【질의요지】

서울시 내의 본점 부동산에 연구소가 함께 사용하고 있을 경우, 연구소가 본점의 기능을 하고 있어서 중과세 대상인지 여부

【회신내용】

「지방세법」제13조 제1항에서는 과밀억제권역 내의 본점이나 주사무소의 사업용 부동산(본점이나 주사무소용 건축물을 신축하거나 증축하는 경우와 그 부속토지만 해당한다)을 취득하는 경우와 같은 조에 따른 과밀억제권역(「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」을 적용받은 산업단지·유치지역 및 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」을 적용받는 공업지역은 제외한다)에서 공장을 신설하거나 증설하기 위하여 사업용 과세물건을 취득하는 경우의 취득세율은 제11조 및 제12조의 세율에 1천분의 20(이하 "중과기준세율"이라 한다)의 100분의 200을 합한 세율을 적용한다고 규정하고 있고, 제2항에서 「수도권정비계획법」제6조에 따른 과밀억제권역에 설치가 불피하다고 인정되는 업종으로서 대통령령으로 정하는 업종에 직접 사용할 목적으로 취득하는 경우에는 중과세를 제외하도록 하고 있으며, 같은 법 시행령 제25조에서는 본점이나 주사무소의 사업용 부동산을 법인의 본점 또는 주사무소의 사무소로 사용하는 부동산과 그 부대시설용 부동산(기숙사, 합숙소, 사택, 연수시설, 체육시설 등 복지 후생시설과 예비군 병기고 및 탄약고는 제외)으로 규정하고 있습니다.

한편 과밀억제권역 안에서 법인의 본점 또는 주사무소의 사업용 부동산 취득에 대하여 취득세를 중과세하는 것은 과밀억제권역 내에서 인구유입과 산업집중을 현저하게 유발시키는 본점 또는 주사무소의 신설 및 증설을 억제하려는 것(대법원 2001.10.23. 선고 2000두222 판결 참조)이고, 과밀억제권역 안에서 중과세요건에 해당하는 본점 또는 주사무소용 건축물을 신축 또는 증축하여 취득하는 것은 물론 승계취득하는 경우에도 중과세하는 것이며, 「지방세법시행령」제26조에서 규정하는 대도시 법인 중과세의 예외에 해당하지 아니한 경우, 특별한 규정이 없는 한 중과세되어야 할 것입니다.

따라서, 귀문에서와 같이 본점 부분이 신축·증축 등으로 중과세 되는 경우, 연구소 부분에 대하여는 중과세 제외 규정이 없으므로 「지방세법」제13조 제1항에 의한 중과세 대상이나, 당해 연구소가 「지방세특례제한법 시행령」제23조에서 규정하는 기업부설연구소로 직접사용하고 있다면 「지방세특례제한법」제46조 제1항에 따라 취득세의 100분의 35가 경감되는 것입니다.

다만, 이에 해당하는지 여부는 구체적인 사실관계 등을 면밀히 검토하여 과세관청에서 최종 판단할 사안임을 알려드립니다.