1. 원 처분의 요지

가. 청구인은 2015. 4. 30. 및 2016. 5. 2. 2014년 귀속 법인지방소득세 2,098,210,232원 및 2015년 귀속 법인지방소득세 1,514,841,304원을 신고․납부 한 후, 2016. 8. 25. 법인지방소득세는 법인세와 달리 외국납부세액이 공제되지 않는다는 사유로 당초 법인지방소득세 과세표준에서 외국 지점 및 영업소 등에서 발생한 수익에 대하여 외국에서 부과된 세액(이하 "직접외국납부세액"이라 한다) 10,417,477,937원(2014년 귀속 4,586,436,443원, 2015년 귀속 5,831,041,494원)을 손금으로 산입하고 외국자회사가 해당국에 납부한 법인세액 중 수입배당금액에 해당하는 법인세액(이하 "간접외국납부세액"이라고 한다) 17,430,278,862원(2014년 귀속 9,091,125,553원, 2015년 귀속 8,339,153,309원)을 익금에서 제외하는 것으로 과세표준을 재산정하여 산출한 법인지방소득세와 당초 납부한 법인지방소득세와의 차액 608,389,007원(2014년 귀속 296,644,702원, 2015년 귀속 311,744,305원)을 환급하라며 2014년 및 2015년 귀속 법인지방소득세에 대한 경정을 청구하였다.

나. 이에 대하여 처분청은 2016. 10. 21. 법인세 과세표준과 법인지방소득세 과세표준이 상이할 수 없음을 이유로 거부 처분(이하 "이 사건 처분"이라 한다)하였다.

2. 심사청구의 취지와 이유

가. 청구 취지

이 사건의 청구 취지는 이 사건 처분을 취소하여 달라는 것이다.

나. 청구 이유

① 「지방세법」제103조의19에 따르면 법인지방소득세의 과세표준은 「법인세법」제13조에 따라 계산한 금액으로 하는데 위 규정의 의미는 법인세 과세표준을 그대로 적용하라는 것이 아니라 산정방식을 준용한다는 의미이므로 법인세 과세표준을 법인지방소득세의 과세표준으로 그대로 적용하지 않아도 되고 법인세에서 외국납부세액이 공제되는 특례를 전제로 한 간접외국납부세액의 익금산입 및 직접외국납부세액의 손금불산입 규정을 외국납부세액이 공제되지 않는 법인지방소득세에서도 그대로 적용하는 것은 부당하므로 법인세에서 외국납부세액 공제방식 중 세액에서 공제하여 주는 방식(이하 "세액공제방식"이라 한다)을 선택하여 과세표준을 산정하였더라도 외국납부세액이 공제되지 않는 법인지방소득세 과세표준을 산정할 때에는 외국납부세액을 손금으로 인정받을 수 있도록 직접외국납부세액은 다시 손금으로 산입하고 법인세 과세표준 산정시 익금에 산입한 간접외국

납부세액에 대하여는 익금에서 제외하여 주는 방식(이하 "손금산입방식"이라 한다)으로 변경하여 과세표준을 산정하는 것이 「지방세법」제103조의19의 규정에 비추어 보더라도 타당하며, ② 납세자가 법인세에서 외국납부세액을 공제받는 방식으로 세액공제방식과 손금산입방식 중 어느 방식을 선택하는지에 따라 법인지방소득세액에 차이가 발생하는 것이 형평에 반하므로 이 사건 처분은 부당하다.

3. 우리 원의 판단

가. 다툼

이 사건의 다툼은 ① 외국납부세액과 관련하여 세액공제방식을 적용하여 산정된 법인세 과세표준을 법인지방소득세 과세표준으로 그대로 적용하지 않고 손금산입방식으로 변경하여 과세표준을 재산정할 수 있는지 여부, ② 외국납부세액의 공제방식에 따라 법인지방소득세액에 차이가 발생하는 것이 형평에 반하는지 여부이다.

나. 인정 사실

이 사건 관련 기록을 검토해 보면 다음과 같은 사실이 인정된다.

(1) 청구인은 1982. 2. 16.에 설립되어 패션유통, 인테리어, 컨설팅 등을 주요사업으로 하고 있다.

(2) 법인세에서 외국납부세액 공제방식은 「법인세법」제57조 제1항 제1호의 규정에 따른 세액공제방식과 같은 법 제57조 제1항 제2호의 규정에 따른 손금산입방식 중 선택할 수 있는데, 청구인은 외국납부세액 공제방식으로 세액공제방식을 선택하여 법인세 과세표준을 산정하였다.

(3) 청구인은 △△△△ 등 외국현지지점 등에서 발생한 국외원천소득에 대하여 2014년도 4,586,436,443원, 2015년도 5,831,041,494원의 직접외국납부세액을 해당국에 납부하였고 외국자회사로부터 수취한 배당금 등에 해당하는 간접외국납부세액은 2014년도 9,091,125,553원, 2015년도 8,339,153,309원이다.

(4) 청구인은 위 (3)항의 내용과 같이 납부한 외국납부세액과 관련하여 법인세 신고·납부시 직접외국납부세액 2014년도 4,586,436,443원 및 2015년도 5,831,041,494원을 ｢법인세법｣제21조 제1호의 규정에 따라 손금불산입하고, 「법인세법」제57조 제4항의 규정에 따라 산정된 간접외국납부세액 2014년도 9,091,125,553원 및 2015년도 8,339,153,309원을 같은 법 제15조 제2항 제2호의 규정에 따라 익금산입하였다.

(5) 위 (4)항의 내용과 같이 청구인은 법인세 신고·납부시 외국납부세액을 손금불산입 및 익금산입하여 과세표준을 산정하고 해당 외국납부세액을 세액공제받았으나 법인지방소득세에서는 법인세에서와 달리 외국납부세액에 대한 공제규정이 없기 때문에 2015. 4. 30. 및 2016. 5. 2. 각각 2014년 및 2015년 귀속 법인지방소득세 신고·납부시에는 법인세 신고·납부 시 산정된 과세표준을 그대로 적용하여 법인지방소득세를 산출하였고 외국납부세액에 대하여 세액공제를 받지 못하였다.

(6) 위 (5)항의 내용과 같이 세액공제를 받지 못한 데 대하여 2016. 8. 25. 청구인은 2014년도 및 2015년도 사업연도소득금액에서 직접외국납부세액을 손금으로 산입하고 간접외국납부세액을 익금에서 제외하여 과세표준 및 세액의 경정을 청구 하였는데 그 내역은 [표1]과 같다.

(7) 납세자가 법인세 과세표준 산정시 외국납부세액 공제방식 중 세액공제방식과 손금산입방식 중 어느 것을 선택하였는지에 따라 [표2]와 같이 법인지방소득세 과세표준 산정시 외국납부세액의 손금산입 여부가 결정된다.

[표2] 법인세 외국납부세액 공제방식에 따른 법인지방소득세 과세표준 산정

(8) 지방세는 2014. 1. 1. 당초 법인세액의 10%로 부과하던 부가세 방식에서 법인세와 과세표준은 공유하되 별도 세율을 적용하는 방식으로 개정되었다.

(9) 위 "(8)항"의 내용과 같이 지방세법을 개정한 취지 및 산정방식과 관련하여 "｢지방세 기본법｣일부 개정 법률안, ｢지방세법｣일부 개정 법률안, ｢지방세 특례제한법｣일부 개정 법률안에 대한 의원 대표발의 검토보고서"에 따르면 "지방소득세의 과세표준을 확대하고 지방의 자주재원을 확충하기 위하여 부가세(국세의 10%)였던 지방소득세를 법인세와 과세표준은 공유하면서 별도 세율 및 감면규정을 적용하는 방식으로 전환하면서 내국법인의 각사업연도 소득에 대한 법인지방소득세의 세액 공제 및 세액 감면에 관하여는 ｢지방세 특례제한법｣으로 별도 정하도록 하였다"고 되어 있고 "개정안의 지방소득세 산정방식"은 "소득세․법인세 과세표준×지방소득세 세율-공제․감면=지방소득세"로 기재되어 있다.

다. 관계 법령

이 사건과 관계되는 법령은 「지방세법」제103조의19 등 [별지] 기재와 같다.

라. 판단

(1) 외국납부세액과 관련하여 세액공제방식을 적용하여 산정된 법인세 과세표준을 법인지방소득세 과세표준으로 그대로 적용하지 않고 손금산입방식으로 변경하여 과세표준을 재산정할 수 있는지 여부

청구인은 법인지방소득세 과세표준산정 시 법인세 과세표준을 그대로 적용하는 것이 부당하고 법인세 신고·납부 시 외국납부세액 공제방식 중 세액공제방식을 선택하여 과세표준을 산정하였더라도 법인지방소득세에서는 외국납부세액이 공제되지 않으므로 세액공제방식이 아닌 손금산입방식으로 변경하여 과세표준을 산정하여야 한다고 주장한다.

살피건대, 인정사실 "(7)항"의 내용과 같이 「지방세법」제103조의19에 따르면 법인지방소득세의 과세표준은 「법인세법」제13조의 규정에 따라 계산한 금액으로 한다고 되어 있고, 「법인세법」제13조 및 제14조의 규정에 따르면 과세표준은 익금의 총액에서 손금의 총액을 차감하여 산정한 각 사업연도 소득에서 결손금, 비과세소득, 소득공제금을 차감한 금액으로 한다고 되어 있다.

한편, 법인세에서 외국납부세액을 공제하는 방식은 「법인세법」제57조 제1항 제1호의 규정에 따른 세액공제방식과, 같은 법 제57조 제1항 제2호의 규정에 따른 손금산입방식으로 나누어지는데, 위 두 가지 공제방식 중 납세자가 세액공제 방식을 선택한 경우 같은 법 제15조 제2항 제2호의 규정에 따라 간접외국납부세액은 익금산입하는 한편 같은 법 제21조 제1호의 규정에 따라 외국납부세액을 손금으로 산입할 수 없고, 손금산입방식을 선택한 경우 외국납부세액을 손금으로 산입할 수 있다.

따라서 법인지방소득세 과세표준은 「지방세법」제103조의19의 규정에 따라 법인세 과세표준을 적용한다고 되어 있으므로 청구인이 세액공제방식을 선택하여 간접외국납부세액을 익금산입하고 외국납부세액을 손금불산입하여 법인세 과세표준을 산정하였다면 법인지방소득세 과세표준을 산정하면서는 이를 그대로 적용하여야 하고, 이와 다르게 손금산입방식으로 변경하여 법인지방소득세 과세표준을 산정하는 것은 이를 허용하는 명문의 규정이 없는 한 조세법률주의에 위배되므로 법인세 과세표준을 법인지방소득세 과세표준으로 그대로 적용하는 것을 부당하다고 볼 수 없다.

또한, 인정사실 "(8)항~(9)항"에서 본 바와 같이 2014. 1. 1. 지방세법 개정의 취지는 지방세의 과세확대와 지방 재원의 확충을 위하여 당시 부가세였던 지방세 산정방식을 변경하면서 과세표준은 법인세와 동일하게 적용하되 세율과 감면 규정만을 별도로 규정하고자 하였던 것을 감안하면 「지방세법」제103조의19에서 "「법인세법」제13조의 규정에 따라 계산한 금액"이라고 규정한 의미는 법인세의 과세표준을 그대로 적용한다는 의미로 보아야 할 것이다.

그리고, 「지방세법」제103조의19에서 법인지방소득세의 과세표준은 「법인세법」제13조에 따라 계산한 금액으로 하되, "조세 특례제한법 및 다른 법률에 따라 과세표준 산정에 관한 조세감면 또는 중과세 등 조세특례가 적용되는 경우에는 이에 따라 계산한 금액"으로 한다고 규정하고 있는 것은 외국납부세액공제라는 조세특례가 없는 경우 외국납부세액공제 관련 규정에 따르지 않아야 한다는 의미가 아니라 「법인세법」제13조의 규정에 따라 과세표준을 산정하는 과정에서 조세특례가 있는 경우에는 감면이든 중과세든 관계없이 이에 따르도록 한 것으로 오히려 법인지방소득세의 과세표준 산정 시 법인세의 과세표준 산정방식을 예외 없이 그대로 적용하도록 한 것으로 보아야 할 것이다.

(2) 외국납부세액의 공제방식에 따라 법인지방소득세액에 차이가 발생하는 것이 형평에 반하는지 여부

청구인은 납세자가 법인세에서 외국납부세액 공제방식으로 세액공제방식을 선택하였는지, 손금산입방식을 선택하였는지에 따라 법인지방소득세액에 차이가 발생하는 것이 형평에 반한다고 주장한다.

살피건대, 판단 "(1)항"의 내용에서 살펴본 바와 같이 납세자가 「법인세법」제57조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 따라 외국납부세액 공제방식을 세액공제방식과 손금산입방식 중에서 선택할 수 있도록 규정하고 있는 것은 외국납부세액이 있는 납세자가 현행 법인세법 및 지방세법에서 허용하고 있는 범위 내에서 법인세 뿐 아니라 지방세까지 포함한 총부담세액이 최소가 되는 방법을 자유로이 선택하여 적용할 수 있는 권한을 준 것으로 보아야하므로 형평에 반하여 부당한 것이라고 볼 수 없다.

따라서 처분청이 청구인에 대하여 한 이 사건 처분에 잘못이 없다 할 것이다 .

4. 결론

그렇다면 이 사건 심사청구는 이유 없다고 인정되므로 「감사원법」 제46조 제2항의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.

[별지]

관계 법령

□｢지방세법｣

○ 제103조의 19(과세표준) 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 과세표준은 「법인세법」제13조에 따라 계산한 금액(｢조세특례제한법」및 다른 법률에 따라 과세표준 산정에 관련한 조세감면 또는 중과세 등의 조세특례가 적용되는 경우에는 이에 따라 계산한 금액)으로 한다.

□ ｢법인세법｣

○ 제13조(과세표준) 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준은 각 사업연도의 소득의 범위에서 다음 각 호에 따른 금액과 소득을 차례로 공제한금액으로 한다. 다만, ｢조세특례제한법｣제5조 제1항에 따른 중소기업과 회생계획을 이행 중인 기업 등 대통령령으로 정하는 법인을 제외한 내국법인의 경우 제1호의 금액에 대한 공제의 범위는 각 사업연도 소득의 100분의 80으로 한다.

1. 각 사업연도의 개시일 전 10년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금으로서 그 후의 각 사업연도의 과세표준 계산을 할 때 공제되지 아니한 금액. 이경우 결손금은 제1조 제2항의 결손금으로서 제60조에 따라 신고하거나 제66조에 따라 결정․경정되거나 「국세기본법」제45조에 따라 수정 신고한 과세표준에 포함된 결손금만 해당한다.

2. 이 법 및 다른 법률에 따른 비과세소득

3. 이 법 및 다른 법률에 따른 소득공제액

○ 제14조(각 사업연도의 소득) ① 내국법인의 각 사업연도의 소득은 그 사업연도에 속하는 익금의 총액에서 그 사업연도에 속하는 손금의 총액을 공제한 금액으로 한다.

(이하 생략)

○ 제15조(익금의 범위) ① 익금은 자본 또는 출자의 납입 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 수익의 금액으로 한다.

② 다음 각 호의 금액은 익금으로 본다.

1. 생략

2. 제57조 제4항에 따른 외국법인세액(세액공제된 경우만 해당한다)에 상당하는 금액

(이하 생략)

○ 제21조(세금과 공과금의 손금 불산입) 다음 각 호의 세금과 공과금은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.

1. 각 사업연도에 납부하였거나 납부할 법인세(제57조에 따른 외국법인세액을 포함한다) 또는 법인지방소득세와 각 세법에 규정된 의무 불이행으로 인하여 납부하였거나 납부할 세액(가산세를 포함한다) 및 부가가치세의 매입세액(부가가치세가 면제되거나 그 밖에 대통령령으로 정하는 경우의 세액은 제외한다)

(이하 생략)

○ 제57(외국납부 세액공제 등) ① 내국법인의 각 사업연도의 과세표준에 국외원천소득이 포함되어 있는 경우 그 국외원천소득에 대하여 대통령령으로 정하는 외국법인세액(이하 이조에서 "외국법인세액"이라 한다)을 납부하였거나 납부할 것이 있는 경우에는 제21조 제1호에도 불구하고 다음 각 호의 방법 중 하나를 선택하여 적용받을 수 있다.

1. 제55조에 따라 산출한 해당 사업연도의 법인세액(토지 등 양도소득에 대한 법인세액과 제56조에 따른 미환류소득에 대한 법인세액은 제외한다)에 국외 원천소득이 해당 사업연도의 과세표준에서 차지하는 비율(｢조세특례제한법｣이나 그 밖의 법률에 따라 면제되거나 세액 감면을 적용받는 경우에는 대통령령으로 정하는 비율)을 곱하여 산출한 금액을 한도로 외국법인세액을 해당 사업연도의 법인세액에서 공제하는 방법

2. 국외원천소득에 대하여 납부하였거나 납부할 외국법인세액을 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하는 방법

②～③ : 생략

④ 내국법인의 각 사업연도의 소득금액에 외국자회사로부터 받는 이익의 배당이나 잉여금의 분배액(이하 이조에서 "수입배당금액"이라 한다)이 포함되어 있는 경우 그 외국자회사의 소득에 대하여 부과된 외국법인세액 중 그 수입배당금액에 대응하는 것으로서 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액은 제1항에 따른 세액공제 또는 손금산입되는 외국법인세액으로본다.

⑤ 제4항에서 "외국자회사"란 내국법인이 의결권 있는 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 25(｢조세특례제한법｣제22조에 따른 해외자원개발사업을 하는 외국법인의 경우에는 100분의 5를 말한다)이상을 출자하고 있는 외국법인으로서 대통령령으로 정하는 요건을 갖춘 법인을 말한다.

(이하 생략)

【참조조문】

지방세법 제103조의19