【질의요지】

○ 기업부설연구소로 인정받은 전용면적 외에 그에 따른 공용면적(기계실, 주차장, 복도, 계단 등)도 감면대상으로 볼 수 있는지 여부

【회신내용】

○「지방세특례제한법」제46조 및 같은법 시행령 제23조에서는「기술연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률」제14에서 규정한 기준을 갖춘 연구소로서 미래창조과학부장관에게 신고하여 인정받은 기업부설연구소에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세 및 재산세의 50%를 2016년 12월 31일까지 경감한다고 하면서 그 단서에서 연구소 설치 후 4년 이내에 정당한 사유 없이 연구소를 폐쇄하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세를 추징한다고 규정하고 있습니다.

○ 이와 같이 기업부설연구소 부동산 취득에 대하여 면세혜택을 주는 것은 기업의 과학기술연구를 장려하여 고도의 기술혁신을 이룩하는 데 그 취지가 있다(대법원 1987. 10. 26. 선고 85누444 판결 참조) 할 것입니다.

○ 살피건대, 조세감면요건 규정 가운데 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에 부합하는 점(대법원 ‘09. 8. 20.선고 2008두11372 판결 참조) 등에 비추어 보면,「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 시행규칙」제2조에서 기업부설연구소 등의 인정 기준으로 ‘연구시설’은 ‘연구공간은 고정벽체와 별도의 출입문으로 다른 부서와 구분하여 독립적인 공간을 확보할 것’이라고 규정하고 있고

○ 제3호에서는 부대시설에 대하여 ‘기업부설연구기관 등의 연구개발 활동을 위하여 제작한 구축물과 연구전담 요원 등이 전용으로 사용하는 회의실, 기숙사 등 연구개발 활동에 필요한 편의시설로서 기업부설연구기관 등의 주소지에 있을 것(부대시설을 두는 경우만 해당한다)’이라고 규정하고 있어「기술연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률」시행령 제14조의 규정에 의한 기준을 갖춘 연구소로서 미래창조과학부장관의 인정을 받은 것’이라는 부분은 기업부설연구소의 인적ㆍ물적 시설의 기준을 의미하는 것이다(대법원 2008.11.27. 선고 2006두19570 판결 참조) 할 것이므로 기업부설연구소로 인정을 받을 경우 비로소 그 인정받은 것에 대해 취득세 감면 범위를 확정하도록 규정하고 있는 것입니다.

○ 따라서 위 조항의 문언과 규정 취지 등에 비추어 볼 때, 기업부설연구소로 직접사용하는 것은「기술연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률」시행령 제14조의 규정에 의한 기준에 따라 기업부설연구소 인정받은 면적을 의미한다 할 것이지만 기업이 선택에 의하여 기업부설연구소로 인정받은 면적이 당해 건물의 전용면적만 인정받은 경우라면 전용면적을 기준으로 기업부설연구소가 직접사용하는 부분을 한정하여 공용면적 비율을 산정 감면함이 타당하다 할 것(행정자치부 지방세특례제도과-4001호, 2016.12.29.)이지만, 이에 해당하는지 여부는 과세권자가 사실조사 등을 통하여 최종 판단할 사안이라 할 것입니다.