【질의요지】

1) 현황

가) 서울메트로와 서울특별시도시철도공사는 신속한 대중교통 수단을 제공함으로써 시민의 복리증진에 기여하기 위하여 지방공기업법과 각 공사의 설립 및 운영에 관한 조례에 따라 설립되고, 서울특별시에서 전액 출자하여 설립·운영 되며 합병 후 해산 예정

나) 서울교통공사는 서울시가 전액 출자하여 지방공기업법과 서울교통공사 설립 및 운영에 관한 조례에 따라 서울메트로와 서울특별시도시철도공사를 합병하여 상법 233조에 따라 설립등기 예정

2) 질의

[질의 1] 합병으로 새롭게 설립된 서울교통공사가 양 공사와 관련된 모든 권리와 의무를 승계하여 자산을 인수하게 되는데, 서울교통공사의 자산인수가 지방세법상 취득에 해당하는지 여부·

[질의 2-1] 서울교통공사가 양 공사로부터 인수하는 자산 중 고유업무에 직접 사용하는 부동산과 철도차량에 대해 「지방세특례제한법」제63조 제5항 제1호에 따라 취득세 감면을 적용받을 수 있는지 여부·

[질의 2-2] 「지방세특례제한법」제63조 제5항 제2호에 따라 서울교통공사의 법인등기와 구분지상권 설정등기에 대한 등록면허세 감면을 적용받을 수 있는지 여부·

[질의 2-3] 「지방세특례제한법」제63조 제5항 제3호에 따라 서울교통공사가 과세기준일 현재 고유업무에 직접 사용하는 부동산에 대하여 재산세 감면을 적용받을 수 있는지 여부·

[질의 2-4] 지방세특례제한법 부칙 제9조에 따라 같은 법 제177조의2(지방세 감면 특례의 제한)의 규정이 2020.1.1.부터 적용되므로 서울교통공사의 지방세 감면 특례가 제한되지 않고 전액 면제되는지 여부·

[질의 3-1] 서울교통공사가 「지방세특례제한법」제63조 제5항에 따른 감면을 적용받는 경우 농어촌특별세법 제4조 제12호 및 같은 법 시행령 제4조 제6항 제5호에 따라 농어촌특별세가 비과세 되는지 여부·

[질의 3-2] 서울교통공사가 「지방세특례제한법」제63조 제5항에 따른 감면을 적용받는 경우 취득세, 등록에 대한 등록면허세, 재산세의 납부하여야 할 세액이 없으므로 관련 지방교육세도 면제되는지 여부·

【회신내용】

[질의 1] 「지방세법」제6조 제1호에서 "취득"이란 매매, 교환, 상속, 증여, 기부, 법인에 대한 현물출자, 건축, 개수(改修), 공유수면의 매립, 간척에 의한 토지의 조성 등과 그 밖에 이와 유사한 취득으로서 원시취득, 승계취득 또는 유상·무상의 모든 취득을 말한다고 규정하고 있으므로 합병으로 자산을 승계한 경우에도 지방세법상 취득에 해당한 것으로 판단됩니다.

[질의 2-1] 「지방세특례제한법」제63조 제5항 및 그 제1호에서 지방공기업법에 따라 도시철도사업을 목적으로 설립된 지방공사에 대해서 그 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산 및 철도차량에 대해서는 취득세의 100분의 100에 지방자치단체의 주식소유비율[해당 도시철도공사의 발행주식총수에 대한 지방자치단체의 소유주식 수의 비율을 말한다]을 곱한 금액을 2019년 12월 31일까지 감면한다고 규정하고 있습니다.

서울시가 전액 출자하여 지방공기업법과 서울교통공사 설립 및 운영에 관한 조례에 따라 합병으로 설립된 서울교통공사가 양 공사로부터 인수하는 자산 중 고유업무에 직접 사용하는 부동산(수익사업 제외)과 철도차량에 대해서는 위 규정에 따라 취득세가 감면되는 것으로 판단됩니다.

[질의 2-2] 「지방세특례제한법」제63조 제5항 및 그 제2호에서 지방공기업법에 따라 도시철도사업을 목적으로 설립된 지방공사에 대해서 법인등기와 구분지상권 설정 등기에 대해서는 등록면허세의 100분의 100에 지방자치단체의 주식소유비율을 곱한 금액을 감면한다고 규정하고 있으므로 서울교통공사의 법인등기와 구분지상권 설정등기에 대한 등록면허세는 위 조항에 따라 감면되는 것으로 판단됩니다.

[질의 2-3] 「지방세특례제한법」제63조 제5항 및 그 제3호에서 지방공기업법에 따라 도시철도사업을 목적으로 설립된 지방공사에 대해서 과세기준일 현재 그 고유업무에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세(「지방세법」제112조에 따른 부과액을 포함한다)의 100분의 100에 지방자치단체의 주식소유비율을 곱한 금액을 2019년 12월 31일까지 감면한다고 규정하고 있으므로 서울교통공사가 과세기준일 현재 고유업무에 직접 사용하는 부동산은 재산세가 감면되는 것으로 판단됩니다.

[질의 2-4] 「지방세특례제한법」제177조의2 제1항에서 이 법에 따라 취득세 또는 재산세가 면제(지방세 특례 중에서 세액감면율이 100분의 100인 경우와 세율 경감률이 지방세법에 따른 해당 과세대상에 대한 세율 전부를 감면하는 것을 말한다)되는 경우에는 이 법에 따른 취득세 또는 재산세의 면제규정에도 불구하고 100분의 85에 해당하는 감면율을 적용한다고 규정한 한편, 부칙(법률 제14477호, 2016.12.27.) 제9조에서 제177조의2 제1항의 개정규정은 다음 각 호의 구분에 따른 시기부터 적용한다고 규정하면서 그 제2호에서 「지방세특례제한법」제63조 제5항 규정은 2020년1월1일부터 적용되는 것으로 규정하고 있으므로 「지방세특례제한법」제63조 제5항에 따라 감면받은 경우에는 전액 감면되는 것으로 판단됩니다.

[질의 3-1] 농어촌특별세법 제4조 제12호 및 같은 법 시행령 제4조 제6항 제5호에서 「지방세특례제한법」제63조 규정에 따른 감면은 농어촌특별세를 부과하지 아니한다고 규정하고 있으므로, 「지방세특례제한법」제63조 규정에 따른 감면 적용을 받는 경우에는 농어촌특별세가 비과세되는 것으로 판단됩니다.

[질의 3-2] 「지방세특례제한법」제151조 제1항 각 호에서 지방교육세는 취득세, 등록면허세, 재산세 등의 감면율 또는 납부할 세액을 기준으로 부과하고 있으므로 본세가 전액 감면되는 경우에는 지방교육세도 전액 감면되는 것으로 판단됩니다.

다만, 이에 해당하는지 여부는 과세관청이 구체적이고 객관적인 사실관계 등을 종합적으로 검토하여 최종 결정할 사안임을 알려드립니다. 끝.