1. 처분의 경위

가. 원고는 중소기업협동조합법에 따라 설립된 법인으로서 2007. 12. 6. 구 한국토지공사로부터 부산△△경제자유구역 000유통지구 안에 있는 부산 00구 002동 2-1 기타상류시설 48415.7㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 한다)을 대금 31,016,920,000원을 6회에 걸쳐 분납하여 지급하는 조건으로 분양받는 계약을 체결하였고, 2011. 9. 15. 토지대금을 완납하였다.

나. 원고는 분양대금의 할부금을 납부할 때마다 구 지방세법(2010. 3. 31. 법률 제10221호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제280조 제5항 및 구 지방세특례제한법(2013. 1. 1. 법률 제11618호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제71조 제2항의 물류사업용 부동산의 취득세 감면규정에 따라 취득세를 면제받았다.

다. 원고는 2012. 10. 26.경 이 사건 토지를 조합원들에게 매각하는 과정에서 2012. 9. 15. 피고에게 취득세 등 1,419,853,710원의 취득 신고 및 자진납부 세액계산 신고를 한 뒤 2012. 12. 11. 위 세액을 납부하였다.

라. 원고는 2015. 5. 8. 피고에게, 000유통지구 건설계획 및 협동조합 등의 전문상가단지 건설지원 정책에 근거하여 물류단지시설을 건설하여 토지를 매각한 것은 감면요건을 충족하였고 구 「지방세특례제한법」제94조(이하 ‘이 사건 추징규정’이라 한다)의 추징대상이 아니므로 피고가 위 규정에 따라 취득세 등을 징수한 것은 부당하다면서 납부한 취득세 등을 환급해 달라는 취지로 경정청구를 하였으나, 피고는 2015. 7. 15. 이를 거부하는 처분을 하였다(이하 ‘이 사건 거부처분’이라 한다).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 5호증, 을 제1호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지.

2. 이 사건 거부처분의 적법여부

가. 원고의 주장

원고는 물류사업을 영위하기 위하여 물류사업용 부동산인 이 사건 토지를 취득하였고, 구 「지방세특례제한법」제71조 제2항 및 같은 법 시행령 제33조 후단은 물류단지시설의 ‘설치’만을 감면요건으로 하고 있고, ‘사용’을 감면요건으로 하지 않으므로 감면요건을 충족하였다. 또한 면제받은 취득세에 대한 일반적 추징규정인 구 「지방세특례제한법」제94조 제1호는 같은 법 제71조 제2항에 따른 면제요건에서 정하지 않고 있는 ‘해당용도로 직접 사용할 것’이라는 요건을 부가적으로 요구하고 있으므로 구 「지방세특례제한법」제94조 제1호는 같은 법 제71조 제2항에 따라 면제받은 취득세에는 적용할 수 없어 원고는 위 법에 따른 취득세 추징대상이 아니다. 그런데도 피고가 감면규정에 ‘직접사용’ 문언이 없을 경우 추징대상이 아니라는 행정안전부의 2011년 해석지침을 따르지 아니하고 이 사건 거부처분을 하였으므로 이는 과세형평과 평등의 원칙을 위반한 것이다.

또한, 영세한 개별조합원들이 개별적으로 전문유통상가단지를 건설할 수 없는 관계로 피고가 이 사건 토지를 구입하여 전문유통상가단지를 건설하고 그 소유권을 조합원들에게 이전하였으나, 조합원이 갹출하여 구입자금을 마련하였으므로 실질적으로는 조합원들이 자기의 재산으로 각자 자기의 해당토지 부분을 취득한 것이다. 따라서 피고가 이 사건 토지의 소유권을 각 조합원들에게 이전해 준 것은 이 사건 추징규정에서 규정하는 매각에 해당하지 아니할 뿐 아니라, 매각에 정당한 사유가 있다.

따라서 이 사건 거부처분은 위법하다.

나. 관련 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

(1) 이 사건 추징규정의 적용이 가능한지 여부

구 「지방세특례제한법」제71조 제2항은 물류단지에서 물류사업을 ‘직접 하려는 자’가 취득하는 물류사업용 부동산에 대하여는 2012년 12월 31일까지 취득세를 면제하고, 과세기준일 현재 물류사업에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 그 부동산을 취득한 날부터 5년간 재산세의 100분의 50을 경감한다고 규정하고 있고, 같은 법 제94조는 부동산에 대한 감면을 적용할 때 이 법에서 달리 규정하고 있는 경우를 제외하고는 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 ‘직접사용’하지 아니하는 경우나, 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각, 증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우에는 감면된 취득세를 추징한다고 규정하고 있다.

살피건대, 구 「지방세특례제한법」제71조가 구 지방세법의 ‘물류사업을 영위하고자 하는 자’라는 표현 대신 ‘물류사업을 직접 하려는 자’라는 표현을 사용한 점에 비추어 볼 때 물류단지시설의 ‘설치’외에 ‘사용’도 감면요건이라고 보이는 점, 부동산에 대한 감면을 적용할 때 특별한 규정이 없는 한 이 사건 추징규정을 적용하도록 하고 있음이 문언 상 분명하고, 구 지방세법 제280조 제5항 단서에서도 개별 추징규정을 두고 있었던 점 등을 고려하면 지방세를 감면하는 규정에 ‘직접사용’이라는 문언이 있는지 여부와 상관없이 직접 사용하지 않는 경우에는 이 사건 추징규정을 적용할 수 있다고 할 것이다.

(2) 이 사건 추징규정 규정 적용이 과세형평과 평등의 원칙에 반하는지 여부

상급행정기관이 하급행정기관에 대하여 업무처리지침이나 법령의 해석적용에 관한 기준을 정하여 발하는 이른바 행정규칙이나 내부지침은 일반적으로 행정조직 내부에서만 효력을 가질 뿐 대외적인 구속력을 갖는 것은 아니므로 행정처분이 그에 위반하였다고 하여 그러한 사정만으로 곧바로 위법하게 되는 것은 아니고, 다만 재량권 행사의 준칙인 행정규칙이 그 정한 바에 따라 되풀이 시행되어 행정관행이 이루어지게 되면 평등의 원칙이나 신뢰보호의 원칙에 따라 행정기관은 그 상대방에 대한 관계에서 그 규칙에 따라야 할 자기구속을 받게 되므로, 이러한 경우에는 특별한 사정이 없는 한 그에 위반하는 처분은 평등의 원칙이나 신뢰보호의 원칙에 위배되어 재량권을 일탈·남용한 위법한 처분이 된다(대법원 2009. 12. 24. 선고 2009두7967 판결).

당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑 제6, 7, 8호증의 각 기재에 의하면, 행정안전부는 2011. 2. 8. 부동산에 대한 세액감면 시 개별 추징규정이 없더라도 감면규정에 ‘직접사용’이라는 문구가 규정되어 있으면 이 사건 추징규정을 적용하되, 감면규정에 ‘직접사용’이라는 문구가 없는 경우에는 그 적용을 제외하도록 하는 지침(이하 ‘2011년 지침’이라 한다)을 하달하였다가, 2013. 3. 21.에는 ‘직접사용’이라는 문구가 없더라도 종전에 개별추징규정이 있었던 조문과 사후관리가 필요한 조문은 위 규정의 적용 대상이 되도록 지침을 조정한 사실을 인정할 수 있고, 을 제2 내지 4호증의 각 기재, 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정, 즉 ① 2011년 지침이 되풀이 시행되어 실제 행정관행으로 이루어졌다고 볼만한 아무런 사정이 없는 점, ② 오히려 부산광역시는 조합명의로 소유권을 취득한 뒤 조합원에게 등기를 한다면 조합은 이 사건 추징규정에 따라 취득세 추징대상이라고 일관되게 입장을 밝힌 점, ③ 2011년 지침이 이 사건 추징규정 적용대상을 과도하게 축소하는 문제가 발생함에 따라 행정안전부가 2013년 그 해석을 변경한 점 등을 고려하면, 피고가 행정안전부의 2011년 지침을 따르지 아니한 것이 과세형평에 반하거나 평등원칙에 위반된다고 볼 수 없다.

(3) 이 사건 추징규정 상 매각에 해당하는지 여부

을 제5호증의 기재에 의하면, 원고가 2012. 3. 29. 이 사건 토지에 관하여 소유권보존등기를 마친 후 2012. 10. 31. ~ 2012. 11. 6. 사이 그 조합원들에게 이 사건 토지의 공유지분에 관하여 각 소유권이전등기를 마쳐준 사실을 인정할 수 있는데, 중소기업협동조합법에 따른 조합이 부동산소유권을 취득하는 경우 조합원이 소유권을 취득하는 것으로 보는 특례규정이 없는 점 등을 고려하면 이는 이 사건 추징규정이 정하는 매각에 해당한다고 보아야 할 것이다.

또한, 조합원들 역시 이 사건 토지를 분양받을 수 있었던 점 등을 고려하면, 소유권을 이전받은 자들이 영세한 조합원들이라든지, 조합원들이 분담금 납부를 위하여 대출을 받아 담보제공의 필요가 있었다는 사정만으로는 원고가 이 사건 토지의 소유권을 이전한 것에 정당한 이유가 있다고 보기 어렵다.

(4) 소결론

위와 같이 원고의 주장이 모두 이유 없으므로 이 사건 거부처분은 적법하다.

3. 결론

따라서 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각한다.

관련 법령

■ 지방세법(2010. 3. 31. 법률 제10221호로 개정되기 전의 것)

제280조 (중소기업 등의 지원을 위한 감면)

⑤대통령령이 정하는 물류단지안에서 취득하는 부동산에 대하여는 다음 각호에서 정하는 바에 의하여 취득세·등록세 및 재산세를 감면한다. 다만, 그 취득일부터 1년내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다.

1. 물류단지개발사업시행자가 물류단지를 개발하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하고, 재산세의 100분의 50을 경감한다.

2. 물류사업을 영위하고자 하는 자가 취득하는 물류사업용 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하고, 과세기준일 현재 물류사업에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 그 부동산을 취득한 날부터 5년간 재산세의 100분의 50을 경감한다.

■ 지방세특례제한법(2013. 1. 1. 법률 제11618호로 개정되기 전의 것)

제71조(물류단지 등에 대한 감면)

② 제1항에 따른 물류단지에서 물류사업을 직접 하려는 자가 취득하는 물류사업용 부동산에 대하여는 2012년 12월 31일까지 취득세를 면제하고, 과세기준일 현재 물류사업에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 그 부동산을 취득한 날부터 5년간 재산세의 100분의 50을 경감한다.

제94조(감면된 취득세의 추징)

부동산에 대한 감면을 적용할 때 이 법에서 특별히 규정한 경우를 제외하고는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 감면된 취득세를 추징한다.

1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

2. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우

■ 지방세특례제한법 시행령(2014. 3. 14. 대통령령 제25253호로 개정되기 전의 것)

제33조(물류사업용 부동산의 범위)

법 제71조 제2항에서 "제1항에 따른 물류단지에서 물류사업을 직접 하려는 자가 취득하는 물류사업용 부동산"이란 「물류시설의 개발 및 운영에 관한 법률」제2조 제7호에 따른 물류단지시설을 설치하기 위하여 물류단지 안에서 최초로 취득하는 토지와 그 토지취득일부터 5년 이내에 취득하는 사업용 토지 및 건축물(토지 취득일 전에 그 사용승인을 받아 신축한 건축물을 포함하며, 기존 건축물을 취득한 경우는 제외한다)을 말한다.

■ 지방세법

제7조(납세의무자 등)

② 부동산등의 취득은 「민법」, 「자동차관리법」, 「건설기계관리법」, 「항공법」, 「선박법」, 「입목에 관한 법률」, 「광업법」또는 「수산업법」등 관계 법령에 따른 등기·등록 등을 하지 아니한 경우라도 사실상 취득하면 각각 취득한 것으로 보고 해당 취득물건의 소유자 또는 양수인을 각각 취득자로 한다. 다만, 차량, 기계장비, 항공기 및 주문을 받아 건조하는 선박은 승계취득인 경우에만 해당한다.

⑧ 「주택법」제11조에 따른 주택조합과 「도시 및 주거환경정비법」제16조제2항에 따른 주택재건축조합(이하 이 장에서 "주택조합등"이라 한다)이 해당 조합원용으로 취득하는 조합주택용 부동산(공동주택과 부대시설·복리시설 및 그 부속토지를 말한다)은 그 조합원이 취득한 것으로 본다. 다만, 조합원에게 귀속되지 아니하는 부동산(이하 이 장에서 "비조합원용 부동산"이라 한다)은 제외한다.

■ 지방세법 시행령(2014. 8. 12. 대통령령 제25545호로 개정되기 전의 것)

제20조(취득의 시기 등)

② 유상승계취득의 경우에는 다음 각 호에서 정하는 날에 취득한 것으로 본다.

1. 법 제10조 제5항 제1호부터 제4호까지의 규정 중 어느 하나에 해당하는 유상승계취득의 경우에는 그 사실상의 잔금지급일

2. 제1호에 해당하지 아니하는 유상승계취득의 경우에는 그 계약상의 잔금지급일(계약상 잔금지급일이 명시되지 아니한 경우에는 계약일부터 60일이 경과한 날을 말한다). 다만, 해당 취득물건을 등기·등록하지 아니하고 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 서류에 의하여 취득일부터 60일 이내에 계약이 해제된 사실이 입증되는 경우에는 취득한 것으로 보지 아니한다.

⑤ 연부로 취득하는 것(취득가액의 총액이 법 제17조의 적용을 받는 것은 제외한다)은 그 사실상의 연부금 지급일을 취득일로 본다.

끝.