1. 원 처분의 요지

가. 청구인은 2012. 1. 2. 경기도 0시 D구 스동 **번지 외 30필지 토지 459,780m2, 건물 44,277.97m2(이하 "이 사건 부동산’’이라 한다)를 국가기관인 구 교육과학기술부로부터 무상 양여(무상 양여, 과세표준 192,437,243,7200 )를 받은 후 구 「지방세특례제한법」(2013. 1. 1. 법률 제11618호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제41조 제1항에 따라 학교가 해당 사업에 사용하기 위하여 취득하는 부동산으로 신고하여 취득세 5,388,242,820원, 농어촌특별세 1,077,648,560원, 합계 6,465,891,380원과 같은 법 제41조 제2항에 따라 2012년도부터 2016년도까지 재산세 등을 면제받았다.

나. 그후 치분청은 청구인이 이 사건 부동산 중 일부를 정당한 사유 없이 그 취득일로부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하여 미 사용 부분(이하 "미사용 부동산’’이라 한다)과 다른 용도(임대 및 ~대학교 농생명과학 창업보육센터)로 사용하는 부분(이하 ‘‘창업보육센터 등"이라 한다)에 내하여 (D 2015. 6. 10. 취 득세 등 합계 3,024,596,720원 [미 사용 부동산에 대 한 취 득세 1,733,0 51,610원, 농어촌특별세 103,797,570원, 지 방교육세 83,038,050원, 계 1,919,887,230원(가산 세 포함) 및 창업보육센터에 대한 농어촌특별세 151,088,460원(가산세 포함)과, 미사용 부동산과 창업보육센터의 2012년도부터 2014년도까지 재산세 822,574,450원, 지역자원 시설세 15,476,710원, 지방교육세 115,569,870원, 계 953,621,030원]을 부과처분하고, @ 2015. 7. 6. 건축물분과 같은 해 9. 6. 토지분에 대한 2015년도 재산세 계 289,247, 010원, 지 역 자원시 설세 5,358,080원, 지 방교육세 계 40,635,890원, 합계 335,240,980 원을 부과처분하였으며, ® 2016. 7. 8. 건축물분과 같은 해 9. 5. 토지분 및 같은 해 9. 6. 건축물 수시분(2012년도부터 2015년도까지)에 대한 2016년도 재산세 23 4,368,190원 , 지 역 자 원 시 설 세 10,006,400원 , 지방교육세 34,407,880원, 합계 278,78 2,470원을 부과하는 등 총 3,638,620,170원을 부과처분(이하 "이 사건 부과처분"이 라 한다)하였다.

2. 심사청구의 취지와 이유

가. 청구 취지

이 사건의 청구 취지는 이 사건 부과처분을 취소하게 해 달라는 것이다.

나. 청구 이유

(1) 청구인은 사실상의 국가기관으로서 다른 국립대학과 동일한 역할을 수행 하고 있고, 「국립대학법인 ~대학교 설립 운영예 관한 법률」(2010. 10. 27. 법률 제10413호로 제정된 것, 이하 "~법’’이라 한다) 부칙 제8조에 "국립대학법인 ~대학교가 종전의 ~대학교 학교 경영과 관련하여 발생한 국가의 권리·의무를 포 팔 승계한다"고 규정되어 있으므로, 청구인이 납세자로서 국가가 가지는 취득세 등 비과세 지위를 승계한다고 보는 것이 타당하다.

(2) 청구인이 이 사건 부동산을 승계한 것은 특별법에 따라 국립대학법인이 설립되는 과정에서 발생하는 일종의 조직변경과 유사한 것으로서, 소유권의 실 질적 권능은 여전히 국가에 있는 것과 다를 바 없고 청구인의 실질적인 부동산 ‘취득' 사실 자체를 인정할 수 없으므로 취득세 납세의무 역시 부담하지 않는다고 보아야 한다.

(3) 이 사건 부동산을 공익적인 목적으로 활용하기 위해 노력하고 있고, 이 사건 부동산에 관하여 제한적인 용도 외에는 사용할 수 없는 여러 가지 사정에도 불구하고 고유 업무에 사용하기 위하여 최선의 노력을 다하였다는 점이 인정되 어야 한다.

(4) 국가는 국립대학법인과 같은 특수한 법인에 납세의무를 지우는 것이 타당한지 엄격하게 검토하여야 하며, 청구인에 대한 과세정책은 다른 국립대학 법인에게도 적용되게 된다는 점을 감안하여 거시적이고 미래정책적인 시각에서 과세처분을 재고하여야 한다.

(5) 국립대학법인에 대한 지방세 감면 건의서를 교육부 및 행정자치부에 제출 하는 등 입법 제안활동을 매년 지속적으로 행하여 오고 있음에도 과세처분을 하는 것은 향후 입법 결과와 배치될 수 있다.

3. 우리 원의 판단

가. 다툼

(1) 청구인이 국가기관의 지위를 승계하면서 비과세 지위도 승계하였는지 여부, (2) 청구인의 이 사건 부동산 취득이 취득세 납세의무를 부담하는 ‘취득'에 해당하는지 여부, (3) 미사용 부동산을 직점 교육용으로 사용하지 못한 것이 ‘정당한 사유’가 있는 것으로 볼 수 있는지 여부, (4) 국립대학법인에 대한 지방세 부과가 적법한지 여부, (5) 국립대학법인의 지방세 감면관련 입법개선 절차가 진행 중이라는 사유로 과세처분을 유보할 수 있는지의 여부이다.

나. 인정 사실

이 사건 관련 기록을 검토해 보면 다음과 같은 사실이 인정된다.

(1) 청구인은 2012. 1. 2. 이 사건 부동산을 국가로부터 취득(무상 양여 받음) 하고 구 「지방세특례제한법」제41조 제1항 규정예 따라 학교가 해당 사업에 사용하기 위하여 취득하는 부동산으로 신고하여 취득세 등 계 6,465,891,380원을 면제받았으며, 같은 법 제41조 제2항 규정예 따라 2012년도부터 2016년도까지 사이의 재산세 등을 면제받은 사실이 확인된다.

(2) 처분청은 청구인이 무상양여 받아 취득한 이 사건 부동산 중 일부를 정당한 사유 없이 그 취득일로부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용 하지 않았음에도 추징대상이 된 날부터 30일 이내에 취득세 등을 신고·납부하지 않았음을 확인하고, 2015. 6. 10. 미사용 부동산(멸실된 건축물 제외)에 대한 취득세 등 1,919,887,230원(가산세 포함), 창업보육센터 등에 대한 농어촌특별세 151,088,460원(가산세 포함), 2012년도부터 2014년도까지 사이 예 재산세 등 953,621,030원, 합계 3,024,596,720원을 부과고지 하였다.

(3) 2015. 7. 6. 및 같은 해 9. 6. 처분청은 위 "(2)항’’과 같은 사유로 각각 2015년 재산세 과세기준일(6.1.) 현재 2015년도의 재산세 계 289,247,010원, 지역자원시설세 5,358,080원, 지방교육세 계 40,635,890원, 합계 335,240,980원을 부과고지 하였다.

(4) 2016. 7. 8. 및 같은 해 9. 5. 및 9. 6. 치 분청 은 위 "(2)항’’과 같은 사유로 각각 2016년도의 건축물분에 대한 재산세 등 20,089,960원, 토지분에 내한 재산세 등 254,811,400원과 건축물에 대한 수시분 지역자원시설세 3,881,110원, 합계 278,782,470원을 부과고지 하였다.

(5) 청구인은 국가로부터 2012. 1. 2. 양여를 원인으로 같은 해 2. 24. 이 사건 부동산을 소유권 이전 등기한 것이 확인된다.

다. 관계 법령

이 사건과 관계되는 법 령은 구 「지방세법」(2013. 1. 1. 법률 제11617호로 개정 되기 전의 것, 이하 같다) 제9조 제1항 등 [별지] 기재와 같다.

라.판단

(1) 청구인이 국가기관의 지위를 승계하면서 비과세 지위도 승계하였는지 여부

구 「지방세법」제9조 제1항에 국가, 지방자치단체, 지방자치단체조합, 외국 정부 및 주한국제기구의 취득에 대하여는 취득세를 부과하지 아니한다고 규정하고 있고, 같은 법 제109조 제1항에 국가, 지방자치단체, 지방자치단체조합, 외국정부 및 주한국제기구의 소유에 속하는 재산에 대하여는 재산세를 부과하지 아니한다고 규정하고 있다.

그리고 ~법 부칙 제8조에 국립대학법인 ~대학교는 종전의 …. 대학교 학교 경영과 관련하여 발생한 국가의 권리 · 의무를 포괄 승계한다고 규정하고 있다.

살피건대, ~법을 제정한 취지가 국가가 설립 · 운영하던 ~대학교를 독립 법인화하여 대학운영의 자율성과 책임성을 제고하기 위한 목적이었던 바 청구 인은 국가와 별개의 법인격을 가지는 법인으로 보는 것이 타당하며, 청구인이 납 세자로서 국가의 비과세 지위를 승계한다는 주장에 대해서는 국립대학법인 전 환 이전예 기부채납 받은 부동산으로서 국립대학법인 전환 이전에 체결한 계 약에 따라 기부자에게 무상사용을 허가한 부동산에 대해서는 그 무상사용 기간 동안 재산세 및 구 「지방세법」제146조 제2항에 따른 지역자원시설세를 각각 면제하는 규정이 구 「지방세특례제한법」(2013. 1. 1. 법률 제11618호로 개정된 것) 제41조 제6항에 신설된 점을 보아도 국립대학법인에 대한 세제상 혜택은 「지방 세법」등 개별 적으로 법률에 반영하여야 가능한 것이므로, ~ 부칙 제8조의 규 정에 따라 국가의 비과세 지위를 승계하였다는 청구인의 주장은 받아들일 수 없다.

따라서 청구 주장은 이유 없다.

(2) 이 사건 부동산 취득이 취득세 납세의무를 부담하는 ‘취득'에 해당하는지 여부 구 「지방세법」제6조 제1호의 규정에 ‘취득’이란 매매, 교환, 상속, 증여, 기부, 법인에 대한 현물출자, 건축, 개수(改修)， 공유수면의 매립, 간척에 의한 토지의 조성 등과 그 밖에 이와 유사한 취득으로서 원시취득, 승계취득 또는 유상·무상의 모든 취득을 말한다고 규정하고 있다.

살피건대, 부동산 취득세는 재화의 이전이라는 사실 자체를 포착하여 거기에 담세력을 인정하고 부과하는 유통세의 일종으로서 부동산의 취득자가 그 부동산을 사용·수익·처분함으로써 얻어질 이익을 포착하여 부과하는 것이 아니므로, ‘부동산 취득’이란 부동산 취득자가 실질적으로 완전한 내용의 소유권을 취득하는지 여부와 관계없이 소유권 이전의 형식에 의한 부동산 취득의 모든 경우를 포함하는 것2)으로 인정사실 "(5)항"과 같이 2012. 1. 2. 국가와 국립대학법인 ~대학교 간에 국유재산 무상양여 계약을 체결한 후 2012. 2. 24. 소유권 이전 등기(등기원인 2012. 1. 2. 양여)를 한 것은 구 「지방세법」제6조 제1호의 "취득"에 해당한다고 봄이 타당하다.

따라서 청구 주장은 이유 없다.

(3) 미사용 부동산을 직접 교육용으로 사용하지 못한 것이 ‘정당한 사유’가 있는 것으로 볼 수 있는지 여부

구 「지방세특례제한법」제41조 제1항의 규정에 따르면 「초 · 중등교육법」및 「고등교육법」에 따른 학교, 「경제자 유구역 및 제주국제자유도시의 외국교육기관 설립 · 운영예 관한 특별법」또는 「기업도시개발 특별법」에 따른 외국교육기관을 경영하는 자(이하 이 조에서 "학교 등"이라 한다)가 해당 시-업에 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를 2012년 12월 31일까지 면제한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 면제된 취득세를 추징한다."고 규정하면서 제1호에 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과 할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우라고 규정하고 있다.

또한, 같은 법 제41조 제2항에 학교 등이 과세기준일 현재 해당 사업에 직접 사용하는 부동산(대통령령으로 정하는 건축물의 부속토지를 포함한다)에 대하여는 재산세(「지방세법」제112조예 따른 부과액을 포함한다) 및 「지방세법」제146조 제2항에 따른 지역자원시설세를 각각 2012년 12월 31일까지 면제한다. 다만, 수익 사업에 사용하는 경우와 해당 재산이 유료로 사용되는 경우의 그 재산 및 해당 재산의 일부가 그 목적에 직접 사용되지 아니하는 경우의 그 일부 재산에 대하여는 면제하지 아니한다고 규정하고 있다.

살피건대, ‘정당한 사유’란 법령에 의한 금지 제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 고유 업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함하며 정당한 사유의 유무를 판단함에 있어서는 해당 법인이 영리법인인지 아니면 비 영리법인인지 여부, 토지의 취득목적에 비추어 고유목적에 사용하는 데 걸리는 준비기간의 장단, 고유목적에 사용할 수 없는 법령상 사실상의 장애사유 및 장애 정도, 당해 법인이 토지를 고유업무에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부, 행정관청의 귀책사유가 가미되었는지 여부 등을 고려하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 한다(대법원 2009. 1. 15. 선고 2006Tl4926 판결).

청구인은 이 사건 부동산을 대학의 교육업무에 사용하기 위해서는 장기간에 걸쳐 면밀한 교육수요 조사 및 캠퍼스 간 균형개발을 위한 기획활동이 필요하고, 취득일로부터 3년이라는 기간은 매우 부족한 것이며, 추징대상인 부동산 중 일부는 지역주민을 위한 문화예술 전시관 운영 및 산림 체험 활동 등을 운영하고

O 재활승마연구센터 사업을 장기간에 걸쳐 추진하는 등 이 사건 부동산을 공익적인 목적으로 활용하기 위해 노력하고 있고, 이 사건 부동산에 관하여 제한 적인 용도 외에는 사용할 수 없는 여러 가지 사정에도 불구하고 고유 업무에 사 용하기 위하여 최선의 노력을 다하였다는 점이 인정되어야 한다고 주장하고 있다.

그런데 청구인이 이 사건 부동산을 대학의 교육업무에 사용하기 위해서는 장기간에 걸쳐 면밀한 교육수요 조사 및 캠퍼스간 균형개발을 위한 기획활동이 필요하다는 등 사정은 청구인의 내부적 사정예 불과하고, 청구인이 제출한 이 사건 부동산 활용계획 중 애완동물 테마파크, 민간 자본을 활용한 상상마당 조성, 민간단체 유치, 숙박시설 운영 등 교육 사업에 직접 사용하는 것으로 보기 어려운 부분이 포함되어 있는 점, 이 사건 부동산의 일부를 지역주민을 위한 문화 예술 전시관으로 운영하거나 산림 체험 활동 등에 사용한 것을 당초 목적사업인 교육 사업에 직점 사용하기 위한 일련의 절차를 지속적으로 이행하였던 경우로 보기 어려운 점 등을 종합적으로 검토해 볼 때, 청구인의 경우 스스로의 귀책 사유 없이 미사용 부동산을 교육 사업에 직접 사용하기 위하여 정상적이고 진지한 노력을 다하였음에도 취득 후 발생한 어쩔 수 없는 사유로 유예기간(3년)이 경과 할 때까지 직접 사용하지 못한 특별한 사정이 있다고 볼 수 없으므로, 미사용 부동산을 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있다는 청구인의 주장은 받아들일 수 없다.

그리고 재산세와 지역자원시설세의 경우에는 청구인이 과세기준일 현재 교육용으로 사용하는 경우에만 면제하는 것이므로 ‘정당한 사유’가 있는지 여부를 불문하고 미사용 부동산에 대한 재산세 등 부과는 적법하다.

따라서 청구 주장은 이유 없다.

(4) 국립대학법인에 대한 지방세 부과가 적법한지 여부

구 「지방세특례제한법」제3조 제1항에 따르면 "이 법, 「지방세법」및 「조세 특례제한법」에 따르지 아니하고는 「지방세법」에서 정한 일반과세예 대한 지방세 특례를 정할 수 없다."고 규정하고 있다.

따라서, 「지방세특례제한법」및 「지방세법」, 「조세특례제한법」에서 규정한 국립대학법인에 대한 특례 이외에 ~ 국가의 국립대학법인에 대한 지원 근 거가 있다는 사유로 국립대학법인에 대한 취득세 등 부과처분이 부당하다는 청구인의 주장은 받아들일 수 없다

따라서 청구 주장은 이유 없다.

(5) 국립대학법인의 지방세 감면 관련 입법개선 절차가 진행 중이라는 사유로 과세처분을 유보할 수 있는지의 여부

법률이 개정되면 시행일부터 개정된 법률의 규정이 적용될 뿐 그와 같은 사유로 현재 시행되고 있는 법령에 따른 취득세등 부과처분이 부당하다거나 과세를 유보 할 사유가 있는 것으로 볼 수는 없다.

따라서 청구 주장은 이유 없다.

4 결론

그렇다면 이 사건 처분은 잘못이 없고, 이 사건 심사청구는 이유 없다고 인정되므로 「감사원법」 제46조 제2항의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.

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【관계법령】

□ 「지방세법」(2013. 1. 1. 법률 제11617호로 개정되기 전의 것)

O 제6조(정의) 취득세에서 사용하는 용어의 뜻은 다음 각 호와 같다.

1. "취득"이란 매매, 교환, 상속, 증여, 기부, 법인에 내한 현물출자, 건축, 개 수(改修), 공유수면의 매립, 간척에 의한 토지의 조성 등과 그 밖에 이와 유사한 취득으로서 원시취득, 승계취득 또는 유상·무상의 모든 취득을 말한다.

2.-17. 생략

O 제9조(비과세 등) (I) 국가, 지방자치단체, 지방자치단체조합, 외국정부 및 주 한국제기구의 취득에 대하여는 취득세를 부과하지 아니한다. 다만, 대한민국 정부기관의 취득에 대하여 과세하는 외국정부의 취득에 대하여는 취득세를 부과한다.

(2)-® 생략

O 제11조(부동산 취득의 세율) (I) 부동산에 대한 취득세는 제10조의 과세표 준에 다음 각 호에 해당하는 표준세율을 적용하여 계산한 금액을 그 세액 으로 한다.

1. 생략

2. 제1호 외의 무상취득: 1천분의 35. 다만, 대통령령으로 정하는 비영리사업 자의 취득은 1천분의 28로 한다.

3.-7. 생략

(2)-® 생략

O 제109조(비과세) (I) 국가, 지방자치단체, 지방자치단체조합, 외국정부 및 주 한국제기구의 소유에 속하는 재산에 대하여는 재산세를 부과하지 아니한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재산에 대하여는 재산세를 부과한다.

1. 대한민국 정부기관의 재산에 대하여 과세하는 외국정부의 재산

2. 제107조 제2항 제4호에 따라 매수계약자에게 납세의무가 있는 재산

0~® 생략

D 「국립대학법인 ... 대학교 설립·운영에 관한 법률」(2010. 10. 27. 법률 제10413호 로 제정된 것) 부칙

O 제8조(국가의 권리 · 의무의 승계에 관한 경과조치) 따 국립대학법인 ~대 학교는 종전의 ~대학교 학교 경영과 관련하여 발생한 국가의 권리 · 의무를 포괄 승계한다. 다만, 권리 · 의무의 성격상 국립대학법인 ~ 포괄 승계하는 것이 적절하지 아니한 경우에는 그러하지 아니하다.

□「지방세특례제한법」(2013. 1. 1. 법률 제11618호로 일부 개정되기 전의 것)

0 제3조(지방세 특례의 제한) 이 이 법, 「지방세법」및 「조세특례제한법」에 따르지 아니하고는 「지방세법」에서 정한 일반과세에 내한 지방세 특례 를 정할 수 없다.

0 제41조(학교 및 외국교육기관에 대한 면제) CD 「초 · 중등교육법」및 「고등 교육법」에 따른 학교, 「경제자유구역 및 제주국제자유도시의 외국교육기관 설립 · 운영에 관한 특별법」또는 「기업도시개발 특별법」에 따른 외국교육 기관을 경영하는 자(이하 이 조에서 "학교 등"이라 한다)가 해당 사업에 사용 하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를 2012년 12월 31일까지 면제한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 면제된 취득세를 추징한다.

1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

2. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각 · 증여하거나 다른 용도로 사용하는 경 우

@ 학교 등이 과세기준일 현재 해당 사업에 직점 사용하는 부동산(대통령령 으로 정하는 건축물의 부속토지를 포함한다)에 대하여는 재산세( 「지방세법」제 112조에 따른 부과액을 포함한다) 및 「지방세법」제146조제2항에 따른 지역자 원시 설세를 각각 2012년 12월 31일까지 면제한다. 다만, 수익사업에 사용하 는 경우와 해당 재산이 유료로 사용되는 경우의 그 재산 및 해당 재산의 일부가 그 목적에 직점 사용되지 아니하는 경우의 그 일부 재산에 대하여는 면제하지 아니한다.

®-® 생략

O 제60조(중소기업협동조합 등에 대한 과세특례) CD-CZ) 생략

® 「중소기업창업 지원법」에 따른 창업보육센터에 대하여는 다음 각 호에 서 정하는 바에 따라 2012년 12월 31일까지 지방세를 감면한다.

1. 창업보육센터사업자의 지정을 받은 자가 창업보육센터용으로 직접 사용 하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를 면제하고, 재산세의 100분의 50을 경 감한다.

2. 창업보육센터에 입주하는 자에 대하여 취득세, 등록면허세 및 재산세를 과세할 때에는 「지방세법」제13조 제1항부터 제4항까지, 제28조 제2항 · 제3항 및 제111조 제2항의 세율을 적용하지 아니한다.

□ 「지방세특례제한법」(2013. 1. 1. 법률 제11618호로 개정된 것) O 제41조(학교 및 외국교육기관에 대한 면제)

@ 국립대학법인 전환 이전에 기부채납 받은 부동산으로서 국립대학법인 전 환 이전에 체결한 계약에 따라 기부자에게 무상사용을 허가한 부동산에 대 해서는 그 무상사용 기간 동안 재산세( 「지방세법」제112조에 따른 부과액을 포함한다)

및 「지방세법」제146조 제2항에 따른 지역자원시설세를 각각 면제 한댜 다만, 수익사업에 사용하는 경우와 해당 재산이 유료로 사용되는 경 우의 그 재산 및 해당 재산의 일부가 그 목적에 직점 사용되지 아니하는 경 우의 그 일부 재산에 대하여는 면제하지 아니한다.