상고이유를 판단한다.

구 지방세특례제한법(2015. 12. 29. 법률 제13637호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)제81조 제2항(이하 ‘이 사건 조항’이라 한다)은 공공기관 지방이전에 따른 혁신도시 건설 및 지원에 관한 특별법(이하 ‘혁신도시법’이라 한다) 제2조 제2호에 따른 "이전공공 기관의 법인등기에 대하여는 2015. 12. 31.까지 등록면허세를 면제한다"라고 규정하고 있다.

이 사건 조항은 국가균형발전 특별법 제18조의 규정에 따른 공공기관 지방이전 시책등에 따라 수도권에서 수도권이 아닌 지역으로 이전하는 공공기관에 대하여 지방세 감면의 혜택을 부여함으로써 공공기관의 지방이전을 촉진하는 등의 목적으로 마련된 세제지원 방안 중의 하나이다(혁신도시법 제1조, 제48조 제1항). 법인등기에 따른 등록면허세 세율은 영리법인의 자본증가 또는 출자증가에 대하여는 ‘납입한 금액 또는 현금 외의 출가가액의 1천분의 4’로 정하여져 있는 반면, 본점 또는 주사무소 이전에 대하여는 ‘건당 112,500원’으로 정하여져 있는 등 법인등기의 사유에 따라 분명한 차이가 있는데(「지방세법」제28조 제1항 제6호), 이 사건 조항은 이전공공기관의 법인등기의 사유를 묻지 않고 전부 등록면허세의 면제대상으로 삼고 있다. 이는 지방세특례제한법이 시행되기 전 구 지방세법(2010. 3. 31. 법률 제10221호로 전부개정되기 전의 것) 제274조의2에서 등록세가 면제되는 이전공공기관의 법인등기를 ‘그 이전에 따른 법인등기’로 제한하여 규정하고 있는 것이나, 이전공공기관에 대한 취득세 및 재산세 감면에 관하여 규정하고 있는 구 「지방세특례제한법」제81조 제1항이 그 감면 대상을 이전공공기관이 ‘이전할 목적으로 취득하는 부동산’에 한정하고 있는 것과 구별된다.

이러한 이 사건 조항의 취지, 내용 및 체계 등에 비추어 보면, 이전공공기관의 법인등기에 해당하는 이상 이 사건 조항에 의하여 그 사유를 불문하고 그 정한 기한까지 등록면허세가 면제된다고 해석함이 타당하다.

원심이 같은 취지에서, 2014. 12. 31. 서울에서 부산으로의 주사무소 이전등기를 마친 혁신도시법 제2조 제2호에 따른 이전공공기관인 원고가 2015. 6. 3. 2천억 원의 출자와 관련하여 법인등기를 마쳤으므로, 그에 관한 등록면허세는 이 사건 조항에 의하여 면제된다고 보아, 이 사건 처분이 위법하다고 판단한 것은 정당하다. 거기에 이 사건 조항의 해석에 관한 법리를 오해하여 판결에 영향을 미친 잘못이 없다.

그러므로 상고를 기각하고 상고비용은 패소자가 부담하도록 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

-------------------------------------------------------

【하급심-부산고등법원 2017. 4. 28. 선고 2017누20330 판결】

【주문】 처분청패소

1. 피고의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 피고가 부담한다.

【이유】

1. 제1심 판결의 인용

이 법원이 이 사건에 관하여 설시할 이유는, 아래의 판단을 부가하는 외에는 제1심 판결 이유의 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 인용한다.

[조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 한다(대법원 2014.1.16. 선고 2013두18384 판결 등 참조).

비록 지방세특례제한법이 2011. 1. 1. 시행되기 전 공공기관의 지방이전에 관한 등록세 감면을 규정하던 구 지방세법(2010. 12. 17. 법률 제10461호로 전부개정되기 전의 것, 이하 같다) 제274조의2가 지방이전에 따른 법인등기에 대한 등록세만을 면제하는 것으로 규정하고 있었기는 하나, 이 사건 면세조항은 이전공공기관이기만 하면 그 사유를 불문하고 일정 기간 법인등기에 대한 등록면허세를 면제하도록 규정하고 있음이 문언상 명백하고, 비록 이 사건 조항이 구 지방세법 제274조의2와는 달리 규정되게 된 이유에 관한 입법 자료를 찾아볼 수 없기는 하나, 그러한 사정만으로 문언이 명백히 달라진 조항을 종전과 마찬가지로 해석해야 한다고 볼 수는 없으며, 오히려 균형발전법이나 혁신도시법의 입법목적 및 지방세제한특례법 제85조의2 제1항의 규정취지 등에 비추어 보면, 이 사건 조항에 대한 입법자의 의도는, 공공기관이 이전대상공공기관으로 지정됨으로써 특별한 사정이 없는 한 지방이전이 예정되면 그 때부터 이전공공기관에게 그 사유를 불문하고 법인등기에 대한 일정 기간 지속적인 등록면허세의 감면혜택을 줌으로써 이전공공기관으로 하여금 지방이전을 위한 재원을 마련하도록 함으로써 조속하고도 원활한 지방이전을 더욱 촉진하는 데에 있다고 볼 여지도 충분히 있다는 점을 고려하면, 이 사건 조항은 이전공공기관의 경우 그 사유를 불문하고 법인등기에 대하여 등록면허세를 면제하는 것을 규정한다고 해석함이 상당하다.]

2. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 있어 이를 인용할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로 피고의 항소를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

-------------------------------------------------------

【하급심-부산지방법원 2016. 12. 23. 선고 2016구합2348 판결】

【주문】 처분청패소

1. 피고가 2015. 10. 12. 원고에 대하여 한 2015. 6. 5.자 법인등기에 관한 등록면허세 800,000,000원, 지방교육세 160,000,000원에 대한 경정거부처분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

【이유】

1. 처분의 경위

가. 원고는 공공기관 지방이전에 따른 혁신도시 건설 및 지원에 관한 특별법 제2조 제2호에 따른 이전 공공기관으로서 2014. 12. 19. 서울 중구 세종대로 17에서 부산 남구 문현금융로 40으로 주사무소를 이전한 뒤, 2014. 12. 31. 이전등기를 하였다.

나. 원고는 2015. 6. 3. 2천억 원의 출자(증자)로 인한 법인등기(이하 ‘이 사건 법인등기’라 한다)에 관하여 등록면허세 및 지방교육세 신고를 하고, 2015. 6. 5. 등록면허세 8억 원, 지방교육세 1억 6천만 원을 납부하였다.

다. 원고는 2015. 8. 17. 지방세특례제한법(2015. 12. 29. 법률 제13637호로 개정되기 전의 것) 제81조 제2항(이하 ‘이 사건 면세조항’이라 한다)에 의하여 이 사건 법인등기에 대하여 등록면허세가 면제된다고 주장하면서 위 납부한 세액의 환급을 구하는 경정청구를 하였으나, 피고는 2015. 10. 12. 원고의 주사무소 이전이 2014. 12.경 완료되었고, 그 이후의 자본금 증자분에 대하여는 이 사건 면세조항의 적용대상이 아니라는 이유로 원고의 경정청구를 거부하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

라. 원고는 2015. 12. 23. 심판청구를 제기하였으나, 조세심판원은 2016. 6. 17. 기각결정을 하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 5호증, 을 제1, 2, 3호증(각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

이 사건 면세조항의 이전공공기관은 공공기관 지방이전에 따른 혁신도시 건설 및 지원에 관한 특별법에 의한 이전 대상 공공기관으로 선정된 공공기관을 의미하므로 공공기관이 이전을 완료하였다고 하더라도 위 조항의 이전공공기관에 해당하고, 문언 상 등록면허세가 면제되는 법인등기의 범위에 제한이 없으며, 이전공공기관에 대하여 광범위한 세제지원을 하고자 하는 입법목적, 지방공사의 법인등기에 관하여 등록면허세를 면제하고 있는 「지방세특례제한법」제85조의2와의 균형 등을 고려하면, 이 사건 법인등기 역시 면세대상이다.

나. 관련 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것인바(대법원 1998.3.27. 선고 97누20090 판결, 대법원 2002.4.12. 선고 2001두731 판결 등 참조), 이 사건 면세조항은 "이전공공기관의 법인등기에 대하여는 2015년 12월 31일까지 등록면허세를 면제한다."고 규정하고 있어 문언 상 이전공공기관이 하는 법인등기 중 등록면허세가 면제되는 법인등기를 제한하고 있지 아니하고, 이전공공기관의 이전완료 여부를 따지지 아니한 점, 구 지방세법(2010. 3. 31. 법률 제10221호로 개정되기 전의 것) 제274조의 2는 "「공공기관 지방이전에 따른 혁신도시 건설 및 지원에 관한 특별법」제2조제2호의 규정에 따른 이전 공공기관이 같은 법 제4조의 규정에 따라 국토해양부장관의 지방이전계획승인을 얻어 이전할 목적으로 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하고, 그 이전에 따른 법인등기에 대한 등록세를 면제한다"고 규정하다가, 지방세특례제한법 제정으로 제81조 제2항에 법인등기의 등록면허세가 규정되면서 위 지방세법 조항의 "이전에 따른"이라는 수식어가 삭제된 점, 「지방세특례제한법」제85조의2는 지방공사의 법인등기에 관하여 조세감면조항을 두고 있는데, 감면되는 법인등기의 원인을 구별하고 있지 아니한 점 등을 종합하여 보면, 이 사건 법인등기 역시 면세대상이라고 할 것이므로, 결국 이 사건 처분은 위법하다.

3. 결론

따라서 원고의 청구는 이유 있으므로 이 사건 처분을 취소한다.

---------------------------------------------------------------------

【관계법령】

지방세특례제한법(2015. 12. 29. 법률 제13637호로 개정되기 전의 것)

제81조(이전공공기관 등 지방이전에 대한 감면) ① 「공공기관 지방이전에 따른 혁신도시 건설 및 지원에 관한 특별법」제2조제2호에 따른 이전공공기관(이하 이 조에서 "이전공공기관"이라 한다)이 같은 법 제4조에 따라 국토교통부장관의 지방이전계획 승인을 받아 이전할 목적으로 취득하는 부동산에 대하여는 2015년 12월 31일까지 취득세를 면제하고, 재산세의 경우 그 부동산에 대한 납세의무가 최초로 성립하는 날부터 5년간 면제하고 그 다음 3년간 재산세의 100분의 50을 경감한다.

② 이전공공기관의 법인등기에 대하여는 2015년 12월 31일까지 등록면허세를 면제한다.

지방세법(2010. 3. 31. 법률 제10221호로 개정되기 전의 것)

제274조의2 (공공기관 지방이전에 따른 감면) 「공공기관 지방이전에 따른 혁신도시 건설 및 지원에 관한 특별법」제2조제2호의 규정에 따른 이전 공공기관이 같은 법 제4조의 규정에 따라 국토해양부장관의 지방이전계획승인을 얻어 이전할 목적으로 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하고, 그 이전에 따른 법인등기에 대한 등록세를 면제한다.

지방세법

제28조(세율) ① 등록면허세는 등록에 대하여 제27조의 과세표준에 다음 각 호에서 정하는 세율을 적용하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다. 다만, 제1호부터 제5호까지 및 제5호의2의 규정에 따라 산출한 세액이 해당 각 호의 그 밖의 등기 또는 등록 세율보다 적을 때에는 그 밖의 등기 또는 등록 세율을 적용한다.

6. 법인 등기

가. 상사회사, 그 밖의 영리법인의 설립 또는 합병으로 인한 존속법인

1) 설립과 납입: 납입한 주식금액이나 출자금액 또는 현금 외의 출자가액의 1천분의 4(세액이 11만2천5백원 미만인 때에는 11만2천5백원으로 한다. 이하 이 목부터 다목까지에서 같다)

2) 자본증가 또는 출자증가: 납입한 금액 또는 현금 외의 출자가액의 1천분의 4

나. 비영리법인의 설립 또는 합병으로 인한 존속법인

1) 설립과 납입: 납입한 출자총액 또는 재산가액의 1천분의 2

2) 출자총액 또는 재산총액의 증가: 납입한 출자 또는 재산가액의 1천분의 2

다. 자산재평가적립금에 의한 자본 또는 출자금액의 증가 및 출자총액 또는 자산총액의 증가(「자산재평가법」에 따른 자본전입의 경우는 제외한다): 증가한 금액의 1천분의 1

라. 본점 또는 주사무소의 이전: 건당 11만2천5백원

마. 지점 또는 분사무소의 설치: 건당 4만2백원

바. 그 밖의 등기: 건당 4만2백원

제150조(납세의무자) 지방교육세의 납세의무자는 다음 각 호와 같다.

2. 등록에 대한 등록면허세(제124조에 해당하는 자동차에 대한 등록면허세는 제외한다)의 납세의무자

공공기관 지방이전에 따른 혁신도시 건설 및 지원에 관한 특별법

제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다.

2. "이전공공기관"이라 함은 수도권에서 수도권이 아닌 지역으로 이전하는 공공기관(제29조제1항 단서의 규정에 따라 개별이전하는 공공기관을 포함한다)으로서 대통령령이 정하는 기관을 말한다.

끝.

【참조조문】

구 지방세법 제274조의2 및 현 지방세특례제한법제81조

【원심판결】 부산고등법원 2017. 4. 28. 선고 2017누20330 판결