【질의내용】

○ 지방세특례제한법에 따른 등록면허세 중과제외 대상에 해당하여 지방세법에 따른 중과세율이 아닌 일반세율을 적용하는 경우 이를 농어촌특별세법에 따른"감면"으로 보아 세율에 따른 차액을 감면세액으로 하여 농어촌특별세를 과세할 수 있는 지 여부

【회신내용】

○ 지방세법 제28조 제1항에서는 등록면허세는 등록에 대하여 제27조의 과세표준에 다음 각 호에서 정하는 세율을 적용하여 계산하는 금액을 그 세액으로 한다고 하면서 그 1호 및 6호에서 각각의 등기·등록의 경우에 해당하는 세율을 규정하고 있고, 같은 법 같은 조 제2항 제1호 및 제2호에서는 대도시에 법인 등을 설립·설치하거나 대도시 밖에 법인이 본점 등을 대도시로 전입하는 경우에 따른 등기를 할 때에는 그 세율을 제1항 제1호 및 제6호에 해당하는 세율의 100분의 300으로 한다고 규정하고 있습니다.

○ 또한, 지방세특례제한법 제58조 제2항과 같은 법 제60조 제3항, 같은 법 제180조의2 제2항에서는 벤처기업육성에 관한 특별조치법에 따라 지정된 벤처기업집적시설 등과 중소기업창업 지원법에 따른 창업보육센터에 입주하는 자, 자본시장과 금융투자업에 관한 법률에 따른 투자회사 등에 대하여 등록면허세 등을 과세할 때에는 2018년 12월 31일까지 지방세법 제28조 제2항의 세율을 적용하지 아니한다고 규정하고 있습니다.

○ 한편, 농어촌특별세법 제2조 제1항에서는 이 법에서"감면"이란 지방세특례제한법 등에 따라 등록에 대한 등록면허세 등이 부과되지 아니하거나 경감되는 경우로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다고 하면서 그 1호에서 비과세·세액면제·세액감면·세액공제를 규정하고 있고, 같은 법 제5조 제1항 제1호에서는 지방세특례제한법 등에 따라 감면을 받는 등록에 대한 등록면허세 등에 대하여는 그 감면세액에 100분의 20을 곱한 금액을 농어촌특별세로 한다고 규정하고 있습니다.

○ 따라서 귀 질의와 같이 지방세법에 따른 중과대상에 해당하나 지방세 특례제한법에 따른 중과제외 대상인 경우에는 지방세법에 따른 등록면허세 중과세율의 적용을 배제하고 일반세율로 적용함을 의미한다고 할 것이므로, 일반세율과 중과세율에 따른 차액을 농어촌특별세법에 따른 등록면허세의 감면세액으로 볼 수 없어 농어촌특별세 과세대상이 아니라고 판단(지방세운영과-1007호, 2010.3.12. 참조)됩니다.

○ 다만, 이에 해당하는 지 여부는 객관적인 사실관계 등을 종합적으로 검토하여 과세관청에서 최종 결정할 사안임을 알려드립니다.