1. 원 처분의 요지

가. 청구인은 2011. 7. 5. 서울특별시 ○○구 ○○대로27길 45 부동산(사무실 216.52㎡, 이하 "이 사건 부동산"이라 한다)을 매매를 원인으로 취득한 후 구 ｢지방세특례제한법｣(2011. 12. 31. 법률 제11138호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제50조 제1항의 규정에 따라 종교단체가 해당 사업에 사용하기 위하여 취득하는 부동산으로 하여 취득세 등 28,060,000원을 면제받았다.

나. 처분청은 2016. 3. 10. 청구인이 이 사건 부동산을 종교용도로 직접 사용하지 아니하고 수익사업에 사용하고 있다고 보아 면제된 취득세를 추징하기 위해 청구인에게 취득세 24,400,000원, 농어촌특별세 1,220,000원, 지방교육세 2,440,000원, 가산세 19,535,480원, 계 47,595,480원을 결정ㆍ고지(이하 "이 사건 부과처분"이라 한다)하였다.

2. 심사청구의 취지와 이유

가. 청구 취지

이 사건의 청구 취지는 이 사건 부과처분을 취소하여 달라는 것이다.

나. 청구 이유

대법원 판례*주1)에 따르면 「지방세특례제한법」제50조의 ‘직접 사용’이란 당해 재산의 용도가 직접 그 본래의 업무에 사용하는 것이면 충분하고 그 사용방법이 제3자에게 임대 또는 위탁하여 그와 같은 용도에 제공하는지 여부는 가리지 아니한다고 판시하였으므로 청구인이 소속 단체인 청구 외 △△(이하 "△"라 한다)에 이 사건 부동산을 무상으로 사용하게 하였더라도 종교용도로 사용하면 되는 것이지 청구인이 직접 사용하는 것만을 ‘직접 사용’으로 보는 것은 아니며, 또한 △가 회원을 모집하여 □□□□□로 매월 일정액의 회비를 받았다 하더라도 그 회비는 실비변상적인 성격이어서 이 사건 부동산을 수익사업에 사용하였다고 볼 수 없다.

3. 우리 원의 판단

가. 다툼

이 사건의 다툼은 청구인이 이 사건 부동산을 종교목적에 직접 사용하는 것으로 볼 수 있는지 여부와 수익사업에 사용하는지 여부이다.

나. 인정사실

이 사건 관련 기록을 검토해 보면 다음과 같은 사실이 인정된다.

1) 청구인은 2010. 10. 14. 충청남도지사로부터 법인설립허가(충청남도 제①호)를 받고 2010. 10. 29. 마음수련 신앙활동의 활성화 등의 종교목적으로 법인설립등기를 마친 비영리 종교재단법인(2011. 7. 12. 충청남도 문화예술과-②)이다.

2) 청구인의 정관에 다음과 같은 내용이 기재되어 있다.

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□□ 정관

제3조(목적) 법인의 목적은 □□의 (비공개) 함에 있다.

제4조(사업) ① 법인은 제3조의 목적을 달성하기 위하여 다음의 사업을 한다.

1.  □□□□ 신앙활동의 활성화

1.  □□□□ 포도의 활성화 및 그 방안 개발

1. 법인재산의 유지 및 관리

1. 타 종교와의 협력 및 연합활동 강화

1. 지역사회 발전 및 사회복지단체 등 지원

1. 기타 본 법인의 목적달성에 필요한 사업 및 목적달성을 위한 기타 수익사업

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3) 청구인은 2011. 7. 5. 이 사건 부동산을 청구 외 C으로부터 매매원인으로 취득하여 같은 해 8. 25. △에 무상으로 사용하도록 하였다.

한편, △는 청구인 소속이며 독립회계로 운영하는 등 정관에 다음과 같은 내용이 기재되어 있다.

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△ 정관

제1조(명칭) 본회의 이름은 ‘△’(이하 "본회")라 한다.

제2조(소재지) 본회의 사무소는 서울특별시 ○○구 ○○대로27길 45에 둔다.

제3조(목적 및 사업) 본회는 (....) 사업 등을 한다.

제4조(소속) 본회의 소속은 (재)□□에 속한다.

제5조(회원의 자격 및 구분)

② 본회의 회원은 준회원과 정회원으로 다음과 같이 구분하며 정회원만 의결권을 가진다.

1. 준회원:□□□□ 4과정까지의 회원으로 한다.

2. 정회원: □□□□ 5과정 이상의 회원으로 □□□□□의 인준을 받은 사람으로 한다.

제9조(임원의 종류와 임원회의 구성)

① 본회는 다음의 임원을 두고 업무 의결기구로서 임원회의를 구성한다.

1. 회장 1인, 2. 고문 약간명, 3. 부회장 약간명, 4. 총무 2인 이내, 5. 감사 1인

제18조(임원회의 의결사항) 임원회의는 다음의 사항을 의결한다.

1. 업무집행에 관한 사항

2. 사업계획, 실적 및 예산ㆍ결산에 관한 사항

3. 제 규정의 제정 및 변경에 관한 사항

4. 정관변경안의 작성

5. 재산관리에 관한 사항

8. 본회 및 산하기관의 운영에 필요한 규정의 심의 의결

제22조(총회의 구성) 총회는 본회의 최고 의결기관이며 정회원으로 구성한다.

제23조(총회의 기능) 총회는 다음 사항을 의결한다.

3. 본회의 기본재산 취득 및 처분에 관한 사항

4. 예산 및 결산보고서 승인

6. 사업계획 승인

제29조(회계의 구분)

① 본회 회계 재산의 유지, 보존 및 관리는 임원회의 결의에 의한다.

② 본회 및 산하기관의 회계는 독립회계로 운영한다.

제35조(회계감사) 감사는 본회의 회계에 관한 사항을 연 1회 이상 감사하여야 한다.

제37조(해산) 본회를 해산할 경우 제25조 제2항에 따른 총회 결의를 요하고, 해산 시 잔여재산은

(재)□□에 귀속한다.

부칙

제1조(준거 규정) 본 정관에 규정된 이외 사항에 대해서는 (재)□□의 정관을 따른다.

제정 서기 2008년 12월 1일

개정 서기 2016년 3월 1일

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4) 청구인은 2011. 7. 5. 이 사건 부동산을 매매원인으로 취득한 후 구 「지방세특례제한법」제50조 제1항의 규정에 따라 종교 및 제사를 목적으로 하는 단체가 해당사업에 사용하기 위하여 취득하는 부동산으로 하여 취득세 등 28,060,000원을 면제받았다.

이후 처분청은 청구인이 이 사건 부동산을 △에 무상으로 사용하게 하고 △가 □□□□□로 매달 17만 원의 회비를 받는 등 청구인이 이 사건 부동산을 직접 사용하지 아니하고 수익사업에 사용하고 있다고 보아 2016. 3. 10. 감면을 부인하고 이 사건 부과처분을 하였다.

5) 청구인은 감사원 심사청구를 제출하면서 이 사건 부과처분과는 별개로 청구인이 2010. 12. 6. 사단법인 ▲▲로부터 논산시 상월면 상도리 소재 토지 22필지 등을 출연을 원인으로 취득한 데에 대하여 종교단체가 고유사업에 사용하기 위하여 취득한 부동산으로 하여 취득세를 면제받았으나, 논산시장이 청구인이 위 토지 22필지 등을 종교용에 직접 사용하기보다는 수익사업에 사용하는 부동산으로 보아 취득세 등 235,407,630원을 부과한 사건과 관련하여 대전고등법원*주2)에서 2016. 12. 14. 아래와 같이 판시하였다고 주장한다.

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▪ 원고 재단의 주된 종교활동인□□□□의 각 과정(1~8개 과정)은 마음수련 각 과정 일정표와 같이 7박 8일간의 일정으로 진행된다. 원고 재단은 이 사건 부동산에 설치된 메인센터에 입소한 마음 수련활동 참가자들로부터 과정별로 18만 원 내지 24만 원의 참가비를 지급받았다.(7쪽)

▪ 원고 재단이 설립된 이래 이 사건 부동산(22필지 등)에서 지속적으로 수행하여 온 □□□□□□은 비영리 종교법인인 원고 재단의 본질적인 목적 및 사업분야에 해당하고, 이는 법인 설립 허가신청 당시부터 예정되어 있던 활동이다. 나아가 마음수련활동의 구체적인 내용과 지향점, 수련방법과 목적, 관련 종교 문헌, 다른 기성 종교의 마음수련에 대한 종교적 평가, 원고 재단의 설립취지와 목적 등을 종합적으로 고려하여 보면, 이 사건 부동산에서 수행되었던 일련의 마음수련 활동은 본질상 원고 재단이 기본적으로 추구하는 종교활동으로 보아야 한다.(11쪽)

▪ 원고 재단(청구인)은□□□□□□ 참가자들로부터 참가비를 지급받았다. 그러나 □□□□□□ 참가기간, 참가자들에게 기본적으로 숙식이 제공되는 점, 원고 재단이 법인 설립 허가 신청 시 충청남도지사에게 제출하였던 사업계획서 중 사업수지예산서에서도 참가비 및 수익사업을 통한 재원 등을 원고 재단의 수입으로 충당한다는 내용이 포함되어 있는 점 등에 의하면, 원고 재단이 참가자들로부터 지급받은 참가비가 실비 수준을 부당하게 초과한다거나 이를 원고 재단의 수익 내지 영리활동으로 평가하기 어렵다. 나아가 원고 재단의 손익계산서 기재에 의하면, 마음수련활동 회비 수입액은 원고 재단의 인건비 등을 포함한 총비용보다 작고, 별도의 기부금 수입액이 없는 한 순수익이 발생하는 구조가 아님을 충분히 파악할 수 있다.(12쪽)

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6) 구 ｢지방세특례제한법｣(2014. 12. 31. 법률 제12955호로 개정되기 전의 것) 제2조 제1항 제8호를 신설하여 ‘직접 사용’이란 부동산의 소유자가 해당 부동산을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것을 말한다고 정의하였다. 그 부칙(2014. 1. 1. 법률 제12175호) 제1조에 2014년 1월 1일부터 시행한다고 하면서 제3조에 이 법 시행 후 최초로 과세기간이 시작되어 납세의무가 성립*주3)하는 분부터 적용한다고 되어 있으며, 제6조에 이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정을 따른다고 되어 있다.

다. 관계 법령

이 사건과 관계되는 법령은 구 「지방세특례제한법」제50조 제1항 등 [별지] 기재와 같다.

라. 판단

구「지방세특례제한법」제50조 제1항의 규정에 따르면 종교 및 제사를 목적으로 하는 단체가 해당 사업에 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를 면제하되, 수익사업에 사용하는 경우와 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과 할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 해당 용도로 직접 사용한

기간이 2년 미만인 상태에서 다른 용도로 사용하는 경우에는 면제된 취득세를 추징한다고 되어 있다.

여기서 구 「지방세특례제한법」제50조 제1항 소정의 ‘직접 사용’의 의미는 당해 재산의 용도가 직접 그 본래의 업무에 사용하는 것이면 충분하고, 그 사용의 방법이 단체 스스로 그와 같은 용도에 제공하거나 혹은 제3자에게 임대 또는 위탁하여 그와 같은 용도에 제공하는지 여부는 가리지 않는다고 할 것이다. *주4)

위 관계 법령의 내용 및 법리에 비추어 청구인이 이 사건 부동산을 종교목적으로 직접 사용하였는지 여부를 살펴보면, ① 인정사실 "2 ~ 3)항"에서의 내용과 같이 △ 정관에 따르면 ㉮ 그 목적과 사업이 □□□□ 신앙활동과 □□□□ 포도의 활성화 등으로 되어 있어 청구인의 그것과 같은 점, ㉯ △를 청구인의 소속으로 둔 점, ㉰ △정관 부칙 제1조에 △ 정관에 규정된 이외 사항에 대해서는 청구인의 정관을 따른다고 되어 있는 점, ② 인정사실 "3)항"에서의 내용과 같이 청구인이 이 사건 부동산을 △에 무상으로 사용하도록 하였더라도 실제 종교목적으로 사용한 것으로 볼 수 있는 점, ③ 인정사실 "6)"항에서의 내용과 같이 2014. 1. 1. 이후 부동산을 취득한 때부터는 부동산의 소유자가 해당 부동산을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 직접 사용한다는 규정이 신설되기 전인 2011. 7. 5. 이 사건 부동산을 취득한 점 등으로 보아 청구인이 비록 이 사건 부동산을 △에 무상으로 사용하도록 하였더라도 이는 청구인이 이 사건 부동산을 종교목적으로 사용한 것으로 보는 것이 상당하다고 판단된다.□□

한편 이 사건 부동산이 수익사업에 사용되었는지의 여부를 살펴보면, 인정사실"5)항"에서의 내용과 같이 대전고등법원 판결에서도 청구인이 □□□□□□ 참가자들로 부터 과정(△ ~ 8과정)별로 18만 원 내지 24만 원의 참가비를 받는 것은 실비수준을 부당하게 초과하거나 청구인의 영리활동으로 평가하기 어렵다고 판시하였으므로 △가 회원으로부터 일정 회비를 받는 것은 수익사업으로 볼 수 없다고 판단된다.

△

따라서 청구인이 이 사건 부동산을 직접 사용하지 아니하고 수익사업에 사용하고 있다고 보아 처분청이 청구인에게 한 이 사건 부과처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결론

그렇다면 이 사건 심사청구는 이유 있다고 인정되므로 「감사원법」 제46조 제2항의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.

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[관계 법령]

□ 구 ｢지방세특례제한법｣(2014. 12. 31. 법률 제12955호로 개정되기 전의 것)

○ 제2조(정의) ① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. "고유업무"란 법령에서 개별적으로 규정한 업무와 법인등기부에 목적사업으로 정하여진 업무를 말한다.

2. "수익사업"이란 「법인세법」 제3조 제3항에 따른 수익사업을 말한다. 다만, 「고등교육법」제4조에 따라 설립된 의과대학 등의 부속병원이 경영하는 의료업과 ｢사회복지사업법｣에 따라 설립된 사회복지법인이 경영하는 의료업은 수익사업으로 보지 아니한다.

3. "공동주택"이란 「주택법」 제2조 제2호에 따른 공동주택을 말하되 기숙사는 제외한다.

4. "수도권"이란 「수도권정비계획법」 제2조 제1호에 따른 수도권을 말한다.

5. "과밀억제권역"이란 「수도권정비계획법」제6조 제1항 제1호에 따른 과밀억제권역을 말한다.

6. "지방세 특례"란 세율의 경감, 세액감면, 세액공제, 과세표준 공제(중과세 배제, 재산세 과세대상 구분전환을 포함한다) 등을 말한다.

7. "재산세"란 「지방세법」제111조에 따라 부과된 세액을 말한다.

8. "직접 사용"이란 부동산의 소유자가 해당 부동산을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것을 말한다.

(이하 생략)

□ 구 ｢지방세특례제한법｣부칙(2014. 1. 1. 법률 제12175호)

○ 제1조(시행일) 이 법은 2014년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제34조 제7항의 개정규정은 공포한 날부터 시행한다.

○ 제3조(일반적 적용례) 이 법은 이 법 시행 후 최초로 과세기간이 시작되어 납세의무가 성립하는 분부터 적용한다.

○ 제6조(일반적 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다.

□ 구 ｢지방세특례제한법｣(2011. 12. 31. 법률 제11138호로 개정되기 전의 것)

○ 제50조(종교 및 제사 단체에 대한 면제) ① 종교 및 제사를 목적으로 하는 단체가 해당 사업에 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를 면제한다.

다만, 수익사업에 사용하는 경우와 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접사용하지 아니하고 매각·증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세를 추징한다.

(이하 생략)

□ 구 ｢지방세특례제한법｣(2015. 12. 29. 법률 제13637호로 개정되기 전의 것)

○ 제50조(종교 및 제사 단체에 대한 면제) ① 종교 및 제사를 목적으로 하는 단체가 해당 사업에 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를 면제한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 면제된 취득세를 추징한다.

1. 수익사업에 사용하는 경우

2. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

3. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우

(이하 생략)

□ ｢지방세기본법｣

○ 제34조(납세의무의 성립시기) ① 지방세를 납부할 의무는 다음 각 호의 구분에 따른 시기에 성립한다.

1. 취득세: 과세물건을 취득하는 때

(이하 생략)

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*주1) 대법원 2011.1.27. 선고 2008두15039 판결,대법원 1984.7.24. 선고 84누297 판결, 대법원 1973. 10. 23. 선고 73누154 판결

*주2) 청구인의 주장과 같은 취지로 대전고등법원(2016누11658 판결) 및 대법원 2017.4.28. 선고 2017두31101 판결)에서 종교목적으로 직접 사용한 것으로 인정한 판결

*주3) 「지방세기본법」제34조 제1항 제1호에 따르면 과세물건을 취득한 때가 취득세 납세의무의 성립일임

*주4) 대법원 2011.1.27. 선고 2008두15039 판결, 대법원 1984.7.24. 선고 84누297 판결, 대법원 1973. 10. 23. 선고 73누154 판결

【참조조문】

구「지방세특례제한법」제50조 제1항