1. 원 처분의 요지

청구인은 2012. 4. 6. 부산진해경제자유구역에 있는 ○○○유통지구 내 물류 시설용지 지분 및 판매시설용 건축물(이하 "이 사건 부동산"이라 한다)을 취득하면서 구 「지방세특례제한법」(2013. 1. 1. 법률 제11618호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제71조 제2항에 따라 취득세 등을 100% 면제받은 후, 2013. 4. 19. 이 사건 부동산 취득일부터 1년 이내에 정당한 사유 없이 감면용도(물류사업용)대로 직접 사용하지 않아 같은 법 제94조에 따른 추징 대상이라며 취득세 등(8,070,400원)을 신고·납부하였다.

그 후 청구인은 이 사건 부동산 중 일부에 대한 취득세 등을 잘못 신고·납부하였다며 해당 취득세 등을 환급해 달라고 경정을 청구하였으나 처분청은 2015. 11. 20. 이를 거부(이하 "이 사건 거부처분"이라 한 다)하였다.

2. 심사청구의 취지와 이유

가. 청구 취지

이 사건의 청구 취지는 이 사건 거부처분을 취소하게 해 달라는 것이다.

나. 청구 이유

(1) 구 「지방세특례제한법」제71조 제2항의 감면요건을 같은 법 시행령 제 33조에 전부 위임하고 있어 ‘감면 용도에 직접 사용 여부’를 따질 필요 없이 물류단지 안에서 최초 토지 취득일부터 5년 내 취득하는 사업용 토지를 취득하여 물류단지시설을 설치한 것만으로 감면요건을 충족하였으므로 직접사용을 전제 로 하는 같은 법 제94조의 추정규정을 적용할 수 없다.

(2) 설사 「지방세특례제한법」제94조 추징규정을 적용한다 하더라도 대법원 판례, 감사원 심사결정 등에 비추어 임대하여 물류시설 용도에 사용하는 경우에 도 직접 사용에 해당되고, 취득자가 마음대로 할 수 없는 외부적인 시장 환경(주변시세보다 낮게 임대의뢰 하였으나 임대물량의 과다) 때문에 이 사건 부동산을 유예기간 내에 임대하지 못한 것은 정당한 사유에 해당된다는 것이다.

3. 우리 원의 판단

가. 다툼

이 사건의 다툼은 ① 구 「지방세특례제한법」제71조 제2항에 따라 면제받은 취득세에 대하여 같은 법 제94조에 따른 추징규정이 적용되는지 여부, ② 이 사건 부동산을 감면용도대로 사용하지 못한 정당한 사유가 있는지 여부이다.

나. 인정 사실

이 사건 관련 기록을 검토해 보면, 다음과 같은 사실이 인정된다.

(1) 청구인은 2012. 4. 6. 이 사건 부동산을 취득(토지 지분은 ○○○판매업협동조합으로부터 매매 취득하고 건축물은 신축하여 취득함)하면서 구 「지방세특례제한법」제71조 제2항(물류사업을 직접 하려는 자가 취득하는 물류사업용 부동산)에 따라 취득세 등을 100% 면제받은 후, 2013. 4. 19. 이 사건 부동산 취득일부터 1 년 이내에 정당한 사유 없이 감면용도(물류사업용)대로 직접 사용하지 않아 같은 법 제94조에 따른 추징 대상이라며 취득세 등(지방교육세, 농어촌특별세) 8,070,400원을 신고·납부하였다.

(2) 2015. 9. 15. 청구인은 이 사건 청구 이유와 같은 사유로 추징대상이 아 니라며 이 사건 부동산 중 일부(○○○은 집합건물이므로 청구인 소유 건물별 공유·전유부분과 관련 토지지분이 포함된 것임)에 대한 취득세 등을 환급해 달라고 경정을 청구하였으나 처분청은 2015. 11. 20. 청구인이 감면받은 취득세 등은 구 「지방세특례제한법」제94조가 적용되는 추징대상이라며 이 사건 거부처분을 하였다.

다. 관계 법령

이 사건과 관계되는 법령은 구 「지방세특례제한법」제71조 제2항 등 [별지] 기재와 같다.

라. 판단

구 「지방세특례제한법」제71조 제2항에 따르면 제1항에 따른 물류단지에서 물류사업을 직접 하려는 자가 취득하는 물류사업용 부동산에 대하여는 2012. 12. 31까지 취득세를 면제한다고 규정되어 있다.

그리고 같은 법 시행령 제71조 제2항에서 "제1항에 따른 물류단지에서 물류사업을 직접 하려는 자가 취득하는 물류사업용 부동산"이란 「물류시설의 개발 및 운영에 관한 법률」제2조 제7호에 따른 물류단지시설을 설치하기 위하여 물류단지 안에서 최초로 취득하는 토지와 그 토지 취득일부터 5년 이내에 취득하는 사업용 토지 및 건축물(토지 취득일 전에 그 사용승인을 받아 신축한 건축물을 포함하며, 기존 건축물을 취득한 경우는 제외한다)을 말한다고 규정하고 있다.

살피건대, 구 「지방세특례제한법」제71조 제2항에서 감면목적 및 감면대상 납세의무자를 "물류사업을 직접 하려는 자"로, 감면대상 과세물건 행위를 "물류단지에서 2012. 12. 31.까지 취득하는 물류사업용 부동산"으로 감면요건을 명확히 규정하고 있고 달리 대통령령 등 하위 법령에 이를 따로 위임하고 있지 않고 있는바, 같은 법 시행령 제33조에서 위 법률에 규정된 감면요건을 재차 규정하고 있다 하더라도 이는 위 법률 규정에 대한 보충적 설명에 불과할 뿐 새로운 감면요건이 창설된 근거로 볼 수는 없을 것이다.

그리고 같은 법 시행령 제33조의 문언상으로 "「물류시설의 개발 및 운영에 관한 법률」제2조 제7호에 따른 물류단지시설을 설치하기 위하여 물류단지 안에서 최초로 취득하는 토지와 그 토지 취득일부터 5년 이내에 취득하는 사업용 토지 및 건축물"이라고 되어 있어 이 사건 감면요건 중 감면대상인 과세물건 및 취득행위에 대한 것에 대한 설명일 뿐 법률에서 감면대상인 납세의무자로 규정 하고 있는 "물류사업을 직접 하려는 자"에 대하여 법률규정과 달리 규정하고

직접 하려는 자가 물류단지시설을 설치하기 위하여 물류단지 안에서 최초로 취득하는 토지 등으로 해석될 수 있을 것이다.

또한 "물류사업을 직접 하려는 자가 취득하는 물류사업용 부동산"이라는 문구를 해석하면, 비록 "직접 사용"이라는 문구가 사용되지 아니하였더라도 부동산 취득자가 취득한 부동산을 물류사업에 직접 사용하는 경우에 그 취득세를 면제한다는 취지가 포함되어 있다고 판단된다.(청구인과 같은 ○○○ 상가 관련 같은 취지의 소송에 대한 부산지방법원 2016. 5. 13. 선고 2015구합23961 판결 참조)

따라서 구 「지방세특례제한법」제71조 제2항의 감면요건을 같은 법 시행령 제33조에 전부 위임하고 있다는 것을 전제로 「지방세특례제한법」제94조의 추징 규정을 적용할 수 없다는 취지의 첫 번째 청구 주장은 받아들일 수 없다 하겠다.

다음으로 감면용도대로 사용하지 못한 정당한 사유가 있다는 청구 주장을 살펴본다.

구 「지방세특례제한법」제94조에 따르면 부동산에 대한 감면을 적용할 때 이 법에서 특별히 규정한 경우를 제외하고는 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우 등에 그 해당 부분에 대해서는 감면된 취득세를 추징하도록 규정하고 있다.

살피건대, 이 사건 감면은 물류사업을 직접 하려는 자를 대상으로 하고 있는바, 여기에서 물류사업을 직접 하려는 자란 취득한 물류용 부동산을 사용하여 도매상 또는 소매상 등의 물류사업을 직접 하려는 자를 말하는 것으로서 물류사업을 직접 하지 않고 제3자인 물류사업자에게 임대하는 경우는 감면용도대로 직접 사용한 것으로 볼 수 없다.(대법원 2013. 3. 14. 선고 2012두25200 판결 참조)

따라서 ‘임대되지 않은 정당한 사유가 있다’는 청구 주장에 대해서는 살펴볼 필요도 없을 것이다.

그리고 청구인이 이 사건 부동산을 직접 물류사업에 사용할 수 없는 법령상·사실상의 장애 및 행정관청의 금지나 제한 등 외부적 사유가 있었다고 볼 만한 정황 또는 주장도 없는 등 정당한 사유(대법원 2013. 9. 18. 선고 2012두20311 판결, 부산지방법원 2016. 5. 13. 선고 2015구합23961 판결 참조)가 있다고 볼 수도 없다.

4. 결론

그렇다면 이 사건 거부처분은 잘못이 없고, 심사청구는 이유 없다 할 것이므로 「감사원법」 제46조 제2항의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.

[별지]

□ 「지방세특례제한법」(2013. 1. I. 법률 제11618호로 개정되기 전의 것)

○ 제71조(물류단지 등에 대한 감면) ① 「물류시설의 개발 및 운영에 관한 법 률」제27조에 따른 물류단지개발사업의 시행자가 같은 법 제22조 제1항에 따라 지정된 물류단지를 개발하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 2012 년 12월 31일까지 취득세를 면제하고, 그 부동산에 대하여는 2012년 12월 31 일까지 재산세의 100분의 50을 경감한다.

② 제1항에 따른 물류단지에서 물류사업을 직접 하려는 자가 취득하는 물류사 업용 부동산에 대하여는 2012년 12월 31일까지 취득세를 면제하고, 과세기준 일 현재 물류사업에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 그 부동산을 취득한 날부터 5년간 재산세의 100분의 50을 경감한다.

○ 제94조(감면된 취득세의 추징) 부동산에 대한 감면을 적용할 때 이 법에서 특별히 규정한 경우를 제외하고는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 감면된 취득세를 추징한다.

1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

2. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각·증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우

□ 「지방세특례제한법 시행령」

○ 제33조(물류사업용 부동산의 범위) 법 제71조제2항에서 "제1항에 따른 물류단지에서 물류사업을 직접 하려는 자가 취득하는 물류사업용 부동산"이란 「물류시설의 개발 및 운영에 관한 법률」제2조제7호에 따른 물류단지시설을 설치하기 위하여 물류단지 안에서 최초로 취득하는 토지와 그 토지취득일부터 5년 이내에 취득하는 사업용 토지 및 건축물(토지 취득일 전에 그 사용승인을 받아 신축한 건축물을 포함하며, 기존 건축물을 취득한 경우는 제외한다)을 말한다.