부

【회신내용】

「지방세특례제한법」제58조의2 제2항에서「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」 제28조의4에 따라 지식산업센터를 신축하거나 증축하여 설립한 자로부터 최초로 해당 지식산업센터를 분양받은 입주자에 대해서는 취득세의 100분의 50을 경감하도록 규정하고 있고, 같은 법제46조 및 같은법 시행령 제23조에서는「기술연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률」제14조에서 규정한 기준을 갖춘 연구소로서 미래창조과학부장관에게 신고하여 인정받은 기업부설연구소에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 60%를 2019년 12월 31일까지 경감한다고 하면서 그 단서에서는 연구소 설치 후 4년 이내에 정당한 사유 없이 연구소를 폐쇄하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세를 추징한다고 규정하고 있습니다.

어떠한 과세대상이 당초 감면을 받은 규정에 의한 감면대상에 해당하지 않는다고 하더라도, 다른 감면규정에 의한 감면대상에 해당하고 그에 관하여 추징사유가 발생하지 아니하였다면 다른 규정에 따른 감면사유가 여전히 존재하는 이상 추징처분을 하는 것은 허용되지 않는다(대법원 2014.2.13. 선고 2013두18582 판결 참조) 할 것이며,

당초 취득 부동산에 대하여 기업부설연구소 감면으로 취득세 등을 감면받은 후, 일부 기업부설연구소로 인정받지 못한 면적에 대해서 취득 당시부터 존재하였던 지식산업센터 감면요건을 충족하고 있다면, 지식산업센터 감면규정을 배제할 수는 없다(조세심판원 조심 2014지1186, 2014. 9. 23. 결정 참조)고 보아야 할 것인바,

질의 내용과 같이 당초 취득 당시 2개의 감면규정이 동시에 적용할 수 있는 경우 감면율이 높은 것으로 취득세 등을 감면받은 후, 추징사유가 발생할 경우 나머지 다른 감면규정으로 취득세 등을 감면받을 수 있다고 판단됩니다.