1. 처분의 경위

가. 원고는 1995. 8. 12.경 인근에 있는 00농업협동조합, 00농업협동조합과 공동투자기금을 마련하여 ‘0000지역 농협연합 미곡종합처리장’을 설치·운영하여 오다가, 기존의 미곡처리장이 장기간 사용에 따라 시설이 낙후되어 고품질의 쌀을 생산하는데 어려움이 있고, 쌀 재배 단계부터 최종 유통까지 전 사업부문을 일원화할 필요성이 제기됨에 따라, 2007. 11. 27. 위 2개의 조합과 함께 ‘0000지역농협 양곡경제사업 통합 협약’을 체결하여 위 미곡종합처리장의 운영 등 양곡경제사업을 전문적으로 담당할 별도의 법인을 설립하기로 합의하였고, 이에 따라 설립된 ‘0000농협쌀조합공동사업법인(이하 ’이 사건 법인‘이라 한다)’이 2011. 12. 9. 설립인가되었다.

나. 원고는 현대화된 미곡처리장을 신축하기 위해 00시 000읍 00리 000-0 공장용지 23,074㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 한다)에 관하여 2008. 11. 3. 소유권이전등기를 마친 후 2009. 7. 9.부터 그 지상에 미곡처리장을 신축하는 공사를 시작하였다. 완공된 이 사건 토지 지상 건물은 아래 표 기재와 같은바(이하 ‘이 사건 각 건물’이라 하고, 개별적으로는 동으로만 지칭한다), 원고는 2011. 1. 24. 일괄적으로 사용승인을 받은 후 같은 해 2. 17. 각 원고 명의로 소유권보존등기를 마쳤다.

다. 원고는 같은 달 24. ‘이 사건 각 건물이 구 「지방세특례제한법」제14조 제3항에 의하여 농업협동조합법에 따라 설립된 조합이 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 해당한다’는 이유로 취득세 등 감면신청을 하여 피고로부터 취득세 및 농어촌특별세, 등록세, 지방교육세의 납부를 면제받았다.

라. 그 후 원고는 2011. 12. 31. 이 사건 토지 및 각 건물 전부를 이 사건 법인에게 현물출자하여 위 법인으로부터 1/3지분의 권리를 부여받고, 2012. 1. 17. 위 법인 앞으로 현물출자를 원인으로 한 소유권이전등기를 마쳤다.

마. 그러자 피고는 원고가 사용일로부터 2년 이상 부동산을 해당 용도로 직접 사용하지 아니하고 매각·증여하였다는 이유로, 2013. 1. 24. 원고에게 구 「지방세특례제한법」제94조에 의하여 면제된 취득세 등을 부과한다고 과세예고를 하였다가, 이 사건 토지 및 각 건물 중 2, 3, 7동에 대하여는 2년 이상 사용하였음을 이유로 과세예고를 취소하고, 나머지 1, 4, 5, 6, 10동에 대하여는 2013. 4. 8. 취득세 270,466,550원, 지방교육세 14,280,360원, 농어촌특별세 19,319,030원 합계 304,065,940원을 부과(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)하였다.

【인정근거】 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 38호증(가지번호 포함)의 각 기재 내지 영상, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 소 중 가산금 부과처분 취소청구 부분의 적법 여부

원고는 이 사건 소송 중인 2013. 10. 29. 가산금 25,065,940원을 포함하여 합계 330,036,730원을 납부하였다고 주장하며 위 가산금 부분에 관하여도 취소를 구하고 있으나, 지방세기본법에서 규정한 가산금 또는 중가산금은 지방세를 납부기한까지 납부하지 아니하면 과세청의 확정절차 없이도 법률 규정에 의하여 당연히 발생하는 것으로서, 위 가산금의 고지가 항고소송의 대상이 되는 처분이라고 볼 수 없으므로(대법원 2005. 6. 10. 선고 2005다15482 판결 등 참조), 이 사건 소 중 가산금 부과처분의 취소를 구하는 부분은 부적법하다.

3. 본안에 관한 판단

가. 원고의 주장

영농산업을 보호·육성하기 위한 구 지방세특례제한법의 취지상 위 법 제94조는 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 권리변동으로 인하여 다른 용도로 사용된 경우만 적용되는 것으로서, 그렇지 않고 단순히 권리변동만 있는 경우에는 적용되지 않는 것으로 보아야 한다.

또한 위 조항에서는 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각·증여한 경우만을 규정하고 있지 현물출자한 경우는 규정하고 있지 아니하며, 입법취지상으로 위 현물출자를 포함시킬 합리적인 이유도 없는바, 확장해석 내지 유추해석은 엄격히 금지되어야 한다.

나. 관계 법령

■ 지방세특례제한법(2011. 12. 31. 법률 제11138호로 개정되기 전의 것)

제14조(농업협동조합 등의 농어업 관련 사업 등에 대한 감면)

① 농업협동조합중앙회, 수산업협동조합중앙회, 산림조합중앙회가 구매·판매 사업 등에 직접 사용하기 위하여 취득하는 다음 각 호의 부동산(「농수산물유통 및 가격안정에 관한 법률」제70조제1항에 따른 유통자회사에 농수산물 유통시설로 사용하게 하는 부동산을 포함한다)에 대하여는 취득세의 100분의 50을, 과세기준일 현재 그 사업에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세의 100분의 50을 각각 2012년 12월 31일까지 경감한다.

1. 구매·판매·보관·가공·무역 사업용 토지와 건축물

2. 생산 및 검사 사업용 토지와 건축물

3. 농어민 교육시설용 토지와 건축물

② 농업협동조합중앙회, 수산업협동조합중앙회, 산림조합중앙회, 엽연초생산협동조합중앙회가 회원의 공동이용시설사업 등에 사용하기 위하여 취득하는 부동산(임대용 부동산은 제외한다. 이하 이 항에서 같다)에 대하여는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 2012년 12월 31일까지 취득세를 경감한다.

1. 회원의 교육·지도·지원 사업과 공동이용시설사업용 부동산에 대하여는 취득세의 100분의 50을 경감한다.

2. 신용사업용 부동산에 대하여는 취득세의 100분의 25를 경감한다.

③ 「농업협동조합법」에 따라 설립된 조합(조합공동사업법인을 포함한다), 「수산업협동조합법」에 따라 설립된 조합(어촌계를 포함한다), 「산림조합법」에 따라 설립된 산림조합(산림계를 포함한다) 및 엽연초생산협동조합이 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(임대용 부동산은 제외한다. 이하 이 항에서 같다)에 대하여는 취득세를, 과세기준일 현재 고유업무에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세를 각각 2012년 12월 31일까지 면제한다.

④ 「농업협동조합법」에 따라 설립된 조합(조합공동사업법인을 포함한다), 「수산업협동조합법」에 따라 설립된 조합, 「산림조합법」에 따라 설립된 산림조합 및 엽연초생산협동조합에 대하여는 2012년 12월 31일까지 주민세 재산분 및 지방소득세 종업원분의 100분의 50을 경감한다.

⑤ 제3항 및 제4항에서 정하는 각 조합들의 중앙회에 대하여는 해당 감면 규정을 적용하지 아니한다.

제94조(감면된 세액의 추징 등)

부동산에 대한 감면을 적용할 때 이 법에서 특별히 규정한 경우를 제외하고는 취득일부터 1년 이내에 정당한 사유 없이 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 해당 용도로 직접 사용하지 아니하고 매각·증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우에 해당 부분에 대하여는 감면된 취득세를 추징한다.

■ 지방세법

제6조(정의)

취득세에서 사용하는 용어의 뜻은 다음 각 호와 같다.

1. "취득"이란 매매, 교환, 상속, 증여, 기부, 법인에 대한 현물출자, 건축, 개수(개수), 공유수면의 매립, 간척에 의한 토지의 조성 등과 그 밖에 이와 유사한 취득으로서 원시취득, 승계취득 또는 유상·무상의 모든 취득을 말한다.

■ 소득세법

제88조(양도의 정의) ① 제4조제1항제3호 및 이 장에서 "양도"란 자산에 대한 등기 또는 등록과 관계없이 매도, 교환, 법인에 대한 현물출자 등으로 인하여 그 자산이 유상으로 사실상 이전되는 것을 말한다. 이 경우 부담부증여(부담부증여)(「상속세 및 증여세법」제47조제3항 본문에 해당하는 경우는 제외한다)에 있어서 증여자의 채무를 수증자(수증자)가 인수하는 경우에는 증여가액 중 그 채무액에 상당하는 부분은 그 자산이 유상으로 사실상 이전되는 것으로 본다.

다. 판단

(1) 구 지방세특례제한법(2011. 12. 31. 법률 제11138호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제94조 후단은 감면되었던 취득세를 추징하는 사유로서 "해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각·증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우"를 규정하고 있다.

그런데 앞서 본 사실관계 및 이 사건 기록을 통해 알 수 있는 다음과 같은 여러 사정들을 종합하여 보면, 원고가 이 사건 법인에게 이 사건 각 건물을 현물출자한 것은 위 ‘취득한 부동산을 매각·증여한 경우’ 또는 ‘다른 용도로 사용하는 경우’에 해당한다고 볼 수 없다.

① 구 「지방세특례제한법」제14조에서 농업협동조합법에 의하여 설립된 조합이 구매·판매 사업 등에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여 취득세와 등록세 등을 면제하고 있는 것은 위 농업협동조합이 수행하는 업무가 그 성격상 공공성을 강하게 띄고 있으므로 조합으로 하여금 그 업무를 원활히 수행할 수 있도록 세제상으로 지원함으로써 영농산업 등을 보호, 육성하려는 정책적 고려에 의한 것으로 보아야 하고, 같은 법 제94조에서 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각·증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우 감면된 세액을 추징하도록 한 것은 영농산업 등에 제공된 부동산이 그 고유목적에 일정기간 사용되도록 유도함으로써 영농산업 등을 보호, 육성하려는 위 감면의 취지를 달성하기 위한 것으로 보아야 한다.

② 이 사건에서 원고가 인접한 2개의 조합들과 함께 이 사건 법인을 설립한 것은 원고와 위 조합들이 1995.경부터 공동으로 추진하여 왔던 미곡종합처리장 운영을 비롯한 양곡경제사업을 체계적으로 통합하여 일원화하고 그 과정을 선진화함으로써 고품질의 쌀을 생산·공급하자는 취지로서, 이 사건 법인은 원고와 위 조합들이 종전부터 공동으로 추진해 왔던 위 사업 및 그와 관련된 인적·물적 조직을 통합·승계하여 설립된 것으로 볼 수 있다. 또한, 이 사건 각 건물은 현물출자 후에도 그 전과 다름없이 원고와 위 법인들을 위한 미곡처리장으로 사용되고 있다. 이를 볼 때 원고가 위 법인에 현물출자한 것이 해당 용도 이외의 ‘다른 용도로 사용한 경우’에 해당한다고 보기 어렵다.

③ 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니한다고 할 것이므로, 이 사건에서도 위 과세요건에 해당하는지 여부는 엄격하게 해석되어야 할 것인데, 구 「지방세특례제한법」제94조에서는 위 감면된 세액의 추징사유로서 ‘매각·증여’만을 규정하고 있을 뿐, ‘현물출자’는 별도로 규정하고 있지 않고, 위 ‘매각·증여’에 대한 정의규정을 따로 두고 있지도 않다.

‘현물출자’란 금전 이외의 재산을 출자의 목적으로 하는 것으로서, 금전 등을 대가로 재산을 처분하는 ‘매각’과는 차이가 있고, 그 자체가 유상성이 있는 양도행위라는 점에서 ‘증여’와도 구별되며, ‘현물출자’ 이후에도 대상물에 대한 출자자의 일정한 지배권 내지 이해관계가 계속 유지된다는 점에서 위 두 경우와도 다르다. 비록 ‘현물출자’가 양도소득세의 ‘양도’에 해당하고, 취득세의 ‘취득’에 해당하기는 하나(소득세법 제88조 제1항, 「지방세법」제6조 참조), 위 개별규정들은 구 「지방세특례제한법」제94조의 ‘매각·증여’에 위 ‘현물출자’가 포함된다고 해석할 근거가 된다고 보기 어렵다.

(2) 따라서 원고에게 구 「지방세특례제한법」제94조 소정의 추징사유가 있다고 본 피고의 이 사건 처분은 위법하다.

4. 결 론

그렇다면, 원고의 청구 중 가산금 부과처분의 취소를 구하는 부분은 부적법하여 각하고, 나머지 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

【상급심-대법원 2015. 3. 26. 선고 2014두43097 판결요지(처분청 승소)】

농업협동조합이 어느 부동산을 ‘고유업무에 직접사용‘한다고 함은 농업협동조합이 그 부동산의 소유자 또는 사실상의 취득자 지위에서 현실적으로 이를 농업협동조합의 업무자체에 직접 사용하는 것을 의미하므로 감면받은 기간 내에 소유자 지위를 상실한 이상 현물출자를 통해 해당 용도에 사용되고 있다고 하더라도 추징사유에 해당됨