1. 원 처분의 요지

가. 청구인은 2011. 8. 25. 경기도 수원시 ○○○에 있는 건물(면적: 41,226.42㎡, 이하 "이 사건 기숙사"라 한다)을 취득한 후 구 「지방세특례제한법」(2011. 9. 15. 법률 제11042호로 개정되기 전의 것, 이하 "지방세특례제한법"이라 한다) 제41조 제1항의 규정에 따라 교육용으로 사용하기 위하여 취득 한 부동산으로 감면 신청하여 2011. 9. 8. 농어촌특별세 등을 전액 감면 받았다.

나. 처분청은 위 감면세액에 대한 세무조사 결과 청구인이 민간투자시설사업 [이하 "BTO방식(Build-Transfer-Operate, 민간시설투자사업으로 민간사업자가 자금을 투자하여 공공시설 등을 건설하고, 소유권은 준공 즉시 발주기관으로 이전하며 해당 시설의 관리 · 운영권을 투자자에게 부여하는 방식)"이라 한다] 시행자인 주식회사 ○○○(이하 "사업시행자"라 한다)와 수익사업을 영위할 목적으로 이 사건 기숙사를 신축한 것으로 판단하여 2015. 3. 10. 청구인에게 면제받은 취득세에 대한 농어촌특별세 306,769,020원(가산세 113,065,020원 포함)을 부과고지(이하 "이 사건 부과처분"이라 한다) 하였다.

2. 심사청구의 취지와 이유

가. 청구 취지

이 사건의 청구 취지는 이 사건 부과처분을 취소하게 해 달라는 것이다.

나. 청구 이유

이 사건 기숙사는 청구인이 토지를 제공하고 주식회사 ○○○와 BTO 방식으로 완공한 교육용 건물로서 원거리에 거주하고 있는 학생들의 거주시설로 이용되고 있으므로 「지방세특례제한법」제41조 제1항의 적용을 받는 "학교 등이 해당 사업을 위하여 취득한 부동산"에 해당하고, 수익사업에 사용하지 않았으므로 이 사건 부과처분을 한 것은 부당하다는 것이다.

3. 우리 원의 판단

가. 다툼

이 사건의 다툼은 이 사건 기숙사에 대한 취득세 면제를 「지방세특례제한법」제41조 제1항을 적용하여야 하는지 여부와 수익사업에 해당하는지 여부이다.

나. 인정 사실

이 사건 관련 기록을 검토해 보면, 다음과 같은 사실이 인정된다.

(1) 청구인은 사업시행자인 청구외 주식회사 ○○○와 2007. 5. 11. "○○대학교 기숙사 민간투자시설사업(BTO) 실시협약서"(이하 "실시협약서"라 한다) 를 다음 [표]와 같이 체결하였다.

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제1조(협약의 목적 및 사업의 범위) ① 본 협약은 ○○대학교 기숙사 민간투자 시설사업(이하 "본 사업’이라 함)의 추진과 관련하여 ○○대학교와 본 사업 시행자인 (가칭) （주)○○○ 간에 사업시 행에 필요한 제반 사항을 협약함을 목적으로 한다.

② 본 사업의 명칭, 사업시행자, 위치 및 규모는 다음과 같다.

1. 사업명: ○○대학교 기숙사 민간투자시설사업

2. 사업시행자: （가칭) 주식회사 ○○○[㈜○○건설이 대표회사로 설립하는 법인]

3. 사업위치 및 규모

가. 사업위치: 경기도 수원시 ○○번지 일대

나. 지하 1층, 지상 26층(남)， 지상 21층(여)의 연면적 약 41,070.81m'의 기숙사 및 편의시설

제2조(정의) ① 본 협약에 달리 규정된 경우를 제외하고는 본 협약에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다.

13. 관리운영권: 본 사업에 대한 준공확인 후 ○○대학교가 사업시행자에게 설정하는 본 사업시설 에 대한 관리운영권을 말한다.

14. 관리운영기간: 사업시행자가 ○○대학교로부터 본 사업과 관련된 관리운영권을 설정 받아 본 사업을 부상으로 사용·수익할 수 있는 기간으로서 관리운영권 설정일로부터 20년을 말한다.

17. 기타 수익성사업: 사업시행자가 ○○대학교 총장의 승인을 얻어 본 사업의 편의시설에 대하여 이용자로부터 사용료를 징수하거나 제3자에게 임대료를 받고 임대할 수 있는 사업을 말한다.

제4조(사업시행자의 자격 및 권한과 퀸리) ① ○○대학교는 본 협약 제3조(사업시행자의 지정)의 규정에 의해 사업시행자에게 다음 각 호의 행위를 할 수 있는 자격 및 권한과 권리를 설정·부여한다.

4. 기숙사의 운영은 개강 중인 기간으로 하고, 사업시행자는 방학기간 중에 기타사업을 시행할 수 있는 권한

제6조(부상사용기간) ① 본 협약에 따른 사업시행자의 사업시설에 대한 부상사용기간은 운영개시일 로부터 20년간으로 하며, 본 협약에서 달리 규정한 경우를 제외하고 ○○대학교는 사업시행자에게 무상 사용기간 동안 본 사업시설에 대한 관리운영권을 보장한다.

제7조(소유권의 귀속 및 관리운영권의 종료) ® 본 사업시설의 소유권은 준공과 동시에 ○○대학교 에 귀속된다. 귀속과 관련되어 정부 또는 관계기관으로부터 본 협약 제16조 이외의 특별한 세금이 부과될 경우 별도 협의하여 처리한다.

제10조(출자자) ® 주식회사 ○○건설은 사업시행자에 100% 출자하여 본 사업을 시행한다.

제15조(총사업비 및 총 민간사업비) 본 사업의 총사업비는 2006년 9월 6일 불변가격 기준으로 39,313백만 원이며, 이는 총 민간사업비와 같다.

제38조(사업수익률) 본 사업의 사업수익률은 세후 실질사업수익률로서 6.32%(2006년 9월 6일 불변 가격 기준)로 하고 본 협약 종료시점까지 변경되지 아니한다.

제42조(운영수입 보장 및 환수) ① 본 협약에 따라 운영수입보장은 운영개시일로부터 20년간으로 하기로 한다. 다만 사업시행자의 귀책사유로 본 사업시설의 운영이 중단되는 경우를 제외한 부상사용기간 개시일 이후 매 사업연도(12개월 기준)의 사업시행자의 연도별 추정운영수입의 80%에 미달 할 경우, 사업시행자는 그 부족분의 계산을 명시한 보고서를 첨부하여 ○○대학교에 그 부족분의 지급을 청구할 수 있다.

② 부상사용기간 개시일 이후 매 사업연도에 사업시행자의 연도별 실제운영수입이 매 연도별(12개월 기준) 추정운영수입의 120%를 초과하는 경우 사업시행자는 그 초과분을 학교발전기금으로 납부한다. 제44조(기타 수익성사업의 시행) ® 사업시행자는 본 사업시설 운영에 지장이 없는 범위 내에서 본 사업시설을 이용하여 제2조(정의) 제17호에서 정한 기타 수익성사업을 시행할 수 있다.

③ 사업시행자가 기타 수익성사업을 통해 얻은 매 사업연도의 순수익은 본 협약 제42조(운영수임의 보장 및 환수)의 규정에 의한 운영 수입의 보장 및 환수기준이 되는 실제 운영 수입에 포함하지 아니한다.

④ 관리운영권 설정기간 중 기타 수익성사업의 운영순이익이 발생할 경우에는 그 이익을 경 기대학교와 사업시행자가 70:30으로 분배하여 수익한다.

⑤ 기타 수익성사업의 시행으로 발생하는 운영순이익 중 ○○대학교에 분배되는 수익은 입실보장율 80%가 미달될 경우 입실보장율 부족에 따른 학교지급금에 우선하여 충당한다.

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(2) 2010. 4. 13. 청구인과 사업시행자가 변경한 실시협약서(이하 "변경 실시 협약서"라 한다)는 다음 [표]와 같다.

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제10조(출자자) ® 주식회사 ○○건설과 학교법인 ○○학원은 사업시행자에 각각 90%와 10%를 출 자하기로 한다. 다만 학교법인 ○○학원의 지분율에 해당하는 금액은 주식회사 ○○건설에서 기부금 납부 방식으로 대납하기로 한다.

제15조(총사업비 및 총 민간사업비) 본 사업의 총사업비는 2006년 9월 6일 불변가격 기준으로 37,363백만 원이며, 이는 총 민간사업비와 같다.

제38조(사업수익률) 본 사업의 사업수익률은 세후 실질사업수익률로서 5.59%(2006년 9월 6일 불변 가격 기준)로 하고 본 협약 종료시점까지 변경되지 아니한다.

제43조(운영관리비) ① 본 변경 협약 체결 당시 법인세를 제외한 운영관리비는 2006년 9월 6일 기 준 불변가격으로 금 30,854백만 원으로 본 변경 협약으로 정한 특별한 사유가 없는 한 이를 조정하거나 변경하지 아니하며, 부문별 운영관리비 내역은 [별첨 3]과 같다.

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(3) 2010. 4. 16. 주식회사 ○○○를 사업시행자로, 주식회사 ○○건설을 시공사로 하여 BTO방식으로 공사도급계약을 체결하였다.

(4) 청구인은 2011. 8. 25. 수원시장으로부터 이 사건 기숙사에 대하여 기숙사용으로 건축물 사용승인을 받았고, 일반건축물대장(갑)에는 소유자는 학교법인 ○○학원으로 기재되어 있다.

(5) 청구인은 2011. 9. 8. 이 사건 기숙사는 ○○대학교 교육용으로 사용할 것을 확약한다는 내용의 사용목적을 기재한 사용목적확인서를 첨부한 취득세 기 한 내 신고서를 제출하여 농어촌특별세를 전액 감면받았다.

(6) 오늘회계법인이 2012. 3. 31. 및 2014년 3월에 각각 작성한 사업시행자의 2011회계연도 및 2013회계연도 운영수입 검토보고서에 이 사건 기숙사의 운영수 입 내역은 다음(청구인이 2012회계연도 자료 미제출로 2011회계연도 및 2013회계연도 자료만을 인정사실에 기재함)과 같다.

3)청구인이 제출한 ① 학기 및 방학 중 대실 운영수입 금액란의 합계 5,217,628,946원을 5,217,628,947원으로 수정, ② 총 운영수입 내역을 합산한 결과 합계 5,729,332,252원을 5,729,777,253원으로 수정

4) 실제 운영수입은 학기 및 방학 중 대실 운영수입과 외부대실 운영수입의 합계액

(7) 처분청은 이 사건 기숙사에 대한 세무조사 결과 청구인이 이 사건 기숙 사를 직접 신축한 것이 아닌 BTO방식으로 건축하였고 또한 수익목적사업을 위 한 취득으로 판단하여 「지방세특례제한법」제41조 제1항 적용대상이 아닌 제42 조 제1항 적용대상으로 보아 이 사건 부과처분을 하였다.

다. 관계 법령

이 건과 관계되는 법령은 「지방세특례제한법」제41조 제1항 등 [별지] 기재 와 같다.

라. 판단

「지방세특례제한법」제41조 제1항에 「고등교육법」에 따른 학교가 해당 사업에 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를 면제하되, 다만 수익 사업에 사용하는 경우에는 추징한다고 규정되어 있는 반면, 같은 법 제42조 제1 항에 「고등교육법」제2조 제1호부터 제5호까지의 학교가 기숙사로 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를 2012년 12월 31까지 면제한다고 규정하고 있다.

그리고 「농어촌특별세법」제4조 본문에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 농어촌특별세를 부과하지 아니한다고 규정하면서 제12호에 기술 및 인 력개발, 저소득자의 재산형성, 공익사업 등 국가경쟁력의 확보 또는 국민경제의 효율적 운영을 위하여 농어촌특별세를 비과세할 필요가 있다고 인정되는 경우로 서 대통령령으로 정하는 것으로 규정하고 있고, 감면대상을 규정한 같은 법 시 행령 제4조 제6항 제5호에는 「지방세특례제한법」"제41조 제1항"에 따른 감면을 규정하고 있는 반면 같은 법 "제42조 제1항"은 빠져 있다.

한편, 「지방세특례제한법」제2조 제1항 제2호, 「법인세법」 제3조 제3항 제1호 및 같은 법 시행령 제2조 제1항 제3호의 규정에 수익사업의 범위를 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류에 의한 각 사업 중 수입이 발생하는 것을 말한다고 규정하면서 「고등교육법」에 의한 학교를 제외하고 있다.

따라서 「지방세특례제한법」제41조 제1항에서 학교 등이 ‘그 해당 사업에 사용'하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여 취득세를 면제하도록 규정하고 있 는 바, 위 규정의 문리적 해석상 학교가 기숙사를 교육용으로 사용하는 경우에 는 위 조문에서 규정된 ‘해당 사업에 사용하기 위하여 취득하는 부동산’에서 제외할 이유가 없고, 또한 같은 법 제42조 제1항을 둔 취지는 대학교가 취득하는 기숙사 건물이 수익사업에 사용되어 같은 법 제41조 제1항에 의해서는 취득세를 감면받을 수 없는 경우이더라도 특별히 취득세를 감면받을 수 있게 함으로써 대 학교 기숙사의 신축을 위한 민간투자 활성화의 유인을 마련하고자 하는데 있으므로 수익사업에 사용하지 아니하는 대학교 기숙사를 같은 법 제41조 제1항이 아닌 법 제42조 제1항을 적용하는 것으로 해석한다면 오히려 농어촌특별세를 면제받지 못하게 되어 그 입법취지에 역행하게 되므로 대학교 기숙사에 관한 취득세의 감면에 대하여 같은 법 제42조 제1항이나 또는 같은 법 제41조 제1항을 적용할지는 기숙사를 수익사업에 사용하는지 여부에 따라 달려 있다 할 것이다.(대법원 2014. 8. 20. 선고 2014두7000 판결, 서울고등법원 2014. 4. 22. 선고 2013누21788 판결 참조)

살피건대, 처분청은 인정사실 "(6)항"에서 본 바와 같이 기숙사 이용 학생들로부터의 대실료, 외부대실 운영수입, 신세계푸드 등 9개의 입점업체로부터의 임대수입 등 총 운영수입 이 2011회 계 연도(2011년 9월부터 2012년 2월까지) 1,832,176,470원 및 2013회계연도(2013년 3월부터 2014년 2월까지) 5,729,777,253원이 있는 점올 근거로 이 사건 기숙사를 수익사업에 사용한 것이므로 「지방세특례제한법」제42조 제1항을 적용한 것이라고 주장하나, ① 인정사실 "(l)항"' "(4)항" 및 "(6)항"에서 본 바와 같이 이 사건 기숙사를 신축한 목적과 실제 사용용도 가 학생의 기숙시설이고, 기숙사는 원거리 학생의 학업수행에 필요한 요소이므로 청구인의 해당 사업인 교육에 직접 사용하기 위하여 취득한 부동산으로 볼 수 있는 점, ② 인정사실 "(6)항"에서 본 바와 같은 기숙사 대실료 등 수익이 발생된다고 하더라도 이것은 BTO방식의 사업에서 신축에 소요된 공사비나 기숙사의 관리운영에 소요되는 사업비 등 총 투자비를 사업시행자가 20년간 관리운영권을 부여받아 정해진 협약에 따라 회수하는 것이고, 외부대실 운영수입은 공실운영자나 학교 교수 등 학교업무와 관련된 자가 일시적으로 사용한 데 따른 수입이며, 또한 임대수입 등은 식당, 문구점, 복사점, 편의점 등 학생들의 기숙생활에 필수적인 부속시설의 입주로 인한 수입이므로 기숙사의 본래의 목적인 교육사업의 범주를 벗어나 수익사업을 영위한 것이라고 볼 수 없는 점 등을 종합하여 볼 때 이 사건 기숙사 건물은 학교에 필수적인 교육시설로서 교육용으로 취득한 부동산에 해당하고 교육사업의 범주를 벗어나 수익사업을 영위하였다고 보기는 어렵다 할 것이므로 「지방세특례제한법」제41조 제1항을 적용하여 농어촌특별세를 감면하는 것이 타당하다고 판단된다.

4. 결론

그렇다면 이 사건 부과처분은 잘못이 있고, 이 사건 심사청구는 이유 있다고 인정되므로 「감사원법」 제46조 제2항의 규정 에 따라 주문과 같이 결정 한다.